요지

1세대 1주택 해당 여부는 ⁠“양도일”, 즉 대금을 청산한 날을 기준으로 판단하여야 하며, 장기보유특별공제를 적용하기 위한 보유기간은 다른 공제율을 적용하여야 하는 자산으로 변동된 경우에는 그 보유기간을 통산할 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고 AA세무서장이 2020. 1. 14. 원고 aa에게 한 2017년 귀속 양도소득세 179,595,430원(가산세 포함)의 부과처분 중 144,235,830원(가산세 포함)을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 피고 BB세무장이 2020. 1. 15. 원고 bb에게 한 2017년 귀속 양도소득세 179,612,760원(가산세 포함)의 부과처분 중 144,296,991원(가산세 포함)을 초과하는 부분을 취소한다.

3. 원고들의 피고들에 대한 나머지 청구를 모두 기각한다.

4. 소송비용 중 4/5는 원고들이, 나머지는 피고들이 각 부담한다.

청 구 취 지

피고 AA세무서장이 2020. 1. 14. 원고 aa에게 한 2017년 귀속 양도소득세 179,595,430원(가산세 포함)의, 피고 BB세무서장이 2020. 1. 15. 원고 bb에게 한 2017년 귀속 양도소득세 179,612,760원(가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고들은 2007. 9. 6. 서울 BB구 OO동 OO 대 393㎡ 및 그 지상 철근콘크리트구조 콘크리트 평스래브지붕 6층 단독주택, 제2종 근린생활시설(이하‘ 이 사건 건물’이라 하고, 토지와 건물을 합하여 ⁠‘이 사건 부동산’이라 한다)을 29억 원에 매수하는 매매계약을 체결하고, 2008. 1. 16. 각 1/2 지분에 관한 소유권이전등기를 마쳤다.

  나. 원고들은 2016. 8. 22. 이 사건 부동산을 47억 원에 일괄하여 매도하는 매매계약(이하 ⁠‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하고, 2017. 11. 6. 매수인들로부터 잔금(14억 5,500만 원)을 지급받고 매수인들 명의의 소유권이전등기를 마쳐주었다.

  다. 한편 이 사건 건물 중 2층(이하 ⁠‘이 사건 건물 2층’이라 한다)의 건축물대장상 용도는 ⁠‘사무소’인데, 원고들이 이 사건 부동산을 취득할 당시부터 이 사건 건물 2층은 주거용 원룸(8실)으로 사용되고 있었다.

 라. BB구청장은 2017. 7. 17. 이 사건 건물 2층이 무단으로 용도변경되었다는 이유로 원고들에게 위반건축물 시정 통지를 하였고, 건축물대장에 위반건축물로 등재하였다. 원고들은 2017. 10. 12. 이 사건 건물 2층을 원상회복하였고, BB구청장은 현장 확인을 거쳐 2017. 10. 16. 위반건축물 표기를 해제하였다.

  마. 원고들은 2017. 11. 15. 이 사건 양도는 이 사건 건물의 주택 면적(4~6층, 658.38㎡)이 주택 외의 면적(1~3층, 651.33㎡)보다 큰 겸용주택 겸 다가구주택을 일괄하여 양도하는 경우로서 1세대 1주택인 고가주택의 양도에 해당한다고 보아, 구 소득세법(2017. 2. 8. 법률 제14569호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령(2017. 11. 21. 대통령령 제28440호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제160조 제1항에 따라, 구 소득세법 제95조 제2항 표2에서 정한 72%의 장기보유특별공제율을 적용하여 2017년 귀속 양도소득세 합계 97,685,920원(각 48,842,960원)을 신고․납부하였다.

  바. CC국세청장은 피고들에게, 이 사건 매매계약 체결일인 2016. 8. 22. 기준 이 사건 건물 2층(218.91㎡)이 공부상 근린생활시설(사무소)임에도 주택으로 사용되었으므로 이 사건 건물은 1세대 1주택 비과세 요건이 적용되는 건축법상 다가구주택이 아닌 다세대주택(공동주택)이라고 보아, 원고들이 거주한 1개 층(6층)에 대해서만 1세대 1주택으로 비과세하고 나머지 층에 대해서는 비과세를 배제하고 양도소득세를 부과하되, 구 소득세법 시행령 제154조 제1항에서 정한 2년 이상 보유기간을 충족하지 못했으므로 구 소득세법 제95조 제2항 표1에서 정한 27%의 장기보유특별공제율을 적용할 것을 시정지시하였다.

  사. CC국세청장의 시정지시에 따라 피고 AA세무서장은 2020. 1. 14. 원고 aa에게 2017년 귀속 양도소득세 179,595,430원(가산세 포함)을, 피고 BB세무서장은 2020. 1. 15. 원고 bb에게 2017년 귀속 양도소득세 179,612,760원(가산세 포함)을 각 경정․고지(이하 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다)하였다.

  아. 원고들은 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원장은 ⁠‘이 사건 건물은 이 사건 양도 당시 건축법상 다가구주택이라고 보아야 하므로 이 사건 양도는 1세대 1주택의 양도에 해당한다. 다만 원고들은 이 사건 건물 2층을 원상복구한 때부터 1세대 1주택에 해당하는 다가구주택을 보유하게 되었다고 할 것이므로, 구 소득세법 제95조 제2항 표2를 적용하기 위한 보유기간은 2017. 10. 12.부터 이 사건 양도일인 2017. 11. 6.까지라고 할 것이어서 장기보유특별공제를 적용할 수 없는데, 1세대 1주택으로 비과세되는 양도차익보다 배제되는 장기보유특별공제액이 더 커서 원고들에게 불리하게 되므로 당초 처분청의 처분을 유지한다.’라는 이유로 2020. 6. 4. 원고들의 심판청구를 기각하였다.

 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 6, 7호증, 을 제1, 2호증의 각 기재(각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 당사자들의 주장 요지

 가. 원고들의 주장

   1) 원고들은 이 사건 양도일을 기준으로 겸용주택 겸 다가구주택인 이 사건 건물을 일괄하여 하나의 매매 단위로 양도하였으므로 1세대 1주택의 고가주택 양도에 관한 규정을 적용하여 양도차익 및 장기보유특별공제액을 산정하여야 한다. 조세심판원 역시 이 사건 양도가 1세대 1주택에 해당하는지 여부는 양도일을 기준으로 한다고 판단하였으므로, 위와 같은 조세심판원의 결정 이유에는 기속력이 있다.

   2) 다가구주택에 대하여 다세대주택으로 변경하는 구분행위가 없는 이상 이 사건 건물은 여전히 건축법상 다가구주택으로서 1개의 자산에 해당한다고 보아야 하고, 원고들은 2008. 1. 16.부터 2017. 11. 6.까지 약 9년 10개월 동안 이 사건 건물을 보유하였으므로, 1세대 1주택 비과세 요건인 2년의 보유기간을 충족하였다고 보아야 하고, 장기보유특별공제액을 산정함에 있어 구 소득세법 제95조 제2항 표2에서 정한 1세대 1주택의 장기보유특별공제율인 72%(9년 이상 10년 미만)를 적용하여야 한다.

   3) 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하다.

 나. 피고들의 주장

   1) 원고들은 이 사건 매매계약을 체결한 후 매수인들의 요청에 따라 이 사건 건물 2층을 사무실로 원상회복하였으므로, 이러한 경우 1세대 1주택 해당 여부는 이 사건 양도일이 아닌 이 사건 매매계약 체결일을 기준으로 판단하여야 한다.

   2) 설령 1세대 1주택 해당 여부를 양도일을 기준으로 보아야 한다고 하더라도, 원고들은 주거용으로 사용하던 이 사건 건물 2층을 2017. 10. 16.에야 건축물대장상 용도와 같게 사무실로 용도변경(원상회복)을 하여 그때부터 1세대 1주택인 다가구주택을 보유하게 된 것이므로, 원고들은 구 소득세법 시행령 제154조 제1항에서 정한 2년의 보유기간을 충족하지 못하였다고 할 것이다.

   3) 원고들이 다가구주택을 보유한 기간은 2017. 10. 16.부터 2017. 11. 6.경까지이므로 장기보유특별공제요건인 3년 이상의 보유기간을 충족하지 못하였으므로, 장기보유특별공제 규정 역시 적용될 수 없다.

3. 처분의 적법 여부

 가. 관련 법령

   별지 기재와 같다.

 나. 판단

   1) 1세대 1주택 해당 여부의 판단 시점

     가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372).

       구 소득세법 제89조 제1항 제3호 가목은 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)의 경우에는 양도소득세를 과세하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 제98조는 자산의 양도시기를 대금을 청산한 날로 규정하고 있으며, 구 소득세법 시행령 제154조 제1항은 1세대 1주택이란 1세대가 ⁠‘양도일 현재’ 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년 이상인 것을 말한다고 명시적으로 규정하고 있으므로, 1세대 1주택 해당 여부는 ⁠“양도일”, 즉 대금을 청산한 날을 기준으로 판단하여야 한다고 봄이 타당하다.

     나) 이 사건에 관하여 보건대, 원고들은 공부상 용도(사무소)에 반하여 주거용으로 사용 중이던 이 사건 건물 2층에 대해 BB구청장으로부터 시정명령을 받게 되자 이 사건 건물 2층을 원상회복하여 2017. 10. 16. 위반건축물 표기가 해제된 사실, 원고들은 매수인들로부터 2017. 11. 6. 이 사건 매매계약에 따른 잔금을 지급받은 사실은 앞서 본 바와 같은바, 이 사건 양도일인 2017. 11. 6. 현재 이 사건 건물은 주택의 연면적(4~6층, 658.38㎡)이 주택 외 부분의 연면적(1~3층, 651.33㎡)보다 넓으므로 구 소득세법 시행령 제154조 제3항에 따라 전부를 주택으로 보아야 하고, 구 건축법 시행령 [별표1] 제1호 다목 기재 다가구주택의 요건을 충족하고 있으므로, 1세대 1주택인 다가구주택에 해당한다고 판단된다.

     다) 원고들이 이 사건 매매계약 체결 후 매수인들의 요청에 의하여 이 사건 건물 2층을 주거용에서 사무소로 용도를 변경하였으므로 매매계약 체결일을 기준으로 1세대 1주택에 해당하는지 여부를 판단하여야 한다는 피고의 주장은 위 구 소득세법 관련 규정에서 정한 비과세대상의 범위를 축소시키는 것으로서 앞서 본 법리에 비추어 허용될 수 없다.

       피고가 들고 있는 대법원 1992. 5. 12. 선고 92누1889 판결에서 매매계약 체결 후 계약조건에 따라 주택이 철거된 경우, 적어도 주택이 철거될 당시 1세대 1주택의 비과세요건을 갖추고 있는 이상 양도소득세를 부과할 수 없다고 판시한 이유는, ⁠“세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.”고 규정된 국세기본법 제18조 제1항에서 정한 세법해석의 기준에 따라 법문대로 해석하지 아니할 특별한 사정을 인정하였기 때문인 것으로 보이므로, 매매계약일을 기준으로 감면요건을 갖추었는지 판단하게 될 경우 납세자에게 오히려 불리한 결과가 되는 이 사건과는 사안이 다르다. 또한 조세특례제한법 제66조 제5항 제1호에서 ⁠“양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우 매매계약일 현재의 농지 기준”으로 양도소득세 감면요건을 판단한 것은 법령에서 명확하게 예외 규정을 둔 것이므로, 이러한 예외적인 법문을 두고 있지 않은 경우에까지 유추적용할 수 있는 것이 아니다.

     다) 뿐만 아니라 국세기본법 제80조는 조세심판원의 결정은 관계 행정청을 기속한다고 규정하고 있는바, 재결의 기속력은 재결의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분 등의 구체적 위법사유에 관한 판단에 미치는바(대법원 2001. 9. 14. 선고 99두3324 판결 참조), 앞서 본 바와 같이 조세심판원은, ⁠‘이 사건 건물이 1세대 1주택에 해당하는지 여부는 양도일을 기준으로 판단하여야 하는데, 처분청인 피고들이 매매계약일을 기준으로 판단하여 이 사건 건물이 다가구주택에 해당하지 아니하는 것으로 보아 1세대 1주택의 특례규정의 배제한 것은 잘못이 있다.’라고 판단하면서 ⁠‘다만 1세대 1주택의 보유기간이 3년에 미치지 못하므로 장기보유특별공제를 적용할 수 없는데, 이 사건 처분 중 배제되는 장기보유특별공제액이 1세대 1주택으로 비과세되는 양도차익보다 더 커서 원고들에게 불리하게 된다.’는 이유로 기각결정을 한 것이므로, 이 사건 건물이 1세대 1주택에 해당하는지 여부에 대한 조세심판원의 구체적 위법사유에 관한 판단 부분은 기속력이 미친다고 보아야 한다. 따라서 이 사건에서 1세대 1주택 해당 여부의 판단 시점을 매매계약일로 보아야 한다는 피고의 주장은 어느 모로 보나 이유 없다.

   2) 원고들이 구 소득세법 시행령 제154조 제1항 제1호에서 정한 2년의 보유기간을 충족하는지 여부

     가) 구 소득세법 시행령 제154조 제1항은 1세대 1주택에 해당하기 위해서는 해당 주택의 보유기간이 2년 이상일 것을 요건으로 하고, 같은 조 제5항은 그 보유기간의 계산은 구 소득세법 제95조 제4항의 규정에 의한다고 규정하고 있으며, 구 소득세법 제95조 제4항은 ⁠“자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지 한다.”고 규정하고 있다.

     나) 앞서 본 바와 같이 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는바, 위 1세대 1주택 보유기간 관련 규정은 해당 주택의 취득일부터 양도일까지를 보유기간으로 규정하고 있을 뿐 해당 주택의 보유기간 동안 계속 1세대 1주택 요건을 갖추어야 한다거나, 해당 주택을 1세대 1주택으로 보유한 기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상이어야 한다는 조건을 두고 있지 않으므로, 구 소득세법 시행령 제154조 제1항에서 규정하는 보유기간을 ⁠“해당 주택을 1세대 1주택으로 보유한 기간”으로 축소하여 해석할 수는 없다고 할 것이다(대법원 1993. 1. 19. 선고 92누2988 판결의 취지 참조)¹⁾.

       또한 이 사건 건물의 경우에는 총 4개층을 주택으로 사용하였기 때문에 건축법 시행령 [별표 1]에서 정한 공동주택의 요건에 해당하였다가 용도변경에 의하여 총 3개층을 주택으로 사용하게 됨으로써 위 ⁠[별표 1]에서 정한 다가구주택의 요건을 갖추게 된 경우에 해당하는데, 구 소득세법 시행령 제155조 제15항을 살펴보면, 다가구주택도 원칙적으로 공동주택에 해당하고, 다만 다가구주택이 무주택영세민의 주거안정을 위해 건축하고 있는 점을 고려하고 일반단독주택을 부분을 임대하다가 양도 시 1주택으로 비과세하는 것과 형평을 유지하기 위해 도입된 예외적인 규정이므로, 법문에 따라 일괄하여 양도될 당시 이 사건 건물이 다가구주택이었는지 여부를 판단하여야 하는 것 외에 이 사건 건물의 보유기간을 산정함에 있어 공동주택이었던 기간을 제외할 것은 아니라고 할 것이다(1997. 8. 26. 선고 97누4847 판결의 취지 참조).

     다) 앞서 본 바와 같이 원고들이 2008. 1. 16. 이 사건 건물을 취득하였다가 약 9년 10개월 후인 2017. 11. 6. 다가구주택인 이 사건 건물을 일괄하여 양도하였으므로, 원고들은 구 소득세법 제154조 제1항 제1호, 제155조 제15항의 1세대 1주택의 양도 요건을 갖추었다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 양도는 1세대 1주택인 고가주택의 양도에 해당한다고 보아야 한다.

   3) 이 사건 양도에 적용되는 장기보유특별공제율

     가) 구 소득세법 제95조 제2항은 양도차익에서 차감할 장기보유특별공제액을 규정하면서 그 본문에서 ⁠‘소득세법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액’을, 그 단서에서 ⁠‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액’을 각각 들고 있으며, 제95조 제4항 본문은 ⁠“제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다.”고 규정하고 있다. 그리고 구 소득세법 시행령 제159조의3은 ⁠“법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 ⁠‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.”고 규정하고 있다.

       장기보유특별공제는 장기 보유 부동산에 대한 양도차익을 계산함에 있어서 특별히 일정한 금액을 공제하여 줌으로써 부동산의 장기 보유를 유도하여 부동산 투기를 억제하고 국토의 효율적 이용을 촉진하기 위하여 마련된 제도로[헌법재판소 1999. 7. 22. 선고 96헌바80, 98헌바99(병합) 결정 참조], 구 소득세법 제95조 제2항은 1세대 1주택에 대하여는 1세대 1주택이 국민의 주거생활 안정에 필수적인 요건임을 감안하여 1세대 1주택의 장기보유자에 대한 양도소득세의 부담을 해소하기 위하여 별도로 더 높은 비율의 장기보유특별공제율을 정하고 있다.

       이러한 장기보유특별공제 및 1세대 1주택에 별도로 더 높은 장기보유특별공제율을 적용하는 취지, 관련 소득세법 규정 등에 비추어 보면, 장기보유특별공제를 적용하기 위한 보유기간은 구 소득세법 제94조 제1항 제1호에 규정된 자산을 계속하여 보유한 기간만을 통산하여야 하고, 그것이 다른 공제율을 적용하여야 하는 자산으로 변동된 경우에는 그 보유기간을 통산할 수 없음이 원칙이라고 할 것이다(대법원 2014. 9. 4. 선고 2012두28025 판결 참조).

     나) 이 사건에 관하여 보건대, 원고들이 이 사건 건물을 취득할 당시부터 이 사건 건물 2층은 공부상 용도(사무소)와 달리 주거용으로 사용되고 있었고, 원고들은 이 사건 건물 2층을 원상회복하여 2017. 10. 16. 위반건축물 표기가 해제된 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 건물은 2017. 10. 15까지는 건축법 시행령 [별표 1]에서 정한 공동주택에 해당하였다가 2017. 10. 16. 이후 다가구주택에 해당하게 되었는바, 공동주택의 경우에는 하나의 매매단위로 양도하더라도 구 소득세법 시행령 제155조 제15항의 1세대 1주택 특례규정이 적용되지 않는 반면, 다가구주택은 하나의 매매단위로 양도하는 경우 위 특례규정이 적용되므로, 장기보유특별공제에 있어서는 다른 공제율을 적용되게 되는 경우에 해당한다.

       따라서 장기보유특별공제율을 적용을 위한 보유기간을 산정함에 있어서는 원고들이 이 사건 건물을 다가구주택으로 보유한 기간에 공동주택으로 보유한 기간을 통산할 수는 없다고 할 것인바, 원고들은 2017. 10. 16.부터 2017. 11. 6.까지 이 사건 건물을 다가구주택으로 보유하여 그 기간이 3년에 미치지 못하므로, 구 소득세법 제95조 제2항 에서 정한 장기보유특별공제율을 적용할 수는 없다.

     다) 다만, 1세대 1주택에 해당하지 않는 일반 자산의 양도의 경우에는 구 소득세법 제95조 제1항 에서 정한 장기보유특별공제율이 적용되는 점, 원고들은 2008. 1. 16. 이 사건 건물을 취득하여 2017. 11. 6.까지 약 9년 10개월 동안 장기간 보유하였던 점, 이 사건 건물이 일부 층의 용도변경으로 인하여 공동주택에서 다가구주택으로 되었고, 다가구주택으로 보유한 기간이 3년이 되지 않는다는 이유로 장기보유특별공제를 모두 배제한다면, 무단으로 용도변경 된 공동주택을 시정지시에 따른 원상회복하지 않은 채 양도하는 경우에는 구 소득세법 제1항 에서 정한 장기보유특별공제율이 적용되게 되는 것과 비교할 때 불합리가 발생하게 되는 점 등에 비추어 볼 때, 원고들이 이 사건 건물을 보유하던 중 하나의 매매단위로 양도하게 되었는데, 용도변경으로 인하여 공동주택에서 다가구주택으로 변경되어 다가구주택의 보유기간이 3년이 되지 않는다면, 1세대 1주택 이외의 자산에 적용되는 구 소득세법 제95조 제2항 에서 정한 장기보유특별공제율이 적용된다고 보는 것이 국세기본법 제18조 제1항에서 정한 세법의 해석기준, 즉 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다는 해석기준에 부합한다고 할 것이다.

     라) 따라서 이 사건 양도소득금액에서 공제되어야 할 장기보유특별공제액은 구 소득세법 제95조 제2항 에서 정한 장기보유특별공제율인 27%(보유기간 9년 이상 10년 미만)을 적용하여 계산하여야 한다.

   4) 정당세액의 계산

     이 사건 양도가 1세대 1주택인 고가주택의 양도에 해당하고, 구 소득세법 제95조 제2항 에서 정한 장기보유특별공제율인 27%를 적용하였을 때 산출되는 이 사건 양도에 대한 정당한 양도소득세액은 원고 aa는 144,235,830원(가산세 포함)[= 193,078,790원(가산세 포함) - 기납부한 48,842,960원], 원고 bb는 144,296,991원[= 193,139,051원(가산세 포함) - 기납부한 48,842,960원]이 된다.

   5) 소결론

     따라서 이 사건 각 처분 중 피고 AA세무서장이 원고 aa에게 한 2017년 귀속 양도소득세 부과처분은 위 정당세액 144,235,830원(가산세 포함)을 초과하는 범위에서 위법하므로 취소되어야 하고, 피고 BB세무서장이 원고 bb에게 한 2017년 귀속 양도소득세 부과처분은 위 정당세액 144,296,991원(가산세 포함)을 초과하는 범위에서 위법하므로 취소되어야 한다.

4. 결론

  그렇다면 원고들의 피고들에 대한 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

1) 2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정된 소득세법 시행령 제154조 제5항은 본문에 ⁠“제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항에 따른다.”라고 규정하면서 ⁠“다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 경우에는 양도 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.”라는 단서 규정을 신설하여 소득세법 시행령 제154조 제1항의 보유기간을 ⁠“해당 주택을 1세대 1주택으로 보유한 기간”이라고 명시하였고, 위 신설 규정은 같은 시행령 부칙 제1조 제3호에 따라 2021. 1. 1.부터 시행되었는바, 이러한 개정 규정의 문언, 시행 시기 등에 비추어 보더라도, 구 소득세법 시행령 제154조 제1항의 보유기간을 ⁠“해당 주택을 1세대 1주택으로 보유한 기간”이라고 축소하여 해석할 수는 없다.

출처 : 서울행정법원 2021. 11. 24. 선고 서울행정법원 2020구단65886 판결 | 국세법령정보시스템