요지

거주자가 하던 사업을 현물출자를 통해 농업회사법인으로 전환하여, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 부대사업등 소득에 대해 법인세를 감면받는 경우 감면기간의 기산은 농업회사법인으로 전환 후 최초로 소득이 발생한 사업연도를 기준으로 적용하는 것임

회신

거주자가 하던 사업을 현물출자를 통해 ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣에 따른 농업회사법인으로 전환하여, ｢조세특례제한법｣ 제68조제1항에 따라 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 부대사업등 소득에 대해 법인세를 감면받는 경우 감면기간의 기산은, 농업회사법인으로 전환 후 최초로 소득이 발생한 사업연도를 기준으로 적용하는 것입니다.

1. 사실관계

○ 개인사업자는 2000년 개업하였으며, 2012.8.1. 농업회사법인으로 전환하여 계속 사업 중임

  -농업회사법인은 농업외 소득인 양돈업에서 주로 소득이 발생하며, 2014년부터 소득이 발생하여 ｢조세특례제한법｣ 제68조에 따른 농업회사법인에 대한 법인세 감면을 받고 있음

2. 질의내용

○개인농장으로 운영하다가 현물출자를 통해 농업회사법인으로 전환했을 때, 전환 이후 발생한 농업외 소득에 대한 감면 기산일이 언제인지

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제68조【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】

 ① ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣에 따른 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2018년12월31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조제1항을 준용하여 감면한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제65조 【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】

 ② 법 제68조제1항에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득(이하 이 조에서 "부대사업등 소득"이라 한다)을 말한다.

  1. ｢농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 시행령｣ 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득

  2. ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령｣ 제19조제1항에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 부대사업에서 발생한 소득

  3. 농산물 유통·가공·판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득

○ 조세특례제한법 제6조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

 ① 2018년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」 제6조제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

 ②～⑤ ⁠(생 략)

 ⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

  1. 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 사업 개시 당시 토지·건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우는 제외한다.

  2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

  3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

  4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  2. "농업법인"이란 제16조에 따른 영농조합법인과 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.

○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조【농업회사법인 및 어업회사법인의 설립 등】

 ① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.

 ② 농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농업생산자단체로 하되, 농업인이나 농업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율의 범위에서 농업회사법인에 출자할 수 있다.

4. 관련사례

○ 기획재정부 법인세제과-6(2017.01.04.)

  ｢조세특례제한법｣ 제6조제1항에 따라 세액감면을 적용받지 않은 ｢상법｣에 따른 주식회사가 ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣에 따른 농업회사법인으로 전환하여 ｢조세특례제한법｣ 제68조제1항에 따라 식량작물재배업에서 발생하는 소득외의 소득에 대해 법인세를 감면받는 경우, 감면기간의 기산은 농업회사법인으로 전환 후 최초로 소득이 발생한 사업연도를 기준으로 적용하는 것임

○ 조세심판원 2013부771(2013.6.20.)

 「상법」상 주식회사가 농업회사법인으로 전환한 경우 당해 법인의 사업은 법인설립등기 등에 상관없이 전환 전 사업이 계속되는 것이며, 조세특례제한법 제6조 제6항에서 사업의 승계, 사업용 자산인수 후 동종 사업영위, 법인 전환, 폐업 후 재개업 등의 경우는 창업중소기업에 대한 법인세 감면이 적용되는 창업으로 보지 아니한다고 정하고 있는 점 등에 비추어 보면, ⁠“해당사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도” 또는 ⁠“사업개시일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도”라 함은 ⁠“전환전 법인에게 해당사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도” 또는 ⁠“전환전 법인의 사업개시일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도”를 말한다고 보아야 할 것임

○ 법인세과-368, 2012.06.08

  상법상 주식회사가 농어업경영체육성및지원에관한법률에 따른 농업회사법인의 설립요건을 갖추어 농업회사법인으로 전환한 경우

  조세특례제한법 제68조제1항에 따라 같은 법 시행령 제65조제1항에 규정하고 있는 농업소득 외의 소득에 대해 같은 법 제6조제1항을 준용하여 법인세를 감면함에 있어서 해당 감면기간의 기산은 전환 전 법인에서 최초로 소득이 발생한 과세연도를 기준으로 하는 것임(법규과-634, 2012.6.5.)

○ 법규과-468, 2012.5.1.

  ｢농업·농촌 식품산업 기본법｣에 따라 설립된 영농조합법인이 ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣이 제정됨으로 인하여 ｢상법｣상의 합자회사인 농업회사법인으로 조직변경하는 경우

  조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로서

  해당 농업회사법인에 대해 ｢조세특례제한법｣ 제31조 및 같은 법 시행령 제28조에 따른 양도소득세 이월과세를 적용함에 있어서 설립일은 조직변경전 영농조합법인의 설립일을 기준으로 판단하는 것임

○ 서면2팀-417, 2006.2.27. ⁠(←법규과-642, 2006.2.27.)

  ｢농업·농촌기본법｣에 의해 설립된 농업회사 법인에 대하여는 ｢조세특례제한법｣ 제68조제1항의 규정에 의하여 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 농업소득에 대한 법인세를 면제하고 농업소득 외의 소득에 대한 법인세를 같은 법 제6조 제1항의 규정을 준용하여 감면하는 것임

  ｢상법｣에 의한 주식회사인 법인이 ⁠「농업·농촌기본법」에 의한 농업회사 법인으로 전환이 가능한 것인지의 여부는 관계법령에 따라 별도로 판단하시기 바람(같은 뜻 : 법인세과-14, 2012.1.5. ⁠(←법규과-1740, 2012.12.29.))

○ 서면2팀-799, 2007.5.1. ⁠(←법규과-2092, 2007.4.27.)

  ｢농업·농촌기본법｣에 의한 농업회사법인이 다른 사업자로부터 양수받은 사업에서 같은 법 시행령 제21조에 의한 농업회사법인의 부대사업 소득이 발생한 경우에는 ｢조세특례제한법｣ 제68조제1항의 규정에 의해 ｢조세특례제한법｣ 제6조 제1항의 규정을 준용하여 농업회사법인에 대한 법인세의 감면이 적용되는 것임

○ 국세청 법인46012-1264(2000.5.30.)

  종전사업자가 폐업한 장소에서 법인을 설립하여 종전사업자와 동종의 사업을 영위하거나, 타인으로부터 사업을 승계하여 승계전의 사업과 동종의 사업을 계속하는 경우에는 창업에 해당되지 않으므로 같은법에 의한 세액감면을 적용할 수 없음

○ 국세청 법인46012-1936(2000.9.18.)

  조세특례제한법 제6조제1항의 규정에 의한 창업중소기업은 동조 제3항의 규정에 의한 업종을 영위하는 중소기업을 새로이 설립하는 것을 말하는 것임

○ 국세청적부 2007-0310(2008.1.14.)

  조세특례제한법 제68조의 법문구가 ⁠“농업ㆍ농촌기본법에 따른 농업회사법인에 대하여는”이라고 규정하고 있어 세액감면 적용대상을 규정하였고, 다음 문구에서 농업소득과 농업소득외 소득에 대해 구체적인 세액감면방법을 규정하고 있으며, 동법 제6조를 준용하는 것이 아닌 동법 제6조 제1항을 준용하도록 하고 있으므로 이는 창업중소기업에 대한 세액감면 중 세액감면방법을 준용하도록 한 것으로 보이며,

  창업중소기업에 대한 세액감면은 중소기업에 대한 조세특례 중 ⁠‘창업지원’에 대한 조세특례로서 중소기업 중 ⁠‘창업’중소기업을 대상으로 하여 동법 제6조 제4항은 창업으로 보지 않는 경우를 규정하여 이를 명확히 하고 있으나,

  조세특례제한법상 농업회사법인에 대한 세액감면은 지역간 균형발전을 위한 조세특례로서 농업회사법인을 적용대상으로 하여 창업농업회사법인을 대상으로 규정하고 있지 않아, 그 적용대상을 창업농업회사법인으로 한정할 필요는 없으며, 기존법인을 농업회사법인으로 변경등기하여 새로이 설립하는 경우에도 세액감면대상으로 해석함이 타당할 것이고,

  창업농업회사법인에 대해서만 조세특례를 적용한다 할 경우 납세자 입장에서는 기존 일반법인을 폐업하고 새로이 농업회사법인을 설립하여야 하는 불편함이 따르므로 농업·농촌기본법상 요건을 충족할 경우 기존 일반법인을 새로이 농업회사법인으로 변경한 경우에는 변경한 시점부터 새로이 설립한 것으로 보아 농업회사법인에 대한 조세특례를 적용함이 타당할 것이다.

  따라서 조세특례제한법 제68조 규정에 의한 농업회사법인에 대한 조세특례를 적용함에 있어서 기존 일반법인을 농업·농촌기본법에 의한 농업회사법인으로 변경등기한 경우에는 농업회사법인으로 변경등기한 날을 기준으로 하여 조세특례제한법 제6조 제1항의 규정에 의하여 조세특례를 적용받을 수 있는 것으로 보는 것이 타당할 것으로 판단된다.

출처 : 국세청 2017. 03. 08. 서면-2016-법인-5972[법인세과-591] | 국세법령정보시스템