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지주회사 설립 시 현물출자·기타 취득 주식 처분 순서

사전-2017-법령해석법인-0729[법령해석과-3423]  ·  2017. 11. 28.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 지배주주가 지주회사 설립 시 현물출자로 취득한 주식과 그 외 방법으로 취득한 주식을 모두 보유하다가 일부를 양도할 때, 어느 주식부터 먼저 처분한 것으로 보는지 궁금합니다.

S요약

지배주주가 지주회사 설립 과정에서 현물출자로 취득한 주식그 외 방법으로 취득한 주식을 함께 보유하다가 일부를 양도할 경우, 현물출자 외의 방법으로 취득한 주식을 먼저 처분한 것으로 본다고 판단됩니다. 이에 따라 과세특례 신청 및 부득이한 사유 판단에 영향을 미칠 수 있음을 주의할 필요가 있습니다.
#지주회사 #현물출자 #주식 처분 순서 #과세특례 #부득이한 사유 #조세특례제한법
핵심 정리

R회신 내용 사전-2017-법령해석법인-0729[법령해석과-3423]  ·  2017. 11. 28.

  • 회신 주체·출처: 국세청, 사전-2017-법령해석법인-0729[법령해석과-3423](2017.11.28.)
  • 국세청에 따르면, 지배주주가 현물출자로 취득한 주식과 기타 방법(설립, 증자 등)으로 취득한 주식을 함께 보유한 상태에서 일부를 처분하는 경우 "현물출자 외의 방법으로 취득한 주식을 먼저 처분한 것으로 본다"라고 회신하였습니다.
  • 이 기준은 조세특례제한법 시행령 제35조의3 제2항제13항에서 규정한 바에 근거하여, 현물출자분의 과세이연 및 ‘부득이한 사유’ 판정에 있어서 처분 순서에 직접 영향을 미칩니다.
  • 따라서, ‘부득이한 사유’로 과세이연 여부를 판단할 때에도 현물출자 외의 주식부터 우선 처분한 것으로 간주한다는 실무해석이 명확히 적용됩니다.
  • 관련 법령 및 이에 대한 국세청 해석 내용을 준수하여, 주식 양도 시 과세 특례 및 신고에 반영할 필요가 있음을 유의해야 합니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제38조의2: 주식 현물출자에 의한 지주회사 설립 시 양도소득세 과세이연 특례
  • 조세특례제한법 시행령 제35조의3 제2항: 현물출자 외의 방법으로 취득한 주식을 먼저 처분한 것으로 간주
  • 조세특례제한법 시행령 제35조의3 제13항: ‘부득이한 사유’ 판단 시 ‘현물출자 외 주식’ 우선처분 규정 적용
  • 조세특례제한법 시행령 제35조의4 제1항: 주주가 주식 일부 양도 시 현물출자분 먼저 양도한 것으로 간주
  • 법인세법 시행령 제80조의2: 적격합병 등에서 현물출자·기타 취득 주식 동시 보유 시 처분 순서
사례 Q&A
1. 지주회사 설립 시 현물출자와 기타 취득 주식을 같이 보유했다가 팔면, 먼저 처분한 것으로 보는 주식은?
답변
현물출자 외의 방법으로 취득한 주식을 먼저 처분한 것으로 간주합니다.
근거
국세청 해석 및 조세특례제한법 시행령 제35조의3 제2항 근거.
2. 지주회사 특례 적용 시 주식 처분 순서가 법인세 과세이연 및 ‘부득이한 사유’에 어떻게 반영되나요?
답변
현물출자 외 주식을 우선 처분으로 보므로, 과세이연 및 ‘부득이한 사유’ 판정에 직접 연결됩니다.
근거
조세특례제한법 시행령 제35조의3 제13항 및 국세청 유권해석.
3. 현물출자 및 설립으로 취득한 지주회사 주식 일부 양도 시 유의점은?
답변
처분 순서 규정에 따라 현물출자 외 주식이 먼저 양도된 것으로 처리되어 세무상 효과에 영향을 줍니다.
근거
국세청 회신(2017-법령해석법인-0729) 및 시행령 제35조의3 제2항 준용.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

유권해석 전문

요지

지배주주가 현물출자로 인하여 취득한 주식과 그 외 방법으로 취득한 주식을 보유하던 중 그 일부를 처분한 경우 현물출자 외의 방법으로 취득한 주식을 먼저 처분한 것으로 보는 것임

답변내용

 ⁠「조세특례제한법 시행령」 제35조의3제13항제1호에 따른 부득이한 사유에 해당하는지 여부를 판단함에 있어, 같은령 제35조의3제4항에 따른 주주가 현물출자로 인하여 취득한 지주회사 주식과 그 외 방법으로 취득한 지주회사 주식을 보유하던 중 그 일부를 처분하는 경우에는 현물출자 외의 방법으로 취득한 주식을 먼저 처분한 것으로 보는 것임

1. 사실관계

  ○질의법인은 AAA(질의법인의 대표이사), BBB(AAA의 형제), 그리고 CCC(AAA의 형제)의 3인(모두 거주자, 이하 ⁠“AAA등”)이 20**년 *월에 설립한 비상장 내국법인임

  ○2016. 3. 31. AAA등은 AAA등이 최대주주로 있었던 다른 비상장 내국법인인 주식회사 @@(이하 ⁠“쟁점자법인”)의 주식 ***,***주(쟁점자법인 지분율 기준 51.3%)를 질의법인에 현물출자(이하 ⁠“쟁점현물출자”)하였고,

   -그 결과 질의법인은 2016. 4. 1.부터「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하 ⁠“공정거래법”)에 따른 지주회사로 전환됨

  ○글로벌 사모투자펀드는 AAA등 및 EEEEE로부터 쟁점자법인의 모회사인 질의법인의 경영권을 인수하는 거래를 추진하고 있으며,

   - 20**. 9. 12.에 당사자간 법률적 구속력이 있는 양해각서를 체결하였고 이에 근거한 부속합의서도 체결함

  ○위 양해각서 등의 합의에 따라, AAA등은 이들이 보유한 질의법인 주식 *,***,***주(지분율 기준 89.1%) 중 *,***,***주(지분율 기준 51.1%)를 2017. 12. 31. 이전에 TPG에 양도(이하 ⁠“쟁점주식양수도”)할 예정임

  ○위 쟁점주식양수도와 함께, 글로벌 사모투자펀드는 AAA 소유 신주인수권 ***,***주와 EEEEE 소유 전환상환우선주 ***,***주를 양수할 예정임

2. 질의내용

 ○지배주주가 설립 시 취득한 주식과 현물출자로 취득한 주식을 같이 보유하다가 그 중 일부를 양도하는 경우

 -「조세특례제한법」 제38조의 2 제5항에서 정하는 ⁠“부득이한 사유” 판단 시 어느 주식부터 먼저 처분하는 것으로 보는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

조세특례제한법 제38조의2 【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】

① 내국법인의 내국인 주주가 2018년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

 1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

 2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 "현물출자등"이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다[자산조정계정 전액 익금산입]. 이 경우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.

 1. 제1항에 따라 신설되거나 전환된 지주회사 또는 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

 2. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제8조의2제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우

 3. 자회사(지분비율미달자회사를 포함한다)가 사업을 폐지하는 경우

 4. 지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

⑤ 제1항 각 호(제2항에서 제1항 각 호를 준용하는 경우를 포함한다) 및 제3항[자산조정계정 익금산입]제3호ㆍ제4호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다.

조세특례제한법 시행령 제35조의3 【지주회사의 설립 등에 대한 법인의 과세특례】

① 내국법인의 주주인 법인(내국법인 및 「법인세법」 제91조제1항에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 그 주식의 현물출자 또는 교환(이하 이 조 및 제35조의4에서 "현물출자등"이라 한다)을 한 날 현재의 그 현물출자등으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식가액(「법인세법」 제52조제2항의 규정에 따른 시가 평가액을 말한다)에서 그 현물출자등을 한 날 전일의 해당 보유주식의 장부가액을 뺀 금액(그 금액이 해당 보유주식의 시가에서 장부가액을 뺀 금액을 초과하는 경우 그 초과한 금액을 제외하며, 이하 이 조에서 "주식양도차익"이라 한다)을 그 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입한다. 이 경우 그 금액은 해당 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)하는 사업연도에 이를 익금에 산입하되, 일부 주식을 양도하는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 익금에 산입한다. {압축기장충당금×(주식의 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전화지주회사의 주식중 양도한 주식수/주식의 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식수)}

④ 법 제38조의2제1항제1호 및 같은 조 제3항제4호에서 "대통령령으로 정하는 주주"란 현물출자등의 대상이 된 주식을 발행한 법인의 주주 중 「법인세법 시행령」 제80조의2제5항에 해당하는 주주등을 말한다.

⑥ 지주회사 또는 전환지주회사는 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에 따라 자회사의 주식을 장부가액으로 취득한 경우 현물출자등으로 취득한 자회사의 주식의 가액을 현물출자등을 한 날 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 자회사의 주식의 장부가액 합계액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하여야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정의 처리에 관하여는 제35조의2제9항 후단을 준용한다.

⑦ 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 현물출자등을 한 날이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말한다.

⑧ 법인이 제1항에 따라 주식양도차익상당액을 손금에 산입한 후 법 제38조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에 따라 제6항의 자산조정계정의 잔액(잔액이 0보다 큰 경우에 한정하며, 잔액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 본다)을 익금에 산입한다. 이 경우 제6항에 따라 계상한 자산조정계정은 소멸하는 것으로 한다. 2010.12.30, 2016.2.5>

⑬ 법 제38조의2제5항에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 2010.12.30, 2016.2.5>

 1. 법 제38조의2제1항제1호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항제4호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사, 전환지주회사 및 제4항에 따른 주주등이 「법인세법 시행령」 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

 2. 법 제38조의2제1항제2호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사 및 전환지주회사의 자회사가 「법인세법 시행령」 제80조의2제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

법인세법 시행령 제80조의2 【적격합병의 요건 등】

① 법 제44조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 법 제44조제2항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

 가. 제5항에 따른 주주등(이하 이 조에서 "해당 주주등"이라 한다)이 합병으로 교부받은 전체 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우. 이 경우 해당 주주등이 합병으로 교부받은 주식등을 서로 간에 처분하는 것은 해당 주주등이 그 주식등을 처분한 것으로 보지 아니하며, 합병으로 교부받은 주식등과 합병외의 다른 방법으로 취득한 주식등을 함께 보유하고 있는 해당 주주등이 주식등을 처분하는 경우에는 합병외의 다른 방법으로 취득한 주식등을 먼저 처분하는 것으로 본다.

 나. 해당 주주등이 사망하거나 파산하여 주식등을 처분한 경우

 다. 해당 주주등이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자(법 제47조의2제1항 각 호의 요건을 모두 갖추어 양도차익에 해당하는 금액을 손금에 산입하는 현물출자를 말한다. 이하 같다)에 따라 주식등을 처분한 경우

 라. 해당 주주등이 「조세특례제한법」 제37조ㆍ제38조ㆍ제38조의2 또는 제121조의30에 따라 주식등을 포괄적으로 양도, 현물출자 또는 교환ㆍ이전하고 과세를 이연받으면서 주식등을 처분한 경우

 마. 해당 주주등이 ⁠「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식등을 처분하는 경우

 바.해당 주주등이 「조세특례제한법 시행령」 제34조제6항제1호에 따른 경영정상화계획의 이행을 위한 약정 또는 같은 항 제2호에 따른 경영정상화계획의 이행을 위한 특별약정에 따라 주식등을 처분하는 경우

 사. 해당 주주등이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식등을 처분하는 경우

조세특례제한법 시행령 제35조의2 【주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 법인의 과세특례】

⑨ 완전모회사는 법 제38조제2항 각 호 외의 부분에 따라 완전자회사의 주식을 장부가액으로 취득한 경우 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전자회사의 주식의 가액을 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 완전자회사의 주식의 장부가액 합계액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하여야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 계산식에 따른 금액을 해당 주식을 처분하는 사업연도에 익금 또는 손금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것으로 한다.

자산조정계정

×

처분한 주식 수

주식의 포괄적 교환 등으로 취득한 주식 수

조세특례제한법 시행령 제35조의4 【지주회사의 설립 등에 대한 거주자등의 과세특례】

① 내국법인의 주주인 거주자, 비거주자 또는 「법인세법」 제91조제1항에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 "거주자등"이라 한다)이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 해당 보유주식의 현물출자등에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서 "주식과세이연금액"이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다.

   (이하 생략)

출처 : 국세청 2017. 11. 28. 사전-2017-법령해석법인-0729[법령해석과-3423] | 국세법령정보시스템

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지주회사 설립 시 현물출자·기타 취득 주식 처분 순서

사전-2017-법령해석법인-0729[법령해석과-3423]  ·  2017. 11. 28.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 지배주주가 지주회사 설립 시 현물출자로 취득한 주식과 그 외 방법으로 취득한 주식을 모두 보유하다가 일부를 양도할 때, 어느 주식부터 먼저 처분한 것으로 보는지 궁금합니다.

S요약

지배주주가 지주회사 설립 과정에서 현물출자로 취득한 주식그 외 방법으로 취득한 주식을 함께 보유하다가 일부를 양도할 경우, 현물출자 외의 방법으로 취득한 주식을 먼저 처분한 것으로 본다고 판단됩니다. 이에 따라 과세특례 신청 및 부득이한 사유 판단에 영향을 미칠 수 있음을 주의할 필요가 있습니다.
#지주회사 #현물출자 #주식 처분 순서 #과세특례 #부득이한 사유
핵심 정리

R회신 내용 사전-2017-법령해석법인-0729[법령해석과-3423]  ·  2017. 11. 28.

  • 회신 주체·출처: 국세청, 사전-2017-법령해석법인-0729[법령해석과-3423](2017.11.28.)
  • 국세청에 따르면, 지배주주가 현물출자로 취득한 주식과 기타 방법(설립, 증자 등)으로 취득한 주식을 함께 보유한 상태에서 일부를 처분하는 경우 "현물출자 외의 방법으로 취득한 주식을 먼저 처분한 것으로 본다"라고 회신하였습니다.
  • 이 기준은 조세특례제한법 시행령 제35조의3 제2항제13항에서 규정한 바에 근거하여, 현물출자분의 과세이연 및 ‘부득이한 사유’ 판정에 있어서 처분 순서에 직접 영향을 미칩니다.
  • 따라서, ‘부득이한 사유’로 과세이연 여부를 판단할 때에도 현물출자 외의 주식부터 우선 처분한 것으로 간주한다는 실무해석이 명확히 적용됩니다.
  • 관련 법령 및 이에 대한 국세청 해석 내용을 준수하여, 주식 양도 시 과세 특례 및 신고에 반영할 필요가 있음을 유의해야 합니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제38조의2: 주식 현물출자에 의한 지주회사 설립 시 양도소득세 과세이연 특례
  • 조세특례제한법 시행령 제35조의3 제2항: 현물출자 외의 방법으로 취득한 주식을 먼저 처분한 것으로 간주
  • 조세특례제한법 시행령 제35조의3 제13항: ‘부득이한 사유’ 판단 시 ‘현물출자 외 주식’ 우선처분 규정 적용
  • 조세특례제한법 시행령 제35조의4 제1항: 주주가 주식 일부 양도 시 현물출자분 먼저 양도한 것으로 간주
  • 법인세법 시행령 제80조의2: 적격합병 등에서 현물출자·기타 취득 주식 동시 보유 시 처분 순서
사례 Q&A
1. 지주회사 설립 시 현물출자와 기타 취득 주식을 같이 보유했다가 팔면, 먼저 처분한 것으로 보는 주식은?
답변
현물출자 외의 방법으로 취득한 주식을 먼저 처분한 것으로 간주합니다.
근거
국세청 해석 및 조세특례제한법 시행령 제35조의3 제2항 근거.
2. 지주회사 특례 적용 시 주식 처분 순서가 법인세 과세이연 및 ‘부득이한 사유’에 어떻게 반영되나요?
답변
현물출자 외 주식을 우선 처분으로 보므로, 과세이연 및 ‘부득이한 사유’ 판정에 직접 연결됩니다.
근거
조세특례제한법 시행령 제35조의3 제13항 및 국세청 유권해석.
3. 현물출자 및 설립으로 취득한 지주회사 주식 일부 양도 시 유의점은?
답변
처분 순서 규정에 따라 현물출자 외 주식이 먼저 양도된 것으로 처리되어 세무상 효과에 영향을 줍니다.
근거
국세청 회신(2017-법령해석법인-0729) 및 시행령 제35조의3 제2항 준용.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

유권해석 전문

요지

지배주주가 현물출자로 인하여 취득한 주식과 그 외 방법으로 취득한 주식을 보유하던 중 그 일부를 처분한 경우 현물출자 외의 방법으로 취득한 주식을 먼저 처분한 것으로 보는 것임

답변내용

 ⁠「조세특례제한법 시행령」 제35조의3제13항제1호에 따른 부득이한 사유에 해당하는지 여부를 판단함에 있어, 같은령 제35조의3제4항에 따른 주주가 현물출자로 인하여 취득한 지주회사 주식과 그 외 방법으로 취득한 지주회사 주식을 보유하던 중 그 일부를 처분하는 경우에는 현물출자 외의 방법으로 취득한 주식을 먼저 처분한 것으로 보는 것임

1. 사실관계

  ○질의법인은 AAA(질의법인의 대표이사), BBB(AAA의 형제), 그리고 CCC(AAA의 형제)의 3인(모두 거주자, 이하 ⁠“AAA등”)이 20**년 *월에 설립한 비상장 내국법인임

  ○2016. 3. 31. AAA등은 AAA등이 최대주주로 있었던 다른 비상장 내국법인인 주식회사 @@(이하 ⁠“쟁점자법인”)의 주식 ***,***주(쟁점자법인 지분율 기준 51.3%)를 질의법인에 현물출자(이하 ⁠“쟁점현물출자”)하였고,

   -그 결과 질의법인은 2016. 4. 1.부터「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하 ⁠“공정거래법”)에 따른 지주회사로 전환됨

  ○글로벌 사모투자펀드는 AAA등 및 EEEEE로부터 쟁점자법인의 모회사인 질의법인의 경영권을 인수하는 거래를 추진하고 있으며,

   - 20**. 9. 12.에 당사자간 법률적 구속력이 있는 양해각서를 체결하였고 이에 근거한 부속합의서도 체결함

  ○위 양해각서 등의 합의에 따라, AAA등은 이들이 보유한 질의법인 주식 *,***,***주(지분율 기준 89.1%) 중 *,***,***주(지분율 기준 51.1%)를 2017. 12. 31. 이전에 TPG에 양도(이하 ⁠“쟁점주식양수도”)할 예정임

  ○위 쟁점주식양수도와 함께, 글로벌 사모투자펀드는 AAA 소유 신주인수권 ***,***주와 EEEEE 소유 전환상환우선주 ***,***주를 양수할 예정임

2. 질의내용

 ○지배주주가 설립 시 취득한 주식과 현물출자로 취득한 주식을 같이 보유하다가 그 중 일부를 양도하는 경우

 -「조세특례제한법」 제38조의 2 제5항에서 정하는 ⁠“부득이한 사유” 판단 시 어느 주식부터 먼저 처분하는 것으로 보는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

조세특례제한법 제38조의2 【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】

① 내국법인의 내국인 주주가 2018년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

 1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

 2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 "현물출자등"이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다[자산조정계정 전액 익금산입]. 이 경우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.

 1. 제1항에 따라 신설되거나 전환된 지주회사 또는 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

 2. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제8조의2제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우

 3. 자회사(지분비율미달자회사를 포함한다)가 사업을 폐지하는 경우

 4. 지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

⑤ 제1항 각 호(제2항에서 제1항 각 호를 준용하는 경우를 포함한다) 및 제3항[자산조정계정 익금산입]제3호ㆍ제4호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다.

조세특례제한법 시행령 제35조의3 【지주회사의 설립 등에 대한 법인의 과세특례】

① 내국법인의 주주인 법인(내국법인 및 「법인세법」 제91조제1항에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 그 주식의 현물출자 또는 교환(이하 이 조 및 제35조의4에서 "현물출자등"이라 한다)을 한 날 현재의 그 현물출자등으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식가액(「법인세법」 제52조제2항의 규정에 따른 시가 평가액을 말한다)에서 그 현물출자등을 한 날 전일의 해당 보유주식의 장부가액을 뺀 금액(그 금액이 해당 보유주식의 시가에서 장부가액을 뺀 금액을 초과하는 경우 그 초과한 금액을 제외하며, 이하 이 조에서 "주식양도차익"이라 한다)을 그 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입한다. 이 경우 그 금액은 해당 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)하는 사업연도에 이를 익금에 산입하되, 일부 주식을 양도하는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 익금에 산입한다. {압축기장충당금×(주식의 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전화지주회사의 주식중 양도한 주식수/주식의 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식수)}

④ 법 제38조의2제1항제1호 및 같은 조 제3항제4호에서 "대통령령으로 정하는 주주"란 현물출자등의 대상이 된 주식을 발행한 법인의 주주 중 「법인세법 시행령」 제80조의2제5항에 해당하는 주주등을 말한다.

⑥ 지주회사 또는 전환지주회사는 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에 따라 자회사의 주식을 장부가액으로 취득한 경우 현물출자등으로 취득한 자회사의 주식의 가액을 현물출자등을 한 날 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 자회사의 주식의 장부가액 합계액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하여야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정의 처리에 관하여는 제35조의2제9항 후단을 준용한다.

⑦ 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 현물출자등을 한 날이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말한다.

⑧ 법인이 제1항에 따라 주식양도차익상당액을 손금에 산입한 후 법 제38조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에 따라 제6항의 자산조정계정의 잔액(잔액이 0보다 큰 경우에 한정하며, 잔액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 본다)을 익금에 산입한다. 이 경우 제6항에 따라 계상한 자산조정계정은 소멸하는 것으로 한다. 2010.12.30, 2016.2.5>

⑬ 법 제38조의2제5항에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 2010.12.30, 2016.2.5>

 1. 법 제38조의2제1항제1호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항제4호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사, 전환지주회사 및 제4항에 따른 주주등이 「법인세법 시행령」 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

 2. 법 제38조의2제1항제2호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사 및 전환지주회사의 자회사가 「법인세법 시행령」 제80조의2제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

법인세법 시행령 제80조의2 【적격합병의 요건 등】

① 법 제44조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 법 제44조제2항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

 가. 제5항에 따른 주주등(이하 이 조에서 "해당 주주등"이라 한다)이 합병으로 교부받은 전체 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우. 이 경우 해당 주주등이 합병으로 교부받은 주식등을 서로 간에 처분하는 것은 해당 주주등이 그 주식등을 처분한 것으로 보지 아니하며, 합병으로 교부받은 주식등과 합병외의 다른 방법으로 취득한 주식등을 함께 보유하고 있는 해당 주주등이 주식등을 처분하는 경우에는 합병외의 다른 방법으로 취득한 주식등을 먼저 처분하는 것으로 본다.

 나. 해당 주주등이 사망하거나 파산하여 주식등을 처분한 경우

 다. 해당 주주등이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자(법 제47조의2제1항 각 호의 요건을 모두 갖추어 양도차익에 해당하는 금액을 손금에 산입하는 현물출자를 말한다. 이하 같다)에 따라 주식등을 처분한 경우

 라. 해당 주주등이 「조세특례제한법」 제37조ㆍ제38조ㆍ제38조의2 또는 제121조의30에 따라 주식등을 포괄적으로 양도, 현물출자 또는 교환ㆍ이전하고 과세를 이연받으면서 주식등을 처분한 경우

 마. 해당 주주등이 ⁠「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식등을 처분하는 경우

 바.해당 주주등이 「조세특례제한법 시행령」 제34조제6항제1호에 따른 경영정상화계획의 이행을 위한 약정 또는 같은 항 제2호에 따른 경영정상화계획의 이행을 위한 특별약정에 따라 주식등을 처분하는 경우

 사. 해당 주주등이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식등을 처분하는 경우

조세특례제한법 시행령 제35조의2 【주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 법인의 과세특례】

⑨ 완전모회사는 법 제38조제2항 각 호 외의 부분에 따라 완전자회사의 주식을 장부가액으로 취득한 경우 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전자회사의 주식의 가액을 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 완전자회사의 주식의 장부가액 합계액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하여야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 계산식에 따른 금액을 해당 주식을 처분하는 사업연도에 익금 또는 손금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것으로 한다.

자산조정계정

×

처분한 주식 수

주식의 포괄적 교환 등으로 취득한 주식 수

조세특례제한법 시행령 제35조의4 【지주회사의 설립 등에 대한 거주자등의 과세특례】

① 내국법인의 주주인 거주자, 비거주자 또는 「법인세법」 제91조제1항에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 "거주자등"이라 한다)이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 해당 보유주식의 현물출자등에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서 "주식과세이연금액"이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다.

   (이하 생략)

출처 : 국세청 2017. 11. 28. 사전-2017-법령해석법인-0729[법령해석과-3423] | 국세법령정보시스템