요지

공익법인이 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 과세대상에 해당하는 부동산을 양도하는 경우에는 법인세를 추가하여 납부하여야 하는 것임

회신

비영리내국법인에 해당하는 공익법인이「법인세법」제55조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물을 양도하는 경우에는 같은 조 및 같은 법 제3조제1항에 따라 토지등 양도소득에 대한 법인세를 추가하여 납부하여야 하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○질의법인은 ｢00의 00과 000 촉진에 관한 법률｣ 제28조의2에 따라 20××년 ××월 공익법인 ×××센터로 설립됨

 ○질의법인은 사단법인 ×××××협회의 청산시 잔여재산인 아래 토지에 대하여 주무관청인 환경부로부터 2015년 10월 잔여재산처분계획에 대한 허가를 받아 해당 잔여재산을 출연재산으로 인도받은 바 있음

 ○한편, 질의법인은 해당 토지를 출연받은 이후 나대지 상태로 단순 보유하면서, 종합합산과세대상으로 재산세를 납부하여 왔으며, ’1×.×.××. 매각할 예정임

2. 질의내용

 ○ 공익법인이 출연받아 2년 미만 보유한 지방세법상 종합합산과세대상토지를 매각할 경우, 법인세법 제55조의2에 따른 비사업용 토지의 양도소득에 대한 법인세 추가과세를 적용받는지 여부

3. 관련 법령

○ 법인세법 제1조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "내국법인"(內國法人)이란 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다.

  2. "비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

   가.「민법」 제32조에 따라 설립된 법인

   나.「사립학교법」이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 「민법」 제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주(株主)ㆍ사원 또는 출자자(出資者)에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다)

   다.「국세기본법」 제13조제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)

○ 법인세법 제2조【납세의무】

 ① 다음 각 호의 법인은 이 법에 따라 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다.

  1. 내국법인

  2. 국내원천소득(國內源泉所得)이 있는 외국법인

○ 법인세법 제3조【과세소득의 범위】

 ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

  1. 각 사업연도의 소득

  2. 청산소득(淸算所得)

  3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

  4. 제56조에 따른 미환류소득

 ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

  5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

○ 법인세법 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

 ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

  1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액

   가.「소득세법」 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제2호에 따른 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)

   나.「소득세법」 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제3호에 따른 비사업용 토지

   다. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

  2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 "별장"이라 한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. 다만, 「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다.

  3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

 ② 제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

  1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

   가.～나. ⁠(생략)

  2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.

   가.～다. ⁠(생략)

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 목장용지. 다만, 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 목장용지로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

   가.～나. ⁠(생략)

  4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

   가.「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

   나.「지방세법」 제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

   다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

  5.「지방세법」 제106조제2항에 따른 주택 부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지

  6. 별장의 부속토지. 다만, 별장에 부속된 토지의 경계가 명확하지 아니한 경우에는 그 건축물 바닥면적의 10배에 해당하는 토지를 부속토지로 본다.

  7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

 ③ 제1항제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

 ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지등 양도소득에 대하여는 제1항을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지등에 대한 토지등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다.

  1. 파산선고에 의한 토지등의 처분으로 인하여 발생하는 소득

  2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분할ㆍ통합으로 인하여 발생하는 소득

  3.「도시 및 주거환경정비법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지(換地) 처분 등 대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득

 ⑤ 제1항 및 제4항에서 "미등기 토지등"이란 토지등을 취득한 법인이 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 토지등을 말한다. 다만, 장기할부 조건으로 취득한 토지등으로서 그 계약조건에 의하여 양도 당시 그 토지등의 취득등기가 불가능한 토지등이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 토지등은 제외한다.

 ⑥ 토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다. 다만, 비영리 내국법인이 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지등 양도소득은 양도금액에서 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조와 같은 법 제61조제1항에 따라 평가한 가액 중 큰 가액을 뺀 금액으로 할 수 있다.

 ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위, 주된 사업의 판정기준, 해당 사업연도에 토지등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ⑧ 토지등을 2012년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다.

4. 관련 사례

○ 법인세과-361 , 2012.06.07

법인이 「법인세법」 제55조의2제1항 각 호에서 규정한 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며 이하 ⁠‘토지 등’이라 함)을 양도한 경우에는 각 사업연도 소득에 대한 법인세 납부 여부와 별도로 ⁠“토지 등 양도소득에 대한 법인세”를 추가로 신고・납부하여야 하나, 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지 양도한 토지 등과 2009.3.16. 부터 2012.12.31. 사이에 취득한 토지 등을 양도함으로 인하여 발생하는 소득은 한시적으로 적용이 배제(같은 항 제1호에 해당하는 부동산은 제외)되는 것임

 ⁠(사실관계) 질의자(개인)는 토지를 출연하여 공익법인을 설립할 계획이며 설립된 공익법인은 향후 출연받은 토지를 매각하여 그 매각대금으로 고유목적사업에 사용하고자 함

출처 : 국세청 2017. 09. 25. 서면-2017-법인-1419[법인세과-2576] | 국세법령정보시스템