요지

실시계획승인 등만으로는 기존 공공시설 무상귀속에 따른 자산수증익이나 그 원인 되는 권리 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙되었다고 볼 수 없고, 원칙적으로 개발사업 준공검사를 마친 시점에 기존 공공시설 무상귀속에 따른 자산수증익이 확정되었다고 봄이 타당

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

❷ 시행세칙 제76조의 표제와 제7항의 문언, 위 조항이 시행세칙 제7장 ⁠‘수익과 비용’ 부분에 규정되어 있는 점 등을 종합하면, 시행세칙 제76조 제7항이 예정원가 변경에 따른 수익과 비용 인식시기에 관한 규정이라는 것은 분명해 보인다.

❸ 반면 시행세칙 제79조는 그 문언 및 제119조와의 관계상 단위당 예정원가 확정 후 면적정산, 단가정산 등 사유로 해당 필지의 매출원가가 변경된 경우에 적용되는 것이고, 예정원가가 확정되기 전에 단지 예정원가가 변동된 경우에 적용되는 규정이라고 보기는 어렵다.

(6) 피고는 ⁠‘원고가 예정원가 변동분을 사후적으로 인식한 것은 법인세법이 손금으로 인정하지 않는 미확정 비용인 충당금 처리방법에 불과하고, 원고 주장은 회계상 충당금을 손금으로 인정해 달라는 것이어서 부당하다.’고 주장한다. 그러나 앞서 본 것처럼 이 사건 예정원가 변동분은 변동이 발생한 해당 사업연도에 이미 확정된 손금이므로, 피고가 이 부분 주장과 관련하여 인용하고 있는 법인세법상 대손충당금 등과 같이 확정되지 않은 비용과는 다르다. 후자의 경우 법인세법상 손금으로 인정할지 여부가 문제되나, 전자의 경우 확정된 손금으로서 그 귀속시기만 문제될 뿐이다. 피고의 이 부분 주장도 받아들이기 어렵다.

(7) 피고가 이 사건 결손금 감액처분을 하면서 예정원가 감액분을 해당 사업연도 수익으로 인식한 원고의 회계처리에 대해서는 아무런 세무조정을 하지 않았던 것역시 원고 주장에 부합하는 사정이다.

4) 소결론

쟁점1에 관한 원고의 주위적 주장은 이유 있다. 따라서 이 사건 결손금 감액처분과 경정거부처분 중 쟁점1에 관한 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

다. 쟁점2에 관한 판단 : 원고의 예비적 주장2 인용

1) 인정사실

가) 원고는 2010. 1. 1.∼2014. 12. 31. 사이에 실시(지구)계획 승인(인가)이나 개발행위 허가를 받아(이하 ⁠‘실시계획승인 등’) 별지3 기재와 같이 개발사업을 시행하였거나 시행하고 있다.

나) 별지3 기재 각 개발사업의 근거 법률에 따르면, 원고가 개발사업 실시계획 등에 따라 새로 공공시설을 설치하거나 기존 공공시설에 대체되는 공공시설을 설치한 경우, 개발사업 준공검사(인가)를 받고 해당 시설 관리청에 공공시설 종류와 토지 세목을 통지하면 그 통지한 날에 신설 공공시설은 국가와 지방자치단체에 무상으로 귀속되고 기존 공공시설은 원고에게 무상으로 귀속된다.

다) 원고는 개발사업 준공에 따라 국가 등에 귀속되는 신설 공공시설은 토지 등 매출원가로 자본화하여 토지 매출 인식 시점에 손금으로 산입해온 반면, 원고에게 귀속되는 기존 공공시설에 관해서는 아무런 회계처리를 하지 않았다.

라) 피고는 별지3 기재 개발사업 실시계획승인 등 시점인 2011∼2014 사업연도에 원고가 해당 사업지구 내 기존 공공시설을 무상으로 받은 것으로 보아, 아래 표5기재와 같이 그 자산수증익 합계 911,122,044,409원을 각 사업연도 익금에 산입하고, 그에 대응하여 위 각 기존 공공시설 가액 중 94,128,085,170원을 그 이후 사업연도의 수익(토지 매출) 인식 비율에 따라 손금으로 추인하였다. 이에 따라 피고는 그 차액 합계 816,993,959,239원(각 사업연도별 금액은 표5 차액란 및 표2 기재와 같다)만큼 결손금을 감액하거나 소득금액을 증액하여 원고의 2010∼2014 사업연도 과세표준을 경정하고 이 사건 결손금 감액처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 51∼54, 67, 68, 74∼102, 을 6, 변론 전체 취지

2) 원고 주장 요지

가) 주위적 주장

개발사업 시행에 따른 기존 공공시설 귀속은 신설 공공시설 귀속과 대가관계 내지 견련관계에 있어 유상거래에 따른 것이라고 보아야 하므로, 기존 공공시설 가액은 법인세법상 자산수증익에 해당하지 않는다.

나) 예비적 주장

(1) 예비적 주장1: 설령 원고가 국가 등으로부터 기존 공공시설 소유권을 이전받는 것이 무상거래라고 하더라도, 원고로서는 신설 공공시설을 국가 등에 무상으로 귀속시킨 것에 대한 보상 차원에서 기존 공공시설 소유권을 이전받은 것인 점 등을 고려하면, 신설 공공시설과 기존 공공시설 가액의 차액을 택지 조성원가로 자본화하는 것이 타당하고, 그와 별도로 기존 공공시설 가액을 자산수증익으로 보아 익금에 산입 하여서는 안 된다.

(2) 예비적 주장2: 기존 공공시설 귀속에 따른 자산수증익 귀속시기는 실시계획승인 등 시점이 아닌 준공 후 토지 등 세목 통지 시점으로 보아야 한다.

3) 주위적 주장 및 예비적 주장1에 관한 판단 ⁠(배척)

가) 구 법인세법 제15조 제1항은 ⁠‘익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.’라고 규정하고, 구 법인세법 시행령 제11조 제5호는 익금에 산입되는 항목의 하나로 '무상으로 받은 자산의 가액'을 규정하고 있다. 위 규정에 따라 익금산입 대상이 되는 '무상으로 받은 자산의 가액'에 포함되는 자산에 해당하는지 여부는 실질과세의 원칙에 따라 그 행위의 실질을 파악하여 판단하여야 한다(2002. 6. 11.선고 2001두4269 판결 등 참조).

나) ⁠‘무상으로 귀속된다’는 별지3 기재 근거법률(이하 ⁠‘도시개발법 등’)의 문언이나 체계 등에 더하여, 도시개발법 등에 따르면 신설 공공시설 무상귀속은 기존 공공시설 무상귀속을 전제로 하지 않는 점(즉 사업시행자 등이 용도폐지되는 기존 공공시설을 취득하였는지와 관계없이 신설 공공시설은 국가 등에 무상귀속된다) 등을 종합하여 보면, 기존 공공시설 취득을 교환에 의한 취득 또는 교환과 유사한 취득으로 보기어렵다. 그러한 취득이 신설 정비기반시설 귀속과 대가성 내지 견련성이 있어 유상취득의 실질을 갖는다고 보기도 어렵다. 따라서 도시개발법 등에 따라 사업시행자 등이 기존 공공시설을 취득하는 것은 무상 승계취득에 해당한다고 봄이 타당하다(대법원 2019. 4. 3. 선고 2017두66824 판결, 대법원 2020. 1. 16. 선고 2019두53075 판결, 헌법재판소 2013. 10. 24. 선고 2011헌바355 결정 등 참조).

다) 앞서 인정한 사실관계를 이러한 법리에 비추어 보면, 원고가 도시개발법 등에 따라 별지3 기재 사업구역 내 기존 공공시설을 국가 등으로부터 취득하는 것은 무상거래에 해당하므로 원고의 주위적 주장은 이유 없다. 또한 기존 공공시설 무상귀속은 신설 공공시설 무상귀속에 따른 사업시행자의 재산상 손실을 합리적인 범위에서 보전해주고자 마련된 제도일 뿐, 기존 및 신설 공공시설 귀속 사이에 대가관계 내지 견련관계가 있는 것은 아니므로, 양자는 별개의 거래 내지 법률원인으로 보아야 한다. 즉 기존 공공시설 무상귀속은 신설 공공시설 설치와는 별개인 자산수증익 취득으로 봄이 타당하다.

따라서 토지 매출원가에 산입되는 신설 공공시설 설치비용에서 기존 공공시설가액을 공제할 것은 아니다. 따라서 원고의 예비적 주장1도 이유 없다.

4) 예비적 주장2에 관한 판단 ⁠(인용)

가) 당사자들 주장

원고는 준공 후 토지 세목 통지 시점이 기존 공공시설 무상귀속에 따른 자산수증익 귀속시기라고 주장한다.

이에 대하여 피고는, ① 도시개발법 등에 따르면 실시계획승인 고시에는 무상귀속 대상인 기존 공공시설의 지번 등 토지세목이 모두 포함되고, 그 내용을 변경하려 면 별도의 실시계획 변경승인 절차를 거쳐야 하는 점, ② 실시계획승인 등을 위해서는 지정권자 등이 무상귀속과 관련된 관계기관과 협의하여야 하는 점, ③ 실시계획승인 등이 이루어지면 사업시행자는 무상귀속 대상 공공시설에서 개발사업을 진행할 수 있어 이를 실질적으로 사용․수익하는 지위에 서게 되는 점, ④ 실시계획에서 정한 것과 무상귀속 대상 등이 달라질 경우 후발적 경정제도를 통해 납세자의 권익을 보호할 수 있는 점 등을 고려할 때, 실시계획승인 등이 이루어진 시점이 기존 공공시설 귀속에 따른 자산수증익 귀속시기라고 주장한다.

나) 관련 법리

(1) 익금의 귀속사업연도는 그 익금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다(구법인세법 제40조 제1항). 앞서 본 것처럼 익금이 확정되었다고 하기 위해서는 소득 원인이 되는 권리가 실현가능성에서 상당히 높은 정도로 성숙되어야 하고, 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계에서는 익금이 확정되었다고 할 수 없다(대법원 2011. 9. 29. 선고 2009두11157 판결 등 참조).

(2) 법인 수익으로 되는 무상으로 받은 자산의 익금 확정시기는 그 수증재산을 받을 권리가 확정된 때가 속하는 사업연도이다. 수증재산에 관한 소유권이전등기를 마치지 않았더라도 이를 사실상 증여받은 때에는 증여재산 가액이 그 사업연도 익금으로 확정된 것으로 볼 수 있다(대법원 1985. 2. 26. 선고 84누133 판결 참조).

(3) 도시개발법 등에 따라 무상귀속 대상이 되는 기존 공공시설인지는 실시계획승인 등 시점을 기준으로 판단하므로, 사업지구 내 어느 토지가 무상귀속 대상이 되는 기존 공공시설에 해당하기 위해서는 실시계획승인 등 이전에 이미 적법하게 행정재산으로 된 경우라야 한다(대법원 2016. 5. 12. 선고 2015다255524 판결 등 참조).

다) 판단

다음과 같은 이유로 실시계획승인 등만으로는 기존 공공시설 무상귀속에 따른 자산수증익이나 그 원인 되는 권리 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙되었다고 볼 수 없고, 원칙적으로 개발사업 준공검사를 마친 시점에 기존 공공시설 무상귀속에 따른 자산수증익이 확정되었다고 봄이 타당하다. 따라서 실시계획승인 등 시점에 자산수증익이 확정되었음을 전제로 한 이 사건 결손금 감액처분은 위법하다. 이를 지적하는 원고의 예비적 주장2는 이유 있다.

❶ 익금이 확정되었다고 하기 위해서는 소득 원인이 되는 권리가 단지 성립한 것으로는 부족하고, 실현가능성에서 상당히 높은 정도로 성숙되어야 한다. 그런데 실시계획승인 등에 따라 무상귀속 대상 기존 공공시설이 일응 확정되기는 하지만, 실시계획은 언제든지 변경될 가능성을 내포하고 있다. 실제로 실시계획 변경에 따라 무상귀속 대상 기존 공공시설이 변경되는 경우를 쉽게 찾아볼 수 있다. 나아가 실시계획승인 단계에서는 관리청과 추가 협의를 조건으로 기존 공공시설을 무상귀속 대상으로 정하는 경우가 적지 않고, 조합 등이 사업시행자인 경우 개발사업 자체가 취소․폐지되어 무상귀속 자체가 이루어지지 않는 경우도 드물지 않다. 이와 같은 변동가능성 등을 고려할 때, 실시계획승인 등만으로 원고의 기존 공공시설을 무상귀속 받을 권리가 실현가능성에서 상당히 높은 정도로 성숙되었다거나 원고가 기존 공공시설을 사실상 증여 받았다고 보기 어렵다.

❷ 실제로 별지3 기재 개발사업 중 2020. 5.경을 기준으로 준공검사가 완료된 사업은 4개인데, 그 4개 사업지구의 실시계획승인 당시 및 준공검사시 무상귀속 대상 토지 면적을 보면 아래와 같이 여수엑스포지구를 제외하고는 그 변동 폭이 15.8∼22.5%로 상당히 크다(갑 51∼54, 74∼100, 변론 전체 취지).

㉮ 익산 식품클러스터: 각 144,569㎡¹⁹⁾, 115,411.5㎡ ⁠(약 20% 감소)

㉯ 전주효천 지구: 각 67,019㎡, 56,423㎡ ⁠(약 15.8% 감소)

㉰ 구리갈매 지구: 각 74,286㎡²⁰⁾, 90,984.5㎡ ⁠(약 22.5% 증가)

㉱ 여수엑스포 지구: 각 36,243㎡²¹⁾, 35,153.5㎡ ⁠(약 3% 감소)

❸ 더구나 무상귀속 대상 기존 공공시설은 준공검사를 마치고 토지 세목을 통지한 때 도시개발법 등 법률 규정에 따라 원고에게 귀속되는 것일 뿐, 그 이전에 원고가 기존 공공시설 소유권 귀속에 관하여 구체적이고 확정적인 권리를 가지는 것도 아니다.

❹ 도시개발법 등은 실시계획승인 등을 받은 경우 사업시행자는 실시계획에 포함된 공공시설의 점용 및 사용에 관하여 관계 법률에 따른 승인․허가 등을 받은 것으로 보아 개발사업을 할 수 있고, 해당 공공시설의 점용료 또는 사용료는 면제된 것으로 본다는 취지의 규정을 두고 있다[도시개발법 제66조 제4항, 국토계획법 제65조 제4항(택지개발촉진법 제25조 제1항, 국토계획법 제99조 등도 이를 준용하고 있다), 산업입지 및 개발에 관한 법률 제26조 제6항 등]. 그러나 이는 어디까지나 개발사업 시행에 필요한 범위 내에서 점용 또는 사용을 허가하는 규정일 뿐이고, 원고가 해당 공공시설 소유자와 같은 지위에서 이를 자유롭게 사용․수익할 수 있는 것은 아니다. 즉 실시계획승인 등 시점에 원고는 공사 등에 필요한 범위 내에서 기존 공공시설에 관한 무상 점용 및 사용권자 지위를 부여받는 것일 뿐, 이를 사실상 증여받는 것이라고 보기 어렵다.

❺ 특정 시점에 소득 원인이 되는 권리의 실현가능성이 성숙되었는지(증여계약을 예로 들면 계약이 체결된 것만으로는 부족하고 그 이행기가 도래하여야 한다)를 판단하는 것은 손금 귀속연도를 결정하기 위한 것이다. 그런데 통상적으로 도시개발법등에 따른 개발사업은 실시계획승인부터 준공까지 여러 해가 걸린다(별지3을 보더라도 여수엑스포 지구를 제외하고는 실시계획 승인일부터 준공일까지 최소 약 4년 8개월이 걸렸고, 이 사건 변론종결일을 기준으로 10년 넘게 준공되지 못한 사업도 많다). 이를 고려하더라도 실시계획 등이 승인되었다는 사정만으로는 해당 사업연도에 자산수증익의 원인이 되는 기존 공공시설에 관한 권리 실현가능성이 성숙되어 익금이 확정되었다고 보기는 어렵다.

❻ 기존 공공시설 무상귀속에 따른 자산수증익 귀속시기를 준공검사 시점으로 하더라도, 납세자의 자의를 방지하고 징세 기술상 소득을 획일적으로 파악하고자 하는 권리의무확정주의에 반한다고 볼 수 없다.

❼ 조세정책적인 측면에서도 실시계획승인 등이 이루어진 것만으로 기존 공공시설이 사실상 증여된 것으로 보아 그 자산수증익을 해당 사업연도 익금에 산입하는 것은 타당하다고 보기 어렵다.

즉 도시개발법 등은 계획적이고 체계적인 도시개발 도모, 주택난 해소를 위한 택지개발 등 촉진, 산업입지의 원활한 공급, 물류시설의 합리적인 배치ㆍ운영, 보금자리주택의 원활한 건설 등을 통한 주거안정 등 여러 정책적인 목적을 달성하기 위하여, 개발사업 시행자에게 실시계획승인 등이 이루어지면 기존 공공시설을 점용․사용할 수 있도록 하고, 수용․사용 권한을 부여하는 등 여러 가지 특례를 규정하고 있다. 그런데 개발사업 초기에 실시계획승인 등만으로 사업시행자가 기존 공공시설 소유권을 무상으로 이전받아 자산수증익을 실현한 것과 다름없다고 보아 그에 대한 법인세를 과세한다면, 사업시행자에게 과도한 경제적 부담을 주어 개발사업을 촉진하여 앞서 본 정책적 목적을 달성하고자 하는 도시개발법 등의 입법취지가 크게 퇴색될 수밖에 없다(위와 같은 개발사업은 해당 사업을 위해 설립된 조합 등 자금이 풍족하지 않은 사업시행자가 시행하는 경우도 적지 않은데, 피고가 그와 같은 경우에까지 일관하여 실시계획승인시 기존 공공시설 무상귀속에 따른 자산수증익이 확정된 것으로 보아 법인세를 과세하고 있는지도 의문이다).

반대로 위와 같은 도시개발법 등의 입법취지에 더하여, 기존 공공시설 무상귀속은 사업시행자가 실시계획에 따라 새로 설치한 공공시설이 국가 등에 무상귀속됨에 따른 사업시행자의 재산상 손실을 합리적인 범위에서 보전해주고자 마련된 제도인 점 등을 고려할 때, 신설 공공시설의 국가 등 귀속에 앞서 기존 공공시설 무상귀속에 따른 익금산입 시기만 실시계획승인 등 시점으로 앞당길 조세정책적 필요성이 무엇인지도 의문이다.

5) 소결론

쟁점2에 관한 원고의 예비적 주장2는 이유 있다. 따라서 이 사건 결손금 감액처분 중 쟁점2와 관련된 부분은 취소되어야 한다(다만 쟁점2와 관련하여 별지3 기재 개발사업 중 2010∼2014 사업연도에 준공된 사업이 있고, 원고의 예비적 주장 2를 인용하더라도 그와 같이 준공된 사업과 관련하여 원고에게 귀속된 기존 공공시설 가액은 준공 연도의 자산수증익으로 익금에 산입되어야 할 것으로 보이기는 한다. 그러나 그 와 같은 과세요건사실에 관한 주장․증명책임은 피고에게 있는데, 피고는 이 사건 변론종결일까지 그에 관해 구체적인 주장․증명을 하지 않았다).

라. 쟁점3에 관한 판단 : 원고 주장 배척

1) 인정사실

가) 원고는 2011∼2014년 사이에 강원혁신도시 등 39개 택지개발사업지구에서 판매용 토지를 조성하여 수분양자들에게 판매․인도하였다. 원고는 각 토지 인도 시점에 매출을 인식하여 해당 사업연도 익금에 산입하고, 그 토지 조성에 필요한 건설자금에 충당한 차입금 이자 중 익금산입 시점을 기준으로 아직 지급하지는 않았으나 앞으로 지급이 예정된 추정 건설자금 이자(이하 ⁠‘추정 건설자금 이자’)를 토지 매출에 대응하는 비용(매출원가)으로 인식하여 토지 인도일이 속한 사업연도 손금에 산입하였다.

나) 피고는 ⁠‘추정 건설자금 이자는 구 법인세법 제28조 제1항 제3호가 정한 사업용 고정자산이 아닌 판매용 재고자산에 관한 건설자금 이자에 해당하므로, 토지 인도 시점에 그 매출원가로 손금산입할 수 없고, 실제로 이자를 지급하는 시점에 손금산입하여야 한다.’라는 이유로, 원고가 2011∼2014 사업연도 손금에 산입한 추정 건설자금 이자 합계 505,002,365,241원(사업연도별 금액은 표2 기재와 같다)을 손금불산입하여 과세표준을 경정하고 이 사건 결손금 감액처분을 하였다.

다) 2015 사업연도 법인세 신고시 원고가 손금불산입하였으나, 이 사건 경정청구로 손금에 산입해달라고 한 추정 건설자금 이자는 476,674,222,659원이다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑2, 30, 31, 69, 70, 을 1, 7, 변론 전체 취지

2) 원고 주장의 요지

추정 건설자금 이자는 토지 매출에 대응하는 매출원가로 직접비용이다. 이자의 손금 귀속시기를 정한 구 법인세법 시행령 제70조 제1항 제2호는 간접비용에 해당하는 이자에 관한 규정으로, 직접비용에 해당하는 이자에는 적용되지 않는다. 따라서 추정 건설자금 이자는 수익비용대응 원칙에 따라 토지 인도 시점에 취득원가로 손금산입되어야 한다.

3) 판단

가) 관련 규정

(1) 구 법인세법 제40조, 구 법인세법 시행령 제70조 제1항 제2호에 따르면 법인이 지급하는 이자는 원칙적으로 소득세법 시행령 제45조에 따른 수입시기에 해당하는 날이 속하는 사업연도의 손금으로 한다.

다만, 구 법인세법 제28조 제1항 제3호는 ⁠‘대통령령으로 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.’라는 취지로 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령 제52조 제1항은 ⁠‘법 제28조 제1항 제3호에서 대통령령으로 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자란 그 명목 여하에 불구하고 사업용 고정자산의 매입․제작 또는 건설(이하 ’건설 등‘)에 소요되는 차입금(특정차입금)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금을 말한다.’라고 규정하고, 제2항은 ⁠‘특정차입금에 대한 지급이자 등은 건설 등이 준공된 날까지 이를 자본적 지출로 하여 그 원본에 가산한다.’고 규정하고 있다. 이처럼 사업용 고정자산 건설 등에 소요된 차입금 이자 등은 당해 사업용 고정자산의 취득원가를 구성하고, 각 사업연도 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않는다.

나) 구체적 판단

쟁점3과 관련된 추정 건설자금 이자는 모두 ⁠‘재고자산’인 판매용 토지의 매입․건설 등에 소요되는 차입금 이자인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

그런데 ① 구 법인세법 시행령 제70조 제1항 제2호가 지급이자의 손금 귀속시기에 관하여 명확하게 규정하고 있는 점, ② 그 문언이나 관련 법령의 규정 체계상위 규정이 간접비용인 이자에만 적용된다고 해석할 별다른 근거가 없는 점, ③ 구 법인세법 제28조 제1항 제3호, 구 법인세법 시행령 제52조 제1항이 사업용 고정자산에 한정하여 위와 같은 원칙에 대한 예외를 인정하여 자본화를 허용하고 있는 점, ④ 권리의무확정주의나 수익비용대응 원칙이 법인세법령의 손익 귀속시기에 관한 명문 규정에 우선할 수 없는 점 등을 종합하면, 사업용 고정자산이 아닌 재고자산 건설 등에 소요되는 차입금 이자를 자본적 지출로 보아 자산 취득원가로 인식하는 것은 허용되지 않는다고 보아야 한다(서울고등법원 2019. 9. 19. 선고 2019누45502 판결 참조).

따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

4) 소결론

쟁점3에 관한 원고 주장은 받아들이지 않는다.

마. 쟁점4에 관한 판단 : 원고 주장 배척

1) 인정사실

가) 이 사건 각 기부채납

(1) 원고는 2010~2014년 사이 화성 동탄1지구 택지개발사업 등을 시행하면서 관할 지방자치단체에 별지4 표㉮ 기재와 같이 도로, 도서관 등 기반시설 설치 명목으로 현금(137,198,761,061원)과 현물(49,231,467,270원), 합계 186,430,228,331원 상당을 기부채납하고, 이를 토지 매출원가로 계상하여 해당 사업연도 손금에 산입하였다(각 사업연도별 기부채납액 합계액은 표2 기재와 같다).

(2) 같은 경위로 원고는 2015 사업연도에 별지4 표㉯ 기재와 같이 지방자치단체에 합계 2,926,027,000원 상당 기반시설 등을 기부채납하고 이를 토지 매출원가로 계상하였으나, 법인세 신고시에는 이를 기부금으로 신고하였다(이하 전항의 기부채납과 합쳐서 ⁠‘이 사건 각 기부채납’²²⁾.

(3) 한편 감사원은 원고에 대한 감사를 실시한 후 2010. 8. 2.경 원고에게 ⁠‘지방자치단체에서 법적 근거 없이 요구하는 기반시설 설치와 시설물 유지관리비 등을 택지 조성원가에 산입하지 않도록 하고, 이미 지방자치단체와 협약을 체결한 사항도 재검토하여 사업비 부담이 없도록 조치하는 등 재무건전성 확보 방안을 마련할 것’을 통보한 바 있다.

나) 피고의 법인세 경정ㆍ결정 처분

피고는 이 사건 각 기부채납액이 구 법인세법 제24조 제2항에 정한 법정기부금에 해당한다고 보아, 원고의 2010∼2014 사업연도 소득금액과 관련하여 기부채납액 중 법정기부금 손금산입한도액을 초과한 약 1,701억 원을 손금불산입하여 이 사건 결손금 감액처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 15, 17∼20, 30, 31, 37, 40∼48, 57∼60, 105∼152, 을 1, 3, 10, 15∼19, 변론 전체 취지

2) 원고 주장 요지

가) 주위적 주장 이 사건 각 기부채납액은, 원고가 택지개발사업 등 시행 과정에서 사업과 관련하여 지방자치단체에 기부채납한 시설물 또는 그 설치비용이다. 이는 개발사업 관련 인․허가권자인 지방자치단체 요구에 따른 것이고, 원고로서는 이에 응하지 않을 수 없었으므로, 판매용 토지(택지) 취득원가에 포함되어야 한다.

나) 예비적 주장

22) 다만 최초 2015 사업연도 법인세 신고시 원고의 법정기부금 한도액이 2015년 기부채납액(2,926,027,000원 상)을 초과하였으므로, 위 금액은 전액 손금에 산입되었다.

이 사건 각 기부채납액은 특정 개발사업의 원활한 수행을 위하여 지방자치단체장과 협약을 체결하고 지출한 비용이고(사업관련성), 원고와 같은 택지개발사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황이었다면 지방자치단체의 기부채납 요구를 거절하기 어려웠을 것이며(통상성), 이 사건 각 기부채납으로 사업 대상 토지의 이용 편의가 증대되었으므로(수익관련성), 이 사건 각 기부채납액은 구 법인세법 제19조 제2항이 정한 손금 요건을 충족한다. 따라서 이 사건 각 기부채납액은 구 법인세법 제19조 제1항에 따라 각 사업연도 손금에 산입되어야 한다.

3) 주위적 주장에 관한 판단 ⁠(배척)

가) 관련 규정

(1) 구 법인세법 제19조에 따르면 손금은 자본 또는 출자 환급, 잉여금 처분 및 동법에서 규정한 것을 제외하고 해당 법인 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 하고(제1항), 손비는 법령에 달리 정하고 있는 것을 제외하고0는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다(제2항). 구 법인세법 시행령 제19조 제1호는 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액과 그 부대비용을 손비로 정하고 있다.

(2) 택지개발촉진법 제18조의2 제1항은 ⁠‘택지를 공급하려는 자는 국토교통부령으로 정하는 기준에 따라 택지조성원가를 공시하여야 한다. 이 경우 택지조성원가는 용지비, 조성비, 직접인건비, 이주대책비, 판매비, 일반관리비, 그 밖에 국토교통부령으로 정하는 비용으로 구성된다.’라는 취지로 규정하고 있다. 그 위임에 따라 택지개발촉진법 시행규칙 제11조 제1항은 위 ⁠‘그 밖에 국토교통부령으로 정하는 비용’을 용지부담금, 기반시설 설치비, 자본비용, 택지개발사업과 관련하여 발생하는 그 밖의 비용으로 규정하고 있다. 같은 조 제2항 ⁠[별표]는 택지조성원가에 포함되는 기반시설 설치비에 관하여 ⁠‘도로, 상수처리 관련 시설, 하수처리 관련 시설, 에너지ㆍ통신시설, 그 밖의 기반시설 등 택지개발지구 외의 기반시설 설치에 소요된 비용(다른 법령이나 인가ㆍ허가조건에 따라 국가 또는 지자체에 납부하는 부담금 및 공공시설설치비 등을 포함한다)’으로 규정하고 있다. 위 각 규정 적용에 필요한 세부사항 등을 정한 국토교통부 고시인 ⁠‘공공택지 조성원가 산정기준 및 적용방법’ 역시 택지 조성원가 산정방법과 관련하여 기반시설 설치비에 포함되는 각종 부담금은 타 법령이나 인․허가조건에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 납부하는 것으로 한정하고 있다[5. 차. 1)].

(3) 한편 택지개발촉진법 시행령 제13조의2 제7항에 따른 택지 공급방법과 공급가격의 기준 등에 관한 사항을 규정하기 위해 제정된 택지개발업무지침(국토교통부훈령) 제37조(지역개발투자)는 ⁠‘택지개발사업 시행자는 당해 택지개발사업으로 발생하는 개발이익의 일부를 도서관, 문화회관 등 해당지역의 문화․복지시설 설치에 지원할 수 있다.’라고 규정하고 있다.

나) 판단

앞서 든 증거에 변론 전체 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음 사정들을 종합하여 볼 때, 이 사건 각 기부채납액은 원고가 별지4 기재 각 개발사업으로 조성․판매 토지의 취득원가 등 토지 매출에 직접 대응하는 비용에 포함된다고 보기 어렵다.

원고의 주위적 주장은 받아들이지 않는다.

❶ 이 사건 각 기부채납은 별지4 기재 각 개발사업의 근거 법률이나 개발계획 또는 실시계획 등에 따라 이루어진 것이 아니다. 이 사건 각 기부채납이 개발사업 승인 조건으로 되어 있지도 않다.23) 원고는 실시계획 내용이나 사업 조건 등과는 별개의 협의를 통해 이 사건 각 기부채납을 하였다. 기부채납 방법도 대부분 원고가 시행하는 개발사업과 별개로 지방자치단체가 시행하는 도시계획시설사업 등의 사업비를 현금으로 지원하는 방법으로 이루어졌다. 즉 이 사건 각 기부채납은 별지4 기재 각 개발사업의 내용으로 편입되거나 개발사업 일환으로 이루어진 것이 아니다. 위 각 개발사업은 이 사건 각 기부채납의 동기나 계기가 되었을 뿐이다.

❷ 이 사건 각 기부채납이 개발사업 시행에 필수적인 것이라고 보기도 어렵다.

원고는 이 사건 각 기부채납이 지방자치단체의 요구에 따라 이루어졌고, 원고로서는 그와 같은 요구를 사실상 거부할 수 없었다고 주장한다. 그러나 ① 앞서 본 감사원 감사 후 원고가 지방자치단체와 재협의를 통해 기존에 이루어진 기부채납 협의를 상당 부분 취소한 것으로 보이고, 신규 기부채납 건수나 액수 자체도 줄어들고 있는 추세로 보이는 점(별지4 표㉯ 2015년 기부채납액 등 참조), ② 재협의로 취소하지 못한 부분 역시 기부채납 자체가 사업 시행에 꼭 필요해서라기보다는 이미 기부채납에 관한 협약이 체결되어 있어 협약 불이행에 따른 손해배상 등 문제가 제기될 우려 등에 상당 부분 기인하는 것으로 보이는 점, ③ 지방자치단체가 위 각 개발사업과 연계하여 이 사건 각 기부채납을 강요하였다거나, 이 사건 각 기부채납을 하지 않을 경우 원고가 주장하는 관련 개발사업에 관하여 불이익을 가하였을 것이라는 점에 관한 직접적․²³⁾ 객관적 증거도 찾아볼 수 없는 점, ④ 오히려 원고가 그 주장과 같은 불이익을 예방하기 위한 목적보다는, 지방자치단체와 관계를 돈독하게 하여 특정 또는 불특정 개발사업 시행 등을 원활하게 하는 것을 주된 목적으로 또는 택지개발업무지침 제37조 등에 따라 개발이익 환원 차원에서 이 사건 각 기부채납을 하였을 가능성도 배제할 수 없는 점, ⑤ 위 ①항과 같은 사정에 비추어 보면, 사기업에 비하여 수익성, 이윤 추구, 경영책임 등에서 상대적으로 자유로운 공기업의 특성 역시 원고가 막대한 자금을 기부채납에 사용하게 된 원인이 된 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

❸ 앞서 본 택지조성원가 산정에 관한 택지개발촉진법령 규정에 비추어 보면 이 사건 각 기부채납액은 관련 개발사업으로 조성한 택지 등 조성원가에 포함시킬 수 없는 비용이다. 원고가 개발사업 실시계획에 따라 신설하여 국가와 지방자체단체에 무상으로 귀속시키거나 각종 인․허가 조건에 따라 기부채납하는 기반시설의 설치비용,광역교통시설부담금, 개발부담금 등 각종 부담금만 해도 막대한 점 등을 고려할 때, 원고가 그와 별개로 협의 등을 통해 기부채납한 기반시설 관련 비용까지 조성원가에 포함시키는 것은 공공택지 조성과 관련하여 적정 분양가격 산정을 유도하고 개발사업 주체인 원고 등 공기업의 경영투명성을 제고하여 국민 주거생활의 안정과 복지 향상 등에 이바지하고자 하는 위 법령 규정의 취지에 반하는 결과가 된다는 점에서도 그와 같이 보는 것이 옳다. 감사원 역시 앞서 본 원고에 대한 감사 결과 같은 의견을 밝혔다.

❹ 이 사건 각 기부채납이 별지4 기재 각 개발사업으로 조성하는 토지 등의 가치를 현실적으로 증가시켰다고 보기도 어렵다. 이 사건 각 기부채납은 개발사업 실시계획이나 인허가 조건 등에 포함되지 않은 것일 뿐만 아니라, 기부채납 내용 자체도대부분 조성 토지의 가치와는 직접적인 관련이 없는 장지 조성, 국제고등학교와 동사무소 신축, 지구 밖 도로 개설이나 인근 산업단지 배수지 건설 등이기 때문이다. 또한 별지4 기재 각 기반시설은 애당초 원고가 작성한 실시계획에는 포함되어 있지 않고, 원고 주장에 따르더라도 이는 지방자치단체의 요구에 따라 설치하게 된 것이라는 점 등에 비추어 보더라도, 원고는 택지 등의 가치 증대를 위해서가 아니라 지방자치단체와 관계를 원만하게 하기 위하여 또는 택지개발업무지침 제37조(지역개발투자)에 따라 택지개발사업으로 발생하는 개발이익 일부를 해당 지역 문화․복지시설 설치에 지원하는 차원에서 위 각 기반시설 설치비용을 분담한 것으로 보인다.

❺ 이 사건 각 기부채납이 별지4 기재 각 개발사업 시행이나 택지 등 매출에 어떻게 기여하였다는 것인지도 분명하지 않다.

이 사건 각 기부채납 중 당정역사(군포당동2지구), 동서간 간선도로(화성동탄1지구) 설치 관련 기부채납 등의 경우 관련 협약서에 ⁠‘군포시장은 군포시 관내에서 원고가 시행하는 국책사업의 행정지원에 적극 협조한다.’라거나, ⁠‘화성시장은 원고가 시행하고 있는 사업 및 향후 시행되는 사업에 필요한 행정적 사항을 적극 협조․지원하기로 한다.’라는 내용이 기재되어 있기는 하다(갑 18, 19). 그러나 이 사건 각 기부채납의 경우 기부채납과 관련된 협약서 자체가 작성되지 않거나, 협약서가 작성된 경우에도 지방자치단체의 행정지원 등에 관한 내용이 포함되지 않은 경우가 오히려 더 많은 것으로 보인다(남양뉴타운 도서관, 고양삼송 배드민턴장 등).

더구나 이와 같은 규정이 단순한 선언적 규정을 넘어 지방자치단체장에게 구체적인 의무를 부과하는 규정이라거나, 지방자치단체장에게 행정청으로서 관련 법령에 따라 일반적으로 부담하는 의무나 책임을 넘어 원고에 대하여 구체적이고 특별한 의무를 부담하도록 한 규정이라고 보기도 어렵다. 원고가 이 사건 각 기부채납 대가로 특별한 행정적 지원이나 협력을 받았다고 볼 별다른 증거도 없다.

❻ 결론적으로 이 사건 각 기부채납은 별지4 기재 각 개발사업 내용이나 승인조건 등에 따라 이루어진 것도 아니고, 위 각 사업 수행을 위하여 필수적인 것도 아니었으며, 사업 시행에 기여하였다고 볼 별다른 증거도 없다. 이러한 여러 사정을 종합해 볼 때, 이 사건 각 기부채납액을 위 각 개발사업 시행에 직접 관련된 비용 또는 개발사업에 따른 수익 발생에 직접 대응하는 비용에 해당한다고 보기 어렵다.

4) 예비적 주장에 관한 판단 ⁠(배척)

가) 관련 법리

구 법인세법 제19조 제1항은 원칙적으로 ⁠‘손금은 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.’라고 규정하고, 제2항은 원칙적으로 ⁠‘손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.’라고 규정하고 있다. 여기에서 말하는 ⁠‘일반적으로 용인되는 통상적인 비용’이란 납세의무자와 같은 종류 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미한다. 그러한 비용에 해당하는지는 지출 경위와 목적, 형태, 액수, 효과등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 한다. 특별한 사정이 없는 한 사회질서에 위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외되며, 수익과 직접 관련된 비용에 해당한다고 볼 수도 없다(대법원 2015. 1. 15. 선고 2012두7608 판결 등 참조).

나) 판단

주위적 주장에 관한 판단 부분에서 본 여러 사정에 더하여, 앞서 든 증거에 변론 전체 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 각 기부채납액은 손금산입 요건 중 통상성 및 수익관련성을 인정하기 어렵다. 따라서 이와 다른 전제에서 이 사건 기부채납액이 법인세법 제19조에 정한 손금에 해당한다는 원고의 예비적 주장도 받아들이지 않는다.

1) 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때 수익관련성을 인정하기 어렵다.

❶ 앞서 본 것처럼 이 사건 각 기부채납은 원고가 별지4 기재 각 개발사업과 관련하여 수익을 창출하기 위해 적극적으로 계획하여 시행한 것이 아니라, 지방자치단체와 관계를 원만하게 하거나 개발이익 일부를 해당 지역에 환원하는 차원에서 이루어진 것으로 보인다.

❷ 이 사건 각 기부채납이 별지4 기재 각 개발사업을 비롯하여 원고의 사업수행이나 수익 창출에 기여한 사실을 인정할 증거도 부족하다. 특히 이 사건 각 기부채납액이 합계 약 1,893억 원에 달하고, 더구나 위 금액은 원고가 별지4 기재 각 개발사업과 관련하여 지방자치단체에 기부채납한 금액의 일부에 불과함에도, 그에 따라 어떤 이익 또는 수익이 발생하였는지가 분명하지 않다. 오히려 원고 주장에 따르더라도 이 사건 각 기부채납을 비롯한 과도한 기부채납은 원고의 경영악화와 부실을 야기하여, 원고가 2011년경 시행한 강도 높은 구조조정의 한 원인이 된 것으로 보일 뿐이다(참고자료 135, 139 등 참조).

❸ 별지4 기재 각 기반시설, 특히 간선도로, 동사무소, 산업단지 기반시설등은 원고가 비용을 부담하지 않더라도, 지방자치단체나 다른 사업 시행자가 그 비용으로 설치해야 하는 것들이다.

2) 다음 사정들을 고려하면, 원고와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 같은 상황에서 원고와 같은 정도의 기부채납을 하였을 것이라고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 각 기부채납액은 통상성도 인정하기 어렵다.

❶ 이 사건 각 기부채납은 관련 법령, 개발계획이나 실시계획, 또는 각종 인․허가 조건에 따라 이루어진 것이 아니라, 원고가 지방자치단체와 자의로 체결한 협약 등에 따라 이루어진 것이다.

❷ 이 사건 각 기부채납은 앞서 본 것처럼 수익관련성을 인정하기 어렵다.

그에 반해 기부채납 규모와 액수는, 동종 사업자가 같은 상황에서 같은 정도의 기부채납을 하였을 것이라고 추단하기에는 너무 크다.

❸ 경영책임 등에서 상대적으로 자유로운 공기업의 특성이나 원고 설립 전한국토지공사 등의 방만한 기업 운영 역시 수익관련성도 없고 설치의무도 없는 기부채납을 하게 된 원인 중 하나가 된 것으로 보이는 점에 비추어 보더라도, 제출된 증거만으로는 동종 사업자가 같은 상황에서 원고와 같은 정도의 기부채납을 하였을 것이라고 인정하기에 부족하다.

❹ 실제로 다른 택지개발사업 등 시행자들이 이 사건 각 기부채납과 같은 규모로 도로, 철도 역사, 고등학교, 동사무소, 자연장지, 인근 산업단지 기반시설, 도서관, 배드민턴장을 설치하거나 그 설치비용을 분담하는 내용의 기부채납을 하고 있다고 볼 별다른 증거도 없다.

3) 덧붙여 조세정책적 관점에서 보더라도 이 사건 각 기부채납을 손금으로 인정하는 것은 타당하지 않아 보인다. 이를 손금으로 인정할 경우 개발사업과는 관련성도 없는 지방자치단체의 공공기설 기부채납 요구와 그에 따른 원고의 기부채납을 조장하여 부당결부금지 원칙 등을 잠탈할 우려가 있고, 그 결과 원고가 부담하게 된 기부채납 비용은 탈법적으로 택지 등 조성원가에 산입되어 최종적으로 그 수요자인 국민들에게 전가될 우려가 크며, 그렇지 않더라도 공기업인 원고의 부실을 초래하여 국가 재정에 부담을 주게 되기 때문이다.

바. 쟁점5에 관한 판단 : 원고 주장 배척

1) 인정 사실

가) 원고는 2012∼2014 사업연도에 사업용 고정자산(임대주택) 건설에 착수하였다가 공급유형 변경 등 이유로 일시적으로 사업을 중단한 사업지구에 관하여, 사업 중단 시점부터 사업 재개일까지 발생한 사업용 고정자산의 매입․제작 또는 건설에 소요되는 차입금에 대한 지급이자(이하 ⁠‘건설자금 이자’) 합계 89,324,587,620원에 대해서는 K-IFRS 제1023호 문단 20 및 원고의 차입원가 자본화 회계처리 지침(갑 61) 등을 근거로 자본화(자본적 지출로 하여 그 원본에 가산하는 것)를 중단하고, 이를 영업외비용으로 회계처리한 후 위 각 사업연도 손금에 산입하여 법인세를 신고하였다(각 사업연도별 금액은 표2 기재와 같다).

나) 피고는 위 89,324,587,620원은 법인세법상 자본화를 하여야 하는 건설자금이자이고 자본화 중단은 허용되지 않는다고 보아 구 법인세법 제28조 등 규정에 따라 이를 손금불산입하여 원고의 2010∼2014 사업연도 소득금액을 재계산하여 이 사건 결손금 감액처분을 하였다.

다) 위 나)항과 같은 이유로 2015 사업연도 법인세 신고시 원고가 손금불산입하였으나, 이 사건 경정청구로 손금에 산입해달라고 한 자본화 중단 건설자금 이자는 24,295,982,200원이다[이하 나)항의 건설자금 이자 89,324,587,620원과 합쳐서 ⁠‘이 사건 건설자금 이자’].

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 2, 14, 15, 30, 31, 61, 63, 71, 을 1, 3, 11, 변론 전체 취지

2) 원고 주장의 요지

구 법인세법 제28조 제1항 제3호, 구 법인세법 시행령 제52조는 고정자산 건설 등에 소요되는 차입금 이자를 자본화할 것과 그 종료 시점만 규정할 뿐이다. 법인세법령은 자본화 중단에 관해서는 별다른 규정을 두고 있지 않다. 따라서 고정자산 건설 등이 중단될 경우 건설자금 이자 자본화를 중단할지는 구 법인세법 제40조, 제43조에 따라 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준에 따라야 한다. 그런데 원고에게 적용되는 K-IFRS 제1023호 문단 20, 21과 원고의 차입원가 자본화 회계처리지침은 고정자산에 대한 적극적인 개발활동을 중단한 기간에는 건설자금 이자 자본화를 중단하도록 규정하고 있으므로, 건설 등 중단 기간에는 이 사건 건설자금 이자 자본화를 중단하여야 한다. 또한 이 사건 건설자금 이자를 업무무관비용으로 볼 수도 없다. 따라서 이 사건 건설자금 이자는 그 지급 시점이 속하는 사업연도 손금에 산입하여야 한다.

3) 판단

가) 관련 법리

권리의무확정주의와 기업회계 존중 등 법인세법 제40조, 제43조에 관한 법리는 쟁점1에 관한 판단에서 본 것과 같다.

나) 관련 규정과 회계기준

구 법인세법 제28조 제1항 제3호는 ⁠‘대통령령으로 정하는 건설자금에 충당한차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않는다.’라고 규정한다. 구 법인세법 시행령 제52조는 위 ⁠‘대통령령으로 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자’를 ⁠‘그 명목 여하에 불구하고 사업용 고정자산 매입․제작 또는 건설에 소요되는 차입금(고정자산의 건설 등에 소요되는지 여부가 분명하지 아니한 차입금은 제외한다)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금’으로 정의하고(제1항), ⁠‘위와 같은 차입금에 대한 지급이자 등은 건설 등이 준공된 날까지 이를 자본적 지출로 하여 그 원본에 가산한다.’는 취지로 규정하고 있다(제2항 본문).

K-IFRS 제1023호는 ⁠‘차입원가’를 자금 차입과 관련하여 발생하는 이자 및 기타 원가로, ⁠‘적격자산’을 의도된 용도로 사용 또는 판매 가능하게 하는 데 상당한 기간을 필요로 하는 자산으로 정의한 다음(문단 5), ⁠‘차입원가는 자본화 개시일에 적격자산 원가로 처리한다. 자본화 개시일은 최초로 1) 적격자산에 대하여 지출하고 있을 것, 2)차입원가를 발생시키고 있을 것, 3) 적격자산을 의도된 용도로 사용하거나 판매 가능한 상태에 이르게 하는 데 필요한 활동을 수행하고 있을 것을 모두 충족시키는 날이다

(문단 17). 적격자산에 대한 적극적인 개발활동을 중단한 기간에는 차입원가 자본화를 중단한다(문단 20). 자산을 의도된 용도로 사용하거나 판매 가능한 상태에 이르게 하는데 필요한 활동을 중단한 기간에도 차입원가는 발생할 수 있으나, 이러한 차입원가는 미완성된 자산을 보유함에 따라 발생하는 비용으로서 자본화 조건을 충족하지 못한다.반면 상당한 기술 및 관리활동을 진행하고 있는 기간에는 차입원가 자본화를 중단하지 아니한다. 또한 자산을 의도된 용도로 사용하거나 판매 가능한 상태에 이르기 위한 과정에 있어 일시적인 지연이 필수적인 경우에도 차입원가 자본화를 중단하지 아니한다.

예를 들어, 건설기간 동안 해당 지역의 하천수위가 높아지는 현상이 일반적이어서 교량 건설이 지연되는 경우에는 차입원가의 자본화를 중단하지 아니한다(문단 21).’라고 규정하고 있다.

다) 구체적 판단

다음과 같은 이유로, 이 사건 건설자금 이자는 구 법인세법 제28조 제1항 제3호, 구 법인세법 시행령 제52조 제2항에 따라 각 사업연도 손금에 산입할 수 없고, 건설 등 준공시까지 이를 자본화하여야 한다고 보아야 한다.

(1) 구 법인세법 제28조 제1항 제3호, 구 법인세법 시행령 제52조 제2항은 차입금이 사업용 고정자산 건설 등에 소요된 것이 분명한 이상 그에 대한 지급이자(건설자금 이자) 등은 ⁠‘준공된 날까지’ 이를 자본적 지출로 하여 그 원본에 가산하고 당해 사업연도 손금에 산입하여서는 안 된다고 명확하게 규정하고 있다. 이처럼 법인세법령은 그 종기를 ⁠‘준공된 날까지’로 명시하여 건설자금 이자를 자본화하도록 규정하고 있을 뿐, 준공 전 자본화 중단이나 중단에 따른 손금 귀속시기에 관하여 달리 규정하고 있지 않다. 따라서 건설자금 이자 자본화 중단은 허용되지 않는다고 해석하는 것이 위와 같은 법령 규정 문언이나 체계 등에 부합한다. 위 법령 규정을 이와 같이 엄격하게 해석하는 것이 조세공평 원칙에도 부합한다.

(2) 위 법인세법령 규정은 ⁠‘차입금’ 용도에 따라 그에 대한 지급이자를 자본화할지 여부를 규정하고 있을 뿐, 차입금에 대한 ⁠‘지급이자’가 고정자산 건설 등을 위해 지출된 것인지 아니면 미완성 자산 보유를 위해 지출된 것인지에 따라 자본화 여부에 관하여 달리 규정하고 있지도 않다.

(3) 과세관청도 건설자금 이자에 관해서는 자본화 중단을 허용하지 않는 것으로 일관되게 해석해온 것으로 보인다(을 11-3, 을 20, ｢법인 1264.21-2394, 1984. 7.

21.｣ 등).

(4) 법인세법령이 건설자금 이자를 자본화하도록 규정하고 손금에 산입하지 아니하도록 규정하는 것은, 건설을 위하여 조달한 차입금 이자를 건설원가에 산입하지 아니하고 기간비용에 계산하게 된다면, 그 비용에 대응하는 수익이 없음에도 비용계산을 허용하는 셈이 되어 수익비용대응 원칙에 위배된다는 점에 그 이론적 근거를 두고 있다(대법원 1995. 8. 11. 선고 95누3121 판결 등 참조). 그런데 건설 중단 기간에 발생한 건설자금 이자 역시 당해 사업연도에 대응하는 수익은 존재하지 않으므로, 이 사건 건설자금 이자를 당해 사업연도 손금에 산입할 경우 수익 실현 전 비용만 인정하는 결과가 되어 수익비용대응 원칙에 반한다. 또한 아직 고정자산 건설에 따른 수익이 실현되지 않은 상태에서 건설 중단이 발생할 때마다 거액의 건설자금 이자를 당해 사업연도 손금에 산입할 수 있도록 한다면, 조세 행정의 법적 안정성을 해치고 납세의무자의 자의에 의한 과세 왜곡이 발생할 우려가 있다. 따라서 기업의 경영성과와 재무상태 등에 관한 유용하고 정확한 경제적 정보 전달을 그 목적으로 기업회계에서는 별론으로 하고, 현행 법인세법령상으로는 건설 등 중단에 따른 건설자금 이자 자본화 중단을 인정하기 어렵다.

(5) 원고가 주장하는 자본화 중단 관련 기업회계기준이 위와 같은 법인세법령 규정에 우선할 수는 없다.

(6) 한편 원고는 이 사건 건설자금 이자 자본화 중단과 관련된 건설공사 중단 등의 원인으로 사업시행 유형 변경, 공급 유형 변경, 주택계획 변경승인, 동일수급권 내 순차 착공, 재무구조 악화로 사업추진일정 조정, 사업성 개선 후 사업추진, 수요유인 단계별 시행 사업계획 조정, 적정수요 내 단계별 시행, 공익적 측면에서 착공시기 조정 등을 주장하고 있다²⁴⁾.

그런데 ① 그와 같은 사유 중 주택계획 변경승인, 사업시행 유형 변경 등은 사업용 고정자산(임대주택) 건설 공사 과정에 통상적으로 수반되거나 보다 원활한 사업 시행 등을 위해 필요한 것이기도 하므로, 그에 따른 공사 중단은 K-IFRS 제1023호 문단 21에 정한 ⁠‘일시적인 지연이 필수적인 경우’에 해당한다고 볼 여지가 있는 점, ② 주택계획 변경승인이나 사업시행 유형 변경 등을 문단 21에 정한 ⁠‘상당한 관리활동’으로 볼 여지도 있는 점, ③ 원고 주장에 따르더라도 원고가 건설자금 이자 자본화를 중단한 개발사업 중 상당수는 건설 및 자본화 중단 기간이 1년 내외로 길지 않은 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 제출한 증거만으로는 이 사건 건설자금 이자가 기업회계기준에 정한 자본화 중단 요건을 충족하였다고 단정하기도 어렵다.

4) 소결론

쟁점5에 관한 원고 주장도 받아들이지 않는다.

사. 이 사건 결손금 감액처분 취소 청구에 관한 판단 : 일부 인용

원고가 주장하는 쟁점1∼5에 관한 위법사유 중 쟁점1, 2에 관한 주장은 이유 있고, 나머지 쟁점들에 관한 주장은 이유 없다. 따라서 이 사건 결손금 감액처분은 피고가 증액한 원고의 2010∼2014 사업연도 소득금액을 아래 표5 중 각 사업연도 합계란 기재 금액만큼 감액하는 것으로 경정되어야 한다. 즉 피고의 ① 2010 사업연도 결손금 감액처분 중 557,304,612,915원 부분, ② 2011 사업연도 결손금 감액처분 중 123,707,063,360원 부분, ③ 2012 사업연도 결손금 감액처분 중 472,461,496,747원²⁵⁾ 부분은 취소되어야 한다. 또 피고의 2011∼2015 사업연도 이월결손금 감액처분은 각 위 ①∼③항의 금액과 피고가 증액한 원고의 ④ 2012 사업연도 소득금액 92,692,863,490원 전부, ⑤ 2013 사업연도 소득금액 694,578,938,604원 중 274,167,498,137원 부분, ⑥ 2014 사업연도 소득금액 1,194,096,102,931원 중 295,766,936,828원 부분을 취소한 만큼 감액되어야 한다. 원고의 이 부분 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있다.

아. 이 사건 경정거부처분 취소 청구에 관한 판단 : 전부 인용

원고가 주장하는 쟁점 1, 3, 5에 관한 위법사유 중 쟁점1에 관한 주장은 이유 있고, 나머지 쟁점들에 관한 주장은 이유 없다. 따라서 원고가 신고한 2015 사업연도 법인세 과세표준 중 각 사업연도 소득금액 부분은 쟁점1 관련 소득금액 215,507,075,875원에서 25,586,977,138원²⁶⁾을 뺀 189,920,098,737원만큼 감액되어야 한다(표3 참조). 또한 위 사.항에 따르면 2015 사업연도 소득금액에서 공제할 이월결손금도 증액(인정)되어야 한다. 그리고 그에 따라 원고의 2015 사업연도 법인세액 역시 감액․경정되어야 한다.

그렇다면 이 사건 경정거부처분은 위 인정 범위 내에서 위법하다. 다만 변론종결당시까지 제출된 자료만으로는 정당한 세액을 산출하기 어려우므로, 결국 이 사건 경정거부처분은 전부 취소되어야 한다.

자. 이 사건 농어촌특별세 부과처분 취소 청구에 관한 판단 : 전부 기각

쟁점3∼5에 관한 원고 주장이 배척될 경우, 이 사건 농어촌특별세 부과처분에 관한 피고의 과세표준 및 세액 인정이 정당하다는 사실에 관해서는 당사자 사이에 다툼이 없다. 그런데 앞서 본 것처럼 쟁점3∼5에 관한 원고 주장을 받아들이지 않으므로, 이 사건 농어촌특별세 부과처분의 과세표준과 세액은 정당한 것으로 인정할 수 있고, 달리 위 처분이 위법하다고 볼 사정이 없다. 따라서 원고의 이 부분 청구는 이유 없다.

5. 이 사건 부가가치세 부과처분 취소 청구 부분에 관한 판단 : 전부 인용

가. 인정사실

1) 원고는 2008. 1. 11. 주식회사 알파돔시티(이하 ’알파돔시티‘)²⁷⁾에 성남판교 택지개발사업지구 C2-2 및 6-4 등 9개 블록(137,500㎡) 토지를 2,360,100,200,000원에 매도하였다(이하 ’제1매매‘²⁸⁾).

2) 알파돔시티는 2012. 2. 29. 원고에게 제1매매 대상 토지 중 6-4블록(7,335㎡)과 그 지상 신축 예정 건물(이하 통틀어 ’이 사건 부동산‘)을 총 3,985억 원(토지 272,900,723,000원, 건물 125,599,277,000원, 부가가치세 별도)에 매도하였는데, 매매계약 주요 내용은 아래와 같다(이하 ’제2매매‘).

3) 원고는 2012. 2. 29. 알파돔시티의 원고에 대한 제2매매대금 채권 전액[매수대금 3,985억 원에 선납할인율(6.5%)을 적용하여 산정한 약 3,416억 원]과 원고의 알파돔시티에 대한 제1매매대금과 연체료 등 채권 일부를 대등액 범위에서 상계하였다.

4) 알파돔시티는 2015. 5. 28. 이 사건 부동산 건설공사를 착공하였다. 원고는 같은 날 알파돔시티로부터 제1매매 계약금 중 토지를 제외한 건물 부분에 관한 9,912,300,500원²⁹⁾에 대한 세금계산서를 교부받았고, 이후 그 매입세액 991,230,050원을 공제받는 것으로 2015년 1기 부가가치세를 신고․납부하였다(이하 ’이 사건 세금계산서‘).

5) 피고는 ’이 사건 세금계산서는 재화 공급시기에 발급된 것이 아니고, 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제1항에 따라 대가 일부를 받고 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 발급된 것도 아니므로, 위 세금계산서를 근거로 매입세액을 공제받은 것은 부당하다‘고 판단하여, 2016. 2. 1. 그 매입세액 공제를 인정하지 아니하고 원고에게 2015년 1기 부가가치세 1,345,396,540원(가산세 354,166,496원 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이 사건 부가가치세 부과처분).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 14, 15, 21∼29, 63, 을 12, 변론 전체 취지

나. 원고 주장의 요지

1) 주위적 주장

구 부가가치세법 제17조 제1항의 개정 연혁, 문언 및 체계를 고려하면, 위 규정 의 ’이와 동시에‘라는 문구는 ’어떤 사실을 겸함(and)’ 또는 ’이와 함께(together)’를 의미하므로, 위 규정은 공급시기 도래 전 대가를 지급한 후 세금계산서를 발급한 이상 세금계산서 발급 시점을 공급 시점으로 의제하겠다는 규정이다. 따라서 이 사건 세금계산서는 구 부가가치세법 제17조 제1항에 따라 공급시기에 발급된 적법한 세금계산서이므로 그 매입세액은 공제되어야 하고, 이 사건 부가가치세 부과처분은 취소되어야 한다.

2) 예비적 주장

설령 부가가치세 부과처분이 적법하더라도, 원고가 부가가치세 납세의무가 있다는 것을 알지 못한 데 정당한 사유 있으므로 그에 대한 가산세 부과처분은 취소되어야 한다.

다. 주위적 주장에 대한 판단 : 인용

다음과 같은 이유로 구 부가가치세법 제17조 제1항은 재화 등 공급시기가 되기 전에 대가 전부 또는 일부를 지급받고 세금계산서를 발급한 이상 대가 지급 시기와 세금계산서 발급 시기의 과세기간이 다르더라도 세금계산서 발급 시점을 공급시기로 의제하겠다는 규정으로 해석함이 타당하다. 따라서 이 사건 세금계산서의 매입세액은 공제되어야 한다. 원고의 주위적 주장은 이유 있다(원고의 주위적 주장을 받아들이는 이상 예비적 주장에 관해서는 판단하지 않는다).

1) 조세법률주의 원칙상 조세법규 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다. 하지만 법규 상호 간 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결 등 참조).

2) 아래와 같은 구 부가가치세법 제17조 제1항의 입법 연혁에 비추어 볼 때, 대가를 이미 지급받은 경우 같은 법 제15조, 제16조에 정한 공급시기를 지나지 않는 이상 그 받은 대가에 관한 세금계산서 발급 시기에는 특별한 제한이 없다고 해석하는 것이 타당하다.

가) 부가가치세법은 1976. 12. 22. 법률 제2934호로 제정된 이래로 2003. 12. 30. 법률 제7007호로 개정되기 전까지 제9조 제1항, 제2항에서 재화와 용역 공급시기를 정하면서도, 제3항에서 ⁠‘사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 간이세금계산서를 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.’라고 규정하여 특별한 제한 없이 세금계산서 등을 발급한 때를 공급시기로 의제해왔다.

나) 부가가치세법이 2003. 12. 30. 법률 제7007호로 개정되면서 제9조 제3항에 ⁠‘재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여’라는 문언이 추가되기는 하였다30). 그런데 위 개정 조항에 관하여 국회 재정경제위원회 검토보고서 및 심사보고서는 ⁠‘개정 취지는 대가 전부 또는 일부라도 미리 받는 경우에 한해 그 대가에 대한 세금계산서를 교부한 시기를 공급시기로 의제함으로써 아무런 대가 지급이 없이 매입세액 부당환급을 받는 사례를 방지하기 위한 것으로 당하다.’라는 의견을 밝히고 있다. 이에 비추어 보면 위와 같은 법률 개정 취지는 대가전부 또는 일부를 지급받은 경우에 한하여 지급받은 대가 범위 내에서만 세금계산서를 교부하도록 함으로써 대가를 지급받지 않고 세금계산서를 교부하는 것을 규제하고자 하는 것이지, 대가 지급과 세금계산서 발급을 동시에 또는 같은 과세기간에 하도록 강제하기 위한 것이 아님을 알 수 있다.

다) 나아가 2017. 12. 19. 법률 제15223호 부가가치세법 일부개정법률은 제17조제1항 중 ⁠‘이와 동시에’ 부분을 삭제하였는데, 그 개정 취지는 ⁠‘부가가치세법 해석ㆍ집행의 명확화 및 선발행 세금계산서 허용 범위를 명확하게 하기 위함’이다. 제17조 제1항의 적용범위를 확대하기 위한 것이 아니다.

3) 구 부가가치세법 제17조를 체계적으로 해석하더라도 그와 같이 해석함이 타당하다.

즉 구 부가가치세법 제17조 제2항은 대가를 지급받지 않고 세금계산서를 발급한 경우에도 그 발급일부터 7일 이내에만 대가를 받으면 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 등 공급시기로 본다. 그런데 앞서 본 구 부가가치세법 제17조의 입법 및 개정 취지(대가 수수 없는 세금계산서 발급을 이용한 부당 매입세액 공제 방지)에 비추어 볼 때, 대가를 전혀 수수하지 않고 세금계산서를 발급한 경우에도 7일 이내에만 대가를 수수하면 공급시기 의제가 허용되는데(제2항), 대가를 이미 수수한 경우에는 그와 동시에 세금계산서를 발급한 경우에만 공급시기 의제가 허용된다고 해석하는 것은(제1항) 법률의 논리적․체계적 해석 원칙에 반한다.

4) 구 부가가치세법 제17조 제1항 문언 역시 위와 같은 해석에 반하지 않는다. 사전적으로 ⁠‘동시(同時)에’는 ⁠‘같은 때나 시기에’라는 뜻 외에 ⁠‘어떤 사실을 겸함’을 뜻을 가진다. 따라서 위 규정 중 ⁠‘대가를 받고 이와 동시에 세금계산서를 발급하면’ 부분은‘대가 지급과 세금계산서 발급이 모두 이루어지면’으로 해석할 수 있다.

5)　 구 부가가치세법 제17조 제1항에 관한 기획재정부와 과세관청의 유권해석, 국세청 심사결정례 역시 대가를 공급시기 전 미리 지급한 경우로서 그 대가 지급 시기와 대가에 대한 세금계산서 교부 시기의 과세기간이 다르더라도 세금계산서 교부시기를 공급시기로 보아 매입세액을 공제할 수 있다고 해석해왔다(2007. 9. 3. 기획재정부 부가가치세과-634, 2011. 2. 10. 부가가치세과-132, 2015. 3. 24. 심사 부가 2014-187 등 참조).

6) 위와 같은 해석이 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성과 예측가능성을 해치거나 또는 부가가치세법이나 부가가치세 제도의 취지에 반한다고 볼 수도 없다.

즉 부가가치세 제17조 제1항은 재화 등 공급시기 전에 대가를 지급한 납세자로 하여금 조기에 매입세액을 공제받을 수 있도록 함으로써 그 경제적 부담을 덜어주는 기능을 한다. 징세권자 입장에서도 재화 등 공급시기 전에 부가가치세(매출세액)를 징세할 수 있으므로 이를 금지할 특별한 이유가 없다. 이와 같은 사정은, 재화 등 공급시기 전에 세금계산서가 발급된 이상, 대가 지급과 동시에 세금계산서가 발급된 경우나 대가를 지급하고 상당한 기간이 지난 후에 세금계산서가 발급된 경우나 차이가 없다. 다만 후자의 경우 납세자 입장에서 조기 환급 이익을 일부 포기하는 결과가 되지만, 이는 납세자의 선택에 따른 것이므로 금지할 이유가 없다. 부가가치세법이 대가 전부 또는 일부를 지급받은 경우 반드시 재화 등 공급시기 전 세금계산서 발급을 강제하고 있는 것도 아니다.

나아가 이 사건의 경우 이미 대가 지급이 이루어진 후 공급시기 전에 세금계산서가 발급되었을 뿐만 아니라, 알파돔시티가 이 사건 세금계산서를 발급한 과세연도에 그 매출세액을 신고․납부하지 않았다고 볼 별다른 주장․증명이 없다는 점에서도, 이 사건 세금계산서가 전단계 세액공제 제도의 정상적인 운영을 저해하거나 세금계산서의 본질적 기능을 해치는 것이라고 볼 수 없다.

라. 소결론

그렇다면 부가가치세법 제17조 제1항에 따라 이 사건 세금계산서 발급일을 재화공급시기로 보아 그 매입세액 991,230,050원을 공제한 원고의 2015년 제1기 부가가치세 신고․납부는 정당하다. 이와 다른 전제에 선 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다.

6. 결론 이 사건 결손금 감액처분은 일부 취소되어야 하므로 그 취소를 구하는 원고 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없으므로 기각한다. 이 사건 경정거부처분과 이 사건 부가가치세 부과처분은 취소되어야 하므로, 그 취소를 구하는 원고 청구는 이유 있어 인용한다. 이 사건 농어촌특별세 부과처분 취소청구 부분은 이유 없으므로 기각한다.

1) 1) 청구취지 중 2012∼2014 사업연도 소득금액 증액처분을 다투는 부분은 실질적으로 그 후속 사업연도의 이월결손금 감액 처분 취소를 구하는 취지이다.

2)수정신고 등으로 변동된 결손금 내역을 반영한 금액이다.

3) 1,011,314,950,825원 + 101,512,688,978원 = 1,112,827,639,803원(전항에서 본 원고의 2012 사업연도 소득금액 누락액)

4) 2010∼2013 사업연도의 경우 이 사건 결손금 감액처분에도 불구하고 결손금이 발생하였거나 이월결손금을 공제하면 과세표준이 0에 미달하여 법인세 부과처분을 하지 않았다.

5) 쟁점1 관련 금액 중 ㉮행 기재 금액은 이 사건 결손금 감액처분 당시 피고가 인정한 소득금액이고, ㉯행 기재 금액은 피고가 아래 감사원 재조사 결정에 따라 감액경정한 소득금액이다.

6) 쟁점 2와 관련하여, 피고는 원고에게 귀속된 기존 공공시설 가액을 자산수증익으로 보아 관련 개발사업의 실시계획승인일에 익금산입(유보)하는 한편, 그와 같이 유보한 금액 중 이후 사업연도 토지 매출에 대응하는 부분은 매출 인식 비율만큼 추인하여 각 사업연도 손금에 산입하는 세무조정을 하였다. 2014 사업연도의 경우 후자의 손금산입액이 전자의 익금산입액보다 커서 이 부분 금액이 음수(-)가 되었다(아래에서 보는 2015 사업연도의 경우도 마찬가지이다).

7) 피고는 이 사건 결손금 감액처분을 하면서 쟁점1과 관련하여, ① 원고가 예정원가 증가액 1,401,732,080,895원을 비용으로 인식한 것은 손금불산입하면서, ② 원고가 예정원가 감소액 402,625,568,656원을 수익으로 인식한 것에 관해서는 세무조정을 하지 않았다. 감사원은 위 ①과 같은 세무조정을 다투는 원고의 주위적 주장을 배척하면서, ⁠‘주위적 주장이 배척될 경우 위 ②부분은 익금불산입 해야 한다’는 원고의 예비적 주장을 받아들여 위와 같이 결정하였다.

8) 999,106,512,238원 ≒ 1,401,732,080,895원 - 예정원가 감소액 402,625,568,656원

9) 후자의 환급금 중 일부는 다음 항에서 보는 것처럼 농어촌특별세 469,436,151원에 충당하였다.

10) 위 감면세액 2,347,180,755원을 과세표준으로 하고, 세율은 20%이다.

11) ① 맨 위 ⁠‘최초처분’란 기재 금액은 피고가 이 사건 결손금 감액처분 당시 증액한 원고의 각 사업연도 소득금액이다. ② 맨아래 ⁠‘합계’란 기재 금액은 위 ①항의 금액 중 피고의 과세표준 경정(각 사업연도 소득금액 증감) 결정에 따라 증감되고 남은 금액이다. ③ 나머지 란은 위 ①항의 금액에 관한 경정결정 일시 또는 사유에 따라 증감변동한 액수를 기재한 것이다.

12) 2) 1,112,827,639,803원 = 1,011,314,950,825원(원고가 신고한 결손금을 전액 감액한 처분) + 101,512,688,978원(2012 사업연도소득금액을 증액하여 후속 사업연도 이월결손금을 감액한 부분, ㉮)

13)1,104,007,814,315원 = 1,011,314,950,825원(원고가 신고한 결손금을 전액 감액한 처분) + 92,692,863,490원(앞의 각주 ㉮의금액을 감사원 재조사 결정에 따라 8,819,825,488원만큼 감액한 금액)

14) 남은 과세표준 2,674,153,882,593원 = 2,871,251,760,698[라. 1)항의 금액] - 197,097,878,105원 남은 법인세액 495,042,594,941원 = 535,010,604,542원[라. 1)항의 금액] - 39,968,009,601원

15) 609,952,528원 = 위 감면세액 3,049,762,644원 × 세율 20%

16) 2006 사업연도 당시에는 대한주택공사. 2009. 5. 22. 법률 제9706호로 한국토지주택공사법이 제정되어 2009. 10. 1.부터 시행되고, 그 부칙 제2조에 따라 대한주택공사법과 한국토지공사법이 폐지되었다. 그에 따라 2009. 10. 1. 원고가 설립되고, 대한주택공사와 한국토지공사는 해산하였으며, 위 법률 부칙 제8조에 따라 원고는 대한주택공사와 한국토지공사의 재산과 채권ㆍ채무, 그 밖의 권리ㆍ의무를 포괄적으로 승계하였다. 이하 대한주택공사도 ⁠‘원고’로 지칭한다.

17)이 사건 예정원가 변동분 중 상당 부분은 준공 연도 이전 사업연도에 실제 지출이 이루어질 것으로 보인다

18) 2015 사업연도의 경우 이 사건 결손금 감액처분 취지에 따라 일단 이를 손금불산입하는 것으로 세무조정하여 법인세를 신고․납부한 다음, 이를 손금에 산입해달라는 취지로 이 사건 경정청구를 하였다.

19) 갑51-1 중 전자기록 면수로 15면 등 참조.

20) 갑92 중 전자기록 면수로 89면, 원고 2020. 9. 18.자 준비서면 9-1 31면 등 참조.

21) 원고가 이 사건 변론종결 후 제출한 참고자료 148에 따르면 50,304㎡

22) 다만 최초 2015 사업연도 법인세 신고시 원고의 법정기부금 한도액이 2015년 기부채납액(2,926,027,000원 상)을 초과하였으므로, 위 금액은 전액 손금에 산입되었다.

23) 다만 목포용해2지구와 관련하여 원고가 2010년 기부채납한 도로(3-150호) 개설 관련 11,502,000원의 경우 당초 택지개발계획 또는 실시계획 승인 조건에 따라 지출한 것으로 보이기는 한다. 그러나 감사원이 앞서 본 원고에 대한 감사 후 ⁠‘목포 용해2지구와 관련하여 따부재길(소로3-150호선)은 법적 근거 없는 기반시설로서 토지 조성원가에 산입하여서는 안 된다.’는 감사의견을 밝힌 점, 이에 따라 원고가 2010. 9. 16.과 2011. 11. 14.경 목포시장에게 위와 같은 감사결과를 근거로 도로 개설사업 추진이 불가능함을 통보한 점, 목포시가 2011. 11. 29.경 원고 의견을 받아들여 따부재길 개설을 위한 2010. 1. 7.자 도시계획시설사업 실시계획 인가처분을 취소하고 사업을 백지화하겠다는 취지로 원고에게 회신한 점 등을 종합하여 보면, 위 기부채납비용 11,502,000원은 부당결부금지 원칙에 반하여 무효인 승인 조건(그와 같은 부관은 무효가 아니더라도 목포시장의 위와 같은 조치에 따라 취소된 것으로 볼 수 있다)에 기해 지출한 것으로 봄이 타당하다. 그렇다면 위 기부채납액 역시 적법․유효한 실시계획 등 승인 조건에 따라 지출한 것으로는 볼 수 없다.

24) 2020. 5. 29.자 원고 준비서면 28면 이하 참조

25) 472,461,496,747원 = 565,154,360,237원(표6 중 2012 사업연도의 합계액) – 92,692,863,490원(아래 ④항과 같이 피고가 증액한 원고의 2012 사업연도 소득금액, 각주 12, 13 참조)

26) 쟁점2에 관한 원고 주장이 인용될 경우, 원고가 이 부분 인용 금액에서 공제되어야 함을 자인하는 쟁점2 관련 금액이다.

27) 27) 알파돔시티는 판교 신도시 택지개발사업지구 내에서 사업복합단지 사업을 수행하도록 하기 위하여 원고, 지방행정공제회, 롯데건설, 두산건설, GS건설, SK건설 등이 컨소시엄을 구성하여 2007. 10. 31. 설립한 회사이다.

28) 원고는 2009. 1. 9. 알파돔시티와 회차별 할부금 납부약정일을 일부 변경하는 매매변경계약을 체결하였고, 2012. 2. 29. 알파돔시티와 다시 필지별 매매대금 및 회차별 할부금 납부일정을 일부 변경하는 매매변경계약을 체결하였는바, 기존 매매계약 및 위 각 매매변경계약을 통틀어 제1매매라고 한다.

29) 실제 공사 착공 개시일이 2015. 5. 28.로 지연됨에 따라, 제2매매계약 제3조 제3항에 따라 재산정한 매매대금은 약 2,262억원이고, 그중 계약금은 31,447,654,795원이다. 계약금 중 토지를 제외한 건물 부분이 차지하는 금액이 세금계산서 발급 급액인 9,912,300,500원(≒31,447,654,795원 × 31.52%). 31.52%는 제2매매대금 약 3,985억 원 중 건물에 관한 매매대금 약 1,256억 원이 차지하는 비율이다(31.52% ≒ 125,599,277,000원 ÷ 398,500,000,000원, 을 12-2 참조).

출처 : 창원지방법원 2021. 02. 04. 선고 창원지방법원 2019구합53967 판결 | 국세법령정보시스템