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지자체 위탁시설 운영 시 부가가치세 납세의무자 판정

서면-2017-부가-1042[부가가치세과-1013] · 2017. 04. 25.

질의 및 요약

Q질의내용

지방자치단체로부터 시설 운영을 위탁받은 단체가 스스로의 책임과 계산하에 운영할 경우 부가가치세 납세의무자가 해당 위탁단체가 되는지요?

S요약

지방자치단체로부터 시설의 관리·운영을 위탁받은 단체가 운영에 따른 손실 부담과 민사상·형사상 책임 등을 지며, 그 단체의 책임과 계산하에 시설을 운영하는 경우 해당 단체가 부가가치세 납세의무자가 된다고 판단됩니다.

#지자체 시설 위탁 #부가가치세 납세의무자 #위탁운영 #사업자등록 #손실 책임 #민사상 책임

핵심 정리

R회신 내용 서면-2017-부가-1042[부가가치세과-1013] · 2017. 04. 25.

국세청 서면-2017-부가-1042[부가가치세과-1013] 회신에 따른 내용임.
지방자치단체로부터 시설의 관리 또는 운영을 위탁받은 단체가 운영에 따른 손실을 부담하고 민사상 또는 형사상의 모든 책임을 지며 그 단체의 책임과 계산하에 운영하는 경우, 해당 단체가 부가가치세의 납세의무자가 되는 것으로 해석하였습니다.
지방자치단체가 직접 공급의 주체로서 자기의 명의와 계산으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우에만 지자체가 부가가치세 납세의무자가 됩니다.
질의한 바와 같이 위탁운영기관의 손실 책임, 회계 독립성, 제세공과금 등 부담의무가 있다면 운영단체가 독립적인 사업자로 간주되어 사업자 등록 및 부가가치세 신고·납부의 의무가 있다고 안내하였습니다.
관련 법령 및 다수 유권해석(부가가치세과-129, 서면인터넷방문상담3팀-596 등)에서도 같은 기준이 제시되고 있음을 명확히 하였습니다.

L관련 법령 해석

부가가치세법 제2조: 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자(사업자)를 부가가치세의 사업자로 정의
부가가치세법 제3조: 사업자 등은 부가가치세 납부의무가 있음
부가가치세법 시행령 제69조: 위탁판매 등에서 공급 주체에 따른 세금계산서 발급 규정
부가가치세과-129(2014.02.17): 수탁자의 책임과 계산으로 용역을 공급하면 수탁자가 납세의무자가 됨
서면3팀-1318, 2007.05.02.: 사업상 독립적 공급은 자기의 책임과 계산이 기준, 이에 해당하면 수탁자가 납세의무자임

사례 Q&A

1. 지자체로부터 위탁운영하는 요양병원은 부가가치세 납세의무자에 해당하나요?

답변

위탁운영 단체가 손실을 부담하고 민사상·형사상 책임을 전적으로 지는 등 자체 책임과 계산으로 운영한다면 해당 단체가 부가가치세 납세의무자가 되는 것으로 보입니다.

근거

국세청 유권해석(서면-2017-부가-1042) 및 부가가치세법 제2조·제3조, 시행령 제69조에 따른 사업상 독립적 공급 기준에 근거합니다.

2. 위탁운영기관이 독립적으로 병원을 운영하면 사업자등록은 어떻게 해야 하나요?

답변

독립회계, 책임 부담 등 운영의 독립성이 인정되면 위탁운영기관이 직접 사업자 등록을 하고 부가가치세를 신고·납부해야 할 것으로 판단됩니다.

근거

부가가치세법 제2조 및 관련 유권해석(부가가치세과-129, 2014.02.17)에 따르면 공급 주체가 사업자등록 및 세무의무를 집니다.

3. 지자체 위탁시설 민·형사·손실 책임이 위탁기관에 있으면 누구 명의로 세금계산서를 발급해야 하나요?

답변

실제 책임과 계산이 있는 위탁운영 단체 명의로 세금계산서를 발급해야 할 것으로 보입니다.

근거

부가가치세법 시행령 제69조와 유권해석(서면3팀-1318)에 따라 공급 주체 기준으로 세금계산서 발급이 이루어집니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

지방자치단체로부터 시설의 관리 또는 운영을 위탁받은 단체가 그 운영에 따른 손실을 부담하고 운영과정에서 발생하는 민사상 또는 형사상의 모든 책임을 지는 등 그 단체의 계산과 책임하에 운영하는 경우에는 그 단체가 납세의무자가 되는 것임.

회신

부가가치세가 면제되는 지방자치단체가 공급하는 재화 또는 용역이란 지방자치단체가 공급의 주체가 되어 자기의 명의와 계산으로 공급하는 재화 또는 용역을 말하는 것이나, 지방자치단체로부터 시설의 관리 또는 운영을 위탁받은 단체가 그 운영에 따른 손실을 부담하고 운영과정에서 발생하는 민사상 또는 형사상의 모든 책임을 지는 등 그 단체의 계산과 책임하에 운영하는 경우에는 그 단체가 납세의무자가 되는 것입니다.

1. 사실관계

○ 당 의료재단은 2011.12.6. △△구청과 위탁계약을 체결함

- △△구청과 당 의료재단은 노인성 질환 진료에 관한 업무를 수행하기 위해 설치한 구립 노인전문병원의 운영관리업무를 위․수탁하기로 협의함

- 제6조(수탁자의 의무) 시설․장비 그 밖의 재산 및 보조받은 예산은 목적 외에 사용할 수 없으며 운영권을 양도 등 재위탁할 수 없음, 관계 법령과 조례․규칙 등에서 정한 의무를 이행하고 △△구청의 지시사항을 준수, 병원을 운영하면서 발생되는 사고에 대하여 민사상 형사상 모든 책임을 지며, 병원 운영에 따른 적자 발생시 당 의료재단에서 부담함

- 제12조(회계관리 등) 병원의 수익과 비용 등 회계는 독립회계로서 별도 계리하여야 하며 병원운영에 따른 제세공과금은 당 의료재단이 부담함, 병원운영에서 발생되는 순이익금은 전액 △△구청에 귀속

- 제16조(손해배상 등) 당 의료재단은 병원시설․장비의 관리운영 및 사업의 수행과 관련하여 발생하는 모든 사건․사고에 대하여 민․형사상의 모든 책임을 짐

○ 2014.4.1. 위탁계약에 따라 △△구립 요양병원을 개원함

- 의료업 개설허가증에 개설자는 당 의료재단, 사업자등록은 지점으로 등록함

- △△구립 요양병원은 당 의료재단의 지점으로 법인세 신고시 합산하여 신고함

○ 2016.7.21. △△구청으로부터 의료기관 개설허가증 개설자 변경을 요구하는 공문을 받음

- 의료기관 개설 및 의료법인 설립운영 편람에 의거 의료기관 개설신고시 국․공립 병원의 개설자(대표자)는 설립주체로 신고․관리되어야 하므로

- △△구립 요양병원의 의료기관 개설허가증 개설자가 병원운영 수탁자인 당 재단으로 등록되어 있어 병원 설립주체인 △△구청으로 변경하고자하니 의료기관 개설허가증을 제출해달라는 내용임

2. 질의내용

○ 현재의 사업자등록을 △△구청으로 변경하고 고유번호증을 발급받아야 하는지 여부

○ 사업자등록이 △△구청으로 변경된다면 현재 △△구립 요양병원은 지점 폐업절차를 진행해야 하는지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. 사업자 란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다.

○ 부가가치세법 제3조 【납세의무자】

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 사업자

2. 재화를 수입하는 자

○ 부가가치세법 시행령 제69조 【위탁판매 등에 대한 세금계산서 발급】

① 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우 수탁자 또는 대리인이 재화를 인도할 때에는 법 제32조제6항에 따라 수탁자 또는 대리인이 위탁자 또는 본인의 명의로 세금계산서를 발급하며, 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 인도하는 때에는 위탁자 또는 본인이 세금계산서를 발급할 수 있다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다.

② 위탁매입 또는 대리인에 의한 매입의 경우에는 법 제32조제6항에 따라 공급자가 위탁자 또는 본인을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다.

○ 부가가치세과-129, 2014.02.17

지자체로부터 그 시설의 관리 및 운영에 관하여 위탁을 받은 수탁자가 수탁자의 책임과 계산으로 용역을 공급하는 경우 당해 용역의 공급에 대하여는 수탁자가 납세의무자가 되는 것이며, 지자체의 책임과 계산으로 용역을 공급하는 경우에는 당해 용역의 공급에 대하여는 위탁자인 지자체가 납세의무자가 되는 것임

○ 서면인터넷방문상담3팀-596, 2008.03.21

지방자치단체로부터 그 시설의 관리 및 운영에 관하여 위탁을 받은 수탁자가 수탁자의 책임과 계산으로 용역을 공급하는 경우 수탁자가 납세의무자가 되는 것이며, 지방자치단체의 책임과 계산으로 용역을 공급하는 경우에는 위탁자인 지방자치단체가 납세의무자가 되는 것임.

○ 서면3팀-1318, 2007.05.02.

부가가치세의 납세의무자는 사업상 독립적으로 재화　또는 용역을 공급하는 자인 것이며, 이 경우 사업상 독립적이란 자기의 책임과 계산하에 재화 또는 용역을 공급하는 것을 말하는 것으로

지방자치단체로부터 그 시설의 관리 및 운영에 관하여 위탁을 받은 수탁자가 수탁자의 책임과 계산으로 용역을 공급하는 경우 당해 용역의 공급에 대하여는 수탁자가 납세의무자가 되는 것이며, 수탁자가 자기의 책임과 계산으로 하지 아니하고 지방자치단체의 책임과 계산으로 용역을 공급하는 경우에는 당해 용역의 공급에 대하여는 위탁자인 지방자치단체가 납세의무자가 되는 것임

출처 : 국세청 2017. 04. 25. 서면-2017-부가-1042[부가가치세과-1013] | 국세법령정보시스템

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