요지

중소기업이 10년 이상 제조업을 영위하다 기존 공장을 매각하고 같은 지역 내에서 공장을 이전한 경우 조세특례제한법 제85조의8에 따른 중소기업의 공장이전에 대한 과세특례 적용 가능

회신

｢조세특례제한법｣ 제85조의8 제1항을 적용함에 있어서 10년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하던 중소기업이 수도권과밀억제권역 ⁠(｢산업입지 및 개발에 관한 법률｣에 따라 지정된 산업단지는 제외) 외의 지역으로 공장을 이전하기 위하여 해당 공장의 대지와 건물을 2020년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 기존공장 소재지에 관계없이 ｢조세특례제한법｣ 제85조의8에 따라 중소기업의 공장이전에 대한 과세특례를 적용할 수 있는 것임

1. 사실관계

○질의법인은 부산시 00구에서 2003년부터 제조업을 영위하는 중소기업임

○ 15년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하던 중 2018.11.10. 종전 제조공장의 토지와 건물을 매각하고, 동일지역 내에 토지를 매입하여 건물을 신축한 후 2018.12.12. 신규 공장으로 이전함

2. 질의내용

○ 중소기업이 10년 이상 제조업을 영위하다 기존 공장을 매각하고 같은 지역 내에서 공장을 이전한 경우 ｢조세특례제한법｣ 제85조의8에 따라 중소기업의 공장이전에 대한 과세특례 적용 가능 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제85조의8 【중소기업의 공장이전에 대한 과세특례】

① 10년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업이 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역으로 공장을 이전하거나 ⁠「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지에서 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업이 동일한 산업단지 내 다른 공장으로 이전하는 경우 해당 공장의 대지와 건물을 2020년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호의 방법에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 양도소득세를 분할납부할 수 있다.

1. 내국법인: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니하는 방법. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도가 끝나는 날 이후 2년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 2개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다.

2. 거주자: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세를 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한까지 납부하여야 할 양도소득세로 보지 아니하는 방법. 이 경우 해당 세액은 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한이 끝나는 날 이후 2년이 되는 날부터 2년의 기간 동안 균분한 금액 이상을 납부하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제79조의9【중소기업의 공장이전에 대한 과세특례 】

① 법 제85조의8제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 수도권과밀억제권역(「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지는 제외한다)을 말한다.

② 법 제85조의8제1항제1호 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 이전하기 직전 지역에 소재하는 공장(이하 이 조에서 "기존공장"이라 한다)의 양도가액에서 장부가액과 직전 사업연도종료일 현재 「법인세법」 제13조제1항제1호에 따른 이월결손금의 합계액을 뺀 금액

2. 기존공장의 양도가액 중 새로운 공장(이하 이 조에서 "신규공장"이라 한다)의 취득(공장을 준공하여 취득하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)

④ 제2항 및 제3항을 적용할 때 기존공장의 양도일이 속하는 과세연도 종료일까지 신규공장을 취득하지 아니한 경우 신규공장의 취득가액은 이전(예정)명세서상의 예정가액으로 한다.

⑤ 법 제85조의8제1항이 적용되는 공장이전은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 다만, 기존공장 또는 신규공장의 대지가 기획재정부령으로 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 경우 그 초과하는 부분에 대해서는 법 제85조의8제1항을 적용하지 아니한다.

1. 신규공장을 취득하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 기존 공장을 양도하는 경우

2. 기존공장을 양도한 날부터 3년(공사의 허가 또는 인가의 지연 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유가 있으면 6년) 이내에 신규공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우

⑥ 법 제85조의8제2항 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 말한다.

1. 법 제85조의8제1항제1호에 따라 양도차익을 익금에 산입하지 아니한 경우에는 익금에 산입하지 아니한 금액 전액

2. 법 제85조의8제1항제2호에 따라 분할납부를 적용받은 경우에는 분할납부할 세액 전액

⑦ 법 제85조의8제1항을 적용할 때 제4항에 따른 취득 예정가액에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 분할납부를 적용받은 때에는 실제 취득가액을 기준으로 제2항 및 제3항에 따라 계산한 금액을 초과하여 적용받은 금액을 신규 공장을 취득하여 사업을 개시한 날이 속하는 과세연도의 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 할 금액에 대하여는 법 제33조제3항 후단을 준용한다.

4. 관련사례

○법인세과-1324, 2009.11.27.

  ｢조세특례제한법｣ 제85조의8에 따른 중소기업의 공장이전에 대한 과세특례는 기존공장의 소재지가 수도권과밀억제권역내외 여부와 관계없이 적용받을 수 있는 것이며, ⁠‘10년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위한 중소기업’의 사업기간에는 ｢조세특례제한법｣ 제32조 규정에 의해 법인으로 전환한 개인사업자의 사업기간도 포함하는 것임

○법인세과-324, 2010.4.1.

 「조세특례제한법」 제85조의8 제1항을 적용함에 있어서 10년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업이 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 수도권과밀억제권역 외의 지역으로 공장을 이전하기 위하여 해당 공장의 대지와 건물을 2011년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 ⁠“중소기업의 공장이전에 대한 과세특례”를 적용받을 수 있는 것임

○법규법인2012-69, 2012.3.8.

  10년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하던 중소기업이 수도권과밀억제권역(「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지는 제외) 외의 지역으로 공장을 이전하고, 신규공장을 취득하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 기존 공장을 양도하는 경우에는 기존공장 소재지의 수도권과밀억제권역 내ㆍ외 여부에 관계없이 「조세특례제한법」 제85조의8에 따라 중소기업의 공장이전에 대한 과세특례를 적용할 수 있는 것임.

출처 : 국세청 2019. 06. 05. 서면-2019-법인-0092[법인세과-1368] | 국세법령정보시스템