요지

농지전용허가를 받지 않거나 농지전용신고를 하지 않은 경우 또는 농지전용협의 상의 전용목적으로 사용되지 않은 경우 사업용으로 사용한 기간으로 보지 않는 것임

회신

「법인세법」 제55조의2에서 규정하는 비사업용토지의 범위를 판단함에 있어 ⁠「농지법」 제6조제2항제7호에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 자가 소유한 경우 또는 같은 법 제6조제2항제8호에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 경우에는 ⁠「법인세법 시행령」 제92조의5제3항제2호에 따라 당해 기간은 사업용으로 사용한 기간으로 보는 것이나, 당해 농지 소유자가 농지전용허가를 받지 않거나 농지전용신고를 하지 않은 경우 또는 농지전용협의 상의 전용목적으로 사용되지 않은 경우에는 그렇지 않은 것입니다.

1. 질의내용

 ○농지전용이 협의된「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역의 농지를 취득한 경우 사업용으로 사용한 토지에 해당하는지 여부

2. 사실관계

 ○질의법인은 부동산매매업을 주업으로 하는 법인으로 아래의 농지를 경매로 취득한 후 매매함

  - 2014.10.29. 취득, 경기도 동두천시 지행동 387-3 전 1,205㎡ 및 동소 387-18 전 314㎡(제1종 일반주거지역)

  - 2014.08.29. 취득, 경기도 양주시 남면 신산리 312-1 답 810㎡ 및 동소 312-2 전 3,651㎡(제2종 일반주거지역)

 ○ 질의법인은 취득 당시 농업을 주업으로 하는 법인이 아님에도 다른 법률에 의거 농지취득자격증명 제출없이 법원 경매를 통해 취득함

3. 관련법령

○ 법인세법 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액

가. 「소득세법」 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제2호에 따른 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)

나. 「소득세법」 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제3호에 따른 비사업용 토지

다. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 "별장"이라 한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. 다만, 「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, ⁠「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다.

나. 특별시, 광역시(광역시에 있는 군 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치시(특별자치시에 있는 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치도(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시 지역[「지방자치법」 제3조제4항에 따른 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다] 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조제1호에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 목에서 같다)에 있는 농지. 다만, 특별시, 광역시, 특별자치시, 특별자치도 및 시 지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.

가. ⁠「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따라 지정된 채종림(採種林)ㆍ시험림, 「산림보호법」 제7조에 따른 산림보호구역, 그 밖에 공익상 필요하거나 산림의 보호ㆍ육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령으로 정하는 것

나. 임업을 주된 사업으로 하는 법인이나 ⁠「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따른 독림가(篤林家)인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 목장용지. 다만, 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 목장용지로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

가. 축산업을 주된 사업으로 하는 법인이 소유하는 목장용지로서 대통령령으로 정하는 축산용 토지의 기준면적을 초과하거나 특별시, 광역시, 특별자치시, 특별자치도 및 시 지역의 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 목에서 같다)에 있는 목장용지(도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 경우는 제외한다)

나. 축산업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 목장용지

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

가. ⁠「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 「지방세법」 제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

5. 「지방세법」 제106조제2항에 따른 주택 부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지

6. 별장의 부속토지. 다만, 별장에 부속된 토지의 경계가 명확하지 아니한 경우에는 그 건축물 바닥면적의 10배에 해당하는 토지를 부속토지로 본다.

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

③ 제1항제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

○ 법인세법 시행령 제92조의3【비사업용 토지의 기간기준】

 법 제55조의2제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

 1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

○ 법인세법 시행령 제92조의5 【농지의 범위 등】

① 법 제55조의2제2항제1호에서 "농지"라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소(池沼)ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제55조의2제2항제1호가목의 규정을 적용함에 있어 주업은 다음 각 호의 기준에 따라 판정한다.

1. 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 주업은 사업별 사업수입금액이 큰 사업으로 한다.

2. 제1호의 규정에 불구하고 당해 법인이 농업에 직접 사용한 농지에서 생산한 농산물을 당해 법인이 제조ㆍ생산하는 제품의 원료로 사용하고 그 농업과 제조업 등을 구분하여 경리하는 경우에는 농업을 주업으로 하는 것으로 본다. 이 경우 당해 법인이 생산한 농산물 중 당해 법인이 제조하는 제품의 원재료로 사용하는 것의 비율(이하 이 항에서 "사용비율"이라 한다)이 100분의 50 미만인 경우에는 당해 농지의 면적 중 그 사용비율에 상당하는 면적의 2배 이내의 농지에 한하여 농업을 주업으로 하는 것으로 본다.

③ 법 제55조의2제2항제1호가목 단서에서 "대통령령으로 정하는 농지"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다.

1. 「농지법」 제6조제2항제2호ㆍ제6호ㆍ제10호가목 또는 다목에 해당하는 농지

2. 「농지법」 제6조제2항제7호에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 법인이 소유한 농지 또는 같은 법 제6조제2항제8호에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지

3. 「농지법」 제6조제2항제10호라목부터 바목까지의 규정에 따라 취득한 농지로서 당해 사업목적으로 사용되는 토지

4. 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)

5. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 「지방세법 시행령」 제22조에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 농지

6. 「농지법」 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 기획재정부령이 정하는 농지

④ 법 제55조의2제2항제1호나목 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 녹지지역 및 개발제한구역을 말한다.

⑤ 법 제55조의2제2항제1호나목 단서에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 3년을 말한다.

○ 농지법 제6조 【농지 소유 제한】

① 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 소유하지 못한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 자기의 농업경영에 이용하지 아니할지라도 농지를 소유할 수 있다.

1. 국가나 지방자치단체가 농지를 소유하는 경우

2. 「초ㆍ중등교육법」 및 ⁠「고등교육법」에 따른 학교, 농림축산식품부령으로 정하는 공공단체ㆍ농업연구기관ㆍ농업생산자단체 또는 종묘나 그 밖의 농업 기자재 생산자가 그 목적사업을 수행하기 위하여 필요한 시험지ㆍ연구지ㆍ실습지ㆍ종묘생산지 또는 과수 인공수분용 꽃가루 생산지로 쓰기 위하여 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 농지를 취득하여 소유하는 경우

3. 주말ㆍ체험영농(농업인이 아닌 개인이 주말 등을 이용하여 취미생활이나 여가활동으로 농작물을 경작하거나 다년생식물을 재배하는 것을 말한다. 이하 같다)을 하려고 농지를 소유하는 경우

4. 상속[상속인에게 한 유증(遺贈)을 포함한다. 이하 같다]으로 농지를 취득하여 소유하는 경우

5. 대통령령으로 정하는 기간 이상 농업경영을 하던 자가 이농(離農)한 후에도 이농 당시 소유하고 있던 농지를 계속 소유하는 경우

6. 제13조제1항에 따라 담보농지를 취득하여 소유하는 경우(「자산유동화에 관한 법률」 제3조에 따른 유동화전문회사등이 제13조제1항제1호부터 제4호까지에 규정된 저당권자로부터 농지를 취득하는 경우를 포함한다)

7. 제34조제1항에 따른 농지전용허가[다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제(擬制)되는 인가ㆍ허가ㆍ승인 등을 포함한다]를 받거나 제35조 또는 제43조에 따른 농지전용신고를 한 자가 그 농지를 소유하는 경우

8. 제34조제2항에 따른 농지전용협의를 마친 농지를 소유하는 경우

○ 농지법 제34조 【농지의 전용허가ㆍ협의】

① 농지를 전용하려는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농림축산식품부장관의 허가를 받아야 한다. 허가받은 농지의 면적 또는 경계 등 대통령령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다

1. 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거쳐 농지를 전용하는 경우

2. ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역 또는 계획관리지역에 있는 농지로서 제2항에 따른 협의를 거친 농지나 제2항제1호 단서에 따라 협의 대상에서 제외되는 농지를 전용하는 경우

3. 제35조에 따라 농지전용신고를 하고 농지를 전용하는 경우

4. 「산지관리법」 제14조에 따른 산지전용허가를 받지 아니하거나 같은 법 제15조에 따른 산지전용신고를 하지 아니하고 불법으로 개간한 농지를 산림으로 복구하는 경우

5. ⁠「하천법」에 따라 하천관리청의 허가를 받고 농지의 형질을 변경하거나 공작물을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우

② 주무부장관이나 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 농림축산식품부장관과 미리 농지전용에 관한 협의를 하여야 한다.

1. ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역에 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역을 지정하거나 도시ㆍ군계획시설을 결정할 때에 해당 지역 예정지 또는 시설 예정지에 농지가 포함되어 있는 경우. 다만, 이미 지정된 주거지역ㆍ상업지역ㆍ공업지역을 다른 지역으로 변경하거나 이미 지정된 주거지역ㆍ상업지역ㆍ공업지역에 도시ㆍ군계획시설을 결정하는 경우는 제외한다.

1의2. ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 계획관리지역에 지구단위계획구역을 지정할 때에 해당 구역 예정지에 농지가 포함되어 있는 경우

2. ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역의 녹지지역 및 개발제한구역의 농지에 대하여 같은 법 제56조에 따라 개발행위를 허가하거나 「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법」 제12조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지의 형질변경허가를 하는 경우

4. 관련사례

○ 서면-2016-부동산-3881 ⁠[부동산납세과-1989], 2016.12.30.

 비사업용토지의 범위를 판단함에 있어 「농지법」 제6조 제2항 제7호에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 자가 소유한 경우 또는 같은 법 제6조 제2항 제8호에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 경우에는 「소득세법 시행령」 제168조의8 제3항 제4호에 따라 당해 기간은 ⁠‘사업용으로 사용한 기간’으로 보는 것이나, 당해 농지 소유자가 농지전용허가 받지 않거나 농지전용신고를 하지 않은 경우 또는 농지전용협의 상의 전용목적으로 사용되지 않은 경우에는 그렇지 않은 것입니다.

귀 질의의 경우, 기존해석사례(부동산납세과-772, 2014.10.15.; 재산세과-373, 2009.02.03.)를 참고하시기 바랍니다.

○ 서면인터넷방문상담2팀-1632, 2007.09.06.

 귀 질의의 경우, 기존해석사례(재산세과-373, 2009.02.03)를 참고하시기 바랍니다

○ 재산세과-373, 2009.02.03.

 1. 「소득세법」 제104조 제1항 제2호의7의 ⁠“비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 같은법 시행령 제168조의6 규정에서 정하는 기간동안 같은법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말하는 것입니다.

2. 위 ⁠“1”을 적용함에 있어 「농지법」 제6조 제2항 제7호에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 자가 소유한 경우 또는 같은 법 제6조 제2항 제3호에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 경우에는 「소득세법 시행령」 제168조의8 제3항 제4호에 따라 당해 기간 동안은 사업용 토지로 보는 것이나, 당해 농지 소유자가 농지전용허가 받지 않거나 농지전용신고를 하지 않은 경우 또는 농지전용협의 상의 전용목적으로 사용되지 않은 경우에는 그렇지 않은 것입니다.

○ 조심2016전2493, 2016.12.05.

「소득세법」제104조의3 제1항 제1호 가목 단서 및 동법 시행령 제168조의8 제3항 제4호에 따라「농지법」제6조 제2항 제8호에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지는 비사업용 토지에서 제외되는 것으로 되어 있는바, 법문상 농지전용협의를 완료하고 당해 전용목적으로 사용되는 경우 비사업용에서 제외되는 것이지 전용목적에 따른 개발행위 등을 하지 아니한 경우까지 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 청구인은 농지전용협의 완료 후 6년 이상 경과한 시점에 쟁점토지를 취득하여 개발행위나 건축허가 등을 받지 아니한 채 그대로 14년 이상 보유하다가 양도하였는바, 농지전용협의 완료 후 쟁점토지에 대한 개발행위 자체가 제한되었다거나 전용목적으로의 사용에 특별한 제한이 있었던 것으로 보기 어려운 점, 쟁점토지는 청구인이 취득하기 전부터 도시계획에 의해 도로 등으로 예정되어 있으므로 토지 취득 후 법령상 개발의 제한 등이 있는 경우가 아닌 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 청구인의 양도소득세 환급 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

출처 : 국세청 2017. 09. 14. 서면-2017-법인-1765[법인세과-2487] | 국세법령정보시스템