요지

감사원 및 기획재정부의 권고사항에 따라 방사성폐기물 관리기금에 반납하는 것은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 볼 수 없는 것임

회신

귀 서면질의의 사실관계와 같이, 비영리내국법인이 ｢법인세법｣ 제29조제1항제2호에 따른 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입한 후 동 금액을 감사원 및 기획재정부의 권고사항에 따라 방사성폐기물 관리기금에 반납하는 것은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 볼 수 없는 것입니다.

1. 사실관계

 ○A법인은 ｢방사성폐기물 관리법｣ 제10조에 따른 방사성폐기물 관리사업자로서 정부로부터 사업 및 기관 운영의 재원을 출연받아 방사성폐기물 관리사업을 수행하고 있으며

  -사업연도 결산확정 시 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하고 있음

 ○A법인은 ｢법인세법｣ 제29조제1항제2호에 따른 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득(이하 ⁠‘그 밖의 수익’)을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하고,

  -감사원 및 기획재정부 권고사항에 따라 그 밖의 수익을 방사성폐기물 관리기금에 반납할 예정임

    *방사성폐기물 관리기금에 반납한 금액은 이후 A법인의 사업 및 기관 운영의 재원으로 출연될 예정임

2. 질의내용

 ○비영리법인이 ｢법인세법｣ 제29조제1항제2호에 따른 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입한 후

  -상기 금액을 감사원 및 기획재정부 권고사항에 따라 방사성폐기물관리기금에 반납하는 경우 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○법인세법 제29조【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】

 ①비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

  1.다음 각 목의 금액

   가.｢소득세법｣ 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

   나.｢소득세법｣ 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, ｢상속세 및 증여세법｣ 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.

   다.특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

  2.그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(｢공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률｣에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

○법인세법 시행령 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】

 ⑤법 제29조제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업은 해당 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제3조제1항에 따른 수익사업 외의 사업으로 한다.

 ⑥법 제29조제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 다만, 비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산 취득 후 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이나 보건업[보건업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)에 한정한다]에 3년 이상 자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 제1호 또는 제3호의 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다.

  1.비영리내국법인이 해당 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용(제31조제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

  2.특별법에 따라 설립된 법인(해당 법인에 설치되어 운영되는 기금 중 ｢국세기본법｣ 제13조에 따라 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험·연금관리·공제사업 및 제3조제1항제8호에 따른 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액

  3.의료법인이 지출하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액

   가.의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액

   나.｢의료 해외진출 및 외국인환자 유치 지원에 관한 법률｣ 제2조제1호에 따른 의료 해외진출을 위하여 기획재정부령으로 정하는 용도로 지출하는 금액

   다.기획재정부령으로 정하는 연구개발사업을 위하여 지출하는 금액

  4.｢농업협동조합법｣에 따른 농업협동조합중앙회가 법 제29조제2항에 따라 계상한 고유목적사업준비금을 회원에게 무상으로 대여하는 금액

  5.｢농업협동조합법｣에 의한 농업협동조합중앙회가 ｢농업협동조합의 구조개선에 관한 법률｣에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액

  6.｢수산업협동조합법｣에 의한 수산업협동조합중앙회가 ｢수산업협동조합의 구조개선에 관한 법률｣에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액

  7.｢신용협동조합법｣에 의한 신용협동조합중앙회가 동법에 의한 신용협동조합예금자보호기금에 출연하는 금액

  8.｢새마을금고법｣에 의한 새마을금고연합회가 동법에 의한 예금자보호준비금에 출연하는 금액

  9.｢산림조합법｣에 의한 산림조합중앙회가 동법에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액

  10.｢제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법｣ 제166조에 따라 설립된 제주국제자유도시 개발센터가 같은 법 제170조제1항제1호, 같은 항 제2호라목·마목(관련 토지의 취득·비축을 포함한다) 및 같은 항 제3호의 업무에 지출하는 금액

○법인세법 시행령 제3조【수익사업의 범위】

 ①법 제4조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

  8.금융 및 보험 관련서비스업중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업

   가.｢예금자보호법｣에 의한 예금보험기금 및 예금보험기금채권상환기금을 통한 예금보험 및 이와 관련된 자금지원·채무정리 등 예금보험제도를 운영하는 사업

   나.｢농업협동조합의 구조개선에 관한 법률｣ 및 ｢수산업협동조합법｣에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

   다.｢새마을금고법｣에 의한 예금자보호준비금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

   라.｢금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률｣에 따른 구조조정기금을 통한 부실자산 등의 인수 및 정리와 관련한 사업

   마.｢신용협동조합법｣에 의한 신용협동조합예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

   바.｢산림조합법｣에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

○방사성폐기물 관리법 제9조【방사성폐기물 관리사업】

  방사성폐기물 관리를 위한 사업(이하 "방사성폐기물 관리사업"이라 한다)의 범위는 다음 각 호와 같다.

  1. 방사성폐기물의 운반ㆍ저장ㆍ처리 및 처분

  2. 방사성폐기물 관리시설의 부지선정, 건설, 운영 및 폐쇄 후 관리

  3. 방사성폐기물 관리를 위한 자료의 수집ㆍ조사ㆍ분석 및 관리

  4. 방사성폐기물 관리에 관한 홍보

  5.제1호부터 제4호까지의 사업을 위하여 필요한 연구개발, 인력 양성, 국제협력 등 대통령령으로 정하는 부대사업

○방사성폐기물 관리법 제10조【방사성폐기물 관리사업자】

  방사성폐기물 관리사업자는 제18조제1항에 따른 한국원자력환경공단으로 한다.

출처 : 국세청 2020. 05. 13. 서면-2020-법령해석법인-0620[법령해석과-1418] | 국세법령정보시스템