요지

조정대상지역의 1주택(겸용주택)을 소유한 1세대가 해당 겸용주택의 취득일로부터 1년 이상이 지난 후에 조합원입주권을 승계취득하고, 그 취득한 날부터 3년 이내에 해당 겸용주택의 주택부분을 상가로 용도 변경하여 양도하는 경우 장기보유특별공제율 적용을 위한 보유기간 기산일은 해당 겸용주택의 취득일로 하는 것임

답변내용

위 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 조정대상지역의 1주택(겸용주택)을 소유한 1세대가 해당 겸용주택의 취득일로부터 1년 이상이 지난 후에 조합원입주권을 승계취득하고, 그 취득한 날부터 3년 이내에 해당 겸용주택의 주택부분을 상가로 용도 변경하여 양도하는 경우 ⁠「소득세법」 제95조 제2항 장기보유특별공제율 적용을 위한 보유기간 기산일은 해당 겸용주택의 취득일로 하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○’15.11.20. 갑(甲, 신청인)은 서울시 강남구 청담동 소재 토지, 건물을 배우자(을)와 공동명의로 매입

 ○ ’16.12.10. 상가주택 복합건물^＊(A건물)을 신축하여 사용승인 및 소유권보존등기 완료(갑, 을 각각 1/2지분)

    ＊ 상가 면적 168.81㎡, 주택 면적 61.29㎡

 ○ ’19.9.27.신청인 세대는 조합원입주권을 승계 취득함

 ○ ’20.12.31. 갑은 A건물의 4층과 5층을 단독주택에서 근린생활시설로 용도 변경함

 ○ ’21.2.23. 신청인 세대는 A건물을 양도함

    ※ 본건 A건물과 상기 조합원입주권 외의 다른 주택은 보유하지 않음

2. 질의내용

 ○서울 소재 1주택(겸용주택)을 소유한 1세대가 조합원입주권을 취득하고 그 취득일로부터 3년 이내에 ⁠‘주택’ 부분을 근린생활시설로 용도변경하여 양도한 경우

  - 용도변경한 건물의 양도소득에 대한 장기보유특별공제를 적용함에 있어 그 기산일이 기존건물의 취득일인지 또는 용도변경일인지 여부

3. 관련법령

 ○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

  ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

  ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣ 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

     표1

     표2

  ③ 제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

  ④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

  ⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

  ③ 제1항제10호에서 "미등기양도자산"이란 제94조제1항제1호 및 제2호에서 규정하는 자산을 취득한 자가 그 자산 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.

  ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

   1. ｢주택법｣ 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

   2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

   3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

   4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

 ○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

  ③ 법 제89조제1항제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.

 ○ 소득세법 시행령 제156조의2 【주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례】

  ② 법 제89조제2항 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우로서 제3항부터 제11항까지의 규정에 해당하는 경우를 말한다.

  ③ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후에 조합원입주권을 취득하고 그 조합원입주권을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 제154조제1항제1호, 제2호가목 및 제3호에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 조합원입주권을 취득하는 요건을 적용하지 아니한다.

 ○ 소득세법 시행령 167조의11 【1세대 2주택ㆍ조합원입주권 또는 분양권에서 제외되는 주택의 범위】

  ① 법 제104조제7항제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 장기임대주택 등"이란 국내에 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 소유하고 있는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다.

   1. 제156조의2제3항부터 제5항까지 또는 제156조의3제2항ㆍ제3항에 따라 1세대 1주택으로 보아 제154조제1항을 적용받는 주택으로서 양도소득세가 과세되는 주택

출처 : 국세청 2021. 12. 31. 사전-2021-법령해석재산-0333[법령해석과-4781] | 국세법령정보시스템