요지

이 사건 농지는 공업지역에 편입된 이후에 이를 상속으로 취득하여 양도하였으므로 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에 따라 자경농지 감면대상 농지에 해당하지 아니함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고들의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고들이 원고들에 대하여 한 별지1 목록 기재 각 2015년 귀속 양도소득세 부과처분

(가산세 포함)을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. QQ(이하 ⁠‘망인’이라 한다)은 1970. 6. 19.부터 2007. 5. 4.까지 사이에 별지2 목록 기재 각 부동산[이하 ⁠‘이 사건 부동산’이라 하고, 그 중 같은 목록 순번 1, 2,27, 28번 및 4번에 해당하는 000 212 대 3,808㎡ 중 916㎡ 부분(묘지)을 제외한 나

머지를 ⁠‘이 사건 농지’라 한다]에 관하여 소유권이전등기를 마치고, 이 사건 농지에서 직접 경작을 하여 왔다.

나. 이 사건 부동산은 2009. 9. 30. 00공사가 시행하는 00 하이테크밸리 산업단지계획에 따라 공업지역으로 지정·고시되어 이에 편입되었다.

다. 망인은 2009. 12. 22. 사망하였고, 원고 VV는 망인의 배우자, 원고 HH, JJ, MM과 LL은 망인의 자녀들로서 공동상속인이다.

라. 원고들 및 HH은 이 사건 부동산에 관하여 별지2 목록 기재와 같은 내용으로 상속받기로 하는 내용의 상속재산분할협의를 하였고, 그에 따라 2010. 6. 8. 원고들 및 HH 앞으로 2010. 1. 22. 협의분할에 의한 상속을 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐졌으며, 이 사건 부동산 중 00리 202 대 3,808㎡를 제외한 나머지 부동산(다만 별지2 목록 기재 순번 3번의 144 전 2,195㎡는 2015. 9. 22. 144 전 747㎡와 144-1 전 1,448㎡로 분할된 후 144-1 토지만 이전되고, 나머지 144 토지는 현재 원고 VV의 소유로 남아있다)에 관하여는 2015. 10. 21.부터 2015. 11. 19.까지 사이에, 위 00리 202 대 3,808㎡에 관하여는 2016. 6. 16. 각 000공사 앞으로 공공용지의 협의취득을 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐졌다.

마. 원고들은 2015. 12. 31. 및 2016. 8. 31. 피고에게 이 사건 부동산의 양도로 발생

한 소득에 대하여 양도소득과세표준 신고 및 수정신고를 하였는데, 이 사건 농지에 대하여는 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

제69조(자경농지에 대한 양도소득세 감면) 및 제69조의2(축사용지에 대한 양도소득세 감면)의 세액감면 규정을 적용하여 그 양도소득과세표준 신고 및 수정신고를 하였다.

바. 국세청은 2017. 6. 19.부터 같은 해 7. 7.까지 피고에 대한 감사를 실시한 결과, 이 사건 농지는 원고들이 이를 상속으로 취득하기 전에 이미 공업지역에 편입되었으므 로 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서 및 제69조의2 제1항 단서에 따라 감면할 양

도소득이 존재하지 않는 것으로 판단하고, 피고에게 이에 대한 감면을 배제할 것을 지

시하였다. 이에 따라 피고는 2018. 5. 10. 원고들에게 아래 표 기재와 같은 2015년 귀

속 양도소득세(가산세 포함)를 부과하였다.

사. 원고들은 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2020. 4.

29. 위 심판청구가 기각되었다.

아. 피고는 이 법원에 이 사건이 소송계속 중이던 2021. 1. 14. 원고들의 2015년 귀

속 양도소득세를 별지1 목록 기재 각 금액으로 감액경정결정을 하고 이를 원고들에게

고지하였다(피고가 위와 같이 감액경정한 것은 양도시기가 2016년 6월경인 00리 212 토지 부분 양도소득세를 2015년 귀속 양도소득세에서 제외하였기 때문이다. 당초 양도소득세 부과처분 중 위와 같이 감액경정하고 남은 부분을 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1, 2, 3호증의 각 기재(가지번호

있는 것은 이를 포함한다. 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장 요지

1) 양도소득세 감면 주장1)

이 사건 처분은 아래와 같은 사유로 위법하므로 취소되어야 한다.

① 공업지역 등에 편입된 후 상속으로 농지를 취득한 경우에도 상속인이 피상속인의 자경 요건을 승계할 수 있도록 규정하고 있는 구 조세특례제한법 시행령(2016. 1.22. 대통령령 제26922호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제12항은 자경농민의 상속인에게 감면혜택을 주기 위하여 신설된 조문이다. 위와 같은 입법취지를 고려한다면 해당 토지가 공업지역에 편입된 경우 공업지역에 편입된 날까지 발생한 소득에 대해서만 양도소득세를 감면하는 것으로 규정하고 있는 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서는 농지의 취득이 편입일보다 앞서는 것을 전제하는 규정이므로, 이 사건과 같이 편입일 이후에 상속으로 농지의 취득이 이루어진 경우에는 적용될 수 없고, 같은 항 본문에서 정한 감면규정을 적용하여야 한다.

② 망인이 자경농지에 대한 감면요건을 모두 충족하였음에도 이 사건 농지의 공업지역으로의 편입과 망인의 사망일자 중 어느 것이 우선하는지의 우연한 사정에 의하여 그 감면소득이 달라지는 것은 부당하다. 이는 평등의 원칙에 반하여 원고들의 재산권을 침해한다.

③ 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서의 취지는 해당 토지를 공업지역에 편입되기 전에 상속받은 경우 공업지역 편입일 이후 용도지역 변경으로 인한 이익이나 개발이익은 감면대상에 포함시키지 아니하겠다는 것이므로, 이 사건 농지가 공업지역에 편입되기 이전에 망인이 사망하였다고 가정하더라도 양도소득 대부분이 편입일 이 후에 발생한 것으로 볼 수 있어 감면소득도 발생하지 않아야 함에도 불구하고, 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제7항의 계산식에 의할 경우 양도소득 전부를 감면받게 된다. 그렇다면 조세평등주의, 국세기본법 제18조 제1항 등을 고려하여 해당 토지가 공업지역에 편입된 후 농지를 상속받은 자에 대하여는 위 시행령 제66조 제7항 규정이 적용되지 아니한다는 예외 규정을 둠으로써 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문에 따라 양도소득세를 감면하여야 한다. 따라서 위와 같은 예외규정을 두지 아니한 것은 모법인 구 조세특례제한법 제69조의 규정취지에 반할 뿐만 아니라 그 위임범위를 벗어난 것으로서 무효이다.

2) 가산세 부분에 대한 주장

설령 원고들의 양도소득세 본세 납부의무가 인정된다고 하더라도, 원고들이 자경농지에 대한 양도소득세 감면 조항인 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문을 적용하여 양도소득과세표준과 세액을 과소신고·납부한 데 정당한 사유가 있으므로, 피고가 과세신고가산세 및 납부불성실가산세를 부과한 것은 위법하다.

나. 관계 법령

별지3 관계 법령 기재와 같다.

다. 양도소득세 감면 주장에 대한 판단

1) 구 조세특례제한법 제69조 제1항은 본문에서 농지 소재지에 거주하는 거주자가 8년 이상 직접 경작한 토지의 양도로 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 전부 면제한다고 규정하면서도, 그 단서에서는 해당 토지가 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 ⁠‘공업지역 등’이라 한다)에 편입된 경우에는 공업지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 면제하도록 정하고 있다. 이처럼 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에서 본문에 의한 양도소득세의 면제범위를 제한한 것은, 농지가 공업지역 등에 편입된 후에는 개발이익이 발생하기 시작하여 경제적 가치 면에서 사실상 농지 외의 토지와 다를 바 없게 되므로 그 부분까지 농지로서의 양도소득세 감면혜택을 부여할 필요가 없기 때문이다(대법원 2017. 3. 30. 선고 2016두57038 판결 등 참조).

2) 위 관계 규정의 내용과 관련 법리에 비추어 보건대, 설령 이 사건 농지가 조세특례제한법 제69조 제1항 본문에서 정한 ⁠‘자경농지에 대한 양도소득세의 감면’ 요건을 모두 충족하였다고 하더라도, 그 감면되는 세액의 범위는 공업지역에 편입된 날까지 발생한 소득에 한정된다.

그런데 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고들은 과세표준이 되는 양도차익을 산출하면서 필요경비로 공제되는 취득가액을 공업지역 편입일 이후인 2009. 12. 22.(상속일)을 기준으로 산정하였고, 이에 따라 피고는 원고들에게 이 사건 농지의 공업지역 편입일 이후로서 원고들의 이 사건 농지 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 부과한 사실을 인정할 수 있다.

위 사실에 의하면, 이 사건 처분으로 부과된 세액 산정의 기초가 된 양도소득에는 세액 감면대상인 양도소득이 포함되어 있지 않음이 분명하므로, 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에 따라 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제한 이 사건 처분은

적법하다.

3) 원고들은, 농지의 경작기간 산정에 관한 규정인 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제12항의 문언 및 입법취지, 실제 감면세액 계산결과에 비추어 보면, 이 사건과 같이 편입일 이후에 농지의 취득이 이루어진 경우에는 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서가 적용될 수 없고, 본문에서 정한 감면규정을 적용하여야 한다고 주장한다.

조세법규의 문언 자체에 의하더라도 그 의미가 분명하지 아니하거나 외견상 법규 상호 간에 배치되거나 충돌하는 것처럼 보이는 경우 법원으로서는 당연히 법규 상호 간의 조화로운 해석을 통하여 문제가 되는 문언의 진정한 의미를 밝혀내야 한다.

이 경우 법관은 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 아니하 는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 법규의 합목적적 해석을 하는 것은 불

가피하다고 할 것이나, 조세법률주의와 그에 따른 엄격해석의 원칙상 조세법규의 합목

적적 해석은 위와 같은 예외적인 상황에서만, 예외적인 범위 내로 한정되어야 한다.

그런데 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서는 그 적용요건으로 농지의 취득일이 편입일 이전일 것을 요구하고 있지 않을 뿐만 아니라 원고들 주장처럼 농지의 취득일이 편입일 이후인 경우에는 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서를 적용할 수 없고, 제69조 제1항 본문을 적용하여야 한다면, 편입일 이후 농지를 취득하여 8년간 직접 자경한 자에 대해서도 제69조 제1항 본문에 따라 양도소득세 전부를 면제하여야 한다는 결론에 이르게 되는데, 이는 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에서 본문에 의한 양도소득세의 면제범위를 제한한 문언이나 입법취지에 오히려 반하게 되는 결과가 발생하므로 원고들의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

또한 위 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제12항이 공업지역 등에 편입된 자경농지에 대한 양도소득세 감면범위를 제한하는 규정인 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서의 규정과 논리적으로 상충된다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제12항에서 택지개발지구 등의 지정이 상속일 전에 이루어진 경우에도 피상속인의 경작기간을 상속인의 경작기간으로 보도록 규정하고 있다고 하여 공업지역등에 편입된 날까지 발생한 소득에 대해서만 양도소득세를 면제하도록 한 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서 규정의 내용과 달리 공업지역 등에의 편입일 이후에 발생한 소득에 대해서까지 양도소득세를 면제하여야 하는 것으로 해석할 수는 없다.

4) 나아가 원고들은 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제7항의 계산식에 의할 경우 망인의 사망일과 공업지역 등에의 편입일 선후에 따라 감면소득이 달라지는 부당한 결과가 발생한다고 주장한다. 그런데 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제7항 규정의 계산식은 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서의 ⁠‘공업지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득이 있는 경우’에 그 소득을 산정하는 계산식으로 이 사건과 같이 이 사건 농지의 공업지역 편입일 이후로서 원고들의 이 사건 농지 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 부과한 이 사건 처분에 관하여는 적용될 여지가 없다.

따라서 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서가 적용되는 경우의 계산식을 규정한 구조세특례제한법 시행령 제66조 제7항이 이 사건에서도 적용된다는 전제하에 해당 토지가 공업지역에 편입된 후 농지를 상속받은 자에 대하여는 위 규정이 적용되지 아니한

다는 예외 규정을 두지 않았다고 하여 모법의 위임범위를 일탈하였다고 볼 수도 없다.

또한 원고들은 위 계산식 중 양도당시 기준시가를 보상가액 산정의 기준시가가 되는 2008. 1. 1.을 공시기준일로 하는 개별공시지가를 기초로 그 감면소득을 산출하고

있다. 그런데 갑 제10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 00000공사가 이 사건 농지를 협의취득할 당시 2008. 1. 1.을 공시기준일로 하는 비교표준지의 개별공시지가를 기초로 평가한 이 사건 농지의 감정가액을 기초로 이 사건 농지의 양도가액(보상가액)을 산정한 사실은 인정되나 위 감정평가액은 2008. 1. 1.을 공시기준일로하는 비교표준지의 개별공시지가를 기초로 2008. 1. 1.부터 가격평가시점인 2015. 9.30.까지의 지가변동률, 생산자물가상승률 및 이 사건 농지의 위치, 형상, 환경, 이용상황, 인근 유사토지의 거래사례 및 보상사례 등 가격 형성에 영향을 미치는 여러 요인 을 종합적으로 평가하여 산정한 것으로서 그 가격평가시점은 2015. 9. 30.이고, 원고들이 주장하는 것처럼 2008. 1. 1. 당시 이 사건 농지의 가격을 평가한 것이 아니므로 이 사건 농지의 양도가액(보상가액)이 2008. 1. 1. 당시의 가격임을 전제로 한 원고들

의 평등의 원칙 위반 주장도 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 이유 없다

라. 가산세 부분 주장에 대한 판단

1) 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정적 제재로서, 정당한 사유가 있는 때에는 이를 부과하지 않는다(국세기본법 제48조 제1항). 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 견해가 대립하는 등으로 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것에 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유가 있을 때 또는 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하기 어려운 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 비난할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다(대법원 2017. 7. 11. 선고 2017두36885 판결 등 참조).

2) 위 법리에 따라 이 사건에 관하여 보건대, 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에서 세액 감면대상이 되는 자경농지의 양도소득을 공업지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득으로 한정함으로써 공업용지 등에 편입된 날 이후에 발생한 소득에 대해서는 세액 감면대상에서 제외하도록 정하고 있음이 명백하고, 원고들도 이 사건 농지를 공업지역에 편입된 이후에 취득하였음을 잘 알고 있었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 납세자인 원고들이 공업지역에 편입된 이 사건 농지에 대한 양도소득세 감면범위에 관하여 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 견해가 대립하는 등의 사정으로 인해 양도소득세 신고·납부의무를 알지 못한 것이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라 그 의무의 이행을 기대하기 어려운 사정이 있었다고 볼 수도 없으므로, 원고들의 위 주장도 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.

출처 : 대구지방법원 2021. 06. 24. 선고 대구지방법원 2020구합24198 판결 | 국세법령정보시스템