요지

해운기업 과세표준 계산특례를 적용받던 법인이 특례적용요건을 2개 사업연도 이상 위반한 경우 2회째 위반한 사업연도에 특례 포기신청은 할 수 없음

답변내용

｢조세특례제한법｣ 제104조의10의 ⁠‘해운기업 과세표준 계산특례’를 적용받던 특례적용기업(이하 ⁠“해당법인”이라 함)이 특례적용요건을 2개 사업연도 이상 위반한 경우에는 같은 법 같은 조 제6항에 따라 2회째 위반하게 된 사업연도부터 해당 과세표준 계산특례 적용기간의 남은 기간과 다음 5개 사업연도 기간은 과세표준 계산특례를 적용받을 수 없는 것이며 2회째 위반한 사업연도 과세표준 신고시 과세표준 특례포기 신청은 할 수 없는 것임
또한, 해당법인이 특례적용요건 2회째 위반으로 ｢법인세법｣을 적용받게 된 최초 사업연도의 과세표준 신고기한까지 특례적용기간에 관하여 작성한 세무조정계산서 등 ｢법인세법｣ 제60조 제2항 각 호의 서류를 같은 조 제1항에 따른 신고와 함께 제출하는 경우에는 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제104조의7제8항제4호 각목 외의 부분 단서에 따라 특례적용기간에도 계속하여 ｢법인세법｣을 적용받은 것으로 보고 ｢조세특례제한법｣ 제144조의 ⁠‘세액공제액의 이월공제’를 적용하는 것임

1. 질의내용

 ○ 특례적용요건 2회째 위반 사업연도인 2017 사업연도에 과세표준 계산특례 적용 포기가 가능한지 여부

 ○ 2017 사업연도에 법인세법에 의한 과세표준 계산시 특례적용기간에 관하여 작성한 세무조정계산서 등 부속서류를 제출하는 경우 세액공제액의 이월공제를 적용받을 수 있는지 여부

2. 사실관계

 ○ 질의법인은 2014사업연도부터 해운기업 과세특례를 신청하여, 2014～2015 사업연도에 대한 법인세 신고 시 해양수산부장관의 확인서를 첨부하여 법인세 과세표준 계산특례를 적용받았음

○ 질의법인은 2015사업연도 중 보유하고 있던 선박을 매각하였고, 이후 보유 선박은 없으며 해운관련 매출도 발생하지 않았음

○ 질의법인은 선박 매각 이후 수익사업이 없어 결손이 누적되는 바 2017년 사업연도에 해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례의 적용을 포기하고 일반 법인세 신고를 할 예정임

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제104조의 10【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례】

 ① 내국법인 중 ｢해운법｣상 외항운송사업의 경영 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 해운기업(이하 이 조에서 ⁠“해운기업”이라 한다)의 법인세과세표준은 2019년 12월 31일까지 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 합한 금액으로 할 수 있다. ⁠(2014.12.23. 개정)

 ② 제1항에 따른 해운기업의 과세표준 계산의 특례(이하 이 조에서 "과세표준계산특례"라 한다)를 적용받으려는 법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세표준계산특례 적용을 신청하여야 하며, 과세표준계산특례를 적용받으려는 사업연도부터 연속하여 5개 사업연도(이하 "과세표준계산특례적용기간"이라 한다) 동안 과세표준계산특례를 적용받아야 한다. 다만, 과세표준계산특례를 적용받고 있는 해운기업은 2017년 12월 31일이 속하는 사업연도까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세표준계산특례의 적용을 포기할 수 있다.

 ⑥ 과세표준계산특례를 적용받고 있는 법인이 과세표준계산특례적용기간 동안 제1항에 따른 요건을 2개 사업연도 이상 위반하는 경우에는 2회째 위반하게 된 사업연도부터 해당 과세표준계산특례적용기간의 남은 기간과 다음 5개 사업연도 기간은 과세표준계산특례를 적용받을 수 없다.

○ 조세특례제한법 시행령 제104조의 7【해운기업에 대한 법인세과세표준 계산특례】

 ⑦ 특례적용기업이 법 제104조의10제2항 단서에 따라 과세표준계산특례의 적용을 포기하려는 때에는 과세표준계산특례를 적용받지 아니하려는 최초 사업연도의 과세표준신고기한까지 기획재정부령으로 정하는 해운기업의 법인세 과세표준계산특례 포기신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑧ 특례적용기업은 특례적용기간이 종료되거나 제1항에 따른 요건을 위반하거나 법 제104조의 10 제2항 단서에 따라 과세표준계산특례의 적용을 포기함으로써 과세표준계산특례를 적용받지 아니하고 ｢법인세법｣을 적용받게 되는 경우에는 특례적용기간에도 계속하여 ｢법인세법｣을 적용받은 것으로 보고 각 사업연도의 소득을 계산한다. 다만, 다음 각 호의 ｢법인세법｣ 규정을 적용하는 때에는 각각 해당 호의 계산방법에 따른다.

  1. ｢법인세법｣ 제19조의 2를 적용할 때에는 같은 조 제1항의 대손금으로서 같은 법 시행령 제19조의 2 제1항 각 호의 채권을 회수할 수 없는 사유가 특례적용기간에 발생한 경우에는 같은 조 제3항에도 불구하고 해당 사유가 발생한 사업연도에 손금에 산입한 것으로 본다. ⁠(2009.6.19. 신설)

  2. ｢법인세법｣ 제23조를 적용할 때 같은 조 제1항의 상각범위액은 같은 법 시행령 제30조를 준용하여 계산한다. 이 경우 특례적용기간에 ｢법인세법 시행령｣ 제26조 제1항 각 호의 구분을 달리하는 고정자산이나 같은 법 시행령 제28조 제1항 제2호의 자산별․업종별 구분에 따른 기준내용연수가 다른 고정자산을 새로 취득한 경우에는 같은 법 시행령 제26조 제3항 및 제28조 제3항에도 불구하고 해당 자산에 관한 감가상각방법신고서 또는 내용연수신고서를 ｢법인세법｣을 적용받게 된 최초 사업연도의 법인세 과세표준신고기한까지 납세지관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)할 수 있다. ⁠(2009.6.19. 신설)

  3. ｢법인세법｣ 제33조를 적용할 때 특례적용기간에는 같은 법 시행령 제60조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 계산한 각 사업연도의 퇴직급여충당금의 손금산입 한도액에 해당하는 금액을 해당 사업연도에 퇴직급여충당금으로서 손금에 산입한 것으로 보고 같은 조 제2항의 퇴직급여충당금의 누적액을 계산한다. ⁠(2009.6.19. 신설)

  4. ｢법인세법｣ 제13조․제34조 및 이 법 제144조를 적용할 때에는 다음 각 목에 따른다. 다만, 해당 법인이 ｢법인세법｣을 적용받게 된 최초 사업연도의 과세표준신고기한까지 특례적용기간에 관하여 ｢법인세법｣ 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서 등 기획재정부령으로 정하는 서류를 작성하여 같은 조 제1항에 따른 신고와 함께 납세지관할세무서장에게 제출하는 경우에는 특례적용기간에도 계속하여 ｢법인세법｣을 적용받은 것으로 보고 같은 법 제13조․제34조 및 이 법 제144조를 적용한다. ⁠(2009.6.19. 신설)

  가. ｢법인세법｣ 제13조를 적용할 때에는 같은 조 제1호에도 불구하고 특례적용기간의 종료일 현재의 같은 법 시행령 제18조 제1항에 따른 이월결손금의 잔액은 없는 것으로 본다.

  나. ｢법인세법｣ 제34조를 적용할 때에는 같은 조 제4항에도 불구하고 과세표준계산특례를 적용받기 직전 사업연도종료일 현재의 대손충당금 잔액은 ｢법인세법｣을 적용받게 된 최초 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

  다. 이 법 제144조를 적용할 때에는 같은 조 제1항에도 불구하고 같은 항에 따라 이월된 특례적용기간의 종료일 현재의 미공제금액은 없는 것으로 본다.

○ 조세특례제한법 제144조【세액공제액의 이월공제】

 ① 제5조, 제7조의2, 제7조의4, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제13조의2, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의6까지, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제122조의4제1항, 제126조의6, 제126조의7제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제5조에 따라 공제할 세액을 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못하는 경우는 7년, 제10조에 따라 공제할 세액을 중소기업이 설립일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못하는 경우는 10년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 「소득세법」 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.

출처 : 국세청 2017. 11. 29. 사전-2017-법령해석법인-0728[법령해석과-3445] | 국세법령정보시스템