요지

AAA, BBB 등은 이 사건 사업자등록 명의만 원고로 하였을 뿐 자신들의 계산과 책임으로 이 사건 사업장을 운영하면서 DD로부터 실제로 이 사건 원료를 공급받았으므로 이러한 경우 공급받는 자로서 이 사건 사업자등록의 등록번호는 실제 사업자인 AAA, BBB 등의 등록번호로 기능한다고 할 것이므로, 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 할 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2019. 5. 1. 원고에 대하여 한 2018년 제1기 부가가치세 XXX,454,546원 및 2018년 제2기 부가가치세 XXX,454,546원의 각 환급거부처분과 2018년 제1기 부가가치세에 대한 가산세 XX,636,363원 및 2018년 제2기 부가가치세에 대한 가산세 XX,636,363원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고는 2018. 6. 28. ⁠‘그〇〇’라는 상호로 무역업 개인사업체(이하 ⁠‘이 사건 사업장’이라 한다)의 사업자등록(이하 ⁠‘이 사건 사업자등록’이라 한다)을 마친 사람으로서, 주식회사 DD(변경 후 상호 : 주식회사 암〇로〇, 이하 ⁠‘DD’라 한다)로부터 2018. 6. 29. 공급가액 X,XXX,545,454원의 매입세금계산서(이하 ⁠‘2018. 6. 29.자 세금계산서’라 한다)를, 2018. 12. 13. 공급가액 X,XXX,545,454원의 매입세금계산서(이하 ⁠‘2018. 12. 13.자 세금계산서’라 하고, 위 각 세금계산서를 통틀어 ⁠‘이 사건 각 세금계산서’라 한다)를 각 수취하였다.

  나. 원고는 2018. 7. 25.경 2018년 제1기 부가가치세에 관하여 매출세액 0원에서 2018. 6. 29.자 세금계산서의 매입세액 XXX,454,546원을 공제하여 XXX,454,546원을 환급받을 세액으로 신고하였고, 2019. 1. 25.경 2018년 제2기 부가가치세에 관하여 매출세액 0원에서 2018. 12. 13.자 세금계산서의 매입세액 XXX,454,546원을 공제하여

XXX,454,546원을 환급받을 세액으로 신고하였다.

  다. 피고는 2019. 1. 21.부터 2019. 4. 25.까지 원고에 대하여 2018년 제1기 및 제2기 부가가치세 세목별 조사 및 조세범칙조사(이하 ⁠‘이 사건 조사’라 한다)를 실시한 결과, 원고가 이 사건 각 세금계산서와 관련한 재화를 공급받지 않았음에도 이 사건 각 세금계산서를 수취하였다고 판단하였다.

  라. 피고는 이 사건 조사 결과에 따라 이 사건 각 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제되지 않는 매입세액으로 보아 이를 환급하지 않고, 구 부가가치세법(2019. 12. 31. 법률 제16845호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제60조 제3항 제2호가 규정한 ⁠‘재화를 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급받은 경우’에 해당한다고 보아 세금계산서상 공급가액의 3%를 가산세로 부과하기로 하여, 2019. 5. 1. 원고에게 2018년 제1기 부가가치세 가산세 XX,636,363원, 2018년 제2기 부가가치세 가산세 XX,636,363원을 각 경정․고지하였다. 이로써 피고는 2019. 5. 1. 원고에 대하여 2018년 제1기 및 제2기 각 부가가치세의 매입세액 환급거부처분 및 위 각 부가가치세에 대한 가산세 부과처분을 하였다(이하 ⁠‘위 각 환급거부처분과 위 각 가산세 부과처분을 통틀어 ’이 사건 각 처분‘이라 한다).

 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3호증(가지번호가 있는 것은 가지번호를 포함한다. 이하 같다), 갑 제9호증의 1, 갑 제10호증의 1, 을 제1 내지 4, 17호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

  가. 원고의 주장

    원고는 시어머니인 AAA에게 이 사건 사업자등록에 관한 명의를 빌려주었고, AAA는 이 사건 사업장을 실질적으로 운영하면서 DD로부터 실제로 재화를 공급받고 이 사건 각 세금계산서를 수취하였다. 따라서 이 사건 사업장은 사업자등록 명의가 원고이지만 실질적으로 AAA의 사업장으로서 이 사건 사업자등록의 등록번호는 곧 AAA의 등록번호로 기능하는 것이므로, 이 사건 각 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 할 수 없다. 설령 이 사건 사업장의 실제사업자를 BBB이라고 하더라도 동일한 이유로 이 사건 각 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라고 볼 수 없다. 어느 모로 보나 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법하다.

  나. 관계 법령

   별지 기재와 같다.

  다. 판단

    1) 관련 법리

      구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 본문은 발급받은 세금계산서에 구 부가가치세법 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 그와 같은 기재사항을 ⁠‘필요적 기재사항’으로 약칭하고 있다. 매입세액공제 여부 판단의 기준이 되는 필요적 기재사항은 ⁠‘공급하는 사업자’와 관련하여서는 ⁠‘등록번호와 성명 또는 명칭’(구 부가가치세법 제32조 제1항 제1호)인 반면, ⁠‘공급받는 자’와 관련하여서는 ⁠‘등록번호’에 한정된다(같은 항 제2호). 한편 ⁠‘공급받는 자’의 ⁠‘상호․성명’ 등은 부가가치세법 시행령 제67조 제2항 제2호에서 세금계산서 기재사항으로 규정되어 있으나, 이는 구 부가가치세법 제32조 제1항 제5호의 위임에 따른 것으로서 구 부가가치세법 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 매입세액공제의 필요적 기재사항에 해당하지 아니한다. 그리고 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 본문에서 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 의한 매입세액공제를 제한하는 취지는 구 부가가치세법 제38조 제1항에서 채택한 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 위해서는 과세기간별로 각 거래 단계에서 사업자가 공제받을 매입세액과 전단계사업자가 거래 징수할 매출세액을 대조하여 상호 검증하는 것이 필수적인 점을 고려하여 세금계산서의 정확성과 진실성을 확보하기 위한 것이다.

      위와 같은 관련 규정의 문언과 체계, 구 부가가치세법 제32조 제1항에서 ⁠‘공급받는 자’의 경우 ⁠‘성명 또는 명칭’까지 기재하도록 규정한 ⁠‘공급하는 자'와는 달리 ⁠‘등록번호’만을 기재하도록 정한 취지 등의 사정에 비추어 보면, 세금계산서에 기재된 ⁠‘공급받는 자의 등록번호’를 실제 공급받는 자의 등록번호로 볼 수 있다면 ⁠‘공급받는 자의 성명 또는 명칭’이 실제 사업자의 것과 다르다는 사정만으로 이를 매입세액공제가 인정되지 않는 사실과 다른 세금계산서라고 단정할 수는 없다. 따라서 자기의 계산과 책임으로 사업을 영위하지 아니하는 타인의 명의를 빌린 사업자가 어느 사업장에 대하여 타인의 명의로 사업자등록을 하되 온전히 자신의 계산과 책임으로 사업을 영위하며 부가가치세를 신고․납부하는 경우와 같이 명칭이나 상호에도 불구하고 해당 사업장이 온전히 실제 사업자의 사업장으로 특정될 수 있는 경우 명의인의 등록번호는 곧 실제사업자의 등록번호로 기능하는 것이므로, 그와 같은 등록번호가 ⁠‘공급받는 자’의 등록번호로 기재된 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 할 수 없다(대법원 2019. 8.30. 선고 2016두62726 판결 참조).

    2) 이 사건 각 세금계산서의 기재와 같은 재화의 공급이 있었는지

      앞서 인정한 사실관계 및 앞서 든 각 증거와 갑 제5, 6, 8 내지 14호증, 을 제5 내지 17호증의 각 기재에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사실들 내지 사정들을 종합하면, DD가 이 사건 사업장에 이 사건 각 세금계산서의 기재와 같이 재화를 공급하였다고 봄이 타당하다.

       ① AAA는 원고의 명의를 내세워 2017. 12. 29.경 DD와 사이에 AAA가 DD 개발의 에〇〇(SB)항암주사제의 약침원료(이하 ⁠‘이 사건 원료’라 한다)를 유럽국가에 공급할 수 있는 공급대행권을 갖고 DD로부터 이 사건 원료를 공급받기로 하는 내용의 계약(이하 ⁠‘이 사건 DD와의 계약’이라 한다)을 체결하였고, 2018. 4. 26.경 원고의 명의를 내세워 오스트리아에 있는 병원을 운영한다는 MMM과 사이에 MMM이 이 사건 원료에 대한 임상실험을 한 후 AAA가 이 사건 원료를 MMM을 통하여 유럽국가에 공급하기로 하는 내용의 계약(이하 ⁠‘이 사건 MMM과의 계약’이라한다)을 체결하였다.

       ② DD는 2018. 6. 29.자 세금계산서와 관련한 이 사건 원료를 2018. 7. 4. AAA가 지정한 CCC의 집으로 보냈고, 2018. 12. 13.자 세금계산서와 관련한 이 사건 원료를 2018. 12. 13. CCC의 집으로 보내, 이 사건 각 세금계산서와 관련한 이 사건 원료를 인도하였다.

       ③ AAA는 원고 명의의 예금계좌를 이용하여 DD에 2017. 12. 19.부터2019. 4. 25.까지 합계 X억 6,150만 원을 지급하였다. 그리고 DD는 원고 앞으로, 2018. 12. 20.경에는 이 사건 각 세금계산서의 공급가액 및 부가가치세액 합계액(이하 ⁠‘이 사건 물품대금’이라 한다) 3X억 원[= 2018. 6. 29.자 세금계산서의 공급가액 및 부가가치세액 합계액 1X억 원(= 공급가액 X,XXX,545,454원 + 부가가치세액 XXX,454,546원) + 2018. 12. 13.자 세금계산서의 공급가액 및 부가가치세액 합계액 1X억 원(= 공급가액 X,XXX,545,454원 + 부가가치세액 XXX,454,546원)] 중 XX억 4,700만 원¹⁾을 지급받지 못하였다면서 위 금액의 지급을 요청하는 공문을 보냈고, 2020. 1. 22.경에는 이 사건 물품대금 중 XX억 1,350만 원²⁾을 지급받지 못하였다면서 위 금액의 지급을 요청하는 공문을 보냈다. 또한 AAA는 2019. 4. 1.경 원고의 명의로 DD에 이 사건 물품대금 중 XX억 4,150만 원³⁾의 미수금이 있다는 확인서를 작성해주기도 하였다.

       ④ 피고는 이 사건 조사 결과에 따라 서울〇〇지방검찰청 검사장에게 이 사건사업장을 실질적으로 운영하였다고 주장하는 AAA를 ⁠‘재화를 공급받지 않고 이 사건 각 세금계산서를 발급받았다’는 혐의사실로, 원고를 AAA의 혐의사실과 관련한 양벌규정에 따른 혐의사실로 각 고발하였는데, 서울〇〇지방검찰청은 원고에 대하여 ⁠‘원고는 AAA에게 사업자 명의를 대여한 자로서 세금계산서 수취를 관리․감독할 의무가 있다고 보기 어렵다’는 이유로, AAA에 대하여 ⁠‘이 사건 각 세금계산서와 관련한 거래가 가공거래라고 보기 어렵다’는 이유로 각 혐의없음의 불기소처분을 하였다. AAA에 대한 불기소처분의 구체적인 이유는 ⁠‘이 사건 DD와의 계약이 실재하고, 운송내역이나 물건 사진 등을 볼 때 실제 이 사건 원료의 공급이 있었으며, DD의 대표이사 김〇석이 해외 수출을 위하여 이 사건 사업장에 이 사건 원료를 공급하였다고 진술하였고, 이 사건 원료가 고가이기는 하나 의약품의 개발 및 기술 비용을 고려하였을 때 상당한 것으로 보이며, 이 사건 물품대금 중 7억 7,000만 원이 지급되었고, AAA가 이 사건 원료를 보관하고 있다’는 것이었다.

       ⑤ DD로부터 공급받았다는 이 사건 원료는 CCC의 집에 있는 냉동고에 모두 보관되어 있는데, 이 사건 원료에는 제조회사, 제조일자 및 품목의 성분 등에 관하여 아무런 기재가 없고, 이 사건 원료의 가액이 3X억 원에 달함에도 이에 대하여 별다른 관리 및 통제가 없는 점, AAA는 DD로부터 물품을 공급받기 약 7개월 전부터 DD에 이 사건 물품대금 명목으로 돈을 지급한 점, DD는 AAA로부터 2018. 6. 29.자 세금계산서와 관련한 채권액 1X억 원 중 X억 2,800만 원만 지급받았고, 이 사건 원료에 대하여 2018. 9. 7. 의약품 품목허가가 취소되었음에도, 2018. 12. 13.경 1X억 원 상당의 거래가 재차 이루어진 점, DD는 이 사건 물품대금 중 2X억 원을 초과하는 돈을 지급받지 못했음에도, 위 돈을 지급받기 위한 아무런 법적 조치도 취하지 않은 점 등은 이 사건 각 세금계산서의 기재와 같은 이 사건 원료의 공급이 있었는지 상당히 의심케 하는 사정들이다. 그러나 이러한 의심스러운 사정들만으로는 앞서 본 이 사건 DD와의 계약의 존재, 이 사건 원료의 양도, 이 사건 물품대금에 대한 일부 변제 및 지급 독촉 등의 사실인정을 뒤집기에 부족하다.

    3) 이 사건 사업장이 실제 사업자의 사업장인지

      앞서 본 법리를 토대로, 앞서 든 각 증거와 을 제18호증의 기재에 의하여 알 수있는 다음과 같은 사실들 내지 사정들을 종합하면, AAA, BBB 등은 이 사건 사업자등록 명의만 원고로 하였을 뿐 자신들의 계산과 책임으로 이 사건 사업장을 운영하였다고 봄이 타당하다.

       ① AAA는 원고의 명의를 내세워 이 사건 DD와의 계약 및 이 사건 MMM과의 계약을 체결하였고, DD로부터 AAA가 지정한 CCC의 집으로 이 사건원료를 양도받았으며, 이 사건 물품대금 중 일부를 지급하였음은 앞서 본 바와 같다.

       ② 주식회사 하인〇〇〇〇〇놀러지(이하 ⁠‘하인〇〇〇〇〇놀러지’라 한다)는 2010. 2.경 DD로부터 신약에 대한 국내 독점판매권을 부여받은 회사인데, 하인〇〇〇〇〇놀러지의 대표자 사내이사 BBB은 DD의 대표이사 김〇석에게 오스트리아에서 병원을 한다는 MMM을 소개시켜 주었다. BBB은 MMM이 DD의 이 사건원료를 사용할 수 있도록 DD와의 계약 체결을 주선하면서, AAA로 하여금 원고의 명의를 내세워 2017. 12. 29.경 이 사건 DD와의 계약을 체결하도록 하였다. 그 후 AAA는 원고의 명의를 내세워 2018. 4. 26.경 이 사건 MMM과의 계약을 체결하였다. 결국 BBB은 AAA가 원고 명의로 이 사건 DD와의 계약을 체결하도록 함으로써 AAA가 이 사건 원료를 유럽국가에 공급할 수 있는 공급대행권을 갖도록 하였다.

       ③ AAA는 2017. 12. 14.경 원고 명의의 예금계좌에 400만 원 정도의 예금만을 가지고 있었다가 2017. 12. 14.부터 2018. 3. 19.까지 사이에 DD의 주주인 문〇인으로부터 9,650만 원, DD의 주주인 이〇우로부터 4,000만 원, 하인〇〇〇〇〇놀러지로부터 8,000만 원, 하인〇〇〇〇〇놀러지의 거래처인 여〇호로부터 184,616,000원을 입금받아 2017. 12. 19.부터 2018. 3. 20.까지 DD에 4억 2,800만 원을 지급한 것으로 보이는 점, AAA와 문〇인 및 이〇우 사이에 위 금액과 관련하여 금전소비대차로 인한 것이라고 볼 만한 자료가 없는 점, AAA는 하인〇〇〇〇〇놀러지 및 BBB으로부터 입금받아 이를 바로 DD에 지급하는 방법으로 2019. 2. 22.부터 2019. 4. 25.까지 DD에 4억 1,850만 원을 추가로 지급한 점 등에 비추어 보면, AAA가 자신만의 계산으로 이 사건 사업장을 운영하였다고 보이지는 않고, BBB 등이 이 사건 사업장에 관하여 공동 출자하여 동업하였다고 볼 여지가 있다.

       ④ AAA, BBB 등은 AAA가 원고 명의로 2017. 12. 29.경 이 사건 DD와의 계약을 체결하고 난 후 이 사건 원료에 관한 수출사업 등을 하기 위하여 원고 명의로 이 사건 사업자등록을 한 것으로 보인다. 그리고 이 사건 사업자등록 이후인 2018년 제1기부터 휴업 이전인 2020년 제1기까지의 부가가치세 신고내역을 보면, 이 사건 각 세금계산서를 매입세금계산서로 신고한 것 외에는 매출세액 및 매입세액 내역이 전혀 없어, AAA, BBB 등은 이 사건 사업장에서 이 사건 DD와의 계약과 관련된 것 외에는 다른 사업은 하지 않았던 것으로 보인다. 이러한 사정들에 비추어 이 사건 사업장은 AAA, BBB 등이 이 사건 DD와의 계약에 따른 사업을 할 목적으로 개설하여 운영하였다고 보인다.

    4) 소결론

      위에서 본 바와 같이 AAA, BBB 등은 이 사건 사업자등록 명의만 원고로 하였을 뿐 자신들의 계산과 책임으로 이 사건 사업장을 운영하면서 DD로부터 실제로 이 사건 원료를 공급받았다. 앞서 본 법리에 따르면 이러한 경우 공급받는 자로서 이 사건 사업자등록의 등록번호는 실제 사업자인 AAA, BBB 등의 등록번호로 기능한다고 할 것이므로, 이 사건 각 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 할 수없다. 결국 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법하므로 취소되어야 한다. 원고의 주장은 이유 있다.

3. 결론

 그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

별지

관계 법령

■ 구 부가가치세법(2019. 12. 31. 법률 제16845호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의)

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제9조(재화의 공급)

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다.

② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제32조(세금계산서 등)

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

 1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

 2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

 3. 공급가액과 부가가치세액

 4. 작성 연월일

 5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

⑧ 세금계산서, 전자세금계산서, 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서의 작성과 발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제38조(공제하는 매입세액)

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

 1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

 2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

제39조(공제하지 아니하는 매입세액)

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제60조(가산세)

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

 2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 금액의 3퍼센트

■ 부가가치세법 시행령 (2019. 12. 31. 법률 제16845호로 개정되기 전의 것)

제67조(세금계산서)

① 법 제32조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 고유번호"란 제12조 제2항에 따라 부여받는 고유번호를 말한다.

② 법 제32조 제1항 제5호에 따라 세금계산서에 적을 그 밖의 사항은 다음 각 호와 같다.

 1. 공급하는 자의 주소 2. 공급받는 자의 상호·성명·주소

 3. 공급하는 자와 공급받는 자의 업태와 종목

 4. 공급품목 5. 단가와 수량

 6. 공급 연월일 7. 거래의 종류

 8. 사업자 단위 과세 사업자의 경우 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 종된 사업장의 소재지 및 상호

-끝-

1) 원고가 제출한 금융거래내역에 의하면, 2017. 12. 19.부터 2018. 12. 20.까지 지급한 금액은 X억 2,800만원으로서 미수금은 XX억 7,200만 원이다.

2) 원고가 제출한 금융거래내역에 의하면, 2017. 12. 19.부터 2019. 4. 25.까지 지급한 금액은 X억 6,150만원으로서 미수금은 XX억 3,850만 원이다.

3) 원고가 제출한 금융거래내역에 의하면, 2017. 12. 19.부터 2019. 4. 1.까지 지급한 금액은 X억 3,350만원으로서 미수금은 XX억 6,650만 원이다.

출처 : 서울행정법원 2021. 06. 22. 선고 서울행정법원 2020구합71017 판결 | 국세법령정보시스템