요지

(질의1) 법인설립 후 지점을 설치하여 다른 업종을 추가하는 것은 창업에 해당하지 않으나 일시적으로 지점설치 또는 지점등기가 지연된 경우로서 사실상 법인설립 당시부터 감면사업을 영위한 것으로 인정되는 경우에는 감면을 적용
(질의2) 비감면사업과 감면사업을 겸영하는 경우에는 구분경리하여야 하며, 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서만 감면 적용 가능

회신

조세특례제한법 제6조에 따른 창업중소기업세액감면에 대한 귀 법인의 질의에 대하여 아래와 같이 회신합니다.
(질의1) 창업중소기업세액감면은 창업당시부터 같은 법 같은 조 제3항 각 호의 업종(이하 ⁠“감면사업”이라 함)을 영위하는 중소기업에 대하여 적용하는 것으로 법인설립 후 지점을 설치하여 다른 업종을 추가하는 것은 창업에 해당하지 않으므로 지점에서 발생하는 소득에 대해서는 감면을 적용하지 않는 것입니다.
이때, 법인설립 당시부터 지점을 설치하여 감면사업을 영위하기로 계획하였으나 일시적으로 지점설치 또는 지점등기가 지연된 경우로서 사실상 법인설립 당시부터 감면사업을 영위한 것으로 인정되는 경우에는 감면을 적용할 수 있는 것입니다.
다만, 귀 질의사례가 이에 해당하는지는 법인설립 당시 감면사업 영위 여부 및 지점설치 목적·경위 등 제반사항을 고려하여 사실판단 할 사항입니다.
(질의2) 창업 당시 본점 및 지점소재지가 수도권과밀억제권역 외에 소재하고 있으며 본점은 비감면사업을, 지점은 감면사업을 영위하는 경우 조세특례제한법 제143조제1항에 따라 감면대상 사업과 그 밖의 사업을 구분하여 경리하여야 하며, 감면대상 사업에서 발생한 소득에 대하여만 감면을 적용하는 것입니다.

1. 사실관계

○ 축산업을 운영하던 개인사업자 2인(형제)과 그 배우자 총 4인이 질의법인을 신규설립(‘21년)하였으며, 대표이사의 형 개인사업장(갑축산,‘06년 개업, A읍 소재)을 본점 소재지로 함

 ○ 음식점 및 숙박업으로 사업자 등록하려고 정관 등을 제출하였으나 영업허가증 등 제반사항이 갖춰지지 않아 부동산 임대업으로 등록(’22년)함

  - 추후 B읍에 건물을 신축하여 음식점 및 숙박업 지점사업자 등록(’23년)함

 ○ 본점은 신축건물(B읍)로 이전하지 않고 여전히 대표이사 형의 개인사업장(A읍)으로 되어 있음

  - 대표자 연령이 34세 초과로 청년 창업감면대상은 아님

   * A와 B읍은 수도권과밀억제권역 외 소재

2. 질의내용

○ ⁠(질의1) 비감면 사업으로 본점 사업자 등록 후 감면사업을 영위하는 지점을 나중에 설치한 경우 창업중소기업세액감면이 적용되는지 여부

 ○ (질의2) 본점 소재지를 신축건물(지점)로 이전하지 않더라도 지점에 대한 감면이 적용되는지 여부

3. 관련법령

○조세특례제한법 제2조【정의】

③ 이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른다. 다만, 한국표준산업분류가 변경되어 이 법에 따른 조세특례를 적용받지 못하게 되는 업종에 대해서는 한국표준산업분류가 변경된 과세연도와 그 다음 과세연도까지는 변경 전의 한국표준산업분류에 따른 업종에 따라 조세특례를 적용한다.

○ 조세특례제한법 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다) 중 2024년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 이 조에서 "창업중소기업"이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」 제53조제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인(이하 이 조에서 "창업보육센터사업자"라 한다)에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 제6항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다.

  1. 창업중소기업의 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 비율

  가. 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 대통령령으로 정하는 청년창업중소기업(이하 "청년창업중소기업"이라 한다)의 경우: 100분의 100

  나. 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업 및 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업의 경우: 100분의 50

  2. 창업보육센터사업자의 경우: 100분의 50

 ② ⁠(생략)

 ③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다.

  1. 광업

  2. ~6. ⁠(생략)

  7. 음식점업

  8~15. ⁠(생략)

  16. ｢관광진흥법｣에 따른 관광숙박업, 국제회의업, 유원시설업 및 대통령령으로 정하는 관광객 이용시설업

  17.~18. ⁠(생략)

 ④ ~ ⑨ ⁠(생략)

 ⑩ 제1항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

  1. 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

   가. 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 사업 개시 당시 토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우

   나. 사업의 일부를 분리하여 해당 기업의 임직원이 사업을 개시하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 경우

  2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

  3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

  4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

○ 조세특례제한법 시행령 제5조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

 ㉓ 법 제6조제10항을 적용할 때 같은 종류의 사업의 분류는「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 표준분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 따른 세분류를 따른다.

○ 조세특례제한법 제143조【구분경리】

 ① 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.

 ② 소비성서비스업과 그 밖의 사업을 함께 하는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산ㆍ부채 및 손익을 각각의 사업별로 구분하여 경리하여야 한다.

 ③ 감면대상사업의 소득금액을 계산할 때 제1항 및 제2항에 따라 구분하여 경리한 사업 중 결손금이 발생한 경우에는 해당 결손금의 합계액에서 소득금액이 발생한 사업의 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액을 공제한 금액으로 한다.

○조세특례제한법 시행령 제136조【구분경리】

 ① 법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는「법인세법」제113조의 규정을 준용한다.

○ 법인세법 제113조【구분경리】

 ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

 ② ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」의 적용을 받는 법인은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 신탁재산에 귀속되는 소득과 그 밖의 소득을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

 ③~⑧ ⁠(생략)

○ 중소기업창업 지원법 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "중소기업"이란「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업을 말한다.

  2. "창업"이란 대통령령으로 정하는 바에 따라 중소기업을 새로 설립하는 것을 말한다.

  3. "창업기업"이란 중소기업을 창업하여 사업을 개시한 날부터 7년이 지나지 아니한 기업(법인과 개인사업자를 포함한다)을 말한다. 이 경우 사업 개시에 관한 사항 등 창업기업의 범위에 관한 세부사항은 대통령령으로 정한다.

  4. "예비창업자"란 창업을 하려는 개인 등을 말한다.

  5. "재창업"이란 중소기업을 폐업하고 새로운 중소기업을 설립하는 것을 말한다.

  6. "재창업기업"이란 재창업하여 사업을 개시한 날부터 7년이 지나지 아니한 기업을 말한다. 이 경우 사업 개시에 관한 사항 등 재창업기업의 범위에 관한 세부사항은 대통령령으로 정한다.

○ 중소기업창업 지원법 시행령 제2조【창업의 범위】

 ① ｢중소기업창업 지원법｣(이하 "법"이라 한다) 제2조제2호의 창업은 중소기업을 새로 설립하여 사업을 개시하는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 것으로 한다.

  1. 타인으로부터 사업을 상속 또는 증여받은 개인이 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개인인 중소기업자로서 개시하는 것

  2. 개인인 중소기업자가 기존 사업을 계속 영위하면서 중소기업을 새로 설립하는 것으로서 다음 각 목에 해당하는 것

   가. 개인인 중소기업자로 사업을 개시하는 것

   나. 개인인 중소기업자가 단독으로 또는 ｢중소기업기본법 시행령｣에 따른 친족과 합하여 의결권 있는 발행주식(출자지분을 포함한다. 이하 같다) 총수의 100분의 50을 초과하여 소유하거나 의결권 있는 발행주식 총수를 기준으로 가장 많은 주식의 지분을 소유하는 법인인 중소기업을 설립하여 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개시하는 것

  3. 개인인 중소기업자가 기존 사업을 폐업한 후 중소기업을 새로 설립하여 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개시하는 것. 다만, 사업을 폐업한 날부터 3년(부도 또는 파산으로 폐업한 경우에는 2년을 말한다) 이상 지난 후에 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개시하는 경우는 제외한다.

  4. 법인인 중소기업자가 의결권 있는 발행주식 총수의 100분의 50(법인과 그 법인의 임원이 소유하고 있는 주식을 합산한다)을 초과하여 소유하는 다른 법인인 중소기업을 새로 설립하여 사업을 개시하는 것

  5. 법인의 과점주주(｢국세기본법｣ 제39조제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 새로 설립되는 법인인 중소기업자의 과점주주가 되어 사업을 개시하는 것

  6. ｢상법｣에 따른 법인인 중소기업자가 회사의 형태를 변경하여 변경 전의 사업과 같은 종류의 사업을 계속하는 것

○ 중소기업창업 지원법 시행령 제3조 【창업기업의 범위】

 ① 법 제2조제3호, 제6호 및 제10호에 규정된 "사업을 개시한 날"은 다음 각 호의 구분에 따른 날로 한다.

  1. 창업기업 또는 재창업기업이 법인인 경우: 법인설립등기일

  2. 창업기업 또는 재창업기업이 개인인 경우: 「부가가치세법」 제8조제7항에 따른 사업자등록증에 기재된 개업일(법 제45조에 따른 공장 설립계획의 승인을 받아 사업을 개시하는 경우에는 사업자등록증에 기재된 사업자등록일을 말한다)

출처 : 국세청 2024. 10. 30. 서면-2024-법인-1297 | 국세법령정보시스템