요지

｢조세특례제한법｣ 제77조 제1항 제1호에 따라 공익사업의 시행자에게 토지를 양도하는 경우, ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣ 제3장 ⁠“협의에 의한 취득 또는 사용” 절차를 거치지 아니하였다 하더라도, 동 규정에 따른 감면을 적용받을 수 있는 것임

답변내용

귀 사전답변 신청의 경우, ｢기획재정부 조세법령운용과-695, 2022.06.29.｣를 참고하시기 바랍니다.
○ 기획재정부 조세법령운용과-695, 2022.06.29.
｢조세특례제한법｣ 제77조 제1항 제1호에 따라 공익사업의 시행자에게 토지를 양도하는 경우, ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣ 제3장 ⁠“협의에 의한 취득 또는 사용” 절차를 거치지 아니하였다 하더라도, 동 규정에 따른 감면을 적용받을 수 있는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 신청인(이하 ⁠“갑”)은 □□군에 소재한 6필지의 토지를 2020.2월 ㈜☆☆☆☆☆(이하 ⁠“을”)에 일부 양도함

 ○ 을은 □□군 고시 제2018-153(2018.7.13.)호로 도시개발구역 지정 및 개발계획 수립 고시된 ｢◎◎지구 도시개발사업｣에 대하여 ｢도시개발법｣ 제11조 규정에 의거 사업시행자^*로 지정

  * ｢조세특례제한법｣ 제77조 제1항 제1호에 규정된 공익사업 시행자 요건을 충족한 것으로 전제함

 ○ 갑은 사업인정고시일로부터 약 16년 전 해당 토지를 취득

 ○ 갑과 을은 보상계획 공고 등의 절차 없이 일반 매매계약에 따라서 토지를 양도․양수

2. 질의내용

 ○공익사업 시행자에게 토지보상법 제3장에 따른 협의매수 절차 없이 토지 양도 시 ｢조세특례제한법｣ 제77조 제1항 제1호에 따른 양도소득세 감면을 적용받을 수 있는지 여부

3. 관련법령

○조세특례제한법 제77조【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2023년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10[토지 등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 15로 하되, ｢공공주택 특별법｣ 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.

  1. ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

  2. ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지 등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

  3. ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣이나 그 밖의 법률에 따른 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

 ② 거주자가 제1항 제1호에 따른 공익사업의 시행자 및 같은 항 제2호에 따른 사업시행자(이하 이 조에서 ⁠“사업시행자”라 한다)로 지정되기 전의 사업자(이하 이 항에서 ⁠“지정 전 사업자”라 한다)에게 2년 이상 보유한 토지 등(제1항 제1호의 공익사업에 필요한 토지 등 또는 같은 항 제2호에 따른 정비구역의 토지 등을 말한다. 이하 이 항에서 같다)을 2015년 12월 31일 이전에 양도하고 해당 토지 등을 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)를 법정신고기한까지 한 경우로서 지정 전 사업자가 그 토지등의 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제1항에 따른 양도소득세 감면을 받을 수 있다. 이 경우 감면할 양도소득세의 계산은 감면율 등이 변경되더라도 양도 당시 법률에 따른다.

 ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 해당 사업시행자는 제1항 또는 제2항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

  1. 제1항 제1호에 따른 공익사업의 시행자가 사업시행인가 등을 받은 날부터 3년 이내에 그 공익사업을 시작하지 아니하는 경우

  2. 제1항 제2호에 따른 사업시행자가 대통령령으로 정하는 기한까지 ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 사업시행계획인가를 받지 아니하거나 그 사업을 완료하지 아니하는 경우

 ④ 제1항에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하고 양도소득세의 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)에 상당하는 세액을 감면받은 자가 그 특약을 위반하게 된 경우에는 즉시 감면받은 세액 중 양도소득세의 100분의 15(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 25)에 상당하는 금액을 징수한다.

 ⑤ 제1항 제1호ㆍ제2호 또는 제2항에 따라 감면받은 세액을 제3항에 따라 납부하는 경우에는 제63조 제3항의 이자 상당 가산액에 관한 규정을 준용하고 제1항에 따라 감면받은 세액을 제4항에 따라 징수하는 경우에는 제66조 제6항을 준용한다.

 ⑥ 제1항 제1호 또는 제2호에 따라 세액을 감면받으려면 해당 사업시행자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

○조세특례제한법 시행령 제72조【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

 ② 법 제77조제1항 각 호 외의 부분에서 ⁠“｢공공주택 특별법｣ 등 대통령령으로 정하는 법률”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법률을 말한다.

  1. ｢공공주택 특별법｣

  2. ｢택지개발촉진법｣

  3. ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣

  4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지에 따른 법률과 유사한 법률로서 공익사업에 따른 협의매수 또는 수용에 관한 사항을 규정하고 있는 법률

 ④ 법 제77조 제2항에 따라 공익사업용 토지 등을 양도한 자가 양도소득세를 감면받으려는 경우에는 법 제77조 제1항 제1호에 따른 공익사업의 시행자 및 같은 항 제2호에 따른 사업시행자(이하 이 조에서 ⁠“사업시행자”라 한다)가 해당 사업시행자로 지정받은 날부터 2개월 이내에 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서에 해당 사업시행자임을 확인할 수 있는 서류를 첨부하여 양도자의 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑤ 법 제77조 제3항 제2호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 기한”이란 사업시행계획인가에 있어서는 ｢도시 및 주거환경정비법｣에 의하여 사업시행자의 지정을 받은 날부터 1년이 되는 날, 사업완료에 있어서는 ｢도시 및 주거환경정비법｣에 의하여 사업시행계획인가를 받은 사업시행계획서상의 공사완료일을 말한다.

 ⑥ 사업시행자는 법 제77조 제1항에 따라 보상채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결한 자(이하 이 조에서 ⁠“특약체결자”라 한다)가 있으면 그 특약체결자에 대한 보상명세를, 특약체결자가 그 특약을 위반하는 경우 그 위반사실을 다음 달 말일까지 납세지 관할 세무서장에게 통보하여야 한다.

 ⑦ 법 제77조 제6항에 따른 감면신청을 하고자 하는 사업시행자는 당해 토지 등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 당해 사업시행자임을 확인할 수 있는 서류(특약체결자의 경우에는 특약체결 사실 및 보상채권 보유사실을 확인할 수 있는 서류를 포함한다)를 첨부하여 양도자의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑧ 법 제77조 제7항에 따른 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 토지 등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(거주자와 ｢법인세법｣ 제62조의2 제7항의 규정에 의하여 예정신고를 한 비영리내국법인의 경우에는 예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 수용된 사실을 확인할 수 있는 서류(특약체결자의 경우에는 특약체결 사실 및 보상채권 보유사실을 확인할 수 있는 서류를 포함한다)를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

○소득세법 제88조【정의】

 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. ⁠“양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여 시 수증자가 부담하는 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.

   가. ｢도시개발법｣이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지(保留地)로 충당되는 경우

   나. 토지의 경계를 변경하기 위하여 ｢공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률｣ 제79조에 따른 토지의 분할 등 대통령령으로 정하는 방법과 절차로 하는 토지 교환의 경우

   다. 위탁자와 수탁자 간 신임관계에 기하여 위탁자의 자산에 신탁이 설정되고 그 신탁재산의 소유권이 수탁자에게 이전된 경우로서 위탁자가 신탁 설정을 해지하거나 신탁의 수익자를 변경할 수 있는 등 신탁재산을 실질적으로 지배하고 소유하는 것으로 볼 수 있는 경우

○소득세법 제104조의3【비사업용 토지의 범위】

 ② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

○소득세법 시행령 제168조의14【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등】

 ③ 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 않는다.

  3. ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣ 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

   가. 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지

   나. 취득일(상속받은 토지는 피상속인이 해당 토지를 취득한 날을 말하고, 법 제97조의2 제1항을 적용받는 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날을 말한다)이 사업인정고시일부터 5년 이전인 토지

○공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  2. ⁠“공익사업”이란 제4조 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다.

  3. ⁠“사업시행자”란 공익사업을 수행하는 자를 말한다.

  6. ⁠“가격시점”이란 제67조 제1항에 따른 보상액 산정(算定)의 기준이 되는 시점을 말한다.

  7. ⁠“사업인정”이란 공익사업을 토지 등을 수용하거나 사용할 사업으로 결정하는 것을 말한다.

○공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제4조【공익사업】

 이 법에 따라 토지 등을 취득하거나 사용할 수 있는 사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다.

  1. 국방ㆍ군사에 관한 사업

  2. 관계 법률에 따라 허가ㆍ인가ㆍ승인ㆍ지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 철도ㆍ도로ㆍ공항ㆍ항만ㆍ주차장ㆍ공영차고지ㆍ화물터미널ㆍ궤도(軌道)ㆍ하천ㆍ제방ㆍ댐ㆍ운하ㆍ수도ㆍ하수도ㆍ하수종말처리ㆍ폐수처리ㆍ사방(砂防)ㆍ방풍(防風)ㆍ방화(防火)ㆍ방조(防潮)ㆍ방수(防水)ㆍ저수지ㆍ용수로ㆍ배수로ㆍ석유비축ㆍ송유ㆍ폐기물처리ㆍ전기ㆍ전기통신ㆍ방송ㆍ가스 및 기상 관측에 관한 사업

  3. 국가나 지방자치단체가 설치하는 청사ㆍ공장ㆍ연구소ㆍ시험소ㆍ보건시설ㆍ문화시설ㆍ공원ㆍ수목원ㆍ광장ㆍ운동장ㆍ시장ㆍ묘지ㆍ화장장ㆍ도축장 또는 그 밖의 공공용 시설에 관한 사업

  4. 관계 법률에 따라 허가ㆍ인가ㆍ승인ㆍ지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 학교ㆍ도서관ㆍ박물관 및 미술관 건립에 관한 사업

  5. 국가, 지방자치단체, ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣ 제4조에 따른 공공기관, ｢지방공기업법｣에 따른 지방공기업 또는 국가나 지방자치단체가 지정한 자가 임대나 양도의 목적으로 시행하는 주택 건설 또는 택지 및 산업단지 조성에 관한 사업

  6. 제1호부터 제5호까지의 사업을 시행하기 위하여 필요한 통로, 교량, 전선로, 재료 적치장 또는 그 밖의 부속시설에 관한 사업

  7. 제1호부터 제5호까지의 사업을 시행하기 위하여 필요한 주택, 공장 등의 이주단지 조성에 관한 사업

  8. 그 밖에 별표에 규정된 법률에 따라 토지 등을 수용하거나 사용할 수 있는 사업

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 [별표] 그 밖에 별표에 규정된 법률에 따라 토지 등을 수용하거나 사용할 수 있는 사업(제4조 제8호 관련)

  1. 법 제20조에 따라 사업인정을 받아야 하는 공익사업

  2. 법 제20조에 따른 사업인정이 의제되는 사업

   (28) ｢도시개발법｣에 따른 도시개발사업

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제14조【토지조서 및 물건조서의 작성】

 ① 사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 제20조에 따른 사업인정 전에 협의에 의한 토지 등의 취득 또는 사용이 필요할 때에는 토지조서와 물건조서를 작성하여 서명 또는 날인을 하고 토지소유자와 관계인의 서명 또는 날인을 받아야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 이 경우 사업시행자는 해당 토지조서와 물건조서에 그 사유를 적어야 한다.

  1. 토지소유자 및 관계인이 정당한 사유 없이 서명 또는 날인을 거부하는 경우

  2. 토지소유자 및 관계인을 알 수 없거나 그 주소ㆍ거소를 알 수 없는 등의 사유로 서명 또는 날인을 받을 수 없는 경우

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제15조【보상계획의 열람 등】

 ① 사업시행자는 제14조에 따라 토지조서와 물건조서를 작성하였을 때에는 공익사업의 개요, 토지조서 및 물건조서의 내용과 보상의 시기ㆍ방법 및 절차 등이 포함된 보상계획을 전국을 보급지역으로 하는 일간신문에 공고하고, 토지소유자 및 관계인에게 각각 통지하여야 하며, 제2항 단서에 따라 열람을 의뢰하는 사업시행자를 제외하고는 특별자치도지사, 시장ㆍ군수 또는 구청장에게도 통지하여야 한다. 다만, 토지소유자와 관계인이 20인 이하인 경우에는 공고를 생략할 수 있다.

 ② 사업시행자는 제1항에 따른 공고나 통지를 하였을 때에는 그 내용을 14일 이상 일반인이 열람할 수 있도록 하여야 한다. 다만, 사업지역이 둘 이상의 시ㆍ군 또는 구에 걸쳐 있거나 사업시행자가 행정청이 아닌 경우에는 해당 특별자치도지사, 시장ㆍ군수 또는 구청장에게도 그 사본을 송부하여 열람을 의뢰하여야 한다.

 ③ 제1항에 따라 공고되거나 통지된 토지조서 및 물건조서의 내용에 대하여 이의(異議)가 있는 토지소유자 또는 관계인은 제2항에 따른 열람기간 이내에 사업시행자에게 서면으로 이의를 제기할 수 있다. 다만, 사업시행자가 고의 또는 과실로 토지소유자 또는 관계인에게 보상계획을 통지하지 아니한 경우 해당 토지소유자 또는 관계인은 제16조에 따른 협의가 완료되기 전까지 서면으로 이의를 제기할 수 있다.

 ④ 사업시행자는 해당 토지조서 및 물건조서에 제3항에 따라 제기된 이의를 부기(附記)하고 그 이의가 이유 있다고 인정할 때에는 적절한 조치를 하여야 한다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제16조【협의】

 사업시행자는 토지등에 대한 보상에 관하여 토지소유자 및 관계인과 성실하게 협의하여야 하며, 협의의 절차 및 방법 등 협의에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제17조【계약의 체결】

 사업시행자는 제16조에 따른 협의가 성립되었을 때에는 토지소유자 및 관계인과 계약을 체결하여야 한다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제19조【토지 등의 수용 또는 사용】

 ① 사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 필요하면 이 법에서 정하는 바에 따라 토지 등을 수용하거나 사용할 수 있다.

 ② 공익사업에 수용되거나 사용되고 있는 토지 등은 특별히 필요한 경우가 아니면 다른 공익사업을 위하여 수용하거나 사용할 수 없다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제20조【사업인정】

 ① 사업시행자는 제19조에 따라 토지 등을 수용하거나 사용하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 국토교통부장관의 사업인정을 받아야 한다.

 ② 제1항에 따른 사업인정을 신청하려는 자는 국토교통부령으로 정하는 수수료를 내야 한다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제21조【협의 및 의견청취 등】

 ① 국토교통부장관은 사업인정을 하려면 관계 중앙행정기관의 장 및 특별시장ㆍ광역시장ㆍ도지사ㆍ특별자치도지사(이하 ⁠“시ㆍ도지사”라 한다) 및 제49조에 따른 중앙토지수용위원회와 협의하여야 하며, 대통령령으로 정하는 바에 따라 미리 사업인정에 이해관계가 있는 자의 의견을 들어야 한다.

 ② 별표에 규정된 법률에 따라 사업인정이 있는 것으로 의제되는 공익사업의 허가ㆍ인가ㆍ승인권자 등은 사업인정이 의제되는 지구지정ㆍ사업계획승인 등을 하려는 경우 제1항에 따라 제49조에 따른 중앙토지수용위원회와 협의하여야 하며, 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업인정에 이해관계가 있는 자의 의견을 들어야 한다.

 ③ 제49조에 따른 중앙토지수용위원회는 제1항 또는 제2항에 따라 협의를 요청받은 경우 사업인정에 이해관계가 있는 자에 대한 의견 수렴 절차 이행 여부, 허가ㆍ인가ㆍ승인대상 사업의 공공성, 수용의 필요성, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 검토하여야 한다.

 ④ 제49조에 따른 중앙토지수용위원회는 제3항의 검토를 위하여 필요한 경우 관계 전문기관이나 전문가에게 현지조사를 의뢰하거나 그 의견을 들을 수 있고, 관계 행정기관의 장에게 관련 자료의 제출을 요청할 수 있다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제22조【사업인정의 고시】

 ① 국토교통부장관은 제20조에 따른 사업인정을 하였을 때에는 지체 없이 그 뜻을 사업시행자, 토지소유자 및 관계인, 관계 시․도지사에게 통지하고 사업시행자의 성명이나 명칭, 사업의 종류, 사업지역 및 수용하거나 사용할 토지의 세목을 관보에 고시하여야 한다.

 ② 제1항에 따라 사업인정의 사실을 통지받은 시․도지사(특별자치도지사는 제외한다)는 관계 시장․군수 및 구청장에게 이를 통지하여야 한다.

 ③ 사업인정은 제1항에 따라 고시한 날부터 그 효력이 발생한다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제23조【사업인정의 실효】

 ① 사업시행자가 제22조제1항에 따른 사업인정의 고시(이하 ⁠“사업인정고시”라 한다)가 된 날부터 1년 이내에 제28조 제1항에 따른 재결신청을 하지 아니한 경우에는 사업인정고시가 된 날부터 1년이 되는 날의 다음 날에 사업인정은 그 효력을 상실한다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제26조【협의 등 절차의 준용】

 ① 제20조에 따른 사업인정을 받은 사업시행자는 토지조서 및 물건조서의 작성, 보상계획의 공고ㆍ통지 및 열람, 보상액의 산정과 토지소유자 및 관계인과의 협의 절차를 거쳐야 한다. 이 경우 제14조부터 제16조까지 및 제68조를 준용한다.

 ② 사업인정 이전에 제14조부터 제16조까지 및 제68조에 따른 절차를 거쳤으나 협의가 성립되지 아니하고 제20조에 따른 사업인정을 받은 사업으로서 토지조서 및 물건조서의 내용에 변동이 없을 때에는 제1항에도 불구하고 제14조부터 제16조까지의 절차를 거치지 아니할 수 있다. 다만, 사업시행자나 토지소유자 및 관계인이 제16조에 따른 협의를 요구할 때에는 협의하여야 한다.

출처 : 국세청 2022. 06. 30. 사전-2020-법규재산-0360[법규과-1974] | 국세법령정보시스템