비영리법인의 민간위탁금 사업 부가가치세 면제 여부

요지

중소기업창업법에 따라 설립된 비영리법인이 그 고유목적사업을 위하여 중기부와 위·수탁협약을 체결하고 수탁받은 업무수행을 위해 민간위탁금 예산을 교부 받아 운영비 등으로 지출한 후 잔액을 반환하는 경우 부가가치세가 면제되는 것임

답변내용

｢중소기업창업 지원법｣ 제39조에 따라 설립된 비영리법인이 그 고유목적사업을 위하여 중소벤처기업부와 ｢벤처투자 촉진에 관한 법률｣에 따른 수탁사업에 대한 위·수탁협약을 체결하고 수탁받은 업무수행을 위해 민간위탁금 예산을 교부 받아 운영비 등으로 지출한 후 남은 금액을 반환하는 경우 ｢부가가치세법｣ 제26조제1항제18호 및 같은 법 시행령 제45조제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 것입니다.

 질의요지

 ○ ｢중소기업창업 지원법｣ 제39조에 따라 설립된 비영리법인이 중소기업벤처부에게 공급하는 법정위탁사업 관련 용역의 부가가치세 면제 여부

 사실관계

 ○ 신청법인은 ｢중소기업창업 지원법｣(이하 ⁠“중소기업창업법”) 제39조에 따라 설립된 비영리법인으로 중소벤처기업부(이하 ⁠“중기부”)로부터 창업 활성화 지원 등 위탁사업을 수탁받아 운영하고 있는데

  - ｢벤처투자 촉진에 관한 법률｣에 따른 위탁사업(이하 ⁠“본건사업”)은 ’22년 최초로 신규편성되었으며 사업기간은 1년으로 협약함

 ○ 본건사업에 소요되는 예산은 중기부의 민간위탁금 예산을 교부받아 사용하고 있고

  - 중기부로부터 별도의 수수료는 받지 않고 있으며 사업비 잔액이 발생 시 중기부로 반납을 하기로 하였음

 ○ 신청법인은 ’18년 기획재정부 장관이 지정하는 공익법인 지정기부금단체로 지정되었고, ’19년에는 기획재정부 장관의 지정에 따라 위탁집행형 준정부기관으로 지정되었음

 ○ 본건사업의 주요 내용은 다음과 같음

 관련 법령

○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】

 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

  1. 역무를 제공하는 것

  2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

  18. 종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 부가가치세법 시행령 제45조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

  법 제26조제1항제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.

  1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 ｢상속세 및 증여세법 시행령｣ 제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

○ 부가가치세법 시행규칙 제34조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

 ① 영 제45조제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 사업"이란 비영리법인의 사업으로서 종교, 자선, 학술, 구호, 사회복지, 교육, 문화, 예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제12조【공익법인등의 범위】

  법 제16조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업을 하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)를 말한다. 다만, 제9호를 적용할 때 설립일부터 1년 이내에 ｢법인세법 시행령｣ 제39조제1항제1호바목에 따른 공익법인등으로 고시된 경우에는 그 설립일부터 공익법인등에 해당하는 것으로 본다.

  9. ｢법인세법 시행령｣ 제39조제1항제1호 각 목에 따른 공익법인등 및 ｢소득세법 시행령｣ 제80조제1항제5호에 따른 공익단체가 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다.

○ 법인세법 시행령 제39조 【공익성을 고려하여 정하는 기부금의 범위 등】

 ① 법 제24조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

   1. 다음 각 목의 비영리법인(단체 및 비영리외국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 "공익법인등"이라 한다)에 대하여 해당 공익법인등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 바목에 따라 지정·고시된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 3년간(지정받은 기간이 끝난 후 2년 이내에 재지정되는 경우에는 재지정일이 속하는 사업연도의 1월 1일부터 6년간으로 한다. 이하 이 조에서 "지정기간"이라 한다) 지출하는 기부금으로 한정한다.

  바. ｢민법｣ 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인(이하 이 조에서 "｢민법｣상 비영리법인"이라 한다), 비영리외국법인, ｢협동조합 기본법｣ 제85조에 따라 설립된 사회적협동조합(이하 이 조에서 "사회적협동조합"이라 한다), ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣ 제4조에 따른 공공기관(같은 법 제5조제4항제1호에 따른 공기업은 제외한다. 이하 이 조에서 "공공기관"이라 한다) 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관 중 다음의 요건을 모두 충족한 것으로서 국세청장(주사무소 및 본점소재지 관할 세무서장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시한 법인. 이 경우 국세청장은 해당 법인의 신청을 받아 기획재정부장관에게 추천해야 한다.

   1) 다음의 구분에 따른 요건

    다) 공공기관 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관의 경우: 설립목적이 사회복지·자선·문화·예술·교육·학술·장학 등 공익목적 활동을 수행하는 것일 것

   2) 해산하는 경우 잔여재산을 국가·지방자치단체 또는 유사한 목적을 가진 다른 비영리법인에 귀속하도록 한다는 내용이 정관에 포함되어 있을 것

   3) 인터넷 홈페이지가 개설되어 있고, 인터넷 홈페이지를 통해 연간 기부금 모금액 및 활용실적을 공개한다는 내용이 정관에 포함되어 있으며, 법인의 공익위반 사항을 국민권익위원회, 국세청 또는 주무관청 등 공익위반사항을 관리·감독할 수 있는 기관(이하 ⁠“공익위반사항 관리·감독 기관”이라 한다) 중 1개 이상의 곳에 제보가 가능하도록 공익위반사항 관리·감독기관이 개설한 인터넷 홈페이지와 해당 법인이 개설한 홈페이지가 연결되어 있을 것

    4) 비영리법인으로 지정·고시된 날이 속하는 연도와 그 직전 연도에 해당 비영리법인의 명의 또는 그 대표자의 명의로 특정 정당 또는 특정인에 대한 ｢공직선거법｣ 제58조제1항에 따른 선거운동을 한 사실이 없을 것

    5) 제12항에 따라 지정이 취소된 경우에는 그 취소된 날로부터 3년, 제9항에 따라 추천을 받지 않은 경우에는 그 지정기간의 종료일로부터 3년이 지났을 것. 다만, 제5항제1호에 따른 의무를 위반한 사유만으로 지정이 취소되거나 추천을 받지 못한 경우에는 그렇지 않다.

○ 기획재정부 고시 제2022-8호, 2022.3.31.

  ｢법인세법 시행령｣ 제39조제1항제1호바목 및 같은 조 제14항에 따른 공익법인을 다음과 같이 지정하여 고시하며, ｢법인세법 시행령｣ 제39조제8항 및 제9항에 따라 국세청장이 지정취소 요청한 단체에 대해 같은 조 제12항에 따라 공익법인 지정을 취소하여 고시합니다.

2022.3.31. 현재

○ 중소기업창업 지원법 제39조【창업진흥원】

 ① 창업을 촉진하고 창업기업의 성장을 효율적으로 지원하기 위하여 창업진흥원(이하 ⁠“진흥원”이라 한다)을 설립한다.

 ② 진흥원은 법인으로 하며, 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

 ③ 제2항에 따른 주된 사무소의 소재지는 정관으로 정하며, 진흥원은 정관에서 정하는 바에 따라 필요한 곳에 지원 또는 지부, 그 밖의 사무소를 둘 수 있다.

 ④ 진흥원은 다음 각 호의 사업을 수행한다.

  1. 창업활성화를 위한 정책의 조사연구

  2. 창업자에 대한 자금(정책자금 융자 제외), 인력, 판로 및 입지 등에 과한 정보제공 및 지원

  3. 창업촉진을 위한 교육모델 개발 및 운영·보급

  4. 창업실태조사 및 분석

  5. 국제기구 및 외국과의 창업 관련 교류 및 협력

  6. 창업기업의 해외진출 지원 및 외국인의 국내창업 지원

  7. 우수 예비창업자의 발굴 및 지원

  8. 재창업자의 교육 및 지원

  9. 청년창업자 교육 및 사업화 지원

  10. 청소년 및 예비창업자 등에 대한 창업교육 등 기업가정신 제고

  11. 대학 및 연구기관 등의 창업촉진 활동 지원

  12. 창업분야 전문인력 육성 및 지원

  13. 창업저변 확대 및 창업문화 조성을 위한 지원

  14. 창업촉진을 위한 지원시설 등 창업기반조성 및 운영·지원

  15. 그 밖에 관계 중앙행정기관의 장이 위탁하는 사업

 ⑤ 중앙행정기관의 장 및 지방자치단체의 장은 제4항 각 호의 사업을 진흥원으로 하여금 수행하게 할 수 있고, 그에 드는 비용의 전부 또는 일부를 출연 또는 보조할 수 있다.

○ 중소기업창업 지원법 부칙

제1조(시행일)

  이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

제2조(창업진흥원 설립에 관한 경과조치)

 ① 이 법 시행 당시 ｢민법｣ 제32조에 따라 설립된 사단법인 창업진흥원(이하 ⁠“구법인”이라 한다)은 총회 의결로 이 법에 따라 설립되는 창업진흥원(이하 ⁠“신법인”이라 한다)이 그 모든 재산과 권리·의무를 승계하도록 중소벤처기업부장관에게 승인을 신청할 수 있다.

 ② 제1항에 따라 중소벤처기업부장관의 승인을 받은 구법인은 신법인의 설립과 동시에 ｢민법｣ 중 법인의 해산 및 청산에 관한 규정에도 불구하고 해산된 것으로 보며, 구법인에 속하였던 모든 소관업무, 권리·의무 및 재산은 신법인이 승계한다.

 ④ 신법인 설립 당시 등기부나 그 밖의 공부(公簿)에 표시된 구법인의 명의는 신법인의 명의로 본다.

 ⑥ 신법인의 설립 당시 구법인에 대하여 기획재정부장관이 ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣에 따라 공공기관으로 지정한 것은 신법인에 대하여 지정한 것으로 본다.

○ 민법 제32조【비영리법인의 설립과 허가】

  학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.

○공공기관의 운영에 관한 법률 제4조 【공공기관】

 ① 기획재정부장관은 국가ㆍ지방자치단체가 아닌 법인ㆍ단체 또는 기관(이하 "기관"이라 한다)으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관을 공공기관으로 지정할 수 있다.

   1. 다른 법률에 따라 직접 설립되고 정부가 출연한 기관

○공공기관의 운영에 관한 법률 제5조 【공공기관의 구분】

 ④ 기획재정부장관은 제1항 및 제3항의 규정에 따른 공기업과 준정부기관을 다음 각 호의 구분에 따라 세분하여 지정한다.

  2. 준정부기관

   가. 기금관리형 준정부기관: ｢국가재정법｣에 따라 기금을 관리하거나 기금의 관리를 위탁받은 준정부기관

   나. 위탁집행형 준정부기관: 기금관리형 준정부기관이 아닌 준정부기관

○ 벤처투자 촉진에 관한 법률 제2조 【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  2. ⁠“벤처투자”란 창업자, 중소기업, 벤처기업 또는 그 밖에 중소벤처기업부장관이 정하여 고시하는 자에게 투자하는 것을 말한다.

  9. ⁠“창업기획자”(엑셀러레이터)란 초기창업자에 대한 전문보육 및 투자를 주된 업무로 하는 자로서 제24조에 따라 등록한 법인 또는 비영리법인을 말한다.

○ 벤처투자 촉진에 관한 법률 제24조 【창업기획자의 등록】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자로서 이 법의 적용을 받으려는 자는 중소벤처기업부장관에게 창업기획자로 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 법인명과 소재지 등 중소벤처기업부령으로 정하는 중요한 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

○ 벤처투자 촉진에 관한 법률 제76조 【권한의 위임·위탁 등】

 ② 이 법에 따른 중소기업벤처기업부장관은 업무의 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 한국벤처투자 또는 벤처투자 관련 기관·단체에 위탁할 수 있다.

○ 벤처투자 촉진에 관한 법률 시행령 제48조 【권한의 위탁 등】

 ② 중소기업벤처기업부장관은 법 제76조제2항에 따라 다음 각 호의 업무를 ｢중소기업창업 지원법｣ 제39조에 따른 창업진흥원에 위탁한다.

  1. 법 제24조제1항에 따른 창업기획자의 등록·변경등록의 접수 및 확인에 관한 업무

  2. 법 제25조 및 제26조에 따른 창업기획자의 전문 보육 및 투자활성화를 위한 업무

  3. 법 제29조제2항에 따른 창업기획자의 경영실태 조사에 관한 업무

  4. 법 제31조에 따른 창업기획자의 결산서 접수 및 확인에 관한 업무

  5. 법 제32조제1항에 따른 창업기획자의 공시 운영에 관한 업무

  6. 법 제72조제1항에 따른 창업기획자의 투자실적 및 업무 운용상황 등에 관한 보고의 접수 및 확인에 관한 업무

출처 : 국세청 2022. 06. 20. 사전-2022-법규부가-0568[법규과-1834] | 국세법령정보시스템