요지

수익・고유목적 사업을 영위하는 비영리내국법인이 공통자산 처분으로 인한 손익은 수익금액・매출액 등에 따라 안분하여 계상

회신

귀 서면질의의 경우 아래 질의 회신(서면-2018-법인-1532, 2018.06.21.)을 참조하시기 바랍니다.

○ 서면-2018-법인-1532, 2018.06.21.
비영리내국법인이 수익사업과 3년 이상 고유목적사업에 공통으로 사용하던 고정자산을 처분하여 발생하는 양도차익은「법인세법 시행규칙」제76조 제6항에 따라 수익사업과 고유목적사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분 계산하는 것이며
다만, 이를 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간・사용시간・사용면적 등의 기준에 따라 안분 계산하여 수익사업 부문에 해당하는 금액을 익금에 산입하는 것입니다.

1. 사실관계

○○○○○○○총연합회(이하 ⁠“질의법인”이라 함)는「교육기본법」제15조 및「민법」제32조에 따라 설립된 비영리내국법인에 해당

*수익사업(회관 임대사업 등)과 비수익사업을 구분경리를 통해 회계처리

-질의법인은 건물・관련토지(진출입로 포함) 등을 자산으로 출연 받았으나 ○○시의 ○○로 확장공사로 인해 주변 진출입로가 수용

-기본자산이 변경되어 교육부 승인을 통해 정관을 변경하였으며 주변 진출입로 수용으로 인한 보상금 35억원을 기본자산에 편입

2. 질의내용

○비영리법인이 보유한 본사 진출입로가 고유목적사업에 직접 사용되는 자산에 해당되는지 여부

*고유목적사업에 직접 사용되는 자산인 경우 수익사업에서 제외

3. 관련법령

○ 법인세법 제4조【과세소득의 범위】

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

○ 법인세법 시행령 제3조【수익사업의 범위】

②법 제4조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.

○ 법인세법 제113조【구분경리】

① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

○ 법인세법 시행령 제156조【구분경리】

① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

○ 법인세법 시행규칙 제75조【구분경리의 범위】

①영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.

(이하생략)

○ 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】

① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

②∼⑤ ⁠(생략)

⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

3.수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

4. 관련예규 등

○ 서면-2018-법인-1532 ⁠[법인세과-1526], 2018.06.21.

비영리내국법인이 수익사업과 3년 이상 고유목적사업에 공통으로 사용하던 고정자산을 처분하여 발생하는 양도차익은「법인세법 시행규칙」제76조 제6항에 따라 수익사업과 고유목적사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하는 것이며

다만, 이를 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간・사용시간・사용면적등의 기준에 따라 안분계산하여 수익사업 부문에 해당하는 금액을 익금에 산입하는 것입니다.

○ 서면-2019-법인-0100 ⁠[법인세과-690], 2019.03.28.

「법인세법」제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하고 이를 의료발전회계로 구분하여 경리하는 의료법인이 병원 건물을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 「법인세법 시행령」제56조제6항제3호에 따라 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것이며, 이 경우‘기획재정부령이 정하는 고정자산의 취득’에는 병원 건물에 대한 자본적 지출액을 포함하는 것임

○ 사전-2016-법령해석법인-0194, 2016.12.22.

위 세법해석 사전답변 신청의 사실관계와 같이 비영리내국법인이 수익사업과 3년 이상 고유목적사업에 공통으로 사용하던 고정자산을 처분하여 발생하는 양도차익은「법인세법 시행규칙」제76조 제6항에 따라 수익사업과 고유목적사업에 해당하는 양도차익을 안분하여 수익사업 부문에 해당하는 금액을 익금에 산입하는 것임

○ 사전-2015-법령해석법인-0389, 2016.3.15.

수익사업(주차장사업)을 영위하는 비영리법인은 손익을 수익사업에 속하는 것과 기타의 사업(단지관리사업)에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 경리하여야 하고, 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 익금과 손금은「법인세법 시행규칙」제76조 제6항 각 호에 따라 구분계산하여야 하는 것임

다만, 개별손금이 없는 경우나 기타의 사유로 각 호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간・사용시간・사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산하는 것임

귀 사전답변 신청의 주차요금 유료차량과 무료차량의 주차장 사용시간에 따라 공통손금을 안분계산 하는 것이 같은 법 시행규칙 제76조 제6항 본문 단서에 따른 안분계산에 해당하는지 여부는 공통손금의 비용항목, 주차장 사용현황, 안분기준의 합리성 등을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항임

○ 서면인터넷방문상담2팀-863, 2006.05.16.

귀 질의의 경우 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인의 교육용 기본재산으로서 양도일 현재 3년 이상 계속하여 교육사업에 직접 사용한 부동산이 공공용지로 수용됨에 따라 부득이 이를 관할청의 허가를 받아 같은 법 제28조 제1항의 규정에 의거 처분하는 경우에는 법인세법 제3조 제2항 및 같은 법 시행령 제2조 제2항의 규정에 의하여 수익사업에서 생기는 소득으로 보지 아니하는 것입니다.

출처 : 국세청 2022. 04. 01. 서면-2022-법인-1052[법인세과-504] | 국세법령정보시스템