요지

어느 토지가 그 소유기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 농지, 임야 및 목장용 외의 토지에 해당할 경우 이를 비사업용 토지로 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2018. 12. 4. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 1,147,712,830원(가산세 포함)의 부과처분(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

○ 원고는 2003. 6. 27. ○○시 ○○읍 ○○리 0000-0 대 13,861㎡(이하 언급되는 토지는 모두 같은 리에 소재하므로 ⁠‘○○시 ○○읍 ○○리’는 생략한다), 0000-0 토지, 0000-0 토지를 취득하여 보유하다가 2016. 3. 25. 위 각 토지에 관하여 주식회사 C에게 매매 원인의 소유권이전등기를 마쳐준 후, 2016. 5. 31. 피고에게 위 각 토지의 양도에 관하여 양도가액 8,077,315,090원, 취득가액 3,912,415,506원, 장기보유 특별공제액 1,245,625,990원으로 하여 기본세율에 따라 계산한 2016년 귀속 양도소득세 1,072,058,853원을 신고하였다.

○ 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항, 제104조 제1항 제8호에 따르면 ⁠‘비사업용 토지’를 양도한 경우 장기보유 특별공제를 배제하고 기본세율에 10%의 가산세율을 더하여 양도세액을 결정하는데, 피고는 ⁠‘1004-3 토지 13,861㎡ 중 13,361.4㎡ 부분(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)이 비사업용 토지에 해당한다‘고 보아, 이 사건 토지에 대한 장기보유 특별공제를 배제하고 기본세율에 10%의 가산세율을 더하여 위 각 토지의 양도에 대한 2016년 귀속 양도소득세를 결정한 후, 2018. 12. 4. 원고에게 차액 1,147,712,830원을 경정고지(이 사건 처분)하였다.

○ 원고는 이에 불복하여 조세심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2020. 11. 17. 이를 기각하였다.

○ 이 사건 토지에 관하여 사업자등록이 마쳐져 있었던 기간은 아래 표와 같다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 5, 7호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령 및 그 중 비사업용 토지에 관한 규정의 구체적 내용 이 사건에 관계되는 법령의 규정 내용은 ⁠[별지] 기재와 같다.

어느 토지가 그 소유기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 ’농지, 임야 및 목장용지 외의 토지‘(이하 편의상 ’비농지‘라 한다)에 해당할 경우 이를 비사업용 토지로 하되, 다만 관광진흥법에 따른 전문휴양업ㆍ종합휴양업 그 밖에 이와 유사한 시설을 갖추고 타인의 휴양이나 여가선용을 위하여 이를 이용하게 하는 사업용 토지(관광진흥법에 따른 전문휴양업ㆍ종합휴양업 그 밖에 이와 유사한 휴양시설업의 일부로 운영되는 수영장업용 토지를 포함)의 경우 기획재정부령이 정하는 기준면적을 한도로 위의 비농지에서 제외한다(소득세법 제104조의3 제1항 제4호 다목, 시행령 제168조의11 제1항 제6호, 시행규칙 제83조의4 제11항).

이 사건 토지와 같이 소유기간이 5년 이상인 경우, 위 ’대통령령으로 정하는 기간‘은 ① 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, ② 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, ③ 소유기간의 40%를 초과하는 기간 모두를 말한다(소득세법 시행령 제168조의6 제1호)(즉, 비농지 해당 기간이 위 ①~③ 모두에 해당하면 비사업용 토지로 간주됨).

3. 원고 주장의 요지

원고의 이 사건 토지 소유기간인 4,655일 중 적어도 2,977일(= 원고의 사업자등록기간 893일 + D의 사업자등록기간 1,354일 + D 폐업 후 2년간인 730일) 동안 이 사건 토지는 비농지에서 제외되어 비농지 해당기간이 1,678일(= 4,655일 – 2,977일)로 되는데, 이는 소유기간의 40%를 초과하지 않는다(설령 위 제외기간 중 일부가 인정되지 아니한다 하더라도 E가 2007년부터 2017년까지 매년 여름 3개월 동안 이 사건 토지를 물놀이장 영업에 이용하였으므로 그 일수를 추가로 제외하면 비농지 해당기간은 역시 소유기간의 40%를 초과하지 않는다).

따라서 이 사건 토지는 비사업용 토지에 해당하지 아니하는데도, 이와 달리 비사업용 토지에 해당함을 전제로 양도세액을 경정한 이 사건 처분은 위법하다.

4. 판단

가. 이 사건 토지가 비농지에서 제외되는 기간

1) 원고가 직접 사업자등록을 하였던 기간

원고가 2003. 7. 25.부터 2006. 1. 3.까지 894일 동안 직접 이 사건 토지에 관하여 유원시설을 업종으로 하는 사업자등록을 마치고 이를 사업에 이용한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

따라서 이 사건 토지는 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 다목, 시행령 제168조의11 제1항 제6호 등에 의하여 원고 소유기간 중 894일 동안 비농지에서 제외된다.

2) D가 사업자등록을 하였던 기간

D가 원고 소유기간 중 2006. 4. 10.부터 2009. 12. 24.까지 1,355일 동안 이 사건 토지에 관하여 유원지 업종으로 사업자등록을 한 사실은 앞서 본 바와 같다.

그러나 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 다목, 시행령 제168조의11 제1항 제6호, 시행규칙 제83조의4 제11항은 그 문언상 해당 토지가 휴양시설업에 필요한 시설을 갖추어 실제 휴양시설업에 제공되고 있는 경우에 한하여 이를 비농지에서 제외하는 취지임이 분명한데, 을 제3호증의 기재와 변론 전체의 취지에 의하면 D가 이 사건 토지 지상 유원지 사업과 관련하여 2006년 1기부터 2007년 1기까지 ⁠‘F랜드’ 상호로 최소 5,616,692원, 최대 8,470,917원의 부가가치세 과세표준액을 신고하였으나 2007년 2기부터 폐업신고일이 속하는 2009년 2기까지 계속하여 매출세액, 매입세액, 과세표준액을 모두 ⁠‘0원’으로 신고한 사실이 인정된다.

사업자등록 직후부터 부가가치세 과세기간별로 수백만 원의 부가가치세 과세표준액을 지속적으로 신고하던 사업자가 실제로는 그 사업을 계속하고 있음에도 특정한 시점부터 부가가치세 과세표준액을 ⁠‘0원’으로 허위신고하는 것은 비현실적인바, 위 인정사실에 의하면 D는 늦어도 2007년 2기 부가가치세 과세기간 개시일인 2007. 7. 1. 무렵에는 이 사건 토지에서의 유원시설사업을 사실상 폐업하였다고 봄이 타당하고, 이에 반하는 갑 제6호증의 기재는 믿지 아니하며 달리 이를 뒤집을 반증 없다.

결국 이 사건 토지는 2007. 7. 1. 이후로는 D의 유원지 사업에 실제로 제공되지 아니하였으므로, D의 사업자등록 기간 중 이 사건 토지가 비농지에서 제외되는 기간은 2006. 4. 10.부터 2007. 6. 30.까지 447일에 한한다.

3) D 폐업 후 2년

거주자가 2년 이상 사업에 사용한 토지로서 사업의 일부 또는 전부를 휴업ㆍ폐업 또는 이전함에 따라 사업에 직접 사용하지 아니하게 된 토지는 그 휴업ㆍ폐업 또는 이전일부터 2년 동안 비농지에서 제외되는데(소득세법 제104조의3 제2항, 시행령 제168조의14 제1항 제4호, 시행규칙 제83조의5 제1항 제10호), 원고는 이를 근거로 이 사건 토지가 D의 사업자등록 말소일인 2009. 12. 24.로부터 2년간 비농지에서 제외되어야 한다고 주장한다.

그러나 위 조항은 ’거주자가 2년 이상 사업에 사용한 토지‘에 한하여 적용되는바, 앞서 본 바에 따르면 D이 이 사건 토지에서 유원지 사업을 실제 영위한 기간은 2006. 4. 10.부터 2007. 6. 30.까지 1년 2개월 남짓에 불과하다.

따라서 이 사건 토지는 위 조항의 적용요건을 충족하지 못하므로, D 폐업 후 2년 동안 비농지에서 제외되지 아니한다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

4) E가 물놀이장을 운영한 기간

E가 이 사건 토지에 관하여 유원시설업 사업자등록을 하였던 기간은 2014. 6. 20.부터 2015. 11. 30.까지에 불과하나, 갑 제12 내지 18호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 E가 2007년부터 2017년까지 매년 여름 3개월씩 이 사건 토지에서 물놀이장을 운영하여 유원시설업에 사용한 사실이 인정된다.

위 기간 중 원고의 소유기간은 2016. 3. 24.까지이고, E의 매년 물놀이장 운영기간을 정확히 특정하기 어려우므로 ’매년 여름 3개월‘을 ⁠“매년 7월부터 9월까지 각 92일”로 보기로 하여 이 사건 토지가 비농지에서 제외되는 기간을 산정하면, 2007년부터 2015년까지의 매년 7. 1.부터 9. 30.까지 총 828일(= 92일 × 9년)이 된다.

5) 소결

이상에서 본 바에 의하면, 이 사건 토지는 원고의 소유기간(2003. 6. 27.부터 2016. 3. 24.까지 4,655일) 중 ⁠“2003. 7. 25.부터 2006. 1. 3.까지 894일”, ⁠“2006. 4. 10.부터 2007. 6. 30.까지 447일”, ⁠“2007년부터 2015년까지의 매년 7. 1.부터 9. 30.까지 828일” 합계 2,169일간 비농지에서 제외된다.

나. 이 사건 토지의 비농지 해당기간 및 비사업용 토지 해당 여부

1) 비농지 해당기간

가.항에서 본 바에 의하면 이 사건 토지의 비농지 해당기간은 아래와 같다.

(1) 2003. 6. 27.부터 2003. 7. 24.까지 28일

(2) 2006. 1. 4.부터 2006. 4. 9.까지 96일

(3) 2007. 10. 1.부터 2008. 6. 30.까지 274일

(4) 2008. 10. 1.부터 2009. 6. 30.까지 273일

(5) 2009. 10. 1.부터 2010. 6. 30.까지 273일

(6) 2010. 10. 1.부터 2011. 6. 30.까지 273일 ⁠(그 중 2011. 3. 25. 이후는 98일)

(7) 2011. 10. 1.부터 2012. 6. 30.까지 274일

(8) 2012. 10. 1.부터 2013. 6. 30.까지 273일 ⁠(그 중 2013. 3. 25. 이후는 98일)

(9) 2013. 10. 1.부터 2014. 6. 30.까지 273일

(10) 2014. 10. 1.부터 2015. 6. 30.까지 273일

(11) 2015. 10. 1.부터 2016. 3. 24.까지 176일

2) 비사업용 토지 해당 여부

위 1)항의 기간은 아래에서 보는 바와 같이 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 각 목의 모두를 충족하므로, 이 사건 토지는 소득세법 제104조의3 제1항 제4호에 따라 비사업용 토지에 해당한다.

① 양도일 직전 5년 중 2년 초과(가목) : 충족

위 1)의 기간 중 양도일 직전 5년(2011. 3. 25.부터 2016. 3. 24.까지)에 해당하는 일수는 1,367일(= 98일 + 274일 + 273일 × 3년 + 176일)인바, 이는 2년(730일)을 초과한다.

② 양도일 직전 3년 중 1년 초과(나목) : 충족

위 1)의 기간 중 양도일 직전 3년(2013. 3. 25.부터 2016. 3. 24.까지)에 해당하는 일수는 820일(= 98일 + 273일 × 2년 + 176일)인바, 이는 1년(365일)을 초과한다.

③ 소유기간의 100분의 40 상당 기간 초과(다목) : 충족

위 1)의 기간의 합계 일수는 2,486일(= 28일 + 96일 + 274일 × 2년 + 273일 × 6년 + 176일)인바, 이는 소유기간 4,655일의 40%인 1,862일을 초과한다.

다. 소결

따라서 피고가 이 사건 토지를 비사업용 토지에 해당한다고 보아 원고에게 한 이 사건 처분은 적법하다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 제주지방법원 2021. 12. 07. 선고 제주지방법원 2021구합5189 판결 | 국세법령정보시스템