요지

이 사건 공익사업을 위한 토지취득 비율을 산정함에 있어 국·공유지 무상취득분을 포함하여야하고 2015. 12. 31. 이전에 사업인정변경고시된 추가 사업지역면적도 포함하여 취득비율을 산정하여야 함.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고 AAA, BBB, CCC의 이 사건 소를 모두 각하한다.

2. 나머지 원고들의 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

① 피고 DD세무서장이 별지2 목록 순번 1 내지 3번 ⁠‘고지일자’란 기재 각 일자에 별지1 목록 순번 1 내지 3번 기재 원고들에 대하여 한 별지2 목록 순번 1 내지 3번 ⁠‘본세’란 기재 각 2016년 귀속 양도소득세 부과처분을, ② 피고 EE세무서장이 별지2 목록 순번 4 내지 18번 ⁠‘고지일자’란 기재 각 일자에 별지1 목록 순번 4 내지 6번, 8 내지 13번, 15 내지 18번 기재 원고들 및 망 박○○, 망 정○○에 대하여 한 별지2 목록 순번 4 내지 18번 ⁠‘본세’란 기재 각 2016년 귀속 양도소득세 부과처분을, ③ 피고 FF세무서장이 별지2 목록 순번 19 내지 45번 ⁠‘고지일자’란 기재 각 일자에 별지1목록 순번 19, 20번, 22 내지 28번, 31 내지 39번, 41 내지 45번 기재 원고들 및 망 김○○, 망 박○○, 망 박○○, 망 조○○에 대하여 한 별지2 목록 순번 19 내지 45번 ⁠‘본세’란 기재 각 2016년 귀속 양도소득세 부과처분을, ④ 피고 GG세무서장이 2019. 9. 1. 원고 유○○에게 한 별지2 목록 순번 46번 ⁠‘본세’란 기재 2016년 귀속 양도소득세 부과처분을, ⑤ 피고 FF세무서장이 별지3 목록 ⁠‘처분일자’란 기재 각 일자에 별지1 목록 순번 47 내지 53번 기재 원고들에 대하여 한 별지3 목록 기재 각 2016년 귀속 양도소득세 경정청구 거부처분을 모두 취소한다.1)

이 유

1. 처분의 경위

1) 원고들은 이 사건 소장 청구취지 제1항에서 청구취지 ① 내지 ④항 기재 각 처분의 행정청을 일괄하여 ⁠‘피고들’로, 그 상대방을 ⁠‘원고들’로 각 기재하였으나, 그 청구원인에 비추어 이 부분 청구취지를 위와 같이 선해한다.

가. ○○시 ○○지구 친수구역의 지정 및 그 경과

1) 국토교통부장관은 2014. 1. 23. 구 친수구역 활용에 관한 특별법(2018. 6. 8. 법률 제15624호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘친수구역법’이라 한다) 제4조에 따라 ○○시 ○ 구 ○○동, ○○구 ○○○동 일원 856,075㎡(이하 ⁠‘이 사건 최초 사업지역’이라 한다)를 ○○시 ○○지구 친수구역으로 지정하고, 같은 날 국토교통부고시 제2014-37호로 이를 고시하였다(이하 ⁠‘이 사건 최초 고시’라 한다). 이 사건 최초 고시의 주요 내용은 다음과 같다.

이 사건 최초 고시

1. 친수구역의 명칭, 위치 및 면적

가. 명칭 : ○○시 ○○지구 친수구역

나. 위치 : ○○시 ○구 ○○동, ○○구 ○○○동 일원

다. 면적 : 856,075㎡

2. 친수구역의 지정일: 관보게재일

3. 친수구역 조성사업의 시행자의 명칭, 소재지 및 대표자 성명

가. 명칭 : ○○시, ○○도시공사

4. 사업의 명칭 : ○○ ○○지구 친수구역 조성사업(이하 ⁠‘이 사건 사업’이라 한다)

5. 토지이용계획 및 주요기반시설계획

가. 토지이용계획

2) 국토교통부장관은 2015. 11. 17. 구 친수구역법 제4조, 제13조에 따라 이 사건

최초 사업지역을 포함하여 ○○시 ○구 ○○동, ○○구 ○○○동 일원 933,970㎡(증가면적 77,895㎡, 이하 ⁠‘이 사건 최종 사업지역’이라 하고, 위 증가면적에 해당하는 부지를 가리켜 ⁠‘추가 사업지역’이라 한다)을 ○○시 ○○ ○○지구 친수구역으로 변경지정하고 그 실시계획을 승인하여, 같은 날 국토교통부고시 제2015-815호로 이를 고시하였다(이하 ⁠‘이 사건 변경 고시’라 한다). 이 사건 변경 고시의 주요 내용은 다음과 같다.

나. 주요기반시설계획

1) 교통시설계획 ⁠(생략)

2) 공원·녹지계획 ⁠(생략)

6. 친수구역 조성에 필요한 주요 기반시설 설치에 대한 지원계획

- 주택법 제23조에 따른 기반시설지원(추후 협의를 통해 결정)

[붙임] 수용하거나 사용할 토지 등 소재지, 지번, 지목, 면적, 소유권 및 소유권 외의 권리의 명세와 그 소유자 및 권리자의 성명, 주소 ⁠(총 636개 필지, 생략)

이 사건 변경 고시

1. 친수구역 지정(변경)

가. 친수구역의 명칭, 위치 및 면적(변경)

1) 명칭(변경 없음) : ○○시 ○○지구 친수구역

2) 위치(변경 없음) : ○○시 ○구 ○○동, ○○구 ○○○동 일원

3) 면적(변경)

- 기정: 856,075㎡

- 변경: 933,970㎡(증가면적 77,895㎡)

나. 친수구역의 지정(변경)일: 관보게재일

다. 친수구역 조성사업의 시행자의 명칭, 소재지 및 대표자 성명(변경 없음)

1) 명칭 : ○○시, ○○도시공사

2) 소재지 및 대표자 성명(생략)

라. 사업의 명칭(변경 없음) : 이 사건 사업

마. 토지이용계획 및 주요기반시설계획

1) 토지이용계획(변경)

2) 주요기반시설계획(변경)

가) 교통시설계획(변경) ⁠(생략)

나) 공원·녹지계획(변경) ⁠(생략)

바. 친수구역 조성에 필요한 주요 기반시설 설치에 대한 지원계획(변경 없음)

2. 실시계획 승인

가. 사업의 명칭: 이 사건 사업

나. 사업시행자의 성명: ○○시, ○○도시공사

다. 사업의 목적 및 개요

1) 사업의 목적

○ 자연친화적인 생태호수공원 및 주변지역 개발을 통한 쾌적한 정주환경 조성과 주

민 여가·휴식·생태학습의 친수공간 제공

○ ○○ 주변지역의 난개발 방지와 체계적·계획적 개발로 지속가능한 발전 도모

○ 친환경적인 주거단지 조성으로 주택 수급안정, 주택 부족 문제 해소

2) 사업의 개요

○ 수용인구 및 주택계획

- 수용인구: 14,150인(152인/ha)

- 수용호수: 5,240호(2.7인/세대)

3) 2015. 12. 31. 현재 ○○도시공사의 이 사건 최초 사업지역 또는 최종 사업지역

내 토지 취득 면적 및 그 비율은 아래 표 기재와 같다.

○ 토지이용계획

라. 친수구역의 위치 및 면적

1) 위치: ○○시 ○구 ○○동, ○○구 ○○○동 일원

2) 면적: 933,979㎡

마. 사업 시행기간: 2012년~2018년

바. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 ⁠‘국토계획법’이라 한다) 제30조에 의한 도시

관리계획 결정(변경)에 관한 사항: 붙임2(관계도면 게재 생략)

사. 국토계획법 제52조에 의한 지구단위계획 결정(변경)에 관한 사항: 붙임3(관계도면 게

재 생략)

[붙임] 수용하거나 사용할 토지 등 소재지, 지번, 지목, 면적, 소유권 및 소유권 외의 권리

의 명세와 그 소유자 및 권리자의 성명, 주소 ⁠(총 794개 필지, 생략)

나. 피고의 원고들에 대한 양도소득세 부과처분 및 경정청구 거부처분

1) 별지1 목록 순번 1 내지 6번, 8 내지 13번, 15 내지 20번, 22 내지 28번, 31 내지 39번, 41 내지 53번 기재 원고들은 이 사건 최초 사업지역 내에 있는 자경농지인 별지4 목록 ⁠‘양도 대상 토지’란 기재 각 토지(이하 ⁠‘이 사건 각 토지’라 한다)의 소유자였던 사람들이다.

2) ○○도시공사는 별지4 목록 ⁠‘소유권이전등기일’ 기재 각 일시에 같은 목록 ⁠‘등기원인’란 기재 각 토지수용 또는 공공용지의 협의취득을 원인으로 하여 이 사건 각 토지에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다. 그 후 원고 등은 이 사건 각 토지에 대하여 조세특례제한법상 자경농지 양도소득세 감면요건을 충족한 것으로 보고 감면한도를 2억 원으로 하여 이 사건 각 토지에 관한 양도소득세를 각 신고·납부하였다.

3) 그 후 피고들은 이 사건 변경 고시로 추가 사업지역이 이 사건 최초 사업지역에 편입됨에 따라 ○○도시공사가 2015. 12. 31. 현재 이 사건 최종 사업지역 내 토지 중 41.51%의 토지(○○도시공사의 국·공유지 무상취득분 제외)만을 취득하여 이 사건 각 토지의 양도에 관한 조세특례제한법상 자경농지 양도소득세 감면한도가 1억 원이라고 판단한 다음, ① 피고 DD세무서장은 별지2 목록 순번 1 내지 3번 ⁠‘고지일자’란 기재 각 일자에 별지1 목록 순번 1 내지 3번 기재 원고들에 대하여 별지2 목록 순번 1 내지 3번 기재 각 2016년 귀속 양도소득세 및 그 가산세를, ② 피고 EE세무서장은 별지2 목록 순번 4 내지 18번 ⁠‘고지일자’란 기재 각 일자에 별지1 목록 순번 4 내지 6번, 8 내지 13번, 15 내지 18번 기재 원고들 및 망 박○○, 망 정○○에 대하여 별지2목록 순번 4 내지 18번 기재 각 2016년 귀속 양도소득세 및 그 가산세를, ③ 피고 FF세무서장은 별지2 목록 순번 19 내지 45번 ⁠‘고지일자’란 기재 각 일자에 별지1 목록 순번 19, 20번, 22 내지 28번, 31 내지 39번, 41 내지 45번 기재 원고들 및 망 김○○, 망 박○○, 망 박○○, 망 조○○에 대하여 별지2 목록 순번 19 내지 45번 기재 각 2016년 귀속 양도소득세 및 그 가산세를, ④ 피고 GG세무서장은 2019. 9. 1. 원고 유○○에게 별지2 목록 순번 46번 기재 2016년 귀속 양도소득세 및 그 가산세를 각 경정·고지하였다(이하 피고들의 위 원고들에 대한 위 각 부과처분 중 양도소득세 본세 부분을 모두 가리켜 ⁠‘이 사건 부과처분’이라 한다).

4) 피고 FF세무서장은 별지1 목록 순번 47 내지 53번 기재 원고들에게 조세특례제한법상 자경농지 양도소득세 감면한도가 1억 원이라는 취지로 양도소득세를 수정신고하고 수정신고에 따른 가산세를 납부할 것을 통지하였고, 이에 따라 위 원고들은 2019. 5. 내지 6.경 별지3 목록 기재 각 2016년 귀속 양도소득세 및 이에 대한 신고불성실 및 납부불성실 가산세를 수정신고·납부하였다.

5) 별지1 목록 순번 47 내지 53번 기재 원고들은 2019. 12. 10. 피고 FF세무서장에 대하여 조세특례제한법상 자경농지 양도소득세 감면한도가 2억 원이라는 취지로 기납부한 양도소득세 차액분 및 가산세의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고 FF세무서장은 위 원고들에 대하여 신고불성실 및 납부불성실 가산세를 각 감액하는 것으로 경정·고지하는 한편, 별지3 목록 ⁠‘처분일자’란 기재 각 일자에 같은 목록 기재 각 2016년 귀속 양도소득세 본세 부분에 관한 위 원고들의 나머지 경정청구를 거부하였다(이하 피고 FF세무서장의 위 원고들에 대한 위 각 거부처분을 모두 가리켜 ⁠‘이 사건 거부처분’이라 하고, 이 사건 부과처분 및 거부처분을 모두 가리켜

‘이 사건 각 처분’이라 한다).

다. 전심절차 경유

1) 별지1 목록 순번 1 내지 46번 기재 원고들은 위 나. 3)항 기재 각 처분에 불복하여 2019. 9. 26. 내지 2019. 10. 31. 이의신청을 거쳐 2019. 2. 13. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2020. 5. 29. 위 원고들의 심판청구 중 신고불성실 및 납부불성실 가산세 부분은 인용하고 양도소득세 본세 부분에 관한 나머지 심판청구를 모두 기각하였다.

2) 별지1 목록 순번 47 내지 53번 기재 원고들은 위 나. 5)항 기재 각 처분에 불복하여 2020. 5. 19. 내지 2020. 6. 10. 이의신청을 거쳐 2020. 9. 14. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2020. 6. 21. 원고 AAA, BBB, CCC의 심판청구 및 원고 김○○, 박○○, 이○○, 충주○○의 심판청구 중 신고불성실 및 납부불성실 가산세에 관한 부분을 모두 각하하고, 원고 김○○, 박○○, 이○○, 충주○○의 양도소득세 본세 부분에 관한 나머지 심판청구를 모두 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 5, 7호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함,이하 같다), 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지(원고가 변론종결 후인 2022. 5. 9. 및 2022. 7. 6. 각 제출한 참고자료 및 피고가 2022. 6. 8. 제출한 참고자료 각 포함)

2. 피고 FF세무서장의 원고 AAA, BBB, CCC에 대한 본안전항변에 관한 판단

가. 본안전항변의 요지

원고들은 이 사건 거부처분 통지서를 각 송달받은 2020. 2. 7. 내지 2020. 2. 11.로부터 90일이 경과한 2020. 5. 19.에야 조세심판원에 심판청구를 하였으므로 위 심판청구는 부적법하고, 따라서 적법한 전심절차를 거치지 아니한 채 제기된 원고들의 이 사건 소 역시 부적법하다.

나. 판단

1) 관련 규정

국세기본법 제55조 제1항, 제3항, 제56조 제2항, 제61조 제1항, 제68조 제1항에의하면, 세법상 처분에 불복하여 그 취소를 구하기 위해서는 행정소송을 제기하기에 앞서 반드시 당해 처분이 있은 것을 안 날부터 90일 이내에 심사청구 또는 심판청구를 먼저 제기함으로써 적법한 전심절차를 거쳐야 한다. 한편 심사청구 또는 심판청구에 앞서 임의절차로서 이의신청을 할 수도 있는데, 이 경우 이의신청 역시 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다(국세기본법 제66조 제6항, 제61조 제1항).

2) 이하 제2항에서는 ⁠‘원고들’이라 한다.

2) 구체적인 판단

가) 원고 BBB가 2020. 2. 7., 원고 AAA, CCC이 2020. 2. 11. 이 사건 거부처분 통지서를 각 송달받은 사실, 원고들은 그로부터 90일이 경과한 이후인 2020. 5. 19.에야 이의신청을 제기한 사실, 조세심판원도 2020. 6. 21. 이의신청 기간을 도과하여 제기된 원고들의 이의신청이 부적법하다고 판단하여 원고들의 심판청구를 각하한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제4호증,을 제2호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 이를 인정할 수 있으므로, 원고들의 이의신청은 부적법하고, 전치절차인 이의신청이 부적법한 이상, 설령 원고들이 이의신청에 대한 결정을 각 고지받은 날부터 90일 이내에 심판청구를 하였더라도 그 심판청구는 부적법하다(대법원 2011. 11. 24. 선고 2011두18786 판결 등 참조). 따라서

원고들의 이 사건 소 역시 적법한 전심절차를 거쳤다고 볼 수 없어 부적법하다.

나) 이에 대하여 원고들은, 별지1 목록 순번 47 내지 53번 기재 원고들의 세무대리인이 2020. 2. 27. 위 원고들에 대한 이 사건 거부처분 통지서를 일괄 수령하였으므로, 이의신청 기간의 기산일이 위 2020. 2. 27.이 되어야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 국세기본법 제66조 제6항, 제61조 제1항에 따른 이의신청 기간의 기산일은 처분의 상대방인 원고들 본인이 이 사건 거부처분의 통지를 받은 날이 된다고 봄이 상당하고, 설령 원고들의 세무대리인이 그 이후에 이 사건 거부처분의 통지를 받았다고 하더라도 이의신청 기간이 세무대리인에 대한 송달일로부터 기산하는 것으로 연장된다고 볼 수 없으므로, 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

다) 나아가 원고들은, 피고 FF세무서장이 원고들의 세무대리인에게 이 사건 거부처분의 취소를 위한 법적 구제절차를 함께 통지하였어야 함에도 이를 통지하지 않았으므로, 피고 FF세무서장의 이의신청 기간 도과 주장은 신의칙에 반한다고 주장한다. 그러나 행정청의 불복절차 고지는 행정처분의 상대방이 그 처분에 대한 불복절차를 밟는 데 있어 편의 등을 제공하기 위한 것으로서, 설령 피고 FF세무서장이 이 사건 거부처분을 하면서 원고들의 세무대리인에게 불복절차를 별도로 고지하지 않았다고 하더라도 그러한 사정만으로는 원고들이 책임질 수 없는 사유로 이의신청 기간을 지킬 수 없었던 경우에 해당한다고 볼 수 없으므로, 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 이 사건 각 처분 중 원고 AAA, BBB, CCC을 제외한 나머지 원고들3)에 대한 부분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고들의 주장 요지

1) 자경농지 양도소득세 감면한도는 조세특례제한법이 2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되고 2016. 1. 1. 시행됨에 따라 2억 원에서 1억 원으로 축소되었으나, 조세특례제한법 부칙(법률 제13560호, 2015. 12. 15.) 제63조는 그 경과조치로서 ⁠‘2016. 1. 1. 전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 ’토지보상법‘이라 한다) 제22조에 따라 사업인정고시가 된 사업지역 중 사업시행자의 토지 취득 비율등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역 내 토지를 2017. 12. 31. 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도하는 경우‘ 자경농지 양도소득세 감면한도를 종전 규정에 따르도록 규정하였고(이하 ⁠‘이 사건 부칙조항’이라 한다), 그 위임을 받은 조세특례제한법 시행령 부칙(대통령령 제26959호, 2016. 2. 5.) 제39조에 의하면, 해당 공익사업의 시행자가 2015. 12. 31. 현재 전체 사업지역 면적의 2분의 1 이상의 토지를 취득한 경우 이 사건 부칙조항의 적용대상이 된다(이하 ⁠‘이 사건 시행령 부칙조항’이라 하고, 위 부칙조항 및 이 사건 부칙조항을 모두 가리켜 ⁠‘이 사건 각 부칙조항’이라 한다).

2) 피고들은 ○○도시공사가 2015. 12. 31. 현재 취득한 토지 비율을 산정하면서 전체 사업면적 및 ○○도시공사가 취득한 토지 면적에서 국·공유지 무상취득분을 제외하였으나, 위와 같은 피고들의 법령 해석은 이 사건 부칙조항의 문언에 반하여 허용될 수 없다(이하 ⁠‘제1 주장’이라 한다).

3) 또한 피고들은 추가 사업지역이 포함된 이 사건 최종 사업지역을 기준으로 하여 ○○도시공사가 2015. 12. 31. 현재 취득한 토지 비율을 산정하였으나, 이 사건 부칙조항은 ⁠‘사업인정고시가 된 사업지역’을 기준으로 해당 공익사업 시행자가 취득한 토지 비율을 산정하도록 규정하고 있는데, 이 사건 최초 사업지역과 추가 사업지역에 대하여는 사업인정고시가 별도로 이루어졌다고 보아야 하므로(이 사건 최초 사업지역에 대한 사업인정고시일은 이 사건 최초 고시일인 2014. 1. 23., 추가 사업지역에 대한 사업인정고시일은 이 사건 변경 고시일인 2015. 11. 17.이 된다), 이 사건 각 토지의 양도에 관한 양도소득세 감면한도의 기준이 되는 ○○도시공사의 토지 취득 비율은 추가사업지역을 제외한 이 사건 최초 사업지역을 기준으로 산정되어야 한다(이하 ⁠‘제2 주장’이라 한다).

4) ○○도시공사는 2015. 12. 31. 현재 이 사건 최초 사업지역 내 토지 중 51.71%의 토지(○○도시공사의 국·공유지 무상취득분 포함)를 취득하였으므로, 위 사업지역 내에 있는 이 사건 각 토지에 관한 양도소득세 감면한도는 이 사건 부칙조항 및 시행령 부칙조항에 따라 2억 원이 되어야 한다. 그런데도 피고들은 이 사건 각 토지에 관한 양도소득세 감면한도를 1억 원으로 보아 원고들에 대하여 이 사건 각 처분을 하였는바, 이 사건 각 처분은 자의적 법령 해석 및 적용으로 납세자인 원고들의 보호가치 있는 신뢰를 침해한 것으로서 조세법률주의 및 조세형평의 원칙에 위배되어 위법하다.

나. 관계 법령

별지5 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 규정의 내용 및 법리

가) 조세특례제한법 제1조는 ⁠‘이 법은 조세의 감면 또는 중과 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 과세의 공평을 도모하고 조세정책을 효율적으로 수행함으로써 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다.’고 규정하고 있다.

나) 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘개정 전 조세특례제한법’이라 한다) 제133조 제1항 제1호 나목은 같은 법 제69조에 따라 감면받을 자경농지 양도소득세의 한도를 2억 원으로 정하였으나, 2015. 12. 15. 개정된 조세특례제한법(이하 ⁠‘개정 후 조세특례제한법’이라 한다) 제133조 제1항 제1호에 따라 그 감면한도가 1억 원이 되었고, 그 부칙 제1조는 ⁠‘이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다.’고 규정하고 있으며, 제2조 제3항은 ⁠‘양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 경우부터 적용한다.’고 규정하고 있다. 원고들이 2016. 1. 1. 이후에 자경농지인 이 사건 각 토지를 각 양도한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 각 토지의 양도가 경과조치 규정의 적용을 받지 않는 한, 원고들에 대하여는 양도소득세 감면한도를 1억 원으로 하는 개정 후 조세특례제한법 제133조 제1항이 적용된다.

다) 이 사건 부칙조항은 조세특례제한법 개정에 따른 경과조치로서 ⁠‘법 제69조에 따라 양도소득세 감면을 적용받는 경우로서 이 법 시행 전에 토지보상법 제22조에 따라 사업인정고시가 된 사업지역 중 사업시행자의 토지 취득 비율 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역 내 토지를 2017. 12. 31. 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도하는 경우에는 제133조 제1항 제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 적용한다.’고 규정하고 있다.

라) 법령이 개정된 경우에 그 부칙에서 정하고 있는 경과조치는 법령의 개정에도 불구하고 구 법령의 적용대상을 별도로 정한 것이므로, 그러한 경과조치에 관한 규정이 구 법령의 적용대상을 하위법령에 위임한 경우에는 그러한 위임에 따라 마련된 하위법령은 위임의 근거법령과 함께 경과조치의 일부를 이루게 된다. 이 사건 부칙조항의 위임을 받은 이 사건 시행령 부칙조항은 ⁠‘이 사건 부칙조항에서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역이란 해당 공익사업의 시행자가 2015. 12. 31. 현재 전체 사업지역 면적의 2분의 1 이상의 토지를 취득한 사업지역을 말한다.’라고 규정하고 있는바, 이는 경과조치 규정인 이 사건 부칙조항과 함께 개정 전 조세특례제한법 제133조 제1항 제1호 나목의 적용대상을 한정하는 의미를 가지게 된다.

마) 조세나 부담금에 관한 법률의 해석에 관하여 그 부과요건이거나 감면요건을막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에도 부합한다고 할것이므로(대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결 참조), 자경농지 양도소득세 감면규정 및 그 감면한도를 예외적으로 2억 원으로 하는 이 사건 각 부칙조항은 법문대로 엄격하게 해석함이 상당하다.

2) 제1 주장에 관한 판단

앞서 본 바와 같이 이 사건 시행령 부칙조항은 ⁠‘이 사건 부칙조항의 ⁠“대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역”이란 해당 공익사업의 시행자가 2015. 12. 31. 현재 전체 사업지역 면적의 2분의 1 이상의 토지를 취득한 사업지역을 말한다.’고 규정하고 있을 뿐, 조세특례제한법령은 이 사건 시행령 부칙조항의 ⁠‘전체 사업지역’에서 해당 공익사업의 시행자가 무상취득하는 국·공유지를 제외한다거나 국·공유지와 사유지를 구분한다는 취지의 규정을 두고 있지 않으므로, 위 ⁠‘전체 사업지역’에는 국·공유지와 사유지가 모두 포함된다고 봄이 상당하다. 그와 같이 해석하지 않으면 국·공유지의 면적이 전체 사업지역 면적의 50% 이상인 공익사업의 경우 해당 사업지역 내에 있는 자경농지의 소유자들이 처음부터 개정 후 조세특례제한법의 경과조치 적용 대상에서 배제되는 불합리한 결과가 초래될 우려가 있다. 따라서 피고들이 ○○도시공사가 2015. 12. 31. 현재 취득한 토지 비율을 산정하면서 전체 사업지역 및 ○○도시공사가 취득한 토지 면적에서 국·공유지 무상취득분을 제외한 것은 위법하다.

3) 제2 주장에 관한 판단

앞서 본 관련 규정의 내용 및 형식, 체계, 입법취지에다가 위 인정사실에 앞서 든 증거들 및 갑 제6호증의 기재를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 더하여 살펴보면, 이 사건 최초 사업지역 및 추가 사업지역에 대한 사업인정고시가 별도로 이루어졌다고 볼 수 없고, 이 사건 각 토지의 양도에 이 사건 각 부칙조항이 적용되는지 여부는 ○○도시공사가 2015. 12. 31. 현재 이 사건 최종 사업지역 내 토지 중 2분의 1 이상의 토지(○○도시공사의 국·공유지 무상취득분 포함)를 취득하였는지 여부를 기준으로 판단하여야 할 것이므로, 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) 구 친수구역법 제4조 제2항은 ⁠‘국토교통부장관은 동조 제1항에 따라 친수구역을 지정 또는 변경하고자 하는 경우에 친수구역조성사업에 관한 계획(이하 ’사업계획‘이라 한다)을 수립하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 지역에 친수구역을 지정할 때에는 친수구역을 지정한 후에 사업계획을 수립할 수 있다.’고 규정하고 있고, 동조 제6항은 ⁠‘국토교통부장관은 친수구역을 지정하거나 변경하려면 국토계획법 제106조에 따른 중앙도시계획위원회의 심의를 거쳐야 하며, 이 경우 같은 법 제8조 및 제9조는 적용하지 아니한다.’고 규정하고 있을 뿐, 이와 별도로 사업계획의 변경사항 또는 중앙도시계획위원회의 심의대상에서 사업지역의 확대를 제외하는 취지의 규정을 두고 있지 않으므로, 국토교통부장관은 기존에 친수구역으로 지정된 사업지역에 대하여 사업계획변경 및 중앙도시계획위원회의 심의 절차를 거쳐 해당 사업지역의 면적을 확대할 수 있다고 봄이 상당하다.

나) 이 사건 변경 고시는 사업지역의 면적을 확대하고 토지이용계획 및 주요기반시설계획의 세부내용을 일부 변경하는 외에는 이 사건 최초 고시가 정한 친수구역조성사업의 명칭 및 위치, 사업시행자, 주요 기반시설 설치에 대한 지원계획의 내용을 그대로 따르고 있고, 이 사건 최초 고시와 달라지는 부분을 ⁠‘변경’으로 일일이 표시하고 있으므로, 이 사건 변경 고시가 이 사건 최초 고시와 동일성이 인정되지 않는 별개의 고시에 해당한다고 보이지 아니한다.

다) 추가 사업지역은 이 사건 최초 사업지역이 속한 ○○시 ○○구 ○○동, ○○구 ○○○동 일원의 토지로서, 이 사건 최초 사업지역의 경우와 마찬가지로 국가하천인 ○○의 주변지역에 해당한다. 위와 같은 추가 사업지역의 위치 및 실제 사용현황, 이에 대한 이 사건 사업 토지이용계획의 내용 및 목적 등에 비추어 볼 때, 추가 사업지역에대한 친수구역 지정의 필요성이 이 사건 최초 사업지역의 경우와 본질적으로 다르다거나 국토교통부장관이 추가 사업지역을 이 사건 최초 사업지역과 다른 친수구역으로 지정하여 관리해야 할 이유나 필요가 있다고 보기 어렵다. 앞서 본 바와 같이 국토교통부장관은 추가 사업지역을 포함하는 이 사건 최종 사업지역에 대하여 그 실시계획을 인가하였는바, 이 사건 변경 고시 당시 이 사건 사업 시행자인 ○○도시공사 또는 국토교통부장관에게 추가 사업지역과 이 사건 최초 사업지역을 별개의 사업지역으로 구분하고자 하는 의사가 있었다고 볼 수도 없다.

라) 원고들은, 구 친수구역법 제19조 제2항은 ⁠‘친수구역을 지정하여 고시하였을 때에는 토지보상법 제20조 제1항 및 같은 법 제22조에 따른 사업인정 및 사업인정의 고시가 있는 것으로 본다.’고 규정하고 있는데, 토지보상법 제24조에 의하면, 사업인정고시가 이루어진 공익사업에 대하여는 해당 사업의 폐지 및 변경만이 가능하므로, 사업인정고시 이후 사업지역을 확대하기 위해서는 별도의 사업인정고시가 필요하다고 주장한다. 그러나 위 토지보상법 제24조는 공익사업의 폐지·변경으로 토지를 수용·사용할 필요가 없게 되었을 경우에 사업시행자와 시·도지사가 하여야 할 통지 또는 고시·보고절차에 관한 규정으로 보일 뿐, 원고들 주장의 사정만으로는 이를 사업지역의 확대를 내용으로 하는 공익사업의 변경을 제한하는 취지의 규정이라고 볼 수 없으므로, 그와 다른 전제에 있는 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

마) 원고들은, ○○도시공사의 장은 이 사건 최초 사업지역 및 추가 사업지역에 대한 사업인정고시가 별도로 이루어졌음을 전제로, 2019. 6. 18. ○○지방국세청장에게 ⁠‘친수구역법 및 토지보상법에 따라 이 사건 최초 사업지역과 추가 사업지역으로 각각 사업인정고시하고 법률에 따라 각각 손실보상협의 및 수용 취득한 손실보상자료와 귀청에서 확인한 ○○ ○○지구 친수구역 보상비율(2015. 12. 31. 기준)이 상이함이 없음을 알려드리오니 업무에 참조하시기 바랍니다.’라고 회신하였다고 주장한다. 그러나 위 회신은 그 전체적인 내용 및 작성 경위 등에 비추어 볼 때 이 사건 최초 사업지역 및 추가 사업지역 내의 각 토지에 관한 손실보상 협의 및 수용 절차가 각각 다른 시기에 진행된 경위를 밝히는 취지로 보일 뿐이어서, 위 회신만으로는 앞서 인정한 사정들을 뒤집고 이 사건 최초 사업지역 및 추가 사업지역에 대한 사업인정고시가 별도로 이루어진 것이라고 볼 수 없다. 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.

바) 원고들은, 추가 사업지역 내의 토지에 대한 수용 및 보상절차는 이 사건 시행령 부칙조항의 기준일시(2015. 12. 31.) 이후인 2016. 3.경 비로소 착수되어 ○○도시공사가 위 기준일시까지 추가 사업지역 내의 토지를 취득하는 것이 불가능하였는바, 피고들이 이러한 사정을 고려하지 않고 ○○도시공사의 토지 취득 비율을 형식적으로 산정하여 이 사건 각 처분을 한 것은 지나치게 가혹하다는 취지로 주장한다. 그러나 개정 후 조세특례제한법의 시행일 이후에 이루어진 자경농지의 양도에 관하여 양도소득세 감면한도를 예외적으로 2억 원으로 하는 이 사건 각 부칙조항은 일부 납세자들에 대하여만 특혜를 부여하는 조세 감면규정에 해당하므로, 피고들이 이 사건 각 부칙조항의 적용 요건을 엄격하게 해석한 것이 부당하다고 볼 수 없고, 오히려 앞서 본 법리 및 조세특례제한법의 입법취지에 비추어 볼 때 이는 조세법률주의와 조세형평의 원칙에 부합한다고 봄이 상당하다. 나아가 이 사건 각 토지의 양도가 개정 후 조세특례제한법의 시행일 이후에 이루어진 이상, 이 사건 각 토지의 양도에 관하여 이 사건 각부칙조항의 적용을 받을 수 있을 것이라는 원고들의 기대가 국토의 체계적·계획적 개발 및 국민의 주거생활 안정 등 이 사건 사업이 기여하고자 하는 공익에 우선할 만큼 보호가치 있는 것이라고 볼 수도 없다. 그와 다른 전제에 있는 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.

4) 소결론

○○도시공사가 2015. 12. 31. 현재 이 사건 최종 사업지역 내 토지(○○도시공사의 국·공유지 무상취득분 포함) 중 47.91%의 토지를 취득한 사실은 앞서 본 바와 같고, 위와 같이 이 사건 사업 시행자인 ○○도시공사가 전체 사업지역 면적의 2분의 1이상의 토지를 취득하지 못한 이상, 이 사건 각 토지의 양도에 관하여는 이 사건 각 부칙조항이 적용되지 아니한다. 비록 피고들이 ○○도시공사의 토지 취득 비율을 산정하면서 전체 사업지역 및 ○○도시공사가 취득한 토지 면적에서 국·공유지 무상취득분을 제외한 것은 위법하나, 위와 같이 위 각 면적에 국·공유지 무상취득분이 포함되더라도 이 사건 각 토지의 양도에 관하여 이 사건 각 부칙조항이 적용된다고 볼 수 없는 이상, 이 사건 각 토지의 양도에 관한 조세특례제한법상 자경농지 양도소득세 감면한도가 1억 원이라는 전제 하에 이루어진 이 사건 각 처분은 결과적으로 적법하다.

따라서 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 원고들의 청구는 이유 없다.

4. 결론

그렇다면 원고 AAA, BBB, CCC의 이 사건 소는 부적법하여 이를 각하하고, 나머지 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대전지방법원 2022. 08. 11. 선고 대전지방법원 2021구합101696 판결 | 국세법령정보시스템