요지

(질의1) 조특법 §38의2에 따른 과세이연 요건을 충족한 주식과 그 밖의 주식 중 일부를 양도하는 경우 과세이연 요건을 충족한 주식을 먼저 양도한 것으로 보는 것임  ⁠(질의2) 양도하는 주식의 취득가액은 현물출자로 취득한 주식의 가액에서 과세이연금액을 차감한 금액이 되는 것임  ⁠(질의3) 지주회사 주식 양도 당시 세율을 적용하는 것임

답변내용

A법인은 2003.7.1. 인적분할로 ⁠“「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사”(이하 ⁠“지주회사”)를 설립하여 A법인의 내국인 주주였던 갑은 지주회사 주식을 취득하게 되었고, 2003.10.15. 갑은 보유 중인 A법인의 주식과 B법인의 주식을 지주회사에 현물출자하여 지주회사 주식을 추가로 취득한 후 해당 현물출자 주식에 대해「조세특례제한법」(2003.12.31. 법률 제7030호로 개정되기 전의 것) 제38조의2에 따라 과세특례를 적용받은 경우
(질의1) 갑이 보유 중인 지주회사 주식 중 일부를 양도하는 경우에는「조세특례제한법 시행령」(2017.4.7. 대통령령 제27978호로 개정된 것) 제35조의4제1항에 따라 현물출자로 취득한 지주회사 주식을 먼저 양도한 것으로 보는 것입니다.
(질의2) 같은 날 A법인의 주식과 B법인의 주식을 현물출자하고 지주회사 주식을 취득한 후 해당 지주회사 주식 중 일부를 양도하는 경우에는 A법인의 주식과 B법인의 주식 보유비율대로 양도되었다고 보아 양도한 지주회사 주식의 취득가액을 산정하는 것입니다.
(질의3) 양도하는 지주회사 주식에 적용되는 세율은 지주회사 주식 양도 시점에 지주회사 주식에 적용되는「소득세법」제104조제1항제11호에 따른 세율이 되는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 2003.4.2. ⁠“☆☆☆”(이하 “신청인” )은 ⁠“(주)★★”(이하 “★★”이라 함)의 주식 26,940주를 장내에서 취득하였고

  - ⁠“○○(주)”(이하 “○○”이라 함)의 주식을 1977년부터 1999년까지 수차례에 걸쳐, 매입, 유상증자, 주식배당 등의 방법으로 5,100,000주를 보유하고 있었음

 ○ 2003.7.1. ★★의 인적분할로 인하여 ★★ 주식 26,940주 중 6,483주가 감소하고 ⁠(주)★★홀딩스(이하 “지주회사”라 함) 주식 6,482주를 취득하게 되었으며

  - 2003.10.15. 보유중인 ★★ 주식 20,457주와 ○○ 주식 5,100,000주를 지주회사에 현물출자하고

  - 지주회사 주식을 906,502주(각각 77,931주, 828,571주)를 교부받았음

 ○ 2004.5.31. 신청인은 양도소득세 과세표준 신고 시 ｢조세특례제한법｣ 제38조의2에 따른 과세이연을 신청함

  - ★★의 주식은 양도일 현재 보유기간이 1년 미만에 해당하여 30%세율을 적용하였고

  - ○○의 주식은 양도일 현재 보유기간이 1년 이상에 해당되어 20% 세율을 적용함

 ○ 2017.4.28. 신청인은 지주회사 주식 912,984주(발행주식총수의 19.7%)를 시간외대량매매 방식을 통하여 특수관계자인 ◇◇◇에게 277,770주를, 특수관계자인 □□□에게 23,730주를 양도하는 계약을 체결함

2. 질의내용

 (질의1) ⁠「조세특례제한법」제38조의2의 요건을 충족한 주식과 인적분할로 취득한 주식 중 일부를 양도한 경우 취득가액 산정 방법

 (질의2) 현물출자로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보는 경우로서 과세이연한 대상 주식(★★, ○○)의 취득시기 및 취득가액이 각각 다른 경우 취득가액 산정방법

 (질의3) 2017.4.28. 양도한 주식의 양도세 신고 시 적용하여야 할 세율

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제2조【정의】

 ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1.～5. ⁠(생략)

  6. ⁠“이월과세”란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 ⁠“종전사업용고정자산등”이라 한다)을 현물출자 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 「소득세법」 제94조에 따른 양도소득에 대한 소득세(이하 ⁠“양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다.

  7. ⁠“과세이연”이란 공장의 이전 등을 위하여 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 ⁠“종전사업용고정자산등”이라 한다)을 양도하고 그 양도가액으로 다른 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 ⁠“신사업용고정자산등”이라 한다)을 대체 취득한 경우 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익 중 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(신사업용고정자산등의 취득가액이 종전사업용고정자산등의 양도가액을 초과하는 경우에는 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익을 한도로 한다. 이하 이 호에서 ⁠“과세이연금액”이라 한다)에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 신사업용고정자산등을 양도할 때 신사업용고정자산등의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보고 양도소득세를 과세하는 것을 말한다. 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익 × ⁠(신사업용고정자산등의 취득가액 / 종전사업용고정자산등의 양도가액)

 (이 하 생 략)

○ 조세특례제한법 제38조의2【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】(2017.4.18. 법률 제14760호로 개정된 것)

 ① 내국법인의 내국인 주주가 2018년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 ⁠“지주회사”라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

  1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

  2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 ⁠“자회사”라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

 ② 내국법인의 내국인 주주가 현물출자 또는 분할(「법인세법」제46조제2항 각 호 또는 같은 법 제47조제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할만 해당하며, 이하 이 조에서 ⁠“분할”이라 한다)에 의하여 지주회사로 전환한 내국법인(제1항에 따라 지주회사로 전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 ⁠“전환지주회사”라 한다)에 제1항 각 호 및 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2018년 12월 31일까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조에서 ⁠“자기주식교환”이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액 중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 전환지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다. 이 경우 제1항 각 호를 적용할 때 ⁠“지주회사”는 ⁠“전환지주회사”로, ⁠“자회사”는 ⁠“지분비율미달자회사”로, ⁠“현물출자”는 ⁠“현물출자 또는 자기주식교환”으로 본다.

  1. 전환지주회사의 주식소유비율이「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제8조의2제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만인 법인(이하 이 조에서 ⁠“지분비율미달자회사”라 한다)으로서 다음 각 목에 해당하는 법인의 주식을 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것

  가. 전환지주회사가 될 당시 해당 전환지주회사가 출자하고 있는 다른 내국법인

  나. 전환지주회사의 분할로 신설ㆍ합병되는 법인 및 분할 후 존속하는 법인

  2. 전환지주회사가 된 날부터 2년 이내에 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것

  3. 자기주식교환의 경우에는 지분비율미달자회사의 모든 주주가 그 자기주식교환에 참여할 수 있어야 하며, 그 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 공시하였을 것

 ③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 ⁠“현물출자등”이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.

  1. 제1항에 따라 신설되거나 전환된 지주회사 또는 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만,「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

  2. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제8조의2제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우

  3. 자회사(지분비율미달자회사를 포함한다)가 사업을 폐지하는 경우

  4. 지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

 ④ ⁠(생략)

 ⑤ 제1항 각 호(제2항에서 제1항 각 호를 준용하는 경우를 포함한다) 및 제3항제3호ㆍ제4호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다.

 ⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용하는 경우 양도차익의 계산, 자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 현물출자등에 관한 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제35조의3【지주회사의 설립 등에 대한 법인세 과세특례】(2017.4.7. 대통령령 제27978호로 개정된 것)

 ① 내국법인의 주주인 법인(내국법인 및「법인세법」제91조제1항에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 그 주식의 현물출자 또는 교환(이하 이 조 및 제35조의4에서 ⁠“현물출자등”이라 한다)을 한 날 현재의 그 현물출자등으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식가액(「법인세법」제52조제2항의 규정에 따른 시가 평가액을 말한다)에서 그 현물출자등을 한 날 전일의 해당 보유주식의 장부가액을 뺀 금액(그 금액이 해당 보유주식의 시가에서 장부가액을 뺀 금액을 초과하는 경우 그 초과한 금액을 제외하며, 이하 이 조에서 ⁠“주식양도차익”이라 한다)을 그 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입한다. 이 경우 그 금액은 해당 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

 ② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)하는 사업연도에 이를 익금에 산입하되, 일부 주식을 양도하는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 익금에 산입한다.

 (이 하 생 략)

○ 조세특례제한법 시행령 제35조의4【지주회사의 설립 등에 대한 거주자등의 과세특례】(2017.4.7. 대통령령 제27978호로 개정된 것)

 ① 내국법인의 주주인 거주자, 비거주자 또는「법인세법」제91조제1항에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 ⁠“거주자등”이라 한다)이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 해당 보유주식의 현물출자등에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서 ⁠“주식과세이연금액”이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다.

 ②～③ 삭제

 ④ 법 제38조의2제4항에 따른 양도소득세의 과세의 이연에 관하여는 제1항을 준용한다. 이 경우 과세의 이연을 받는 금액은 제1항에 따라 과세의 이연을 받은 금액과 그 과세의 이연을 받은 중간지주회사의 주식을 해당 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환함으로써 발생한 양도차익의 합계액으로 하고, 그 중간지주회사의 주식과 교환함으로써 취득한 금융지주회사의 주식을 양도하는 때에 양도소득세를 과세한다.

 ⑤ 지주회사 또는 전환지주회사는 제1항에 따라 자법인의 주주인 거주자등의 현물출자등에 따른 주식과세이연금액에 대하여 양도소득세를 과세하지 아니한 경우 현물출자등으로 취득한 자법인의 주식을 자법인의 주주인 거주자등의 취득가액으로 취득한 것으로 한다.

 (이 하 생 략)

○ 조세특례제한법 제38조의2【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것)

 ① 내국법인의 주주(현물출자의 경우에는 내국인 주주에 한정한다)가 2012년 12월 31일까지 주식의 현물출자,「상법」제360조의2의 주식의 포괄적 교환 및 같은 법 제360조의15의 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 ⁠“현물출자등”이라 한다)에 따라「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 ⁠“지주회사”라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우(주식의 포괄적 교환에 의하여「금융지주회사법」제2조제1항제1호에 따른 금융기관 및 금융업의 영위와 밀접한 관련이 있는 회사를 기존의 금융지주회사의 자회사로 편입시키는 경우를 포함한다) 그 현물출자등으로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자등으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

 ② 내국법인의 내국인 주주가 현물출자 또는 분할(「법인세법」제46조제2항 각 호 또는 같은 법 제47조제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할만 해당하며, 이하 이 조에서 ⁠“분할”이라 한다)에 의하여 지주회사로 전환한 내국법인(제1항에 따라 지주회사로 전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 ⁠“전환지주회사”라 한다)에 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2012년 12월 31일까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조에서 ⁠“자기주식교환”이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액 중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 전환지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

  1. 전환지주회사의 주식소유비율이「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제8조의2제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만인 법인(이하 이 조에서 ⁠“지분비율미달자회사”라 한다)으로서 다음 각 목에 해당하는 법인의 주식을 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것

  가. 전환지주회사가 될 당시 해당 전환지주회사가 출자하고 있는 다른 내국법인

  나. 전환지주회사의 분할로 신설․합병되는 법인 및 분할 후 존속하는 법인

  2. 전환지주회사가 된 날부터 2년 이내에 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것

  3. 자기주식교환의 경우에는 지분비율미달자회사의 모든 주주가 그 자기주식교환에 참여할 수 있어야 하며, 그 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 공시하였을 것

 ③ 제1항 또는 제2항에 따라 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 주주는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 납부하여야 한다. 이 경우 제3호 및 제4호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 양도소득세 또는 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.

  1. 제1항의 지주회사 또는 제2항의 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만,「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

  2. 양도소득세의 과세를 이연받은 주주가 현물출자 등 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 증여하거나 그 주식의 상속이 이루어지는 경우

  3. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제8조의2제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우

  4. 전환지주회사의 발행주식총수 중 해당 주주 및 그 친족이 소유한 주식 수의 합계가 자기주식교환일(자기주식교환이 여러 차례에 걸쳐 이루어진 경우에는 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날부터 2년이 되는 날) 현재 가장 많은 경우 그 주주 및 그 친족(이하 이 항에서 ⁠“최대주주”라 한다)이 자기주식교환을 한 경우로서 그 최대주주가「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 자회사의 임원으로 취임하게 된 경우

 ④ 제1항에 따라 주식을 다른 금융지주회사의 지배를 받는 금융지주회사(이하 이 항에서 ⁠“중간지주회사”라 한다)에 이전하거나 중간지주회사의 주식과 교환함에 따라 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 주주가 2012년 12월 31일까지 그 주식교환 또는 주식이전의 대가로 받은 중간지주회사의 주식을 그 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환하는 경우 당초 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 제1항에도 불구하고 해당 주주가 그 주식교환의 대가로 받은 금융지주회사의 주식을 양도할 때까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 다시 과세를 이연받을 수 있다.

 ⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용하는 경우 양도차익의 계산, 현물출자등에 관한 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제35조의3【지주회사의 설립 등에 대한 법인의 과세특례】(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것)

 ①～⑤ ⁠(생략)

 ⑥ 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에서 ⁠“대통령령으로 정하는 기간”이란 현물출자등을 한 날이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년을 말한다.

 (이 하 생 략)

○ 조세특례제한법 시행령 제35조의4【지주회사의 설립 등에 대한 거주자등의 과세특례】(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것)

 ① 내국법인의 주주인 거주자, 비거주자 또는「법인세법」제91조제1항에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 ⁠“거주자등”이라 한다)이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자 또는 이전하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하는 경우 해당 보유주식의 현물출자등에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서 ⁠“주식과세이연금액”이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다.

 ② 거주자등은 법 제38조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 주식과세이연금액중 해당 사유가 발생한 날 현재 양도하지 아니한 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식에 상당하는 금액에 현물출자 또는 자기주식교환 당시의「소득세법」제104조제1항의 규정에 의한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 납부하여야 한다. 이 경우 법 제38조의2제3항제1호 단서를 적용할 때 이 영 제35조의3제6항을 준용한다.

 ③ 거주자등이 법 제38조의2제3항 각호외의 부분 후단의 규정에 의하여 양도소득세에 가산하여 납부하여야 하는 이자상당액은 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

  1. 법 제38조의2제3항제3호 또는 제4호에 해당되는 사유로 제2항에서 정하는 바에 따라 계산하여 납부하여야 하는 세액

  2. 과세의 이연을 받은 과세연도의 종료일 다음날부터 법 제38조의2제3항제3호 또는 제4호의 사유가 발생한 과세연도 종료일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율

 ④ 법 제38조의2제4항에 따른 양도소득세의 과세의 이연에 관하여는 제1항을 준용한다. 이 경우 과세의 이연을 받는 금액은 제1항에 따라 과세의 이연을 받은 금액과 그 과세의 이연을 받은 중간지주회사의 주식을 해당 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환함으로써 발생한 양도차익의 합계액으로 하고, 그 중간지주회사의 주식과 교환함으로써 취득한 금융지주회사의 주식을 양도하는 때에 양도소득세를 과세한다.

 ⑤ 지주회사 또는 전환지주회사는 제1항에 따라 자법인의 주주인 거주자등의 현물출자등에 따른 주식과세이연금액에 대하여 양도소득세를 과세하지 아니한 경우 현물출자등으로 취득한 자법인의 주식을 자법인의 주주인 거주자등의 취득가액으로 취득한 것으로 한다. 이 경우 자법인의 주주인 거주자등의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

  1. 현물출자의 경우: 주주인 거주자등의 취득가액

  2. 주식의 포괄적 교환 또는 이전의 경우: 제35조의2제10항에 따른 금액

 (이 하 생 략)

○ 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】

 ①～④ ⁠(생략)

 ⑤ 법 제98조 및 이 조 제1항을 적용할 때 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다.

 (이 하 생 략)

○ 소득세법 제104조【양도소득세의 세율】(2016.12.27. 법률 제14474호로 개정된 것)

 ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 ⁠“양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

  1.～10. ⁠(생략)

  11. 제94조제1항제3호에 따른 자산

  가. 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 ⁠“대주주”라 한다)가 아닌 자가 양도하는 주식등으로서 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 ⁠“중소기업”이라 한다)의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 10

  나. 대주주가 1년 미만 보유한 주식등으로서 중소기업 외의 법인의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 30

  다. 그 밖의 주식등 : 양도소득 과세표준의 100분의 20

  12. ⁠(생략)

 ② 제1항제2호·제3호 및 제11호나목의 보유기간은 해당 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각각 그 정한 날을 그 자산의 취득일로 본다.

 (이 하 생 략)

○ 소득세법 제104조【양도소득세의 세율】(2003.7.30. 법률 제6958호로 개정된 것)

 ① 거주자의 양도소득세는 당해년도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 ⁠“양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다.

  1.～3. ⁠(생략)

  4. 제94조제1항제3호의 규정에 의한 자산

  가. 대통령령이 정하는 중소기업(이하 이 장 및 제160조제6항에서 ⁠“중소기업”이라 한다)외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등 : 양도소득과세표준의 100분의 30

  나. 중소기업의 주식등 : 양도소득과세표준의 100분의 10

  다. 가목 및 나목외의 주식등 : 양도소득과세표준의 100분의 20

 ② 제1항제2호 및 제4호 가목의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 각각 그 정한 날을 당해 자산의 취득일로 본다.

 (이 하 생 략)

출처 : 국세청 2017. 11. 28. 사전-2017-법령해석재산-0338[법령해석과-3434] | 국세법령정보시스템