요지

합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 자기주식의 경우에도 피합병법인이 해당 주식을 지배주주등으로서 3년이상 보유한 경우에는 지배목적 보유주식에 해당함

회신

합병법인이 주식투자업을 영위하는 법인을 적격흡수합병하여 피합병법인의 투자주식을 승계받은 후 해당 주식투자 사업부문을 다시 분할하는 경우,

합병법인이 피합병법인으로부터 승계하여 보유하게 된 자기주식의 경우에도 피합병법인이 합병 전 해당 주식을 지배주주등으로서 3년 이상 보유한 경우에는 ⁠「법인세법 시행령」 제82조의2제3항제1호에 따른 지배목적 보유주식에 해당하며
합병법인이 해당 자기주식을 포함하여 모든 지배목적 보유주식과 그와 관련된 자산․부채만으로 구성된 사업부문을 분할하는 경우에는 ⁠「법인세법」 제46조제2항제1호가목에 따른 ⁠“분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문의 분할”에 해당하는 것임

1. 질의내용

 ○ ⁠(질의1) 합병법인이 적격합병을 통해 피합병법인으로부터 승계하여 보유하고 있는 자기주식이 「법인세법 시행령」 제82조의2제3항제1호에 따른 지배목적 보유주식에 해당하는지 여부

○ ⁠(질의2) 질의1의 자기주식을 포함하여 주식투자 사업부문을 분할하는 경우 ⁠「법인세법」 제46조제2항제1호가목에 따른 독립된 사업부문의 분할로 볼 수 있는지 여부

2. 사실관계

 ○ A법인은 대중 골프장(9홀) 운영을 주업으로 영위하는 내국법인으로서

  - 2017년 말 주식투자업을 영위하는 B법인을 적격흡수합병하여 법인세법에 따른 과세특례를 적용받았으며, 합병 전 B법인의 투자주식 보유현황은 다음과 같으며

  - 상기 투자주식은 합병 전 B법인이 지배주주등으로서 3년 이상 보유한 주식으로서 「법인세법 시행령」 제82조의2제3항제1호에 따른 지배목적 보유주식에 해당함

○ A법인은 위 적격합병을 통해 B법인으로부터 승계취득한 피투자회사 주식 중 합병 전 B법인이 보유하고 있던 A법인 주식을 자기주식으로 보유하고 있으며

  - A법인은 현재 자기주식을 포함하여 주식투자 사업부문을 다시 인적분할하는 방안을 고려하고 있음

3. 관련법령

○ 법인세법 제46조 【분할 시 분할법인 등에 대한 과세】

 ① 내국법인이 분할로 해산하는 경우[물적분할(物的分割)은 제외한다. 이하 이 조 및 제46조의2부터 제46조의4까지에서 같다]에는 그 법인의 자산을 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인(이하 "분할신설법인등"이라 한다)에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제46조의3에서 같다)은 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인(이하 "분할법인등"이라 한다)이 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

  1. 분할법인등이 분할신설법인등으로부터 받은 양도가액

  2. 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액

 ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 갖춘 분할의 경우에는 제1항제1호의 가액을 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

  1. 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 다음 각 목의 요건을 모두 갖추어 분할하는 경우일 것(분할합병의 경우에는 소멸한 분할합병의 상대방법인 및 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인일 것)

  가. 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것

  나. 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것. 다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

  다. 분할법인등만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것

  2. 분할법인등의 주주가 분할신설법인등으로부터 받은 분할대가의 전액(분할합병의 경우에는 제44조제2항제2호의 비율 이상)이 주식으로서 그 주식이 분할법인등의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정(분할합병의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정한 것을 말한다)되고 대통령령으로 정하는 분할법인등의 주주가 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식을 보유할 것

 3. 분할신설법인등이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

  4. 분할등기일 1개월 전 당시 분할하는 사업부문에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 분할신설법인등이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것

○ 법인세법 시행령 제82조의2 【적격분할의 요건 등】

 ② 분할하는 사업부문(분할법인으로부터 승계하는 부분을 말한다. 이하 이 조와 제85조제1호에서 같다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업부문인 경우에는 법 제46조제2항제1호가목에 따라 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것으로 보지 아니한다.

  1. 기획재정부령으로 정하는 부동산 임대업을 주업으로 하는 사업부문

  2. 분할하는 사업부문이 승계한 사업용 자산가액(기획재정부령으로 정하는 사업용 자산의 가액은 제외한다) 중 「소득세법」 제94조제1항제1호 및 제2호에 따른 자산이 100분의 80 이상인 사업부문

  3. 주식 등과 그와 관련된 자산ㆍ부채만으로 구성된 사업부문

 ③ 제2항제3호에도 불구하고 분할하는 사업부문이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업부문인 경우에는 법 제46조제2항제1호가목에 따라 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것으로 본다.

  1. 분할법인이 분할등기일 전일 현재 보유한 모든 지배목적 보유 주식등(지배목적으로 보유하는 주식등으로서 기획재정부령으로 정하는 주식등을 말한다. 이하 이 조에서 같다)과 그와 관련된 자산ㆍ부채만으로 구성된 사업부문

  2.「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」및「금융지주회사법」에 따른 지주회사를 설립하는 사업부문. 다만, 분할하는 사업부문이 지배주주등으로서 보유하는 주식등과 그와 관련된 자산ㆍ부채만을 승계하는 경우로 한정한다.

○ 법인세법 시행령 제43조 【상여금 등의 손금불산입】

 ③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 사용인에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

 ⑦ 제3항에서 "지배주주등"이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등(이하 "지배주주등"이라 한다)을 말한다

○ 법인세법 시행규칙 제41조 【독립된 사업부문 및 포괄승계의 판단기준 등】

 ③ 영 제82조의2제3항제1호에서 "지배목적으로 보유하는 주식등으로서 기획재정부령으로 정하는 주식등"이란 분할법인이 영 제43조제7항에 따른 지배주주등(이하 "지배주주등"이라 한다)으로서 3년 이상 보유한 주식 또는 출자지분(이하 "주식등"이라 한다)을 말한다. 다만, 분할 후 분할법인이 존속하는 경우에는 해당 주식등에서 제8항제1호, 제2호 및 제4호에 해당하는 주식등(해당 각 호의 "분할하는 사업부문"을 "분할존속법인"으로 볼 때의 주식등을 말한다)은 제외할 수 있다.

출처 : 국세청 2019. 10. 24. 서면-2019-법령해석법인-1940[법령해석과-2788] | 국세법령정보시스템