요지

2003.1.1.이후 2003.6.30.이전에 사용 승인을 받은 경우 고가주택에 해당하지 않는
경우에는 신축주택 감면대상에 해당하는 것임

회신

1.거주자가 서울․과천․5대신도시지역에 신축한 주택으로서 2002.12.31. 이전에 당해 신축 주택에 대한 공사에 착수하여 2003. 1. 1.이후 2003. 6.30. 이전에 사용승인을 받은 경우로서 고가주택에 해당되지 아니한 경우에는 감면대상 신축주택에 해당되는 것입니다.

2.승계조합원이 재개발·재건축으로 취득한 신축주택을 취득일로부터 5년 경과 후 양도하는 경우「조세특례제한법 시행령」제99조제1항제2호의 감면소득금액 계산식상 분모의 양도당시 기준시가에서 차감하는 기준시가는 ⁠「기획재정부 재산세제과-702, 2018.8.23.」을 참조하시기 바랍니다.

※ 기획재정부 재산세제과-702, 2018.8.23.
【질의】승계조합원이 재개발ㆍ재건축으로 취득한 신축주택을 취득일부터 5년 경과 후 양도하는 경우 ⁠「조세특례제한법 시행령」 제99조 제1항 제2호의 감면소득금액 계산식상 분모의 양도 당시 기준시가에서 차감하는 기준시가
신축주택 취득 당시 기준시가
입주권 취득 당시 기준시가.
【회신】제1안이 타당함

※ 관련참고자료

1. 사실관계

- 2001. 5. 25. 甲은 서울 서초동 소재 재건축^* 조합원입주권 승계 취득

* 2000.3.15. 사업계획 승인

- 2001. 5. 28. A 토지 지분을 재건축 조합에 신탁 등기

- 2003. 5. 10. 재건축 완료로 A‘ 아파트 사용 승인

- 2003. 6. 30. A‘ 소유권 보존 등기

- 2019. 00월 A‘ 아파트 양도 예정

2. 질의내용

○ A‘ 아파트가 ⁠「조세특례제한법」제99조의3 적용대상인지 여부 및 감면세액 계산시 취득당시 기준시가 적용 방법

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼며, 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 「소득세법」 제89조제1항제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

 2. 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따라 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액의 계산 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법시행령 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제99조의3제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조에 따라 택지개발지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3제1항에 따른 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액(이하 이 조에서 "감면대상 양도소득금액"이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전인 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

 1. 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 「소득세법」 제95조제1항에 따라 계산한다. 다만, 재개발ㆍ재건축되기 이전의 주택(이하 이 조에서 "종전주택"이라 한다)을 재개발ㆍ재건축하여 취득한 법 제98조의3제2항 각 호에 따른 신축주택인 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

 2. 취득일부터 5년 후에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의3제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

 1. ⁠「주택법」에 의한 주택조합 또는 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 "주택조합등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의3제1항제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

 2. 조합원(「도시 및 주거환경정비법」 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 「주택법」 제15조에 따른 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

④ 법 제99조의3제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택"이란 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.

⑤ 법 제99조의3제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 조합원"이란 ⁠「도시 및 주거환경정비법」 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 「주택법」 제15조에 따른 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.

⑥ 제99조제4항의 규정은 법 제99조의3제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다.

나. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 사전-2017-법령해석재산-0879, 2018.08.27.

[ 요 지 ]

승계조합원이 재개발ㆍ재건축으로 취득한 신축주택을 취득일부터 5년 경과 후 양도하는 경우 「조세특례제한법 시행령」 제99조 제1항 제2호의 감면소득금액 계산식상 분모의 양도 당시 기준시가에서 차감하는 기준시가는 신축주택 취득 당시 기준시가임

○ 기획재정부 재산세제과-702, 2018.08.23.

【질의】승계조합원이 재개발ㆍ재건축으로 취득한 신축주택을 취득일부터 5년 경과 후 양도하는 경우 「조세특례제한법 시행령」 제99조 제1항 제2호의 감면소득금액 계산식상 분모의 양도 당시 기준시가에서 차감하는 기준시가

신축주택 취득 당시 기준시가

입주권 취득 당시 기준시가.

【회신】제1안이 타당함

○ 서면-2017-부동산-0805, 2017.08.28.

[ 요 지 ]

거주자가 서울․과천․5대신도시 지역에 신축한 주택으로서 2002.12.31. 이전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003. 1. 1.이후 2003. 6.30. 이전에 사용승인을 받은 경우로서 고가주택에 해당되지 아니한 경우에는 감면대상 신축주택에 해당됨

○ 부동산거래관리과-906, 2010.07.09.

[ 요 지 ]

2001.12.31. 이전에 조합원의 지위를 승계취득한 경우에도 신축주택취득자(1998.5.22～1999.6.30)의 양도소득세 감면을 적용받을 수 있음

○ 서면법규과-448, 2013.07.09.

[요 지]

｢조세특례제한법｣(2001. 12.29. 법률 제6538호로 개정되기 이전의 것)제99조의3의 규정에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 적용함에 있어, 같은 법 시행령 제99조의3이 대통령령17458호(2001.12.31.)로 개정되기 이전에 조합원의 자격을 승계 취득한 조합원의 감면대상 소득금액을 같은 법 시행령(2001.12.31. 대통령령17458호로 개정되기 이전의 것) 제40조 제1항의 계산식에 의하여 계산할 경우 분모의 ⁠‘취득당시의 기준시가’는 감면대상 신축주택의 ｢소득세법｣ 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제4호에 따른 취득 당시의 기준시가를 적용하는 것입니다.

○ 서면인터넷방문상담4팀-180, 2007.01.15.

[회 신]

｢조세특례제한법｣ 제99조의 3의 규정에 의한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용함에 있어서 자기가 건설한 신축주택(｢주택법｣에 의한 주택조합 또는 ｢도시 및 주거환경정비법｣에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함)의 경우 당해 거주자가 신축주택취득기간(2001.5.23.부터 2003.6.30.까지) 중에 신축주택의 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함)를 받은 경우에 당해특례규정을 적용 받을 수 있는 것입니다.

위 경우 ⁠“조합원”이라 함은 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 ｢주택법｣ 제16조(구 ｢주택건설촉진법｣ 제33조)의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말하는 것이나, 승계조합원의 경우는 2001.12.31.이전에 조합원의 자격을 취득한 자에 한하는 것입니다.

출처 : 국세청 2019. 12. 11. 서면-2019-부동산-4329[부동산납세과-1292] | 국세법령정보시스템