요지

정부출연금은 수입과 무관하게 각 사업에서 발생하는 손실을 보전하기 위하여 지급하는 금액이고 원고의 사업 중 수입이 전혀 발생하지 않은 사업에 대하여 그 수입액과 지출액의 차액을 보전하는 방식으로 사용되었다고 봄이 상당함

판결내용

판결내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 원고에 대하여 한 별지1 표 기재 각 법인세 부과처분(본세 및 가산세)을 취소하고, 별지2 표 ⁠‘부과처분’란 기재 각 부가가치세 부과처분(본세 및 가산세) 중 같은 표 ⁠‘취소세액’란 기재 각 금액 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 각 기각한다.

3. 소송비용 중 1/8은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 한 별지1 표 기재 각 법인세 부과처분(본세 및 가산세) 및 별지2 표 ⁠‘부과처분’란 기재 각 부가가치세 부과처분(본세 및 가산세)을 모두 취소한다.

이 유

1. 기초 사실

 가. 당사자의 지위 및 원고의 사업내용 등

  1) BBBBBB은 환경오염방지사업 등을 수행하기 위하여 설립된 비영리법인으로, 원고는 2010. 1. 1. 한국환경공단법에 따라 설립되어 BBBBBB과 CCCCCCCC의 모든 재산과 권리·의무를 포괄적으로 승계하였다(이하 BBBBBB과 CCCCCCCC를 통칭하여 모두 ⁠‘원고’라 한다).

  2) 원고가 영위하는 사업은 크게 ① 정부업무대행사업, ② 정부위탁사업, ③ 환경시설설치지원사업, ④ 환경시설수탁운영사업, ⑤ 연구용역사업 등으로 분류되고, 원고는 매년 사업별 수입예산액에서 지출예산액의 차액(‘예산상 수지차액’이라 한다)을 계산하여 정부출연금 지원요청을 한 다음 해당 정부출연금을 기관운영 및 자산취득을 위한 자금으로 사용하였다.

 나. 원고의 종전 부가가치세 및 법인세 신고내역 등

  1) 원고는 2004년부터 2009년까지 환경시설수탁운영사업을 제외한 나머지 정부업무대행사업, 정부위탁사업, 환경시설설치지원사업, 연구용역사업(이하 ⁠‘쟁점 사업분야’라 한다)과 관련하여 공급한 재화 또는 용역이 그 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급한 것으로서 부가가치세 면세 대상이라고 보아 부가가치세를 신고·납부하지 않았다. 또한 원고가 영위하는 사업을 수익사업과 비수익사업으로 구분한 다음 수익사업에서 발생한 소득에 대한 법인세를 신고·납부하여 왔는데, 2004년부터 2010년까지 수익사업에 사용된 정부출연금을 익금에 산입하지 않았다.

  2) 중부지방국세청장은 2011. 3. 19.부터 2011. 4. 29.까지 원고에 대한 세무조사를실시하여, ① 원고가 영위하는 쟁점 사업분야 중 정부위탁사업, 환경시설설치지원사업,연구용역사업은 부가가치세법상 면세대상이 아니므로 부가가치세를 신고, 납부해야 하고, ② 지방자치단체 등으로부터 지급받은 업무대행사업비에서 발생한 이자소득의 실질적인 귀속자는 원고가 아닌 정부나 지방자치단체이므로 그 이자소득을 익금에서 제외하고 정부에 반환하는 세후이자를 손금에서 제외하며 이자소득 원천징수세액도 법인세 기납부 세액으로 공제하지 않아야 하며, ③ 수익사업에 사용된 정부출연금은 예산상 수지차액을 기준으로 산출된 정부출연금 지원요청액을 해당 수익사업에 배분하여 산입하는 방식(이하 ⁠‘예산상 수지차액 방식’이라 한다)으로 익금에 산입함이 타당함에도, 원고가 이와 다른 기준을 적용하여 정당한 부가가치세와 법인세를 신고하지 아니하였다는 등을 내용으로 한 과세자료를 피고에게 통보하였다(이하 ⁠‘1차 세무조사’라 한

다).

  3) 피고는 1차 세무조사결과에 따라 다음과 같이 2004년 2기분부터 2009년 2기분가지 가산세를 포함한 각 부가가치세 부과처분을 하였다(이하 위와 같은 부가가치세처분을 통틀어 ⁠‘종전 부가가치세 부과처분이라 한다).

-표 생략-

  4) 피고는 1차 세무조사결과에 따라 업무대행사업비에서 발생한 이자소득을 익금에서 제외하고 정부에 반환한 세후이자를 손금에서 제외하며 이자소득 원천징수세액도 법인세 기납부 세액 공제에서 제외하였고, 수익사업의 익금과 관련하여 ㉠ 수익사업으로 사용된 정부출연금, ㉡ 수익‧비수익사업 공통으로 사용된 정부출연금 중 수익사업 해당분, ㉢ 수익사업을 위한 자산의 취득에 사용된 정부출연금, ㉣ 수익·비수익사업 공통으로 사용된 자산의 취득에 사용된 정부출연금 중 수익사업 해당분을 모두 익금에 산입하며, 정부출연금으로 구입한 자산에 대한 감가상각액 과소계산액을 손금에 산입하는 세무조정을 한 다음 2006년부터 2008년까지 각 법인세와 2010년 법인세 부과처

분을 하였다(이하 위와 같은 법인세 처분을 통틀어 ⁠‘종전 법인세 부과처분’이라 한다).

-표 생략-

 다. 종전 법인세 및 부가가치세 부과처분에 대한 관련 선행사건의 경과 및 확정

  1) 환송전 법원의 판단

   가) 원고는 피고의 종전 법인세 및 부가가치세 부과처분에 불복하여 행정소송을 제기하였고, 제1심 법원은 2017. 2. 17. 종전 부가가치세 부과처분에 관하여는 쟁점 사업분야 중 환경시실설치지원 사업분야에 속하는 사업을 제외한 나머지 사업들은 실비로 공급하는 용역 등에 해당되어 부가가치세가 면제되어야 하므로 해당 사업분야를 부가가치세 면제대상이 아니라고 본 것은 부당하고, 종전 법인세 부과처분에 관하여는 ① 지방자치단체 등으로부터 지급 받은 업무대행사업비에서 발생한 이자소득의 실질귀속자는 원고라고 보아야 하므로 해당 부분에 관한 세무조정은 부당하고, ② 정부출연금 중 수익사업에 사용된 부분은 법인세법상 익금으로 산입하는 것이 타당하다고 판단한 다음, 각 부가가치세와 법인세 정당세액을 계산할 수 없다는 취지로 원고의 청구 전부를 인용하였다(인천지방법원 2013구합11318 사건).

   나) 원고와 피고는 위 제1심 판결에 불복하여 항소하였고, 항소심 법원은 2017. 8. 31. 위 제1심 판결과 같은 결론을 내린 다음 항소심에 제출된 과세자료를 기준으로 정당한 세액을 계산하여 초과된 세액에 한하여 종전 부가가치세 및 법인세 부과처분의 일부를 취소하는 판결을 선고하였다(서울고등법원 2017누40656 사건, ⁠‘피기 환송전 사건’이라 한다).

  2) 대법원의 파기환송 및 환송후 법원의 판단

   가) 원고와 피고는 항소심 판결에 불복하여 상고하였고, 대법원은 2022. 3. 17. 종전 법인세 부과처분에 관한 판단에 대하여는 환송전 법원의 판단에 잘못이 없다는 이유로 원고와 피고의 상고를 모두 기각하여 종전 법인세 부과처분을 확정하였고, 종전 부가가치세 부과처분에 관한 판단에 대하여는 실비로 공급하는 용역 등에 해당하는지여부는 쟁점 사업분야가 아닌 개별사업별로 판단하여야 한다는 취지로 파기 환송하였다(대법원 2017두69908).

   나) 파기 환송후 법원은 2024. 7. 19. 쟁점 사업군의 각 개별 사업별로 구체적 사업 이익을 계산한 다음 이윤이 0% 이하인 경우에 한하여 실비로 공급하는 사업으로서해당 부가가치세를 면제하는 것이 타당하다고 본 다음, 정당한 세액을 계산하여 초과된 세액에 한하여 원고의 청구를 일부 인용하였고, 위 판결은 2024. 8. 10. 그대로 확정되었다(서울고등법원 2022누39354 사건, 이하 ⁠‘파기 환송후 사건’이라 하고, 파기환송 전후의 사건을 통틀어 확정된 판결을 ⁠‘선행사건’이라 한다).

 라. 원고의 부가가치세 및 법인세 신고내역과 이 사건 각 처분

  1) 원고는 2011. 1. 1. 이전 체결된 계약에 기한 다음 각 사업(이하 아래 순번대로‘제○번 사업’이라 하고 위 사업을 모두 통틀어서는 ⁠‘이 사건 각 사업’이라 한다)과 관련하여 2010년 1기부터 2012년 2기까지 공급한 재화 또는 용역 역시 그 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급된 것으로서 부가가치세 면세 대상이라고 보아 부가가치세를 신고·납부하지 않았는데, 위 사업들은 모두 2013년에 사업이 종료되거나 2013년까지 사업이 계속 진행되었다.

-표 생략-

  2) 원고는 2010년부터 2012년까지 각 사업연도 과세기간 동안 국가로부터 다음과같이 합계 148,989,000,000원의 정부출연금을 지급받아 원고가 영위하는 각 사업의 운영자금 및 자산취득자금으로 사용하였는데, 2010년 법인세 신고 당시에는 정부출연금전부를 익금에 산입하지 아니하였고, 2011년과 2012년 법인세 신고당시에는 제1차 세무조사 결과를 일부 반영하여 정부출연금 중 수익사업과 관련된 운영자금 지원요청액부분을 예산상 수지차액 방식으로 익금에 산입하고, 수익‧비수익사업 공통으로 사용된내역은 개별손금 비율에 따라 수익사업과 비수익사업에 각 안분하여 익금으로 계상하였으며, 자산취득을 위해 사용한 정부출연금에 관하여는 익금에 산입하지 아니하는 방식으로 각 법인세를 신고하였다(이하 ⁠‘이 사건 법인세 신고내역’이라 한다).

-표 생략-

  3) 중부지방국세청장은 2014. 12. 4.부터 2015. 2. 26.까지 원고에 대한 세무조사를실시하여, ① 이 사건 각 사업은 부가가치세 면세대상이 아님에도 원고가 부가가치세를 신고·납부하지 아니하였고, ② 정부출연금 중 개별사업별 사용내역이 확인되는 금액은 예산상 수지차액 방식이 아닌 실제 사용된 금액을 기준으로 각 사업의 익금에 산입하여야 하고, 수익‧비수익사업 공통으로 사용된 정부출연금은 개별익금 비율에 따라안분하여 수익사업의 익금으로 계상하여야 하며, ③ 손금과 관련하여 정부출연금 중 개별사업별 사용내역이 확인되는 금액은 해당 사업의 손금으로 산입하고, 수익‧비수익사업 공통으로 사용된 정부출연금은 개별손금 비율에 따라 안분하여 수익사업의 손금으로 계상하여야 하고, ④ 정부출연금 중 수익사업을 위한 자산취득에 사용된 금액을 수익사업의 익금과 손금에 반영하여야 함에도, 원고가 이와 다른 기준을 적용하여 정당한 부가가치세와 법인세를 신고하지 아니하였다는 등을 내용으로 하는 과세자료를 피고에게 통보하였다(이하 ⁠‘2차 세무조사’라 한다).

  4) 이에 피고는 2차 세무조사 결과에 따라 세무조정을 하여 별지1, 별지2 표 기재와 같이 2015. 4. 2.과 2015. 4. 3. 원고에 대하여 가산세를 포함하여 각 2010년부터 2012년도까지 귀속될 부가가치세 및 법인세를 각 경정·고지하였고, 2016. 1. 20.과2016. 3. 9. 및 2016. 3. 10. 부가가치세 가산세 일부가 과소 부과된 사실을 확인 다음 가산세 누락부분을 재경정·고지하였다(이하 별지1 표 기재 법인세 부과처분을 ⁠‘이 사건 법인세 부과처분’이라고 하고, 별지2 표 기재 부가가치세 부과처분을 ⁠‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라고 하며, 위 처분을 모두 통틀어서는 이 사건 각 처분이라 한다).

  5) 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2017. 8. 9. 위 청구가 기각되었다.

  [인정 근거] 갑 제1, 2, 3, 12 내지 15호증, 을 제1, 2, 11호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 법인세 부과처분에 관한 판단

 가. 당사자들의 주장

  1) 원고

    선행 사건의 소송 결과, 원고가 지급받은 정부출연금 중 수익사업에 사용된 부분은 법인세법상 익금으로 산정하여야 한다는 것으로 확정되었고, 이에 관하여는 다툼이

없다.

    그러나 구체적으로 정부출연금 중 수익사업에 사용된 부분을 산정하는 방법이 문제되는바, 피고의 주장과는 달리 ⁠‘연도별 회계보조부’(을 제13호증, 참고자료 5, 이하 ’이 사건 회계자료‘라 한다)의 ’세항명‘ 란에 ⁠‘정부출연금’ 또는 ⁠‘정부출연인건비’라고 기재된 지출내역을 통해 정부출연금의 개별사업별, 항목별 사용내역을 확인할 수 없다. 위 기재내역은 원고가 운영하는 사업 중 정부위탁사업(정부출연사업)의 인건비 지출내역을 정리한 것에 불과하고 정부출연금의 지출내역이라고 평가할 수 없는바, 원고의 인건비 지출은 원고의 자체 수입과 정부출연금을 합친 자금으로 집행되고 있으므로 이 사건 법인세 부과처분은 그 전제부터 잘못된 것이다.

    정부출연금이 각 사업에서 발생하는 손실을 보전하기 위하여 지급되는 자금이라는점을 감안하여 볼 때, 이는 각 사업에서 발생하는 수지차액(수입 –지출)을 보전하는 형태로 사용된 것으로 평가함이 타당하다. 제1차 세무조사 및 종전 법인세 부과처분 당시 이루어진 정부출연금 배분 방식은 원고가 정부출연금을 신청할 당시 개별 사업의‘예산상 수지차액(수입예산액 –지출예산액)’을 기준으로 대략적으로 산출된 정부출연금지원요청액을 수익사업에 배분하여 익금에 산입하는 방식이었고(이하 ⁠‘예산상 수지차액 방식’이라 한다), 원고도 피고의 위와 같은 세무조정 방식을 존중하여 2011년 및 2012년 귀속 법인세를 신고하기도 하였다. 다만 예산상 수지차액 방식은 정부출연금의 실질적인 집행내역과는 차이가 있으므로, 예산상 수지차액보다는 결산시점에서 각 사업별 수지차액(실제 수익 –실제 비용)을 확정한 다음 위 결산상 수지차 부족액에 대하여 정부출연금이 사용된 것으로 보고 이를 기준으로 익금을 계상하는 것(이하 ⁠‘결산상 수지차액 방식’이라 한다)이 가장 타당하다.

    따라서 이 사건 회계자료를 통해 정부출연금의 실제 집행내역을 확인할 수 있음을전제로 이루어진 이 사건 법인세 부과처분은 실질과세원칙을 위반한 것으로서 위법하고, 이 사건 법인세 부과처분의 세액은 결산상 수지차액 방식으로 계산한 정당세액을 초과함이 계산상 명백하므로 취소되어야 한다.

  2) 피고

    제1차 세무조사 및 종전 법인세 처분 당시에는 예산상 수지차액 외에는 실제 정부출연금 세부 집행내역을 확인할 수 있는 아무런 자료가 없었기에 예산상 수지차액을 기준으로 익금과 손금을 각 계상하였던 것이나, 제2차 세무조사 및 이 사건 법인세 처분 당시에는 원고가 관리하던 이 사건 회계자료를 통해 정부출연금의 세부집행내역을 확인하여 수익사업에 사용된 금액을 확인하고 이를 수익사업의 익금과 손금에 산입하였고, 수익‧비수익사업에 공통으로 사용된 금액은 익금과 관련해서는 개별익금비율에 따라 안분하여 수익사업의 익금에 산입하고 손금과 관련해서는 개별손금비율에 따라 안분하여 수익사업의 손금으로 산입하였는바, 위와 같은 세무조정을 거쳐 이루어진 이 사건 법인세 부과처분은 실질과세원칙 및 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 제1, 3호에 따른 것으로서 적법한 처분이다.

 나. 판단

  1) 관련 법리

   (가) 법인세 부과처분 취소소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세표준의 기초가 되는 각 사업연도의 익금과 손금에 대한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에게 있다고 할 것이나, 납세의무자가 신고한 어느 손금의 용도나 지급의 상대방이 허위라거나 손금으로 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정이 과세관청에 의하여 상당한 정도로 증명된 경우에는 증명의 난이라든가 공평의 관념 등에 비추어 그러한 비용이 실제로 지출되었다거나다른 사정에 의하여 손비의 요건이 충족된다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에 게 돌아간다(대법원 2015. 2. 12. 선고 2014두43028 판결 등 참조).

   (나) 구 법인세법(2013. 1. 1. 법률 제11607호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조는 제1항에서 비영리법인에 대하여는 ⁠‘각 사업연도의 소득’ 및 ⁠‘토지 등 양도소득’에 대하여만 법인세를 부과한다고 규정하고 있고, 제3항에서 비영리법인의 각 사업연도 소득은 그 각호의 사업 또는 수입(이하 ⁠‘수익사업’이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다고 규정하고 있다. 구 법인세법 제14조는, ⁠‘각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로한다’고 규정하고 있으며, 제15조 및 제19조는 ⁠‘익금은 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 하고, 손금은 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로서, 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’고 규정하고 있다.

    또한 구 법인세법 제40조는 ⁠‘각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’고 규정하고 있고, 제113조 제1항은비영리내국법인이 수익사업을 영위하는 경우 자산․부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하도록 규정하고 있다. 그런데 구 법인세법 제113조 제6항, 구 법인세법 시행령 제156조의 위임에 의하여 구분경리의 방법을 정하고 있는 법인세법 시행규칙 제76조는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 하고, 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리하며, 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 하도록 규정하고 있다. 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하고, 업종이 다른 경우의 공통되는 손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산하도록 하되, 다만, 개별손금이 없는 경우 등 기타 사유로 위와 같은 기준을 적용하는 것이 불합리한 경우에는 작업시간 등을 기준으로 안분하도록 규정하고 있다. 위와 같이 법인세법은 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여 권리․의무 확정주의 및 수익․비용 대응원칙을 채택하고 있다.

    따라서 원고가 구체적인 용도를 정하지 않은 정부출연금을 수령한 시점에는 이를모두 수익사업을 위하여 지급받은 금원이라고 단정할 수 없으나, 원고가 해당 사업연도별로 수익사업과 비수익사업에 대하여 구분경리를 하고 결산을 하는 시점에는 정부출연금에 대해서도 정해진 용도에 따라 수익사업과 관련하여 배분된 부분에 대하여는 수익사업에 대한 익금으로 처리한 다음, 수익사업에 관련하여 지출된 비용을 손금으로처리하는 것이 합당하고(대법원 2022. 3. 17. 선고 2017두69908 판결 참조), 정부출연금 역시 각 사업별로 실제 사용내역이 구분되는 경우에는 구분 경리하되, 전체 사업에 공통으로 사용되어 구분이 안 되는 정부출연금은 특별한 사정이 없는 한 수입금액 또는 매출액에 비례하여 이를 안분하거나, 안분할 사업의 구체적 특성 등으로 인하여 그와 같은 방식의 안분이 불합리하다고 인정되는 경우에는 실질적인 사용 기준 등에 따라 공통익금 및 공통손금을 안분 계산할 수 있다고 봄이 타당하다.

  2) 피고가 비용보전 정부출연금을 토대로 익금과 손금을 산정한 방식

    피고의 이 사건 법인세 부과처분은, 제2차 세무조사 당시 원고로부터 입수한 이 건 회계자료를 근거로 이루어진 것으로서, 위 회계자료의 ⁠‘세항명’ 란에 ⁠‘정부출연금’또는 ⁠‘정부출연인건비’라는 기재가 있는 항목이 정부출연금을 집행한 실제 세부내역임을 전제로 이루어졌다. 피고는 수익사업의 익금과 관련하여, 이 사건 회계자료에서 추출한 정부출연금의 집행내역을 토대로 정부출연금을 수익사업에 사용된 금액, 비수익사업에 사용된 금액, 수익‧비수익사업 공통으로 사용된 금액으로 구분한 다음, 공통으로 사용된 금액은 다시 수익사업과 비수익사업의 익금 비율에 따라 안분하여 합산하는방식으로 수익사업에 대한 전체 익금을 산정하였다. 피고는 수익사업의 손금과 관련하여서는, 정부출연금 중 수익사업에 사용된 금액을 손금으로 계상하고, 수익‧비수익사업공통으로 사용된 정부출연금은 수익사업과 비수익사업의 손금 비율에 따라 안분하여 합산하는 방식으로 수익사업의 전체 손금을 산정하였는데, 2011년도를 기준으로 정부출연금 약 434억 원을 수익 사업의 익금과 손금에 산입한 방식은 각 다음과 같다.

  3) 이 사건 회계자료의 세항명 ⁠‘정부출연금’ 기재 내역의 의미

   가) 전술한 바와 같이 피고의 이 사건 처분은 이 사건 회계자료의 ⁠‘세항명’ 란에 ⁠‘정부출연금’으로 기재된 내역은 정부출연금의 실제 사용내역을 반영한 것임을 전제로 하고 있으므로, 위 회계자료가 피고가 주장하는 의미를 가진 것으로 볼 수 있는지, 아니면 원고의 주장과 같이 해당 항목 기재내용이 정부출연금의 실제 집행내역과는 무관한 것인지 여부가 이 사건 법인세 부과처분의 적법 여부의 전제가 된다고 할 것이므로 이에 관하여 살펴본다.

   나) 앞에서 든 증거 및 갑 제25, 26호증, 을 제6, 13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 모두 종합하여 보면, 이 사건 회계자료의 ⁠‘세항명’ 란에 ⁠‘정부출연금’으로 기재된 내역은 정부출연금의 실질적 집행내역을 의미한다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 회계자료가 실제 정부출연금을 집행한 내역임을 전제로 각 사업연도별 수익사업의 익금(또는 손금)을 산입하는 방식으로 이루어진 이 사건 법인세 부과처분은 그 기초가 되는 전제사실에 오류가 있고 실질과세원칙에 위배되어 위법하다고 봄이 상당하므로, 이를 지적하는원고의 주장은 이유 있다.

    ① 원고가 운영하는 사업 분야는 아래와 같이 크게 5가지로 분류되는데, 각 사업분야에 속하는 개별 사업들은 그 종류와 형태가 다양하여 지속적으로 상당기간에 걸쳐운영되는 사업도 있으나, 새롭게 추가되거나 사업연도 중간에 중단되는 사업도 있으며, 수수료를 지급받는 사업과 그렇지 않은 사업이 있기도 하였다. 위와 같은 사업 구분은 해당 사업의 성격에 따른 것으로서 실제 해당사업의 수입 발생 여부나 수익 여부와는 관련이 없는 것으로 판단된다

    ② 원고는 매년 각 사업 분야별로 수입예산액에서 지출예산액의 차액을 계산하여정부출연금 지원요청을 한 다음 해당 정부출연금을 기관운영 및 자산취득을 위한 자금으로 사용하여 왔음은 앞에서 살펴본 바와 같은데, 원고의 예산요구 내용을 살펴보면 수입항목은 ⁠‘위탁수수료, 세입징수비용, 영농폐기물사업수입, 압수폐기물자원화수입, 사업외수입’ 등으로 구성되어 있고, 지출항목은 ⁠‘인건비, 경상경비, 사업비(국제협력사업,자원순환정책지원, 환경기술진단·지원, 환경측정기기검사 등)’로 되어 있고 그 부족액차액을 정부출연금으로 요구한 것으로 되어 있다. 이에 의하면 원고는 매년 예정된 사업내역과 전년도 사업내역을 기준으로 전체 사업의 총 수입액과 총 지출액의 차액을정부출연금 예산으로 요구하였다고 봄이 상당하고, 달리 개별사업별, 항목별로 수지차액을 산정하거나 정부출연금의 사용내역을 특정하지는 않았던 것으로 볼 수 있다. 원고의 결산과정에서도 정부출연금의 개별사업별, 항목별 지출내역을 특정한 자료는 확인되지 않는다.

    ③ 피고는 제2차 세무조사 당시 원고 소속 전산실 직원으로부터 이 사건 회계자료를 입수하였고, 이 사건 회계자료에서 ⁠‘세항명’ 란에 ⁠‘정부출연금’이라는 기재가 있는 것이 정부출연금을 집행한 세부내역인 것으로 판단하였다. 그런데 피고가 위와 같이 추출하여 합산한 각 연도별 정부출연금 세부 집행내역 집계액(을 제6호증)은 원고의 실제 정부출연금 사용액과 차이가 있는바, 피고가 지목하는 항목이 원고의 정부출연금사용내역을 정리한 것이라고 판단하기는 어렵다.

    ④ 이 사건 회계자료에 기재된 각 항목별 분류와 그에 부여된 예산코드는 다음과같다.

-표 생략-

     이 사건 회계장부의 ⁠‘세항명’ 란에는 ⁠‘국제협력사업, 소각시설유해물질검사, 수질개선정책지원, 영농폐기물처리, 폐기물처리시설검사, 환경측정기기검사’ 등의 사업명칭이 기재되어 있는바, 해당 ⁠‘세항명’ 란은 원고가 운영하는 구체적인 사업명칭을 표기하는 분류에 해당하고 이를 정부출연금의 지출내역을 특정하여 표기한 분류라고 보기는 어렵다. 이와 관련하여 원고는, ⁠‘세항’에 해당하는 예산코드는 전체 23자리 숫자 중 8번째부터 15번째까지의 8자리에 해당하는데, 정부출연사업에 대한 인건비 지출내역은세항 예산코드로 3101(또는 3501)을 먼저 적고 구체적 사업별로 정해진 숫자 4자리를부여하고[예컨대 정부출연사업인 ⁠‘영농폐기물수거’ 사업의 인건비로 지출된 내역은 세항 예산코드로 ⁠‘3101(또는 3501)-3523’을 부여함] ⁠‘세항명’ 란에도 ⁠‘정부출연금’이라고 기재하였던 반면, 정부출연사업 외의 사업에 대한 인건비 지출내역은 세항 예산코드로 4자리만 부여하고[예컨대 정부대행사업인 ⁠‘대기총량관리’ 사업의 인건비로 지출된 내역은 세항 예산코드로 ⁠‘1302-0000’을 부여함] ⁠‘세항명’ 란에도 해당 사업명칭을 기재하였다고 설명하는바, 이러한 원고의 설명은 충분히 합리적일 뿐 아니라 이 사건 회계자료의 기재내역에도 잘 부합하는 것으로 판단되어 이를 쉽게 배척할 수 없다.

    ⑤ 결국 이 사건 회계자료의 ⁠‘세항명’ 란에 ⁠‘정부출연금’ 또는 ⁠‘정부출연인건비’라고 기재된 내역은 정부출연사업(정부위탁사업과 같은 의미이다, 항 예산코드 1003)에관한 비용으로서 세항 예산코드로 사업명칭별 예산코드 앞에 ⁠‘3101’(구 BBBBBB사업) 또는 ⁠‘3501’(구 환경자원공사 사업)을 추가해 놓은 지출내역들에 불과하고, 이는실제 정부출연금의 집행내역과는 무관하다고 판단함이 상당하다.

  4) 이 사건 법인세 부과처분의 적법성에 대한 판단

   결국 이 사건 회계자료가 정부출연금의 실제 집행내역을 정리한 자료임을 전제로피고가 원고의 수익사업에 대한 익금과 손금을 산정한 것은 타당하다고 볼 수 없다.

   그 외에도 피고는 구 법인세 시행규칙 제76조 제6항 제1호에 따라 수익‧비수익사업에 공통으로 사용된 정부출연금을 수익사업과 비수익사업의 수입액에 안분하여 배분해야 한다고 주장하나, 정부출연금은 수입과 무관하게 각 사업에서 발생하는 손실을 보전하기 위하여 지급하는 금액이고 원고의 사업 중 수입이 전혀 발생하지 않은 사업(또는 발생한 수입액이 지출액에 미치지 못하는 사업)에 대하여 그 수입액과 지출액의 차액을 보전하는 방식으로 사용되었다고 봄이 상당하므로, 원고가 주장하는 바와 같이 결산상 수지차 부족액에 따라 정부출연금이 사용된 것으로 산정하고, 수익‧비수익사업에 공통으로 사용된 금액은 수익사업과 비수익사업의 수입액에 따라 안분하기보다는 지출액에 따라 안분하여 수익사업과 비수익사업의 익금으로 계상하는 것이 합리적이고 적정한 회계처리라고 판단된다.

    이 사건 법인세 부과처분의 각 사업연도별 과세표준은 위와 같이 정부출연금을 수익사업과 비수익사업의 익금으로 계상하여 정당하게 산정한 각 사업연도별 과세표준을초과하고 있다고 판단되므로(원고의 2024. 8. 14.자 준비서면 참조), 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다.

 다. 소결

    과세처분취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것인바, 사실심 변론종결시까지 제출된 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조). 살피건대 이 사건 변론 종결일까지 제출된 증거들만으로는 결산상 수지차액을 기준으로 정부출연금을 수익사업과 비수익사업의 익금으로 계상한 정당한 세액을 산정하기 어려우므로, 이 사건 법인세 부과처분 전부를 취소하기로 한다.

3. 부가가치세 부과처분에 관한 판단

 가. 당사자들의 주장

  1) 원고

    이 사건 각 사업을 수행하면서 원고가 수수료 명목의 금원을 받는다고는 하나 해당 수수료는 실비를 초과하여 이윤을 남기기 위한 목적으로 책정된 것이 아니고, 이 사건 각 사업은 사업연도별로 대부분 이익이 나지 않고 있으므로, 이는 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제1항 제17호, 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제37조 제1호에 따라 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 재화나 용역에 해당되어 부가가치세 면제 대상이라고 봄이 타당하다.

  2) 피고

    원고는 이 사건 각 사업을 수행하면서 실제 지출된 경비 이외에 감리비, 기술료등의 명목으로 수수료를 지급받고 있는 이상, 해당 거래가 실비만을 지급받는 거래라는 점에 관하여는 원고에게 증명책임이 있다고 볼 것인데, 원고가 제출한 자료만으로는 위 각 사업의 수수료 수입과 그에 상응하는 지출 내역을 확인하여 비용을 초과하는 이윤이 없다고 보기 어려우므로 이 사건 처분은 적법하다.

 나. 판단

  1) 관련 법리

   (가) 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 종교·자선·학술·구호 등 공익을 목적으로 하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역에 대하여는 부가가치세를 면제되고[구 부가가치세법 제12조 제1항 제17호, 구 부가가치세법 시행령 제37조 제1호, 구 부가가치세법 시행규칙(2013. 6. 28. 기획재정부령 제355호로 전부 개정되기 전의 것) 제11조의5 제1항], 여기에서 어떠한 용역을 실비로 공급할 경우 실비의 개념과 판단기준에 관하여 구 부가가치세법령이나 기본통칙에 특별한 규정이 없는바, 우선 실비의 사전적의미(실제로 드는 비용) 등에 비추어 볼 때 실비란 용역을 공급받은 자로부터 받은 금액 등의 경제적 대가가 당해 용역의 공급업무에 필요한 비용을 초과하지 않음을 의미한다고 할 것이고, 용역을 공급받는 자로부터 받은 금원 등 용역대가가 실비에 해당되는지 여부는 관련 법령 내지 계약 등을 기초로 용역의 공급의도·목적, 용역의 내용과 성격, 공급 이후 과세기간 종료시까지의 제반사정(용역대가에 이윤포함 여부 등)을 종합하여 합리적으로 판단하여야 한다.

   (나) 구 부가가치세법 제1조 제1항은 부가가치세의 과세 대상에 관하여 ⁠“부가가치세는 다음 각 호의 ⁠‘거래’에 대하여 부과한다.”라고 규정하면서 제1호에서 ⁠‘재화 또는 용역의 공급’을 규정하고, 구 부가가치세법 제12조 제1항은 일정한 ⁠‘재화 또는 용역의 공급’을 부가가치세 면세 대상으로 규정하고 있다. 위 각 규정의 문언에다가 세금계산서 교부 및 부가가치세 거래징수는 부가가치세 면세 여부에 따라 그 의무의 존부가 달라지는데 이는 모두 재화 또는 용역을 공급할 때 이루어지는 점 등의 사정을 보태어 보면, 부가가치세 면세 여부는 원칙적으로 ⁠‘개별적인 재화 또는 용역의 공급’을 기준으로 판단하여야 하고(2022. 3. 17. 선고 대법원 2017두69908 판결), 각 개별사업별로 여러 연도에 걸쳐 이윤이 꾸준히 발생한다면 특별한 사정이 없는 한 정부 또는 지방자치단체 등으로부터 실비 수준의 돈을 받았다고 볼 수 없으나, 정부 또는 지방자치단체

등으로부터 돈을 받았음에도 계속 적자가 나거나, 이윤이 나는 해가 있고 손실이 나는 해가 있더라도 여러 연도를 비교하여 평균적으로 이윤이 나지 않는 경우에는 정부 또는 지방자치단체 등으로부터 실비 수준의 돈을 받았다고 볼 여지가 많으므로 이는 용역을 실비로 제공한 경우로 인정하는 것이 타당하다(대법원 2011. 12. 8. 선고 2011두18410 판결 등 참조).

  2) 구체적 판단

   (가) 원고가 영리를 목적으로 하지 아니하는 공중위생 및 환경보호에 현저히 기여하는 사업을 운영하는 단체로서 그 고유의 사업목적을 위해 이 사건 각 사업을 운영하면서 용역을 제공한다는 점에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 이 사건 쟁점은 이 사건 각 사업이 원고가 실비로 용역을 제공하는 경우에 해당하는지 여부이다.

   (나) 그런데 제1 사업의 경우, 위 사업에 관한 위·수탁협약서(갑 제13호증)에 따르면, 위 사업의 사업 규모는 700억 원이고, 이에 따라 원고는 공사 관리․감독 업무 외에 민간사업자 선정 및 감독, 각종 인허가 지원 업무 등도 부담하는 것으로 정하여져 있고, 원고가 지급받는 사업비는 위·수탁협약서에 첨부된 붙임1, 2의 위탁수수료요율에 따라 산정되는 공사 관리․감독 업무에 관한 위탁수수료와 그 외 나머지 업무를 수행함에 필요한 소요실비로 정해지는바, 해당 계약의 내용만으로는 제1 사업이 실비로 제공하는 용역인지 여부가 불분명하다. 또한 제1 사업의 사업기간은 2009년부터 2013년이므로 위 사업시행기간 전체 기간 동안 발생한 각 연도별 손익(= 수입 –비용, 이하 같다)을 합산하여 이윤이 나는지 여부를 확인한 다음 위 사업이 용역을 실비로 제공한 경우인지 여부를 판단함이 타당하다.

     이 사건 제2 내지 4 사업의 경우, 각 용역계약서(갑 제14 내지 16호증)에 따르면, 원고가 지급받는 사업비가 각 엔지니어링사업대가 기준 또는 건설사업관리대가산정 기준으로 정하여져 있으나, 사실상 해당 요율의 기준이 되는 전체 사업 규모가 특정되어 있지 않은 상태인바, 위와 같은 용역계약서만으로는 위 각 사업이 실비로 제공하는 용역인지 여부가 불분명하다. 또한 제2 내지 4 사업들의 경우, 모두 반환미군기지의 폐기물 처리 이후 토양오염정화를 위한 검사 및 진단과 관련된 용역을 주된 내용으로 하는 사업들로 그 사업 성격이 유사하며, 각 사업별로 용역계약이 체결되었다고는 하나, 모두 상당기간 구 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙(2015. 6 . 30. 기획재정부령 제487호로 개정되기 전의 것)에 따른 ⁠「예정가격 작성기준(회계예규 2200.04-160-5, 2008. 12. 29.)의 학술연구용역에 관한 일반관리비율 5%를 적용하여 산정된 위탁수수료 정도를 지급받아 온 것으로 보이는 점, 원고는 제2 내지 4 사업을 모두 같은 예산 코드로 관리하여 원고가 제출한 자료의 범위 내에서만 위 사업들과 관련된 수입과 비용이 확인되는 점 등을 고려하여, 위 제2 내지 4 사업은 각 사업연도별(2009년부터 2013년) 손익을 합산하여 위 사업들이 용역을 실비로 제공한 경우인지 여부를 판단함이 타당하다.

   (다) 구체적인 손익 산정 기준은 다음과 같다. 손익의 발생 여부는 각 개별사업별로 수입과 비용의 차액을 산정하여 판단하되, 위 비용에는 재화·용역을 공급하기 위하여 직접 투입되는 비용 즉, 직접 경비(재료구입비, 직접 사업부서의 인건비 등)뿐만 아니라 사업 수행을 원활하게 하기 위하여 투입되는 비용 즉, 간접 경비(지원부서의 인건비, 연구개발비 등)도 실비에 포함된다고 할 것이다. 그런데, 간접 경비를 안분함에 있어서 각 사업별 수입을 기준으로 안분할 경우 수입이 발생하지 않는 사업의 경우 간접경비가 지출되지 않는 것으로 왜곡될 우려가 있으므로 각 사업에 사용된 직접 경비를 기준으로 하여 간접 경비를 배분하는 것이 합리적이므로, ㉮ 환경시설설치지원사업의 경우 외부 업체에게 지급하는 금액도 직접 경비로 계상되어 있는데 외부 업체에게 지급하는 금액에 대하여는 그 금액에 상응하는 간접 경비가 발생할 가능성이 적음에도 이를 포함한 직접 경비에 대하여 간접 경비를 배분할 경우 간접 경비가 환경시설설치지원사업에 과다하게 집중되는 결과가 발생하므로 외부 업체에게 지급된 설치사업비를 제외하고 원고가 수행한 계획 및 관리, 감독업무에 직접 지출한 비용만을 기준으로 간접 경비를 배분하고, ㉯ 융자사업의 경우에도 원고가 환경부에 지급하는 이자비용, 지방자치단체 등으로부터 지급받는 이자수익 등을 제외하고, 융자사업을 수행하기 위하여 실제로 지출되는 인건비 및 융자지원비용 상당액을 기준으로 간접 경비를 배분하며, ㉰ 영업외손익은 간접 경비와 관련성이 낮은 것으로 보이므로, 영업외손익에는 간접 경비를 배분하지 않는 방식을 택하기로 한다. 그리고 ㉱ 정부출연금은 계약당사자로부터 받는 것이 아니고, 개별적인 사업과 관련 없이 지급받는 것이므로, 이윤이 발생하는지 판단할 때는 정부출연금을 수입에 포함시키지 않는다. 위와 같은 기준으로 손익을 판단하되, 실비 공급 여부는 이러한 초과수익률 즉 이윤이 0% 이하인 경우는 실비로 공급하는 사업으로, 나머지는 그러하지 않은 사업으로 봄이 타당하다.

   (라) 위와 같은 기준으로 이 사건 각 사업별로 손익을 계산하면 다음과 같은바, 제1 사업의 경우, 해당 사업의 시행기간인 2009년부터 2013년 동안의 합산 손익은 203,513,741원으로 위 사업에 관하여 원고가 지급받은 수수료가 비용을 상회하므로, 해당 사업은 용역을 실비로 제공한 경우로 볼 수 없어 부가가치세 과세대상이 된다고 볼 것이고, 제2 내지 4 사업들의 경우 그 합산내역에 비추어, 해당 사업들은 각 사업연도별로 모두 손실이 나고, 그 손실 규모도 상당하므로, 이윤이 나지 않아 용역을 실비로 제공한 경우라고 봄이 타당하다[원고는 앞에서 본 구체적 산정 기준 및 선행 사건의 파기 환송후 확정된 판결을 기준으로 이 사건 각 사업별 손익에 관한 자료를 제출 하였고(2024. 9. 30. 참고자료 13번, 다만, 제1 사업의 사업명칭은 ⁠‘경주소각’이고, 제2내지 4 사업의 사업명칭은 ⁠‘토양오염정밀조사복원’이다), 피고는 해당 자료의 이 사건 각 사업의 손익 산정 방식에 관하여는 별다른 의견을 제출하지 않았다].

 다. 취소의 범위

    피고가 한 이 사건 부가가치세 부과처분 내역은 별지2 표 ⁠‘부과처분’란 기재와 같고, 이 사건 각 사업 중 용역을 실비로 제공한 사업에 해당하는 제2 내지 4사업을 면세사업으로 보아 원고에 대한 정당한 부가가치세액을 산정하면 별지2 표 ⁠‘정당세액’란 기재와 같으므로, 별지2 표 ⁠‘취소세액’란 기재 부분은 취소되어야 한다.3)

4. 결론

   그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 인천지방법원 2024. 11. 22. 선고 인천지방법원 2017구합54467 판결 | 국세법령정보시스템