요지

통합투자세액공제 추가공제를 적용함에 있어서 개정 이전에 분할법인이 투자한 금액도 분할신설법인이 투자한 것으로 보아 분할신설법인의 직전 3년간 연평균 투자금액을 계산하는 것임

회신

「조세특례제한법」제24조 제1항 제2호 나목의 추가공제를 적용함에 있어서 같은 법 시행령 제21조 제8항(2023.2.28. 대통령령 제33264호로 개정된 것) 개정 이전에 분할법인이 투자한 금액도 분할신설법인이 투자한 것으로 보아 분할신설법인의 직전 3년간 연평균 투자금액을 계산하는 것입니다.

법인세과-13121. 사실관계

 ○질의법인은 2022년에 AAA(주)로부터 BB생산 및 CC사업 부문의 자산 및 부채를 포괄적으로 승계받아 적격 물적분할을 통해 분할 신설된 법인임

 ○’22사업연도 법인세 신고 시 기본공제만 적용하여 통합투자세액공제를 신고하였으며, ’23사업연도에는 기본공제와 추가공제를 합산한 금액으로 투자세액공제를 적용함

   * ’23.2월 세법개정으로 추가공제 적용시 분할 전 분할법인이 투자한 금액은 분할신설법인이 투자한 것으로 봄

《사업연도별 투자금액》

2. 질의내용

 ○ ’22과세연도 통합투자세액공제 추가공제금액 계산시 분할 전 분할법인이 투자한 금액을 분할신설법인이 투자한 것으로 볼 수 있는지

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제24조【통합투자세액공제】

  ① 대통령령으로 정하는 내국인이 제1호가목 또는 나목에 해당하는 자산에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 해당 투자가 이루어지는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 2023년 12월 31일이 속하는 과세연도에 투자하는 경우에는 제3호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 공제한다.

  1. 공제대상 자산

   가. 기계장치 등 사업용 유형자산. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.

   나. 가목에 해당하지 아니하는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산

  2. 공제금액

   가. 기본공제 금액: 해당 과세연도에 투자한 금액의 100분의 1(중견기업은 100분의 5, 중소기업은 100분의 10)에 상당하는 금액. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음의 구분에 따른 금액으로 한다.

    1) 신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설(이하 이 조에서 "신성장사업화시설"이라 한다)에 투자하는 경우: 100분의 3(중견기업은 100분의 6, 중소기업은 100분의 12)에 상당하는 금액

    2) 국가전략기술의 사업화를 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설(이하 이 조에서 "국가전략기술사업화시설"이라 한다)에 2024년 12월 31일까지 투자하는 경우: 100분의 15(중소기업은 100분의 25)에 상당하는 금액

   나. 추가공제 금액: 해당 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 직전 3년간 연평균 투자 또는 취득금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액의 100분의 3(국가전략기술사업화시설의 경우에는 100분의 4)에 상당하는 금액. 다만, 추가공제 금액이 기본공제 금액을 초과하는 경우에는 기본공제 금액의 2배를 그 한도로 한다.

  3. 임시 투자 세액공제금액

   가. 기본공제 금액: 2023년 12월 31일이 속하는 과세연도에 투자한 금액의 100분의 3(중견기업은 100분의 7, 중소기업은 100분의 12)에 상당하는 금액. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음의 구분에 따른 금액으로 한다.

    1) 신성장사업화시설에 투자하는 경우: 100분의 6(중견기업은 100분의 10, 중소기업은 100분의 18)에 상당하는 금액

    2) 국가전략기술사업화시설에 투자하는 경우: 제2호가목2)에 따른 금액

   나. 추가공제 금액: 2023년 12월 31일이 속하는 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 직전 3년간 연평균 투자 또는 취득금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액의 100분의 10에 상당하는 금액. 다만, 추가공제 금액이 기본공제 금액을 초과하는 경우에는 기본공제 금액의 2배를 그 한도로 한다.

 ② 제1항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항을 적용한다.

 ③ 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 투자완료일부터 5년 이내의 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 내에 그 자산을 다른 목적으로 전용하는 경우에는 공제받은 세액공제액 상당액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 해당 세액은 「소득세법」 제76조 또는 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

 ④ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

 ⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 투자금액의 계산방법, 해당 과세연도의 직전 3년간 연평균 투자금액의 계산방법, 신성장사업화시설 및 국가전략기술사업화시설의 판정방법 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제21조【통합투자세액공제】(2023. 02. 28. 대통령령 제33264호로 개정된 것)

 ①∼⑦ ⁠(생 략)

 ⑧ 법 제24조제1항제2호나목 및 같은 항 제3호나목에 따른 3년간 연평균 투자금액의 계산은 다음 계산식에 따른다. 이 경우 내국인의 투자금액이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 세액공제를 받으려는 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 36개월 미만인 경우에는 그 기간에 투자한 금액의 합계액을 36개월로 환산한 금액을 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 3년간 투자한 금액의 합계액으로 보며, 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 "합병법인등"이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 현물출자를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자가 투자한 금액은 합병법인등이 투자한 것으로 본다.

 ⑨ 법 제24조제1항제2호나목 및 같은 항 제3호나목을 적용할 때 제8항에 따라 계산한 3년간 투자한 연평균 투자금액이 없는 경우에는 추가공제 금액이 없는 것으로 한다.

 ⑩∼⑭ ⁠(생 략)

○ 구 조세특례제한법 시행령 제21조【통합투자세액공제】(2021. 02. 17. 대통령령 제31444호로 개정된 것)

 ①∼⑦ ⁠(생략)

 ⑧ 법 제24조제1항제2호나목 및 같은 항 제3호나목에 따른 3년간 연평균 투자금액의 계산은 다음 계산식에 따른다. 이 경우 내국인의 투자금액이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 세액공제를 받으려는 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 36개월 미만인 경우에는 그 기간에 투자한 금액의 합계액을 36개월로 환산한 금액을 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 3년간 투자한 금액의 합계액으로 본다.

 ⑨ 법 제24조제1항제2호나목 및 같은 항 제3호나목을 적용할 때 제8항에 따라 계산한 3년간 투자한 연평균 투자금액이 없는 경우에는 추가공제 금액이 없는 것으로 한다.

 ⑩∼⑪ ⁠(생 략)

○ 조세특례제한법 제146조【감면세액추징】

 제8조의3제3항, 제24조, 제26조 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 같은 조에 따라 투자완료일부터 2년(대통령령으로 정하는 건물과 구축물의 경우에는 5년)이 지나기 전에 해당 자산을 처분한 경우(임대하는 경우를 포함하며, 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다)에는 처분한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 해당 자산에 대한 세액공제액 상당액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며, 해당 세액은 「소득세법」 제76조 또는 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

○ 조세특례제한법 시행령 제137조【감면세액추징】

 ① 법 제146조에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1. 현물출자, 합병, 분할, 분할합병, 「법인세법」 제50조의 적용을 받는 교환, 통합, 사업전환 또는 사업의 승계로 인하여 당해 자산의 소유권이 이전되는 경우

  2. 내용연수가 경과된 자산을 처분하는 경우

  3. 국가ㆍ지방자치단체 또는 「법인세법 시행령」 제39조제1항제1호나목에 따른 학교 등에 기부하고 그 자산을 사용하는 경우

○ 구 조세특례제한법 제26조【임시투자세액공제】(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것)

 ① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령으로 정하는 투자(중고품에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 한 경우에는 제1호의 금액과 제2호의 금액을 합한 금액을 대통령령으로 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한정한다) 또는 법인세에서 공제한다.

  1. 해당 과세연도에 투자한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 계산한 금액

  2. 해당 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 3년간 투자한 금액의 연평균투자액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 계산한 금액

 ②∼⑥ ⁠(생 략)

○ 구 조세특례제한법 시행령 제23조【임시투자세액공제】(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것)

 ①∼④ ⁠(생 략)

 ⑤ 법 제26조제1항제2호에 따른 3년간 투자한 금액의 연평균투자액의 계산은 다음 산식에 따른다. 이 경우 해당 내국인의 투자금액이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 해당 과세연도개시일까지의 기간이 36개월 미만인 경우에는 그 기간에 투자한 금액의 합계액을 36개월로 환산한 금액을 해당 과세연도개시일부터 소급하여 3년간 투자한 금액의 합계액으로 본다.

 ⑥ 제5항의 산식 중 해당 과세연도개시일부터 소급하여 3년간 투자한 금액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 "합병법인등"이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 현물출자를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자가 투자한 금액은 합병법인등이 투자한 것으로 본다.

 ⑦∼⑮ ⁠(생 략)

○ 법인세법 제46조【분할 시 분할법인등에 대한 과세】

 ① 내국법인이 분할로 해산하는 경우[물적분할(物的分割)은 제외한다. 이하 이 조 및 제46조의2부터 제46조의4까지에서 같다]에는 그 법인의 자산을 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인(이하 "분할신설법인등"이라 한다)에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제46조의3에서 같다)은 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인(이하 "분할법인등"이라 한다)이 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

  1. 분할법인등이 분할신설법인등으로부터 받은 양도가액

  2. 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액

 ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 분할(이하 "적격분할"이라 한다)의 경우에는 제1항제1호의 가액을 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격분할로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

  1. 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 다음 각 목의 요건을 모두 갖추어 분할하는 경우일 것(분할합병의 경우에는 소멸한 분할합병의 상대방법인 및 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인일 것)

   가. 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것

   나. 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것. 다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

   다. 분할법인등만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것

○ 법인세법 제46조의3【적격분할 시 분할신설법인등에 대한 과세특례】

 ① ⁠(생 략)

 ② 적격분할을 한 분할신설법인등은 분할법인등의 분할등기일 현재 제13조제1항제1호의 결손금과 분할법인등이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

 ③∼⑥ ⁠(생 략)

○ 법인세법 시행령 제82조의4【적격분할 과세특례에 대한 사후관리】

 ① 분할신설법인등은 법 제46조의3제1항에 따라 분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 양도받은 자산 및 부채의 가액을 분할등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 분할법인등의 장부가액(제85조제1호에 해당하는 세무조정사항이 있는 경우에는 그 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 뺀 가액으로 한다)을 뺀 금액이 0보다 큰 경우에는 그 차액을 익금에 산입하고 이에 상당하는 금액을 자산조정계정으로 손금에 산입하며, 0보다 작은 경우에는 시가와 장부가액의 차액을 손금에 산입하고 이에 상당하는 금액을 자산조정계정으로 익금에 산입한다. 이 경우 자산조정계정의 처리에 관하여는 제80조의4제1항을 준용한다.

 ② 분할신설법인등은 제1항에 따라 분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 분할법인등이 분할 전에 적용받던 법 제59조에 따른 감면 또는 세액공제를 승계하여 감면 또는 세액공제의 적용을 받을 수 있다. 이 경우 법 또는 다른 법률에 해당 감면 또는 세액공제의 요건 등에 관한 규정이 있는 경우에는 분할신설법인등이 그 요건 등을 갖춘 경우에만 이를 적용하며, 분할신설법인등은 다음 각 호의 구분에 따라 승계받은 사업에 속하는 감면 또는 세액공제에 한정하여 적용받을 수 있다.

  1. 이월된 감면ㆍ세액공제가 특정 사업ㆍ자산과 관련된 경우: 특정 사업ㆍ자산을 승계한 분할신설법인등이 공제

  2. 제1호 외의 이월된 감면ㆍ세액공제의 경우: 분할법인등의 사업용 자산가액 중 분할신설법인등이 각각 승계한 사업용 자산가액 비율로 안분하여 분할신설법인등이 각각 공제

○ 조세특례제한법 시행령 부칙 ⁠(제33264호,’23.02.28.) 제2조【일반적 적용례】

 ① 이 영 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제19199호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도부터 적용한다.

 ②∼③ ⁠(생 략)

○ 조세특례제한법 부칙 ⁠(제19199호,’22.12.31.) 제1조【시행일】

 이 법은 2023년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 해당 호에서 정한 날부터 시행한다.

  1.∼4. ⁠(생 략)

○ 조세특례제한법 부칙 ⁠(제19199호,’22.12.31.) 제2조【일반적 적용례】

 ① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 부칙 제1조에 따른 각 해당 개정규정의 시행일 이후 개시하는 과세연도부터 적용한다.

 ②∼④ ⁠(생 략)

출처 : 국세청 2024. 09. 25. 서면-2024-법인-2719 | 국세법령정보시스템