요지

연결자법인이 연결모법인을 흡수합병하는 경우는 연결납세방식의 취소 및 연결자법인의 배제사유에 해당하지 않으므로 기 공제받은 결손금은 익금에 산입하지 않음

회신

모법인이 자법인을 완전지배하고 그 자법인이 다시 손법인을 완전지배함에 따라 3개의 내국법인이 ｢법인세법｣ 제76조의8에 따른 연결납세방식을 적용받던 중 자법인이 모법인을 연결사업연도 종료일에 흡수합병하는 경우로서 합병등기일이 속하는 사업연도 이후의 사업연도에도 자법인과 손법인이 계속하여 연결납세방식을 적용하는 경우 연결사업연도 중 모법인의 결손금에서 공제되었던 자법인과 손법인의 소득금액은 합병등기일이 속하는 사업연도에 자법인과 손법인의 익금에 산입하지 않는 것임

1. 사실관계

 ○코리아시큐리티홀딩스(이하 ⁠“질의법인”, ⁠“연결모법인”, 또는 ⁠“모회사”)는 자회사와 손회사를 연결자법인으로 하여 2023.1.1.부터 연결납세를 적용하고 있음

 ○자회사는 2024.12.31을 합병등기일로 하여 질의법인을 흡수합병할 예정이며(이하 ⁠“본 건 합병”),

   - 연결모법인인 질의법인은 2024.12.31.에 해산하여 소멸할 예정임

 ○2023사업연도 법인세 신고 시 연결납세 적용에 따라 연결모법인의 결손금(이하 ⁠“쟁점 결손금”)을 연결자법인들 소득금액과 공제 예정임

 ○계속적인 연결납세방식 적용을 위해 2025사업연도부터 변경된 연결모법인(종전 자회사)으로 연결납세방식 적용을 신청할 예정임

2. 질의요지

 ○연결모법인이 연결자법인에 흡수합병되는 경우 연결모법인의 결손금과 공제한 연결자법인들의 소득금액을 익금에 산입하여야 하는지 여부

3. 관련 법령

○ 법인세법 제2조【 정의 】

6."연결납세방식"이란 둘 이상의 내국법인을 하나의 과세표준과 세액을 계산하는 단위로 하여 제2장의3에 따라 법인세를 신고ㆍ납부하는 방식을 말한다.

 7. "연결법인"이란 연결납세방식을 적용받는 내국법인을 말한다.

 8. "연결집단"이란 연결법인 전체를 말한다.

 9. "연결모법인"(連結母法人)이란 연결집단 중 다른 연결법인을 연결지배하는 연결법인을 말한다.

 10. "연결자법인"(連結子法人)이란 연결모법인의 연결지배를 받는 연결법인을 말한다.

 10의2. "연결지배"란 내국법인이 다른 내국법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 90 이상을 보유하고 있는 경우를 말한다. 이 경우 그 보유비율은 다음 각 목에서 정하는 바에 따라 계산한다.

  가. 의결권 없는 주식 또는 출자지분을 포함할 것

  나. 「상법」 또는 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 보유하는 자기주식은 제외할 것

  다. ⁠「근로복지기본법」에 따른 우리사주조합을 통하여 근로자가 취득한 주식 및 그 밖에 대통령령으로 정하는 주식으로서 발행주식총수의 100분의 5 이내의 주식은 해당 법인이 보유한 것으로 볼 것

  라. 다른 내국법인을 통하여 또 다른 내국법인의 주식 또는 출자지분을 간접적으로 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 합산할 것

 11. "연결사업연도"란 연결집단의 소득을 계산하는 1회계기간을 말한다.

○ 법인세법 시행령 제2조 【정의】

   (중략)

⑥법 제2조제10호의2라목에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 법 제76조의8제1항에 따른 연결가능모법인(이하 "연결가능모법인"이라 한다)이 같은 항에 따른 연결가능자법인(이하 "연결가능자법인"이라 한다)을 통해 또 다른 내국법인의 주식 또는 출자지분을 보유하는 경우를 말한다.

⑦법 제2조제10호의2라목에 따라 연결가능모법인이 연결가능자법인을 통해 보유하고 있는 또 다른 내국법인에 대한 주식 또는 출자지분의 보유비율은 다음 계산식에 따라 계산한다. 이 경우 연결가능자법인이 둘 이상인 경우에는 각 연결가능자법인별로 다음 계산식에 따라 계산한 비율을 합산한다.

○ 법인세법 제76조의8 【연결납세방식의 적용 등】

①다른 내국법인을 연결지배하는 내국법인[비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외하며, 이하 이 항에서 "연결가능모법인"이라 한다]과 그 다른 내국법인[청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외한다. 이하 이 장에서 "연결가능자법인"이라 한다]은 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결가능모법인의 납세지 관할 지방국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있다. 이 경우 연결가능자법인이 둘 이상일 때에는 해당 법인 모두가 연결납세 방식을 적용하여야 한다.

②제1항에 따라 연결납세방식을 적용받는 각 연결법인의 사업연도는 연결사업연도와 일치하여야 한다. 이 경우 연결사업연도의 기간은 1년을 초과하지 못하며, 연결사업연도의 변경에 관하여는 제7조를 준용한다.

  (중략)

④연결법인의 납세지는 제9조제1항에도 불구하고 연결모법인의 납세지로 한다.

⑤ 삭제

⑥다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 합병, 분할 또는 주식의 포괄적 교환ㆍ이전의 경우에는 그 합병일, 분할일 또는 교환ㆍ이전일이 속하는 연결사업연도에 한정하여 제2항, 제76조의11제1항 및 제76조의12 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결납세방식을 적용할 수 있다.

 1. 제1항에 따라 연결납세방식을 적용받는 연결모법인 간의 적격합병

 2.제1항에 따라 연결납세방식을 적용받는 연결모법인 간의 주식의 포괄적 교환ㆍ이전(「조세특례제한법」 제38조에 따라 과세이연을 받는 경우만 해당한다)

 3. 제1항에 따라 연결납세방식을 적용받는 연결모법인의 적격분할

○법인세법 시행령 제120조의12【연결납세방식의 적용제외 법인 등】

⑤법 제76조의8제6항제1호의 사유가 발생한 경우 피합병법인의 연결자법인은 다음 각 호에 따라 연결납세방식을 적용할 수 있다.

 1.합병등기일이 속하는 피합병법인의 연결사업연도 개시일부터 합병등기일까지의 기간: 피합병법인을 연결모법인으로 하여 해당 기간을 1 연결사업연도로 의제하여 연결납세방식을 적용. 이 경우 피합병법인과 그 연결자법인은 해당 기간에 대한 재무제표 및 이에 관한 ｢주식회사 등의 외부감사에 관한 법률｣ 제2조제7호에 따른 감사인의 감사의견을 피합병법인 납세지 관할세무서장을 경유하여 관할지방국세청장에게 제출하여야 한다.

 2. 합병등기일 다음 날부터 합병법인의 연결사업연도 종료일까지의 기간: 합병법인을 연결모법인으로 하여 해당 기간을 1 연결사업연도로 의제하여 연결납세방식을 적용. 이 경우 합병법인이 합병으로 새로 설립된 법인이 아닌 경우에는 기존의 연결자법인은 종전대로 연결납세방식을 적용하며, 피합병법인의 연결자법인은 1 연결사업연도로 의제된 기간을 통산하여 연결납세방식을 적용한다.

3. 제2호에 따라 연결납세방식을 적용받으려는 합병법인은 합병등기일부터 1개월 내에 기획재정부령으로 정하는 연결법인 변경신고서(새로 설립된 합병법인인 경우에는 연결납세방식 적용신청서)를 납세지 관할세무서장을 경유하여 관할지방국세청장에게 제출하여야 한다.

○법인세법 시행령 제120조의13【연결납세방식의 적용 신청 등】

①연결납세방식을 적용받으려는 내국법인과 해당 내국법인의 법 제76조의8제1항의 연결가능자법인(이하 이 조에서 "연결대상법인등"이라 한다)은 최초의 연결사업연도 개시일부터 10일 이내에 기획재정부령으로 정하는 연결납세방식 적용 신청서를 해당 내국법인의 납세지 관할세무서장을 경유하여 관할지방국세청장에게 제출하여야 한다.

○ 법인세법 제76조의9 【연결납세방식의 취소】

①연결모법인의 납세지 관할지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결납세방식의 적용 승인을 취소할 수 있다.

 1. 연결법인의 사업연도가 연결사업연도와 일치하지 아니하는 경우

 2.연결모법인이 연결지배하지 아니하는 내국법인에 대하여 연결납세방식을 적용하는 경우

 3. 연결모법인의 연결가능자법인에 대하여 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우

 4. 제66조제3항 단서에 따른 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 연결법인의 소득금액을 계산할 수 없는 경우

 5. 연결법인에 제69조제1항에 따른 수시부과사유가 있는 경우

 6. 연결모법인이 다른 내국법인(비영리내국법인은 제외한다)의 연결지배를 받는 경우

② 연결납세방식을 적용받은 각 연결법인은 연결납세방식을 적용받은 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도 중에 제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 경우 다음 각 호의 구분에 따라 소득금액이나 결손금을 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 사업연도의 익금 또는 손금에 각각 산입하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

 1. 연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 다른 연결법인의 결손금과 합한 해당 법인의 소득금액: 익금에 산입

 2.연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 다른 연결법인의 소득금액과 합한 해당 법인의 결손금: 손금에 산입

③제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 연결법인은 취소된 날이 속하는 사업연도와 그 다음 사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 사업연도까지는 연결납세방식의 적용 당시와 동일한 법인을 연결모법인으로 하여 연결납세방식을 적용받을 수 없다.

   (이하생략)

○ 법인세법 시행령 제120조의14【연결납세방식의 취소 등】

① 연결모법인의 납세지 관할지방국세청장이 법 제76조의9제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인을 취소하는 때에는 그 사유를 연결모법인에게 서면으로 통지하여야 한다.

② 법 제76조의9제2항 각호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 법 제76조의9제1항제6호의 사유로 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 연결집단이 취소된 날부터 1개월 이내에 새로운 모법인(법 제76조의9제1항제6호의 다른 내국법인을 말한다)을 기준으로 연결납세방식의 적용 신청서를 제출하여 승인받은 경우를 말한다.

   (이하생략)

○ 법인세법 제76조의11【연결자법인의 추가】

①연결모법인이 새로 다른 내국법인을 연결지배하게 된 경우에는 연결지배가 성립한 날이 속하는 연결사업연도의 다음 연결사업연도부터 해당 내국법인은 연결납세방식을 적용하여야 한다.

② 법인의 설립등기일부터 연결모법인이 연결지배하는 내국법인은 제1항에도 불구하고 설립등기일이 속하는 사업연도부터 연결납세방식을 적용하여야 한다.

③ 연결모법인은 제1항 및 제2항에 따라 연결자법인이 변경된 경우에는 변경일 이후 중간예납기간 종료일과 사업연도 종료일 중 먼저 도래하는 날부터 1개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할지방국세청장에게 신고하여야 한다.

○ 법인세법 제76조의12【연결자법인의 배제】

①연결모법인의 연결지배를 받지 아니하게 되거나 해산한 연결자법인은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 아니한다. 다만, 연결자법인이 다른 연결법인에 흡수합병되어 해산하는 경우에는 해산등기일이 속하는 연결사업연도에 연결납세방식을 적용할 수 있다.

②연결납세방식을 적용받은 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도 중에 제1항 본문에 따라 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우 다음 각 호의 구분에 따라 소득금액 또는 결손금을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 각각 산입하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

 1.연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 다른 연결법인의 결손금과 합한 연결배제법인(제1항 본문에 따라 연결납세방식을 적용하지 아니하게 된 개별법인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 소득금액: 연결배제법인의 익금에 산입

 2.연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 다른 연결법인의 소득금액과 합한 연결배제법인의 결손금: 연결배제법인의 손금에 산입

 3. 연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 연결배제법인의 결손금과 합한 해당 법인의 소득금액: 해당 법인의 익금에 산입

 4. 연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 연결배제법인의 소득금액과 합한 해당 법인의 결손금: 해당 법인의 손금에 산입

③ 제1항 본문에 따라 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우에는 제76조의9제3항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.

④제1항에 따라 연결자법인이 변경된 경우 그 변경사유가 발생한 날부터 1개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할지방국세청장에게 신고하여야 한다.

○ 법인세법 시행령 제120조의16【연결법인의 변경신고 등】

① 법 제76조의11제3항에 따라 연결모법인이 연결자법인의 변경 사실을 신고하는 때에는 기획재정부령으로 정하는 연결법인 변경신고서를 납세지 관할세무서장을 경유하여 관할지방국세청장에게 제출하여야 한다.

② 법 제76조의12제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 연결자법인이 파산함에 따라 해산하는 경우 또는 연결자법인이 다른 연결법인에 흡수합병되어 해산하는 경우를 말한다.

출처 : 국세청 2024. 01. 19. 서면-2023-법규법인-2950 | 국세법령정보시스템