요지

특정 지배주주로부터 인수한 지분과 특정 지배주주가 아닌 주주로부터 인수한 지분을 합산하여 기준지분비율을 초과한 경우 세액공제 요건 충족함

답변내용

｢조세특례제한법(2023.12.31. 법률 제19936호로 개정되기 전의 것)｣ 제12조의4【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】를 적용함에 있어 인수법인이 피인수법인의 소액주주 등 특정 지배주주(특정 지배주주란 같은 법 같은 조 제1항제4호에 따른 주주등을 말하며, 이하 같음)가 아닌 주주로부터 인수한 지분과 특정 지배주주로부터 인수한 지분을 합산하여 같은 법 같은 조 제1항제2호에 따른 기준지분비율을 초과하고 인수법인이 해당 주식을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유하는 경우 같은 법 같은 조 제1항제2호의 요건을 충족한 것으로 보는 것임

 ○**** 주식회사(이하 ⁠“질의법인” 또는 ⁠“인수법인”)는 20**년 *월 *일을 분할기일로 하여 **** *** 주식회사가 반도체, 디스플레이 및 전자 관련 화학소재 제조사업부문을 인적분할하여 설립된 법인임

 ○주식회사 ****(이하 ⁠“****” 또는 ⁠“피인수법인”)는 20**년 *월 *일에 설립되어 반도체 소자형성용 박막 재료 생산을 목적으로 사업을 영위하고 있으며, 20**년 **월 **일 코스닥시장에서 주식의 매매가 개시되었음

 ○질의법인은 전략적 파트너십 구축 및 기존 사업과 시너지를 창출하기 위하여 2023년 6월부터 2023년 12월에 걸쳐 **** 주식을 매수함

 ○질의법인은 소액주주들이 보유한 주식 1,***,***주(**.**%)를 시장가로 장내매수 하였으며(1차 거래), 이후 디엔에프의 최대주주 외 특수관계인 등에게 *,000,000주(**.**%)를 1주당 **,000원에 장외매수하였음

 ○질의법인은 **** 주식 최초 취득시 발행주식총수의 100분의 30(이하 ⁠“기준지분비율”이라 함)을 초과하지 아니하였으나, 사업연도 종료일 현재 지분비율은 30.*%로 기준지분비율을 초과함

2. 질의요지

 ○소액주주 등 특정 지배주주¹⁾가 아닌 주주로부터 인수한 지분과 특정 지배주주¹⁾로부터 인수한 지분을 합산하여 기준지분비율을 초과한 경우 ｢조세특례제한법｣ 제12조의4제1항제2호 전단²⁾의 요건을 충족하는지 여부

     1) 특정 지배주주란 ⁠「조세특례제한법」제12조의4제1항제4호에 따른 ⁠“주주등”을 말함

     2)｢조세특례제한법｣ 제12조의4제1항제2호 전단의 규정은 아래와 같음

3. 관련 법령

○조세특례제한법 제12조의4【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】(현행)

①내국법인(이하 이 조에서 "인수법인"이라 한다)이 2024년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 "피인수법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 그 취득한 주식등이 제2호의 기준지분비율을 최초로 초과하는 사업연도(이하 이 조에서 "기준충족사업연도"라 한다)의 법인세에서 공제한다.

 1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "최초취득일"이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것

 2. 인수법인이 최초취득일이 속하는 사업연도 내에 또는 최초취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 종료일까지 취득한 주식등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30으로 하고, 이하 이 조에서 "기준지분비율"이라 한다)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 기준충족사업연도의 종료일까지 보유할 것

    (이하 생략)

○조세특례제한법 제12조의4【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】(2023.12.31. 법률 제19936호로 개정되기 전의 것)

①내국법인(이하 이 조에서 "인수법인"이라 한다)이 2024년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 "피인수법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다. 12.23, 2015.12.15, 2016.12.20, 2017.12.19, 2018.12.24., 2021.12.28>

 1.인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것

 2. 인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30으로 하고, 이하 이 조에서 "기준지분비율"이라 한다)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

 3. 인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것

  가. 취득일이 속하는 사업연도의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130

  나. 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 "당초지분비율"이라 한다)

 4. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 ⁠“주주등”이라 한다)가 해당 주식등을 양도한 날부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것

 5. 피인수법인이 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것

②제1항에 따라 법인세를 공제받은 내국법인이 5년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 공제받은 세액[제3호에 해당하는 경우로서 각 사업연도 종료일 현재 인수법인의 피인수법인 지분비율(이하 이 항에서 "현재지분비율"이라 한다)이 기준지분비율을 초과하는 경우에는 당초지분비율에서 현재지분비율을 차감한 값을 당초지분비율로 나눈 비율과 제1항에 따른 공제세액을 곱한 금액(지분비율 감소로 이미 납부한 공제세액은 제외한다)]에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 더한 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

 1.대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등이 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하는 경우

 2. 피인수법인이 종전에 영위하던 사업을 폐지하는 경우

 3.현재지분비율이 당초지분비율보다 낮아지는 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 지분비율이 낮아지는 경우는 제외한다.

 가. ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3 또는 「상법」 제340조의2에 따른 주식매수선택권을 행사하는 경우

 나. ⁠「근로복지기본법」에 따른 우리사주조합원이 우리사주를 취득하는 경우

 다. 제13조제1항제1호에 따른 벤처투자회사, 같은 항 제2호에 따른 신기술사업금융업자, 같은 항 제3호에 따른 창투조합등이 출자하는 경우(타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입하는 경우는 제외한다)

③ 제1항제5호 및 제2항제2호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다.

④ 제1항 및 제2항에 따른 매입가액 및 피인수법인의 순자산시가의 계산, 지배주주등의 범위, 종전에 영위하던 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑤ 제1항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제 신청을 하여야 한다.

○조세특례제한법 시행령 제11조의4 【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】(2024.02.29. 대통령령 제34263호로 개정되기 전)

①법 제12조의4제1항제1호에 따른 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다)은 인수법인이 피인수법인의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 취득한 날부터 직전 2년 이내의 기간 동안 그 주식등을 보유한 사실이 없는 경우로 한다. 다만, 인수법인이 「법인세법 시행령」 제50조제2항에 따른 소액주주등에 해당하는 기간은 주식등을 보유한 것으로 보지 아니한다.

② 법 제12조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 중소기업을 말한다.

 1. 취득일까지 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업

 2. 취득일까지 「중소기업 기술혁신 촉진법」 제15조와 같은 법 시행령 제13조에 따라 기술혁신형 중소기업으로 선정된 기업

 3.취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 법 제10조제1항에 따른 연구ㆍ인력개발비가 매출액의 100분의 5 이상인 중소기업

 4. 취득일까지 다음 각 목 중 어느 하나에 해당하는 인증 등을 받은 중소기업

  가. 「산업기술혁신 촉진법」 제15조의2제1항에 따른 신기술 인증

  나. 「보건의료기술 진흥법」 제8조제1항에 따른 보건신기술 인증

  다. 「산업기술혁신 촉진법」 제16조제1항에 따른 신제품 인증

  라. ⁠「제약산업 육성 및 지원에 관한 법률」 제7조제2항에 따른 혁신형 제약기업 인증

  마. ⁠「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법」 제18조제1항에 따른 선정

  바. 「의료기기산업 육성 및 혁신의료기기 지원법」 제10조에 따른 혁신형 의료기기기업의 인증

  사. 그 밖에 가목부터 바목까지와 유사한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 인증 등

(중략)

⑥법 제12조의4제1항제4호에서 "대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자" 및 같은 조 제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등"이란 각각 피인수법인의 「법인세법 시행령」 제43조제3항 및 제7항에 따른 지배주주등 중 다음 각 호에 해당하는 자를 제외한 자를 말한다.

 1. 「법인세법 시행령」 제43조제8항제1호가목의 친족 중 4촌인 혈족

 2. 취득일 현재 피인수법인에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자

⑦법 제12조의4제1항제4호 및 같은 조 제2항제1호에 따른 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등의 범위에 관하여는 「법인세법 시행령」 제43조제3항 및 제7항을 준용한다.

    (이하 생략)

○ 법인세법 시행령 제43조 【상여금 등의 손금불산입】

   (중략)

③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

   (중략)

⑦제3항에서 "지배주주등"이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등(이하 "지배주주등"이라 한다)을 말한다.

○ 조세특례제한법 제12조의4【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】(2017.02.08., 법률 제14567호로 개정되기 전의 것)

①내국법인(이하 이 조에서 "인수법인"이라 한다)이 2018년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 "피인수법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다.

   (중략)

 4. 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 "주주등"이라 한다)가 주식등을 매각하고 받은 대가의 총합계액 중 주식 또는 출자지분의 가액이 100분의 50 미만인 경우로서 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등이 취득일부터 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것

    (이하 생략)

출처 : 국세청 2024. 04. 05. 사전-2024-법규법인-0131 | 국세법령정보시스템