요지

비영리법인이 건물을 신축하여 면세사업과 과세사업에 공통으로 사용하는 경우 신축관련 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 따라 안분계산 하되, 해당 과세기간 중 과ㆍ면세사업의 공급가액이 없고 예정면적을 구분할 수 없는 경우에는 부가가치세법 시행령 제81조제4항에 따라 계산하는 것임

회신

｢민법｣ 제32조에 따라 문화체육관광부장관으로부터 법인설립허가를 받고 ｢부가가치세법｣ 제8조에 따라 사업자등록을 한 비영리법인이 건물을 신축하여 같은 법 시행령 제45조제1호에 따른 면세사업과 시설물 대관 등의 과세사업에 공통으로 사용하는 경우로서 신축관련 매입세액 중 실제로 어느 곳에 귀속되었는지 분명한 매입세액은 그 실지귀속에 따라 계산하고, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 같은 법 시행령 제81조제1항에 따라 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 따라 안분계산 하는 것이며 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없고 과세사업과 면세사업에 제공될 예정면적을 구분할 수 없는 경우에는 같은 법 시행령 제81조제4항 각 호의 순서에 따라 계산하는 것임
이 경우 비영리법인이 과세사업과 면세사업을 겸영하는지 여부는 비영리법인이 공급하는 재화 또는 용역이 고유의 사업목적을 위한 것인지, 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 것인지 등을 사실판단할 사항임

 ○ 질의법인은 ｢민법｣ 제32조와 ｢문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙｣ 제4조에 따라 2012.9.12. 문화체육관광부장관으로부터 법인설립허가를 받은 비영리법인으로

  - 정관상 설립목적은 AA교 마음공부를 통하여 인류의 정신문명을 선도하고, 자신훈련‧국민훈련‧세계훈련으로 전 국민과 인류가 행복하고 평화로운 삶을 개척하도록 함에 있음

 ○ 질의법인은 2012.9.19. 수익사업을 영위하지 않는 비영리법인으로서 고유번호증을 발급받았으며

  - 2014년부터 명상실, 식당, 강의실, 마음쉼터, 도서실, 회합실, 숙박시설 55실 등의 시설을 갖춘 훈련원 건물(이하 ⁠“본건 건물”)을 신축하여 2016.3월 완공 후 2016.4.1.을 수익사업 개시일로 하고 비주거용 건물 임대업, 교육(연수원) 서비스업을 업종으로 하여 사업자등록 정정신고 하였음(정정일 2016.3.29.)

 ○ 질의법인은 사업자등록 정정신고 후 2016.1기 예정부터 현재까지 관련 매출 전체를 면세수입금액으로 하여 부가가치세 무실적 신고하고 있으며

  - 본건 건물 신축과 관련된 매입세액 중 2016.1기 예정분 매입세액 ×억원에 대하여 면세사업과 관련된 매입세액으로 보아 매입세액 불공제 하였음

 ○ 질의법인은 AA교 교도들에 대한 정기훈련과 관련하여 용역을 제공하고 실비변상적으로 받는 대가는 부가가치세 면제대상이나

  - 외부인에게 하는 본건 건물의 일부 시설물 대관, 숙박시설의 제공은 부가가치세 과세대상인 것으로 보아 부가가치세 수정신고(경정청구) 할 예정이며(기존 신고가 착오에 의한 것이라는 의견임) 수정신고(경정청구)시 당초 불공제 하였던 2016.1기 예정분 매입세액 ×억원에 대하여 공통매입세액으로서 안분계산할 예정임

 ○ 본건 건물은 과세사업, 면세사업에 사용되는 면적이 명확히 구분되지 아니하고 2016.1기 예정 신고기간에는 공급가액이 없었으나 2016.1기 확정 신고기간에는 과세, 면세사업 관련 수입금액이 발생하였음을 전제로 본건 질의함

2. 질의내용

 ○ 비영리법인이 건물을 신축하여 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하는 경우 신축관련 매입세액의 안분계산방법

3. 관련법령 및 관련사례

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

  ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

   1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

  ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

   7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

   8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.

○ 부가가치세법 제40조【공통매입세액의 안분】

  사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

○ 부가가치세법 시행령 제81조【공통매입세액 안분 계산】(2018.2.13. 대통령령 제28641호로 개정되기 전의 것)

  ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

  ④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

   1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율

   2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

   3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

  ⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다.

○ 부가가치세법 시행령 제82조【공통매입세액의 정산】

   사업자가 제81조제4항에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우에는 해당 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업등의 공급가액, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고할 때에 다음 각 호의 계산식에 따라 정산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율, 총사용면적에 대한 면세 또는 비과세 사용면적의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

   1. 제81조제4항제1호 및 제2호에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우

출처 : 국세청 2019. 06. 24. 서면-2019-법령해석부가-1762[법령해석과-1601] | 국세법령정보시스템