요지

이 사건 쟁점거래와 정상가격 산출방법 간 적합성을 갖추고 있지 아니하고, 잘못된 비교대상거래를 기초로 하였거나 이 사건 쟁점거래와 비교되는 상황이나 조건 등 차이가 영업이익률에 중대한 영향을 주는 경우에도 합리적인 조정 및 정확한 계산 과정을 거치지 아니한 채 산정된 것으로서, 구 국제조세조정법 제4조 제1항, 제5조 제1항에 따른 가장 합리적인 방법에 의하여 적법하게 산출된 정상가격이라고 볼 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고 AA세무서장이 2015. 12. 9. 원고에 대하여 한 별지1 목록 ⁠‘잔존세액’란 기재 각 사업연도금액의 법인세(가산세 포함) 부과처분 중 ⁠‘정당세액’란 기재 각 사업연도금액(가산세 포함)을 초과하는 부분(가산세 포함)을 취소하고, 피고 CC지방국세청장이 2016. 10. 24. 원고에 대하여 한 별지2 목록 기재 각 이전소득금액통지를 취소한다.

2. 소송비용은 피고들이 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고의 지위 및 거래 형태

  (1) 원고는 1998. 7. 21. 설립되어 베어링 및 그 부속품의 제조 및 판매업을 영위하는 회사이고, 일본 소재 Dddd Japan Co., Ltd.(이하 ⁠‘일본 법인’이라 한다), 중동 소재 Dddd Middle East FZE(이하 ⁠‘중동 법인’이라 한다), 인도 소재 EEE Eeee India Limited(이하 ⁠‘인도 법인’이라 하고, 위 일본, 중동 및 인도 법인을 ⁠‘국외 법인’이라 한다)는 원고와의 관계에서 구 국제조세조정에 관한 법률[2010. 3. 31. 법률 제10219호로 개정되기 전의 것(이하 ⁠‘2010년 국제조세조정법’이라 한다) 및 2011. 12. 31. 법률 제11126호로 개정되기 전의 것(이하 ⁠‘2011년 국제조세조정법’이라 한다)] 제2조 제1항 제9호에서 정한 국외특수관계자 또는 구 국제조세조정에 관한 법률(2013. 1. 1. 법률 제11606호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘2012년 국제조세조정법’이라 하고, 위 2010년, 2011년, 2012년 국제조세조정법을 통틀어 ⁠‘구 국제조세조정법’이라 한다) 제2조 제1항 제9호에서 정한 국외특수관계인에 해당한다.

  (2) 원고는 ○○○, □□□, △△△, ◇◇◇ 브랜드의 베어링 제품 등을 생산하여, 국외 법인, FFF Ffff ffff(이하 ⁠‘독일 법인’이라 한다)1) 및 Dddd China Co., Ltd.(이하 ⁠‘중국 법인’이라 한다) 등 Dddd 그룹의 관계 회사에 판매하고, Dddd 그룹 관계 회사는 원고로부터 수입한 제품을 최종 소비자에게 재판매하고 있다. 원고는 그 밖에도 국내외의 판매 회사 또는 최종 소비자 등에게 위 베어링 제품을 생산․판매하고 있다. 원고의 베어링 제품 판매 형태를 도식화하면 다음과 같다.

 나. 세무조사 이후 법인세 부과처분 및 이전소득금액통지

  (1) 피고 CC지방국세청장은 원고의 2010 내지 2013 사업연도 법인세 등에 관한 세무조사를 실시한 뒤 2015. 9. 7. 원고에게, 구 국제조세조정법 제5조에 따른 정상가격 산출 및 이전가격 소득조정으로, 원고와 국외 법인 간 2010 내지 2012 사업연도 베어링 완제품 수출거래(이하 ⁠‘이 사건 쟁점거래’라 한다)에 관하여 13,471,194,475원, 원고와 독일 법인 및 중국 법인 간 2010 내지 2013 사업연도 자금대여거래에 관하여 2,151,446,082원 합계 15,622,640,556원의 과세표준금액을 증액하겠다는 세무조사 결과를 통지하였다.

  (2) 피고 BB세무서장은 구 국제조세조정법 제5조에 따른 정상가격 산출 및 이전가격 소득금액 조정으로 원고에게, 2015. 12. 8. 위 자금대여거래에 관하여 법인세 728,934,128원(가산세 포함)의 부과처분을, 2015. 12. 9. 이 사건 쟁점거래에 관하여 다음 표와 같이 2010 사업연도 3,668,676,656원, 2011 사업연도 5,658,009,758원, 2012 사업연도 4,144,508,060원 합계 13,471,194,474원을 각 경정소득금액으로 하여 익금에 산입한 뒤 별지1 목록 ⁠‘잔존세액’란 기재와 같이 법인세 4,636,476,902원(가산세 포함) 합계 5,365,411,030원(가산세 포함)의 부과처분을 각각 하였다(이하 위 법인세 부과처분 중 이 사건 쟁점거래에 관한 부분을 ⁠‘이 사건 부과처분’이라 한다). 이 사건 쟁점거래의 국외 법인별 이 사건 각 사업연도 경정소득금액은 다음과 같다(단위: 천 원).

  (3) 피고 CC지방국세청장은 2015. 12. 10. 원고에게 2010 내지 2013 사업연도 이전가격 소득금액 조정에 따른 임시유보처분을 한 뒤, 2016. 10. 24. 원고에게, 임시유보처분에 의하여 익금에 산입되는 금액이 이전소득금액반환확인서 제출기한인 2016. 3. 10.까지 반환되지 아니하였음을 이유로 국제조세조정법 제9조, 같은 법 시행령 제15조, 제15조의2, 제16조에 따라, 이 사건 쟁점거래로 인한 2011 내지 2012 사업연도 귀속분에 관하여는 국외 법인을 귀속자로 하여 별지2 목록 ⁠‘소득금액’란 기재와 같이 합계 9,802,517,818원, 위 자금대여거래로 인한 2011 내지 2013 사업연도 귀속분에 관하여는 중국 법인, 독일 법인을 귀속자로 하여 1,355,319,617원 합계 11,157,837,435원을 배당으로 소득처분하는 내용의 이전소득금액통지를 하였다(이하 위 이전소득금액통지 중 이 사건 쟁점거래로 인하여 국외 법인을 귀속자로 하는 부분을 ⁠‘이 사건 통지’라 하고, 이 사건 부과처분과 이 사건 통지를 통틀어 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다).

 다. 전심절차

  원고는 위 법인세 부과처분 및 이전소득금액통지에 불복하여 조세심판원에 그 취소를 구하는 심판청구를 2016. 3. 7.(법인세 부과처분 부분) 및 2016. 11. 18.(이전소득금액통지 부분) 각각 하였으나, 조세심판원은 2018. 11. 2. 그중 위 자금대여거래로 인한 법인세 부과처분 및 이전소득금액통지 부분은 취소하고, 나머지 이 사건 쟁점거래로 인한 이 사건 각 처분의 취소 부분은 기각하는 결정을 하였다.

 라. 피고들의 정상가격 산출방법 및 경정소득금액

  (1) 정상가격 산출을 위한 분석절차

   한편, 이 사건 각 처분 당시 피고들은 이 사건 쟁점거래에 관하여 매출에 대한 거래순이익률방법에 의하여 정상가격을 산출하였는데, 피고들 작성 ⁠「원고 이전가격보고서」에 기재된 위 정상가격 분석절차의 개요는 다음과 같다.

  (2) 주위적 과세근거

   앞서 언급한 분석절차에 따른 피고들의 이 사건 쟁점거래 정상가격의 구체적인 산출방법은 다음과 같다(이하 ⁠‘주위적 과세근거’라 한다).

   (가) 조정대상거래 선정 및 영업이익률 산정

    ① 2010 내지 2012 사업연도(이하 ⁠‘이 사건 각 사업연도’라 한다)의 원고와 국외특수관계자들 간 ○○○ 브랜드 베어링 제품 수출거래 중, 위 수출거래 평균 매출총이익률 16.16%에 미달하는 일본 법인(9.05%), 중동 법인(6.33%) 및 인도 법인(3.08%)과의 ○○○ 브랜드 제품 1,286종(제품계층구조 및 연도별 표준제조원가가 동일한지 여부에 따라 종류를 나누었다. 이하 ⁠‘이 사건 제품’이라 한다)에 관한 16,039건의 수출거래를 정상가격 조정대상거래, 즉 이 사건 쟁점거래로 선별하였다. 이 사건 쟁점거래 중 이 사건 제품 중 1,104종에 관한 거래는 원고와 특수관계 없는 자 간 국내거래 및 수출거래가 존재하였으나, 나머지 182종에 관한 거래는 원고와 특수관계 없는 자 간 거래가 존재하지 아니하였다.

    이 사건 각 사업연도의 원고와 국외특수관계자들 간 ○○○ 브랜드 베어링 제품 수출거래로 인한 매출총이익률 등은 다음과 같다.

    조정대상거래로 선정된 이 사건 쟁점거래의 정상가격 조정 전 내역은 다음과 같다(아래 표시된 제품의 종류 1,398종 중 중복된 수량을 제외하면 1,286종이다).

    ② 이 사건 쟁점거래의 각 거래건별 매출총이익에서, 이 사건 쟁점거래의 판매관리비 총액을 이 사건 각 쟁점거래의 각 거래건별 매출액 비율로 안분한 금액을 공제한 뒤, 이 사건 쟁점거래에 관한 국외 법인 및 제품 종류별 영업이익률을 산정하였다.

   (나) 비교대상거래 선정 및 소득금액 조정

    ① 이 사건 제품 중 1,104종에 관한 이 사건 각 사업연도의 원고와 특수관계 없는 자 간 국내거래 및 수출거래 중 148,426건을 비교대상거래로 선정하였다. 판매단가가 표준제조원가에 미달하는 554건의 손실거래는 비정상적인 거래로 보아 비교대상거래에서 제외하였고, 비교대상거래의 판매단가에 매출할인 또는 국외 법인 등의 영업활동에 대한 판매수수료를 반영하지 아니하였다. 비교대상거래의 내역은 다음과 같다.

    ② 이 사건 쟁점거래 중 위 1,104종에 관한 거래와 위 비교대상거래의 각 제품 종류별 영업이익률을 비교하여 그 차이에 그 제품 판매금액을 곱하여 산출된 금액을 이 사건 쟁점거래 중 위 1,104종에 관한 거래의 경정소득금액으로 하였다. 이 사건 쟁점거래 중 위 1,104종에 관한 거래의 영업이익률이 비교대상거래의 영업이익률보다 높은 경우 해당 경정소득금액을 차감하였다.

    ③ 이 사건 쟁점거래 중 나머지 182종에 관한 거래는 원고와 특수관계 없는 자 간 거래가 존재하지 않는 거래로서, 피고들은 먼저 이 사건 쟁점거래 중 위 1,104종에 관한 거래의 경정 매출액 대비 경정 영업이익의 비율에 의한 가중평균 영업이익률을 산정한 뒤, 이를 이 사건 쟁점거래 중 나머지 182종에 관한 거래의 영업이익률과 비교하여, 그 차이에 그 제품 판매금액을 곱하여 산출된 금액을 경정소득금액으로 하였다. 이 사건 쟁점거래 중 위 182종에 관한 거래의 영업이익률이 위 가중평균 영업이익률보다 높은 경우 해당 경정소득금액을 차감하였다.

  (3) 예비적 과세근거

   이 사건 소송 계속 중 피고들은, 주위적 과세근거에 의한 비교대상거래에서 국내거래를 제외하고, 정상가격 계산방식을 변경하여 매출에 대한 거래순이익률방법에 의한 정상가격을 산출하였는데, 구체적인 산출방법은 다음과 같다(이하 ⁠‘예비적 과세근거’라 한다).

   (가) 조정대상거래 선정 및 영업이익률 산정

    위 ⁠(2)의 ⁠(가)항과 같은 이 사건 쟁점거래를 조정대상거래로 선정하고 그 영업이익률을 산정하였다. 다만, 아래 ⁠(나)항과 같이 비교대상거래 중 국내거래를 제외한 결과, 이 사건 쟁점거래 중 977종에 관한 거래는 원고와 특수관계 없는 자 간 국내거래 및 수출거래가 존재하였으나, 나머지 309종에 관한 거래는 원고와 특수관계 없는 자 간 거래가 존재하지 아니하였다.

   (나) 비교대상거래 선정 및 소득금액 조정

    ① 원고와 특수관계 없는 자 간 거래가 존재하는 이 사건 쟁점거래 중 977종에 관한 수출거래(국내거래는 모두 제외하였다)를 비교대상거래로 선정하였다. 판매단가가 표준제조원가에 미달하는 손실거래는 비정상적인 거래로 보아 비교대상거래에서 제외하였고, 비교대상거래의 판매단가에 매출할인 또는 국외 법인 등의 영업활동에 대한 판매수수료를 반영하지 아니하였다.

    ② 위 비교대상거래의 각 제품 종류별 영업이익률을 이 사건 쟁점거래 중 위 977종에 관한 거래의 경정 영업이익률로 보아 이 사건 쟁점거래 중 위 977종에 관한 거래의 경정 매출액을 산정[ = ⁠(제조원가 + 판매관리비) ÷ ⁠(1- 경정 영업이익률)]하고, 위 경정 매출액에서 제조원가 및 판매관리비를 공제한 경정 영업이익을 산출한 뒤, 그 경정 영업이익과 이 사건 쟁점거래 중 위 977종에 관한 거래의 조정 전 영업이익의 차이를 경정소득금액으로 하였다. 이 사건 쟁점거래 중 위 977종에 관한 거래의 영업이익률이 비교대상거래의 영업이익률보다 높은 경우 해당 경정소득금액을 차감하였다.

    ③ 이 사건 쟁점거래 중 나머지 309종에 관한 거래는 원고와 특수관계 없는 자 간 거래가 존재하지 아니하였으므로, 이 사건 쟁점거래 중 위 977종에 관한 거래의 경정 매출액 대비 경정 영업이익의 비율에 의한 가중평균 영업이익률을 산정한 뒤, 이를 이 사건 쟁점거래 중 위 309종의 경정 영업이익률로 보아 경정 매출액을 산정하고, 그 경정 매출액에서 제조원가 및 판매관리비를 공제한 경정 영업이익을 산출한 뒤, 그 경정 영업이익과 이 사건 쟁점거래 중 위 309종에 관한 거래의 조정 전 영업이익의 차이를 경정소득금액으로 하였다. 이 사건 쟁점거래 중 위 309종에 관한 거래의 영업이익률이 위 가중평균 영업이익률보다 높은 경우 해당 경정소득금액을 차감하였다.

  (4) 최종 경정소득금액

   피고들의 주위적 및 예비적 과세근거에 따른 이 사건 각 사업연도 및 국외 법인별 최종 경정소득금액은 별지3 기재와 같다.

 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호를 포함한다. 이하 같다), 을 제2, 3, 5, 14 내지 22호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

 별지4 기재와 같다.

3. 전심절차 단계 이후부터 제출된 증거자료의 고려 여부

가. 당사자의 주장

  (1) 피고들은, 원고가 전심절차 단계부터 제출한 증거자료 및 원고가 이 사건 쟁점거래의 이전가격을 재판매가격방법에 의하여 산정하였음을 주장하면서 제출한 자료 등은 구 국제조세조정법 제11조 제4항에 따라 이 사건 각 처분의 적법 여부 판단 시 고려하여서는 아니 된다고 주장한다.

  (2) 이에 대하여 원고는, 피고들은 세무조사 당시 원고에게 원고의 국외특수관계자 Dddd Technologies GmbH 등(이하 ⁠‘Dddd테크’라 한다)과의 거래에 관한 자료를 요구하였을 뿐, 당초 이 사건 쟁점거래에 관한 자료를 요구한 사실이 없고, 조세소송은 구 국제조세조정법 제11조 제4항의 불복신청 절차가 아니며, 법원은 위 조항의 관련 기관도 아니므로, 과세관청의 자료 제출 요구에 대한 불응 등을 요건으로 하여 불복신청 절차 시 제출한 자료를 과세당국 또는 관련 기관이 과세자료로 이용하지 아니할 수 있도록 한 위 조항은 이 사건에 있어 적용되지 아니하고, 행정소송의 자유심증주의, 공격방어방법에 관한 대법원의 확립된 판례에 의하더라도 원고가 이 사건 쟁점거래에 관하여 이 사건 각 처분 이후 전심절차 단계에서부터 제출한 자료는 과세자료 및 이 사건 각 처분의 위법성을 뒷받침하는 증거자료로 이용할 수 있다고 주장한다.

나. 판단

  (1) 구 국제조세조정법 제11조 제1항 본문은, ⁠‘국외특수관계자와 국제거래를 하는 납세의무자는 기획재정부령으로 정하는 국제거래명세서를 「소득세법」 제70조, 제70조의2, 제71조, 제73조 및 제74조 또는 「법인세법」 제60조 제1항 및 제76조의17 제1항에 따른 신고기한까지 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.‘고 규정하고, 제2항은 ⁠‘과세당국은 대통령령으로 정하는 바에 따라 제4조, 제5조 및 제6조의2를 적용하기 위하여 필요한 거래가격 산정방법 등의 관련 자료를 제출할 것을 납세의무자에게 요구할 수 있다.’고 규정하며, 제11조 제3항은 ⁠‘제2항에 따라 자료 제출을 요구받은 자는 자료 제출을 요구받은 날부터 60일 이내에 해당 자료를 제출하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 정당한 사유로 제출 기한의 연장을 신청하는 경우에는 과세당국은 한 차례만 60일까지 연장할 수 있다.’고 규정하고, 제4항은 ⁠‘제2항에 따라 자료 제출을 요구받은 자가 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 자료를 기한까지 제출하지 아니하고, 불복신청 또는 상호합의절차 시 자료를 제출하는 경우 과세당국과 관련 기관은 그 자료를 과세 자료로 이용하지 아니할 수 있다.’고 규정하고 있다. 구 국제조세조정법 제12조는 ⁠‘제11조제2항에 따라 자료 제출을 요구받은 자가 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 자료를 기한까지 제출하지 아니하거나 거짓의 자료를 제출하는 경우’에는 과세당국이 과태료를 부과ㆍ징수하도록 규정하고, 구 국제조세조정법 제13조는 정상가격 산출에 따른 소득금액 조정 시 과소신고에 따른 가산세 부과의 특례를 규정하고 있다.

   위 규정에 의하면, 과세당국이 납세의무자에게 국제거래에 있어 정상가격의 산출 및 이전가격의 조정을 위하여 특정한 자료의 제출을 요구하였음에도 불구하고 납세의무자가 정당한 이유 없이 그 자료를 기한 내 제출하지 아니하는 경우에는 납세의무자가 그 자료를 불복신청 또는 상호합의절차 시 뒤늦게 제출하더라도 이를 과세의 근거가 되는 자료로 삼지 않을 수 있다고 할 것이나, 과세당국이 당초 제출을 요구한 바도 없는 자료의 경우까지 추후 불복절차 등에서 과세자료로 고려하지 않는 것이 허용된다고 볼 수는 없다. 이는 위 각 규정의 문언 자체로 분명하다. 또한 과세당국의 세무조사는 과세처분의 전제로서 이루어지는 것이므로, 세무조사 과정에서 납세의무자에게 자료의 제출을 요구함에 있어서는 어떠한 자료 자체의 특정뿐만 아니라 세무조사의 대상이 되는 과세단위, 예컨대, 법인세의 경우 사업연도 및 관련되는 거래 및 그 상대방 등 기본적인 사항을 고지함으로써 그 과세처분에 관한 납세의무자의 방어권 내지 불복의 기회를 실질적으로 보장할 필요가 있다.

  (2) 위 규정의 취지 및 문언에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 사실에다가 다툼 없는 사실, 앞서 든 증거들, 갑 제32, 33호증, 을 제4, 22호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음의 각 사실 및 사정들을 종합하여 보면, 원고가 피고들로부터 이 사건 쟁점거래의 이전가격 조정을 위하여 필요한 자료 제출을 요구받고도 정당한 사유 없이 기한 내 이전가격 산정에 관한 자료를 제출하지 아니한 뒤 전심절차 또는 이 사건 소송 과정에서 그 증거자료를 제출하였다고 보기는 어려우므로, 이와 다른 전제에 선 피고들의 주장은 받아들이지 아니한다.

   ① 피고 CC지방국세청장은 세무조사 과정에서 2015. 3. 6. 및 2015. 3. 13. 2차례에 걸쳐 원고에게 자료의 제출을 요구하였다.

    피고 CC지방국세청장의 2015. 3. 6.자 자료제출요구서에 의하면, 위 피고가 원고에게 요청한 자료는, Dddd테크에 대한 완제품 주문생산 방식 수출거래에 관하여 국제조세조정법에 따른 정상가격 산출 여부 등을 검토하기 위한 자료로서, ㉠ Dddd 그룹의 이전가격지침에 의하면 위와 같은 거래에 있어 재판매가격방법에 의하여 이전가격을 결정한다는 것이므로, 원고가 2010년 내지 2012년 Dddd테크에 수출한 완제품 등 종류별 재판매가격법에 의한 이전가격 산정 시 적용되는 Dddd 그룹 이전가격지침 첨부서(Appendix) 1.2(이하 편의상 ⁠‘Appendix 1.2라 한다), ㉡ 위 Appendix 1.2 중 위 이전가격 산정 시 적용되는 할인율(Mark-down Rate, 이하 ⁠‘할인율’이라 한다) 산출 근거, ㉢ 원고가 사용하는 전사적 자원관리 시스템(Enterprise Resource Planning, 이하 편의상 ⁠‘ERP’라 한다)에 의한 Dddd테크의 완료된 구매주문내역(Purchase Order), ㉣ 위 거래에 관하여 원고가 생산하는 모든 제품을 연삭공정 종류별로 분류한 엑셀파일 형태의 자료, ㉤ 원고의 ERP 시스템에 등록된 모든 판매 제품 또는 상품을 그 종류별, 기본 부품 규격별, 보조 부품 종료별 및 특성별로 정리한 엑셀파일 형태의 자료, ㉥ 원고가 2010년 및 2011년에 Dddd테크에 수출한 판매주문(Sales Order)의 각 거래건별 제조원가, 매출총이익, 매출총이익률에 관한 ERP 시스템의 엑셀파일 형태의 자료, ㉦ Dddd테크가 원고로부터 수입한 제품의 각 구매주문(Purchase Order) 번호별 판매주문내역(Sales Order)에 관한 ERP 시스템의 엑셀파일 형태의 자료 등이다.

피고 CC지방국세청장의 2015. 3. 13.자 자료제출요구서에 의하면, 위 피고가 당시 원고에게 요청한 자료는, 2015. 3. 6.자 자료제출요구서에 의한 제출 요구 사항 중 위 ①의 ㉢항 및 ㉥항에 관련된 보완 또는 추가 자료와 Dddd테크의 2010년 내지 2012년 재무제표, 결산서 및 감사보고서 등이다.

   ② 위 인정사실에 의하면, 피고 CC지방국세청장은 원고에게, 원고의 Dddd테크에 대한 완제품 수출거래에 관하여 적용된 Dddd 그룹의 이전가격지침에 의한 Appendix 1.2와 그에 따른 할인율, 원고와 Dddd테크의 구매주문내역 및 판매주문내역에 관한 자료를 요구하였을 뿐, 2015. 9. 7. 최종 세무조사 결과 통지 당시까지 ⁠‘이 사건 쟁점거래’에 관하여 적용된 Appendix 1.2, 그에 따른 할인율 관련 자료, 국외 법인의 재판매 관련 자료 등을 요구한 사실은 없었던 것으로 보인다(이후 피고 CC지방국세청장은 2015. 5. 18. 및 2015. 9. 7. 원고에게, 이 사건 쟁점거래에 관하여 이전가격 및 소득금액 조정에 따라 법인세 과소신고분에 대한 과세 예정임을 알리는 세무조사 결과 통지를 하였다).

   ③ 이 사건 쟁점거래는 피고 CC지방국세청장의 2015. 3. 6.자 및 2015. 3. 13.자 각 자료제출요구서에 명시된 원고와 Dddd테크 간 거래와 직접 관련이 없고, 위 피고가 위 각 자료제출요구서로써 원고에게 제출을 요구한 자료에 이 사건 쟁점거래에 관하여 적용된 Appendix 1.2 또는 이 사건 쟁점거래 시 이전가격 산정에 적용된 할인율, 국외 법인의 재판매 내역 등의 자료가 포함된 사실이 없으며, 달리 위 피고가 원고에게 원고와 국외 법인 간 이 사건 쟁점거래의 이전가격 산정과 직접 관련된 자료의 제출을 요구하였음을 인정할 자료가 없으므로, 피고 CC지방국세청장이 원고에게 불복신청 또는 상호합의절차 개시 이전에 이 사건 쟁점거래에 관한 이전가격 산정의 근거자료 제출을 요구하였다고 볼 수 없다. 따라서 원고가 이 사건 소송에 이르러서야 비로소 이 사건 쟁점거래의 이전가격을 재판매가격방법에 의하여 산정하였음을 주장하면서 그 증거자료를 제출하였다고 하더라도, 피고들이 이 사건 각 처분 전까지 원고에게 위 증거자료의 제출을 요구한 바 없다고 보이므로, 위 자료가 구 국제조세조정법 제11조 제4항에 의하여 과세자료로 이용하지 않을 수 있는 자료에 해당한다고 보기 어렵다.

4. 거래순이익률방법에 의한 정상가격 산출 및 이 사건 각 처분의 적법 여부

 가. 당사자의 주장

  (1) 원고

   주위적 및 예비적 과세근거에 의하여 이 사건 쟁점거래의 정상가격을 산출함에 있어 피고들이 적용한 거래순이익률방법은, 다음에서 보는 바와 같이, 구 국제조세조정법 제5조 제1항의 가장 합리적인 정상가격 산출방법이 아니고, 피고들은 비교대상거래를 잘못 선정하거나 비교되는 상황 간의 차이가 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에 그 차이를 합리적으로 조정하지 아니하였으며, 구 국제조세조정법령에서 정한 요건에 따라 적법한 산정 절차를 거치지 아니하였으므로, 거래순이익률방법에 의한 정상가격 산출은 위법하다. 따라서 이 사건 부과처분 중 4,384,001,639원(가산세 포함) 및 이 사건 통지는 위법하여 취소되어야 한다.

   ① 이 사건 쟁점거래와 비교대상거래 간 상황의 차이가 비교되는 거래순이익에 중대한 영향을 주고, 합리적 조정이 가능하지도 아니하여 비교가능성이 높지 않고, 매출에 대한 거래순이익률방법은 이 사건 쟁점거래와 적합성이 높지 않다.

   ② 매출에 대한 거래순이익률방법을 적용함에 있어서도, 단순한 재판매 기능만을 수행하여 거래별 이익률 변동폭이 적은 제한적 판매업자인 국외 법인을 분석대상 당사자로 삼아야 하지, 중요한 무형자산 또는 지식재산을 보유하고 제품을 개발하며 거래 위험을 전적으로 부담하여 거래별 이익률 변동폭이 큰 일반 제조업자인 원고를 분석대상 당사자로 삼은 것은 구 국제조세조정법령, OECD 이전가격 과세지침 등에 위반된다.

   ③ 원고는 국외 법인 등에 부당하게 이익을 분여한 바 없음에도, 이 사건 각 사업연도의 원고와 국외특수관계자 간 거래 중, 상대적으로 영업이익률이 낮은 ⁠‘○○○ 브랜드 제품’에 관한 거래 및 그중에서도 평균 매출총이익률에 미달하는 ⁠‘국외 법인’과의 거래만을 자의적으로 선별하여 이전가격 소득금액 조정대상거래(이 사건 쟁점거래)로 삼은 것은 이전가격 과세제도의 취지 및 구 국제조세조정법령에 위반된다.

   ④ 이 사건 쟁점거래는 국외 법인과의 수출․도매거래로서 원고와 특수관계 없는 자 간 국내․소매거래와는 거래 단계, 거래 방식, 영업활동 여부 등이 전혀 다르다. 국외 법인마다 시장 여건(시장 점유율, 경쟁의 정도, 브랜드 인지도 등), 환율, 관세율 등 정책이 상이하다. 위와 같은 상황 및 조건의 차이는 모두 가격이나 영업이익률에 중대한 영향을 주므로, 피고들이 선정한 비교대상거래는 처음부터 이 사건 쟁점거래와 유사한 거래가 될 수 없거나 위 차이를 적정히 조정하여야 한다. 그러나 피고들은 위와 같은 국내․소매거래를 비교대상거래로 잘못 선정하고, 이 사건 쟁점거래와 비교대상거래 전체의 판매관리비 총액을 각 거래별 매출액의 비율로 안분한 금액을 각 거래별 매출액에서 차감하여 비교대상거래의 영업이익이 상대적으로 높게 산정되도록 하였으며(이 경우 거래순이익률방법에 의하더라도 조건의 차이 등을 조정하여야 한다), 원고가 특수관계 없는 자와의 거래 시 영업활동의 대가로 국외 법인 등에 지급하는 판매수수료를 위 거래의 판매단가에 반영하지 아니하는 등, 비교되는 상황이나 조건의 차이를 합리적으로 조정하지 아니하였다.

   ⑤ 이 사건 쟁점거래 중 182종(예비적 과세 근거에 의하는 경우 309종)에 관한 거래는 원고와 특수관계 없는 자 간 거래가 존재하지 아니하여 비교대상거래와 비교가능성이 없음에도, 이 사건 쟁점거래 중 원고와 특수관계 없는 자 간 거래가 존재하는 1,104종(예비적 과세 근거에 의하는 경우 977종)에 관한 거래를 비교대상거래의 영업이익률과 비교하여 산출한 가중평균 경정 영업이익률을 위 182종(예비적 과세 근거에 의하는 경우 309종)에 관한 거래에 적용하여 정상가격을 산정한 것은 구 국제조세조정법령에 위반된다.

   ⑥ 판매단가가 단위당 표준제조원가에 미달하는 손실거래는 통상적인 거래임에도 이를 임의로 비교대상거래에서 제외함으로써 정상가격을 과대 산정한 것은 구 국제조세조정법령에 위반된다.

   ⑦ 비교대상거래의 매출액에서 정상적 매출할인을 차감하지 아니한 것은 거래의 실질이나 통상의 회계처리 방식에 비추어 부당하다.

   ⑧ 예비적 과세근거에 의하더라도 비교대상거래에서 국내거래를 제외한 점을 제외한 나머지 산출방식은 마찬가지로 모두 부당하다.

   ⑨ 피고들의 정상가격 산출 결과에 의할 때 국외 법인은 원고와 거래 중 약 50% 거래에서 매출총손실을 입고, 약 91%의 거래에서 영업손실을 입는 결과가 되는데, 이는 실제 거래에서 발생할 수 없는 결과이고, 이전가격 과세제도에 있어 정상가격 산출을 통한 국가 간 과세소득의 합리적 배분의 원칙에 어긋난다.

  (2) 피고들

   매출에 대한 거래순이익률방법은 다음과 같은 점에서 이 사건 쟁점거래의 정상가격을 산정하기 위한 가장 합리적인 방법이고, 피고들은 이 사건 각 처분 당시 최선의 노력으로 확보한 자료를 기초로 합리적이고 적법하게 정상가격을 산출하였다. 따라서 거래순이익률방법에 의한 이 사건 쟁점거래의 정상가격 산정 및 이를 기초로 이루어진 이 사건 각 처분은 모두 적법하다.

   ① 구 국제조세조정법령상 분석대상 당사자를 일률적으로 제한하는 규정은 없고, 구 국제조세조정법령에서 정한 거래순이익률방법을 적용하는 경우 오히려 원고를 분석대상 당사자로 하여야 하며, OECD 이전가격 과세지침에 의하더라도 이 사건 쟁점거래에 있어 국외 법인을 분석대상 당사자로 하는 것은 충분한 자료를 확보할 수 없어 적정하지 아니하므로, 원고를 분석대상 당사자로 선정한 것은 합리적이다. 또한 베어링 제품은 종류가 다양하고 거래상대방이나 판매시점별로 가격에 차이가 있으므로, 제품의 동일성이 비교가능성 판단에 있어 가장 중요한 점, 이 사건 각 처분 당시까지 원고가 제출한 자료의 범위를 고려할 때, 개별 거래 품목이나 거래 단계 등 사업활동의 기능상 차이에 가장 영향을 적게 받는 거래순이익률 방법이 이 사건 쟁점거래의 정상가격 산출에 있어 가장 적합한 방법이다.

   ② 고품질 베어링 제품은 높은 기술 수준을 요하는 등 진입장벽이 높은 독점 내지 판매자 우위 시장으로 기업 간 담합이 빈번한 시장인데, 그중 □□□ 브랜드 제품과 ○○○ 브랜드 제품은 지역별 인지도 등으로 판매가격에 큰 차이가 있어 별개의 시장을 형성하고 있고, 국외 법인의 매출총이익률은 전체 해외 특수관계자 평균 매출총이익률에 현저히 미달하였으므로 합리적인 정상가격 조정이 필요한 거래이며, 이전가격 과세제도는 부당행위계산 부인제도와는 제도의 목적 및 적용 요건이 다르므로, 조정거래대상을 원고와 국외특수관계자 간 ○○○ 브랜드 제품의 수출거래로 선별한 것은 정당하다.

   ③ 원고의 해외 판매금액 상위 5개 제품, 전체(국내 및 국외) 판매금액 상위 5개 제품의 국내 및 국외 판매단가를 비교하여 보면 유의미한 차이가 없어 비교대상거래에서 원고와 특수관계 없는 자 간 국내거래 또는 소매거래를 제외할 이유가 없으므로, 원고와 특수관계 없는 자 간 국내 또는 소매거래를 비교대상거래로 삼은 것은 타당하고(주위적 과세근거), 국내거래를 비교대상거래에서 제외하더라도(예비적 과세근거) 이전가격 내지 소득금액의 조정이 발생한다. 이 사건 쟁점거래와 비교대상거래 전체의 판매관리비 총액을 각 거래별 매출액의 비율로 안분한 것은 각 거래별 판매관리비 자료가 존재하지 아니한 데 따른 것이고, 원고가 주장하는 판매수수료는 비교대상거래의 판매단가와 직접 관련이 없거나 실제 지급 여부 등이 확인되지 아니하므로 이를 정상가격 산정 시 반영할 수는 없다. 거래순이익률방법은 사업활동의 기능상 차이에 의한 영향이 적은 정상가격 산출방법인 점, 고품질 베어링 제품 시장은 판매자 우위 시장으로 개별 시장 여건이 판매가격에 미치는 영향이 적은 점, 베어링 제품은 다양하여 국제거래가 활발하므로 특정 브랜드의 시장점유율만이 판매가격을 결정하지 않는 점, 일본 베어링 시장의 경우 ○○○ 브랜드 제품이 □□□ 제품보다 시장점유율이 높아 경쟁력을 갖춘 점, 인도의 관세율이 높다고 하더라도 이를 판매가격에 전가할 수 있으며 고율의 관세는 인도의 다른 베어링 제조 및 판매 업체에 있어서도 동일한 조건인 점, 시장에서의 경쟁은 어디에나 존재하여 중동 법인에 대한 판매가격에 특별히 영향을 미쳤다고 볼 수 없는 점, 비교대상거래 중 국외 수출거래도 마찬가지로 환율의 영향을 받는 점 등을 고려할 때, 원고가 주장하는 시장점유율 내지 경쟁력 확보, 경쟁의 정도, 관세율 정책과 같은 개별 시장 여건이나 환율 변동의 위험은 특별히 조정이 필요한 상황이나 조건의 차이라고 볼 수 없다.

   ④ 이 사건 쟁점거래 중 1,104종에 관한 거래의 비교대상거래를 나머지 182종에 관한 거래의 비교대상거래으로 본 뒤, 위 182종에 관한 거래에 이 사건 쟁점거래 중 1,104종에 관한 거래의 가중평균 경정 영업이익률을 적용한 것은, 합리적인 비교기준에 의한 것이고, 구 국제조세조정법령에 의할 때 서로 밀접하게 연관되거나 연속된 개별거래는 통합하여 평가할 수 있고, 경제적 여건이나 사업전략의 영향이 여러 사업연도에 걸쳐 발생하는 경우 여러 사업연도의 자료를 사용하여 정상가격을 산출할 수 있는 것인 점에서도 적정하다.

   ⑤ 표준제조원가의 일부 회수를 위해 표준제조원가는 생산․판매 이전에 산정되는 점, 원고는 사전 주문 생산 방식으로 이 사건 제품을 제조․판매하고 있는 점, 이 사건 제품은 판매자 우위 시장인 점 등을 감안하면, 판매단가가 단위당 표준제조원가에 미달하는 손실거래는 비정상적인 거래이므로 합리적인 차이 조정을 위하여 이를 비교대상거래에서 제외한 것은 타당하다.

   ⑥ 주위적 과세근거에 의한 비교대상거래에서 발생한 매출할인은 매출액 대비 0.094%에 불과하므로 가격이나 거래순이익에 미치는 영향이 미미하므로 정상가격 산정 시 고려할 실익이 없다.

 나. 관련 규정 및 법리

  (1) 관련 규정

   ① 정상가격 산출방법

    2010년 국제조세조정법 제5조 제1항은 정상가격은 비교가능 제3자 가격방법(제1호), 재판매가격방법(제2호), 원가가산방법(제3호), 대통령령으로 정하는 기타 합리적이라고 인정되는 방법(제4호) 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다고 규정하고, 기타 합리적이라고 인정되는 방법(제4호)은 제1호부터 제3호까지의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용한다고 규정하고 있으며, 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22394호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘2010년 국제조세조정법 시행령’이라 한다) 제4조는 기타 합리적이라고 인정되는 방법으로 이익분할방법(제1호), 거래순이익률방법(제2호), 기타 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법(제3호)을 규정하는 한편 제5조 제4항에서 제4조 각 호에 따른 정상가격 산출방법을 적용하는 경우 같은 조 제4호의 방법은 같은 조 제1호 및 제2호의 방법을 적용할 수 없는 경우에만 적용한다고 명시하고 있다. 2011년 및 2012년 국제조세조정법 제5조 제1항은 정상가격은 비교가능 제3자 가격방법(제1호), 재판매가격방법(제2호), 원가가산방법(제3호), 이익분할방법(제4호), 거래순이익률방법(제5호), 대통령령으로 정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법(제6호) 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다고 규정하고, 대통령령으로 정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법(제6호)은 제1호부터 제5호까지의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용한다고 규정하고 있다.

    위 규정에 의하면, 위와 같은 정상가격 산출방법 중 2010년 국제조세조정법 시행령 제4조 제2호에서 정한 거래순이익률방법은 2010년 국제조세조정법 제5조 제1항 제1호 내지 제3호의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에 보충적으로 적용 가능한 방법이었으나(같은 취지로, 대법원 2015. 12. 10. 선고 2013두13327 판결 등 참조), 2011년 및 2012년 국제조세조정법 개정으로 거래순이익률방법의 보충성은 폐지되었다.

   ② 거래순이익률방법의 내용 등

    구 국제조세조정법에서 정한 정상가격의 산출방법 중 거래순이익률방법은 거주자와 국외특수관계자 간의 국제거래에 있어 거주자와 특수관계가 없는 자 간의 거래 중 해당 거래와 비슷한 거래에서 실현된 통상의 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법이다. 다만, 거주자가 거주자와 국외특수관계자 간의 해당 국제거래와 비슷한 거래를 특수관계가 없는 자와는 한 적이 없는 경우에는 국외특수관계자와 특수관계가 없는 자 간의 거래4) 또는 특수관계가 없는 제3자 간의 거래 중 해당 거래의 조건과 상황이 비슷한 거래에서 실현된 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 본다. 그리고 여기서 통상의 거래순이익률은 매출, 자산 또는 매출원가 및 영업비용에 대한 거래순이익의 비율, 영업비용에 대한 매출총이익(거래순이익과 영업비용을 합산한 것)의 비율, 기타 합리적이라고 인정될 수 있는 거래순이익률을 말한다[2010년 국제조세조정법 제5조 제1항 제4호, 같은 법 시행령 제4조 제2호, 2011년 및 2012년 국제조세조정법 제5조 제1항 제5호, 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23600호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘2011년 국제조세조정법 시행령’이라 한다), 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2013. 2. 15. 법률 제24365호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘2012년 국제조세조정법 시행령’이라 하고, 2010년, 2011년, 2012년 국제조세조정법 시행령을 통틀어 ⁠‘구 국제조세조정법 시행령’이라 한다) 제4조 제2항].

   ③ 가장 합리적인 정상가격 산출방법의 선택, 차이 조정 및 정상가격 결정 등

    2010년 국제조세조정법 시행령 제5조 제1항은 가장 합리적인 정상가격 산출방법의 선택 기준 내지 고려사항으로, ㉠ 비교되는 상황간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주지 아니하는 경우[(가)목] 또는 비교되는 상황간의 차이가 비교되는 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에도 동 영향에 의한 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능한 경우[(나)목] 중 어느 하나에 해당하여 특수관계가 있는 자간의 국제거래와 특수관계가 없는 자간의 거래 사이에 비교가능성이 높을 것(제1호), ㉡ 사용되는 자료의 확보ㆍ이용 가능성이 높을 것(제2호), ㉢ 특수관계가 있는 자간의 국제거래와 특수관계가 없는 자간의 거래를 비교하기 위하여 설정된 경제여건ㆍ경영환경 등에 대한 가정이 현실에 부합하는 정도가 높을 것(제3호), ㉣ 사용되는 자료 또는 설정된 가정의 결함이 산출된 정상 가격에 미치는 영향이 작을 것(제4호)을 규정하고, 제2항은 제1항 제1호의 비교가능성이 높은지를 평가하는 경우 가격이나 이윤에 영향을 미칠 수 있는 사업활동의 기능, 계약조건, 거래에 수반되는 위험, 재화나 용역의 종류 및 특성, 시장여건의 변화, 경제여건 등의 요소를 분석하여야 한다고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제6조 제2항은 정상가격을 산출하는 경우 당해 거래와 특수관계가 없는 자간의 거래 사이에서 수행된 기능, 부담한 위험 또는 거래조건 등의 차이로 인하여 적용하는 가격ㆍ이윤 또는 거래순이익에 차이가 발생하는 때에는 그 가격ㆍ이윤 또는 거래순이익의 차이를 합리적으로 조정하여야 한다고 규정하고, 제5항은 과세당국이 정상가격범위를 벗어난 거래가격에 대하여 과세조정을 하는 경우 당해 정상가격 범위 안의 거래에서 산정된 평균값ㆍ중위값ㆍ최빈값 기타 합리적인 특정가격을 기준으로 하여야 한다고 규정하고 있다.

    2011년 및 2012년 국제조세조정법 시행령 제5조 제1항은 2010년 국제조세조정법 시행령 제5조 제1항에서 규정한 가장 합리적인 정상가격 산출방법의 선택 기준 내지 고려사항에 특수관계가 있는 자 간의 거래와 정상가격 산출방법과의 적합성이 높을 것(제1항 제5호)을 추가하고, 제2항은 제1항 제1호의 비교가능성이 높은지 여부를 평가함에 있어서 가격이나 이윤에 영향을 미칠 수 있는 재화나 용역의 종류 및 특성, 사업활동의 기능, 거래에 수반되는 위험, 사용되는 자산, 계약조건, 경제여건, 사업전략 등의 요소에 관하여 기획재정부령으로 정하는 사항을 분석하여야 한다고 규정하며, 제3항은 제1항 제5호의 적합성이 높은지를 평가하는 경우에는 특수관계 거래에서 가격ㆍ이윤 또는 거래순이익 중 어느 지표가 산출이 용이한지 여부, 특수관계 거래를 구별 짓는 요소가 거래되는 재화나 용역인지 또는 수행되는 기능의 특성인지 여부, 거래순이익률방법 적용 시 거래순이익률 지표와 영업활동과의 상관관계 등에 관하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 분석하여야 한다고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제6조 제1항은 가장 합리적인 방법을 선택하여 정상가격을 산출하는 절차에 관하여, 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 납세자의 사업환경 및 특수관계거래 분석, 내부 및 외부 비교가능거래에 대한 자료수집, 정상가격 산출방법의 선택 및 가격ㆍ이윤 또는 거래순이익 산출, 비교가능한 거래의 선정 및 합리적인 차이 조정 등의 분석절차를 통하여 정상가격을 결정하여야 한다고 규정하고, 제2항은 정상가격을 산출하는 경우 해당 거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래 사이에서 비교가능성 분석 요소의 차이로 인하여, 적용하는 가격ㆍ이윤 또는 거래순이익에 차이가 발생할 때에는 그 가격ㆍ이윤 또는 거래순이익의 차이를 합리적으로 조정하여야 한다고 규정하며, 제5항은 과세조정을 하는 경우 정상가격 범위 안의 거래에서 산정된 평균값․중위값․최빈값 기타 합리적인 특정 가격을 기준으로 한다고 규정하고 있다.

    이에 따라 2011년 및 2012년 국제조세조정법 시행규칙 제2조 제1항은 비교가능성 평가를 위한 분석 요소로, 재화나 용역의 종류 및 특성(유형재화의 거래인 경우 재화의 물리적 특성, 품질 및 신뢰도, 공급 물량ㆍ시기 등 공급여건)(제1호), 사업활동의 기능(설계, 제조, 조립, 연구개발, 용역, 구매, 유통, 마케팅, 광고, 운송, 재무 및 관리 등 수행하고 있는 핵심기능)(제2호), 거래에 수반되는 위험(제조원가 및 제품가격 변동 등 시장의 불확실성에 따른 위험, 유형자산에 대한 투자ㆍ사용 및 연구개발 투자의 성공여부 등에 따른 투자위험, 환율 및 이자율 변동 등에 따른 재무위험, 매출채권의 회수 등과 관련된 신용위험(제3호), 사용되는 자산: 자산의 유형(유형자산ㆍ무형자산 등)과 자산의 특성(내용연수ㆍ시장가치ㆍ사용지역ㆍ법적 보호장치 등)(제4호), 계약조건: 거래에 수반되는 책임, 위험, 기대편익 등이 거래당사자간에 배분되는 형태(사실상의 계약관계를 포함)(제5호), 경제여건(시장의 지리적 위치, 시장규모, 도매ㆍ소매 등 거래단계, 시장의 경쟁정도 등 시장 여건과 경기ㆍ제품 주기 등 경기순환변동의 특성)(제6호), 사업전략: 시장침투, 기술혁신 및 신제품 개발, 사업다각화, 위험 회피 등 기업의 전략(제7호) 등을 규정하고 있다. 같은 시행규칙 제2조 제2항은 거래순이익률방법 적용의 적합성 평가를 위한 분석 요소로, ⁠‘같은 법 시행령 제4조 제2항 제1호 각 목의 거래순이익률 지표와 영업활동과의 상관관계가 높은지 여부. 이 경우 그 밖의 정상가격 산출방법보다 더 엄격하게 특수관계 거래와 비교가능 거래와의 유사성이 확보될 수 있거나 비교되는 상황간의 차이가 합리적으로 조정될 수 있어야 한다.’고 규정하고 있으며, 제3항은 매출에 대한 거래순이익률 지표는 다른 특별한 사정이 없으면 국외특수관계자로부터 구매한 제품을 독립된 제3자에게 재판매하는 경우에 사용한다고 규정하고 있다. 같은 시행규칙 제2조의2 제1항은 정상가격 산출을 위하여 원칙적으로, 분석대상 연도의 선정, 사업 환경 분석(산업, 경쟁, 규제 요소 등 거래와 관련된 일반적인 사업 환경 분석), 특수관계 거래 분석(국내외 분석대상 당사자, 적합한 정상가격 산출방법의 선택, 핵심적인 비교가능성 분석요소의 식별 등을 위한 분석), 내부의 비교 가능한 거래에 대한 자료 수집과 검토(분석대상 당사자가 특수관계 없는 독립된 사업자와 한 거래의 자료 수집과 이에 대한 분석), 외부의 비교가능한 거래에 대한 자료 수집과 검토(특수관계가 없는 제3자 간의 거래를 파악하기 위한 상업용 데이터베이스 등 이용 가능한 자료의 수집 및 특수관계 거래와의 관련성 분석), 가장 합리적인 정상가격 산출방법의 선택 및 선택된 산출방법에 따라 요구되는 재무 지표(거래순이익률 지표를 포함한다)의 선정, 비교가능한 거래의 선정(비교가능성 분석요소를 바탕으로, 독립된 제3자 거래가 비교가능한 거래로 선정되기 위하여 갖추어야 할 특성을 검토하여 선정), 합리적인 차이 조정(회계기준, 재무정보, 수행한 기능, 사용된 자산, 부담한 위험 등 특수관계 거래와 독립된 제3자 거래 간의 가격 및 이윤 등에 실질적인 차이를 유발하는 요인들의 합리적인 조정), 수집된 자료의 해석 및 정상가격의 결정의 분석절차 순서에 따른다고 규정하고 있다.

  (2) 관련 법리

   과세관청이 거주자와 국외 특수관계자 사이의 거래에 대하여 구 국제조세조정법 제4조 제1항을 적용하여 정상가격을 기준으로 과세처분을 하기 위해서는 납세의무자에 대한 자료제출 요구 등을 통하여 수집한 자료를 토대로 비교가능성 등을 고려하여 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하여야 하고, 비교되는 상황 사이의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에는 그 차이를 합리적으로 조정하여 정상가격을 산출하여야 하며, 과세처분의 기준이 된 정상가격이 이와 같은 과정을 거쳐 적법하게 산출되었다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에 있다(대법원 2012. 12. 26. 선고 2011두6127 판결 등 참조).

   구 국제조세조정에 관한 법률(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되기 전의 것) 제11조, 제13조, 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2004. 12. 31. 대통령령 제18628호로 개정되기 전의 것) 제7조, 제23조 등에 의하면, 국외 특수관계자와 국제거래를 행하는 납세의무자는 국제거래명세서를 제출할 의무, 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하고 선택된 방법 및 이유를 과세표준 및 세액의 확정신고 시 제출할 의무, 정상가격 산출방법과 관련하여 필요한 자료를 비치·보관할 의무 등을 부담한다. 따라서 과세관청이 스스로 위와 같은 정상가격의 범위를 찾아내 고려해야만 하는 것은 아니므로, 국외 특수관계자와의 이전가격이 과세관청이 최선의 노력으로 확보한 자료에 기초하여 합리적으로 산정한 정상가격과 차이를 보이는 경우에는 비교 가능성이 있는 독립된 사업자 간의 거래가격이 신뢰할 만한 수치로서 여러 개 존재하여 정상가격의 범위를 구성할 수 있다는 점 및 당해 국외 특수관계자와의 이전가격이 정상가격의 범위 내에 들어 있어 경제적 합리성이 결여된 것으로 볼 수 없다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다(대법원 2014. 9. 4. 선고 2012두1747,1754 판결 참조).

   거래순이익률방법은 매출원가 및 판매비와 일반관리비 등 영업비용이 반영된 순이익률지표 또는 영업이익률에 기초하여 정상가격을 산정하므로, 다른 정상가격 산출방법 중 거래가격에 기초하는 비교가능 제3자 가격방법이나 매출총이익률에 기초하는 재판매가격방법이나 원가가산방법과 달리 상품의 차이나 거래단계 등 사업활동의 기능상 차이 등에 의한 영향이 적다. 따라서 정상가격 산출 시 거래순이익률방법을 적용하는 경우 과세관청이 당해 거래의 조건과 상황이 유사한 거래를 행하는 비교대상업체를 선정하고 최선의 노력으로 확보한 자료에 기하여 합리적으로 정상가격을 산출하였다면, 특별한 사정이 없는 한 거래품목이나 비교대상업체와의 거래단계 등의 차이에 따른 별도의 조정을 하지 아니하였다는 이유만으로 그와 같이 산출한 정상가격이 틀렸다고 단정할 수는 없다(대법원 2014. 9. 4. 선고 2012두1747, 1754 판결 참조). 다만, 국외특수관계자 거래와 비교대상거래 사이에 상품이나 거래단계의 차이가 현저하여 양자가 본질적으로 다르고 그로 인하여 거래에 수반되는 위험이나 사용되는 자산 등 다른 비교가능성 분석요소의 차이를 야기하며 나아가 그러한 차이가 영업이익률에 중대한 영향을 미친다면, 그 비교대상거래는 합리적인 차이조정이 이루어지지 아니하는 한 비교가능성이 높다고 할 수 없어 당해 거래의 조건과 상황이 유사한 거래라고 할 수 없으므로, 그러한 비교대상거래를 기초로 거래순이익률방법에 따라 산출한 가격은 적법한 정상가격이라고 할 수 없다(대법원 2014. 8. 20. 선고 2012두23341 판결 참조).

 다. 구체적 판단

  위 규정 및 법리에 비추어 이 사건 각 처분의 적법 여부에 관하여 보건대, 앞서 본 사실에다가 다툼 없는 사실, 앞서 든 증거들, 갑 제5 내지 9, 19, 25 내지 31, 34, 35, 36, 39, 40, 43, 46, 47호증, 을 제1, 6, 7, 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정을 모두 종합하여 보면, 피고들의 매출에 대한 거래순이익률방법에 따른 주위적 및 예비적 과세근거에 의한 이 사건 쟁점거래의 정상가격 산정은 적법하다고 보기 어렵다. 따라서 위 정상가격을 적용한 이 사건 부과처분 및 이를 전제로 하는 이 사건 통지는, ① 원고가 이 사건 쟁점거래의 이전가격을 재판매가격방법을 실제로 적용하여 산정하였는지 여부, 이 사건 쟁점거래의 거래 단계나 원고와 국외 법인의 기능상 차이 등을 고려할 때 재판매가격방법이 가장 합리적인 정상가격 산출방법인지 여부 및 그 이전가격이 신뢰할 만한 수치로서 정상가격의 범위를 구성하고 그 범위 내에 있는지 여부와 ② 이 사건 통지가 원고의 이전소득금액반환확인서 제출기한으로부터 15일이 경과하여 이루어진 것으로서 취소 사유에 이르는 중대한 절차적 하자가 있는지 여부 등에 관하여 나아가 살필 필요 없이, 모두 적법하다고 볼 수 없다.

  (1) 주위적 과세근거에 관하여

   (가) 분석대상 당사자 선정 및 정상가격 산출방법의 적합성

    거래순이익률방법은 거주자와 국외특수관계자 간 국제거래에 있어 거주자와 특수관계가 없는 자 간의 거래 중 해당 거래와 비슷한 거래에서 실현된 통상의 거래순이익률을 기초로 산정하는 것으로, 구 국제조세조정법은 원칙적으로 거주자와 특수관계가 없는 자 간의 거래를 비교대상거래로 하면서, 예외적으로 거주자가 특수관계가 없는 자와 거래한 적이 없는 경우 국외특수관계자와 특수관계가 없는 자 간의 거래 또는 특수관계가 없는 제3자 간의 거래 중 해당 거래와 비슷한 거래가 있으면 이를 비교대상거래로 한다고 규정하고 있다(2010년 국제조세조정법 시행령 제4조 제2호, 2011년 및 2012년 국제조세조정법 제5조 제1항 제5호, 같은 법 시행령 제4조 제2항 제2호). 이는 직접적으로는 비교대상거래에 관한 규정이기는 하나, 일방당사자가 거주자인 거래를 기본적인 비교대상거래로 규정하고 있는 이상 분석대상 당사자를 거주자로 하는 분석 방법을 배제하고 있지는 않다고 보아야 할 것이다.

    2011년 및 2012년 국제조세조정법 시행규칙 제2조 제3항 제1호는 매출에 대한 거래순이익 비율 지표는 특수관계자로부터 구매한 제품을 독립된 제3자에게 재판매하는 경우에 사용한다고 규정하고 있으나, 이는 매출에 대한 거래순이익률방법이 거주자와 국외특수관계자의 국제거래와 적합한 방법인지 여부의 판단을 위한 세부기준으로서, 그 적합성 판단은 별론으로, 이 사건 쟁점거래와 같은 형태의 국제거래에 있어 분석대상 당사자를 반드시 거래상대방인 국외특수관계자로 직접 한정하는 규정으로 볼 수는 없고, 달리 구 국제조세조정법, 같은 법 시행령 및 시행규칙에 분석대상 당사자를 일의적으로 제한하는 규정은 없다.

    OECD 이전가격 과세지침(2010. 7.) 문단 3.18은 거래순이익률방법 등을 적용하는 경우 분석대상 당사자는 가장 신뢰할 만한 비교대상거래를 찾을 수 있는 기업, 즉 대부분의 경우 덜 복잡한 기능분석을 할 수 있는 기업이 된다고 규정하고, 문단 3.19는 그 예로, 무형자산 또는 지식재산을 보유하여 제품 등을 제조하는 기업과 이를 단순히 판매하는 기업 중 적정한 분석대상 당사자는 위 제품을 제조하는 기업이 된다고 규정하고 있으며, 위 지침(2016. 5.) 문단 2.59는 거래순이익률방법과 같은 일방 분석법(one-sided method)은 무형자산을 제공하지 않는 당사자를 검토 대상당사자로 한다고 규정하고 있으나, 그와 동시에 위 지침(2010. 7.) 문단 3.22는 국외 기업을 분석대상 당사자로 하는 경우에는 충분한 자료가 확보될 것을 전제로 하고 있는바, 이 사건 각 처분 당시 이 사건 쟁점거래의 정상가격 산출에 있어 원고의 국외특수관계자인 국외 법인을 분석대상 당사자로 하는 경우 합리적인 가격 결정을 위한 충분한 자료의 수집 및 확보가 가능하였을 것이라고 보기는 어렵다.

    그러므로 피고들이 이 사건 쟁점거래의 정상가격 산출에 있어 국외 법인이 아닌 원고를 분석대상 당사자로 선정한 것만으로 곧바로 위법한 것은 아니다.

    그러나 앞서 본 각 규정 등에 의하면, 매출에 대한 거래순이익률 지표는 분석대상 당사자가 국외 특수관계자로부터 제품 등을 구매하여 이를 독립된 제3자에게 재판매하는 등 비교적 덜 복잡한 기능을 수행하는 재판매 기업인 경우에 그 국외 특수관계자와의 국제거래에 관한 정상가격 산출 시 가장 적합한 방식이라 할 것인데, 이 사건 쟁점거래는 원고가 상표를 보유한 이 사건 제품을 제조․생산한 뒤 국외특수관계자인 국외 법인에게 판매하는 형태의 수출거래(이 사건 제품을 국외의 자동차 제조업체 등 최종 소비자에게 재판매하는 것은 국외 법인이다)로서 매출에 대한 거래순이익률 지표를 적용하는 것이 적정하다고 보이지 아니하는 점, 피고들은 이 사건 각 처분 당시까지 원고에게 이 사건 쟁점거래에 적용되는 Dddd 그룹 이전가격지침의 Appendix 1.2 및 그 할인율, 국외 법인의 이 사건 제품의 재판매 내역 등 관련 자료의 제출을 구 국제조세조정법 제11조 제2항 등에 따라 명시적으로 요구한 바 없어 이 사건 각 처분 당시를 기준으로 매출에 대한 거래순이익률방법이 재판매가격방법 등 다른 방법에 의한 정상가격 산출방법에 비하여 더욱 적합한 방식이었다고 단정하기 어려운 점 등을 모두 고려하여 보면, 피고들의 이 사건 쟁점거래 정상가격 산출방법인 매출에 대한 거래순이익률방법이 이 사건 쟁점거래의 정상가격 산출에 적합한 방식이었다고 보기 어렵다.

   (나) 조정대상거래의 선정

    피고들은 이 사건 각 사업연도의 원고와 국외특수관계자 간 ○○○ 브랜드 베어링 제품 수출거래 중, 평균 매출총이익률인 16.16%에 미달하는 국외 법인과의 이 사건 제품 1,286종에 관한 16,039건의 수출거래를 조정대상거래인 이 사건 쟁점거래로 선정하였음은 앞서 본 바와 같다.

    구 국제조세조정법 제4조는 거래 당사자의 어느 한 쪽이 국외특수관계자인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우 정상가격을 기준으로 거주자의 과세표준 및 세액을 결정한다고 규정하고 있고, 정상가격 산출을 위한 거래순이익률방법은 거주자와 국외특수관계자 간 국제거래의 경우 거주자와 특수관계가 없는 자 간의 거래 중 해당 거래와 비슷한 거래에서 실현된 통상의 거래순이익률을 기초로 한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법인바(2010년 국제조세조정법 제5조 제1항 제4호, 같은 법 시행령 제4조 제2호, 2011년 및 2012년 국제조세조정법 제5조 제1항 제5호), 위 규정에 의하면 조정대상거래의 단위가 거주자와 사업부문별 전체 거래 또는 전체 국외특수관계자와의 거래 등으로 제한되는 것이 아니다.

    원고와 전체 국외특수관계자 간 전체 베어링 제품 수출거래를 조정대상거래로 하여 정상가격을 산출한 결과 일부 거래의 이전가격이 정상가격보다 낮거나 거래 전체적으로는 이전가격이 정상가격보다 낮게 되는 경우, 정상가격보다 낮은 이전가격의 거래는 독립적인 경정청구 또는 불복의 대상이 되는 별개의 거래인 것이므로, 그렇지 아니한 일부 거래를 조정대상거래로 선정하였다고 하더라도 그러한 선정이 곧바로 위법하게 되는 것이 아니다. 갑 제42호증의 기재만으로는 원고 주장과 같이 원고와 전체 국외특수관계자 간 동일 사업부문 전체 제품의 수출거래를 조정대상거래로 할 경우 391억 원의 부(-)의 소득조정금액이 산출되는지 여부도 불분명하다.

    원고가 제조하는 베어링 제품 중 항공기, 자동차 등 제조에 쓰이는 고품질 베어링 제품인 ○○○, □□□ 브랜드 제품은 생산에 높은 기술 수준을 요하고 규모의 경제가 요구되는 등 진입장벽이 다소 높은 시장에 해당한다. ○○○, □□□ 브랜드 제품의 품질 자체에는 큰 차이가 없으나, ○○○ 브랜드는 원고의 전신인 ▽▽베어링공업사가, □□□ 브랜드는 독일 법인이 각 개발 및 등록한 것으로 판매 지역별로 브랜드 선호도가 나뉘거나 인지도 차이 등의 영향이 있다. 그 결과 원고의 □□□ 브랜드 베어링 제품은 ○○○ 브랜드 베어링 제품보다 약 20% 높은 판매단가에 판매되고 있고, 매출총이익 및 영업이익 또한 20% 가량의 차이를 보인다(원고와 국외 법인 간 이 사건 각 사업연도 수출거래의 평균 매출총이익률은 ○○○ 브랜드 제품이 16.6%, □□□ 제품이 39.7%이다). 그러므로 피고들이 원고가 생산하여 판매하는 베어링 제품 브랜드의 종류 및 특성 등을 고려하여 고품질 베어링 제품 중 ○○○ 브랜드 제품에 관한 수출거래를 조정거래대상으로 선별한 것이 그 자체로 합리성을 결여하였다고 보기 어렵다. 피고들은 원고와 국외특수관계자와의 ○○○ 브랜드 제품에 관한 국제거래 중 매출총이익률이 평균 매출총이익률에 현저히 미달하는 일본, 인도, 중동 등 국외 법인과의 수출거래를 조정거래대상으로 선정한바, 정상가격 조정의 필요성 역시 수긍할 수 있다. 그러므로 이 사건 쟁점거래를 조정거래대상으로 선별한 것은 위법하다고 보기 어렵다.

    원고는 조정대상거래를 자의적으로 선별한 것은 2011년 및 2012년 국제조세조정법 제4조 제1항 단서에도 위반된다고 주장하는바, 제5조에 따른 정상가격 산출방법 중 동일한 정상가격 산출방법을 적용하여 둘 이상의 과세연도에 대하여 정상가격을 산출하고 그 정상가격을 기준으로 일부 과세연도에 대한 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하는 경우에는 나머지 과세연도에 대하여도 그 정상가격을 기준으로 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하여야 한다고 규정하고 있으나, 이는 둘 이상의 과세연도의 과세표준 및 세액을 결정함에 있어 동일한 정상가격을 적용하여야 한다는 원칙을 정한 것이지, 조정대상거래를 특정 과세연도의 동일한 사업부문 내 모든 국외특수관계자와의 모든 거래로 삼아야 한다는 의미가 아니다. 원고는 이 사건 각 사업연도의 동일한 사업부문 내 전체 국외특수관계자와의 전체 수출거래에서 충분한 이익을 보고 있고, 이 사건 각 사업연도에 매출액이 급증하였음에도 당기순이익 상승률이 하락한 것은 비경상적 유형자산 처분이익의 발생, 회계처리 방식 및 회계기준의 변경에 따른 것이고, 일본, 인도 법인 등은 법인세율이 높아 국외 법인에 부당하게 이익을 분여한 사실이 없으므로 소득금액 조정은 부당하다는 취지로도 주장하나, 정상가격에 의한 과세조정제도는 국외특수관계자와의 국제거래에 있어 양 거래당사자가 속한 각 국가의 과세권을 조정하여 국가 간 적정한 과세 배분을 실현하기 위한 제도로서(구 국제조세조정법 제1조), 법인세법에 따른 부당행위계산의 부인제도와 달리 조세 회피의 목적이나 국외특수관계자의 과세소득 실현 또는 조정대상거래로 인하여 조세 부담을 부당하게 감소시킬 것을 요건으로 하지 아니하는 점(국제조세조정법 기본통칙 4-0…1), 납세의무자의 전체 국외특수관계자와의 전체 거래에서 이익을 보고 있다고 하더라도 일부 거래를 통하여 소득을 이전하는 경우가 있을 수 있는 점 등을 감안할 때, 원고의 이 부분 주장은 받아들이기 어렵다.

   (다) 비교대상거래의 선정 및 합리적인 차이 조정

    ① 앞서 본 규정에 의하면, 정상가격을 산출하는 경우 특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래 사이의 비교가능성을 고려하여 가장 합리적인 방법을 선택하여야 하고, 비교가능성이 높은 경우라 함은, 재화 등의 종류 및 특성, 사업활동의 기능, 거래에 수반되는 위험, 시장 여건(시장의 지리적 위치, 도매․소매 등 거래단계, 시장의 경쟁 정도 등), 사업 전략 등의 면에서 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주지 아니하거나, 중대한 영향을 주는 경우에도 그 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능한 경우를 말하며, 위 분석 요소의 차이로 인하여 발생한 가격, 이윤 또는 거래순이익의 차이를 합리적으로 조정하여 정상가격을 산출하여야 한다.

    ② 피고들은 이 사건 제품 중 1,104종에 관한 이 사건 각 사업연도의 원고와 특수관계 없는 자 간 국내거래 및 수출거래 중 148,426건을 이 사건 쟁점거래의 비교대상거래로 선정하였음은 앞서 본 바와 같다.

    ③ 구 국제조세조정법에 따른 비교대상거래에 국내거래도 포함될 수 있는 것이나, 이 사건 쟁점거래는 소위 일반 제조업자인 원고의 국외 법인에 대한 도매 및 수출거래에 해당하고, 국외 법인은 영업활동을 통하여 해외 자동차 제조업체 등 최종 소비자에게 이 사건 제품을 재판매하게 되는 반면, 비교대상거래 중 국내거래는 주로 원고의 제조 및 영업활동을 통한 최종 소비자에 대한 소매거래에 해당하는 것으로, 2011년 및 2012년 국제조세조정법 시행규칙 제2조 제2호, 제6호 등이 규정한 거래 단계와 방식 및 영업활동의 비중 등에 있어 현저한 차이가 존재한다. 아울러 비교대상거래 중 국내거래의 이 사건 각 사업연도 평균 매출액은 비교대상거래 전체 매출액의 83%를 차지하고, 비교대상거래 중 국내거래의 이 사건 각 사업연도 평균 판매단가(약 21억 6천만 원)는 비교대상거래 중 수출거래의 같은 기간 평균 판매단가(약 16억 2천 4백만원)의 약 1.3배에 이르는 점 등에 비추어 보면, 위와 같은 차이는 비교되는 영업이익률에 중대한 영향을 주는 경우로서 본질적인 차이에 해당하고, 이 사건 쟁점거래 중 1,104종에 관한 거래와 비교대상거래가 재화의 종류나 특성면에서는 유사하다고 하더라도 위와 같은 차이 및 그 영향을 제거하지는 않는다.

    이 사건 쟁점거래에 적용한 거래순이익률방법은 일반적으로는 다른 정상가격 산출방법에 비하여 상대적으로 거래단계 등 사업활동의 기능상 차이에 의한 영향이 적은 방식이기는 하나, 이는 거래순이익률방법이 매출원가 및 판매비와 일반관리비 등 영업비용이 반영된 영업이익률을 기초로 정상가격을 산정하는 방식인 점에 기인한 것이므로, 거래순이익률방법을 적용하여 정상가격을 산출함에 있어 판매비, 일반관리비 등 영업비용이 제대로 반영되지 아니하는 경우에는 별도의 합리적인 조정을 거쳐 그러한 차이를 제거할 필요성이 여전히 남는다.

    그런데 피고들은 거래 방식, 단계 및 영업활동의 차이가 현저한 이 사건 쟁점거래와 비교대상거래 중 국내거래에서 각각 발생한 판매관리비 내지 영업비용을 해당 거래별로 각각 반영하여 영업이익률을 산정함으로써 위와 같은 차이에 의한 영향을 최소화하지 아니하고, 원고의 ERP상 거래별 판매관리비 자료가 없음을 들어 이 사건 쟁점거래와 비교대상거래 전체의 판매관리비 총액을 각 거래별 매출액의 비율로 안분한 금액을 각 거래별 매출액에서 차감한바, 이는 구 국제조세조정법에 따른 거래순이익률법이 본래 예정한 영업이익률 산정방식이라고 보기 어려울 뿐만 아니라, 위와 같은 산정 방식으로 인하여 영업활동의 비중이 미미한 이 사건 쟁점거래의 영업이익률은 실제보다 낮게, 영업활동의 비중이 다소 큰 비교대상거래 중 국내거래의 영업이익률은 상대적으로 높게 산정되는 결과, 적지 않은 정상가격의 왜곡을 불러오게 된다. 피고들은 이처럼 비교대상거래에 이 사건 쟁점거래와는 본질적으로 다른 소매․국내거래를 포함하면서도 거래단계나 영업활동 등 사업의 기능상 현저한 차이를 합리적으로 반영, 조정하지 아니하였다.

    한편, 피고들은 국내거래의 판매단가가 수출거래의 판매단가보다 낮은 경우와 그렇지 않는 경우가 혼재하므로, 거래 방식 또는 거래 단계가 가격이나 영업이익률에 영향을 미친다고 볼 수 없다는 취지로 주장하나, 피고들이 이를 뒷받침하기 위하여 제시한 자료 중 ⁠‘해외 판매금액 상위 5개 제품 연평균 판매단가 비교표’는 실제 해외 판매금액 3, 5위 제품의 거래가 누락되어 있고 누락된 거래의 국내거래의 평균 판매단가는 수출거래의 평균 판매단가보다 높은 점, 위 5개 제품에는 비교대상거래에 포함되지 않은 3개 제품에 관한 거래가 포함되어 있는 점, 나머지 2개 제품에 관한 거래의 경우 국내거래의 평균 판매단가가 수출거래의 그것보다 높은 점 등에 비추어, ⁠‘전체 판매금액 상위 5개 제품의 연평균 판매단가 비교표’는 비교대상거래에 포함되지 않은 3개 제품의 거래가 포함되어 있고, 나머지 2개 제품 거래의 경우 전체 수출거래에서 차지하는 매출액 등 비중이 크지 아니한 것으로 보이는 점에 비추어 모두 그대로 믿기 어렵고, 을 제12, 13호증의 각 기재만으로는 이를 인정하기 부족하다.

    ④ 베어링 제품은 종류와 품질이 매우 다양하여 용도, 규격, 소재 등에 따라 분류하는 경우 그 종류가 약 5만 개에 이르고, 제조업체별 사양 등을 감안한 형번(designation)으로 분류하면 26~27만 여 개에 이르며, 제품 종류별로 판매가격의 차이를 보이므로, 베어링 제품의 종류는 비교가능성 판단에 있어 가장 중요한 기준 중 하나로 보인다(피고들도 이러한 점을 다투지는 아니한다).

    이 사건 쟁점거래 중 1,104종에 관한 거래에 있어, 피고들은 위 거래와 비교대상거래의 각 제품 종류별 영업이익률을 비교하여 각 제품 종류별 경정소득금액을 산정하였으므로, 유형재화의 종류 내지 특성의 상호 유사성은 갖추었다고 볼 수 있으나, 이 사건 쟁점거래 중 나머지 182종에 관한 거래는 원고와 특수관계 없는 자 간 거래가 존재하지 아니하는 거래로서 피고들이 선정한 비교대상거래의 제품과는 그 종류가 다르므로, 재화 간 유사성이 담보되지 아니한다. 이 사건 쟁점거래 중 182종에 관한 거래의 정상가격에 의한 과세조정금액은 약 51억 원으로 전체 조정금액의 약 40%에 달하여 그 비중이 매우 큰 점에서, 위 재화의 종류 및 특성의 차이는 영업이익률에 중대한 영향을 미친다.

    구 국제조세조정법에 따른 거래순이익률방법에 있어 비교대상거래는 ⁠‘거주자와 특수관계가 없는 자 간의 거래 중 해당 거래와 비슷한 거래’이고, 그러한 거래가 없는 경우에는 ⁠‘국외특수관계자와 특수관계가 없는 자 간의 거래’ 또는 ⁠‘특수관계가 없는 제3자 간의 거래’ 중 해당 거래와 비슷한 거래인데(2010년 국제조세조정법 시행령 제4조 제2호, 2011년 및 2012년 국제조세조정법 제5조 제1항, 같은 법 시행령 제4조 제2항 제2호), 위 182종에 관하여는 원고와 특수관계 없는 자 간 거래가 존재하지 아니하고, ○○○ 브랜드 제품인 위 182종에 관하여는 국외 법인과 특수관계 없는 자 간 거래나 특수관계 없는 제3자 간 거래를 상정하기도 어려우므로, 결국 위 182종에 관한 거래에 관하여 구 국제조세조정법상 요건을 충족하는 비교대상거래가 존재하는지 의문이다.

    이에 피고들은 이 사건 쟁점거래 중 위 182종에 관한 거래의 정상가격 산출을 위하여, 이 사건 쟁점거래 중 위 1,104종에 관한 거래의 ⁠‘가중평균 경정 영업이익률’을 적용하여 정상 영업이익률을 산출한바, 이는 2010년 국제조세조정법 시행령 제4조 제2호, 2011년 및 2012년 국제조세조정법 제5조 제1항 제5호에 따른 ⁠‘비교대상거래에서 실현된 거래순이익률’이라고 보기도 어렵다.

    피고들은 2011년 및 2012년 국제조세조정법 시행령 제6조 제8항 및 제9항을 들어 이 사건 쟁점거래 중 182종에 관한 거래의 비교대상거래의 선정 및 그 정상가격에 의한 과세조정이 적법하다는 취지로 주장하나, 위 조항 및 같은 법 시행규칙 제2조의2 제2항 및 제3항은 동일한 제품라인 등 밀접하게 연관된 제품군, 제조기업에게 노하우를 제공하면서 핵심 부품을 공급하는 경우 등에 있어서 개별 거래를 통합하여 거래순이익 등을 산출할 수 있도록 하는 내용이거나, 시장 침투 전략이나 제품 수명의 주기를 고려한 판매전략 등 사업전략이나 경기변동 등 경제여건의 변화가 여러 사업연도에 걸쳐 제품 가격에 영향을 미치는 경우 여러 사업연도의 자료를 사용하여 거래순이익 등을 산출할 수 있다는 내용의 규정이어서, 비교대상거래의 선정 기준이나 요건과 직접 관련이 없으므로, 피고들의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

   결국 피고들이 선정한 비교대상거래는 이 사건 쟁점거래 중 182종에 관한 거래의 비교대상거래가 될 수 없는 것이거나, 이 사건 쟁점거래 중 182종에 관한 거래와 비교대상거래 간 재화의 종류의 차이는 영업이익률에 중대한 영향을 미치는 것으로서 합리적으로 조정할 수 없는 본질적인 차이라 할 것이고, 설령 그 조정이 가능한 것이라고 하더라도 피고들은 이를 합리적으로 조정하지 아니하였다고 봄이 타당하다.

    ⑤ 피고들은 원고와 특수관계 없는 자 간 거래 중 판매단가가 표준제조원가에 미달하는 554건의 손실거래를 비정상적인 거래로서 비교가능성 내지 유사성이 없다고 보아 비교대상거래에서 제외하였다.

    원고의 손실거래 제조원가 분석자료에 나타난 이 사건 각 사업연도의 총 제조원가 중 고정제조원가와 변동제조원가가 차지하는 각 비중, 가중평균 매출총이익률에 의하면, 위와 같은 손실거래라고 하더라도 판매단가가 단위당 변동제조원가보다 높은 경우에는 고정제조원가를 회수할 수 있어 이를 사업 영역의 유지 및 확대, 고객 확보 및 거래 지속 등 전반적 사업 전략이나 경영상 판단에 따른 통상의 거래로 볼 여지가 있고, 단지 판매가격이 표준제조원가보다 낮다는 사정 외에 원고가 위 거래를 임의로 조작하였다거나 이를 정상적인 거래라고 보기 어려운 다른 특별한 사정이 없는 한(2011년 및 2012년 국제조세조정법 시행령 제5조 제5항), 비교대상거래에 위와 같은 손실거래를 포함하여 다른 이익거래와 함께 고려하는 것이 손실거래를 제외하는 경우보다 비교대상거래 전반의 유사성을 높일 수 있는 것임에도(2011년 및 2012년 국제조세조정법 시행령 제5조 제2항, 같은 법 시행규칙 제2조 제1항 제7호), 피고들은 ⁠‘판매자 우위 시장인 이 사건 제품의 판매단가가 표준제조원가보다 낮다는 사정’만으로 이를 비정상적 거래로 보아 이를 처음부터 비교대상거래에서 제외함으로써 비교대상거래의 평균 판매단가나 영업이익률이 다소 높게 산정된 것으로 보이는바, 비교대상거래의 선정에 있어 합리성을 결여하였다.

    ⑥ 이 사건 제품과 같은 고품질 베어링 시장이 높은 기술 수준과 규모의 경제 등을 요구하여 진입장벽이 다소 높고, 피고들이 거래순이익률방법에 의하여 정상가격을 산출하였음을 감안하더라도, 이 사건 제품 판매 시장의 지리적 위치 내지 국가별로, 그 인지도, 시장 점유율 내지 경쟁의 정도 등 시장 여건, 관세율과 같은 무역 정책 등 경제 여건, 그 밖에 환율과 같은 시장의 불확실성 내지 변동성에 따른 위험의 정도 등에 차이가 있을 수 있다. 그러나 피고들은 고품질 베어링 시장이 판매자 우위의 시장이라는 점을 근거로, 이 사건 쟁점거래의 정상가격 산정에 있어 개별 시장 여건이나 거래에 수반되는 위험에 차이가 존재하는지 여부, 차이가 있다면 가격이나 영업이익률에 실제 미치는 영향의 정도 및 합리적인 조정이 필요한지 여부에 관하여 충분한 분석절차를 거치지 아니하였다.

    ⑦ 비교대상거래 중 최종 소비자에 대한 수출거래에 있어서는 원고가 직접 영업활동을 하거나 일본 법인과 같은 국외특수관계자 또는 제3자 법인 등에게 영업활동의 대가로 판매수수료(일본 법인의 경우 판매단가의 3.8%, 중동 법인의 경우 판매단가의 5%, 제3자 법인의 경우 3~20%)를 지급하는 경우가 있고, 위 판매수수료를 위와 같은 비교대상거래의 매출액 내지 판매단가에 각각 반영하는 경우 원고가 주장하는 정도까지는 아니더라도 조정 소득금액이 상당히 감소하는 등 영업이익률에 적지 않은 영향을 줄 것으로 보이므로, 위 비교대상거래의 매출액에서 위 판매수수료를 고려하여 이 사건 쟁점거래와의 거래 단계나 영업 활동의 차이를 합리적으로 조정할 필요가 있다.

    그러나 피고들은 위와 같은 차이를 조정하지 아니하였다.

   (라) 기타 정상가격 산출 과정상 문제 등

    ① 피고들은 비교대상거래 중 매출할인 거래의 경우에도 이를 반영하지 않은 일반적 판매단가를 적용하여 비교대상거래의 영업이익률을 산정하였다. 그러나 회계처리상 매출할인은 매출액에서 차감되는 항목으로서 판매단가에 반영되어야 하는 점, 피고들이 위 매출할인을 고려하지 아니한 결과 비교대상거래의 영업이익률이 과다 산정되었을 것인 점, 이 사건 각 사업연도의 원고와 특수관계 없는 자 전체 거래의 매출액 대비 매출할인 비율은 4.3%에 달하는 점 등을 고려할 때, 비교대상거래의 판매단가에 매출할인을 반영하지 아니한 채 영업이익률을 산정한 것은 적정하지 아니하다.

    ② 피고들은 이 사건 각 처분을 함에 있어 이 사건 쟁점거래의 각 제품별 영업이익률과 비교대상거래의 영업이익률을 각 산정하고, 비교대상거래의 영업이익률을 이 사건 쟁점거래에 적용할 경정 영업이익률로 보아 이 사건 쟁점거래의 경정소득금액을 산정하였어야 함에도, 정상가격 조정에 따른 이 사건 쟁점거래별 경정 영업이익률 산정을 누락한 채 이 사건 쟁점거래의 경정소득금액을 산출하는 계산상 오류를 범하였다(피고들은 이를 자인하고 있다).

   (마) 소결

    그러므로 주위적 과세근거에 의한 이 사건 쟁점거래의 정상가격은, 위 거래와 정상가격 산출방법 간 적합성을 갖추고 있지 아니하고, 잘못된 비교대상거래를 기초로 하였거나 이 사건 쟁점거래와 비교되는 상황이나 조건 등 차이가 영업이익률에 중대한 영향을 주는 경우에도 합리적인 조정 및 정확한 계산 과정을 거치지 아니한 채 산정된 것으로서, 구 국제조세조정법 제4조 제1항, 제5조 제1항에 따른 가장 합리적인 방법에 의하여 적법하게 산출된 정상가격이라고 볼 수 없다.

  (2) 예비적 과세근거에 관하여

   앞서 본 바와 같이 예비적 과세근거는 주위적 과세근거의 비교대상거래 중 원고와 특수관계 없는 자 간 국내거래를 모두 제외함으로써 이 사건 쟁점거래와 거래 단계 내지 방식이 유사한 국외 수출거래만을 비교대상거래로 삼고, 이 사건 쟁점거래의 경정 영업이익률을 비교대상거래의 영업이익률과 일치하도록 하여 주위적 과세근거의 계산상 오류를 정정한 것이기는 하다.

   그러나 예비적 과세근거에 의할 때 이 사건 쟁점거래 중 977종에 관한 거래는 원고와 특수관계 없는 자 간 거래가 존재하나, 나머지 309종에 관한 거래는 원고와 특수관계 없는 자 간 거래가 존재하지 아니하는 거래로서 위 309종은 비교대상거래의 제품과는 그 종류가 달라 재화 간 비교가능성이 높지 아니하다. 이 사건 쟁점거래 중 위 309종에 관한 거래의 경정소득금액(7,069,291,216원)은 예비적 심사근거에 의한 이 사건 쟁점거래 전체 경정소득금액(13,471,194,474원)의 55%에 달하여 그 비중이 매우 크다. 그러므로 위와 같은 재화의 종류 및 특성의 차이는 영업이익률에 중대한 영향을 미치는 본질적인 차이에 해당한다. 그런데 위 309종에 관하여는 원고와 특수관계 없는 자 간 거래가 존재하지 아니하고, ○○○ 브랜드 제품에 관하여 국외 법인과 특수관계 없는 자 간 거래나 특수관계 없는 제3자 간 거래를 상정하기도 어려우므로, 위 309종에 관한 거래에 관하여 구 국제조세조정법상 요건을 충족하는 비교대상거래가 존재한다고 볼 수 없다. 또한 피고들은 위 309종에 관한 거래의 정상가격 산출을 위하여 이 사건 쟁점거래 중 위 977종에 관한 거래의 ⁠‘가중평균 경정 영업이익률’을 적용하여 정상 영업이익률을 산출한바, 위와 같은 이 사건 각 사업연도 가중평균 경정 영업이익률이 구 국제조세조정법령이 정한 ⁠‘비교대상거래에서 실현된 거래순이익률’이라고 보기 어렵다. 예비적 과세근거는 그 밖에도, 이 사건 쟁점거래와 매출에 대한 거래순이익률방법의 적합성이 결여된 점, 판매단가가 표준제조원가에 미달하는 손실거래를 비정상거래로 보아 이를 비교대상거래에서 제외한 점, 이 사건 쟁점거래와 비교대상거래의 각 개별 시장 여건에 차이가 있는지 여부나 합리적인 조정이 필요한지 여부에 관하여 납득할 만한 분석 절차를 거쳤다고 볼 수 없는 점, 비교대상거래 중 최종 소비자에 대한 수출거래에 있어 국외 법인 등에 지급하는 판매수수료를 위 비교대상거래의 판매단가에 반영하지 아니함으로써 영업활동 등 기능상 차이를 조정하지 아니한 점, 비교대상거래의 매출액에서 매출할인을 차감하지 아니한 점 등에서 주위적 과세근거와 마찬가지로 적법하지 아니하다.

   그러므로 예비적 과세근거에 의한 이 사건 쟁점거래의 정상가격 또한 구 국제조세조정법 제4조 제1항, 제5조 제1항에 따른 가장 합리적인 방법에 의하여 적법하게 산출된 정상가격이라고 볼 수 없다.

 라. 이 사건 각 처분의 취소 범위

  이 사건 각 처분의 취소의 범위에 관하여 보건대, 이 사건 각 처분은 앞서 본 바와 같이 위법하므로, 이 사건 각 처분 중 이 사건 변론종결 시까지 제출된 원고의 이 사건 각 사업연도 각 법인세에 대한 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액 및 이전소득금액을 심리․확정한 후 이를 각 초과하는 부분만을 취소하는 것이 원칙이다.

  그러나 제출된 모든 자료에 의하여도 정당한 세액 등이 산출되지 않는 경우라면, 법원은 과세관청이 아니므로 부득이 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없고, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 정당한 부과세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니라 할 것인바(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 참조), 이 사건의 경우 변론종결 당시까지 제출된 모든 자료에 의하더라도 주위적, 예비적 과세근거에 의한 정상가격 산출의 위법성이 모두 제거되는 경우 이 사건 각 사업연도의 전체적인 법인세액 계산내역을 확인할 수 없어 이를 전제로 이 사건 쟁점거래에 관한 정당한 법인세 및 가산세의 각 세액 전부를 새로이 산정하는 것은 불가능한 경우에 해당하므로, 이 사건 부과처분 중 원고가 구하는 부분 및 이 사건 통지를 모두 취소하기로 한다.

5. 결론

 그렇다면 원고의 피고들에 대한 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 창원지방법원 2021. 08. 26. 선고 창원지방법원 2019구합50098 판결 | 국세법령정보시스템