요지

연결납세방식 최초 적용에 따라 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에는 조세특례제한법 규정과 별개로 법인세법 규정에 따라 중소기업 유예규정 적용 가능함

회신

 ⁠「법인세법」제76조의8에 따른 연결납세방식을 적용하는 최초의 연결사업연도의 직전 사업연도 당시 중소기업에 해당하는 내국법인이 연결납세방식을 적용함에 따라 중소기업에 관한 규정을 적용받지 못하게 되는 경우에는 해당 내국법인이 연결납세방식 적용 전에 ｢조세특례제한법 시행령」제2조제2항에 따른 중소기업 유예규정을 적용받은 사실이 있는지 여부와 관계없이 ⁠「법인세법」 제76조의22에 따라 최초의 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 연결사업연도까지는 중소기업에 관한 규정을 적용하는 것임

1. 질의내용

○ 직전 사업연도 당시 중소기업 해당하는 내국법인이 조세특례제한법 규정에 따라 중소기업 유예기간을 적용받은 사실이 있는 경우 연결납세방식 최초 적용 사유로 법인세법 규정에 따라 유예기간을 재차 적용할 수 있는지 여부

2. 사실관계

 ○A법인은 2000년에 설립된 법인으로 2017년부터 갑법인의 완전자회사로 편입되었음

○ 갑법인은 2018 사업연도부터 완전자회사인 A법인과 연결납세방식을 적용하여 연결법인세를 신고․납부하였음

○ A법인은 2017 사업연도에는 조세특례제한법상 중소기업에 해당하였으나, 연결납세방식을 적용받게 되는 2018년부터 중견기업으로 신고하였음

 ○ A법인의 개업 이후 연도별 중소기업 여부는 다음과 같음

3. 관련법령

○ 법인세법 제76조의8【연결납세방식의 적용 등】

 ① 다른 내국법인을 완전 지배하는 내국법인[비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외하며, 이하 이 항에서 "완전모법인"(完全母法人)이라 한다]과 그 다른 내국법인[청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외한다. 이하 이 장에서 "완전자법인"(完全子法人)이라 한다]은 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전모법인의 납세지 관할지방국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있다. 이 경우 완전자법인이 둘 이상일 때에는 해당 법인 모두가 연결납세방식을 적용하여야 한다.

○ 법인세법 제76조의13【연결과세표준】

 ① 각 연결사업연도의 소득에 대한 과세표준은 각 연결사업연도 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 제3항제1호에 따른 연결소득 개별귀속액의 100분의 60(중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 연결법인의 경우는 100분의 100)을 한도로 한다.

  1. 각 연결사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 연결사업연도의 결손금(연결법인의 연결납세방식의 적용 전에 발생한 결손금을 포함한다)으로서 그 후의 각 연결사업연도(사업연도를 포함한다)의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액

  2. 이 법과 ⁠「조세특례제한법」에 따른 각 연결법인의 비과세소득의 합계액

  3. 이 법과 ⁠「조세특례제한법」에 따른 각 연결법인의 소득공제액의 합계액

○ 법인세법 제76조의15【연결산출세액】

 ① 각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세는 제76조의13에 따른 과세표준에 제55조제1항의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 이 장에서 "연결산출세액"이라 한다)으로 한다.

○ 법인세법 제76조의16【연결법인의 세액감면 및 세액공제 등】

 ① 연결산출세액에서 공제하는 연결법인의 감면세액과 세액공제액은 각 연결법인별로 계산한 감면세액과 세액공제액의 합계액으로 한다.

○ 법인세법 제76조의19【연결법인세액의 납부】

 ① 연결모법인은 연결산출세액에서 다음 각 호의 법인세액(가산세는 제외한다)을 공제한 금액을 각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세로서 제76조의17제1항의 신고기한까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.

  1. 해당 연결사업연도의 감면세액ㆍ세액공제액

  2. 제76조의18에 따른 해당 연결사업연도의 연결중간예납세액

  3. 제73조 및 제73조의2에 따라 해당 연결사업연도의 각 연결법인의 원천징수된 세액의 합계액

○ 법인세법 제76조의22【연결법인에 대한 중소기업 관련 규정의 적용】

 각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세액을 계산할 때 이 법 및 ⁠「조세특례제한법」의 중소기업에 관한 규정은 연결집단을 하나의 내국법인으로 보아 중소기업에 해당하는 경우에만 적용한다. 이 경우 연결납세방식을 적용하는 최초의 연결사업연도의 직전 사업연도 당시 중소기업에 해당하는 법인이 연결납세방식을 적용함에 따라 중소기업에 관한 규정을 적용받지 못하게 되는 경우에는 연결납세방식을 적용하는 최초의 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 연결사업연도까지는 중소기업에 관한 규정을 적용한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】

 ① 법 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

  1. 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규모 기준("평균매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

  2. 삭제

  3.실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, ⁠「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업"은 "매출액이 「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 아니하는 기업"으로 본다.

  4. 제29조제3항에 따른 소비성서비스업을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것

 ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 해당 사유가 발생한 날(제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업이 중소기업과 합병하는 경우에는 합병일로 한다)이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

  1.「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

  2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

  3.제1항제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우

  4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

출처 : 국세청 2020. 07. 17. 서면-2020-법령해석법인-2106[법령해석과-2256] | 국세법령정보시스템