요지

해상운임을 누락하게 된 것이 수입자의 단순착오인지 여부 및 수입자의 귀책사유가 없는지 여부는 해당 세관에서 판단할 사항임

회신

귀 서면질의의 경우 기존해석사례(부가가치세과-691, 2014.08.04외)를 보내드리니 참조하시기 바랍니다.
○ 부가가치세과-691, 2014.08.04
세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하는 경우 수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등「부가가치세법」제35조 제2항 제2호 각 목에 어느 하나에 해당하는 경우 수정세금계산서를 교부합니다.
○ 서면-2015-부가-1393 ⁠[부가가치세과-1569], 2015.09.30
세관장은 ⁠「부가가치세법」 제35조 제2항에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 같은 법 시행령 제72조에 따라 수정한 수입세금계산서를 발급하는 것으로 귀 질의와 같이 수출용원재료를 적입한 수입물품의 용기에 대하여 재수출기간이 경과하여 용도외사용신청을 한 경우 수입자의 단순착오 또는 귀책사유가 없는 것에 해당하는지 여부는 해당 세관장이 사실판단할 사항입니다.

1. 사실관계

○ 당사는 선박기자재를 해양플랜트 건조 등 국내 조선업체의 보세공장에 제조 가공하여 공급하는 중소기업임

  - □□세관에서 실시한 법인심사에서 수입신고하면서 물품대금과 별도로 지급한 해상운임을 신고누락한 것이 지적됨

  - □□세관의 지시에 의하여 누락된 해상운임에 대하여 수정신고 신청하여 누락된 부가가치세 및 가산세에 대하여 2017.3.13. 및 2017.3.29. 2회에 걸쳐 납부함

  - □□세관장으로부터 2017.6.13. 기업심사 결과 통지서가 화주에게 통보됨에 따라 기업심사 결과통지서 내용 중 수정신고 신청하여 납부한 해상운임에 대한 부가가치세에 대하여 △△세관장에게 2017.619. 수정 수입세금계산서 발급을 신청함

  - △△세관장으로부터 2017.6.26. 해상운임 부분의 수정 수입세금계산서 발급 신청에 대한 기각 통보가 있었음

2. 질의내용

○ 기업심사에서 지적된 해상운임 신고 누락에 대하여 수정신고 납부한 부가가치세에 대한 수정 수입세금계산서 발급 대상 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제35조 【수입세금계산서】

① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 "수입세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다.

② 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 수입세금계산서(이하 "수정수입세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.

1. ⁠「관세법」에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 수입하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고 등을 하는 경우

2. 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입하는 자가 세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 ⁠「관세법」에 따라 수정신고하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. ⁠「통일상품명 및 부호체계에 관한 국제협약」에 따른 관세협력이사회나 ⁠「관세법」에 따른 관세품목분류위원회에서 품목분류를 변경하는 경우

나. 합병에 따른 납세의무 승계 등으로 당초 납세의무자와 실제 납세자가 다른 경우

다. 수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우

③ 제2항에 따라 수정수입세금계산서를 발급한 세관장은 제54조를 준용하여 작성한 수정된 매출처별 세금계산서합계표를 해당 세관 소재지를 관할하는 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 수입세금계산서 또는 수정수입세금계산서의 작성과 발급 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제72조 【수입세금계산서 】

① 법 제35조제1항에 따른 수입세금계산서는 법 제32조제1항에 따른 세금계산서 발급에 관한 규정을 준용하여 발급한다.

② 세관장은 ⁠「관세법」에 따라 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 같은 법 제28조제2항, 제38조의2제1항・제2항, 제38조의3제1항부터 제3항까지, 제38조의4제1항, 제46조, 제47조 및 제106조에 따라 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급하는 경우에는 법 제35조제2항에 따라 수입자에게 수정한 수입세금계산서를 발급하여야 한다. 다만, 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 「관세법」 제38조의3제1항에 따른 수정신고를 하는 경우에는 법 제35조제2항제2호 각 목의 어느 하나에 해당할 때에만 수정한 수입세금계산서를 발급한다.

③ 법 제35조제2항제2호 각 목 외의 부분에서 "세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.

1. 관세 조사 또는 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지하는 행위

2. 세관공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수하는 행위

3. 그 밖에 제1호 또는 제2호와 유사한 행위

④ 법 제35조제2항제2호다목에서 "수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 삭제

2. 수입자의 귀책사유 없이 「관세법」 등에 따른 원산지증명서 등 원산지를 확인하기 위하여 필요한 서류가 사실과 다르게 작성・제출되었음이 확인된 경우

3. 수입자의 단순 착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우

⑤ 세관장이 제2항과 제3항에 따라 수정한 수입세금계산서를 발급하는 경우에는 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급한 날을 작성일로 적고 비고란에 최초 수입세금계산서 발급일 등을 덧붙여 적은 후 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(음)의 표시를 하여 발급한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 수입세금계산서 또는 수정한 수입세금계산서의 작성과 발급 등에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

 ○ 부가가치세과-691, 2014.08.04

세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하는 경우 수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등「부가가치세법」제35조 제2항 제2호 각 목에 어느 하나에 해당하는 경우 수정세금계산서를 교부합니다.

 ○ 서면-2015-부가-1393 ⁠[부가가치세과-1569], 2015.09.30

세관장은 「부가가치세법」 제35조 제2항에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 같은 법 시행령 제72조에 따라 수정한 수입세금계산서를 발급하는 것으로 귀 질의와 같이 수출용원재료를 적입한 수입물품의 용기에 대하여 재수출기간이 경과하여 용도외사용신청을 한 경우 수입자의 단순착오 또는 귀책사유가 없는 것에 해당하는지 여부는 해당 세관장이 사실판단할 사항입니다.

출처 : 국세청 2017. 09. 29. 서면-2017-부가-2418[부가가치세과-2336] | 국세법령정보시스템