요지

1. 공사가 협약사업 관리업무를 수행하는 경우 부가가치세가 과세되며, 부가가치세 과세표준은 집행사업비가 되는 것임
2. 공사가 혁신성장공간 조성사업을 수행하는 경우 부가가치세가 과세되는 것임
3. 혁신성장공간 조성사업에서 공사가 사업 관련 현물을 자가 부담하는 경우 부가가치세가 과세되지 않는 것임

답변내용

국토교통부와 ○○광역시(이하 ⁠“○○시”)가 ⁠“2022년 지역거점 스마트시티 조성사업”(이하 ⁠“협약사업”) 추진을 위하여 협약을 체결하고 그와 관련하여 ○○시와 ○○광역시도시공사(이하 ⁠“공사”)가 체결한 위수탁협약에 따라 공사가 ○○시로부터 협약사업과 관련된 보조금(이하 ⁠“보조금”)을 사업비로 지급받는 경우로서
1. 공사가 협약사업 관리업무(총사업비 교부·집행·정산 등)를 수행하는 경우 ｢부가가치세법｣ 제11조제1항에 따라 ○○시에 용역을 공급하는 것으로 부가가치세가 과세되며, 협약사업 관리업무에 대한 같은 법 제29조에 따른 부가가치세 과세표준은 공사가 ○○시로부터 지급받는 보조금중 협약사업 관리업무에 대한 대가로 지급받는 집행사업비가 되는 것입니다.
2. 공사가 단위사업 중 혁신성장공간 조성사업을 수행하는 경우 ｢부가가치세법｣ 제4조에 따라 부가가치세가 과세되는 것입니다.
3. 혁신성장공간 조성사업에서 공사가 사업 관련 현물을 자가 부담하는 경우 ｢부가가치세법｣ 제9조에 따른 재화의 공급에 해당하지 아니하여 부가가치세가 과세되지 않는 것입니다.

 질의요지

 ○ 공사가 지방자치단체로부터 협약사업과 관련된 보조금(국비+지방비)을 사업비로 지급받는 경우로서

  1. 협약사업 관리업무(총사업비 교부·집행·정산 등)를 수행하는 경우 부가가치세 과세 여부 및 과세표준의 범위(위탁수수료 or 집행사업비 or 보조금 전액)

  2. 단위사업 중 혁신성장공간 조성사업을 수행하는 경우 부가가치세 과세 여부

  3. 혁신성장공간 조성사업에서 공사가 사업 관련 현물을 자가부담하는 경우 부가가치세 과세 여부

 사실관계

 ○ 국토교통부(이하 ⁠“국토부”)와 ○○광역시(이하 ⁠“○○시”)는 ⁠“2022년 지역거점 스마트시티 조성사업”(이하 ⁠“협약사업”) 추진을 위하여 협약을 체결하였으며 협약사업에 대한 사업개요 및 사업추진체계는 다음과 같음

 ○ 위 협약에 따르면 ○○광역시도시공사(이하 ⁠“질의법인” 또는 ⁠“공사”)는 ’22.7월 ○○시와 협약사업 관련 위수탁 협약을 체결하여 사업운영 및 성과확산, 사업공정관리, 혁신성장공간 조성 등의 업무를 수행하기로 함

 ➊(사업대행수수료 7억원) 공사는 상기 업무를 수행함에 따라 ○○시로부터 ｢지방공기업법 시행령｣ 제63조제2항제4호에 따라 사업대행수수료를 7억원 지급받기로 하였음

 ➋(집행사업비 20억원) 협약사업 관련 사업비 집행계획에서 공사가 수행하는 사업관리업무에 대한 집행사업비를 20억원^*(국비 10억원·지방비 10억원)으로 계획함

  * 상기 ➊을 포함하고, 현물민간투자(4억원)는 제외한 금액

 ➌(총사업비 240억원)협약사업 관련 총사업비와 그에 따라 공사가 ○○시로부터 지급받는 보조금 총액은 240억원(국비 120억원·지방비 120억원)임

  * 공사 일부수행분을 제외한 나머지는 민간컨소시엄에 교부

 ○참고로 협약사업 중 공사가 수행하는 단위사업인 혁신성장공간 조성사업은 사업비를 24억원^*(국비 12억원·지방비 12억원)으로 계획함

  * 현물민간투자(6억원)는 제외한 금액으로 공사가 혁신성장공간 조성사업 관련 현물을 자가 부담

 ○한편, 사업비로 사용되는 보조금(국비+지방비)의 사용책임은 사업비 집행기관에 있음

 관련 법령

○ 부가가치세법 제4조【과세대상】

  부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

   1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

○ 부가가치세법 제9조 【재화의 공급】

  ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】

  ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

   1. 역무를 제공하는 것

   2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

  ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

  ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

   1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가.

  ⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

   4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

○ 보조금 관리에 관한 법률 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   1. 보조금 이란 국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가(「국가재정법」 별표 2에 규정된 법률에 따라 설치된 기금을 관리ㆍ운용하는 자를 포함한다)가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금(지방자치단체에 교부하는 것과 그 밖에 법인ㆍ단체 또는 개인의 시설자금이나 운영자금으로 교부하는 것만 해당한다), 부담금(국제조약에 따른 부담금은 제외한다), 그 밖에 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

○ 지방공기업법 제71조【대행사업의 비용 부담】

  ① 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행할 수 있으며, 이 경우에 필요한 비용은 국가 또는 지방자치단체가 부담한다.

  ② 제1항에 따른 비용의 부담에 필요한 사항은 대통령령으로 정하는 사항을 제외하고는 조례로 정한다.

○ 지방공기업법 시행령 제63조【대행업무의 비용부담등】

  ② 공사가 법 제71조제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 국가 또는 지방자치단체가 부담하여야 할 경비의 범위는 다음과 같다.

   1. 사업실시에 따른 사업계획의 수립, 사전조사, 용역등에 소요되는 경비

   2. 사업의 집행에 소요되는 시설비·인건비·부대경비

   3. 사업의 종료후 결산이전 또는 시설물등의 인계이전까지의 사이에 시설물등을 관리하는 데 소요되는 경비

   4. 사업의 대행에 따른 대행수수료

   5. 기타 사업집행상 필수적으로 소요되는 경비

출처 : 국세청 2022. 11. 08. 사전-2022-법규부가-0792[법규과-3216] | 국세법령정보시스템