요지

내국법인이 지주회사업을 목적사업으로 하고 자회사 등의 조직개편, 자금계획 등 경영관련 중요사항을 계속적 및 반복적으로 직접 의사결정하고 지시 및 관리하여 자회사 등의 경영에 실질적으로 영향력을 행사함으로써 지주회사업을 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 영위한 것인지 여부는 사실판단사항임

답변내용

내국법인이 정관 및 법인등기부등본에 한국표준산업분류에 따른 지주회사업을 목적사업으로 규정한 후 자회사 등의 조직개편, 자금계획 등 경영관련 중요사항을 계속적 및 반복적으로 직접 의사결정하고 지시 및 관리하여 자회사 등의 경영에 실질적으로 영향력을 행사함으로써 지주회사업을 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 영위한 경우에는 ｢법인세법｣ 제44조제2항제1호의 요건을 갖춘 것으로 보는 것이나, 귀 질의가 이에 해당하는지는 사실판단할 사항임

1. 사실관계

○A법인은 비상장중소기업으로 화공약품 제조판매업 등을 영위하였으나 ’18.10.**. 화공약품 제조사업부를 A법인이 최대주주(49.5%)로 있는 B법인의 완전자회사 C법인에 포괄양도함에 따라

  -’18.11.**. A법인은 정관 및 법인등기부상 목적사업을 ⁠‘자회사의 주식 또는 지분을 취득･소유함으로써 자회사의 제반 사업내용을 지배, 경영지도, 정리, 육성하는 지주사업 및 관련 부대사업’으로 변경하고

  -자회사 등의 경영관련 사항을 매월 또는 분기별 직접 의사결정하고 관리하였음

○A법인이 직접 지배하는 내국법인은 B법인, C법인이 있으며, B법인을 통해 간접지배하는 해외현지법인 D법인･E법인･F법인이 있음

○A법인은 코스닥시장 상장을 위한 지배구조 개선을 위해 A법인을 피합병법인, B법인을 합병법인으로 한 합병(합병비율 1:30)을 ’19.9.**. 이사회에서 결의하고 합병등기일을 ’19.12.**.로 결정하였음

2. 질의내용

 ○내국법인이 자회사의 주식 등을 취득하여 자회사의 제반 사업내용에 대한 의사결정 등을 통해 1년 이상 계속하여 경영에 관여한 경우

  -1년 이상 지주사업을 계속 영위한 것으로 볼 수 있는지 여부

3. 관련법령

○법인세법 제44조【합병 시 피합병법인에 대한 과세】

 ①피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

  1.피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

  2.피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산 장부가액"이라 한다)

 ②제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 "적격합병"이라 한다)의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호·제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

  1.합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.

  2.피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

  3.합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

  4.합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것

 ③다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

  1.내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우

  2.동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우

 ④제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 합병대가의 총합계액의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○법인세법 집행기준 44의3-0-2【적격합병 시 합병법인의 과세특례 사후관리】

 ①피합병법인의 자산을 장부가액으로 양수한 합병법인은 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년(‘다’의 경우에는 3년) 내에 다음의 사유가 발생하는 경우에는그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액 계산 시 다음의 금액을 익금에 산입한다.

  1.익금산입 사유

   가.합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

   나.피합병법인의 일정 지배주주 등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우

   다.각 사업연도 종료일 현재 합병법인에 종사하는 일정 근로자 수가 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 합병법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우

  2.익금산입액(가 + 나)

   가.자산조정계정 잔액의 총합계액(총합계액이 0보다 큰 경우에 한정하며, 총합계액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 한다)

   나.승계받은 결손금 중 공제한 금액

②제1항의 익금산입사유에 해당하는 경우에는 합병법인의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계한 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 빼며, 피합병법인으로부터 승계하여 공제한 감면․세액공제액 등은 제1항의 익금산입 사유가 발생한 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다.

 ③제1항과 같이 익금에 산입한 경우에는 합병법인이 피합병법인에 지급한 양수대가와 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가와의 차액을 위의 익금산입 사유가 발생한 날부터 합병등기일 이후 5년이 되는 날까지 익금 또는 손금에 산입한다.

○ 한국표준산업분류: 지주회사(64992)

  다른 기업체의 지배적 지분을 소유하거나 회사의 경영 전략에 영향력을 행사할 목적으로 주식을 확보․유지하는 산업활동을 말한다. 그러나 지주회사는 소속 회사의 운영 및 관리 등에 관한 직접적인 경영활동에는 관여하지 않는다.

․금융 지주회사                  ․비금융 지주회사

출처 : 국세청 2019. 11. 19. 사전-2019-법령해석법인-0522[법령해석과-3011] | 국세법령정보시스템