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위기지역 창업기업 감면세액 납부의무(이전·폐업 시) 국세청 해석
서면-2025-소득-0095 · 2025. 04. 07.Q질의내용
- 도선사 등 위기지역 창업기업이 정부의 도선사 수급계획에 따라 사업장을 폐업하고 타 지역에 새로 개업한 경우에도 조세특례제한법 제99조의9 제8항에 따라 감면세액 및 이자상당액을 납부해야 하는지 여부
S요약
R회신 내용 서면-2025-소득-0095 · 2025. 04. 07.
- 회신 주체·출처: 국세청 서면-2025-소득-0095 (2025-04-07)
- 조세특례제한법 제99조의9 제2항에 따라 소득세 또는 법인세 감면을 받은 기업이 제8항 사유(사업장 폐업, 위기지역 외 이전)에 해당하면, 해당 과세연도의 과세표준신고 시 시행령 제99조의8 제6항에 규정된 세액을 납부해야 한다고 국세청은 회신하였습니다.
- 그러므로 도선사 수급계획 등 정부 정책에 따라 불가피하게 사업장을 폐업(예: 군산 도선사 → 포항)하고 타 지역에 새로 개업하더라도, 조특법상 제99조의9 제8항의 적용을 받아야 한다고 보입니다.
- 즉, 감면받은 세액(폐업 시 3년, 이전 시 5년 이내)에 해당 이자상당액까지 합산하여 소득세 또는 법인세로 납부의무가 발생합니다.
- 납부대상 세액과 이자상당액의 구체적 산식, 감면 적용/배제 및 절차는 조세특례제한법과 시행령에서 정하고 있으므로 이를 반드시 참고해야 합니다.
L관련 법령 해석
- 조세특례제한법 제99조의9 제8항: 감면받은 기업이 사업장을 폐업하거나 위기지역 외로 이전하면 감면받은 세액과 이자상당액을 납부해야 함
- 조세특례제한법 시행령 제99조의8 제6항: 납부해야 할 세액의 계산식 및 적용기간(폐업 시 3년, 이전 시 5년)
- 조세특례제한법 제12조의2 제8항, 시행령 제11조의2 제9항: 이자상당가산액 산정 규정
- 도선법 제22조, 시행규칙 제22조: 도선사의 지역 간 배치 및 면허 변경에 관한 절차
- 조세특례제한법 제99조의9 제2항: 위기지역 창업기업의 감면 인정 요건과 감면율
* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.
요지
조세특례제한법 제99조9 제8항 제1호 및 제2호에서 ‘사업장을 폐업하거나 위기지역 외의 지역으로 이전하는 경우’에 납부하여야할 세액에서 이자상당액을 가산하여 납부해야한다고 규정
회신
귀 질의의 경우, 「조세특례제한법」제99조의9 제2항에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받은 기업이 동조 제8항에 해당하는 사유가 발생하는 경우, 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 동법 시행령 제99조의8 제6항에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부해야하는 것입니다.
1. 사실관계
○ 질의인은 위기지역으로 지정된 군산에서 2019년 도선사로 개인사업자등록을 한 사업자임
- 조세특례제한법 제99조의9 규정에 따라 100% 세액감면을 받고 종합소득세를 신고·납부함
- ’24년 정부의 도선사 수급계획에 따라 질의인은 군산항도선구에서 포항도선구로 이동하여 수습 3개월을 마친 후 포항항만청에 도선사 면허를 새로 신청·발급하고 군산에 있던 기존 사업자등록을 폐업 후 ’25년 포항세무서에서 새로운 사업자등록을 함
2. 질의내용
○ 해양 물류수송의 원활화를 위한 정부의 도선사 수급계획에 따라 사업장을 폐업 후 개업하는 경우에도 조세특례제한법 제99조의9 제8항을 적용을 받아 100% 감면받았던 소득세와 이자상당액을 포함하여 납부해야 하는지 여부
3. 관련법령
○ 조세특례제한법 제99조의9【위기지역 창업기업에 대한 법인세 등의 감면】
① 위기지역에 2025년 12월 31일까지 제6조제3항 각 호에 따른 업종(이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)으로 창업하거나 사업장을 신설(기존 사업장을 이전하는 경우는 제외하며, 위기지역으로 지정 또는 선포된 기간에 창업하거나 사업장을 신설하는 경우로 한정한다)하는 기업에 대해서는 제2항부터 제8항까지의 규정에 따라 법인세 또는 소득세를 감면한다.
② 제1항에 따른 기업은 감면대상사업에서 발생한 소득에 대하여 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도까지는 소득세 또는 법인세의 100분에 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도까지는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
⑧ 제2항에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받은 기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 제12조의2제8항의 이자상당가산액 등에 관한 규정을 준용한다.
1. 감면대상사업장의 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 법인의 합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우는 제외한다.
2. 감면대상사업장을 위기지역 외의 지역으로 이전한 경우
⑨ 제2항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.
⑩ 제3항제2호에 따라 서비스업에 대한 한도를 적용받는 기업은 제143조를 준용하여 서비스업과 그 밖의 사업을 각각 구분하여 경리하여야 한다.
○ 조세특례제한법 시행령 제99조의8【위기지역 창업기업에 대한 법인세 등의 감면】
⑥ 법 제99조의9제8항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 세액을 말한다.
1. 법 제99조의9제8항제1호에 해당하는 경우: 폐업일 또는 법인해산일부터 소급하여 3년 이내에 감면된 세액
2. 법 제99조의9제8항제2호에 해당하는 경우: 이전일부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액
○ 도선법 제22조【도선사의 다른 도선구에 배치】
① 해양수산부장관은 도선업무의 수행을 위하여 필요하다고 인정되는 경우에는 도선사 본인의 동의를 받아 그를 다른 도선구에 배치하여 해양수산부령으로 정하는 기간 동안 도선훈련을 받게 한 후 도선업무를 하게 할 수 있다. 이 경우 해양수산부장관은 다른 도선구에 배치되어 도선훈련을 마친 도선사에게 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 새로 도선사면허를 하여야 한다.
② 제1항에 따른 도선사의 다른 도선구에의 배치에 필요한 사항은 해양수산부령으로 정한다.
○ 도선법 시행규칙 제22조【도선사의 다른 도선구에의 배치】
① 해양수산부장관은 법 제22조에 따라 도선사를 다른 도선구에 배치하려는 경우에는 그 배치할 도선구의 명칭과 그 사유를 적은 동의요청서를 해당 도선사에게 보내야 한다.
② 제1항에 따른 동의요청서를 받은 도선사는 15일 이내에 동의 여부를 해양수산부장관에게 서면(전자문서를 포함한다)으로 알려야 한다. 이 경우 동의할 수 없으면 그 사유를 함께 알려야 한다.
○ 조세특례제한법 제12조의2【연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면】
② 제7항에 따라 소득세 또는 법인세를 납부하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세에 가산하여 납부하여야 하며, 해당 세액은 「소득세법」 제76조 또는 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.
○ 조세특례제한법 시행령 제11조의2【연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면】
⑨ 법 제12조의2제8항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액"이란 제8항 각 호의 구분에 따른 세액에 상당하는 금액에 제1호에 따른 기간과 제2호에 따른 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
1. 감면을 받은 과세연도의 종료일 다음 날부터 법 제12조의2제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간
2. 1일 10만분의 22
유권해석
위기지역 창업기업 감면세액 납부의무(이전·폐업 시) 국세청 해석
서면-2025-소득-0095 · 2025. 04. 07.Q질의내용
- 도선사 등 위기지역 창업기업이 정부의 도선사 수급계획에 따라 사업장을 폐업하고 타 지역에 새로 개업한 경우에도 조세특례제한법 제99조의9 제8항에 따라 감면세액 및 이자상당액을 납부해야 하는지 여부
S요약
R회신 내용 서면-2025-소득-0095 · 2025. 04. 07.
- 회신 주체·출처: 국세청 서면-2025-소득-0095 (2025-04-07)
- 조세특례제한법 제99조의9 제2항에 따라 소득세 또는 법인세 감면을 받은 기업이 제8항 사유(사업장 폐업, 위기지역 외 이전)에 해당하면, 해당 과세연도의 과세표준신고 시 시행령 제99조의8 제6항에 규정된 세액을 납부해야 한다고 국세청은 회신하였습니다.
- 그러므로 도선사 수급계획 등 정부 정책에 따라 불가피하게 사업장을 폐업(예: 군산 도선사 → 포항)하고 타 지역에 새로 개업하더라도, 조특법상 제99조의9 제8항의 적용을 받아야 한다고 보입니다.
- 즉, 감면받은 세액(폐업 시 3년, 이전 시 5년 이내)에 해당 이자상당액까지 합산하여 소득세 또는 법인세로 납부의무가 발생합니다.
- 납부대상 세액과 이자상당액의 구체적 산식, 감면 적용/배제 및 절차는 조세특례제한법과 시행령에서 정하고 있으므로 이를 반드시 참고해야 합니다.
L관련 법령 해석
- 조세특례제한법 제99조의9 제8항: 감면받은 기업이 사업장을 폐업하거나 위기지역 외로 이전하면 감면받은 세액과 이자상당액을 납부해야 함
- 조세특례제한법 시행령 제99조의8 제6항: 납부해야 할 세액의 계산식 및 적용기간(폐업 시 3년, 이전 시 5년)
- 조세특례제한법 제12조의2 제8항, 시행령 제11조의2 제9항: 이자상당가산액 산정 규정
- 도선법 제22조, 시행규칙 제22조: 도선사의 지역 간 배치 및 면허 변경에 관한 절차
- 조세특례제한법 제99조의9 제2항: 위기지역 창업기업의 감면 인정 요건과 감면율
* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.
요지
조세특례제한법 제99조9 제8항 제1호 및 제2호에서 ‘사업장을 폐업하거나 위기지역 외의 지역으로 이전하는 경우’에 납부하여야할 세액에서 이자상당액을 가산하여 납부해야한다고 규정
회신
귀 질의의 경우, 「조세특례제한법」제99조의9 제2항에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받은 기업이 동조 제8항에 해당하는 사유가 발생하는 경우, 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 동법 시행령 제99조의8 제6항에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부해야하는 것입니다.
1. 사실관계
○ 질의인은 위기지역으로 지정된 군산에서 2019년 도선사로 개인사업자등록을 한 사업자임
- 조세특례제한법 제99조의9 규정에 따라 100% 세액감면을 받고 종합소득세를 신고·납부함
- ’24년 정부의 도선사 수급계획에 따라 질의인은 군산항도선구에서 포항도선구로 이동하여 수습 3개월을 마친 후 포항항만청에 도선사 면허를 새로 신청·발급하고 군산에 있던 기존 사업자등록을 폐업 후 ’25년 포항세무서에서 새로운 사업자등록을 함
2. 질의내용
○ 해양 물류수송의 원활화를 위한 정부의 도선사 수급계획에 따라 사업장을 폐업 후 개업하는 경우에도 조세특례제한법 제99조의9 제8항을 적용을 받아 100% 감면받았던 소득세와 이자상당액을 포함하여 납부해야 하는지 여부
3. 관련법령
○ 조세특례제한법 제99조의9【위기지역 창업기업에 대한 법인세 등의 감면】
① 위기지역에 2025년 12월 31일까지 제6조제3항 각 호에 따른 업종(이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)으로 창업하거나 사업장을 신설(기존 사업장을 이전하는 경우는 제외하며, 위기지역으로 지정 또는 선포된 기간에 창업하거나 사업장을 신설하는 경우로 한정한다)하는 기업에 대해서는 제2항부터 제8항까지의 규정에 따라 법인세 또는 소득세를 감면한다.
② 제1항에 따른 기업은 감면대상사업에서 발생한 소득에 대하여 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도까지는 소득세 또는 법인세의 100분에 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도까지는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
⑧ 제2항에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받은 기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 제12조의2제8항의 이자상당가산액 등에 관한 규정을 준용한다.
1. 감면대상사업장의 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 법인의 합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우는 제외한다.
2. 감면대상사업장을 위기지역 외의 지역으로 이전한 경우
⑨ 제2항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.
⑩ 제3항제2호에 따라 서비스업에 대한 한도를 적용받는 기업은 제143조를 준용하여 서비스업과 그 밖의 사업을 각각 구분하여 경리하여야 한다.
○ 조세특례제한법 시행령 제99조의8【위기지역 창업기업에 대한 법인세 등의 감면】
⑥ 법 제99조의9제8항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 세액을 말한다.
1. 법 제99조의9제8항제1호에 해당하는 경우: 폐업일 또는 법인해산일부터 소급하여 3년 이내에 감면된 세액
2. 법 제99조의9제8항제2호에 해당하는 경우: 이전일부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액
○ 도선법 제22조【도선사의 다른 도선구에 배치】
① 해양수산부장관은 도선업무의 수행을 위하여 필요하다고 인정되는 경우에는 도선사 본인의 동의를 받아 그를 다른 도선구에 배치하여 해양수산부령으로 정하는 기간 동안 도선훈련을 받게 한 후 도선업무를 하게 할 수 있다. 이 경우 해양수산부장관은 다른 도선구에 배치되어 도선훈련을 마친 도선사에게 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 새로 도선사면허를 하여야 한다.
② 제1항에 따른 도선사의 다른 도선구에의 배치에 필요한 사항은 해양수산부령으로 정한다.
○ 도선법 시행규칙 제22조【도선사의 다른 도선구에의 배치】
① 해양수산부장관은 법 제22조에 따라 도선사를 다른 도선구에 배치하려는 경우에는 그 배치할 도선구의 명칭과 그 사유를 적은 동의요청서를 해당 도선사에게 보내야 한다.
② 제1항에 따른 동의요청서를 받은 도선사는 15일 이내에 동의 여부를 해양수산부장관에게 서면(전자문서를 포함한다)으로 알려야 한다. 이 경우 동의할 수 없으면 그 사유를 함께 알려야 한다.
○ 조세특례제한법 제12조의2【연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면】
② 제7항에 따라 소득세 또는 법인세를 납부하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세에 가산하여 납부하여야 하며, 해당 세액은 「소득세법」 제76조 또는 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.
○ 조세특례제한법 시행령 제11조의2【연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면】
⑨ 법 제12조의2제8항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액"이란 제8항 각 호의 구분에 따른 세액에 상당하는 금액에 제1호에 따른 기간과 제2호에 따른 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
1. 감면을 받은 과세연도의 종료일 다음 날부터 법 제12조의2제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간
2. 1일 10만분의 22
