요지

이 사건 사용계약상 원고는 시설 사용에 관한 이 사건 용역을 제공하는 한편, 시설의 유지보수 용역을 제공받아 그 유지보수비 상당을 이 사건 용역의 대가로 지급받았다고 봄이 상당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

주위적으로, 피고가 2018. 2. 27. 원고에게 한 2016년 제2기 부가가치세 x원의 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다. 예비적으로, 피고가 2018. 2. 27. 원고에게 한 2016년 제2기 부가가치세 관련 가산세 x원의 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. ○○○○시설□□법에 의하여 설립된 원고는 △△시설의 건설 및 관리, 외국△△건설과 남북 연결 △△망 및 동북아 △△망의 건설 등의 사업을 영위하고 있으며, ○○○○공사법에 의하여 설립된 ○○○○공사(이하 ⁠‘△△공사’라 한다)는 △△여객사업, 화물운송사업, △△시설의 유지·보수 등 국가·지방자치단체 또는 공공법인 등으로부터 위탁받은 사업 등을 영위하고 있다.

나. 원고는 2016. 11. 29. △△공사와 사이에 아래와 같은 내용으로 ⁠‘2016년도 일반△△ ◇◇ 등 운영시설 사용계약’(이하 ⁠‘이 사건 사용계약’이라 한다)을 체결하였다.

다. 원고는 이 사건 사용계약 제8조 제1항에 따른 ◇◇ 등 운영시설(이하 ⁠‘◇시설’이라 한다)의 사용료에 대하여 별도의 세금계산서를 발행하지 않다가, 2017. 8. 21. 작성일자를 2016. 12. 31., 공급가액을 7,736,153,890원으로 한 세금계산서를 발행하여 △△공사에게 교부하였고, 2017. 8. 30. 2016년 제2기 확정 부가가치세 합계 x원(가산세 x원 포함)을 추가로 수정신고(이하 ⁠‘이 사건 수정신고’라 한다) 및 납부하였다.

라. 그 후 원고는 2017. 12. 28. 이 사건 사용계약에 따른 ◇시설 사용에 관한 용역(이하 ⁠‘이 사건 용역’이라 한다)의 공급이 무상거래에 해당하여 부가가치세 과세대상이 아니라는 이유로 이 사건 수정신고에 의하여 납부한 부가가치세(가산세 포함)의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2018. 2. 27. 이를 거부하였다(이하 ⁠‘이 사건처분’이라 한다).

마. 원고는 2018. 5. 21. 조세심판원에 이 사건 처분에 대하여 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2018. 8. 27. 원고의 청구를 기각하였다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3 내지 6호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 요지

가. 주위적 청구 이 사건 사용계약상 △△공사의 유지보수 업무는 △△산업발전기본법 제38조 단서 규정 및 임대차계약상 임대인의 수선의무의 범위 등에 관한 법리에 비추어 ◇시설의 임차인인 △△공사가 당연히 부담하였어야 할 부분에 관한 것이므로, 이는 용역을 유상으로 제공한 것에 해당하지 않는다. 따라서 ◇시설 사용료를 유지보수비에 ⁠‘갈음’하기로 한 것만으로 ◇시설 사용에 관한 이 사건 용역의 공급이 유상거래라고 볼 수는 없다. 결국 이 사건 용역은 부가가치세법 제12조 제2항에 의하여 부가가치세 과세대상이 아니므로 이 사건 처분은 위법하다.

설령 이와 달리 해석하더라도, 임차인인 △△공사가 본래부터 부담하였어야 할 일상적이고 사소한 비용(‘별 비용을 들이지 않고 손쉽게 할 수 있는 사소한 부분’, ⁠‘본래 임차인이 부담하여야 할 청소비 등 관리비’, ⁠‘AAA이 한 유지보수의 결과물 중 ◇시설의 구성 부분이 되지 않는 부분’)까지 모두 원고가 부담하는 것은 부당하므로, △△공사의 유지보수 업무 중 유상에 해당하는 부분을 별도로 분리하여 그 유상거래의 범위를 확정하여야 한다.

나. 예비적 청구

△△공사는 당초 원고로부터 국유재산 사용허가를 받아 ◇시설을 무상으로 사용하고 있었고 이 사건 사용계약도 국토교통부의 지도에 따라 기존의 조건을 그대로 유지하는 내용으로 체결되었던 것인바, 원고는 이 사건 용역의 공급을 기존의 방식대로 무상거래로 해석하였던 것인 점, 만약 이 사건 용역을 제공할 당시에 원고와 △△공사가 세금계산서를 상호 발급하였더라면 실제 납부하여야 할 부가가치세액은 0원이므로 원고가 세금을 탈루하기 위하여 세금계산서를 미발행한 것이 아닌 점, 원고는 세무 전문가의 자문 결과에 따라 곧바로 이 사건 수정신고를 하였던 점 등에 비추어 보면, 원고에 대한 가산세를 면제할 정당한 사유가 존재한다. 따라서 적어도 이 사건 처분 중 가산세에 관한 부분은 위법하다.

3. 관련 법령

별지 관련 법령 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 인정사실

1) △△산업의 구조개혁과 원고 및 △△공사의 설립

가) 국가는 2003. 7. 29. 법률 제6955호로 구 △△산업발전기본법을 제정하여 △△산업의 경쟁력을 강화하고 발전기반을 조성하기 위하여 △△시설 부문과 △△운영부문을 분리하는 △△산업의 구조개혁을 추진하였다.

나) 이에 따라 2004. 1. 1. △△시설 관련 업무를 체계적이고 효율적으로 추진하기 위하여 △△청과 고속△△시설□□의 관련 조직을 통·폐합하여 원고가 설립되었다.

다) 또한 2005. 1. 1. △△운영 관련 사업의 전문성과 효율성을 높이기 위하여 △△청 및 고속△△건설□□의 관련 조직을 전환하여 정부의 전액 출자로 △△공사가 설립되었다.

2) 원고와 △△공사 사이의 일반△△시설 유지보수 위·수탁계약의 체결

한편, 원고는 2013. 3. 20. △△공사와 사이에 위탁계약기간을 2013. 1. 1.부터 2015. 12. 31.까지로 하여 다음과 같은 내용으로 일반△△시설 유지보수 위·수탁계약 ⁠(이하 ⁠‘이 사건 위·수탁계약’이라 한다)을 체결하였고, 2016. 6.경 위탁계약기간을 2016. 1. 1.부터 2018. 12. 31.까지로 하여 동일한 내용으로 재계약을 체결하였다.

3) 국토교통부의 ⁠‘△△시설 관리 및 사용체계 개편방안’ 수립 및 원고와 △△공사사이의 이 사건 사용계약의 체결

가) 국토교통부는 2014. 9.경 ① 고속△△와 마찬가지로 일반△△에 관하여도 원고에 대하여 △△산업발전기본법 제26조에 따라 △△시설을 관리하고 사용료를 징수할 수 있는 권리인 △△시설관리권을 설정하여 관리체계를 일원화하고, ② 종전에 △△시설 중 △△에 대하여는 원고와 △△운영자 사이에 ⁠‘△△사용계약’을 체결하고, ◇시설에 대하여는 원고가 △△운영자에게 ⁠‘국유재산 무상사용허가’를 통해 사용권을 부여하던 것을 모두 ⁠‘시설사용계약’을 체결하는 것으로 △△시설 사용체계를 일원화하며, ③ △△사용료와 ◇시설 사용료를 2016년부터 분리하여 운영하도록 하는 내용의 ⁠‘△△시설 관리 및 사용체계 개편방안’을 수립하였고, 2016. 9. 13. 원고와 △△공사에게 위 ⁠‘△△시설 관리 및 사용체계 개편방안’ 등에 따른 ⁠‘2016년 △△시설사용계약 기준’을 수립하여 이를 통보하였다.

나) 이에 따라 원고는 2015. 6. 일반△△에 관한 △△시설관리권을 설정받아 등록하였고, 위 1.의 나.항 기재와 같이 2016. 11. 29. △△공사와 사이에 이 사건 사용계약을 체결하였다.

4) 관련 부가가치세 부과처분 취소소송의 경과

가) 한편, 피고는 2014. 6. 11. 원고가 2009년부터 2012년까지 △△공사로부터 발행받은 ⁠‘△△ 등 유지보수비’에 대한 세금계산서는 △△ 등의 유지보수 용역을 공급받는 자를 원고로 잘못 기재한 것으로 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 이유로 매입세액의 공제를 부인하고 원고에게 부가가치세 합계 244,172,348,830원(2009년 제1기분부터 2012년 제2기분까지, 가산세 포함)을 부과하는 처분을 하였다. 이에 대하여 원고는 위 처분이 위법하다고 주장하며 피고를 상대로 부가가치세 부과처분 취소소송을 제기하였다.

나) 위 취소소송에서 대법원은 2016. 5. 12. ⁠“원고가 △△공사에 지급하여야 할 유지보수비의 총액에서 국가가 △△공사에게 지원하는 유지보수비를 제외한 금액과 △△공사가 원고에게 납부할 △△ 등 사용료를 상계 처리함으로써 △△ 등의 유지보수 용역의 대가를 원고가 부담하였고, 이러한 △△ 등의 유지보수 용역의 시행과 상계에 의한 그 용역대가의 지급 방식은 원고와 △△공사 그리고 국가 사이에서 아무런 이의 없이 줄곧 이어져 왔다”는 등의 이유로, △△ 등 유지보수 용역의 원인이 되는 계약상의 권리의무와 그에 따른 법률효과는 종국적으로 원고에게 귀속되었고, 그 용역의 공급은 원고를 위하여 이루어진 것이며, 그에 대한 대가 역시 원고가 지급하였다고 봄이 상당하므로, 원고는 계약상의 원인에 의하여 △△공사로부터 △△ 등의 유지보수 용역을 공급받는 자에 해당한다고 보아 위 부가가치세 부과처분이 위법하다고 판단하였다(대법원 2016두30187호).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제2 내지 6호증의 각 기재, 변론전체의 취지

나. 이 사건 용역의 공급이 유상거래에 해당하는지 여부(주위적 청구에 관하여)

부가가치세법은 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급을 과세대상 거래로 규정하고 있고(제4조 제1호), 여기서 ⁠‘용역’이란 재화 외의 재산 가치가 있는 모든 역무와 그 밖의 행위를 의미하며(제2조 제2호), ⁠‘용역의 공급’이란 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하는 것을 의미한다(제11조 제1항 제1호). 한편, 부가가치세법 제12조 제2항은 ⁠“사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다.”고 규정하고 있다.

위 관련 법령에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실에다가 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 사용계약상 원고는 △△공사에게 ◇시설 사용에 관한 이 사건 용역을 제공하는 한편, △△공사로부터 ◇시설의 유지보수 용역을 제공받아 그 유지보수비 상당을 이 사건 용역의 대가로 지급받았다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 용역의 공급을 유상거래로 보아 부가가치세의 과세대상으로 삼은 피고의 이 사건 처분은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

1) 이 사건 사용계약 제8조 제1항은 ⁠“◇시설 사용료는 2016년에 한하여 제15조에의한 △△공사의 유지보수비 부담으로 갈음한다.”라고 규정하고 있고, 이 사건 사용계약 제6조 제2항에 의하면 △△공사는 ◇시설을 사용함에 따라 발생하는 유지보수비 및 공과금 등을 부담하여야 하며, △△ 이용고객의 안전 및 보호를 위하여 주의의무를 다하여야 하는 것을 ⁠‘사용조건 및 의무’로 규정하고 있으며, 제15조는 ⁠“△△공사는 선량한 관리자로서 ◇시설을 보존할 책임과, 그 사용에 필요한 유지보수 및 그 비용을 부담하여야 하며, 연간 유지보수계획을 작성하여 매년 1월말까지 원고에게 제출하여 한다.”고 규정하고 있다.

위와 같은 이 사건 사용계약 제8조 제1항의 문언과 관련 규정들의 내용에 비추어보면, 원고는 △△공사로 하여금 ◇시설을 사용하도록 하면서 ◇시설 사용에 필요하거나 ◇시설의 사용으로 발생하는 유지보수 업무를 △△공사에게 위탁하되, △△공사가 원고에게 납부할 ◇시설 사용료와 원고가 △△공사에게 지급하여야 할 유지보수비를 상계 처리하기로 약정한 것으로 보인다.

2) 이 사건 사용계약은 국토교통부가 2014. 9.경 ⁠‘△△시설 관리 및 사용체계 개편방안’을 수립하여 이에 따라 체결된 것인데, 위 ⁠‘△△시설 관리 및 사용체계 개편방안’은 종전에 △△시설 중 △△에 대하여는 원고와 △△운영자 사이에 ⁠‘△△사용계약’을 체결하고, ◇시설에 대하여는 원고가 △△운영자에게 ⁠‘국유재산 무상사용허가’를 통해 사용권을 부여하던 것을 모두 ⁠‘시설사용계약’을 체결하는 것으로 △△시설 사용체계를 일원화하는 내용으로서, ◇시설에 관한 무상의 사용허가 제도를 △△사용계약과 마찬가지로 유상의 시설사용계약 제도로 전환한 것으로 보인다. 이 사건 사용계약 제8조 제1항은 이와 같은 취지에서 ◇시설 사용료와 유지보수비가 대가관계에 있음을 명확히 한 것으로 보이고, 만약 원고가 △△공사에 대한 이 사건 용역의 공급을 종전과 같이 무상으로 하기로 하였다면, 이 사건 사용계약 제8조 제1항 기재와 같이 별도의 약정을 할 만한 별다른 이유를 찾기 어렵다.

3) 원고는 △△시설의 유지보수 업무는 △△공사가 관련 법령상 또는 임차인으로서 당연히 부담하여야 할 부분이라고 주장하나, ㉠ 구 △△산업발전기본법을 통한 △△산업의 구조개혁은 △△시설관리자인 원고에게 △△시설의 관리업무를 위탁하고, △△운영자인 ○○○○공사에게 △△운영에 관한 업무를 수행하도록 하여, △△시설 부문과 △△운영 부문을 분리하고 △△시설 부문과 △△운영 부문 간의 상호 보완적 기능이 발휘될 수 있도록 추진되었으므로, △△시설의 유지보수 업무의 구체적인 시행이 △△산업발전기본법 제38조 단서에 따라 △△운영자인 △△공사에게 위탁되었더라도, ◇시설의 유지보수 업무 자체는 △△시설 관리업무의 하나로서 국가로부터 원고에게 위탁된 업무로 보아야 하는 점, ㉡ 원고가 2013. 3. 20. △△공사와 사이에 체결한 ⁠‘일반△△시설 유지보수 위·수탁계약’에 의하더라도 원고가 △△공사에게 유지보수비를 지급함을 전제로 하여 유지보수의 시행 업무를 △△공사에게 위탁하고 그 유지보수 사업계획 및 예산안 승인, 집행계획서 검토 등을 원고가 하여 왔던 점, ㉢ 이 사건 사용계약 제3조의 제12호에서 ⁠‘유지보수’는 ⁠‘◇◇ 등 운영시설의 현상 및 성능유지를 위한 점검·보수·교체 등 일상적인 활동’을 의미하는 것으로 규정하고 있으나, 그 기재만으로 △△공사가 유지보수 용역을 원고에게 무상으로 제공하는 것이라고 단정할 수 없는 점 등에 비추어 보면, 유지보수 업무가 본래부터 △△공사에서 수행하여야 할 업무라거나 임차인으로서 △△공사가 당연히 부담하였어야 할 업무라고 볼 수 없다.

4) 또한 원고는 △△공사의 유지보수 업무 중 일상적이고 사소한 부분 등 유상에 해당하는 부분을 별도로 분리하여 그 유상거래의 범위를 확정하여야 한다고도 주장하나, 위에서 본 바와 같이 △△공사의 유지보수 업무는 원고가 △△공사에게 유지보수비를 지급하는 것을 대가로 △△공사에게 위탁된 것이어서 일반적인 임대차계약에 관한 법리가 곧바로 적용된다고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고의 주장과 같이 △△공사의 유지보수 업무 중 일상적이고 사소한 것으로 유상거래에 해당하는 부분을 별도로 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

다. 이 사건 처분 중 가산세 부분의 위법 여부(예비적 청구에 관하여)

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결, 대법원 2015. 8. 27. 선고 2012두16084 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실에다가 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들을 종합하여 보면, 원고는 이 사건 사용계약에 따른 2016년 제2기 부가가치세의 확정신고 및 납부 당시에 이 사건 용역의 공급이 유상거래에 해당함을 충분히 알 수 있었을 것으로 보이므로, 원고에 대하여 그 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 처분 중 가산세를 부과한 부분은 적법하므로, 원고의 이 부분 주장 역시 받아들일 수 없다.

1) 앞서 본 바와 같이 국토교통부가 2014. 9.경 수립한 ⁠‘△△시설 관리 및 사용체계 개편방안’은 ◇시설에 관한 무상의 사용허가 제도를 △△사용계약과 마찬가지로 유상의 시설사용계약 제도로 전환한 것으로, 국토교통부는 2016. 9. 13. 원고와 △△공사에게 위 ⁠‘△△시설 관리 및 사용체계 개편방안’ 등에 따른 ⁠‘2016년 △△시설사용계약 기준’을 수립하여 이를 통보하였다. 따라서 원고로서는 적어도 국토교통부로부터 위 통보를 받았을 무렵에는 ◇시설에 관한 무상의 사용허가 제도가 유상의 시설사용계약 제도로 전환되었음을 충분히 인식할 수 있었다.

2) 관련 소송은 원고가 관리하는 일반△△ 시설 중 △△의 사용에 관한 것으로서, 대법원은 ⁠“△△ 등 유지보수 용역의 원인이 되는 계약상의 권리의무와 그에 따른 법률 효과는 종국적으로 원고에게 귀속되었고, 그 용역의 공급은 원고를 위하여 이루어진 것이며, 그에 대한 대가 역시 원고가 지급하였다고 봄이 상당하다”고 판단하여 원고가 계약상의 원인에 의하여 △△공사로부터 △△ 등의 유지보수 용역을 공급받는 자에 해당한다고 인정하였다. 원고가 이 사건 사용계약에 따른 부가가치세의 확정신고 및 납부를 할 당시(부가가치세법 제49조 제1항에 따라 원고는 과세기간이 끝난 후 25일 이내인 2017. 1. 25.까지 부가가치세 확정신고 및 납부를 하여야 한다)는 위 대법원 판결이 있은 2016. 5. 12. 이후이므로, 원고는 관련 소송의 결과를 참고하여 이 사건 용역에 대한 세금계산서를 발행하여 그에 따른 부가가치세를 신고 및 납부할 수 있었다.

3) 그럼에도 원고는 이 사건 용역의 공급에 따른 ◇시설 사용료에 대한 세금계산서를 발행하지 않다가 그에 관한 부가가치세 확정신고 기한이 훨씬 경과한 2017. 8. 21.에 이르러서야 작성일자를 2016. 12. 31.로 소급하여 세금계산서를 발행하였고, 2017. 8. 30. 이 사건 수정신고 및 납부를 하였다. 원고와 △△공사가 이 사건 용역에 대하여 부가가치세 확정신고 기한 내에 세금계산서를 상호 발급하였더라면 추가로 납부할 세액이 없었다거나 이 사건 수정신고 및 납부를 하였다는 사정만으로는 원고가 위와 같이 세금계산서 발행 등의 의무를 이행하지 아니한 데 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

5. 결론

그렇다면 원고의 주위적 청구 및 예비적 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대전지방법원 2020. 05. 07. 선고 대전지방법원 2018구합107199 판결 | 국세법령정보시스템