요지

사후에 제출된 쟁점계약서상의 인영과 부동산등기신청에 첨부된 검인계약서 및 근저당권설정계약서에 날인된 당사자의 인영이 확연히 다른 점 등 진정성립이 인정되지 않는다면 쟁점계약서에 의한 취득가액을 인정할 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

 피고가 2018. 8. 16. 원고에 대하여 한 2016년 양도소득세 167,289,921원의 부과처분 중 정당한 세액을 넘어서는 부분은 이를 취소한다.

이유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 2002. 12. 30. 박AA으로부터 주택건설사업자인 박AA이 OO OO구 OO동 234-6 지상에 신축한 지상 5층의 다세대주택 총 9개 호실(이하 통틀어 ⁠‘이 사건 주택’이라 하고, 이 사건 주택의 각 호실을 개별적으로 칭할 때에는 호수로 특정하기로 한다)을 취득하였고, 2016. 6. 17. 이 사건 주택을 1,915,000,000원에 양도하였다.

 나. 원고는 2016. 8. 31. 2016년 귀속 양도소득세를 신고함에 있어, ① 취득가액을 환산취득가액인 772,584,993원으로 적용하고, ② 이 사건 주택 중 401호에 대하여는 1세대 1주택 비과세를, ③ 위 401호를 제외한 나머지 8개 호실에 대하여는 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호에 따른 신축주택 취득자의 양도소득세 감면특례(이하 ⁠‘신축주택감면’이라 한다)를 각 적용하여 양도소득세 90,391,050원을 신고ㆍ납부하였다.

 다. 피고는 2018. 4. 2.부터 2018. 4. 22.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하였는데,① 이 사건 주택의 2002. 11. 25.자 검인계약서에는 매매대금이 3억 원으로, 이 사건전소유자 박AA의 종합소득세 신고서에는 이 사건 주택 판매수입금액이 5억 9,000만원으로 각 기재되어 있음을 확인한 다음, 원고가 세무조사 과정에서 제출한 매매대금 10억 원의 2002. 11. 5.자 매매계약서(갑 제4호증, 이하 ⁠‘쟁점계약서’라 한다)는 믿기어려워 이 사건 주택 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우로 보아, 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제1항 제1호 나목에 따라 원고가 최초 신고한 환산취득가액 772,584,993원을 적용하고, ②이 사건 주택 401호에 관하여는 1세대 1주택 비과세를 적용하고, ③ 이 사건 주택의 매매계약일을 부동산등기부상 등기원인일이자 검인계약서상 매매계약일인 2002. 11. 25.으로 보아 위 매매계약일 현재 입주 사실이 확인된 이 사건 주택 201호, 202호, 203호, 301호, 302호, 303호 및 501호 총 7개 호실에 대한 신축주택감면을 부인하고,나머지 502호에 대해서만 신축주택감면을 인정하는 내용으로 양도소득세를 산정하여2018. 5. 25. 원고에 대하여 과세예고통지를 하였다.

 라. 이에 원고가 과세전적부심사를 청구하였으나 2018. 8. 8. 불채택됨에 따라 피고는 2018. 8. 16. 원고에 대하여 2016년 귀속 양도소득세 75,314,067원을 경정ㆍ고지(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

 마. 이 사건 처분에 불복하여 원고가 2018. 11. 5. 이의신청을 거쳐 2019. 4. 15. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2019. 12. 19. 심판청구가 기각되었다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 원고의 주장

  1) 원고는 당초 양도소득세 신고를 대리한 세무법인 사무장인 김BB이 임의로 이 사건 주택의 취득가액을 환산가액으로 신고하였다고 주장하면서, 원고가 세무조사과정에서 제출한 쟁점계약서에 의하면, 실제 매매대금이 10억 원, 매매계약일이 2002. 11. 5.으로 확인되는 점, 당시 계약금 1억 원은 원고의 남편 박CC이 2001. 12. 1. 박AA에게 대여한 대여금으로 대체하기로 하고, 잔금 중 7억 4,000만 원은 이 사건 주택에 대한 근저당권설정채무금 1억 8,000만 원과 임대차보증금 합계 5억 6,000만 원을 승계하는 것으로 하고, 나머지 1억 6,000만 원은 박AA이 이 사건 주택 중 401호를 원고로부터 임차하여 거주함에 따라 지급하여야 할 임대차보증금으로 일시적으로 대체하고, 박AA이 해외로 출국한 2005. 6. 7.경 1억 6,000만 원을 지급하였는바, 금융거래내역 등 취득자금의 흐름이 쟁점계약서와 어느 정도 일치하는 점, 전소유자인 박AA은 2005. 6. 29. 이민을 목적으로 해외로 출국하여 한국에 없는데, 문서감정결과에 의하면 쟁점계약서가 매매계약일인 2002년 무렵 작성된 것으로 보인다고 감정된 점 등을 종합하면, 쟁점계약서에 기재된 매매대금 10억 원은 실지거래가액이므로 이를 취득가액으로 하여 양도소득세가 산정되어야 한다.

  2) 쟁점계약서가 주택건설사업자인 박AA과 사이에 작성된 실제 계약서이므로, 쟁점계약서의 매매계약일인 2002. 11. 5. 이후에 입주 사실이 확인되는 이 사건 주택 중303, 501호에 대하여도 신축주택감면이 적용되어야 한다.

 나. 관계 법령

  별지 기재와 같다.

 다. 판단

  1) 취득가액

   가) 쟁점계약서의 진정성립 여부

갑 제1 내지 3호증, 갑 제5, 11, 18호증, 을 제4, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들 및 감정인 양DD의 문서감정결과만으로는 쟁점계약서(갑 제4호증)의 진정성립을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 쟁점계약서에 기재된 대금으로 양도차익을 산정할 수는 없다.

⑴ 피고는 원고의 심사청구, 조세심판청구, 이 사건 소송의 답변서에서 ⁠‘쟁점계약서의 박AA 인영과 검인계약서, 근저당권설정계약서의 박AA 인영이 상이한 점, 세무조사종결 직전에 쟁점계약서가 제출된 점, 쟁점계약서를 늦게 제출한 사유에 대하여 주장이 계속 바뀌는 점, 쟁점계약서의 거래가액이 검인계약서 기재나 전소유자의 종합소득세 신고내역과 차이가 있는 점, 취득자금의 내역을 확인할 수 있는 자료가 부족한 점’ 등에 비추어 쟁점계약서는 진정성립을 인정하기 어렵고, 그 내용을 믿기도 어렵다고 주장하면서 일응 진정성립에 대하여 이의를 제기하고 있다.

⑵ 쟁점계약서(갑 제4호증)에 날인된 박AA 인영은, 이 사건 주택 취득 당시 관할 OO구청장의 검인을 받은 매매계약서(을 제4호증) 및 박AA이 2002. 11. 13. 주식회사 OO은행에서 이 사건 주택 중 203호, 401호를 담보로 대출을 받으면서 작성한 근저당권설정계약서(갑 제18호증)에 각 날인된 박AA 인영과 육안으로 보기에 다르다.

⑶ 이 법원의 감정인 양DD의 문서감정결과에 의하면, 쟁점계약서가 이 사건 주택 취득시기인 2002년 무렵에 작성된 사실은 인정되나, 쟁점계약서에 날인된 박AA의 인영이 당시 박AA에 의하여 직접 날인되었다거나, 박AA이 당시 사용하던 인장에 의한 것임을 인정할 아무런 자료가 없는 이상, 위 인정사실만으로 쟁점계약서의 진정성립을 바로 인정하기는 어렵다.

⑷ 여기에 원고가 과세전적부심사를 청구하면서는 ⁠‘양도소득세 조사기간 동안 집안을 샅샅이 뒤져서 쟁점계약서를 찾아서 제출하였다’고 진술하다가(을 제10호증) 조세심판청구 및 이 사건 소송에서는 세무법인 사무장인 김BB이 2016년경 양도소득세 신고 당시 원고로부터 쟁점계약서 원본을 받아놓고는 원고의 동의 없이 임의로 환산취득가액을 적용하여 양도소득세를 신고한 것이라고 진술하였는바, 쟁점계약서 제출 경위에 대하여 일관되지 않는 진술을 하는 점까지 더하여보면, 쟁점계약서의 진정성립에 대하여 상당히 의심이 든다.

   나) 쟁점계약서에 기재된 10억 원을 실지거래가액으로 인정할 수 있는지 여부

설령 쟁점계약서의 진정성립이 인정된다 하더라도, 갑 제1 내지 22호증, 을 제1 내지 11호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 쟁점계약서에 기재된 10억 원을 실지 이 사건 주택 취득에 든 거래가액으로 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 10억원을 실지거래가액으로 볼 수 없다.

⑴ 이 사건 매매계약서에 의하면, 원고가 2002. 11. 2. 박AA과 사이에 이 사건 주택을 대금 10억 원에 매수함에 있어, 계약금 1억 원은 계약일에 지급하고, 잔금 9억 원은 2002. 12. 6. 지급하되, 특약사항으로 잔금 중 은행융자 1억 8,000만 원과 전세보증금 5억 6,000만 원을 제외한 나머지 1억 6,000만 원만을 지불한다고 기재되어 있다.

⑵ 먼저, 이 법원의 감정인 양DD의 문서감정결과에 의하면, 쟁점계약서가 이 사건 주택 취득시기인 2002년 무렵에 작성된 사실은 인정되나, 전소유자 박AA은 원고의 동생 남편으로 원고와 사이에 특별한 신분관계에 있는 점, 부동산 중개인 등이 없이 원고와 박AA 사이에 쟁점계약서가 작성된 점, 이 사건 주택에 관한 소유권이전등기시 제출된 검인계약서의 매매대금(3억 원), 박AA이 종합소득세 신고서에 기재한 이 사건 주택 판매수입금액(5억 9,000만 원)과 그 기재 매매대금이 상이한 점 등에 비추어 쟁점계약서에 기재된 매매대금 등 계약 내용을 그대로 믿기는 어렵다. 따라서 쟁점계약서 내용에 부합하는 금융거래자료 등이 존재하는지 여부에 관하여 살펴볼 필요가 있다.

⑶ 그런데 쟁점계약서 중 계약금 1억 원 지급과 관련하여, 원고는 최초 세무조사 당시에는 2002. 10. 30. 원고의 남편 박CC이 그 소유의 OO OO구 OO동 소재 아파트를 담보로 하여 은행으로부터 대출을 받아 지급하였다고 진술하였으나, 피고의 세무조사 결과 당시 신규대출이 없었던 사실이 밝혀지자, 박CC이 2001. 11. 29. 위 아파트를 담보로 1억 원을 대출받아 박AA에게 대여하였고, 그 대여금채권과 계약금을 상계한 것이라는 취지로 진술을 번복하였다. 그러나 박CC이 1억 원을 대출받아 이를 박AA에게 대여하였음을 인정할 만한 금융거래내역, 차용증 또는 그 이후의 이자 수수 내역 등의 객관적인 자료가 전혀 없으므로, 계약금 1억 원 지급과 관련한 내용은 믿기 어렵다.

⑷ 잔금과 관련하여 쟁점계약서에는 ⁠‘은행융자 1억 8,000만 원’을 승계한다고 되어 있는데, 원고가 담보대출금 변제를 위하여 2003. 3. 7. 2,500만 원, 2003. 4. 30. 3,000만 원을 부담한 사실은 인정되나, 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 잔금으로 은행융자금 1억 8,000만 원을 승계하였다는 부분 역시 믿기 어렵다.

 ① 박AA은 이 사건 주택을 신축하기에 앞서 2002. 4. 26. 이 사건 주택 부지를 담보(채권최고액 3억 6천만 원)로 주식회사 OO은행으로부터 3억 원을 대출받았다. 그런데 쟁점계약서 작성일인 2002. 11. 5. 위 대출금 3억 원이 그대로 남아있었는바, 그 중 1억 8,000만 원만을 승계한다는 합의는 일반 거래 관행에 비추어 이례적이다.

 ② 박AA이 이 사건 주택 신축 이후인 2002. 11. 13. 주식회사 OO은행에 위 대출금 중 1억 원을 변제하고, 이 사건 주택 부지에 설정된 근저당권을 말소하면서 이 사건 주택 중 203호에 채권최고액 6,000만 원의, 401호에 채권최고액 1억 8,000만원의 근저당권을 각 설정하여주었는바, 쟁점계약서 작성일 무렵인 2002. 11. 13. 대출금 중 1억 원이 변제되어 대출금이 2억 원이 남게 되었는데, 위 금액 역시 원고가 승계하기로 한 은행융자금 액수와 맞아떨어지는 금액은 아니므로 여전히 일반 거래 관행에 비추어 이례적이다.

 ③ 이 사건 주택 취득 이전인 2002. 12. 13. 남은 대출금 중 5,000만 원이 변제되어 2002. 12. 16. 위 203호에 설정된 근저당권이 말소되어 은행대출금액이 1억 5,000만 원이 남게 되었는데, 원고가 대출금 중 1억 8천만 원을 승계하기로 하였다면 위 변제금 중 최소 3,000만 원 정도는 원고가 부담하였어야 할 것으로 보인다. 그럼에도 원고가 제출한 금융자료에는 원고가 이를 부담하였음을 인정할 내용이 전혀 없다.

⑸ 잔금과 관련하여 쟁점계약서에는 임대차보증금 5억 6,000만 원을 승계한다고 되어 있는데, ① 아래 표 ⁠‘원고 주장 임대보증금 승계’란 기재와 같이 원고가 승계하기로 합의한 임대차보증금의 내역에 관하여 원고의 과세전적부심사청구 당시의 주장(을 제10호증)과 이 사건 소송에서의 주장이 일관되지 않은 점, ② 특히 502호의 경우는 임대차계약서, 계약금 지급내역 등의 자료가 존재하지 아니하여 쟁점계약서 작성일 무렵 임대차계약이 체결되었는지 의문인 점 등에 비추어 보면, 임대차보증금 5억 6천만 원을 승계하는 내용으로 잔금을 지급하기로 하였다는 내용은 믿기 어렵다.

   다) 따라서 쟁점계약서, 금융거래자료만으로는 이 사건 주택의 실지거래가액을 확인할 수 없고 달리 실지거래가액을 확인할 수 있는 영수증 기타 증빙자료가 없는 경우에 해당하므로 피고가 취득가액을 환산취득가액으로 하여 산정한 이 사건 처분은 위법하지 아니하고, 이와 다른 원고의 주장은 이유 없다.

  2) 신축주택감면

   가) 조세감면의 혜택을 받고자 하는 자는 적용을 주장하는 조세감면에 관한 관계법령에 따른 조세감면의 요건을 갖추었음을 과세관청에 입증하여야 하는 것으로서 비과세요건, 감면요건에 대한 입증책임은 이를 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 2000. 7. 7. 선고 98두16095 판결 등 참조).

한편, 신축주택감면 규정은 1997년 금융위기 이후 주택 시장이 침체되어 미분양주택이 증가하여 미분양주택 해소 및 건설경기 부양을 통한 건설업자의 자금경색을 해소하기 위하여 미분양주택 매입을 유도하기 위함이 그 입법 취지이므로, 신축주택 취득 당시 이미 부동산 임대 등으로 입주하여 사용ㆍ수익되고 있다면, 전세보증금 등의 자금을 운용하는 것이어서 미분양 해소 및 건설업자의 자금경색 해소와 무관한 것이 되는바, 매매계약일 현재 입주 사실이 없다는 점은 신축주택감면을 주장하는 납세의무자가 입증하여야 할 것이다.

   나) 원고는 쟁점계약서에 기재된 매매계약일 2002. 11. 5.을 기준으로 입주 여부를 판단하여야 한다고 주장하나, 앞서 인정한 바와 같이 쟁점계약서의 진정성립 또는 그 기재 내용을 인정하기 어렵고, 달리 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 주택의 매매계약일이 2002. 11. 5.임을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이를 전제로 한 원고의 주장은 이유 없다.

   다) 결국 이 사건 주택 검인계약서의 매매계약일 및 원고의 소유권이전등기 원인일인 2002. 11. 25.을 매매계약일로 보아 앞서 본 표 중 ⁠‘전입일’란 기재와 같이 그 이전에 입주 사실이 확인되는 이 사건 주택 중 201호, 202호, 203호, 301호, 302호, 303호 및 501호 총 7개 호실에 관하여 신축주택감면을 부인한 이 사건 처분은 위법하지 아니하고, 이와 다른 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2021. 06. 11. 선고 서울행정법원 2020구단55919 판결 | 국세법령정보시스템