요지

이 사건 경영관리수수료에 대한 정상가격 산출방법으로 이익분할방법을 선택한 것 자체는 정당하나 분할대상이익인 거래순이익을 과다 산정함과 아울러 상대적 공헌도를 잘못 확정한 위법사유가 인정되어 피고들의 쟁점처분은 위법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고 BB지방국세청장이 2016. 4. 15. 원고에게 한 ⁠[별지1] 목록 제3항 ⁠‘이전소득금액통지’ 기재 ⁠‘감액 후 잔액’란 각 이전소득금액 합계 81,185,777,986원의 이전소득금액통지처분을 취소한다.

2. 피고 ○○세무서장이 2016. 1. 5. 원고에게 한 ⁠[별지1] 목록 제1항 ⁠‘법인세 부과처분’ 기재 ⁠‘감액 후 잔액’란 각 법인세 합계 26,029,039,210원(가산세 포함)의 부과처분 중 같은 목록 제1항 ⁠‘법인세 부과처분’ 기재 ⁠‘세금계산서 불부합 관련 세액’란 합계 359,954,771원(가산세 포함)을 초과하는 부분을 취소한다.

3. 원고의 피고들에 대한 나머지 청구를 모두 기각한다.

4. 소송비용 중 1/10은 원고가, 나머지는 피고들이 각 부담한다.

청 구 취 지

(1) 피고 ○○세무서장이 2016. 1. 5. 원고에게 한, ⁠[별지1] 목록 제1항 ⁠‘법인세 부과처분’ 기재 ⁠‘감액 후 잔액’란 각 법인세 합계 26,029,039,210원(가산세 포함)의 부과처분 및 같은 목록 제2항 ⁠‘부가가치세 부과처분’ 기재 ⁠‘고지세액(합계)’란 각 부가가치세 합계 189,745,520원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

(2) 주문 제1항과 같은 판결 및 피고 BB지방국세청장이 2016. 1. 5. 원고에게 한 ⁠[별지1] 목록 제4항 ⁠‘소득금액변동통지’ 기재 ⁠‘소득금액’란 각 소득금액 합계 1,301,373,745원의 소득금액변동통지처분을 모두 취소한다(2012 사업연도 귀속 소득금액 및 합산액의 계산상 착오 기재는 원고에게 유리하게 증거에 의해 인정되는 실제 금액으로 정정하고, 순번 4번 귀속연도 ⁠‘2013’ 중복 기재도 ⁠‘2014 사업연도’로 정정하여 판단한다).

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고의 지위와 CCC 그룹의 지배구조 등

    1) 원고는 컴퓨터 하드웨어․소프트웨어․데이터 저장장치 및 기타 정보기술제품 및 서비스의 제조, 수입, 판매 및 유지보수, 임대 등을 목적으로 하여 1989. 10. 30. 설립된 외국인투자기업으로 주요 사업과 제품 내역은 아래 과 같다. 원고를 포함하여 전 세계 각국에 100여 개의 계열사를 보유한 다국적기업인 미국법인 CCC이 자본 100%를 출자하여 원고를 설립하였다.

   2) CCC이 개발하여 판매하는 대표적인 소프트웨어 및 기술서비스로는 데이터베이스 관리시스템인 CCC DBMS(Database Management System)가 있고, 그 외에 클라우드 엔지니어링 시스템, 전사적 기업자원 관리설비 ERP(Enterprise Resource Planning), 클라우드용으로 기본 구축된 인적 자본 관리 솔루션 HCM(Oracle Human Capital Management), 고객관계관리 시스템(CRM), 미들웨어(Middle ware) 등이 있다.

    3) 2008. 6.경 원고는 주식회사에서 유한회사로 조직 형태를 변경하였다. 당초 원고의 1인 주주였던 미국법인 CCC은 2011. 4.경 아일랜드 소재 국외특수관계회사인 DDDDD에 원고 발행주식 전부를 증여하여 주주가 변동되었고, 아래 내역과 같이 ⁠‘①~⑥’ 순서대로 ⁠“미국법인→아일랜드법인→원고”의 지배구조로 현재까지 유지되고 있다.

    4) CCC은 2010년경 SMS(Sun Microsystems)를 인수하면서 하드웨어 시스템 사업을 개시하였는데, 주요 제품으로 서버, 스토리지 및 서버와 저장하드웨어에 CCC 소프트웨어를 결합시킨 하드웨어 시스템 제품(Oracle Exadata Database Machine)이 있다.

  나. 2011~2013 각 사업연도에 관한 경영관리수수료 및 이자비용 지급

    1) 원고는 2003년경 CCC 그룹의 계열사들(원고를 포함하여 모회사인 CCC의 전체 계열사를 총칭한다)과 사이에 발효되는 마스터서비스계약[MSA: Master Service Agreement, 계열사들 사이에 관련 서비스에 관한 업무를 아웃소싱(Outsourcing)함으로써 CCC 그룹 내에서 전체적으로 중복되는 업무 활동에 대한 지출을 줄여 경영의 효율성을 극대화하기 위한 용역서비스 계약]을 체결하고 이후 수차례 이를 개정하며 유지해 왔다. 그에 따라 원고는 DDD 등 CCC 그룹 계열사들로부터 경영관리용역 등 다양한 서비스(일반관리 서비스, 마케팅 서비스, 제품 유지보수 서비스, 추가 유지보수 서비스, 정보기술 서비스, 제품개발 서비스, 교육 서비스, 컨설팅 서비스, 인터넷 판매 서비스, 공동 서비스센터 서비스, 자금관리 서비스, 하드웨어 시스템 유지보수 및 물류 서비스 등)를 제공받거나 제공하여 왔다.

    2) CCC 그룹 계열사들은 각자 다른 계열사들에 제공하는 서비스에 소요된 해당 비용을 DDD를 경유하여 간접청구ㆍ배분 방식(Indirect-Charge Method)으로 각 계열사들에 배분하고 상호 간의 차액을 지급받아 왔다. 원고는 위 용역거래에 대한 대가인 경영관리수수료 명목으로 2011~2013 각 사업연도(2010. 6. 1.~2013. 5. 31.로서 원고의 사업연도는 매년 6. 1.부터 다음 해 5. 31.까지로 5월말 결산법인이다)에 합계 173,738,672,939원(= 2011 사업연도 432억 5,602만 원 + 2012 사업연도 700억 8,230만 원 + 2013 사업연도 604억 34만 원, 각 청구액 기준이고 손익계산서 기준 총액은 183,446,478,892원이다)을 DDD를 경유하여 CCC 그룹 계열사들에 지급하였다. 이처럼 CCC 그룹 계열사들 사이에 상호 경영관리용역 서비스 거래를 제공하고 그에 소요된 비용을 집계․배분한 후, 그 대가를 상계하여 순액을 기준으로 지급 및 청구하였는데, 그 과정에서 DDD가 총괄하여 정산업무를 수행하였다.

    3) 원고는 마스터서비스계약 체결 시 경영관리수수료를 해당 분기의 말일로부터 90일 이내에 각 지급하기로 하되, 지급기일 도래 시 미지급금은 연체된 것으로 간주하며, 지급을 지체할 경우 특별한 금리 약정이 없는 한, 일정한 이율에 의한 이자[영국 런던 금융시장에 있는 일류 신뢰도 은행들이 3개월 단기 자금거래에 적용하는 금리 ⁠(Libor)+0.6%]를 가산하여 지급하기로 약정하였다. 이에 따라 원고는 경영관리수수료의 지급이 지체됨에 따라 발생한 지연이자 비용 명목으로 2011~2013 각 사업연도에 합계 64억 4,837만 원(= 2011 사업연도 1억 971만 원 + 2012 사업연도 19억 7,831만 원 + 2013 사업연도 43억 6,034만 원)을 DDD에 지급하였다.

    4) 원고는 각 사업연도 소득에 대한 법인세 신고 당시 위와 같이 DDD 등에 지급한 경영관리수수료와 이자비용 전액을 손금으로 산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고․납부하였다.

  다. 2006~2010 각 사업연도에 관한 선행 사건의 판결확정

    1) 피고 BB지방국세청장은 2010년경 원고에 대한 세무조사를 실시하여, ⁠‘원고의 2006~2010 각 사업연도 경영관리수수료에 대응하는 용역이 실제 제공되었는지 확인되지 않고, 관련 이자비용은 증빙서류가 없으므로 해당 사업연도 경영관리수수료 합계 236,220,340,000원 및 이자비용 합계 1,521,000,000원을 손금불산입하여 법인세를 과세하라.’는 취지로 피고 ○○세무서장에게 과세자료를 통보하였다.

    2) 피고 ○○세무서장은 2011. 7. 18. 원고에게 2006 사업연도 법인세 13,461,484,420원(가산세 포함, 이하 같다), 2007 사업연도 법인세 13,571,552,730원, 2008 사업연도 법인세 22,101,141,320원, 2009 사업연도 법인세 20,109,677,960원, 2010 사업연도 법인세 10,875,860,570원을 경정․고지하였다.

    3) 피고 BB지방국세청장은 2011. 7. 18. 원고에게 2006~2010 각 사업연도 경영관리수수료와 이자비용 손금불산입액이 법인세법 제67조에 따라 DDD에 귀속되는 기타소득이라고 보아, 2006 사업연도 33,395,961,420원, 2007 사업연도 36,114,974,610원, 2008 사업연도 63,461,211,930원, 2009 사업연도 62,671,400,120원, 2010 사업연도 42,101,349,730원의 소득금액변동통지처분을 하였다.

    4) 이에 대하여 원고는 2011. 10. 5. 조세심판원에 심판청구를 제기하였다. 조세심판원은 원고의 주장을 일부 받아들여 2013. 8. 7. ⁠‘2006~2010 각 사업연도 경영관리수수료와 이자비용의 업무관련성․금액의 적정성 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고 배당소득 또는 기타소득으로 소득처분을 하라’는 내용으로 일부 재조사결정을 하였고, 원고가 손금산입한 경영관리수수료 및 이자비용 지급액만을 손금불산입하여야 한다는 원고의 주장은 기각하는 결정을 하였다.

    5) 피고 ○○세무서장은 원고에 대한 재조사 결과에 따라 2014. 8. 4.경 ① 경영관리수수료 수익(원고가 CCC 그룹 계열사들에 제공한 용역서비스에 대한 대가)을 경영관리수수료에서 공제되어야 할 항목으로 보아 익금불산입(손금산입)하고, ② 경영관리수수료 중 원고가 계열사들로부터 글로벌IT, 온디맨드(On-Demand, 수요에 맞춰 즉각적으로 맞춤형 제품 및 서비스를 제공) 용역을 제공받은 데 대한 부분은 전액, 소프트웨어 라이선스, 컨설팅, 서포트, 고급고객서비스, 교육, 마케팅, 일반관리 용역을 제공받은 데 대한 부분은 그중 일부를 손금산입하며, ③ 위와 같이 손금을 증액한 데 따라 이자비용과 이자수익을 재계산하여 추가로 손금산입한 후, 종전에 부과한 2006~2010 각 사업연도 귀속 법인세를 감액하는 것으로 하여 2011. 7. 18. 원고에게 2006 사업연도 법인세 6,768,016,141원, 2007 사업연도 법인세 7,179,425,926원, 2008 사업연도 법인세 9,376,046,291원, 2009 사업연도 법인세 11,205,783,880원, 2010 사업연도 법인세 4,651,890,740원을 경정․고지하였다. 또한 피고 BB지방국세청장도 이에 따라 소득금액을 감액하는 것으로 경정하여 2011. 7. 18. 원고에게 2006 사업연도 소득금액 16,790,567,061원, 2007 사업연도 소득금액 19,105,159,439원, 2008 사업연도 소득금액 26,919,624,467원, 2009 사업연도 소득금액 34,923,503,805원, 2010 사업연도 소득금액 18,010,345,968원의 각 소득금액변동통지를 하였다.

    6) 원고는 2013. 11. 6. 위 2)항 기재 당초 각 처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였다가(이 법원 2013구합62039), 위 5)항과 같이 감액․경정된 각 처분으로 소송 대상을 변경하였다. 제1심법원은 2016. 10. 7. ⁠‘감액․경정된 법인세 부과처분과 소득금액변동통지처분에서 손금불산입한 경영관리수수료 및 이자비용이 법인세법 제19조 손금으로서의 요건을 갖추지 못하였다는 점에 대한 피고들의 입증이 부족하므로, 위 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.’는 이유로 원고 전부 승소판결을 선고하였다.

    7) 이에 대하여 피고들이 서울고등법원 2016누72022호로 항소를 제기하였으나, 위 법원은 2018. 1. 23. ⁠‘CCC 그룹 계열사들이 수행하는 다양한 용역은 관련 기업들 각각에 제공되는 용역가치를 계량하기 어려운 경우로서 그 용역의 원가를 모든 잠재적 수혜자에게 배분할 필요가 있다고 인정되므로, 간접청구방식의 필요성이 인정된다. CCC 그룹 계열사들이 원고에게 실제 제공한 용역은 원고의 사업활동을 위한 것으로서 원고의 소득발생과 합리적인 관련성이 인정된다. 또한 경영관리수수료 배분기준의 합리성도 인정된다. 피고들 주장만으로 경영관리수수료가 실질적인 용역 제공 없이 지출되었다거나 용역 제공과 원고의 수익 간에 관련성이 부족하거나 배부기준이 합리성을 결여하여 손비의 요건을 갖추지 못하였다고 인정하기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없어 감액․경정된 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.’는 이유로 피고들의 항소를 모두 기각하는 판결을 선고하였다. 이에 대하여 피고들이 대법원 2018두36479호로 상고를 제기하였으나, 2018. 5. 31. 심리불속행으로 상고가 기각되어 원고 전부 승소의 위 제1심판결이 2018. 6. 5. 확정되었다(위와 같이 확정된 관련 사건을 심급에 관계 없이 통틀어 이하 ⁠‘선행 사건’이라 한다).

  라. 2011~2013 각 사업연도에 대한 세무조사 실시

    1) 피고 BB지방국세청장은 2014. 7. 31.부터 2015. 8.경까지 원고에 대한 2010~2013 사업연도에 대한 법인제세 통합세무조사를 실시하면서(이하 ⁠‘당초 세무조사’라 한다), 원고가 국외특수관계인[DDD는 구 국제조세조정에 관한 법률(2015. 12. 15. 법률 제13553호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 국제조세조정법’이라 한다) 제2조 제1항 제8호 ⁠(가)목에 의한 국외특수관계인에 해당함]과 국제적 용역거래를 수행에 따라 2011~2013 각 사업연도에 지급한 합계 약 1,737억 3,867만 원의 경영관리수수료 및 합계 약 64억 4,837만 원의 이자비용이 같은 법 제4조에 의한 정상가격을 기준으로 산정된 것인지 여부를 조사하였다. 그런데 원고가 세무조사 기간 동안 과세관청의 경영관리수수료 및 이자비용의 정상가격 여부와 관련된 자료 제출 요구에 충실히 응하지 아니하여 조사가 중지ㆍ연장되면서 장기화되었다[특히 2019. 3.~2019. 6.경 이루어진 2014~2018 사업연도 세무조사 기간에는 원고의 자료 제출 의무 불이행 등으로 인하여 총 92회(= 2019. 7. 19.자 72회 + 2019. 8. 8.자 20회)에 걸쳐 합계 18억 4,000만 원의 과태료가 부과되었다].

    2) 피고 BB지방국세청장은 원고가 제출한 자료에 기초하여 정상가격에 의한 과세조정 방식으로 항목별 부인접근법을 채택하여, 경영관리수수료 및 이자비용에 대한 이전가격 과세조정을 하였다. 그에 따라 원고가 2011~2013 각 사업연도 중에 지출한 전체 경영관리수수료 및 수수료 이자비용 중 ① 원고가 실질적으로 당해 용역 대부분을 스스로 수행한 경우, ② 원고가 제공받은 용역 내용보다 과다 청구된 경우, ③ 원고가 증빙자료를 제출하지 않아 용역 제공의 내용이 확인되지 않는 경우 등 원고가 실질적으로 CCC 그룹 계열사로부터 용역을 제공받고 그에 대한 대가를 지급하였다고 볼 수 없는 경우에 대해 손금산입을 부인하기로 결정하였다. 그 결과 2011~2013 각 사업연도에 대하여 전체 491개 수수료 항목 합계 약 1,737억 3,867만 원 중 169개 항목 총 88,977,617,199원(부인율 약 51.2%)의 경영관리수수료 및 전체 이자비용 합계 약 64억 4,837만 원 중 위 경영관리수수료에 관련된 이자비용 총 2,897,970,062원(부인율 약 51.2%)을 손금부인하여 위 각 금액이 손금불산입 대상이 된다는 이유로, 2011~2013 각 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 산정함에 있어 아래 , 내역과 같이 경영관리수수료 및 이자비용을 손금불산입하여 경정할 것을 피고 ○○세무서장에게 통보하였다.

   3) 피고 BB지방국세청장은 2010년 1기부터 2013년 2기 부가가치세 과세기간 중 거래상대방의 신고 여부 및 내용과 원고의 신고 내역이 서로 부합하지 않는 세금계산서 합계표(이하 ⁠‘이 사건 세금계산서 불부합’이라 한다) 자료에 의하여, 아래 내역과 같이 매출처별 세금계산서 합계표 과소 제출 금액 1,024,925,152원( ①~④, ⑥, ⑦번 합산액) 및 매출처별 계산서 합계표 과소 제출 금액 58,263,000원( ⑤번) 합계 1,083,188,152원(그중 이 사건에 관한 2010년 2기부터 2013년 2기까지 매출누락액은 ⑥, ⑦번 합산액 647,381,152원이다)을 원고의 매출누락액으로 판단하여 부가가치세 과세표준을 증액하고 법인세 소득금액 계산 시 익금산입하였다. 한편, 귀속 불분명 사외유출금액은 대표자에 대한 인정상여로 소득처분을 하고, 원고의 매입처별 세금계산서 합계표 과다 제출 금액 458,329,000원( ⑧~⑭, ⑯~⑲번 합산액), 매입처별 계산서 합계표 과다 제출 금액 12,888,000원( ⑮번 금액) 합계 471,217,000원(= 458,329,000원 + 12,888,000원)을 원고의 과다 신고한 매입금액으로 보아 부가가치세 매입세액 불공제 및 법인세 손금불산입으로 처리하여 과세표준을 경정할 것을 피고 ○○세무서장에게 통보하였다.

  마. 과세처분과 소득금액변동통지 및 이전소득금액통지

    1) 피고 ○○세무서장은 위 내역과 같이 원고가 국외특수관계인 DDD에 지급한 일부 경영관리수수료와 이자비용을 손금불산입하기로 하여 2016. 1. 5. 원고에게 ⁠[별지1] 목록 제1항 ⁠‘법인세 부과처분’의 ⁠‘고지세액’란 기재와 같이 2011~2014 각 사업연도 귀속 법인세 합계 29,700,884,680원(가산세 포함)을 부과․고지하였다. 같은 날 위 피고는 원고에게 같은 목록 제2항 ⁠‘부가가치세 부과처분’의 ⁠‘고지세액’란 기재와 같이 이 사건 세금계산서 불부합 자료를 토대로 2010년 2기~2013년 2기 각 부가가치세 합계 189,745,520원[가산세 포함, 매출누락액 647,381,152원, 매입과다액 458,329,000원(= 471,217,000원 – 앞서 본 ⑮번 면세 12,888,000원), 아래 참조]을 부과․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다).

    2) 피고 BB지방국세청장은 2016. 1. 5. 위 라.의 3)항 기재 이 사건 세금계산서 불부합 자료에 따른 손금불산입 항목과 익금산입 항목 등 합계 1,301,373,745원을 법인세법 제67조에 따라 2011~2014 사업연도 원고의 그 당시 대표이사에 대한 인정상여로 소득처분하고 원고에게 ⁠[별지1] 목록 제4항 ⁠‘소득금액변동통지’의 ⁠‘소득금액’란 기재와 같은 소득금액변동통지를 하였다(이하 ⁠‘이 사건 소득금액변동통지처분’이라 한다).

    3) 피고 BB지방국세청장은 원고가 2011~2013 사업연도 이전소득금액 약 918억 원(= 2011 사업연도 27,399,958,164원 + 2012 사업연도 37,935,309,708원 + 2013 사업연도 26,540,319,390원)을 DDD로부터 반환받았는지 여부가 확인되지 않는다는 이유로 2016. 1. 5. 원고에게 임시유보통지를 하였는데 원고가 90일 이내에 이전소득금액반환확인서를 제출하지 않았다. 이에 위 피고는 2016. 4. 15. 위 라.의 2)항 기재와 같이 손금불산입된 2011~2013 각 사업연도 귀속 경영관리수수료 및 이자비용 합계 91,875,587,262원(= 88,977,617,200 + 2,897,970,062원)에 대하여 구 국제조세조정법 제9조 및 구 국제조세조정법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26078호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제16조 제1항 제3호에 따라 ⁠[별지1] 목록 제3항 ⁠‘이전소득금액통지’의 ⁠‘이전소득금액’란 기재와 같이 국외특수관계인 DDD를 소득의 귀속자로 하는 배당처분을 하고 원고에게 그에 관한 이전소득금액통지를 하였다.

  바. 조세심판원의 재조사결정

    1) 원고는 위 마.의 1), 2)항 기재 각 법인세 부과처분, 이 사건 부가가치세 부과처분 및 소득금액변동통지처분의 취소를 구하기 위하여 2016. 4. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 위 마.의 3)항 기재 이전소득금액통지처분에 대하여는 2016. 7. 14. 조세심판원에 심판청구를 하였다.

    2) 조세심판원은 위 두 사건을 병합 심리한 후 2019. 7. 5. ⁠‘경영관리수수료 88,977,617,199원, 이자비용 2,897,970,062원의 업무 관련성․금액의 적정성 여부, 원고의 2010년 2기~2013년 2기 각 부가가치세 과세기간 중 647,381,152원의 매출누락 및 471,271,000원의 매입액 과다계상 여부를 재조사하여, 당초 처분을 경정하라는 내용의 재조사결정(이하 ’이 사건 재조사결정‘이라 한다)을 하였다.

  사. 재조사결정에 의한 경정처분

    1) 피고 BB지방국세청장은 이 사건 재조사결정에 따라 2019. 8. 14.부터 2019. 9.경까지 원고에 대한 세무조사를 실시하였는데(이하 ⁠‘이 사건 재조사’라 한다), 그동안 경영관리수수료 등과 관련된 다수의 내부 자료들을 확보․검토한 결과, 원고가 국외특수관계인에게 지급한 경영관리수수료 및 그 지급 지연에 따른 이자비용과 관련하여 구 국제조세조정법 제5조 제1항 제4호가 정한 이익분할법이 가장 합리적인 정상가격 산출 방법이라고 판단하게 되었다.

    2) 이에 따라 피고 BB지방국세청장은 2011~2013 각 사업연도 전체 경영관리수수료 1,737억 3,867만 원 중 이익분할법에 따라 산정한 정상가격을 기준으로 원고를 제외한 CCC 그룹의 다른 계열사들의 평균 기여도 26.3%를 초과하여 DDD에 지급한 경영관리수수료 약 783억 원(= 2011년 166억 원 + 2102년 369억 원 + 2013년 248억 원, 이하 ⁠‘이 사건 경영관리수수료’라 한다) 및 전체 이자비용 64억 4,837만 원 중 위 소득조정 비율에 따라 안분한 약 28억 7,000만 원(= 2011년 4000만 원 + 2012년 10억 4,000만 원 + 2013년 17억 9,000만 원, 이하 ⁠‘이 사건 이자비용’이라 한다) 등 합계 약 812억(= 약 783억 원 + 약 28억 7,000만 원)을 이전가격 조정 대상으로 판단하고, 위 마.항 기재 각 당초 처분을 경정하라는 취지의 재조사 결과를 피고 ○○세무서장에 통보하였다.

    3) 피고 ○○세무서장은 2019. 10. 2. ⁠[별지1] 목록 제1항 ⁠‘법인세 부과처분’ 기재와 같이 위 마.의 1)항 기재 2011~2014 각 사업연도 귀속 당초 법인세 부과처분 중 2011 사업연도 귀속 법인세 9,703,936,020원(가산세 포함)을 3,671,845,471원(가산세 포함) 감액하여 6,032,090,550원(가산세 포함)으로 경정․고지하고 원고에게 위 감액된 세액을 환급하였다. 한편, 2012~2014 각 사업연도 귀속 법인세 부과처분을 비롯하여 위 마.항 기재 이 사건 부가가치세 처분과 소득금액변동통지처분의 경우에는 국세기본법 제79조 제2항의 불이익변경금지원칙에 따라 이 사건 재조사로 인하여 원고에게 불이익한 변경을 할 수 없는 점 등을 고려하여 추가 경정․고지 없이 당초 처분의 내용대로 유지하기로 결정하였다[이와 같이 일부 감액경정되거나 당초 처분의 내용 그대로 유지된 당초 2016. 1. 5.자 ⁠[별지1] 목록 제1항 ⁠‘법인세 부과처분’ 기재 ⁠‘감액 후 잔액’란 합계 26,029,039,210원(가산세 포함)의 법인세 부과처분을 이하 ⁠‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다].

    4) 피고 BB지방국세청장은 2019. 11. 4. 위 3)항과 같이 2011 사업연도 귀속 법인세를 감액․경정함에 따라 2011년 귀속 당초 이전소득금액 27,399,958,164원을 ⁠[별지1] 목록 제3항 ⁠‘이전소득금액통지’ 기재와 같이 16,710,148,888원(= 27,399,958,164원 – 10,689,809,276원)으로 감액하여 원고에게 그에 관한 이전소득금액통지를 하였다. 그 외 2012~2013년 귀속 이전소득금액통지처분의 경우에는 이 사건 재조사로 인하여 원고에게 불이익한 변경을 할 수 없는 점 등을 고려하여 추가 경정․고지 없이 당초 처분의 내용대로 유지하기로 결정하였다(이와 같이 일부 감액경정되거나 당초 처분의 내용대로 유지된 당초 2016. 4. 15.자 ⁠[별지1] 목록 제3항 ⁠‘소득금액변동통지’ 기재 ⁠‘감액 후 잔액’란 합계 81,185,777,986원의 이전소득금액통지처분을 이하 ⁠‘이 사건 이전소득금액통지처분’이라 한다).

    5) 원고는 이 사건 법인세 부과처분, 부가가치세 부과처분, 소득금액변동통지처분 및 이전소득금액통지처분(이하 ⁠‘이 사건 각 처분’으로 총칭한다)의 취소를 구하기 위하여 2019. 10. 2. 이 사건 소송을 제기하였다.

  [인정 근거] 다툼 없는 사실, 이 법원에 현저한 사실, 갑 제1 내지 8호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

  가. 관계 법령

    [별지3] ⁠‘관계 법령’ 기재와 같다.

  나. 이 사건 각 처분 중 세금계산서 불부합 관련 부분에 관한 판단

    1) 원고의 주장

      피고들은 이 사건 세금계산서 불부합 자료를 이유로 법인세, 부가가치세 및 소득금액변동통지처분([별지1] 목록 제1항 ⁠‘법인세 부과처분’ 중 ⁠‘세금계산서 불부합 관련 세액 부분, 이 사건 부가가치세 부과처분 및 이 사건 소득금액변동통지처분)을 하였으나, 원고는 관련 세금계산서를 적법하게 수수하였고, 피고는 거래상대방에 대해 별다른 확인도 없이 원고의 일방적인 잘못으로 보아 위 각 처분에 이르렀다. 따라서 위 각 처분은 거래상대방들의 세무처리가 잘못된 것이고 과세 근거도 명확하지 않아 위법하므로 전부 취소되어야 한다.

    2) 구체적인 판단

      가) 법인이 실제 매출액을 장부에 누락하거나 가공의 비용을 장부에 계상한 경우, 실제 매입액보다 과다하게 신고하는 등의 방법으로 과세대상 소득을 탈루하게 되는 경우에는 과세관청은 매출누락액을 익금에 산입하고 부가가치세 과세표준을 증액․경정하는 한편, 매입 과다신고액을 손금불산입하고 부가가치세 매입세액을 불공제하는 것으로 경정하게 된다. 이 경우 해당 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 상여․배당․기타사외유출 등으로 소득처분한다. 다만 사외유출된 것은 분명하나 그 귀속자가 누구인지 불분명한 경우에는 대표자에 대한 인정상여로 소득처분하여 해당 법인에 대하여 소득금액변동통지를 하게 된다.

      나) 앞서 든 증거들과 을 제25호증의 일부 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 위 법리에 비추어 살펴보면, 피고들이 이 사건 세금계산서 불부합 자료에 의하여 원고의 2010년 2기 매출누락액이 647,381,152원, 2010년 2기~2013년 2기 매입 과다신고액이 458,329,000원, 귀속 불분명 사외유출금액이 1,301,445,745원에 해당한다고 보아 ⁠[별지1] 목록 제1, 2, 4항 기재와 같이 원고에게 이 사건 부가가치세 부과처분 및 소득금액변동통지처분을 하고, 2011~2014 각 사업연도 법인세 359,954,771원(세금계산서 불부합 관련 세액으로 가산세 포함)을 부과한 것은 적법하다고 판단되는바, 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다.

        (1) 이 사건 세금계산서 불부합 자료(을 제6, 7, 8호증)는 앞서 본 , 내역과 같이 원고의 부가가치세 신고 내역과 거래상대방의 신고 내역이 서로 일치하지 않는 차이금액을 정리한 것으로서 원고가 2010년 2기부터 2013년 2기까지의 과세기간 동안 매출액을 과소신고하거나 매입세액을 과다하게 공제받은 것에 해당한다. 이를 토대로 피고들은 원고가 매출신고를 누락한 해당 거래금액(거래처 신고 거래금액에서 원고의 신고 거래금액을 차감한 금액)을 647,381,152원(= 앞서 본 ⑥번 11,773,000원 + ⑦번 635,607,952원), 매입세액을 과다하게 공제받은 해당 거래금액을 458,329,000원(앞서 본 ⑧~⑭, ⑯~⑲번 합산액)으로 판단하였다.

        (2) 먼저, 매출 과소신고액 647,381,152원을 살펴본다. 2010년 2기 과세기간에 EEEEEE 주식회사(이하 법인명은 주식회사 표시를 생략한다)가 원고를 거래상대방으로 한 매입신고액 44,779,000원과 원고의 위 회사에 대한 매출신고액 33,006,000원 사이의 차액 11,773,000원(= 44,779,000원 – 33,006,000원), 2010년 2기 과세기간에 FFFFFFF가 원고를 거래상대방으로 한 매입신고액 29,650,009원과 원고의 위 회사에 대한 매출신고액 29,014,401원 사이의 차액 635,607,952원(= 29,650,009원 – 29,014,401원, 단수조정에 의한 차액 발생분은 무시) 등 합계 647,381,152원(= 11,773,000원 + 635,607,952원)은 원고와 위 각 회사가 제출한 세금계산서합계표 기재금액에 의하여 확인되는바, 이는 원고의 매출신고 누락액에 해당한다. 원고가 위 각 거래금액 중 일부에 관하여 매출신고를 취소하는 내용으로 수정세금계산서를 발급하거나 부가가치세 경정청구를 한 사실이 없고, 위 차액의 법적 평가를 달리 평가할 만한 다른 객관적인 증빙서류는 없다. 이러한 사정에 비추어, 피고가 원고의 2010년 2기~2013년 2기 매출 과소신고액을 647,381,152원으로 판단한 것은 정당하다.

        (3) 다음으로, 매입 과다신고액 458,329,000원을 살펴본다. 2010년 2기 과세기간에 발생한 GGGGGGGG과 원고 사이의 신고금액 차액 1,234만 원(= 원고 매입신고액 13,069,000원 – 거래처 매출신고액 729,000원) 및 삼일회계법인과 원고 사이의 신고금액 차액 19,099,000원(= 원고 매입신고액 22,609,000원 – 거래처 매출신고액 351만 원), 2011년 1기 과세기간에 발생한 HHH와 원고 사이의 신고금액 차액 7,200만 원(= 원고 매입신고액 7,200만 원 – 거래처 매출신고액 0원), JJJJJJJ과 원고 사이의 신고금액 차액 48,352,000원(= 원고 매입신고액 70,215,000원 – 거래처 매출신고액 21,863,000원), KKK와 원고 사이의 신고금액 차액 170,939,000원(= 원고 매입신고액 271,429,000원 – 거래처 매출신고액 100,490,000원) 및 LLLL와 원고 사이의 신고금액 차액 15,246,000원(= 원고 매입신고액 270,901,000원 – 거래처 매출신고액 255,655,000원), 2011년 2기 과세기간에 발생한 MMMMMMMMM과 원고 사이의 신고금액 차액 17,634,000원(= 원고 매입신고액 219,749,000원 – 거래처 매출신고액 202,115,000원), 2012년 1기 과세기간에 발생한 디에이치엘서플라이와 원고 사이의 신고금액 차액 59,031,000원(= 원고 매입신고액 337,665,000원 – 거래처 매출신고액 278,634,000원), 2013년 1기 과세기간에 발생한 OOOOO와 원고 사이의 신고금액 차액 10,688,000원(= 원고 매입신고액 60,561,000원 – 거래처 매출신고액 49,873,000원) 및 PPPPPP와 원고 사이의 신고금액 차액 1,310만 원(= 원고 매입신고액 3,110만 원 – 거래처 매출신고액 1,800만 원), 2013년 2기 과세기간에 발생한 정인크리닝과 원고 사이의 신고금액 차액 1,990만 원(= 원고 매입신고액 3,480만 원 – 거래처 매출신고액 1,490만 원) 등 합계 458,329,000원은 원고와 위 각 거래처가 제출한 세금계산서합계표 기재금액에 의하여 확인되는바, 이는 원고의 매입 과다신고액에 해당한다.

        (4) 거래처별 매입 과다신고액을 구체적으로 살펴보면, ① GGGGGGGG이 2010년 2기 중 원고에게 발급한 것으로 신고한 세금계산서 금액은 원고 주장대로 12,340,000원이 아니라 729,000원인 점, ② 삼일회계법인이 2010년 2기 부가가치세 확정신고 시 원고에게 발급한 세금계산서 금액 19,099,000원을 과세표준에 포함하여 매출신고를 하였다가 계약취소로 수정세금계산서를 발급하고 경정청구를 하였으나, 원고는 별다른 수정신고 없이 당초 2010년 2기 부가가치세 신고 시 관련 매입세액 1,909,000원을 그대로 공제받고 손금으로 산입한 점, ③ HHH는 원고에게 발급한 2011. 6. 1.자 7,200만 원의 매출세금계산서에 대해 계약해제를 이유로 수정세금계산서를 발급하였으나, 원고는 별다른 수정신고 없이 당초 2011년 1기 부가가치세 신고 시 관련 매입세액을 그대로 공제받고 손금으로 산입한 점, ④ 원고의 2011년 1기 부가가치세 예정 및 확정 신고 시 JJJJJJJ, KKK로부터 각 수취한 매입세금계산서 금액은 그에 대응하는 JJJJJJJ, KKK의 원고에 대한 각 매출세금계산서 금액과 상당한 차이가 나고, 원고가 제출한 특정 날짜의 전산장부 출력화면만으로 원고의 손금산입액을 달리 평가하기 어려운 점, ⑤ LLLL는 2011. 5. 2.자 7,200만 원의 매출세금계산서에 대해 기재사항 착오정정을 이유로 수정세금계산서를 발급하였으나, 원고는 별다른 수정신고 없이 2011년 1기 부가가치세 신고 시 관련 매입세액을 그대로 공제받고 손금으로 산입한 것으로 보이며, 달리 법인세 소득금액 계산 시 당초 계상한 위 매입금액을 감액하여 손금불산입하였다고 볼 자료가 없는 점, ⑥ MMMMMMMMM즈는 원고에게 발급한 전자세금계산서 금액 202,115,000원을 과세표준에 포함하여 2011년 2기 부가가치세 확정신고를 하였으나, 원고는 위 과세기간에 MMMMMMMMM즈로부터 202,115,000원의 전자세금계산서 외에도 17,634,000원의 종이세금계산서 등 합계 219,749,000원(= 202,115,000원 + 17,634,000원)의 세금계산서를 수취한 것으로 신고함에 따라 17,634,000원의 매입 과다신고액이 발생한 점, ⑦ 2012년 1기 부가가치세 확정 신고 시 NNNNNN, 2013년 1기 부가가치세 예정 및 확정 신고 시 OOOOO로부터 원고가 각 수취한 매입세금계산서 금액은 그에 대응하는 위 각 회사의 원고에 대한 매출세금계산서 금액과 상당한 차이가 나고, 원고가 제출한 특정 날짜의 전산장부 출력화면만으로 원고의 손금산입액이나 장부 계상액을 달리 평가하기 어려운 점, ⑧ PPPPPP는 2013년 1기에 발급한 1,310만 원의 매출세금계산서에 대해 착오에 의한 이중발급을 이유로 수정세금계산서를 발급하였으나, 원고는 별다른 수정신고 없이 2013년 1기 부가가치세 신고 시 관련 매입세액을 그대로 공제받고 손금으로 산입한 것으로 보이는 점, ⑨ QQQQQ은 원고에게 발급한 전자세금계산서 금액 1,490만 원을 과세표준에 포함하여 2013년 2기 부가가치세 예정신고를 하였으나, 원고는 위 과세기간에 QQQQQ으로부터 1,490만 원의 전자세금계산서 외에도 1,990만 원의 종이세금계산서 등 합계 3,480만 원의 세금계산서를 수취한 것으로 신고함에 따라 1,990만 원의 차액이 발생한 점 등에 비추어 살펴보면, 피고가 원고의 2010년 2기~2013년 2기 매입 과다신고액을 458,329,000원으로 판단한 것은 정당하고, 이와 달리 볼 만한 다른 객관적인 증빙서류는 없다.

        (5) 피고 ○○세무서장이 이 사건 세금계산서 불부합 자료에 의하여 2010년 2기~2013년 2기 원고의 매출 과소신고액이 647,381,152원, 매입 과다신고액이 458,329,000원에 해당함을 전제로 ⁠[별지1] 목록 제2항 기재와 같이 원고에게 이 사건 부가가치세 부과처분을 하고, 같은 목록 제1항 기재와 같이 이 사건 법인세 부과처분 중 세금계산서 불부합 관련 세액 359,954,771원(가산세 포함)을 부과한 것은 적법하다.

        (6) 앞서 본 기재 2010년 2기~2013년 2기 이 사건 세금계산서 불부합 자료 금액 1,118,598,152원에다가 다음과 같은 금액, 즉 2010년 1기분 매출 과소신고액 합계 54,185,980원(= 앞서 본 ②번 RRRRR 30,185,980원 + ③번 SSSSS 관련 금액 중 일부 2,400만 원) 및 전심절차에서 자료가 누락된 것으로 보이는 거래처 TTTTT에 대한 2012년 1기분 매입과다 계산서(면세) 불부합 금액 1,260만 원(= 원고 신고액 28,695,000원 – 거래처 신고액 16,095,000원)을 합산해 보면, 원고의 2011~2014 각 사업연도 귀속 불분명 사외유출금액은 합계 1,301,373,745원(아래 , 참조)인 사실이 인정된다. 피고 BB지방국세청장이 위 금액을 2011~2014 각 사업연도 당시 대표이사에 대한 인정상여로 소득처분을 하고 원고에게 그에 관한 이 사건 소득금액변동통지처분을 한 것은 적법하다.

  다. 이 사건 이전소득금액통지처분 및 이 사건 경영수수료 및 이자비용에 관련된 법인세 부과처분에 관한 판단

    1) 원고의 주장

      가) 선행 사건에서 2006~2010 각 사업연도 원고의 경영관리수수료와 이자비용에 대해 ⁠‘원고의 소득발생과 합리적 관련이 있고 원고가 속한 업종의 다른 회사나 원고와 같은 다국적기업의 국내법인 이익률에 비추어 원고가 상당히 높은 수준의 이익률을 보이고 있어 합리적으로 비용이 배분되었으므로 손금성이 인정된다.’는 이유로, 이를 손금불산입한 피고들의 각 처분이 위법하다고 보아 취소하는 판결이 확정되었다. 이처럼 선행 사건에서 원고가 지급하는 경영관리수수료와 이자비용이 합리적인 정상가격으로 이미 인정되었는바, 과세기간만 달라졌을 뿐 본질적인 용역 제공의 사실관계는 동일한 이 사건 경영관리수수료와 이자비용 역시 구 국제조세조정법상 거래순이익률방법에 따른 정상가격의 요건을 모두 충족한 것으로 피고가 임의로 조정할 수 없다.

      나) 원고의 이익수준은 비교대상업체들과 비교하여 매우 높은 수준으로 정상가격의 범위 내에 있으며, 이 사건 경영관리수수료가 과도한 수준이라고 볼 수 없다. 근본적으로 공급받는 자인 원고의 이익수준은 정상가격 산정과 아무런 관련이 없고, 중요한 것은 공급하는 자의 이익수준이다. 원고가 CCC 그룹 계열사에 지급하는 2가지 지급금(재라이선스수수료, 경영관리수수료) 중 피고가 임의로 한 가지만 골라서 정상가격을 조정할 수 없다. 설령, 정상가격의 산정을 이유로 과세조정을 하더라도, 이론상 이익가산 부분(mark-up, plus 부분)을 초과할 수 없음이 명백하다. 또한 피고가 주장하는 이익분할방법은 쌍방 거래당사자 모두 특유의 무형자산을 보유하지 않은 이 사건과 같은 그룹 내 용역거래에 대하여 적용할 수 없고, 구체적인 계산방식에 있어서도 CCC 그룹 계열사의 영업비용이 차감되지 않아 분할대상이익이 과대평가되었고 상대적 공헌도 등 배부비율도 제대로 측정되지 않은 중대한 문제가 있어 위법하다. 결국 피고는 정상가격 산정에 관한 입증책임을 다하지 못한 반면, 원고가 적용한 원가에 기초한 거래순이익율방법은 피고가 채택한 이익분할방법보다 더 적합하고 적정한 방법이다.

      다) 따라서 이 사건 경영수수료 및 그에 연동하는 이 사건 이자비용에 관련된 이 사건 이전소득금액통지처분은 전부 위법하여 취소되어야 하고, 이 사건 법인세 부과처분 중 위 부분과 관련된 ⁠[별지1] 목록 제1항 ⁠‘법인세 부과처분’ 기재 ⁠‘이 사건 서비스수수료 관련 세액’란 합계 25,669,084,439원(가산세 포함) 부분(이전가격 과세조정에 관련된 이 부분 각 취소대상을 통틀어 이하 ⁠‘피고들의 쟁점처분’이라 한다) 역시 위법하여 취소되어야 한다.

    2) 피고들의 쟁점처분이 선행 사건 확정판결의 효력에 저촉되는지 여부

      가) 과세처분을 취소하는 확정판결의 기판력은 확정판결에 나온 위법사유에 대하여만 미치므로 과세처분권자가 확정판결에 나온 위법사유를 보완하여 한 새로운 과세처분 또는 종전과 다른 과세원인을 이유로 한 과세처분은 확정판결에 의하여 취소된 종전의 과세처분과는 별개의 처분으로서 확정판결의 기판력이나 기속력에 저촉되지 아니한다(대법원 2002. 7. 23. 선고 2000두6237 판결 참조).

      나) 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사정이 인정된다. ① 선행 사건에서 피고 ○○세무서장의 법인세 부과처분 및 피고 BB지방국세청장의 소득금액변동통지처분은 ⁠‘원고의 2006~2010 각 사업연도 경영관리수수료 및 이자비용에 관한 용역 제공의 실재성이 인정되지 않고 증빙서류가 없다.’는 이유로 해당 비용의 손금성을 부인하는 것을 과세원인 내지 처분사유로 삼은 것이다. ② 선행 사건의 제1심법원은 ⁠‘CCC 그룹 계열사들이 제공한 용역과 원고의 사업활동 및 그에 따른 소득발생에 합리적인 관련성이 인정되고 그 배분기준의 합리성도 인정되는 반면, 경영관리수수료가 법인세법 제19조 손비 요건을 갖추지 못하였다는 점에 대한 피고들의 입증이 충분하지 못하다.’는 이유로 피고들의 위 각 처분을 취소하는 판결을 선고하여 확정되었다. 즉, 선행 사건에서는 경영관리수수료의 ⁠‘업무관련성’과 ⁠‘통상성’ 내지 ⁠‘수익관련성’을 판단하는 범위에서 ⁠‘용역 제공의 실재성, 소득과의 합리적 관련성, 비용의 합리적 배부’를 인정한 것으로 보일 뿐이다. ③ 나아가, 선행 사건에서 경영관리수수료와 이자비용 등 원고와 CCC 그룹 계열사 사이의 이전가격이 구 국제조세조정법에 따라 산정한 정상가격의 범위에 속하는지 여부에 대하여도 명시적인 판단이 이루어진 것이라고 보기 어렵다. ④ 더구나 피고들은 선행 사건의 항소심 소송절차에서 ⁠‘정상가격에 의한 과세조정’을 새로운 처분사유로 추가ㆍ변경할 것인지를 검토하였다가 최종적으로 이를 하지 않기로 결정하여 당초 처분사유(법인세법상 손금성 부인)만을 유지하였다. ⑤ 설령, 선행 사건의 판결에서 정상가격에 관한 판단이 포함되었다고 볼 여지가 있더라도, 정상가격 산정에 있어서는 비교가능성이 중요한 요소로 작용하는데, 과세기간의 변동으로 시장여건, 경제상황, 연평균 영업이익률 등 비교가능성의 기초적 사항이 달라진 이상, 선행 사건의 과세기간(2006~2010 사업연도)에 관하여 판단한 정상가격을 후속 과세기간(2011~2013 사업연도)에 그대로 적용할 수는 없다.

      다) 위와 같은 여러 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 피고들의 쟁점처분은 선행 사건의 각 처분과 과세기간을 달리할 뿐만 아니라, 선행 사건에서 명시적으로 판단되지 않은 사항인 ⁠‘정상가격에 의한 이전가격의 과세조정’을 과세원인 내지 처분사유로 삼아 정상가격을 초과하여 지급된 금액에 한하여 손금불산입하고 과세조정 및 소득처분을 한 것이다. 따라서 피고들의 쟁점처분은 선행 사건의 판결의 기판력이나 기속력에 저촉되어 위법하다고 볼 수 없는바, 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다.

    3) 피고의 정상가격 산출방법 선택(이익분할방법)에 관한 판단(적법)

      가) 인정 사실

        앞서 든 증거들과 갑 제11, 12, 17호증, 을 제10, 11, 12, 15, 17호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

        (1) 마스터서비스계약(MSA)의 주요 내용

          (가) CCC 그룹은, 아시아태평양 지역의 회계업무는 인도의 CCC 계열사에, 세무업무는 호주의 CCC 계열사에 각 집중시키는 등 특정한 기능을 서로 중복되지 않게 하나의 계열사에 할당하여 계열사들이 상호 간에 필요한 서비스를 아웃소싱하는 방법으로 전 세계에 산재해 있는 CCC 계열사들의 비용절감과 통일된 서비스 제공을 도모해 오고 있다.

          (나) 원고는 2003년경 CCC 그룹 계열사들과 사이에 계열사 간 수시로 상호 경영관리용역 등 다양한 용역서비스(일반관리 서비스, 마케팅 서비스, 제품 유지보수 서비스, 컨설팅 서비스 등)를 제공하고 그에 대한 대가를 주고받기로 하는 내용의 마스터서비스계약을 체결하였다. 위 계약 내용은 그 후 수차례 개정되었는데, 행정적인 부분에 관한 것을 제외하고는 본질적인 주요 사항에는 변함이 없었다. 그리고 경영관리용역 등 서비스를 제공하는 계열사가 DDD를 경유하여 청구하는 비용 배분액은 서비스 제공 원가에 마스터서비스계약 부록 1에 규정된 이윤을 가산한 금액으로 산정하되, 청구되는 비용에 대해서는 서비스 수취인의 특별한 승인이 요구되지 않는 것으로 약정하였다.

          (다) CCC 그룹은 계열사 상호 간에 제공되는 경영관리용역 등 서비스를 ⁠[별지2] 목록 기재와 같이 ⁠“① 소프트웨어 라이선스, ② 컨설팅, ③ 지원 유지보수, ④ 고급고객서비스, ⑤ 교육, ⑥ 마케팅, ⑦ 일반관리, ⑧ 글로벌IT, ⑨ 온디맨드, ⑩ 소프트웨어 관련 서비스, ⑪ 시스템 컨설팅, ⑫ 시스템 제품 마케팅, ⑬ 시스템 제품 지원 및 유지보수, ⑭ 시스템 제품판매” 등 14개의 외부 사업부문(External LOB)으로 분류하고, 이를 다시 아래 내역과 같이 내부 사업부문(Internal LOB) 150개, 거래유형(Transaction Type) 500개, 코스트센터 5,000개 등으로 소분류하고 있다.

          (라) CCC 그룹은 계열사 간 경영관리용역 등 서비스 제공 과정에서 발생된 비용의 배분 및 청구 절차와 관련하여, 우선 모든 국가의 각 부서를 코스트센터(Cost Center)로 분류하되 이를 아래 내역과 같이 크게 4개의 내부 사업부문(Internal LOB)으로 구분한다. 각 부서에서 발생된 각종 비용은 CCC 그룹사가 지정한 거래유형(Transaction Type) 단위로 배부한 다음, 상위 범주의 내부 사업부문(Internal LOB), 외부 사업부문의 순서로 집계하여 각 내부 사업부문에 설정된 비용배부 구분기준(소규모 지역 단위, 대규모 광역 지역 단위, 전 세계 단위)에 해당하는 계열사를 대상으로 거래유형(Transaction Type)에 따른 배부기준(매출액, 인원 수, 면적)에 따라 비용을 배부하고 있다. 일반적으로 소규모 지역 단위에는 여러 국가가 포함되나, 원고가 속한 소규모지역 단위는 원고 단독으로 구성되어 있어 소규모 지역 단위 내부 사업부문의 경우 원고가 지출한 비용이 그대로 원고에게 배부된다.

        (2) 경영관리용역의 주요 내용

          (가) 소프트웨어 라이선스

            CCC 그룹 계열사들은 CCC 소프트웨어 판매와 관련하여 원고에게, 경쟁력을 극대화하기 위한 전략 수립, 교육 및 제품에 관한 정보 제공, CCC 파트너(판매대리점)의 자격 설정․지속적인 모니터링․파트너로서의 적절성 평가 등 파트너 관리 업무, 대규모 권역 단위에서 수집된 정보와 경험을 활용한 고객 대응 모범 사례의 제공 등의 서비스를 제공하고, 필요 시 원고에게 담당 직원을 파견하거나 원격 서비스를 지원한다. 해당 비용은 주로 매출액 라이선스 매출액 비율로 배부된다.

          (나) 컨설팅

            CCC 그룹 계열사들은 원고에게 시장분석, 전략수립, 원고의 영업팀과 컨설턴트의 교육, 경쟁업체 관련 정보 수집, 대규모 권역 단위에서 수집된 정보와 경험을 활용한 모범사례 기반 서비스 지원 등의 용역을 제공하고, 필요한 경우 소매 컨설팅을 전문적으로 담당하는 직원들을 파견하여 원고와 함께 원고의 고객에게 컨설팅 서비스를 판매한다.

          (다) 지원 및 유지보수, 고급고객서비스

            CCC 그룹은 소프트웨어 라이선스 상품 판매와 별도로 그에 대한 유지보수 상품을 판매하고 있는데, 이는 전화 또는 인터넷을 통한 서비스인 기본유지 보수서비스와 원고의 직원이 직접 방문하여 문제를 해결하는 서비스인 고급고객서비스로 구분된다. CCC 그룹은 전 세계 단위로 유지보수 네트워크를 구축하고 있는데, 원고의 고객이 유지보수 서비스를 요청하는 경우 유지보수 네트워크를 담당하는 직원들이 한국 고객응대 매뉴얼에 따라 1차적으로 대응하고, 필요한 경우 원고의 직원들에게 연결해 준다. 또한 CCC 그룹 차원에서 한국 고객의 만족을 위한 유지보수 교육계획을 수립하고, 한국 소재 주요 고객에 대한 유지보수 업무를 CCC 계열사에서 직접 수행하는 등 원고에게 용역을 제공한다. 해당 비용은 각 거래유형별 비용배부 범위 안에 속한 계열사들에 대하여 각 매출액을 기준으로 배부된다.

          (라) 교육

            CCC 그룹은 고객사, 파트너사 직원들, 일반인 또는 학생들을 대상으로 유상으로 CCC 소프트웨어에 대해 교육하고 관련 자격을 부여하고 있는데, 이와 같은 일련의 서비스를 교육 서비스 상품이라고 한다. CCC 그룹은 전 세계 단위로 동일한 교육 상품을 제작하여 제공하고, 원고의 교육 서비스 강사를 교육하며, 온라인 교육 시스템을 구축․유지하는 등의 용역을 제공한다. 교육 서비스 비용은 전 세계 CCC 그룹 계열사들에 대해 교육 서비스 상품 매출액을 기준으로 배부된다.

          (마) 마케팅

            CCC 그룹은 전 세계적으로 일관된 마케팅 메시지 및 콘텐츠를 제공하기 위하여 전 세계 마케팅 팀이 마케팅 전략 및 콘텐츠, 모범사례 및 기타 지침사항 등을 제작하고 CCC 파트너에 관한 전략을 수립하면, 대규모 권역 단위 마케팅 팀에서 해당 권역의 특수성을 고려하여 조정하며, 소규모 지역 단위 마케팅 팀에서 지역의 특성을 반영하여 재차 조정하는 방식으로 마케팅 사업부문을 운영하고 있다. 마케팅 서비스 비용은 각 거래유형별 비용배부 범위 안에 속한 계열사들에 대해 총매출액을 기준으로 배부된다.

          (바) 일반관리

            대규모 광역 지역 단위 본부에서 원고의 사무실 임차, 기존 사업장 유지, 일부 축소, 통합, 일부 부서의 이동 등 부동산과 관련된 용역을 제공하거나 CCC 그룹에서 인수하는 회사 중 한국에 소재한 회사 또는 지점들의 재무 시스템을 원고의 재무 시스템과 통합하는 용역을 제공하면서 발생한 비용이다. 해당 비용은 대규모 권역 단위 CCC 그룹 계열사들로부터 용역을 제공받는 계열사들의 사무실 면적이나 총매출을 기준으로 배부된다.

          (사) 소프트웨어 관련 서비스ㆍ시스템 컨설팅ㆍ제품 마케팅ㆍ제품 지원 및 유지보수ㆍ제품 판매

            UUU는 2010. 2.경 SMS와 합병하여 DDD로 상호가 변경되었는데, 그 후부터 CCC은 하드웨어시스템 사업을 개시하면서 외부 사업부문을 2010년 이전 9개 분류에서 2011년 14개 분류로 조정하였다. CCC 그룹은 원고에게 신규 소프트웨어 라이선스 사업과 하드웨어 시스템 사업을 촉진하기 위해 하드웨어 관련 고급고객서비스, 마케팅, 하드웨어 유지보수 등 다양한 지원 서비스를 제공한다.

        (3) 원고의 조직 구성과 매출액 증감 내역

          (가) 2013년 기준으로 CCC은 약 12만 명의 정규 직원을 두고 있는데, 구체적으로, 판매 및 마케팅에 약 33,000명, 소프트웨어 라이선스 업데이트와 제품 지원에 약 9,000명, 하드웨어 시스템 제품 제조에 약 1,000명, 하드웨어 시스템 지원에 약 6,000명, 서비스에 약 25,000명, 연구개발에 약 35,000명, 일반관리에 약 11,000명으로 이루어져 있다. 이들 인원 중 약 43,000명은 미국에 있고, 나머지 77,000명은 국제적으로 각 계열사에 소속ㆍ고용되어 있다.

          (나) 2013년 기준 원고의 직원은 총 1,118명이다. 그중 라이선스 담당 직원은 422명, 시스템 담당은 79명, 컨설팅 담당은 79명, 서포트 담당은 237명, 교육 담당은 24명이고 전문 부서에 소속되지 않은 잔여 인원이 277명으로 마케팅, 일반관리, 글로벌IT와 온디맨드 서비스를 담당하는 직원은 없다. 대부분의 원고 직원은 CCC 그룹이 제공하는 소프트웨어, 컨설팅 서비스, 교육 서비스 등을 국내 고객에게 단순 판매하는 업무에 집중하고 있다.

          (다) 원고의 매출액은 아래 내역과 같이 2009~2016 각 사업연도 기간 동안 꾸준히 증가해 온 반면, 위 기간 중 원고의 3년 단위 연평균 영업이익률은 ⁠‘15.1%→6.1%→1.3%’로 하락세를 유지하였다. 2011~2013 각 사업연도 3년 평균 영업이익률은 6.1%로서 원고가 제시하는 IT 유사 업종에 속하는 27개 국내 법인의 영업이익률(1.9~3.6%)보다 높은 편에 속하나, 유사한 사업구조 내지 업종에 속하는 다른 다국적 기업의 국내 자회사의 영업이익률(12~16%)보다 낮은 편에 속한다.

         (4) 이 사건 경영관리수수료 지급 구조

          (가) 원고는 CCC 그룹 계열사들과 사이에 체결한 마스터서비스계약에 따라 경영관리용역 서비스를 제공받고 그에 대한 대가로 경영관리수수료를 지급해 왔다. DDD는 위 비용을 일정한 배분기준에 의하여 배분ㆍ청구하는 간접청구방식을 채택하여 상계 후 그 순액을 청구한 뒤, 자체적으로 해당 계열사의 법인계좌에서 수수료를 인출해 가거나 인출을 지시하는 방식으로 집행하였다. 즉, DDD는 CCC 그룹 계열사의 각 용역 유형별로 집계한 총비용에 각 계열사의 매출액, 인원수, 면적 등을 고려한 배분비율을 곱하여 총발생원가를 계산한 다음, 그 원가에 0~10%의 이윤을 가산하여(mark-up) 산정한 금액(원가가산율, 아래 참조)을 각 계열사에 배분하여 청구하였다.

          (나) 이 사건 경영관리수수료는 아래 , 내역과 같이 CCC 그룹 내부 간 용역의 유형별로 집계된 총비용에, 특정 사업부문에 관련된 모든 자회사들의 총매출액(인원수) 등에서 특정 사업부문 내 용역을 제공받은 특정 자회사의 매출액(인원수) 등이 차지하는 비율을 곱한 다음, 그 금액에 발생원가의 0~10%에 상당하는 이윤을 가산(mark-up)하여 산출된다. 그리고 이 사건 이자비용은 경영관리수수료의 지급이 90% 이상 지연되는 경우에 그 지연된 수수료에 영국 런던은행 리보(Libor)금리와 계열사별 등급에 따른 가산 금리(0.375%~ 1.25%, 원고는 0.6%)가 적용되어 지급된다.

          (다) CCC 그룹의 계열사 간에 주고 받은 용역의 각 유형별 집계된 총비용에 따라 경영관리수수료 및 이자비용의 금액이 달라지게 된다. 원고는 2011~2013 각 사업연도의 기간에 ⁠[별지2] 목록 기재 14개 항목별로 구분하여 경영관리수수료 명목으로 합계 1,737억 38,672,939원(원고 전체 매출액의 약 9.1% 수준이다)을 DDD를 통하여 CCC 그룹 내 용역 제공의 계열사들에 지급하였다. 그리고 이자비용으로 합계 약 64억 4,837만 원을 지급하였다.

      나) 이전가격 과세제도에 관한 관련 규정

        (1) 구 국제조세조정법 제4조 제1항 본문은 ⁠‘과세당국은 거래당사자의 어느 한 쪽이 국외특수관계인인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다)의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다.’고 규정하고 있다. 여기서 ⁠‘정상가격’이란 거주자, 내국법인 또는 국내사업장이 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용하거나 적용할 것으로 판단되는 가격을 말한다(같은 법 제2조 제1항 제10호). 구 국제조세조정법 제5조 제1항에 의하면, 정상가격은 제1호부터 제5호까지의 5개의 방법(전통적 거래방법으로 ① 비교가능 제3자 가격방법, ② 재판매가격방법, ③ 원가가산방법이 있고, 거래이익 접근방법으로 ④ 이익분할방법, ⑤ 거래순이익률방법이 있다) 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 산출하되, 제6호의 대통령령으로 정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법은 다른 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용한다.

        (2) 정상가격을 산출할 때에는 다음과 같은 5가지 기준, 즉 ① 특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래 사이에 비교가능성이 높을 것, ② 사용되는 자료의 확보ㆍ이용 가능성이 높을 것, ③ 특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래를 비교하기 위하여 설정된 경제 여건, 경영 환경 등에 대한 가정이 현실에 부합하는 정도가 높을 것, ④ 사용되는 자료 또는 설정된 가정의 결함이 산출된 정상가격에 미치는 영향이 적을 것, ⑤ 특수관계가 있는 자 간의 거래와 정상가격 산출방법의 적합성이 높을 것 등을 고려하여 가장 합리적인 방법을 선택해야 한다. 이 경우 정상가격 산출방법 선택 시 고려해야 할 요소 중 핵심인 비교가능성이 높다는 것은 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주지 아니하는 경우이거나 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에도 그 영향에 의한 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능한 경우를 말한다. 그리고 비교가능성이 높은지를 평가하는 경우에는 가격이나 이윤에 영향을 미칠 수 있는 재화나 용역의 종류 및 특성, 사업활동의 기능, 거래에 수반되는 위험, 사용되는 자산, 계약 조건, 경제 여건, 사업전략 등의 요소에 관하여 기획재정부령으로 정하는 사항을 분석하여야 한다. 또한 적합성이 높은지를 평가하는 경우에는 특수관계 거래에서 가격ㆍ이윤 또는 거래순이익 중 어느 지표가 산출하기 쉬운지 여부, 특수관계 거래를 구별하는 요소가 거래되는 재화나 용역인지 또는 수행되는 기능의 특성인지 여부, 거래순이익률방법 적용 시 거래순이익률 지표와 영업활동의 상관관계 등에 관하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 분석하여야 한다(구 국제조세조정법 시행령 제5조). 과세관청이 가장 합리적인 방법을 선택하여 정상가격을 산출하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 납세자의 사업 환경 및 특수관계 거래 분석, 내부 및 외부의 비교가능한 거래에 대한 자료 수집, 정상가격 산출방법의 선택 및 가격ㆍ이윤 또는 거래순이익 산출, 비교가능한 거래의 선정 및 합리적인 차이 조정 등의 분석절차를 통하여 정상가격을 결정하여야 하고, 해당 거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래 사이에서 비교가능성 분석요소의 차이로 인하여, 적용하는 가격ㆍ이윤 또는 거래순이익에 차이가 발생할 때에는 그 가격ㆍ이윤 또는 거래순이익의 차이를 합리적으로 조정하여야 한다(같은 법 시행령 제6조 제1, 2항).

      다) 원고와 피고가 선택한 각 정상가격 산출방법에 대한 평가

        위 인정 사실과 더불어 앞서 든 증거들에 갑 제13, 14, 16, 17호증, 을 제13, 14, 21 내지 24, 26, 27, 30 내지 36호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 앞서 본 관련 규정의 내용과 취지에 비추어 살펴보면, 이 사건 경영관리수수료 및 그 증감에 연동하는 이 사건 이자비용에 관한 가장 합리적인 정상가격의 산출방법은 구 국제조세조정법 제5조 제1항 제4호가 정한 이익분할방법이라고 봄이 타당하다. 따라서 피고가 위 비용에 대한 정상가격의 산출방법으로 이익분할방법을 선택한 것 자체는 정당하고, 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다.

        (1) 전통적 거래방법(Traditional Transaction Methods)의 평가

          (가) 비교가능 제3자 가격방법은 ⁠‘거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 그 거래와 유사한 거래 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법’을, 재판매가격방법은 ⁠‘거주자와 국외특수관계인이 자산을 거래한 후 거래의 어느 한 쪽인 그 자산의 구매자가 특수관계가 없는 자에게 다시 그 자산을 판매하는 경우 그 판매가격에서 그 구매자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 뺀 가격을 정상가격으로 보는 방법’을, 원가가산방법은 ⁠‘거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 자산의 제조ㆍ판매나 용역의 제공 과정에서 발생한 원가에 자산 판매자나 용역 제공자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 더한 가격을 정상가격으로 보는 방법’을 말한다(구 국제조세조정법 제5조 제1항 제1, 2, 3호).

          (나) 비교가능 제3자 가격방법은 물론, 재판매가격방법, 원가가산방법 등 전통적 거래방법은 판매기준 통상이익률, 원가기준 이익률을 계산할 때 이익률이 실현된 해당 거래의 유사성이 인정되어야 하므로, 정상가격 산출방법 선택 시 비교가능성이 핵심 요소로 검토되어야 한다. 그런데 ① 이 사건 경영관리수수료 및 이자비용에 관한 용역거래는 단순하고 일반적인 용역거래 혹은 단순한 상품 등의 재판매거래라고 볼 수 없고, 다국적기업인 CCC 그룹 내 소속 계열사 사이에 긴밀하고 유기적ㆍ통합적으로 상호 간에 다양한 서비스를 주고 받는 인적 용역거래이다. 그 발생 비용은 각 코스트센터별로 집계하여 거래유형, 지역단위별로 합산하여 매출액, 인원수, 영업비용, 면적 등의 배부기준에 따라 원가에 일정한 이윤(0~10%)을 가산한 금액을 용역 제공의 수혜자들에게 간접청구방식으로 배분하는 구조이다. 이와 실질적으로 동일ㆍ유사한 인적 용역거래와 간접청구방식의 상황에서 형성된 특수관계가 없는 독립기업 간의 비교가능성이 높은 제3자 거래가격을 확인하기 어렵다. 또한 비교되는 거래 간 또는 거래참여 기업 간의 차이가 거래가격이나 순이익에 중대한 영향을 미칠 것으로 보이는바, 그러한 차이에 따른 가격 효과를 합리적으로 조정하기도 곤란하므로, 비교가능 제3자 가격방법은 선택할 수 없다. ② 이 사건 경영관리수수료 및 이자비용은 CCC 그룹의 독자적인 LOB Charge 시스템 운용을 통해 정산되고 해당 용역은 거의 대부분 재판매되지 않고 단지 직간접적인 영업비용의 절감 또는 수익의 증대를 기대할 수 있을 뿐이므로 원고가 수령한 용역과 관련한 통상의 이윤이나 비교가능성 있는 독립기업 간의 유사 거래에서의 통상적인 원가가산율도 확인하기 어렵다. 경영관리용역을 제공한 CCC 그룹 계열사의 발생 비용 전체가 아니라 원고의 국내 판매활동에 대한 기여분만큼의 이익을 분여하는 것이 적합하므로, 재판매가격방법이나 원가가산방법도 선택하기 어렵다. ③ 따라서 비교가능 제3자 가격방법, 재판매가격방법, 원가가산방법 중 어느 것도 가장 합리적인 정상가격 산출방법에 해당한다고 평가할 수 없다.

        (2) 피고가 선택한 이익분할방법(PSM: Profit Split Method)의 평가

          이익분할방법은 ⁠‘거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에 있어 거래 쌍방이 함께 실현한 거래순이익을 합리적인 배부기준에 의하여 측정된 거래당사자들 간의 상대적 공헌도에 따라 배부하고 이와 같이 배부된 이익을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법’을 말한다(구 국제조세조정법 제5조 제1항 제4호). 한편, 경제협력개발기구(OECD: Organization for Economic Cooperation and Development)는 국제적으로 합의된 세계 공통의 이전가격 과세지침을 마련하고자 1995. 7.경 '이전가격 가이드라인(Transfer Pricing Guidelines for Multinational Enterprises and Tax Administrations)'을 제정ㆍ발표하였는데, 2010년 이전가격 가이드라인 2.109 문단은 ⁠‘이익분할방법의 주된 강점은 사업이 고도로 통합되는 방식으로 운영되어 양자의 기여를 독립적으로 신뢰성 있게 평가할 수 없는 경우에 해결책을 제공한다는 것이다. 또한 거래의 양 당사자가 모두 특수하고 가치 있는 기여(unique and valuable contributions, 가령, 독특하고 귀중한 무형자산 형성에 기여)를 하는 경우에 적용될 수 있고, 거래 일방이 하청제조나 용역대리 등의 단순한 기능을 수행하여 상당한 정도의 특수한 기여를 하지 않는 경우 일반적으로 거래이익분할법을 적용하지 않는데, 이러한 경우 당사자의 기능분석을 하면 일반적으로 거래이익분할법이 적절하지 않은 것으로 평가된다.’고 규정하고 있다(2017년 OECD 이전가격 가이드라인 및 2018년 OECD 이익분할지침에도 동일한 내용이 담겨 있다. 이러한 지침은 이전가격 과세에 있어서 의미 있는 참고 자료가 된다).

          비교대상 독립기업 거래를 찾기 어려운 이 사건 경영관리수수료와 이자비용에 대한 가장 합리적인 정상가격 산출방법은 위와 같은 이익분할방법으로 봄이 타당한바, 그 상세한 이유는 아래와 같다.

          (가) 고유한 유ㆍ무형 자산의 결합과 공동의 기여

            CCC 그룹의 전 세계 계열사들은 본사의 소프트웨어ㆍ하드웨어 제품을 판매하고 판매 제품의 유지보수 등 서비스를 제공하기 위해 마스터서비스계약에 따라 계열사 상호 간에 ⁠[별지2] 목록 기재와 같은 14개 항목별로 다양한 용역을 주고 받으며 LOB Charge 시스템 운용을 통해 해당 비용 원가에 일정한 이윤을 가산한 경영관리수수료를 DDD를 통하여 간접청구방식으로 배분받아 지급하게 된다. 이와 같은 이 사건 경영관리수수료 및 이자비용 지급에 관한 인적 용역거래의 특성과 구조 등에 비추어 볼 때, 원고와 CCC 그룹 계열사들이 통합하여 각 고유의 유ㆍ무형 자산을 활용함으로써 공동으로 실현한 거래순이익에 대하여는 이익분할방법에 따라 정상가격을 산정하는 것이 가장 합리적이다. 즉, 원고를 포함한 CCC 그룹 계열사들은 마스터서비스계약을 체결하고 상호 간에 다양한 서비스를 제공하거나 제공받아 왔다. 이를 통해 각 계열사에서 모든 기능을 수행하는 대신, 계열사 상호 간에 필요한 서비스를 아웃소싱함으로써 CCC 그룹 전체적으로 중복되는 비용을 줄이면서도 수익을 극대화할 수 있었다. 이처럼 상호 유기적으로 긴밀히 결합되어 기능하는 것처럼, 각자 중복되지 아니하는 독특하고 고유한 가치 있는 공동의 기여를 함으로써 거래순이익을 함께 실현하였는바, 이를 상호 간에 단순하고 전형적인 용역서비스만을 제공한 것이라고 보아 이익분할방법이 적용되지 않는 경우라고 볼 수 없다.

          (나) 원고의 특수하고 고유한 마케팅 무형자산

            원고는 1989년경 국내에서 사업을 개시한 이래로 20~30년가량 총판ㆍ파트너 및 소비자 등 고객 리스트, 대기업 주요 고객(Key Account) 관계 등을 정리한 자료를 포함한 영업관리 및 마케팅 무형자산들을 지속적으로 개발ㆍ관리ㆍ활용해 오면서 국내 시장에서 거래순이익을 창출함에 있어 특수하고 가치 있는 기여를 해 왔다(소프트웨어나 하드웨어 관련 지식재산권은 CCC 그룹 본사가 소유하고 있으나, 고객 리스트, 고객 자료 등 마케팅 무형자산은 원고가 보유하고 있다). 다시 말하자면, 원고는 기존 고객과의 관계를 계속 유지ㆍ관리하고 신규 고객을 확보하며, 국내 시장의 고유한 특성을 분석하여 각 고객의 사업구조 변화에 최적화된 솔루션을 제공해 왔다. 파트너사 관계를 맺고 있는 대기업 등 국내 주요 핵심 고객을 관리하기 위한 통합 프로그램(Key Account Program)과 조직(Key Account Senior, Alliance & Channel)을 운영하며 고객기반 마케팅을 전략적으로 시행해 왔다. 그리고 2002년부터 별도의 교육기관을 설립하여 체계적인 영업전문 인력을 양성하고, 고객의 요구사항에 부응하기 위해 160명의 엔지니어로 구성된 전문가 집단인 기술영업부서(Oracle Sales Consulting, Tech Solution Engineering: 일반적인 상담원이 아닌 소프트웨어 전문 엔지니어의 집합체로서 특수한 기술 서비스를 제공하고 고객사에 맞춤형 솔루션을 제시함으로써 영업을 이끌어내는 역할을 수행)를 운영하고 있으며, 국내 학연ㆍ지연ㆍ경력 등으로 연결된 인적 자원을 관리하며 고객 관계를 관리하고 영업 이후 고객에 대한 지속적인 서비스 제공 및 관계 유지로 재계약을 유도하는 활동을 수행하고 있다.

            이러한 다양한 마케팅 영업 전략과 축적된 영업 노하우, 파트너사(총판ㆍ대리점) 관리기능, 조직 체계 및 우수한 기술력과 영업력을 지닌 인적 자원, 인적 네트워크는 국내 시장에서 상당한 가치를 지닌 채, 실질적인 영업성과를 실현하고 수익 창출에 기여하고 있는바, 그 자체로 원고만의 고유한 무형자산에 해당한다고 평가할 수 있다. 이러한 판단은 원고 부사장 이형배가 조사공무원에게 한 진술내용(‘CCC 제품의 신뢰성이 매우 높은 것도 사실이지만, 한국 시장만의 독특한 인적 네트워크 등을 통한 원고 임직원들의 적극적인 영업활동이 있었기에 매출과 수익이 크게 증가한 것이다.’는 취지), 원고의 임직원들에 대한 인터뷰 내용 분석자료[‘원고 소속의 유지보수(Support Delivery) 팀에서 직접 고객 사무실을 방문하여 설치한 후 결과를 보고하는 체계 등 한국 내 매출에 대해 미국 본사에서는 전혀 할 수 없는 한국 내 현장에서의 독특한 기여가 상당하다. 고객사를 정기적으로 직접 방문하여 문제점을 해결하고 예상 발주를 파악하는 등 미국 본사에서는 할 수 없는 한국 내 독자적인 영업 방식이 존재하며, 주요 고객과 10년간 관계를 유지해 온 장기 근속자를 우대하는 정책 등 인간관계를 중시하는 영업 무형자산이 존재한다. 주요 고객을 인력뿐만 아니라 주요 고객 관련 조직을 별도로 두어 수십년째 운영하였고 이를 통해 축적된 고객 내 영업 무형자산의 가치가 상당하다. 원고에게 고유한 마케팅 자산이 존재하고, 국내 영업 조직 및 인력에 독특한 영업권이 있다.’는 취지], CCC 그룹 계열사 임직원들에 대한 인터뷰 자료, 그리고 마케팅 활동(전략계획, 경쟁분석, 고객정보, 무형자산, 브랜드관리, 촉진도구, 고객만족 등)에 관한 상당한 양의 전산파일(을 제34호증)에 의해서도 충분히 뒷받침된다.

            이처럼 국내시장에 최적화된 강한 영업력을 최대 장점으로 하는 원고의 사업활동은, 원고가 보유한 고유의 마케팅 무형자산과 더불어 CCC 미국 본사의 중앙집중 마케팅 활동ㆍ영업방식의 비전 제시 및 CCC 그룹 계열사들의 영업관리ㆍ판매지원 등의 경영관리용역 서비스 제공에 관한 무형자산 등 거래당사자 각자가 보유한 유ㆍ무형의 자산이 고도로 유기적으로 통합되어 수행되는 것이다(CCC 본사 및 계열사의 유ㆍ무형자산 보유에 대하여는 쌍방 다툼이 없어 보인다. 한편, 이 사건 경영관리수수료는 물론이고, 재라이선스수수료 역시 원고의 매출액 증감에 연동한다. 원고는 국내 시장환경 및 영업성과, 고객사에 대한 미수금 발생 등에 대한 위험을 부담하고, CCC 그룹 계열사들은 재고위험, 개발위험, 글로벌 주력제품 선정 결과에 대한 위험, 환율 변동 등에 따른 재무위험 등을 직간접적으로 일부 부담한다는 점에서 쌍방이 공동으로 실현하는 이익의 증감이라는 경제적 위험부담을 공유하는 것으로 볼 수 있다. 이와 달리 CCC 그룹 다른 계열사들은 국내 시장에 대해 어떠한 경제적 위험도 부담하지 않는다거나 원고만이 오로지 경제적 위험을 부담한다고 볼 수 없다).

            이와 같이 거래의 양 당사자가 각각 보유한 고유의 무형자산을 활용하는 등 특수하고 가치 있는 기여를 하거나 기업경영 활동의 통합 정도가 높은 경우로서 대상 거래의 특수성으로 말미암아 독립기업 간의 유사한 비교대상 거래를 확인하기 어렵다고 판단된다면, 이익분할방법이 다른 정상가격 산출방법에 비하여 더 적정하고 합리적이다고 평가할 수 있다. 그에 따라 양 당사자의 거래를 통하여 실현된 거래순이익은 원고와 CCC 그룹 각 계열사 간의 상대적 공헌도에 따라 배부하고 그 배부된 이익을 기초로 이 사건 경영관리수수료의 정상가격을 산출하는 것이 타당하다.

          (다) 무형자산의 해석

            또한 OECD 이전가격 가이드라인에서 명시한 ⁠‘무형자산’은 고유하고 가치 있는 기여를 인정할 수 있는 대표적인 경우를 예시로 든 것에 불과하고, 법적 권리로서 보호받을 수 있는지 여부와 상관없이 마케팅 활동을 포함한 사업 활동 및 기능과 관련된 모든 무형의 재산은 여기에 포함된다고 해석함이 옳다. 설령 회계장부상 마케팅 무형자산을 자산으로 인식하지 않았더라도, 당사자들이 고도로 통합된 사업을 수행하면서 각자 고유하고 가치 있는 기여를 수행하였다면, 이익분할방법이 적극 고려될 수 있는 것이다[원고는 1997년~ 2018년의 국내 정상가격 산출방법 사전승인제도(APA) 통계상으로 총 463건 중 9건만이 이익분할방법이 적용된 점을 근거로, 이익분할방법이 실무적으로 실효성이 없다는 취지로 주장하나, 위 제도는 납세자가 국외특수관계인과의 거래에 적용할 정상가격 산정방법과 그 범위에 대해 과세당국과 사전에 서로 합의하는 제도로서 그에 따른 구체적인 통계치를 과세관청과 납세자 간의 정상가격 산출방법에 상당한 이견을 보이는 이 사건에 그대로 참조하는 것은 적절하다고 볼 수 없다].

          (라) 고도로 통합된 사업운영과 상호의존성

            원고와 CCC 그룹 계열사들은 각자 특수하고 가치 있는 기여를 밀접한 관련성을 갖고 유기적ㆍ통합적으로 수행한다. 한편, CCC 그룹 내 인적 용역거래에 대하여는 미국 CCC 본사 회장으로부터 CCC APAC(아시아ㆍ태평양 지역본부) 관계사 등을 거쳐 국내 영업시장 및 영업대표로 이어지는 7단계 국내외 결재선을 통해 이루어진다(원고의 국내 사업활동을 관리ㆍ승인ㆍ지원하기 위한 국외 관리자의 독자적인 LOB Charge 시스템을 운용하고 있다. 이를 통해 아래 내역과 같이 CCC 그룹의 계열사는 이메일 송수신이나 방문 등 방법으로 원고 사이에 일상적인 업무 지시, 수행, 보고 등의 협업을 수행하고 있다). 쌍방 거래당사자들이 높은 수준의 상호의존성을 형성하면서 고도로 통합된 사업운영을 함으로써 국내 사업활동에서 결합된 순이익을 창출하고 있다고 평가할 수 있다. 이와 같이 특수관계인 양쪽이 특수한 무형자산 형성에 관여하는 등 고도로 통합된 기능을 수행하는 경우로서 특수관계가 없는 독립된 당사자 사이에서도 각자의 기여에 비례하여 그 이익을 분할할 것이 합리적으로 기대된다고 볼 수 있는바, 이 사건 경영관리수수료 지급에 관한 용역거래와 피고가 선택한 이익분할방법의 적합성이 비교적 높다고 평가할 수 있다(구 국제조세조정법 시행령 제5조 제3항, 같은 법 시행규칙 제2조 제2항 제4호 참조).

          (마) 개별 용역거래의 긴밀성과 통합ㆍ평가

            이 사건 경영관리수수료는 ⁠[별지2] 목록과 같이 크게 14개 항목별로 구분하여 100여 개의 CCC 그룹 계열사가 제공하는 다양한 용역서비스에 대한 대가로 지급되는 것으로, 각 항목별 거래순이익률이 3년간 평균 0.07%~35.23%로 비교적 큰 폭의 차이를 보이고 있다. 그러나 개별 용역거래들이 서로 밀접하게 결합되어 있어 각 거래단위별로 구분하여 가격ㆍ이윤 또는 거래순이익을 산출하는 것은 합리적이지 않다고 판단된다[원고의 2011 사업연도 이전가격보고서(갑 제11호증)상으로도 ⁠‘관계사 간 유통 및 서비스 거래는 그 성격상 서로 관련되어 있어 특정 기능별로 이익을 분리하는 것은 신뢰성이 떨어져서 통합적인 방식으로 검토하였다.’는 의견이 제시되어 있다].

            따라서 거래의 실질 및 관행에 비추어 이익분할방법에 따라 원고와 CCC 그룹 계열사 사이의 개별 경영관리용역 거래들은 일괄적으로 통합하여 평가하는 것도 가능하다(구 국제조세조정법 시행령 제6조 제8항, 같은 법 시행규칙 제2조의2 제3항 제5호 참조). 한편, 원고와 다수의 CCC 그룹 계열사들 사이에 상호 유기적으로 주고 받는 경영관리용역 등의 용역거래와 소프트웨어 및 하드웨어 제품을 구매하거나 아일랜드 소재 계열사인 DDDDD에 재라이선스수수료 등을 지급하는 거래는 그 거래의 성격과 유형 등을 전혀 달리하여 비교가능성 측면에서 별개로 파악하는 것이 타당하고, 다른 기업그룹이나 제3자 간 용역거래와 일률적으로 비교하는 것은 불합리하다. 다만, 이 사건에서는 피고들이 재라이선스수수료 지급 거래를 분리하여 합리적인 정상가격을 평가하기 어려운 특별한 현실적인 한계가 인정되는 이상, 피고들이 위 금액을 전액 손금으로 인정하는 한편, 경영관리수수료 지급에 관한 인적 용역거래만을 이익분할방법에 의한 과세조정 대상으로 삼은 조치가 전적으로 위법하다고 볼 것은 아니다.

        (3) 원고가 주장하는 거래순이익률방법(TNMM: Transactional Net Margin Method)의 평가

          (가) 거래순이익률방법은 ⁠‘거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래와 유사한 거래 중 거주자와 특수관계가 없는 자 간의 거래에서 실현된 통상의 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법’을 말한다(구 국제조세조정법 제5조 제1항 제5호). 원고는 법인세 신고 및 개별기업보고서 제출 시 국외특수관계인과의 모든 거래를 통합하여 정상가격 산출방법으로 거래순이익률방법(수익성지표: 3년간 가중평균 영업이익률)을 신고한 것으로 보인다.

          (나) 원고는, ⁠‘재라이선스수수료와 이 사건 경영관리수수료를 일괄하여 원가 기준 거래순이익률방법(cost-based TNMM)에 따라 전체 비용의 정상가격을 산정하는 것이 가장 합리적인 정상가격 산출방법에 해당한다.’고 주장하나, 다음과 같은 이유로 받아들이기 어렵다.

            ① 거래순이익률방법은 매출원가 및 판매비와 일반관리비 등 영업비용이 반영된 순이익률지표 또는 영업이익률에 기초하여 정상가격을 산출하는 것이므로, 다른 정상가격 산출방법 중 거래가격에 기초하는 ⁠‘비교가능 제3자 가격방법’이나 매출총이익률에 기초하는 ⁠‘재판매가격방법’ 또는 ⁠‘원가가산방법’과 달리 상품의 차이나 거래단계 등 사업활동의 기능상 차이 등에 의한 영향이 적다. 다만 국외특수관계자 거래와 비교대상거래 사이에 상품이나 거래단계의 차이가 현저하여 양자가 본질적으로 다르고 그로 인하여 거래에 수반되는 위험이나 사용되는 자산 등 다른 비교 가능성 분석요소의 차이를 야기하며 나아가 그러한 차이가 영업이익률에 중대한 영향을 미친다면, 비교대상거래는 합리적인 차이조정이 이루어지지 아니하는 한, 비교가능성이 높다고 할 수 없어 당해 거래의 조건과 상황이 유사한 거래라고 할 수 없으므로, 그러한 비교대상거래를 기초로 거래순이익률방법에 따라 산출한 가격은 적법한 정상가격이라고 할 수 없다(대법원 2014. 8. 20. 선고 2012두23341 판결 참조).

            ② 원고는 재라이선스수수료 등 지급에 관한 기술거래와 이 사건 경영관리수수료 지급에 관한 인적 용역거래를 단순한 기능을 가지고 제한된 시장 위험을 부담하는 유통거래로 한정하여 원고와 CCC 그룹 계열사가 유의미한 유ㆍ무형의 자산을 보유하지 않는다고 판단하였으나, 위 각 거래를 단순한 상품 재판매를 위해 국외 특수관계인으로부터 상품을 매입하는 거래 또는 비특수관계인 사이의 단순하고 전형적인 용역거래라고 볼 수 없음은 명백하다(원고가 92명의 엔지니어로 구성된 기술영업부서를 두고 있는 것 자체가 원고의 영업이 일반적인 단순 판매영업과 차별됨을 명확하게 확인할 수 있는 정황에 해당한다). 각 거래의 성격과 유형, 거래상대방, 공헌도 등이 상당히 이질적이어서 거래순이익률방법을 적용하여 위 두 거래를 결합하여 전체 비용의 정상가격을 일괄적으로 검토ㆍ산정하는 것은 비교가능성 측면에서 합리적인 방법이라고 평가하기 어렵다. 오히려 두 가지 거래 및 해당 비용을 별도로 구분ㆍ검토하는 것이 합리적이다. 즉, 재라이선스수수료 등 지급에 관한 기술거래는 원고가 국내에서 CCC 소프트웨어를 판매할 수 있는 권리 및 하드웨어 시스템 제품에 대한 총판과 하드웨어 시스템 지원(하드웨어에 포함된 소프트웨어 시스템의 업데이트를 포함하여 하드웨어 시스템 제품에 대한 유지보수 및 지원 서비스)에 관한 권리를 부여받아 그 대가로 아일랜드 특수관계법인인 DDDDD에 재라이선스수수료 및 하드웨어 시스템 지원 수수료를 직접 지급하는 거래로서, 그 수수료의 성격상 해당 국외특수관계인이 원고에게 공급하는 별도의 재화나 용역은 존재하지 않고, 장부상으로 계상된 금액만으로는 그 원가를 구체적으로 산정하기 어렵다. 또한 해당 소프트웨어ㆍ하드웨어와 유사한 수준의 기술력을 갖고서 특수관계가 없는 독립된 사업자와 거래하는 비교대상 회사를 선정하기 어렵고, 관련 기술연구ㆍ개발 활동에 원고가 유의미한 기여를 한 바가 없으며 국외특수관계기업은 그 관계에 기인한 정당한 사업상의 필요로 인해 통상의 정상적인 거래에서는 이루어지지 않는 방식으로 거래를 형성할 여지도 있으므로, 해당 거래가격이 정상가격에 해당하는지 여부를 현실적으로 판단하기 상당히 곤란한 측면이 있다(이러한 사정과 더불어 국제거래에서의 자료 확보상의 어려움을 이유로 피고 ○○세무서장은 원고가 지급한 재라이선스수수료의 정상가격 검토ㆍ산정을 하지 못한 채, 그 전액을 손금으로 인정하였고, 후술하는 바와 같이 이익분할방법에 따른 거래순이익 산정 시 재라이선스수수료 전액을 차감하였다. 이러한 현실적인 한계로 인한 조치는 각 성격과 유형이 상당히 이질적인 각 거래와 비용을 개별적으로 검토할 필요가 있다는 위 피고의 입장과 서로 모순ㆍ저촉되는 것이라 할 수 없다. 즉, 본질적으로 성격이 상이한 각 비용을 통합하여 전체 비용을 합산한 후 부서별 매출 또는 인원수가 차지하는 비중에 따라 비용을 배분하고 그에 일정 이윤을 가산하여 정상가격을 산정하면서 도소매업을 영위하는 국내 일반 정보통신업체의 거래순이익을 비교대상으로 삼는 것은 합리적인 방법이라고 볼 수 없으므로, 거래순이익률방법에 따라 위와 같은 과정을 거쳐 정상가격을 산출하였다는 원고의 주장을 논리적으로 배척하는 국면과는 동일선상에서 파악할 수 없다. 다만, 위 피고는 원고가 외국법인의 국내 원천소득인 사용료에 대한 원천징수세액을 납부하지 않은 것만을 문제삼아 원고에게 사용료소득 원천징수납부 미이행에 의한 원천세 징수처분을 하였고 이에 대해 원고가 취소소송을 제기하여 현재 이 법원 2017구합55251, 55268, 55275, 2019구합69476, 2020구합86484호 등 다수의 소송이 계속 중에 있을 뿐이다). 반면에, 이 사건 경영관리수수료 지급에 관한 인적 용역거래는 원고로부터 CCC 그룹 계열사까지 연결되는 7단계 이상의 국내외 결재라인을 통하여 CCC 그룹 계열사의 경영관리ㆍ승인ㆍ서비스지원 기능과 원고의 영업 관련 마케팅 기능 등이 고도로 밀접하게 통합되어 발생하는 인적 용역거래로서 그 비용도 간접청구방식으로 지급되는 등 거래되는 재화와 용역의 종류 및 특성, 각 기업이 수행하는 기능, 지급조건과 방식, 비용의 원가구조 등이 본질적으로 유사하다고 볼 수 없으므로 비교가능성도 일괄적으로 동일선상에서 파악할 수 없다.

            결국, 한 회사가 다양한 특수관계 거래를 하여 그 통합거래를 기준으로 독립기업의 거래와 비교하는 것이 적절하지 않다면, 회사 전체의 발생 비용을 기준으로 거래순이익률방법을 적용하는 것은 적절하지 않다.

            ③ 거래순이익률방법은 국제거래의 당사자가 비특수관계인과 같은 유형의 거래를 하거나 비특수관계인 상호 간에 같은 유형의 거래를 함으로써 실현한 영업이익을 기초로 정상가격을 산출하는 방법이다. 그런데 이 사건 경영관리수수료 및 이자비용은 CCC 그룹의 LOB Charge 시스템의 운용을 통해 간접적으로 배분되는 비용으로서 원고가 CCC 그룹의 계열사 이외의 비특수관계인과 유사한 거래를 함으로써 해당 비용을 발생시킬 가능성이 상당히 낮을 뿐만 아니라, CCC 그룹 외 제3자 간에 그와 같은 유사한 형태의 비교가능 거래를 함에 따라 실현되는 영업이익률을 확인하기도 어렵다.

            ④ 한편, 원고는 비교대상회사로 2011 사업연도 25개, 2012 사업연도 23개, 2013 사업연도 27개를 각 제시하고 있으나, 위 각 회사는 한국표준산업분류 코드에 의하여 분류된 컴퓨터 및 주변장치, 소프트웨어 도매업, 시스템 응용 소프트웨어 개발 및 공급업, 컴퓨터시스템 통합 자문 및 구축ㆍ관리업, 기타 정보기술 및 컴퓨터 운영 관련 서비스업을 다국적기업의 지원과 상관없이 독자적으로 영위하는 국내 중소 정보통신기업으로서 이들의 일반적인 도소매 국내외 판매 등 거래는 다국적기업인 CCC 그룹의 계열사인 원고의 해당 거래와 유사하다고 평가하기 어렵다. 즉, 기업 데이터베이스 관련 소프트웨어 분야에서 전 세계적으로 독보적 지위를 누리는 국외특수관계인인 CCC 그룹의 계열사 상호 간에 다양한 경영관리 등의 용역서비스가 제공됨으로써 원고가 그에 대하여 이 사건 경영관리수수료를 지급하는 한편, 해외 특수관계인 DDDDD으로부터 라이선스 허여계약 등을 통하여 취득한 소프트웨어, 하드웨어 판매권을 대부분 총판ㆍ대리점 등 파트너사에 재허여하여 간접판매하거나 소프트웨어 및 하드웨어 등을 수입하여 국내 소비자에게 일부 판매하는 등의 형식을 취하는 원고의 거래와 비교해 볼 때, 사업활동의 기능과 규모, 사업구조와 외형(매출액, 근무인원 및 인적 구성, 급여체계), 재화와 용역의 특성, 원가구조, 경제 여건, 거래에 수반되는 위험 등에 있어 본질적으로 유사하다고 볼 수 없다. 이러한 차이가 영업이익률에 미치는 영향도 작지 않을 것이므로, 비교가능성이 높다고 평가하기 어려운바, 위와 같은 비교대상 국내 회사와의 비교를 통하여 원고에게 적용할 영업이익률의 정상 범위를 산정하는 것은 적정하다고 평가하기 어렵다. 더구나 2011~2103 각 사업연도 이전가격보고서에 명시된 비교대상 업체 중 주식회사 VVVVV은 2010~2013 각 사업연도에 원고로부터 약 1,900억 원가량의 재화 또는 용역을 공급받아 이를 제3자에게 공급한 총판으로 기능한 업체이어서 비교대상회사 선정에 있어서의 신뢰도가 상당히 떨어진다(재고자산과 순매출채권의 보유 수준의 차이를 조정하는 것만으로 비교되는 상황 간의 차이로 인한 순이익이나 가격의 차이가 합리적으로 제거된 것이라고 볼 수 없어 이 사건 경영관리수수료 거래에 대한 거래순이익률방법의 적용이 적합성이 높다고 보기도 어렵다).

            ⑤ 원고는 이 사건 소송절차 변론종결 이전인 2020. 9. 22.에 갑 제16호증(Search for Comparable Service Providers)을 제출하면서 IT 서비스, 일반행정 및 지원 서비스, 마케팅 서비스 등의 거래를 하는 북미 소재 업체를 선정하여 비교가능 대상회사로 제시하였으나, 그 작성 경위와 내용, 이익가산율의 적정성과 신뢰성 등에 비추어 증거가치가 높다고 보기 어렵다.

            ⑥ 원고와 같이 CCC 그룹 내 여러 특수관계기업들과 매입과 매출 양면에 걸쳐 여러 종류의 국제적 용역거래를 수행하는 상황에서 순이익을 조정해야 하는 경우, 특수관계기업들 중 어느 기업의 어떤 용역거래의 이익을 조정하여야 하는지가 불확실하기 때문에 이러한 특성의 거래에 대해 거래순이익률방법을 적용하여 정상가격을 산정하는 것은 합리적인 방법이라고 보기 어렵다(거래의 일방이 통상적인 기여를 하는 경우 비교대상 역시 여러 가지 통상적인 기여를 할 것이어서 거래순이익률방법을 적용하여도 비교가능성 요건을 충족하기 쉬우나, 원고와 CCC 그룹 계열사 사이의 인적 용역거래는 일방의 기여로 이루어지는 거래가 아니고 쌍방 거래당사자가 공동으로 고유하고 특수한 기능적 기여를 결합하여 이익을 창출하는 것이므로 거래순이익률방법이 적정하다고 볼 수 없다).

            ⑦ 요컨대, 이 사건 경영관리수수료 등은 원고와 100여 개의 CCC 그룹 계열사들이 상호 간에 경영관리용역 등을 주고받은 대가를 일괄적으로 집계ㆍ배분한 뒤 원고가 DDD에 일괄하여 지급하는 방식으로 간접배분된 것으로, 거래순이익률방법 선택을 위하여 고려되어야 할 사항인 일반적으로 신뢰성 있는 적정한 비교가능 독립기업 거래나 비교가능 제3자 가격을 확인하기 어렵다.

    4) 피고의 정상가격 계산방식(거래순이익 산정 및 상대적 공헌도 측정)에 관한 판단(위법)

      가) 인정 사실

        앞서 든 증거들과 을 제15, 18, 19호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

       (1) 피고들은 이익분할방법을 적용하여 아래 , , , 내역과 같이 ⁠‘원고의 영업이익’과 ⁠‘원고가 국외특수관계인인 CCC 그룹 계열사들에 지급한 이 사건 경영관리수수료(LOB Charge)’를 합산한 금액을 원고의 2011~2013 사업연도 인적 용역제공에 따른 거래순이익(원고가 국외특수관계인이 개발한 소프트웨어 등을 국내에 도입하여 국외특수관계인의 경영관리용역 서비스지원을 받아 고도로 통합된 판매활동 및 마케팅 등을 수행하면서 실현한 거래순이익)으로 파악하여 그 합계 약 3,056억 원을 분할대상 이익으로 산정하였다.

        (2) 피고들은 이 사건 경영관리수수료 지급에 관한 인적 용역거래와 관련한 거래순이익의 합리적인 배부기준으로 원고와 CCC 그룹 계열사가 거래순이익 실현을 위해 투입한 각자의 인건비와 기타 판매비 및 일반관리비(재라이선스수수료, LOB Charge 제외)의 상대적 비율을 배분기준으로 삼았다. 그에 따라 피고들은 원고의 기여도를 ⁠‘각 사업연도별 원고의 인건비, 기타 판매비 및 일반관리비의 총액(원고 기여금액)과 경영관리수수료 지급액 중 이익가산(mark-up) 부분을 제외한 원가 상당액(계열사 기여금액)의 합산액에서 원고의 인건비 기타 판매비 및 일반관리비 합계액이 차지하는 비율’로 산출하였다.

          그 결과 아래 내역과 같이 원고의 각 사업연도 기여도(2011년 76.6%, 2012년 71.4%, 2013년 73%, 평균 73.7%)를 제외한 나머지 CCC 그룹 계열사의 기여도 비율(2011년 23.3%, 2012년 28.6%, 2013년 27%, 평균 26.3%)에 따른 금액만을 국외특수관계인에 대하여 분할대상 이익인 거래순이익으로 분배하는 것이 구 국제조세조정법 시행령 제4조 제1항 제2호가 정한 합리적인 배부기준(원고 73.7%:CCC 계열사 26.3%)에 부합하는 것이라고 판단하였다.

        (3) 피고들은 위와 같이 분할대상 거래순이익(약 3,056억 원)과 상대적 기여도(공헌도)를 산출한 다음, 아래 , 내역과 같이 국외특수관계인의 기여도(평균 26.3%)를 초과하여 지급한 금액이 약 1,040억 원(= 손익계산서 기준 LOB Charge 1,835억 원 – 정상가액 795억 원)에 해당함을 확인하였다. 그러나 한편, 이 사건 재조사에 의하여 ⁠‘14.2%의 비교적 높은 영업이익률을 나타낸 2011 사업연도 귀속 이전소득금액은 당초 부인금액 약 273억 원에서 약 107억 원(세액 약 37억 원 환급)을 감액하여 약 166억 원(= 당초 부인액 273억 원 – 107억 원)으로 산정하고, 2012~2013 각 사업연도 귀속 이전소득금액은 당초 부인액을 한도로 이전가격을 조정하지 않는 것으로 결정하였다.

        (4) 피고들이 2011 사업연도 귀속 경영관리수수료 약 107억 원을 감액하는 것으로 과세조정함에 따라 피고들의 손금 부인금액이 당초 경영관리수수료 약 890억 원에서 이 사건 경영관리수수료 약 783억 원으로 조정되었는바(당초 부인율 평균 51.2%→이 사건 재조사 시 손금 부인율 평균 42.7%), 경영관리수수료 지연 지급으로 인하여 발생한 이자비용 역시 위 소득조정액 비율에 따라 아래 , 각 내역과 같이 당초 부인금액 약 29억 원에서 약 28억 7,000만 원으로 3,000만 원을 감액하는 것으로 과세조정되었다.

      나) 정상가격 계산방식에 관한 관련 규정 등

        (1) 구 국제조세조정법 제4조 제1항, 제5조 제1항, 제2항, 같은 법 시행령 제5조 제1항, 제6조 제2항 규정의 문언 내용과 취지 등을 종합하여 보면, 과세관청이 거주자의 국외특수관계인과의 거래에 대하여 구 국제조세법 제4조 제1항을 적용하여 정상가격을 기준으로 과세처분을 하기 위해서는 납세의무자에 대한 자료제출 요구 등을 통하여 수집한 자료를 토대로 비교가능성 등을 고려하여 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하여야 하고, 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에는 그 차이를 합리적으로 조정하여 정상가격을 산출하여야 하며, 과세처분의 기준이 된 정상가격이 이와 같은 과정을 거쳐 적법하게 산출되었다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에 있다(대법원 2012. 12. 26. 선고 2011두6127 판결 참조).

        (2) 구 국제조세조정법 시행령 제4조 제1항은 ’정상가격 산출방법으로 이익분할방법을 적용할 때 다음 각 호의 사항을 고려하여야 한다.‘고 규정하면서 ’1. 거래 양쪽이 함께 실현한 거래순이익은 제3자와의 거래에서 실현한 매출액에서 매출원가 및 영업비용(판매비와 일반관리비)을 뺀 금액으로 한다.‘(제1호), ’2. 합리적인 배부기준은 거래당사자가 수행한 기능의 상대적 가치, 영업자산, 유형ㆍ무형의 자산 또는 사용된 자본 등 각 목에서 정한 4가지 기준과 각 기준이 거래순이익의 실현에 미치는 중요도에 따라 측정한다.‘(제2호), ’3. 거래순이익을 상대적 공헌도에 따라 배부할 때에는 거래 형태별로 거래당사자들의 적절한 기본수입을 우선 배부하는 경우를 포함한다.‘(제3호), ’4. 상대적 공헌도는 유사한 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래에 적용될 것으로 판단되는 배부기준에 따라 측정한다.‘(제4호)를 열거하고 있다. 그리고 같은 법 시행령 제6조의2 제1항은 ’거주자와 국외특수관계인 간의 경영관리, 금융자문, 지급보증, 전산지원 및 기술지원, 그 밖에 사업상 필요하다고 인정되는 용역거래의 가격이 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 용역거래의 가격인 경우에는 그 거래가격을 정상가격으로 보아 손금으로 인정한다.‘고 규정하면서, ’1. 용역 제공자가 사전에 약정을 체결하고 그 약정에 따라 용역을 실제로 제공할 것‘(제1호), ’2. 용역을 제공받은 자가 제공받은 용역으로 인하여 추가적으로 수익이 발생하거나 비용이 절감되기를 기대할 수 있을 것‘(제2호), ’3. 제공받은 용역의 대가가 법 제5조 및 이 영 제4조부터 제6조까지의 규정에 따라 산정될 것.‘(제3호), ’4. 제1호부터 제3호까지의 사실을 증명하는 문서를 보관ㆍ비치하고 있을 것‘(제4호)을 열거하고 있다.

      다) 구체적인 판단

        위 인정 사실과 더불어 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 앞서 본 관련 규정 등에 비추어 살펴보면, 피고가 이익분할방법에 따라 이 사건 경영관리수수료의 이전가격에 관한 정상가격을 산출하는 과정에서 CCC 그룹 계열사의 경영관리용역의 원가(cost)를 부당하게 반영하지 않아 분할대상 이익인 거래순이익을 원고에게 불리하게 과다하게 잘못 산정하고, 원고에 대한 배부비율 내지 상대적 공헌도 또한 잘못 과다 확정한 위법사유가 인정된다.

        따라서 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있고, 이와 전제가 다른 피고들의 쟁점처분은 구 국제조세조정법 시행령 제4조 제1항, 제6조의2의 규정을 위반하여 위법하다.

        (1) 거래순이익 산정의 오류

          (가) 피고들은 CCC 그룹 계열사가 개발한 소프트웨어, 하드웨어 등을 원고가 국내에 도입하여 국외특수관계인의 경영관리용역 등 다양한 서비스 지원을 받아 고도로 통합된 판매활동을 수행하는 등 공동의 특수한 기여로 수익을 창출한다고 보아 상대적 공헌도 분석에 따라 분할해야 할 이익을 앞서 본 기재 계산식과 같이 산출한 원고의 영업활동으로 실현된 거래순이익으로 판단하였다. 그런데 피고들은 앞서 본 , 내역과 같이 정상가격의 산출방법으로 이익분할방법을 선택하여 원고의 2011~2013 사업연도 경영관리용역 대상거래의 정상가격을 구체적으로 계산하는 과정에서, CCC 그룹 계열사들의 이 사건 경영관리수수료 원가 부분(cost, 영업비용)을 차감하지 않은 채 분할대상인 거래순이익을 산정하였다. 이와 같은 판단은 ’거래 양쪽이 함께 실현한 거래순이익에 대해 매출액에서 매출원가 및 영업비용(판매비와 일반관리비)을 뺀 금액으로 산정하도록 규정한 구 국제조세조정법 시행령 제4조 제1항 제1호‘ 및 ’거래순이익 배분 시 적절한 기본수입을 우선 배부하도록 규정한 같은 항 제3호‘를 각 정면으로 위반한 것인바, 결과적으로 같은 법 시행령 제6조의2 제1항 제3호 전단, 제4조 제1항의 규정을 충족하지 못하여 피고들의 계산방식에 의한 거래가격은 원고와 CCC 그룹 계열사 간에 수행된 용역거래의 정상가격으로 인정하기 어렵다.

             따라서 위 규정에 부합하는 아래 기재 정당한 계산식에 따라 CCC 그룹 계열사들의 이 사건 경영관리수수료

원가 부분(영업비용)을 차감하되 이익가산 부분을 반영하여 거래순이익을 산정하는 것이 타당하다.

          (다) 원고의 이 사건 경영관리수수료가 피고들이 이익분할방법에 따라 산출한 정상가격의 범위를 초과한다는 이유로 구 국제조세조정법 제4조에 의한 과세조정의 필요가 인정된다면, 피고들이 취할 수 있는 최대 손금부인액은 아무리 크게 잡아도 CCC 그룹 계열사들의 상대적 공헌도가 전무(全無)하다고 볼 비현실적인 경우로서 이익가산(mark-up) 부분인 약 115억 원(청구액 기준) 내지 약 122억 원(손익계산서 기준) 정도라고 할 수 있다. 이를 넘어서서 CCC 그룹 계열사의 원고에 대한 경영관리용역 서비스의 원가, 즉 영업비용(판매비와 일반관리비) 부분에 대해서는 과세조정의 대상이 될 수 없음이 원칙이다. 그럼에도 피고들은 이 사건 경영관리수수료 약 783억 원이 정상가격을 초과한 이전가격으로서 과세조정 대상에 해당한다고 보아 손금산입을 부인하였는바, 이익분할방법에 의한 정상가격 산출과정에 있어 피고들이 채택한 거래순이익 계산방식 내지 산정방식은 위법하다.

          (라) 선행 사건의 확정판결에서 판단된 것과 마찬가지로, 이 사건 이전소득금액통지처분의 과세기간인 2011~2013 각 사업연도 역시 CCC 그룹 계열사들의 원고에 대한 경영관리용역 제공의 실재성, 소득과의 합리적 관련성, 배부기준의 합리성이 인정되는바, 분할대상 이익인 거래순이익 산정에 있어 원고의 영업비용은 차감하면서도, CCC 그룹 계열사들이 지출한 영업비용은 차감하지 않을 다른 합리적인 이유나 법적 근거가 없다. 원고가 CCC 그룹 계열사로부터 경영관리용역을 제공받지 않았다면 추가적인 인건비 등 영업비용을 부담하였을 것이 명백한바, 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래에 있어서 분할대상 거래순이익을 산정함에 있어 일방 거래당사자의 영업비용이 차감되지 않음으로써 비용 원가 이하로 사실상 손실을 감수하면서까지 거래에 임할 것이라고는 선뜻 기대하기 어렵다(마스터서비스계약, LOB Charge 시스템의 기능 및 간접청구방식 등 CCC 그룹 계열사의 경영관리용역 서비스 제공 및 비용 정산에 관한 기본적인 운영 체계는 크게 변동된 것이 없는 것으로 보인다). 피고들이 선택한 위와 같은 계산방식 자체는 2010년 OECD 이전가격 가이드라인 7.29 문단의 규정(’그룹 내부 용역과 관련하여 정상가격을 결정하는 경우, 용역 제공자와 용역수취자 모두의 관점에서 검토가 이루어져야 하는바, 용역수취인 입장에서의 용역가치, 비교가능 독립기업이 그 용역에 대해 지급하였을 대가 금액뿐만 아니라, 용역 제공자의 비용 원가도 고려되어야 한다’는 취지)에도 위배된다. 분할대상 이익인 거래순이익을 산정함에 있어 원고 역시 영업비용을 법인세 과세표준에서 차감한 마당에는, 설령 CCC 그룹 계열사의 경영관리용역 원가 상당액이 국외 계열사의 법인세 과세표준 및 세액 산정 시 이미 차감되었다 할지라도 달리 볼 수 없음은 마찬가지이다.

          (마) 이전가격의 정상가격 산출방법과 관련하여 국외특수관계인과 국제거래를 행하는 납세의무자는 국제거래명세서를 제출하고 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하여 선택된 방법과 이유를 과세표준 및 세액의 확정신고 시 제출할 의무를 부담하며 관련 자료를 비치ㆍ보관할 의무를 부담한다(구 국제조세조정법 제11조, 제12조, 같은 법 시행령 제7조 참조). 위와 같은 규정의 내용과 취지에 비추어, 납세의무자의 협력 없이 과세관청이 스스로 정상가격의 범위를 찾아낼 의무를 무조건 부담한다고 볼 것은 아니다. 하지만 국제거래에서의 관련 자료 확보상의 현실적 한계를 충분히 감안하면, 납세의무자가 일응의 관련 소명자료를 제출함으로써 입증활동을 다하였다고 평가할 수 있는 마당에는, 그 자료의 신뢰성을 전적으로 배척할 만한 특별한 사유가 없는 이상, 과세관청으로서는 제출된 자료를 분석ㆍ검토하는 등의 최선의 노력을 다하여 국외특수관계인과의 이전가격에 관한 정상가격을 산정하기 위한 전제적 사항을 확정하는 것이 마땅하다. 이와 달리 위와 같은 시도를 하지 아니한 채, 단순히 제출된 소명자료의 내용이 다소 미흡하다거나 불충분하다는 사유만으로 납세의무자가 입증활동을 전혀 하지 않은 것이라고 평가하여, 과세관청이 부담하는 입증책임이 납세의무자에게 곧바로 전환된다거나 혹은 과세관청이 확정해야 하는 과세요건사실에 관한 전제적 사항(다국적기업의 영업비용 원가 등)의 부존재를 막연히 추정하여 아무런 합리적 이유 없이 정상가격을 납세의무자에게 불리하게 산정하는 것은 정당하다고 평가하기 어렵다. 이 사건에서, ① 원고는 장기간의 세무조사를 거치면서 CCC 그룹 계열사들이 지출한 경영관리용역에 관한 영업비용 지출 증빙자료 및 위 비용이 구 국제조세조정법상 정상가격의 범위 내에 속한다는 사실을 입증하기 위한 여러 소명자료를 제출하였고, 그 일부를 모아서 이 사건 소송절차에서 갑 제15호증을 증거로 제출한 점, ② 피고들은 원고가 제출한 위와 같은 소명자료와 더불어 원고 측 14명의 임직원을 포함하여 CCC 그룹 계열사 임직원 총 85명에 대한 인터뷰 자료(갑 제7호증, 을 제32호증), 관련 파일 자료(을 제34호증), 이전가격보고서(갑 제11, 12, 17호증), 2011~2013 사업연도 경영관리수수료 발생비용 자료(LOB Charge List, LOB Charge Summary 총괄표, 청구금액 집계표), 2011~2013 사업연도 내부사업부문 손익계산서 등 자료, 수수료 배부기준 및 배부대상 원가 명세(원고는 선행 사건에서 이미 입증된 수수료 원가 집계, 배부구조, 각 국가별 발생 비용의 집계ㆍ배부 전체 엑셀파일 출력물, 원가 증빙, APEC TAX팀 경비배분내역 등 관련 자료를 이 사건 각 처분 이전 세무조사 과정에서도 제출하였다), ⁠[별지2] 목록 14개 항목별 세부내역과 증빙자료, 인보이스와 지급명세서 등 비용 관련 문서, 국제거래정보통합보고서(구 국제조세조정법 제11조 제2항) 등 원고들의 협조와 영치 조사 등 최선의 노력으로 확보한 여러 자료를 토대로 앞서 본 기재와 같이 CCC 그룹의 계열사들이 지출한 경영관리수수료의 원가를 대략적이나마 산출하여 확정한 것으로 보이는 점(지급 총액 및 원가가산율로 원가를 역산 내지 추산하였다 하더라도 마찬가지이다), ③ 그럼에도 피고들은 CCC 그룹의 계열사들이 지출한 이 사건 경영관리수수료의 원가를 기여도(상대적 공헌도) 산정에 있어서는 기재와 같이 그대로 인정하는 전제에서 이를 반영하는 반면, 거래순이익 산정에 있어서는 이를 차감ㆍ반영하지 않은 채 원고가 그 원가 내역을 밝히지 못하였다고 탓하며 다소 모순된 입장을 취하기도 한 점, ④ 피고들이 외국법인의 국외 원천소득으로 보아 원천징수 대상에서 제외된다고 보는 이 사건 경영관리수수료에 대하여 이익분할방법에 의한 정상가격을 산출하는 과정에서, 원고를 포함한 CCC 그룹 계열사들이 간접청구방식으로 관련 경비를 상호 간에 내부적으로 어떠한 방식에 따라 산정ㆍ배분한 것인지가 반드시 규명되어야 한다고 볼 만한 근거도 다소 불명확한 점, ⑤ 경영관리수수료 및 이자비용에 관한 업무처리 및 관련 증빙자료 보관은 대부분 국외에서 이루어지고 원고 측 임직원들이 관련 회계장부 등에 계상되는 절차나 상세 내역을 파악할 수 없는 현실적인 한계 내지 부득이한 사유가 있어 피고들이 지적하는 원고 측 자료들이 원고의 지배영역 안에 있어 그 제출이 용이한 것이라고 평가하기도 어려운 점, ⑥ 원가계량이 불가능하거나 실제 수혜자들이 받은 원가를 특정하여 배분하는 것이 곤란한 경우에 채택되는 이른바 ⁠‘간접청구방식’에 의한 경영관리수수료의 구체적인 내역 산정에 있어서는 다소간의 추정과 개산이 불가피한 측면도 있음을 아울러 고려할 필요가 있는바, 원고는 선행 사건에서는 물론이고, 이 사건에서 경영관리수수료의 간접청구방식의 현실적 필요성, 용역 제공의 실재성, 배부기준의 합리성에 대해 상당한 정도로 입증을 다한 것으로 보이므로, 이에 대하여는 피고들이 원고가 밝힌 사실관계를 기초로 원고가 지급한 이 사건 경영관리수수료의 원가(영업비용)의 부존재 내지 원고 제출 자료의 허위를 인정할 만한 사유를 적극적으로 증명하는 것이 옳은 점(이전가격 세제에 있어서 정상가격 산정의 난해함으로 인해 납세의무자의 협력이 중요하고 형평의 관념상 증명책임의 적절한 분배가 필요하기는 하나, 그러나 그렇다고 하여 피고 BB지방국세청장이 이 사건 이전가격통지처분을 함에 있어 아무런 합리적 근거나 이유 없이 정상가격 산정 요소에 관한 증명책임을 납세의무자에게 귀속시킨 결과를 초래한 것은 현저히 불합리하고, 과세관청에서 먼저 정상가격을 산출한 경우에 한하여 증명의 필요가 납세의무자에게 전환된다고 보는 것이 타당하다), ⑦ 피고들이 지적하는 바와 같이 2011~2013 각 사업연도 원고의 영업이익률이 급락한 것은 이 사건 경영관리수수료의 과다 인상ㆍ지급 때문이 아니라, 피고들이 전액 손금산입을 인정한 재라이선스수수료의 매출액 대비 비중과 상승폭이 컸던 것이 주요 원인이었던 것으로 보이는 점[앞서 본 기재와 같이 재라이선스수수료는 2011 사업연도 2,319억 원, 2012 사업연도 3,493억 원, 2013 사업연도 4,088억 원 등으로 총매출액의 절반 이상을 차지하며 그 평균 비중이 선행 사건(2006~2010 사업연도) 약 0.37%에서 이 사건(2011~2013 사업연도) 약 0.49%로 상승하였다. 반면, 경영관리수수료의 매출액 대비 비중은 선행 사건의 평균 약 13.3%에서 이 사건의 평균 약 9.1%로 감소하였다], ⑧ 이 사건 이전소득금액통지처분에 관한 과세연도인 2011~2013 각 사업연도 경영관리수수료의 정상가격에 관한 자료 미제출 또는 일부 제출로 원고가 부과받은 과태료는 5,000만 원 1건에 불과하고, 2020. 12. 30.자 조세심판원 기각결정이 난 후속기간인 2014~2018 각 사업연도 경영관리수수료의 정상가격에 관한 자료 미제출 또는 일부 제출로 원고가 과태료 92건 총 18억 4,000만 원을 부과받은 것인바(자료제출 의무 불이행에 대한 제재로서 과태료 상한액은 2010. 12. 27. 이후부터 현재까지 1억 원으로 동일하다), 후속기간의 과세처분에 대응한 원고의 입증활동 내역을 그와 무관한 이 사건 각 처분에 대한 원고의 입증활동과 결합하여 평가할 수 없는 점 등 제반 사정에 비추어 보면, 피고들이 분할대상 이익인 거래순이익 산정에 있어 위 계열사들이 지출한 영업비용을 차감하지 않은 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수도 없다.

        (2) 상대적 공헌도(배부비율) 확정의 오류

          (가) 구 국제조세조정법 시행령 제4조 제1항은 제2호는 이익분할방법을 적용할 때 고려해야 할 합리적인 배부기준에 대하여 ⁠(가)목에서 ’사용된 자산 및 부담한 위험을 고려하여 평가된 거래당사자가 수행한 기능의 상대적 가치‘, ⁠(나)목에서 ’영업자산, 유형ㆍ무형의 자산 또는 사용된 자본‘, ⁠(다)목에서 ’연구ㆍ개발, 설계, 마케팅 등 핵심 분야에 지출·투자된 비용‘, ⁠(라)목에서 ’그 밖에 판매증가량, 핵심 분야의 고용인원 또는 노동 투입시간, 매장 규모 등 거래순이익의 실현과 관련하여 합리적으로 측정할 수 있는 배부기준‘을 열거하고 있다.

          (나) 피고들은 이 사건 경영관리수수료에 관한 용역거래와 관련한 거래순이익의 배부기준을 확정함에 있어, 인적 기능과 수행하는 활동이 원고와 CCC 그룹 계열사의 결합이익 창출에 가장 중요한 요소가 된다고 판단하였다. 그 결과, 앞서 본 기재와 같이 원고와 CCC 그룹 계열사가 각자 투입한 인건비와 기타 판매비 및 일반관리비(재라이선스수수료, LOB Charge 제외)를 기초로 원고의 기여도를 3년 평균 73.7%(합계 4,731억 원), CCC 그룹 계열사의 기여도를 3년 평균 26.3%(합계 1,712억 원)로 산출하였다.

          (다) 그러나 원고가 CCC 소프트웨어나 하드웨어 제품을 판매하는 과정에서 발생한 영업비용(판매비와 일반관리비로서 여기에는 급여, 외주용역비, 접대비, 임차료, 판매촉진비, 감가상각비, 수선유지비, 통신비, 여비교통비, 구조조정비, 수도광열비, 도서인쇄비, 대손상각비, 세금 등 공과금, 잡비, 운반비, 전산소모품비, 사무용품비, 보험료, 교육훈련비 등이 포함된다)과 CCC 그룹 계열사들이 경영관리용역 서비스를 제공하면서 지출한 영업비용의 각 구체적인 항목과 성격 및 내용, 기본적인 업무환경의 여건, 아래 기재와 같은 CCC 그룹 계열사의 원고에 대한 본질적인 용역제공의 기능과 역할, 상대적 가치 및 그에 따른 거래순이익 실현에 미치는 중요도 등에 비추어, 각 영업비용의 질적 가치가 동등하다는 전제에서 거래당사자의 각 영업비용의 합산액을 산술적으로 비교하여 상대적 공헌도를 측정하는 것은 합리적인 판단이라고 볼 수 없다.

          (라) 오히려 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고의 소프트웨어 및 하드웨어 판매 영업활동을 위해 CCC 그룹 계열사의 다양한 용역 제공이 필요한바, ⁠[별지2] 목록 기재와 같이 원고가 CCC 그룹 계열사로부터 제공받는 소프트웨어 라이선스, 컨설팅, 제품 유지보수, 추가 유지보수, 정보기술, 고급고객서비스, 교육, 마케팅, 일반관리 등 다양한 방면의 용역부문에서 원고가 독자적으로 수행할 수 없는 업무가 상당한 점, ② 설령 원고가 독자적으로 수행할 수 있는 업무가 일부 있다 하더라도, CCC 그룹 계열사의 도움이나 협업이 전제되어야 효율적으로 잘 운영될 수 있는 업무가 대부분인 점, ③ 거래고객의 요청에 부응하여 국제적으로 표준화된 품질의 서비스를 제공하기 위해서는 CCC 그룹 계열사의 용역 제공이 반드시 필요한 점, ④ 위 기재와 같이 원고의 조직과 소속 임직원들의 노력만으로는 원고의 주요 고객들이 원하는 수준의 모든 기술용역을 완벽하게 처리할 능력을 갖추고 있지 못하고, CCC 그룹 계열사의 도움을 받아야만 고객맞춤 서비스를 충족시킬 수 있게 되는바, CCC 그룹의 기여도 산정에 있어 상대적 가중치를 부여하여 기여도를 합리적으로 측정할 필요가 있는 점[구 국제조세조정법 시행령 제4조 제1항 제2호 ⁠(가)목 참조], ⑤ 인적 용역거래를 통하여 실현한 결합이익의 평가에 있어 해당 인력 및 인원의 지식과 기술 및 수행하는 집단의 활동이 중요한 요소로 작용하는 것은 맞으나, 이 사건에서 CCC 그룹 계열사가 원고에게 제공하는 경영관리용역은 단순하고 전형적인 인적 용역이 아니라, 고유하고 가치 있는 유ㆍ무형의 자산이 투입되어 수행된 용역으로서 고급 기술력을 보유한 인적 기능 외에 그 전제가 되는 전 세계 각지의 컴퓨터 원격시스템 등 물적 설비, 그리고 이를 위한 지속적인 연구ㆍ개발 투자 또한 어느 정도 뒷받침되지 않고서는 위와 같은 양질의 용역서비스 수행 자체가 불가능할 것으로 보이므로, 이러한 요소도 상대적 공헌도 내지 상대적 가치에 반영하여 배부비율을 합리적으로 조정할 필요가 있는 점[구 국제조세조정법 시행령 제4조 제1항 제2호 ⁠(나), ⁠(다)목 참조. 원고가 국내 시장에서 강력한 영업력을 갖고서 판매영업에 주력하며 고유의 마케팅 무형자산을 기능적으로 활용한 사정을 고려하면 원고의 기여도가 CCC 그룹 계열사의 기여도를 상회할 것은 명백해 보이나, 그렇다고 하여 쌍방이 투입한 기능적 활동이 동등한 가치를 지닌다고 파악하여 배부기준인 인건비 및 기타 판매비와 일반관리비의 합산액으로 단순 비교하는 것은 현저히 불합리하고, CCC 그룹 계열사의 본질적인 기여에 상대적 가중치를 부여하는 방법 등으로 CCC 그룹 계열사의 상대적 공헌도를 합리적으로 상향 조정할 필요가 있다]. ⑥ 동일ㆍ유사한 상황 및 거래조건에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 유ㆍ무형자산의 결합 등 고도로 통합된 사업활동에 대한 각자의 상대적인 가치 있는 기여도를 분석함에 있어 대상거래가 단순하고 전형적인 인적 용역의 거래가 아닌 이상, 쌍방 거래당사자가 대등한 지위에서 각자의 기여가 동등한 가치를 갖는다고 전제하여 각자의 인건비와 기타 판매비 및 일반관리비의 합산액으로 상대적 공헌도를 단순 측정할 것으로 기대하기는 어려운 점 등에 비추어 보면, 피고들이 채택한 거래순이익의 배부기준(인건비와 기타 판매비 및 일반관리비)의 요소 자체는 정당할지 모르나, 각자의 기여도에 대한 상대적 가치를 제대로 분석ㆍ측정하지 않은 채 동질ㆍ동등한 가치가 있다고 전제한 것은, 구 국제조세조정법 제4조 제1항 제2호를 위반하여 배부비율을 위법하게 확정한 것으로 ’합리적인 배부기준에 의하여 정당하게 측정된 거래당사자 사이의 상대적 공헌도‘라고 평가하기 어렵다.

    5) 소결론

      피고들이 이 사건 경영관리수수료에 대한 정상가격 산출방법으로 이익분할방법을 선택한 것 자체는 정당하다. 그러나 구체적인 계산방식 및 과정에서 CCC 그룹 계열사의 영업비용을 부당하게 차감하지 않아 분할대상 이익인 거래순이익을 과다 산정함과 아울러 CCC 그룹 계열사에 대한 배부비율을 과소 측정하여 그 상대적 공헌도를 실제보다 낮게 잘못 확정한 위법사유가 인정된다. 따라서 피고들의 쟁점처분은 위법하다.

  라. 취소의 범위

    1) 이 사건 각 처분 중 세금계산서 불부합과 관련된 부분인, ① ⁠[별지1] 목록 제1항 기재 이 사건 법인세 부과처분 중 2011~2014 각 사업연도 ’세금계산서 불부합 관련 세액‘란 법인세 합계 359,954,771원(가산세 포함) 부분, ② 같은 목록 제2항 기재 이 사건 부가가치세 부과처분, ③ 같은 목록 제4항 기재 이 사건 소득금액변동통지처분은 적법하다.

    2) 이 사건 각 처분 중 이 사건 경영관리수수료 및 그 증감에 연동하는 이 사건 이자비용과 관련된 부분으로서 피고들의 쟁점처분인, ① ⁠[별지1] 목록 제1항 기재 이 사건 법인세 부과처분 중 2011~2014 각 사업연도 ’이 사건 경영관리수수료 관련 세액‘ 란 법인세 합계 25,669,084,439원(가산세 포함) 부분 및 ② ⁠[별지1] 목록 제3항 기재 이 사건 이전소득금액통지처분에 대하여는 이 사건 변론종결 시까지 제출된 쌍방의 자료만으로는 그 정당한 세액 및 이전소득금액을 산출할 자료가 부족하다. 그뿐만 아니라, 이익분할방법에 따른 분할대상 이익인 거래순이익 산정 시 CCC 그룹 계열사의 영업비용을 차감하고 CCC 그룹 계열사의 상대적 공헌도를 제대로 측정하여 위 계열사에 대한 배부비율을 합리적으로 상향 조정할 경우, 이 사건 경영관리수수료 및 이자비용은 구 국제조세조정법상 정상가격을 초과하지 않을 개연성이 상당하다.

       결국 원고가 지급한 이 사건 경영관리수수료 및 이자비용의 이전가격은 구 국제조세조정법 제4조가 정한 정상가격에 의한 과세조정의 대상이 된다고 볼 수 없고 그 필요성도 인정되지 않으므로, 위와 같은 피고들의 쟁점처분은 전부 취소하기로 한다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 피고들에 대한 각 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 각 나머지 청구는 이유 없어 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2021. 02. 17. 선고 서울행정법원 2019구합82554 판결 | 국세법령정보시스템