요지

이 사건 세무조사 중지신청 및 조사기간연장통지, 조사유형전환통지 등을 둘러싼 제반사정을 고려할 때 조사청의 2016. 10. 20.자 연장통지와 조사유형전환통지가 이 사건 세무조사의 정당한 종료일 이후에 이루어졌다고 하더라도, 취소사유에 해당하는 위법이 있다고 보기는 어렵다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 12. 1. 원고에 대하여 한 법인세 부과처분 중 2011 사업연도 법인세 2,359,952,906원과 2015년 사업연도 법인세 1,649,768,580원에 대한 부분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경과

가. 원고는 1981. 5. 4.부터 평택시 진위면 가곡길 42에서 의약용 화합물 및 항생물질 제조·도매업을 영위하고 있는 법인이다.

나. 중부지방국세청은 2016. 6. 15.부터 2016. 11. 30.까지 원고에 대한 2011 내지 2015 사업연도 법인세 일반통합조사를 실시하였고(이하 ⁠‘이 사건 세무조사’라고 한다), 그 결과 원고가 계상한 원재료비 35,567,936,179원 및 외주가공비 82,439,982,869원을 가공의 비용으로 보아 손금불산입하고, 위 118,007,919,048원(= 35,567,936,179원 ＋ 82,439,982,869원)을 대표자 인정상여로 소득처분하도록 피고에게 과세자료를 통보하였다.

다. 이에 따라 피고는 2016. 12. 1. 원고에게 위 118,007,919,048원을 손금불산입하여 2011 내지 2015 사업연도 법인세 총 42,695,441,250원(2011 사업연도 법인세 14,095,796,290원, 2012 사업연도 법인세 7,740,173,220원, 2013 사업연도 법인세 7,785,259,240원, 2014 사업연도 법인세 6,961,012,640원, 2015 사업연도 법인세 6,113,199,860원)을 각 경정·고시하고, 118,007,919,048원을 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

라. 원고는 위 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2017. 8. 11. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2019. 12. 19. ⁠‘위 118,007,919,048원 중 의약품 도매상 등의 거래처에 대한 매출에누리 또는 영업지원금으로 지급된 금액이 있는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 법인세 과세표준 및 세액을 경정하고, 이에 따른 소득금액변통통지 금액을 경정한다.’는 내용의 결정을 하였다.

마. 중부지방국세청은 위 결정에 따라 원고의 2011 내지 2015 사업연도 법인세에 대한 재조사를 실시하였고, 2020. 4. 28. 당초 부인된 가공원가 중 지급이 확인된 부외원가를 손금산입하여 법인세 26,200,720,690원, 원천징수세액 33,038,125,140원을 감액하는 결정을 하였다.

바. 한편, 위 이의신청으로 인하여 2011 사업연도 법인세 2,208,865,214원, 2015 사업연도 법인세 1,220,688,611원이 각 감액되고, 위 재조사로 인하여 2011 사업연도 법인세 9,526,978,178원, 2015 사업연도 법인세 3,242,742,677원이 각 감액되어 2011 사업연도 법인세 2,359,952,906원, 2015 사업연도 법인세 1,649,768,580원이 각 남게 되었다(이하 피고가 원고에 대하여 한 위 2016. 12. 1.자 법인세 부과처분 중 위 잔존 세액에 대한 부분을 ⁠‘이 사건 처분’이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 17 내지 19호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

원고는 아래와 같은 이유로 이 사건 처분이 취소되어야 한다고 주장한다.

1) 이 사건 세무조사는 두 차례에 걸친 원고의 중지신청과 중부지방국세청장의 승인에 따라 종료일이 변경되었다. 중부지방국세청장은 원고의 두 번째 중지신청에 따라 2016. 8. 5.부터 2016. 9. 4.까지를 중지기간으로 보고 세무조사 종료일을 2016. 10. 22.로 변경하였으나, 그 승인이 2016. 8. 12.에 있었던 이상 2016. 8. 5.부터 2016. 8. 11.까지의 기간(7일)은 세무조사 중단기간에 포함될 수 없으므로, 이 사건 세무조사는 2016. 10. 15.에 종료되었다고 보아야 한다.

2) 이후 중부지방국세청장은 2016. 10. 20. 이 사건 세무조사기간을 2016. 11. 30.까지 연장하고, 조사 유형을 전환하면서 2011년, 2015년 사업연도에 대한 세무조사를 추가하였으나, 조사기간의 연장이나 조사유형의 전환은 조사가 적법하게 진행되고 있는 중에만 가능한 것이므로, 이 사건 세무조사가 2016. 10. 15.에 종료된 이상 이는 위법하고, 그에 따라 새로이 조사 대상에 추가된 2011년, 2015년 사업연도에 대한 세무조사는 무효라고 보아야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

아래의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 앞서 든 증거들, 갑 제7 내지 16, 20 내지 23호증, 을 제2 내지 5호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

1) 중부지방국세청장은 2016. 6. 14. 원고에게 ⁠‘2016. 6. 15.부터 2016. 8. 22.까지의 기간 동안 2012 내지 2014 사업연도 법인세 통합조사를 실시한다.’는 내용의 통지를 하였다.

2) 원고는 2016. 7. 5. 중부지방국세청장에게 세무조사 중지신청을 하였고(신청기간: 2016. 7. 6.부터 2016. 8. 4.까지, 신청사유: 관리이사의 사망으로 사후조치 및 소명에 상당한 기일이 소요됨, 이하 ⁠‘1차 중지신청’이라고 한다), 중부지방국세청장은 2016. 7. 6. 원고에게 ⁠‘세무조사를 2016. 7. 6.부터 2016. 8. 4.까지 중지하고, 조사 종료일을 2016. 9. 21.로 변경한다.’는 내용의 세무조사 중지통지를 하였다(이하 ⁠‘1차 중지통지’라고 한다).

3) 중부지방국세청장은 2016. 7. 28. 원고에게 ⁠‘2016. 8. 5.부터 이 사건 세무조사가 재개된다.’는 내용의 세무조사 재개통지를 하였다.

4) 원고는 2016. 8. 2. 중부지방국세청장에게 ⁠‘관리이사에 대한 사망사고 처리 업무를 공인노무사에게 위임한다.’는 내용의 약정서와 경리부 직원 조DD의 사직서를 팩스로 전송하였다.

5) 원고는 2016. 8. 11. 중부지방국세청장에게 세무조사중지 신청을 하였고(신청기간: 2016. 8. 5.부터 2016. 9. 4.까지, 신청사유: 관리이사의 사망으로 사후조치 및 소명에 상당한 기일이 소요됨, 이하 ⁠‘2차 중지신청’이라고 한다), 중부지방국세청장은 2016. 8. 12. 원고에게 ⁠‘세무조사를 2016. 8. 5.부터 2016. 9. 4.까지 중지하고, 조사 종료일을 2016. 10. 22.로 변경한다.’는 내용의 세무조사 중지통지를 하였다(이하 ⁠‘2차 중지통지’라고 한다).

6) 원고는 2016. 10. 10. 중부지방국세청장에게 세무조사 연장신청을 하였고(신청기간: 2016. 10. 23.부터 2016. 10. 31.까지, 신청사유: 소명자료 준비에 상당한 시일이 소요됨), 중부지방국세청장은 2016. 10. 20. 원고에게 ⁠‘세무조사 기간이 2016. 10. 31.까지 연장되었다,’는 내용의 세무조사 연장통지를 하였다.

7) 중부지방국세청장은 2016. 10. 20. 조세범칙조사심의위원회의 심의를 거쳐 조사유형을 일반조사에서 조세범칙조사로 전환하면서 조사대상을 2012 내지 2014 사업연도 법인세에서 2011 내지 2015 사업연도 법인세로 확대하고, 조사 종료일은 2016. 11. 30.로 변경하였으며, 2016. 10. 24. 원고에게 이를 통지하였다. 위와 같은 조사 유형의 사업연도 법인세에 대한 세무조사가 진행되었고, 그와 관련한 이 사건 처분이 이루어졌다.

라. 판단

1) 이 사건 세무조사의 종료일에 관하여 보건대, 1차 중지신청과 그에 따른 1차 중지통지에는 아무런 문제가 없으므로, 이 사건 세무조사의 종료일은 기존 2016. 8. 22.에서 2016. 9. 21.로 적법하게 변경되었다.

2) 그런데 2차 중지신청은 그 신청서에 신청기간이 ⁠‘2016. 8. 5.부터 2016. 9. 4.까지’로 기재되어 있으나, 피고가 2016. 8. 12. 2차 중지통지를 하였으므로, 중지기간의 기산일, 즉 중지의 효력 발생시점을 신청서에 기재된 2016. 8. 5.로 볼 것인지, 통지일인 2016. 8. 12.로 볼 것인지가 문제된다.

구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의8 제6항은 ⁠‘세무공무원이 세무조사 기간을 연장, 중지, 재개하는 경우 그 사유를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다.’라고 규정하고 있다. 이와 같이 문서를 통한 통지의무를 행정청에게 부과하고 있는 것은 행정의 투명성과 예측가능성을 보장하기 위한 것이므로, 신청서의 기재된 신청일자가 아니라 통지일을 기준으로 연장, 중지, 재개의 효력이 발생한다고 해석하는 것이 타당하다. 따라서 2차 중기기간의 기산일은 2016. 8. 12.이 되고, 2차 중지기간은 2016. 8. 12.부터 2016. 9. 4.까지가 되며, 이 사건 세무조

사의 정당한 종료일은 2016. 10. 15.이 된다.

그런데 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하면 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 중부지방국세청장의 2016. 10. 20.자 연장통지와 조사유형전환통지(조사기간 연장 및 범위 확대 포함)가 이 사건 세무조사의 정당한 종료일 이후에 이루어졌다고 하더라도, 취소사유에 해당하는 위법이 있다고 보기는 어렵다. 따라서 이에 근거하여 이루어진 원고의 2011, 2015 사업연도 법인세에 대한 세무조사 역시 위법하다고 볼 수 없다. 원고의 주장은 이유 없다.

① 구 국세기본법 제81조의8 제4항은 ⁠“세무공무원은 납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유로 세무조사를 진행하기 어려운 경우에는 세무조사를 중지할 수 있다. 이 경우 그 중지기간은 제1항부터 제3항까지의 세무조사 기간 및 세무조사 연장기간에 산입하지 아니한다.”라고 규정하고 있다. 세무조사가 중지된 경우 중지기간을 세무조사 기간에 산입하게 되면 세무조사 기간이 지나치게 축소되어 필요한 세무조사를 다하지 못하게 될 우려가 있으므로, 세무공무원에게 중지기간과 동일한 일수의 조사기간을 보장하기 위하여 위 규정을 둔 것으로 이해된다. 그러나 위 규정이 세무공무원에게 중지기간을 초과하는 일수의 조사기간까지 보장하고 있는 것은 아니고, 같은 조 제1항에서 별도로 세무조사의 연장에 대해서 규정하고 있으므로, 세무조사가 중지된 경우 중지기간을 불산입하여 계산한 일자가 세무조사의 종료일이 되어야 하고, 세무조사 종료일을 그 보다 더 뒤의 일자로 변경하여 세무조사를 지속하는 것은 원칙적으로 허용되지 않는다고 봄이 타당하다.

그러나 세무조사가 중지된 경우 중지기간을 고려하여 계산한 정당한 세무조사 종료일과 실제 수행된 세무조사 종료일에 차이가 있다고 하더라도, 세무조사 대상자가 자신의 이익을 위하여 구 국세기본법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26946호로 개정되기 전의 것) 제63조의10 제1호에 따라 중지신청을 한 경우로서 정당한 세무조사 종료일과 실제 수행된 세무조사 종료일의 차이가 그리 크지 아니하고, 이에 대한 세무조사 대상자의 양해 내지 승낙이 있었다면 정당한 세무조사 종료일과 실제 수행된 세무조사 종료일 사이에 이루어진 세무조사 등에 취소 사유에 이를 정도의 위법이 있다고 보기는 어렵다.

② 2차 중지통보는 세무공무원의 직권이 아닌 원고의 2차 중지신청에 따라 이루어진 것이다. 그리고 2차 중지기간의 기산일은 2016. 8. 12.이므로, 이 사건 세무조사의 정당한 종료일은 2016. 10. 15.이되는데, 중부지방국세청장은 이 사건 세무조사의 종료일을 2016. 10. 22.로 변경하였으므로, 이 사건 세무조사의 정당한 종료일과 실제 수행된 조사시간 만료일의 차이는 7일에 불과하다.

③ 원고는 이 사건 세무조사가 진행 중이던 2016. 10. 10. 중부지방국세청장에게 신청기간을 ⁠‘2016. 10. 23.부터 2016. 10. 31.까지’로 하여 세무조사 연장신청을 하였고, 세무조사 종료일에 대하여 아무런 이의를 제기하지 않았는바, 원고는 이 사건 세무조사 종료일이 2016. 10. 22.로 변경되었다는 것을 양해 내지 승낙한 것으로 보인다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 수원지방법원 2021. 06. 10. 선고 수원지방법원 2020구합69152 판결 | 국세법령정보시스템