요지

의견을 진술할 기회를 가짐으로써 절차적인 권리를 보장받았고 실질적으로 세액이 감액되어 원고에게 유리한 효과를 가져온 점을 인정할 수 있으므로 추가적이 과세예고 통지가 필요하다고 볼 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2018. 5. 2. 원고에 대하여 한 부가가치세 315,034,250원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

  다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증, 을 제1, 2호증, 을 제3, 4, 6, 7호증의 각 1, 2, 을 제8호증의 1, 2, 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 부담부 증여계약의 체결과 그 이행

  1) 원고는 2011. 3. 2. 업종을 부동산임대업으로 사업자등록을 한 다음 2012. 5. 10. 인천 OO구 OO OO 대 991.7㎡ 및 그 지상 5층 건물(이하 순차로 ⁠‘이 사건 토지’ 및 ⁠‘이 사건 건물’이라 한다)의 소유권을 취득한 이후 이 사건 건물 전체를 AA 요양병원에 임차보증금 300,000,000원, 월 차임 3,500,000원에 임대하는 등 이 사건 건물에서 부동산임대업을 영위하였다. 한편, 이 사건 토지 및 건물에 관하여 2015. 2. 5. 채권최고액 4,596,000,000원, 채무자 원고, 근저당권자 주식회사 BB은행으로 된 근저당권(이하 ⁠‘이 사건 근저당권’이라 한다)설정등기가 마쳐졌다.

  2) 원고는 2016. 6. 13. 의료법인 CC의료재단(이하 ⁠‘CC의료재단’이라 한다)과 사이에 아래와 같이 CC의료재단이 이 사건 근저당권부 채무 3,665,000,000원을 인수하는 조건으로 이 사건 토지 및 건물을 증여받는 내용의 부담부 증여계약(이하 ⁠‘이 사건 부담부 증여계약‘이라 한다)을 체결하였다.

  3) CC의료재단이 2016. 6. 14. 업종을 보건업(요양병원)으로 사업자등록을 한 후,이 사건 토지 및 건물에 관하여 2016. 6. 17. CC의료재단 앞으로 증여를 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐졌고, 2016. 7. 11. 채권최고액 4,398,000,000원, 채무자 CC의료재단, 근저당권자 주식회사 BB은행으로 된 근저당권설정등기가, 같은 날 이 사건 근저당권설정등기의 말소등기가 각 마쳐졌다.

나. 과세예고 통지와 과세전적부심사청구

  1) 원고는 2016. 6. 20. 부동산임대업을 폐업한 후 부동산임대와 관련된 매출에 대해서만 부가가치세 신고를 하였다. 그러나 피고는 2017. 9. 19. 양수인의 업종이 부동산임대업에 해당하지 아니하여 폐업 시 잔존 재화로 간주한다는 이유로 2016년 1기 부가가치세 110,810,239원(가산세 포함)을 과세하겠다는 과세예고 통지를 하였다. 이에 원고가 CC의료재단에 대한 포괄적인 영업양도를 주장하며 과세전적부심사청구를 하였고, 피고는 2017. 11. 15. 직권시정으로 심리대상이 부존재한다는 이유로 심사제외 결정을 하였다.

  2) 피고는 2017. 11. 28. 원고가 사업용 자산을 공익법인에 채무인수조건부로 출연한 경우에 해당하여 기준시가를 기준으로 과세표준을 정하여 경정한다는 이유로 2016년 1기 부가가치세 230,969,628원(가산세 포함)을 과세하겠다는 과세예고 통지를 하였다. 이에 원고가 CC의료재단에 대한 포괄적인 영업양도 등을 주장하며 과세전적부심사청구를 하였고, 피고는 2018. 1. 30. 직권시정으로 심리대상이 부존재한다는 이유로심사제외 결정을 하였다.

  3) 피고는 2018. 2. 28. 사업용 자산을 공익법인에 채무인수조건부로 출연한 경우에 해당하여 주식회사 DD 감정평가법인(이하 ’DD‘이라 한다)의 시가 감정평가액을 기준으로 과세표준을 정하여 경정한다는 이유로 2016년 1기 부가가치세372,185,711원(가산세 포함)을 과세하겠다는 과세예고 통지를 하였다. 이에 원고가 CC의료재단에 대한 포괄적인 영업양도 등을 주장하며 과세전적부심사청구를 하였고, 피고는 2018. 4. 30. 원고의 주장이 타당하지 아니하다는 이유로 불채택 결정을 하였다. 과세예고 통지 및 과세전적부심사청구의 결정 유형 등 내역은 아래 ⁠[표 1]과 같다.

[표 1] 과세예고 통지 및 과세전적부심사청구 결정 유형 등 내역

(단위: 천원)

다. 부가가치세 부과처분 및 전심절차 경유

  1) 위 과세전적부심사청구의 심리 중 원고가 주식회사 EE 감정평가법인(이하 ’EE‘라 한다)의 감정평가서를 제출하였고, 피고는 2018. 5. 2. 추가적인 과세예고 통지 없이 이 사건 근저당권부 채무 중 이 사건 건물이 담보하는 부분을 재화의 공급에 해당하는 것으로 보아 아래 ⁠[표 2] 이 사건 토지 및 건물 감정평가액과 같은 2개 감정평가법인의 감정평가액 평균을 기준으로 아래 ⁠[표 3] 부가가치세 공급가액 산정 내역과 같이 안분 계산한 금액을 공급가액으로 산정하여 원고에게 2016년 제1기 부가가치세 315,034,250원(가산세 104,038,232원 포함)을 경정ㆍ고지(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

[표 2] 이 사건 토지 및 건물 감정평가액

(부가가치세 별도)

[표 3] 부가가치세 공급가액 산정 내역

(단위: 원)

  2) 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 6. 18. ■■지방국세청장에 이의신청을 하였으나 2018. 9. 19. 이의신청이 기각되었고, 2018. 12. 24. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2019. 4. 15. 심판청구가 기각되었다. 원고는 2019. 7. 14. 이 사건 소를 제기하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

  원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

  1) 피고가 2018. 2. 28. 부가가치세 과세예고 통지 이후 직권으로 세액을 감액하였는데, 감액경정 결과 확정된 세액에 대하여 다시 과세예고 통지를 하지 않고 바로 납세고지를 하여 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제81조의15에서 정한 과세예고 통지 절차를 위반하였다(제1주장).

  2) 원고는 이 사건 부담부 증여계약으로 이 사건 건물 및 근저당권부 채무, 관련사업권 일체 등 모든 권리를 CC의료재단에 포괄적으로 넘겼고, 이는 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 부가가치세법’이라 한다) 제10조 제8항 제2호에서 재화의 공급으로 보지 않는 ⁠‘사업의 양도’에 해당하여 부가가치세 부과 대상이 아니다(제2주장).

  3) 원고가 2016. 6. 20. 부동산임대업을 폐업한 후 이 사건 근저당권부 채무가 2016. 7. 11. CC의료재단에 인수된바, 폐업 후인 2016. 7. 11. 이 사건 건물이 유상으로 이전된 것으로 볼 수 있으므로, 구 부가가치세법 제10조 제6항의 ⁠‘폐업 시 잔존 재화 간주규정’을 적용하여 감가상각 후 남은 가액을 기준으로 부가가치세 과세표준을계산하여야 한다(제3주장).

  4) 피고는 원고가 기존에 이 사건 토지 및 건물을 매입한 가격을 바탕으로 토지의 지가상승분과 건물의 감가상각분을 적용하여 실지거래가액을 충분히 산정할 수 있음에도 이 사건 토지 및 건물의 가액의 구분이 불분명하다고 보아 감정평가서에 의하여 과세표준을 정한바, 구 부가가치세법 제29조 제9항을 위반하였다.

  5) 피고는 원고가 재단법인에 부동산을 출연할 목적으로 인천시에 제출한 DD의 감정평가서를 사용하였으나, DD의 감정평가서는 출연 대상인 자산을 평가하면서 부동산에 투입되어 발생한 영업이익까지 평가한 것으로 실지거래가액 산정에는 부적합하므로, DD 및 EE의 감정평가서의 감정평가액 평균을 기준으로 과세표준을 정한 것은 부당하다.

 나. 관계 법령

  별지 관계 법령과 같다.

 다. 판단

  1) 제1주장에 관한 판단

  앞서 인정한 사실과 갑 제1호증의 기재에 의하면, ① 피고가 2018. 2. 28. 원고에게이 사건 건물 및 토지에 대한 감정평가액을 기준으로 세액을 산정하여 2016년 제1기분 부가가치세에 대하여 과세예고 통지를 하였고, 이에 대하여 과세전 적부심사를 청구한 원고에게 소명기회를 부여한 점, ② 피고는 2018. 4. 30. 원고의 과세전적부심사청구에 대하여 불채택 결정을 하고 2018. 2. 28.자 과세예고 통지와 동일한 사유로 부가가치세를 과세하되, 기존의 감정평가서 이외에 원고가 제출하는 감정평가서를 반영하여 2개 감정평가서의 감정평가액 평균을 기준으로 과세표준만을 변경하는 내용으로이 사건 처분을 한 점, ③ 위와 같이 원고는 의견을 진술할 기회를 가짐으로써 절차적인 권리를 보장받았고, 실질적으로 세액이 감액되어 원고에게 유리한 효과를 가져온 점을 인정할 수 있고, 사정이 위와 같다면 추가적인 과세예고 통지가 필요하다고 볼 수 없어 피고가 국세기본법 제81조의15에서 정한 과세예고 통지 절차를 거쳤다고 할 것이다.

  따라서 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

  2) 제2주장에 관한 판단

  구 부가가치세법 제10조 제8항 제2호 및 구 부가가치세법 시행령(2016. 8. 31. 대통령령 제27472호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 부가가치세 시행령’이라 한다) 제23조의재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도라 함은 사업용 재산을 비롯한 물적ㆍ인적 시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 뜻한다고 할 것이므로, 그 사업은 인적ㆍ물적 시설의 유기적 결합체로서 경영주체와 분리되어 사회적으로 독립성을 인정받을 수 있는 것이어야 하고, 양도대상이 단순한 물적 시설이 아니라 이러한 유기적 결합체라는 사실은 부가가치세에 있어서 과세장해 사유로서 그에 대한 입증책임은 납세의무자가 진다(대법원 1998. 7. 10. 선고 97누12778 판결, 대법원 2006. 4. 28. 선고 2004두8422 판결 등 참조).

  갑 제1호증, 갑 제4호증의 1, 2, 을 제1호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ① 원고가 운영하던 부동산임대업과 피고가 운영하는 보건업(요양병원)은 업종이 달라 사업의 동일성이 유지될 수 없고, 인적 시설이 승계되기도 어려우며, 실제로 기존에 이 사건 건물 전체를 임차한 AA 요양병원이 2016. 6. 30. 이 사건 건물에서 퇴거한 이후 CC의료재단은 직접 이 사건 건물에서 요양병원을 운영하고 있는 점, ② 이 사건 부담부 증여계약서의 내용을 살피면 원고가 영위하던 부동산임대업과 관련된 자산이나 부채의 평가나 영업권의 평가가 있었다고 볼 수 없고, 기존 임대차계약의 승계나 임차보증금의 처리에 대한 내용도 없는 점, ③CC의료재단은 2016년 2기부터 2018년 2기분 부가가치세 신고 시 부동산임대공급가액명세서를 제출하지 아니하였고, 이 사건 건물을 소재지로 사업자등록한 사업자가 CC의료재단 이외는 없는 바, 이에 비추어 현재 이 사건 건물을 임대한 것으로 보이지 아니하고, 의료시설 이외에 임대가능한 면적은 지상 1층 소매점 31.1㎡에 불과하여 이사건 부담부 증여계약 이전 임대면적에 비해 면적이 좁은 점 등을 종합하면, 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 CC의료재단에 부동산임대 사업을 양도하였다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

  따라서 원고의 위 주장도 받아들이지 아니한다.

  3) 제3주장에 관한 판단

   가) 구 부가가치세법 제9조 제1항에 의하면 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것이나, 다만 같은 법 제10조 제6항에서 폐업 시의 남아 있는 재화의 경우에도 과세의 공정을 위하여 예외적으로 재화의 공급으로 간주하도록 규정하고 있는 것으로, 사업자가 사업의 폐지를 위하여 사업용 자산을 양도한 것이라도 사업자가 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 공급한 경우에 해당하는 이상 구 부가가치세법 제10조 제6항 소정의 잔존 재화 공급간주 규정이 적용될 여지가 없다(대법원 1992. 10. 13. 선고 92누8323 판결, 대법원 2008. 7. 24. 선고 2006두2459, 대법원 2013. 10. 24. 선고 2011두3623 판결 등 참조).

  위 법리 및 앞서 인정한 사실관계에 의하면 부동산임대업을 영위하던 원고가 자신의임대사업에 제공되던 이 사건 건물을 이 사건 부담부 증여계약에 의하여 CC의료재단에 양도한 것은 쌍방의 사전 조율을 통해 구체적인 조건을 정함으로써 사업자가 계약상의 원인에 의하여 재화를 공급한 경우에 해당한다고 할 것이므로 구 부가가치세법 제10조 제6항이 적용될 수 없다.

   나) 또한 아래와 같은 이유로 원고의 폐업일인 2016. 6. 30. 잔존 재화가 있었다고 볼 수도 없다.

  구 부가가치세법 시행령 제28조 제2항은 ⁠“반환조건부 판매, 동의조건부 판매, 그 밖의 조건부 판매 및 기한부 판매의 경우에는 그 조건이 성취되거나 기한이 지나 판매가 확정되는 때를 공급시기로 본다.”고 규정하고, 제9항은 ⁠“제1항부터 제8항까지의 규정에도 불구하고 사업자가 폐업 전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.”고 규정하고 있는바, 위 제9항의 입법 취지 및 문맥에 비추어 볼 때, 위 규정 중 ⁠‘폐업 전에 공급한’의 의미는 재화의 인도 또는 양도의 전부 또는 일부가 폐업 전에 이루어진 경우에만 한정되는 것이 아니라, 그와 같은 재화의 인도 또는 양도의 원인이 되는 행위, 즉 그 공급의 상대방, 시기, 가액을 확정할 수 있는 계약 등 법률상의 원인이 폐업 전에 발생한 경우에는 위 시행령 제28조 제2항에 의하여 공급시기로 정해지는 시기가 폐업일 이후에 도래하더라도, 위 ⁠‘폐업 전에 공급한’ 경우에 해당한다(대법원 2006. 1. 13. 선고 2005두10453 판결 참조).

    ① 구 부가가치세법 시행령 제7조 제1항 제3호에 의하면 폐업일은 그 사업을 실질적으로 폐업한 날인바, 부동산임대업의 폐업 시기는 임차인이 그 건물에서 퇴거한 때라고 할 것이므로, 원고의 실질적인 폐업일은 전 임차인인 AA 요양병원이 이 사건 건물에서 퇴거한 2016. 6. 30.이다.

    ② 한편, 2016. 6. 13.자로 체결된 이 사건 부담부 증여계약에서 CC의료재단이 이 사건 건물을 증여받는 조건으로 이 사건 근저당권부 채무를 부담하기로 약정하면서 인수되는 채무가 특정되고, 채무 인수의 시기나 가액이 확정되었으므로, 법률상의 원인이 이미 폐업 전에 발생한 경우에 해당한다.

    ③ 이 사건 토지 및 건물에 관하여 2016. 7. 11. 채무자를 CC의료재단으로 하는 근저당권설정등기가 마쳐지고, 같은 날 이 사건 근저당권설정등기가 말소되었으나, 이는 이 사건 부담부 증여계약의 내용이 폐업 후 이행된 것에 불과하다.

    ④ 따라서 구 부가가치세법 시행령 제28조 제9항에 따라 폐업일에 재화를 공급한 것으로 되므로 폐업일인 2016. 6. 30. 잔존 재화가 존재하지 아니한다.

   다) 무엇보다도 이 사건 건물이 CC의료재단에 공급된 시기는 ⁠‘재화가 이용가능하게 된 때’인 소유권이전등기일(2016. 6. 17.)경이라고 할 것이다.

  따라서 원고의 위 주장 역시 받아들이지 아니한다.

  4) 제4주장에 관한 판단

  구 부가가치세법 제29조 제9항은 ⁠“사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.”고 규정하고, 구 부가가치세법 시행령 제64조는 가액의 구분이 불분명한 경우의 산정방법에 대하여 ⁠‘감정평가가액, 기준시가, 장부가액, 국세청장이 정한 바’에 따라 안분하는 방법‘을 구체적으로 규정하고 있다.

  토지와 그 지상 건물을 매수함에 있어 토지와 그 지상 건물의 대금을 따로 구분하여 정하지 아니한 채로 매매계약을 체결한 경우 토지와 지상 건물의 가액이 분명하게 된 경우라고 할 수 없다(대법원 1993. 7. 27. 선고 92누15499 판결 참조).

  이 사건 부담부 증여계약에서 CC의료재단이 이 사건 근저당권부 채무를 인수하는 조건으로 이 사건 토지 및 건물을 일괄하여 증여받는 것으로 정하였을 뿐 이 사건 토지나 이 사건 건물의 대금을 따로 구분하거나 사실상 매매대금에 해당하는 이 사건 근저당권부 채무액을 이 사건 토지나 이 사건 건물에 어떠한 비율로 안분하는지에 대하여정하지 아니한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없는바, 위 법리에 비추어 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하고, 이 경우 피고가 임의로 실지거래가액을 산정할 수는 없다고 할 것이다.

  따라서 원고의 위 주장 또한 이유 없다.

  5) 제5주장에 관한 판단

  을 제3호증의 1의 기재에 의하면, DD이 대상물건이 장래 산출할 것으로 기대되는 순수익이나 미래의 현금흐름을 환원하거나 할인하여 대상물건의 가액을 산정하는 감정평가방법인 ’수익환원법‘에 의하여 이 사건 토지 및 건물의 감정평가액을 산정한 사실을 인정할 수 있다.

  보통 토지에 대하여는 공시지가기준법, 건물에 대하여는 원가법에 따라 감정평가를 하고, 토지와 건물을 일괄하여 감정할 경우에는 거래사례비교법에 따라 감정평가를 하나, 구 부가가치세 시행령 제64조 제1호는 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률 제2조 제9호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 기준으로 삼을 수 있다고 규정하고 있을 뿐 수익환원법이나 수익가치를 제외하고 평가하여야 한다는 등으로 감정평가방식을 특정한 방식으로 제한하고 있지 아니한 점, 원가법, 거래사례비교법이나 수익환원법 모두 시장가치를 기준으로 감정평가 대상의 감정평가액을 산정하기 위한 방식인 점 등에 비추어 보면, DD이 수익환원법에 의하여 이 사건 토지 및 건물의 감정평가액을 산정하였다고 하여 감정평가의 객관성이 결여되었다거나 실지거래가액 산정에는 부적합하다고 보기 어렵다.

  따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

재판장 판 사 오 〇 〇

                  장 〇 〇

                  심 〇 〇

출처 : 인천지방법원 2020. 09. 11. 선고 인천지방법원 2019구합54591 판결 | 국세법령정보시스템