요지

합병․피합병법인 주식 모두를 보유한 주주가 합병등기일이 속하는 연도에 합병법인의 주식을 양도하는 경우, 시가총액 기준 대주주 해당여부는 합병구주 및 합병신주 각각을 기준으로 판정하는 것임

회신

귀 서면질의의 경우, 유가증권시장 상장법인(A사)이 코스닥시장 상장법인(B사)을 흡수합병하는 경우로서, 합병 전 양사(A사, B사)의 주식을 모두 보유한 주주가 합병 후 합병등기일이 속하는 사업연도에 합병법인의 주식을 양도시 시가총액을 기준으로 대주주의 범위를 판단하는 경우, 합병법인의 구주는「소득세법 시행령」제157조제4항제2호에 따라 직전사업연도말 합병법인의 보유주식 시가총액을 기준으로, 합병으로 교부받은 합병신주는 같은 조 제8항에 따라 합병등기일의 피합병법인의 보유주식 시가총액을 기준으로 각각 대주주해당 여부를 판정하는 것입니다.

1. 사실관계

○A사는 유가증권시장 상장법인, B사는 코스닥시장 상장법인으로,

○A사를 합병 후 존속회사(이하 ⁠“합병법인”)로, B사를 합병 후 소멸회사(이하 ⁠“피합병법인”)로 하는 내용의 흡수합병 계약을 체결하고 합병등기 예정으로 합병절차를 진행 중에 있음

○A사의 소액주주 중에는 B사의 주식을 함께 보유하고 있는 소액 주주가 존재함

2. 질의내용

○합병 전 합병법인과 피합병법인의 주식을 모두 보유한 주주가 합병에 따라 피합병법인의 주식을 반납하고 합병법인의 신주를 교부받아 그 주식을 합병등기일이 속하는 사업연도에 양도하는 경우, 양도소득세 과세대상이 되는 시가총액 기준 대주주 판단 방법

3. 관련법령

□ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

 1. ~ 2. ⁠(생략)

 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

  가. 주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등

 1) 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등

2) 1)에 따른 대주주에 해당하지 아니하는 자가 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 주식등. 다만, 「상법」 제360조의2 및 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 교환ㆍ이전 또는 같은 법 제360조의5 및 제360조의22에 따른 주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 주식매수청구권 행사로 양도하는 주식등은 제외한다.

 나. 주권비상장법인의 주식등. 다만, 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권비상장법인의 대주주에 해당하지 아니하는 자가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제283조에 따라 설립된 한국금융투자협회가 행하는 같은 법 제286조제1항제5호에 따른 장외매매거래에 의하여 양도하는 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업의 주식등은 제외한다.

□ 소득세법 시행령 제157조 【주권상장법인대주주의 범위 등】

④ 법 제94조제1항제3호가목1)에서 "대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장 및 제225조의2에서 "주권상장법인대주주"라 한다)를 말한다.

 1. 주식등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일(주식등의 양도일이 속하는 사업연도에 새로 설립된 법인의 경우에는 해당 법인의 설립등기일로 한다. 이하 이 조 및 제167조의8에서 같다) 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이 장에서 "소유주식의 비율"이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인. 다만, 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 그와 「법인세법 시행령」 제43조제8항제1호에 따른 특수관계에 있는 자(같은 호를 적용할 때 친족은 이 호 가목부터 마목까지의 어느 하나에 해당하는 사람으로 한정하며, 이하 이 조에서“주주 1인등”이라 한다)의 소유주식의 비율 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우로서 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자(이하 이 장에서 "주권상장법인기타주주"라 한다)의 소유주식의 비율 합계가 100분의 1 이상인 경우에는 해당 주주 1인 및 주권상장법인기타주주를 말한다.

  가. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 사람을 포함한다)

  나. 4촌 이내의 혈족

  다. 3촌 이내의 인척

  라. 친생자로서 다른 사람에게 친양자로 입양된 사람 및 그 배우자ㆍ직계비속

  마. 주주 1인이 ⁠「민법」에 따라 인지한 혼인 외 출생자의 생부나 생모

  바. 「국세기본법 시행령」 제1조의2제3항제1호에 해당하는 자(같은 호를 적용할 때 친족관계에 있는 자 또는 친족은 이 호 가목부터 마목까지의 어느 하나에 해당하는 사람으로 한정한다)

 2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인이 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 10억원 이상인 경우의 해당 주주 1인. 다만, 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인등의 소유주식의 비율 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우로서 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 주권상장법인기타주주가 소유하고 있는 주식등의 시가총액이 10억원 이상인 경우에는 해당 주주 1인 및 주권상장법인기타주주를 말한다.

⑤ 제4항제1호 및 제2호에도 불구하고 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인의 소유주식의 비율 또는 주주 1인이 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 해당하는 경우에는 해당 주주 1인을 대주주로 본다. 다만, 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인등의 소유주식의 비율 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우로서 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 주권상장법인기타주주의 소유주식의 비율 합계 또는 주주 1인 및 주권상장법인기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 해당하는 경우에는 해당 주주 1인 및 주권상장법인기타주주를 대주주로 본다.

 1. 코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등의 경우: 소유주식의 비율(이 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우에는 소유주식의 비율 합계를 말한다)이 100분의 2 이상이거나 시가총액이 10억원 이상인 경우

 2. 코넥스시장상장법인[「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제11조제2항에 따른 코넥스시장(이하 "코넥스시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등의 경우: 소유주식의 비율(이 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우에는 소유주식의 비율 합계를 말한다)이 100분의 4 이상이거나 시가총액이 10억원 이상인 경우

⑥ 법 제94조제1항제3호나목 단서에서 "대통령령으로 정하는 주권비상장법인의 대주주"란 제167조의8제1항제2호에도 불구하고 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 호의 구분에 따른 관계에 있는 자(이하 이 장에서 "주권비상장법인기타주주"라 한다)의 소유주식의 비율 합계 또는 주주 1인 및 주권비상장법인기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 제5항제2호의 기준에 해당하는 경우의 해당 주주 1인 및 주권비상장법인기타주주를 말한다.

 1. 주주 1인등의 소유주식의 비율 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우: 제4항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

 2. 주주 1인등의 소유주식의 비율 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대가 아닌 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

  가. 직계존비속

  나. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 사람을 포함한다)

  다. 제4항제1호바목에 해당하는 자

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정에 따른 시가총액을 계산할 때 시가는 다음 각 호의 금액에 따른다.

 1. 주권상장법인의 주식등의 경우에는 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액. 다만, 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액이 없는 경우에는 직전거래일의 최종시세가액에 따른다.

 2. 제1호 외의 주식등의 경우에는 제165조제4항에 따른 평가액

⑧ 제4항부터 제7항까지의 규정을 적용할 때 피합병법인의 주주가 합병에 따라 합병법인의 신주를 교부받아 그 주식을 합병등기일이 속하는 사업연도에 양도하는 경우 대주주의 범위 등에 관하여는 해당 피합병법인의 합병등기일 현재 주식보유 현황에 따른다.

⑨ 제4항부터 제7항까지의 규정을 적용할 때 분할법인의 주주가 분할에 따라 분할신설법인의 신주를 교부받아 그 주식을 설립등기일이 속하는 사업연도에 양도하거나 분할법인의 주식을 분할등기일이 속하는 사업연도에 분할등기일 이후 양도하는 경우 대주주의 범위 등에 관하여는 해당 분할 전 법인의 분할등기일 현재의 주식보유 현황에 따른다.

   (… 중략 …)

⑫ 제4항제1호, 제5항 및 제6항에도 불구하고 소유주식의 비율 또는 소유주식의 비율 합계가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 해당 규정에 따른 기준에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 그 기준에 해당하게 되는 경우에는 그 취득일 이후의 주주 1인, 주권상장법인기타주주 또는 주권비상장법인기타주주를 해당 규정에 따른 주권상장법인 또는 주권비상장법인의 대주주로 본다.

□ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

11. 제94조제1항제3호가목 및 나목에 따른 자산

가. 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 주식등

1) 1년 미만 보유한 주식등으로서 중소기업 외의 법인의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 30

2) 1)에 해당하지 아니하는 주식등

나. 대주주가 아닌 자가 양도하는 주식등

1) 중소기업의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 10

2) 1)에 해당하지 아니하는 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 20

□ 소득세법 시행령 제167조의8 【대주주의 범위】

① 법 제104조제1항제11호가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 주권상장법인대주주

2. 주권비상장법인의 주주로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

가. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주의 소유주식의 비율이 100분의 4 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재 100분의 4에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 소유주식의 비율이 100분의 4 이상이 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

나. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 주권비상장법인기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 10억원(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제178조제1항에 따라 거래되는 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 40억원으로 한다) 이상인 경우 해당 주주 1인 및 주권비상장법인기타주주

② 삭제

③ 제1항제2호에 따른 시가총액을 계산할 때 시가는 제165조제4항에 따른 평가액에 따른다.

④ 제1항제2호 및 제3항을 적용할 때 피합병법인의 주주가 합병에 따라 합병법인의 신주를 지급받아 그 주식을 합병등기일이 속하는 사업연도에 양도하는 경우 대주주의 범위 등에 대해서는 해당 피합병법인의 합병등기일 현재 주식보유 현황에 따른다.

⑤ 제1항제2호 및 제3항을 적용할 때 분할법인의 주주가 분할에 따라 분할신설법인의 신주를 지급받아 그 주식을 설립등기일이 속하는 사업연도에 양도하거나 분할법인의 주식을 분할등기일이 속하는 사업연도에 분할등기일 이후 양도하는 경우 대주주의 범위 등에 대해서는 해당 분할 전 법인의 분할등기일 현재의 주식보유 현황에 따른다.

□ 양도소득세 집행기준 94-157-3 【비상장법인이 상장된 경우 대주주 판정기준】

코스닥 시장 상장법인의 주식을 양도한 경우로서 해당 주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일에는 비상장법인인 경우 대주주 요건 적용 시 코스닥 시장 상장법인의 주식에 적용되는 주식 소유비율 또는 시가총액 기준으로 판단한다.

출처 : 국세청 2023. 11. 17. 서면-2023-법규재산-3413 | 국세법령정보시스템