요지

원고의 고유목적 사업은 선현에 대한 봉제사이며, 이 사건 각 토지는 농경지 및
임야로 고유목적사업에 직접 사용하였다고 인정하기 부족함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 3. 15. 원고에 대하여 한 2017사업연도 법인세 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1660년경 조선 헌종으로부터 토지 등을 하사받아 율곡, 이목은 등 구현 ⁠(九賢)을 배향한 서원으로, 봄·가을 위 구현에 대한 제사를 봉행하고 유도진흥과 문화향상에 공헌하며 재산 유지·관리를 정관상 목적으로 하는 비영리법인이다.

나. 원고는 2017. 11. 3. 그 소유 별지 1 목록 기재 각 토지(이하 ⁠‘이 사건 각 토지’라 한다)를 OO시에 ⁠‘공공용지의 협의 취득’을 원인으로 ###원에 양도하고, 2017. 12. 12. OO세무서장에게 2017년 귀속 양도소득세 ###원, 농어촌특별세 ###원을 예정신고·납부하였다.

다. 원고는 2020. 7. 20. ⁠‘이 사건 각 토지를 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(서원 부지)에 직접 사용하였으므로, 원고에게는 양도소득세 및 이를 전제로 한 법인세 납세의무가 없다’는 취지로 기신고·납부한 양도소득세를 환급하여 달라고 경정청구하였다.

라. OO세무서장은 2020. 8. 13. 원고가 법인세법 제62조의 2에 따른 양도소득세 예정신고가 아닌 같은 법 제60조에 따른 법인세 신고를 하여야 하는 것으로 보아 원고가 자진하여 기신고·납부한 양도소득세 ###원을 환급하고, 피고에게 과세자료를 통보하였다.

마. 피고는 이 사건 토지의 양도가 원고의 고유목적사업에 직접 사용한 자산의 처분에 해당하지 아니한 것으로 보아 2021. 3. 15. 원고에게 ① 2017 사업연도 법인세 산출세액 ###원에, ② 신고불성실 가산세 ###원 및 납부지연 가산세 ###원을 가산하고, ③ 기납부세액 ###원을 공제한 합계금액 ###원의 법인세를 부과·고지하였다.

바. 원고는 이에 불복하여 이의 신청을 거쳐 2021. 5. 24. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 2021. 11. 30. 위 심판에서 신고불성실 가산세 및 납부지연 가산세 부분 합계액 ###원을 부과하지 않기로 경정되었으나 나머지 청구는 기각되었다(이하 위와 같이 경정된 위 법인세 부과·고지를 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 8호증, 을 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법성

가. 원고의 주장 요지 이 사건 각 토지는 다음과 같은 이유에서 ⁠‘3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산’이므로, 이 사건 각 토지의 양도에 따른 수익은 법인세 과세대상에 해당하지 않는다.

① 원고의 정관상 목적에는 ⁠‘서원재산의 유지·관리‘가 목적사업으로 규정되어 있는데, 원고는 이 사건 각 토지의 임대료로 연간 3, 4백만 원을 받아 제사 비용 및 재산세 납부 등 **서원을 유지·관리하기 위한 목적으로 사용하였고, 위 임대료는 부수수익에불과하므로, 원고가 이 사건 각 토지를 임대한 것은 고유목적사업에 해당한다.

② 고유목적사업에 사용하였는지 여부의 기산점은 원고가 이 사건 토지를 취득한때(사액받은 때)부터 판단하여야 한다. 원고는 이 사건 각 토지를 1660년에 사액 받아 1999년 이후에야 임대하여, 3년 이상 도조를 받지 않고 고유목적에 사용하였다.

나. 관련 법령

별지 2 기재와 같다.

다. 판단

1) 고유목적사업 사용의 기산점에 관한 판단

가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건 을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결 등 참조).

나) 구 법인세법 제3조 제3항 제5호, 구 법인세법 시행령 제2조 제2항에 의하면, 비영리내국법인의 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 원칙적으로 법인세 과세소득의 범위에 포함되나, 다만 ⁠‘해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산’의 처분으로 인하여 생기는 수입은 과세소득의 범위에서 제외하는 것으로 규정하고 있는바, 위 규정에서 자산의 고유목적사용기간인 3년의 기준시점을 ⁠“처분일 현재”로 한정하고 있는 점에 비추어 볼 때, 처분일을 기준으로 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 자산을 처분하여 생기는 수입만이 법인세의 과세소득 범위에서 제외된다고 해석함이 타당하고, 원고의 주장처럼 자산을 취득할 때부터 양도할 때까지 사이에 3년 이상 고유목적사업에 사용하면 위 요건을 충족하는 것으로 해석할 수는 없다[원고는 구 법인세법 집행기준(2020. 10. 28. 개정되기 전의 것) 3-2-5에서 ⁠“법인격 없는 단체가 법인으로 승인받기 전에 취득한 부동산을 처분하는 경우 법인으로 보는 단체로 승인 받기 전부터 사실상 고유목적사업에 직접 사용한 때에는 고유목적사업에 사용한 날부터 기산한다.“고 규정한 점을 근거로 하고 있으나, 위 집행기준은 법인격 없는 단체라 할지라도 고유목적사업에 직접 사용하였을 경우 그 실질적인 직접사용기간을 기간 산정에 포함하여 준다는 취지일 뿐이어서, 기산점을 다투는 이 사건에 적용될 수 없다]. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 이 사건 토지가 고유목적사업에 직접 사용되었는지 여부

가) 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 법인세법’이라 한다) 제3조 제3항 제1, 5호, 구 법인세법 시행령(2018. 2. 3. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제2조 제1, 2항에 의하면, 비영리내국법인의 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 원칙적으로 법인세 과세소득의 범위에 포함되나, ⁠‘해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산’의 처분으로 인하여 생기는 수입은 과세소득의 범위에서 제외되며, 다만 부동산 임대 사업으로서 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것은 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에서 제외된다.

여기서 구 법인세법 시행령 제2조 제2항이 규정하고 있는 ⁠“비영리법인이 고정자산을 고유목적사업에 직접 사용”한 경우에 해당하는지 여부는 법인의 사업목적, 당해 자산을 취득하게 된 경위, 용도, 사용주체나 실태 및 현황, 취득 후 경과한 기간, 자산과 법인의 사업과의 관련정도 등을 종합적으로 고려하여 결정하되, 법인의 목적이 광범위한경우에는 ⁠‘고유’목적사업에 ⁠‘직접’ 사용한 경우에 한정하여 해석하여야 할 것이다(대법원 2006. 7. 27. 선고 2005두14370 판결 참조). 한편 그 규정형식과 문언에 비추어 해당 고정자산이 ⁠‘처분일 현재를 기준으로 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산’에 해당하여 과세소득의 범위에서 제외된다는 점은 납세의무자가 증명해야 한다.

나) 살피건대, 원고의 정관상 목적(제3조)은 ⁠‘춘추향사를 봉행하고 삼남(충청, 전라, 경상도)의 수급 서열로 정격된 위상으로 발전하여 유도진흥과 문화향상에 공헌하며 재산 유지관리’하는 것이다. 그런데 위와 같은 목적 중 ⁠‘재산유지관리‘ 부분은 그 의미가 광범위하므로 결국 위 목적 외에 원고가 이 사건 토지를 ’고유‘목적사업에 직접 사용하였는지 여부로 판단하여야 하는바, 위 처분의 경위 및 앞서 든 증거들에

갑 제3, 17, 19호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고의 정관 중서원의 ’고유‘목적이라 할 수 있는 것은 선현에 대한 봉제사라 할 것이므로, 원고의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산이라 함은 서원 건물 및 향사 등을 직·간접적으로수행할 목적으로 설치된 시설물 및 그 시설물을 위하여 사용하는 부지로 한정함이 상당한 점, ② 그런데 이 사건 각 토지는 농경지 및 임야로, 원고의 서원 건물이나 재실,사적비 등 시설물 등이 위치하여 있지 않고, 서원 건물과도 다소 떨어진 곳에 위치하고 있는 점, ③ 원고는 이 사건 각 토지 중 일부를 임대하여 연간 3, 4백 만 원의 수익을 올렸는데, 위와 같은 임대업은 한국표준산업분류상의 수익사업에 해당하고, 원고의 주장과 같이 토지의 임대수입을 토지에 대한 입장료·관람료 등과 같은 부수적인 수입과 동일하게 취급할 근거가 없는 점, ④ 원고 주장에 따르더라도, 원고 정관에 이 사건 각 토지와 같은 서원 재산을 유지·관리하는 것을 목적으로 규정한 것은 제사 및 향배 등을 하기 위하여 하사받은 토지의 도조를 받거나 그곳에 나는 곡식 등으로 서원을 운영하기 위한 것이었는바, 이는 그 자체로 원고의 고유목적사업 수행에 필요한 경비를 마련하기 위한 것에 불과한 점 등을 종합하여 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 이 사건 각 토지를 처분할 당시 3년 이상 위 토지를 고유목적사업에 직접 사용하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

3) 소결론

따라서 이 사건 토지의 처분으로 인하여 생기는 수입이 법인세 과세소득에 포함되는 것을 전제로 한 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이판결한다.

출처 : 청주지방법원 2022. 09. 29. 선고 청주지방법원 2022구합50286 판결 | 국세법령정보시스템