요지

내국법인이 2020.12.31.이전 투자를 개시하고 해당 투자분에 대하여 투자한 과세연도별로 중소기업투자세액공제, 특정시설투자세액공제를 적용하여 공제받은 경우에는 이를 취소하고 통합투자세액공제를 적용할 수 없는 것임

회신

｢조세특례제한법｣ 제24조(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정된 것)의 규정을 적용함에 있어 내국법인이 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도 전에 투자를 개시하고 해당 투자분에 대하여 투자한 과세연도별로 ｢조세특례제한법｣ 제5조 및 제25조(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것)를 적용하여 공제받은 경우에는 ｢조세특례제한법｣(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정된 것) 부칙 제4조 제2항에서 규정하는 요건을 충족하지 못하므로 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도 전에 투자한 분에 대하여는 ｢조세특례제한법｣ 제24조의 통합투자세액공제를 적용할 수 없는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 중소기업인 질의법인은 ’19사업연도 법인세 신고 시 기계장치 투자금액에 대하여 중소기업투자세액공제, 특정시설투자세액공제(생산성향상시설투자세액공제)를 적용함

2. 질의내용

 ○ ’19사업연도 투자금액에 대하여 진행기준으로 적용받은 중소기업투자세액공제, 생산성향상시설투자세액공제를 수정신고를 통해 취소하고, ’20사업연도에 투자완료기준으로 통합투자세액공제를 적용할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○조세특례제한법 제24조【통합투자세액공제】

① 대통령령으로 정하는 내국인이 제1호 가목 또는 나목에 해당하는 자산에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 해당 투자가 이루어지는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

 1. 공제대상 자산

   가. 기계장치 등 사업용 유형자산. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.

   나. 가목에 해당하지 아니하는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산

  2. 공제금액

   가. 기본공제 금액: 해당 과세연도에 투자한 금액의 100분의 1(중견기업은 100분의 5, 중소기업은 100분의 10)에 상당하는 금액. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음의 구분에 따른 금액으로 한다.

    1) 신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설(이하 이 조에서 "신성장사업화시설"이라 한다)에 투자하는 경우: 100분의 3(중견기업은 100분의 6, 중소기업은 100분의 12)에 상당하는 금액

    2) 국가전략기술의 사업화를 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설(이하 이 조에서 "국가전략기술사업화시설"이라 한다)에 2024년 12월 31일까지 투자하는 경우: 100분의 15(중소기업은 100분의 25)에 상당하는 금액

   나. 추가공제 금액: 해당 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 직전 3년간 연평균 투자 또는 취득금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액의 100분의 3(국가전략기술사업화시설의 경우에는 100분의 4)에 상당하는 금액. 다만, 추가공제 금액이 기본공제 금액을 초과하는 경우에는 기본공제 금액의 2배를 그 한도로 한다.

  3. 임시 투자 세액공제금액

   가. 기본공제 금액: 2023년 12월 31일이 속하는 과세연도에 투자한 금액의 100분의 3(중견기업은 100분의 7, 중소기업은 100분의 12)에 상당하는 금액. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음의 구분에 따른 금액으로 한다.

    1) 신성장사업화시설에 투자하는 경우: 100분의 6(중견기업은 100분의 10, 중소기업은 100분의 18)에 상당하는 금액

    2) 국가전략기술사업화시설에 투자하는 경우: 제2호가목2)에 따른 금액

   나. 추가공제 금액: 2023년 12월 31일이 속하는 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 직전 3년간 연평균 투자 또는 취득금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액의 100분의 10에 상당하는 금액. 다만, 추가공제 금액이 기본공제 금액을 초과하는 경우에는 기본공제 금액의 2배를 그 한도로 한다.

② 제1항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항을 적용한다.

 ③ 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 투자완료일부터 5년 이내의 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 내에 그 자산을 다른 목적으로 전용하는 경우에는 공제받은 세액공제액 상당액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 해당 세액은 「소득세법」 제76조 또는 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

(이하 생략)

○조세특례제한법 부칙 제4조(통합투자세액공제에 관한 적용례 등) [2020.12.29.-17759호]

① 제24조의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.

 ② 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 제24조제1항의 개정규정에 따른 내국인이 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 투자하는 경우에는 제24조 제2항의 개정규정에도 불구하고 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도에 모든 투자가 이루어진 것으로 본다.

 1. 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도 전에 투자를 개시하였을 것

 2. 종전의 제5조, 제25조, 제25조의4 및 제25조의7에 따른 공제를 받지 아니하였을 것

○조세특례제한법 부칙 제36조(특정시설투자세액공제 등에 관한 특례 등) [2020.12.29.-17759호]

① 제24조제1항의 개정규정에 따른 내국인이 2021년 12월 31일까지(종전의 제25조의7에 따른 투자는 2020년 12월 31일까지) 투자를 완료하는 경우에는 종전의 제5조, 제25조, 제25조의4, 제25조의5 및 제25조의7(이하 이 조에서 "종전세액공제규정"이라 한다)을 적용받을 수 있다. 이 경우 종전세액공제규정을 적용받는 제24조제1항의 개정규정에 따른 내국인은 다른 공제대상 자산에 대하여 제24조의 개정규정을 적용받을 수 없다.

○조세특례제한법 제25조【특정 시설 투자 등에 대한 세액공제】[2020.12.29.-17759호 개정 전의 것]

① 내국인이 제1호부터 제3호까지, 제5호 및 제6호에 해당하는 시설에 2021년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하거나 제4호에 해당하는 시설을 2021년 12월 31일까지 취득(신축, 증축, 개축 또는 구입을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2항에 따라 계산한 금액에 상당하는 세액을 투자를 완료한 날 또는 취득일이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

 1. 대통령령으로 정하는 연구시험용 시설 및 직업훈련용 시설

 6. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 생산성향상시설

   가. 대통령령으로 정하는 공정(工程) 개선 및 자동화 시설

   나. 대통령령으로 정하는 첨단기술시설

   다. 자재조달ㆍ생산계획ㆍ재고관리 등 공급망을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신시설, 그 밖의 유형ㆍ무형의 시설로서 감가상각기간이 2년 이상인 시설

 ② 제1항에 따라 공제할 금액은 제1항 각 호의 시설에 대한 투자금액 또는 취득금액(해당 시설에 딸린 토지의 매입대금은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 다음 표에 따른 공제율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 제1항제6호의 시설에 2020년 1월 1일부터 2020년 12월 31일까지(중견기업 및 중소기업의 경우에는 2020년 1월 1일부터 2021년 12월 31일까지) 투자하는 경우에 대한 제1항에 따라 공제할 금액은 그 투자금액에 100분의 2(중견기업의 경우에는 100분의 5, 중소기업의 경우에는 100분의 10)를 곱한 금액으로 한다.

 ③ 제1항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항을 적용받을 수 있다.

○조세특례제한법 제5조【중소기업 등 투자 세액공제】[2020.12.29.-17759호 개정 전의 것]

① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 항, 제2항, 제4항, 제8조의3제3항, 제25조 및 제118조제1항제22호에서 "중견기업"이라 한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산에 2021년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3(중견기업이 ⁠「수도권정비계획법」 제6조제1항제2호의 성장관리권역 또는 같은 항 제3호의 자연보전권역 내에 투자하는 경우에는 100분의 1, 수도권 밖의 지역에 투자하는 경우에는 100분의 2)에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세[사업소득(「소득세법」 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득은 포함하지 아니한다. 제122조의3, 제126조의2, 제126조의6 및 제132조를 제외하고 이하에서 같다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.

 1. 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산(이하 "사업용자산"이라 한다)

 2. ⁠「유통산업발전법」에 따른 판매시점 정보관리 시스템설비(이하 "판매시점 정보관리 시스템설비"라 한다)

 3. ⁠「국가정보화 기본법」 제3조제6호에 따른 정보보호시스템에 사용되는 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 "정보보호 시스템설비"라 한다)

 ② 중견기업의 경우 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

 ③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 2015년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장에 최초로 상장한 중소기업과 대통령령으로 정하는 중견기업이 상장일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 투자하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 4에 상당하는 금액을 공제한다.

 ④ 제1항 및 제3항에도 불구하고 중소기업 및 중견기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산에 2021년 12월 31일까지 투자하는 경우에는 해당 투자금액에 다음 각 호의 구분에 따른 공제율을 곱한 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

 1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역(이하 "위기지역"이라 한다)에서 투자(위기지역으로 지정 또는 선포된 기간이 속하는 과세연도에 투자하는 경우로 한정한다)하는 경우: 100분의 10(중견기업의 경우에는 100분의 5)

   가. 「고용정책 기본법」 제32조제1항에 따라 지원할 수 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역

   나. 「고용정책 기본법」 제32조의2제2항에 따라 선포된 고용재난지역

   다. 「국가균형발전 특별법」 제17조제2항에 따라 지정된 산업위기대응특별지역

 2. 「국가균형발전 특별법」 제11조의2제4항에 따라 선정된 상생형지역일자리에 참여하면서 투자(상생형지역일자리로 선정된 기간이 속하는 과세연도에 투자하는 경우로 한정한다)하는 경우: 100분의 10(중견기업의 경우에는 100분의 5)

 3. 「규제자유특구 및 지역특화발전특구에 관한 규제특례법」 제2조제15호에 따른 규제자유특구사업자로서 같은 법 제75조제3항에 따라 지정된 규제자유특구에서 투자(규제자유특구로 지정된 기간이 속하는 과세연도에 투자하는 경우로 한정한다)하는 경우: 100분의 5(중견기업의 경우에는 100분의 3)

 ⑤ 제1항 또는 제4항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항 또는 제4항을 적용받을 수 있다.

○국세기본법 제45조【수정신고】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(「소득세법」 제73조제1항제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다) 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

 1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때

 2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때

 3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 이 장에서 "감면대상사업"이라 한다)을 하기 위한 투자로서 업종, 투자금액 및 고용인원이 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 경우에는 제2항부터 제8항까지의 규정에 따라 법인세 또는 소득세를 감면한다.

출처 : 국세청 2023. 06. 22. 서면-2023-법인-1189[법인세과-990] | 국세법령정보시스템