요지

매매는 일방이 재산권을 상대방에게 이전할 것을 약정하고 상대방이 그 대금을 지급할 것을 약정함으로써 효력이 생기는바, 매매대금은 매매계약에서 핵심적인 요소에 해당하고 특별한 사정이 없는 한 처분문서인 매매계약서에 기재된대로 인정되어야 한다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

   피고가 2023. 5. 23. 원고에 대하여 한 양도소득세 xxx원 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 이 사건 처분의 경과

  가. 원고는 2011. 12. 27. **시 **읍 **동 ***-*** 주유소용지 1,579㎡ 및 그 지상 주유소 건물(위 토지를 ⁠“이 사건 토지”라고 하고 해당 토지와 그 지상 건물을 모두 통틀어 ⁠“이 사건 부동산”이라고 한다)의 소유권을 취득하였고, ㈜BBB(이하 ⁠“이 사건 회사”라고 한다)는 이 사건 부동산을 원고로부터 임차하여 주유소 영업을 하였다.

  나. 이 사건 토지에 관하여는 2019. 12. 10. 토양오염도검사가 실시되었고 그 결과 토양오염우려기준을 초과한 것으로 확인되었는데, 그 무렵인 2020. 1. 16.에 이르러 원고는 이 사건 회사에게 이 사건 부동산을 매도하는 계약을 체결하였고(이하 이를 ⁠“이 사건 매매계약”이라고 한다) 그 주된 내용은 아래와 같다.

  다. 원고는 2020. 2. 21. 이 사건 부동산에 관하여 이 사건 회사에 소유권이전등기를 마친 다음, 2020. 4. 29. 이 사건 부동산의 양도가액을 xxx원으로 하고 위 토양오염 정화비용 xxx원을 자본적지출액으로 처리하여 양도가액에서 공제하는 내용으로 양도소득세를 신고·납부하였다.

  라. 피고는 2023. 2. 9.부터 2023. 2. 28.까지 원고의 2020년도분 양도소득세에 대한 세무조사를 실시한 다음 위 정화비용 xxx원을 포함한 몇몇 필요경비를 부인한 후 2023. 5. 23. 원고에게 양도소득세 xxx원 부과처분을 하였다(이하 ⁠“이 사건처분”이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재

2. 판단

  가. 원고의 주장

    1) 원고는 이 사건 부동산을 매도하는 과정에서 토양오염정화비용 xxx원 만큼 매매대금을 감액하여 매매대금을 xxx원으로 정한 것이고 실제로 매수인으로부터 그 금액만을 수령하였으므로, 이 사건 부동산의 양도가액은 xxx원으로 평가되어야 한다.

    2) 설령 이 사건 부동산의 양도가액이 xxx원으로 평가된다고 하더라도, 원고가 지출한 위 xxx원은 자본적지출액에 해당하므로 필요경비로서 양도가액에서 공제되어야 한다.

    3) 이를 반영하면 원고가 납부해야 할 양도소득세 정당세액은 xxx원이므로, 이 사건 처분 중 xxx원 부분(= 최초 신고․납부금액 xxx원 + 부과금액 xxx원 –정당세액 xxx원)은 취소되어야 한다.

  나. 판단

    1) 이 사건 매매계약에 따른 양도가액

      위의 각 증거 및 을 제6 내지 9호증의 각 기재를 통해 인정되는 다음의 사실 및 사정을 종합하면, 이 사건 매매계약에 따른 이 사건 부동산의 양도가액은 xxx원이라고 봄이 상당하다.

      ① 이 사건 매매계약서에는 매매대금이 xxx원으로 기재되어 있다. 매매는 일방이 재산권을 상대방에게 이전할 것을 약정하고 상대방이 그 대금을 지급할 것을 약정함으로써 효력이 생기는바, 매매대금은 매매계약에서 핵심적인 요소에 해당하고 특별한 사정이 없는 한 처분문서인 매매계약서에 기재된대로 인정되어야 한다. 이 사건 회사는 위 매매계약서에 기재된대로 이 사건 부동산의 취득가액을 xxx원으로 하여 취득세를 신고·납부하였고, 이 사건 부동산의 등기부등본에도 거래가액이 xxx원으로 기재되었다.

      ② 이 사건 매매계약 당시 매수인인 이 사건 회사는 이 사건 부동산을 이전받는 대가로 원고에게 xxx원을 지급하는 것으로 정하고, 이 사건 토지의 정화비용 중 xxx원은 원고가 부담하되 이 사건 회사가 CCC㈜에 직접 위 정화비용 xxx원을 지급하는 방식으로 매매대금의 지급에 갈음하려던 의사였던 것으로 보인다. 매도인인 원고 역시 최초 양도소득세 신고·납부 과정에서 이 사건 부동산의 양도가액을 xxx원으로 신고하였는바, 이 사건 매매계약의 당사자인 원고와 이 사건 회사는 계약 당시 매매대금을 xxx원으로 정할 의사를 가지고 있었다고 봄이 상당하다.

      ③ 토양오염 정화비용의 분담문제는 이 사건 매매계약의 체결 단계에서부터 주된 교섭대상이 되었고, 이 사건 매매계약 이후 원고와 이 사건 회사가 매매대금 등 계약조건을 수정한 사실이 확인되지 않는다.

    2) 원고가 부담하기로 한 xxx원이 자본적지출액에 해당하는지 여부

      토양환경보전법은 토양이 오염되었을 경우 토양오염을 발생시킨 자, 토양오염 당시 토양오염시설의 소유자·점유자·운영자, 토지의 소유자·점유자에게 토양정밀조사 및 오염토양의 정화 등 책임을 부여하고 있는바(토양환경보전법 제10조의4), 토양오염정화를 위하여 지출된 xxx원은 위 토양환경보전법에 따라 윈고에게 부과된 의무를 이행하는 비용에 해당하고, 이러한 비용지출을 통해 이 사건 토지의 형질이 변경되거나 그 형상이 달라지는 등 토지가 개량되었다거나 그 이용편의가 높아졌다고 평가하기는 어렵다.

      이것이 소득세법 시행령 제163조 제3항 각호에 규정된 자본적지출액에 해당하는지를 살피건대, 이는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비(제1호)¹⁾, 자산의 소유권을 확보하기 위하여 지출한 소송비용 등(제2호), 보상금 증액을 위한 소송비용 등(제2의2호), 자산의 용도변경․개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(제3호), ⁠「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(제3의2호), ⁠「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금(제3의3호), 사업구역 내 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등, 토지이용 편의를 위하여 지출한 장애철거비용, 토지이용 편의를 위하여 신설한 도로시설비, 토지이용 편의를 위하여 신설하여 무상공여한 도로부지의 취득가액, 사방사업 소요비(제4호, 소득세법 시행규칙 제79조 제1항) 중 그 어느 것에도 해당하지 않으므로 양도가액에서 공제되어야 하는 자본적지출액으로 인정할 수 없다.

  다. 소결

    이 사건 부동산의 양도가액이 xxx원이고 토양오염 정화비용 xxx원이 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당하지 않음을 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

  이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.

1) 원고는 토양오염 정화비용이 소득세법 시행령 제163조 제3항 제1호에 의하여 준용되는 시행령 제67조 제2항 제4호에 규정된 ⁠‘재해 등으로 인하여 건물․기계․설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구’를 위한 지출에 해당한다고 주장하나, 이 사건 토양오염 정화비용은 토양환경보전법에 따라 소유자에게 부과된 정화책임을 이행하기 위한 비용에 불과할 뿐 감가상각자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비에 해당한다고 볼 수 없다.

출처 : 서울행정법원 2025. 04. 11. 선고 서울행정법원 2024구단58329 판결 | 국세법령정보시스템