요지

2018.12.31.까지 당초 조세감면신청을 하여 감면결정을 받은 외국인 투자기업이 2019.1.1. 이후 조세감면내용 변경신청을 하여 감면내용 변경결정을 받은 경우 그 변경결정내용은 당초 감면기간의 남은 기간에 대해서는 적용이 가능한 것임

회신

2018년 12월 31일까지 ⁠「조세특례제한법」 제121조의 2 제6항에 따른 조세감면신청을 하여 제8항에 따라 조세감면결정을 받은 외국인투자기업이 2019년 1월 1일 이후 제6항 단서에 따라 조세감면내용 변경신청을 하여 이에 따른 조세감면내용 변경결정을 받은 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 남은 기간 동안 적용이 가능한 것입니다.

 ○자문대상법인은 축전지 제조용 리튬화합물 및 관련 원재료의 제조·연구개발 등을 목적으로 설립된 외국인 투자기업임

 ○자문대상법인은 ’16년 기획재정부장관에게 외국인 투자에 대한 조세감면신청을 하였고 ’16년 중 조세감면 결정을 통보 받았으며

  - ’17~’19년 3차례에 걸쳐 추가 투자를 실시하고 조세감면내용 변경신청을 하여 이에 따른 조세감면내용 변경결정을 받았음

 ○자문대상법인은 ’19.11. 조세감면내용 변경결정(3차)을 받고 이에 따른 법인세 추가감면을 적용하여 경정청구하였음(1차, 2차 변경결정에 대해서는 감면받았음)

2. 질의내용

 ○’18.12.31. 전 조특법 §121의2에 따른 외국인 투자기업 조세감면을 신청한 외국인 투자기업이 ’19년 중 조세감면내용 변경신청을 하여 변경결정을 받은 경우 감면을 받을 수 있는지 여부

   * ’19.1.1. 조세감면을 신청하는 분부터는 적용배제(조특법 §121의2②)

3. 관련법령

 ○ 조세특례제한법 제121조의2【외국인투자에 대한 조세 감면】(2019.11.26. 법률 제16652호)

  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(「외국인투자촉진법」 제2조제1항제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항, 제4항, 제5항 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세(「지방세법」 제111조에 따라 부과된 세액을 말한다. 이하 같다)를 각각 감면한다.

  2. ⁠「외국인투자촉진법」제18조제1항제2호에 따른 외국인투자지역에 입주하는 같은 법 제2조제1항제6호에 따른 외국인투자기업(이하 이 장에서 "외국인투자기업"이라 한다)이 경영하는 사업 및 제2호의2, 제2호의8, 제121조의8제1항 또는 제121조의9제1항제1호의 사업 중 외국인투자기업이 경영하는 사업으로서 다음 각 목의 위원회의 심의ㆍ의결을 거치는 사업

  ② 2018년 12월 31일까지 제6항에 따른 조세감면신청을 한 외국인투자기업에 대해서는 제1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득(제1항제1호에 따른 감면대상 사업의 경우 대통령령으로 정하는 소득)에 대하여 다음 각 호의 구분에 따른 세액을 감면한다. 이 경우 감면대상이 되는 세액을 산정할 때 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업은 제외한다)과 합병하여 해당 합병법인의 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)이 감소한 경우에는 합병 전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.

  1. 제1항제1호 및 제2호에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득: 다음 각 목의 구분에 따른 세액

  가. 해당 사업을 개시한 후 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도까지: 해당 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당금액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율을 곱한 세액(이하 이 항, 제12항제1호ㆍ제2호 및 제121조의4제4항에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액

  나. 가목의 기간 이후 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액

  ⑥ 외국인투자기업이 제2항, 제4항, 제5항 및 제12항에 따른 감면을 받으려면 그 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일까지 기획재정부장관에게 감면신청을 하여야 한다. 다만, 제8항에 따라 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받으려면 해당 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 기획재정부장관에게 조세감면내용 변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 남은 기간에 대해서만 적용된다.

  ⑧ 기획재정부장관은 제6항에 따른 조세감면신청 또는 조세감면내용 변경신청을 받거나 제7항에 따른 사전확인신청을 받으면 관계 중앙관서의 장(제4항, 제5항, 제12항제3호 및 제4호에 따른 취득세 및 재산세의 감면의 경우에는 해당 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장을 말한다)과 협의하여 그 감면ㆍ감면내용변경ㆍ감면대상 해당여부를 결정하고 이를 신청인에게 알려야 한다. 다만, 제1항제1호에 따른 감면에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 감면ㆍ감면내용변경ㆍ감면대상 해당 여부를 결정할 수 있다.

 ○ 조세특례제한법 시행령 제116조의2【조세감면의 기준등】(2019.07.30. 법률 제30005호)

  ③ 법 제121조의2제1항제2호에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세 및 재산세를 감면하는 외국인투자는 「외국인투자촉진법」 제18조제1항제2호에 따른 외국인투자지역안에서 새로이 시설을 설치하는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

  1. 외국인투자금액이 미화 3천만불 이상으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하기 위한 시설을 새로 설치하는 경우

  가. 제조업

 ○ 조세특례제한법 시행령 제116조의3【법인세등의 감면결정】

  ① 기획재정부장관은 법 제121조의2제6항의 규정에 의한 조세감면신청 또는 조세감면내용의 변경신청이 있는 때에는 당해신청이 제116조의2의 규정에 의한 조세감면 기준에 해당되는지의 여부등을 검토하여 20일 이내에 감면여부 또는 감면내용의 변경여부를 결정하고 이를 신청인에게 통지하여야 한다.

  ② 제1항에 불구하고 기획재정부장관이 법 제121조의2제1항제1호의 사업에 대하여 법 제121조의2제6항에 따른 신청을 받아 비감면대상사업으로 결정하려는 때에는 해당 신청일부터 20일 이내에 기획재정부령이 정하는 바에 따라 결정예고통지를 하여야 한다.

  ③ 제2항에 따른 결정예고통지를 받은 자는 기획재정부장관에게 그 통지를 받은 날부터 20일 이내에 통지내용에 대한 적정성 여부에 대한 심사를 소명자료를 첨부하여 서면으로 요청할 수 있다.

  ④ 기획재정부장관은 제3항에 따른 요청을 받은 날부터 20일 이내에 감면여부 또는 감면내용의 변경여부를 결정하고 그 결과를 신청인에게 통지하여야 한다.

  ⑤ 기획재정부장관은 제1항ㆍ제2항 또는 제4항의 규정에 의하여 감면여부 또는 감면내용의 변경여부를 결정하는 경우 부득이하게 장기간이 소요된다고 인정되는 때에는 20일의 범위내에서 그 처리기간을 연장할 수 있다. 이 경우에는 그 사유 및 처리기간을 신청인에게 통지하여야 한다.

  ⑥ 기획재정부장관은 제1항 또는 제4항의 규정에 의하여 조세감면 또는 조세감면내용의 변경을 결정한 때에는 그 사실을 국세청장ㆍ관세청장 및 당해공장시설을 관할하는 지방자치단체의 장에게 통보하여야 한다.

  ⑦ 제1항 내지 제6항의 규정은 법 제121조의2제7항의 규정에 의한 조세감면대상 해당여부의 사전확인신청에 관하여 이를 준용한다.

출처 : 국세청 2020. 11. 30. 기준-2020-법령해석국조-0270[법령해석과-3909] | 국세법령정보시스템