요지

거주자가「소득세법」제89조제1항제4호가목을 적용하는 경우「조세특례제한법」제98조의3제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 않는 것임

회신

귀 질의의 경우, 거주자가 ｢소득세법｣ 제89조제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」제74조에 따른 관리처분계획의 인가일 현재 같은 법 같은 조 제1항제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 해당 조합원입주권을 양도하는 경우로서 양도일 현재 다른 주택 또는 분양권이 없는 경우에는 같은 항 제4호가목에 따라 1세대1주택으로 보아 양도소득세를 비과세(양도가액 12억원 초과분은 과세)하는 것입니다.
이 경우 1세대1주택의 비과세를 적용함에 있어「조세특례제한법」제98조의3제1항에 해당하는 미분양주택은 소유주택에서 제외하여 판단하는 것입니다.

1. 사실관계

 -2009.10. 인천 서구 A아파트를 분양받아, 현재 보유 중

 * ｢조세특례제한법｣ 제98조의3에 해당하는 미분양주택임을 전제

 -2015.10. 광주 동구 B주택(무허가주택) 취득

 -2017.12. B주택 관리처분계획인가(’22.7. 완공 예정)

 -2020. 7. 군포시 C주택 취득

 -2020.11. C주택 양도(과세)

 -2022.00. B조합원입주권 양도 예정

2. 질의내용

 -B주택 완공 전에 조합원입주권 상태에서 양도할 경우 1세대 1조합원입주권 비과세 적용이 가능한지

3. 관련법령

○ 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

  4. 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가일 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

   가. 양도일 현재 다른 주택 또는 분양권을 보유하지 아니할 것

   나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 보유한 경우(분양권을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

 ① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

 ⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분[양도, 증여 및 용도변경(「건축법」 제19조에 따른 용도변경을 말하며, 주거용으로 사용하던 오피스텔을 업무용 건물로 사실상 용도변경하는 경우를 포함한다)하는 경우를 말한다. 이하 이 항에서 같다]한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.

○ 조세특례제한법 제98조의3 【미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ① 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 국내사업장이 없는 비거주자가 서울특별시 밖의 지역(「소득세법」 제104조의2에 따른 지정지역은 제외한다)에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 다음 각 호의 기간 중에 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 해당 사업주체(20호 미만의 주택을 공급하는 경우 해당 주택건설사업자를 포함한다)와 최초로 매매계약을 체결하고 취득(2010년 2월 11일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100(수도권과밀억제권역인 경우에는 100분의 60)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 미분양주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액(수도권과밀억제권역인 경우에는 양도소득금액의 100분의 60에 상당하는 금액)을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

  1. 거주자인 경우: 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간

  2. 비거주자인 경우: 2009년 3월 16일부터 2010년 2월 11일까지의 기간

 ② 제1항을 적용할 때 자기가 건설한 신축주택으로서 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 공사에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)하고, 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택을 포함한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

  1. ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업 또는 재건축사업, ⁠「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 관리처분계획에 따라 취득하는 주택

  2. 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ붕괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택

 ③ 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항 및 제2항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

4. 유사사례

○ 사전-2019-법령해석재산-0238(2019.05.31)

[답변내용]

  거주자가「소득세법」제89조제1항제4호가목을 적용하는 경우「조세특례제한법」제99조의2제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 않는 것입니다.

○ 사전-2018-법령해석재산-0143(2018.04.26)

[답변내용]

 「소득세법」제89조제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」제48조에 따른 관리처분계획의 인가일 현재 같은 법 같은 조 제1항제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 해당 조합원입주권을 양도하는 경우로서 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 같은 항 제4호가목에 따라 1세대1주택으로 보아 양도소득세를 비과세(양도가액 9억원 초과분은 과세)하는 것입니다.

 이 경우 1세대1주택의 비과세를 적용함에 있어「조세특례제한법」제98조의2제1항 또는 같은 법 제98조의5제1항의 규정에 해당하는 미분양주택은 소유주택에서 제외하여 판단하는 것입니다.

○ 서면-2021-법령해석재산-6297(2021.12.20)

[답변내용]

 조합원입주권의 보유기간은「소득세법」제89조제1항제4호의 비과세요건에 해당하지 않습니다.

○ 서면-2021-법규재산-5890(2022.03.18)

[답변내용]

 귀 서면질의의 경우, 21.1.1. 현재 일반주택과 ｢조세특례제한법｣ 제99조의2제1항에 따른 주택을 보유한 상태에서 일반주택을 양도하는 경우 보유기간 기산일에 관해서는 아래 기존해석사례(사전-2021-법령해석재산-0884, 2021.12.28.)를 참고하시기 바랍니다.

○ 사전-2021-법령해석재산-0884, 2021.12.28.

 ｢소득세법｣ 제89조제1항제3호를 적용할 때 ｢조세특례제한법｣ 제99조의2제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 것으로서, ｢조세특례제한법｣ 제99조의2제1항에 따른 특례주택(B주택)과 일반주택(A주택)을 보유한 세대가 일반주택(A주택)을 양도하는 경우 해당 양도주택(A주택)의 1세대 1주택 비과세 해당 여부 판단 시 특례주택(B주택)은 주택 수에 포함하지 않는 것이며, 이 경우 양도주택(A주택)의 보유기간 기산일은 해당주택(A주택)의 취득일로 하는 것입니다.

출처 : 국세청 2022. 04. 06. 서면-2021-부동산-6375[부동산납세과-748] | 국세법령정보시스템