요지

의료법인이 출연재산가액의 1% 상당액을 수익사업에 해당하는 의료사업에 사용하는 경우 해당 금액은 ｢상속세 및 증여세법｣ 제48조제2항제7호의 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 볼 수 없는 것임

회신

귀 서면질의의 사실관계와 같이, 의료법인이 출연재산가액의 1% 상당액을 정관상 고유목적사업으로서 공익목적사업이자 수익사업에 해당하는 의료사업에 사용하는 경우 해당 금액은 ｢상속세 및 증여세법｣ 제48조제2항제7호의 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 볼 수 없는 것입니다.

1. 사실관계

 ○A법인은 의료기관을 운영하는 비영리 공익법인으로서 의료사업 및 보건의료에 관한 연구 등을 정관상 고유목적사업으로 하고 있고,

  -법인세법상 수익사업에 해당하는 의료사업에서 발생한 소득에 대하여 법인세를 납부하고 있으며, 운용소득을 공익목적사업에 직접 사용하고 있음

○A법인이 영위하는 사업(법인등기부에 등재된 사업)은 아래와 같음

 ○한편, 일정한 공익법인은 2021년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도부터 출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 직접 공익목적사업(법인세 과세대상이 되는 사업은 제외)에 사용하도록 ｢상속세 및 증여세법｣ 제48조제2항제7호가 개정되었음

2. 질의내용

 ○의료법인이 출연재산가액의 1% 상당액을 정관상 공익목적사업이자 수익사업인 의료사업에 사용하는 경우(병원건물이나 의료기기 등 자산 매입 포함)

  -｢상속세 및 증여세법｣ 제48조제2항제7호의 직접 공익목적사업(법인세 과세대상이 되는 사업은 제외)에 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부

3. 관련법령

○상속세 및 증여세법 제48조【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】

 ②세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

  7.공익법인등(자산 규모, 사업의 특성 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인등은 제외한다)이 대통령령으로 정하는 출연재산가액에 100분의1(제16조제2항제2호가목에 해당하는 공익법인등이 발행주식총수등의 100분의 10을 초과하여 보유하고 있는 경우에는 100분의 3)을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 금액(이하 제78조제9항제3호에서 "기준금액"이라 한다)에 미달하여 직접 공익목적사업(｢소득세법｣에 따라 소득세 과세대상이 되거나 ｢법인세법｣에 따라 법인세 과세대상이 되는 사업은 제외한다)에 사용한 경우

○상속세 및 증여세법 시행령 제38조【공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리】

 ⑱법 제48조제2항제7호에서 "대통령령으로 정하는 공익법인등"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인등을 말한다.

  1.제43조의3제1항 및 제2항에 따른 공익법인등

  2.｢법인세법 시행령｣ 제39조제1항제1호바목에 따른 공익법인등 중 ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣ 제4조에 따른 공공기관 또는 법률에 따라 직접 설립된 기관

 ⑲법 제48조제2항제7호에서 "대통령령으로 정하는 출연재산가액"이란 직접 공익목적사업에 사용해야 할 과세기간 또는 사업연도의 직전 과세기간 또는 사업연도 종료일 현재 재무상태표 및 운영성과표를 기준으로 다음의 계산식에 따라 계산한 가액을 말한다. 다만, 공익법인등이 제41조의2제6항에 따른 공익법인등에 해당하거나 제43조제3항에 따른 공익법인등에 해당하지 않는 경우로서 재무상태표상 자산가액이 법 제4장에 따라 평가한 가액의 100분의 70 이하인 경우에는 같은 장에 따라 평가한 가액을 기준으로 다음의 계산식에 따라 계산한 가액을 말한다.

○상속세 및 증여세법 제48조【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】(2019.12.31. 법률 제16846호로 개정되기 전의 것)

 ②세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

  7. 제16조제2항, 제48조제1항 및 같은 조 제2항제2호에 따라 내국법인의 의결권 있는 주식등을 그 내국법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 보유하고 있는 성실공익법인등이 대통령령으로 정하는 출연재산가액에 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 금액(이하 제78조제9항제3호에서 "기준금액"이라 한다)에 미달하여 직접 공익목적사업에 사용한 경우

○상속세 및 증여세법 시행령 제43조의3【공익법인등의 결산서류등의 공시의무】

 ①법 제50조의3제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 공익법인등"이란 제12조제1호의 사업을 하는 공익법인등을 말한다. 다만, 제41조의2제6항에 해당하는 공익법인등은 제외한다.

 ②법 제50조의3제1항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 공익법인등"이란 법 제50조의3제1항에 따른 결산서류등(이하 이 조에서 "결산서류등"이라 한다)의 공시대상 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재 재무상태표상 총자산가액(부동산인 경우 법 제60조ㆍ제61조 및 제66조에 따라 평가한 가액이 재무상태표상의 가액보다 크면 그 평가한 가액을 말한다)의 합계액이 5억원 미만인 공익법인등을 말한다. 다만, 해당 과세기간 또는 사업연도의 수입금액과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 3억원 이상인 공익법인등과 제41조의2제6항에 해당하는 공익법인등은 제외한다.

○상속세 및 증여세법 시행령 제41조의2【공익법인등의 주식보유 요건 및 의무이행 신고】

 ⑥법 제48조제13항에서 "내국법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 주식등을 출연받은 자 등 대통령령으로 정하는 공익 법인등"이란 같은 조 제11항 각 호의 요건을 모두 충족하여 법 제16조제2항, 제48조제1항, 같은 조 제2항제2호, 같은 조 제9항 및 제49조제1항에 따른 주식등의 출연ㆍ취득 및 보유에 대한 증여세 및 가산세 등의 부과대상에서 제외되는 공인법인등으로서 기획재정부령으로 정하는 공익법인등을 말한다.

○상속세 및 증여세법 제78조【가산세 등】

 ⑨세무서장등은 공익법인등이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호의 구분에 따른 금액에 100분의 10에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 이 경우 제1호와 제3호에 동시에 해당하는 경우에는 더 큰 금액으로 한다.

  3.제48조제2항제7호에 해당하는 경우 : 기준금액에서 직접 공익목적사업에 사용한 금액을 차감한 금액

출처 : 국세청 2022. 01. 18. 서면-2021-법규법인-4818[법규과-191] | 국세법령정보시스템