요지

대위변제금은 변제충당합의 순서에 따라 변제된 것으로 보아야 하고, 시장접근법에 따른 사용료 시가 산정은 적법하며, 잔존주주에게 지급한 보상금은 주식의 취득원가에 해당하고, 주식매수선택권 행사에 따라 임직원에게 보상한 현금은 인건비에 해당하여 손금산입의 대상임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2013. 8. 1. 원고들에 대하여 한 ⁠[별지2] 목록 ⁠‘과세내역’란 기재 법인세 및 교육세 부과처분 중 ⁠[별지2] 목록 ⁠‘정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

2. 원고들의 나머지 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용 중 9/10는 원고들이, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지 및 항 소 취 지

피고가 2013. 8. 1. 원고들에 대하여 한 ⁠[별지1] 목록 제1항의 ⁠‘과세내역’란 기재 법인세 부과처분 중 ⁠[별지1] 목록 제1항의 ⁠‘정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분 및 ⁠[별지1] 목록 제2항의 ⁠‘과세내역’란 기재 교육세 부과처분을 모두 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고들의 지위 등

    1) 원고 주식회사 CC은행(이하 ⁠‘원고 은행’이라 하며, 이하 법인명에 대해서는 ⁠‘주식회사’ 기재를 모두 생략한다)은 2001. 11. 1. 구 CC은행과 구 GG은행의 합병으로 설립되어, 은행법에 따른 은행업, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 신탁업무 및 이에 부수하는 업무를 영위하고 있는 법인이다.

    2) 원고 AAA금융지주(이하 ⁠‘원고 지주회사’라 한다)는 2008. 9. 29. 설립되어 원고 은행 등 원고 지주회사의 계열회사(이하 원고 지주회사와 각 계열회사를 통칭하는 경우 ⁠‘AAA금융그룹’이라 한다)에 대한 지배·경영관리·종속회사에 대한 자금 지원 등의 업무를 영위하고 있는 법인이다.

    3) 원고 은행은 종래 상장법인이었는데, 2008. 9. 29. 주식의 포괄적 이전에 의하여 원고 지주회사의 완전종속기업이 되었으며, 그에 따라 한국거래소 및 뉴욕증권거래소에 상장되어 있던 원고 은행의 주식 및 주식예탁증서는 2008. 9. 26. 및 2008. 10. 10. 모두 상장 폐지되었다.

    4) 이후 원고 지주회사는 2010 사업연도부터 원고 은행의 주식 100%를 보유한 완전모법인으로서, 원고 은행을 포함한 총 8개의 완전자법인(원고 은행, AAA투자증권, AAA자산운용, AAA부동산신탁, AAA인베스트먼트, AAA선물, AAA신용정보, AAA데이터시스템즈)¹⁾에 대하여 연결납세방식을 적용하여 법인세를 신고·납부하여 왔다.

    5) 한편, 원고 은행은 2002. 5. 16. 아래와 같은 상표(이하 ⁠‘이 사건 상표’라 한다)를 출원·등록하였으며, 현재까지 이 사건 상표의 상표권자로 등록되어 있다.

  나. 원고들의 쟁점 거래 별 세무처리 내용 등

    원고들은 2008 내지 2012 사업연도에 원고 은행의 거래 중 일부 거래에 대하여 아래 ⁠[표] 기재와 같이 세무처리를 한 후, 그에 따라 해당 사업연도 법인세 등을 신고·납부하였다(이하 각 사안을 개별적으로 지칭하는 경우 순번에 따라 ⁠‘쟁점○’이라 하며, 합하여 ⁠‘이 사건 쟁점들’이라 한다).

  다. 이 사건 세무조사 및 이에 따른 과세처분 조치

    1) 서울지방국세청장(이하 ⁠‘조사청’이라 한다)은 2013. 2. 25.부터 2013. 7. 14.까지 원고 은행에 대한 법인세 통합조사(이하 ⁠‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시한 결과, 위 각 쟁점별 거래 등을 포함한 원고 은행의 거래 중 일부에 대한 세무처리가 잘못되었다고 보아 이에 대한 세무조정 등을 거쳐 관련 과세자료를 피고에게 통보하였다. 조사청의 원고 은행에 대한 세무조정 내역 중 이 사건 쟁점들과 관련된 사항은 아래 ⁠[표]와 같다.²⁾

    2) 이후 피고는 위와 같은 과세자료를 바탕으로 2013. 8. 1. 연결납세방식을 적용한 2010 내지 2012 각 사업연도에 대해서는 원고 지주회사에게, 그 이전인 2008, 2009 각 사업연도에 대해서는 원고 은행에게 각 법인세를 증액하여 경정·고지하였고, 이와 함께 원고 은행에게 2008년도부터 2012년도까지 각 과세기간별 교육세 역시 증액하여 경정·고지하였다(이하 위 각 법인세 및 교육세 증액경정처분을 합하여 ⁠‘당초 과세처분’이라 하며, 구체적인 과세처분 내역은 아래 ⁠‘라. 2) ⁠[표] 중 당초 고지세액란’ 기재와 같다).³⁾

  라. 원고들의 불복 및 그에 따른 피고의 경정 내용

    1) 원고들은 당초 과세처분에 불복하여 2013. 10. 28. 및 같은 달 29. 각 조세심판원에 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 2016. 12. 23. 당초 과세처분과 관련하여 원고들이 주장한 과세처분의 위법사유 중 일부 주장을 받아들여 그에 따라 세액을 다시 경정하도록 결정하였다. 이 사건 쟁점들과 관련하여 조세심판원의 판단 내용은 아래 ⁠[표]와 같다.

    2) 이에 피고는 위와 같은 조세심판원의 판단에 따라 당초 과세처분에 대한 세액을 다시 계산하였고, 그 결과 아래 ⁠[표] 기재와 같이 각 법인세 및 교육세가 감액경정되었다(이하 당초 과세처분 중 ① 원고 은행에 대한 2008년도 교육세 부과처분, 감액경정된 부분 중 ② 원고들에 대한 각 법인세 부과처분 및 ③ 원고 은행에 대한 2009년도 내지 2011년도 각 교육세 부과처분을 합하여 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

(단위 : 원)

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 7, 8호증, 을 제1 내지 5, 19, 24호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

  [별지4] 기재와 같다.⁵⁾

3. 이 사건 처분의 적법 여부

  가. 쟁점① 부분에 대한 과세처분의 적법성 판단

    1) 기초가 되는 사실관계

      가) 원고 은행은 고객(주채무자)과의 대출계약 체결 시 여신거래약정서를 작성하는데(이하 ⁠‘이 사건 여신거래계약’이라 한다), 위 약정서에는 대여원금과 이자율 계산방법, 은행여신거래기본약관이 적용된다는 점 등이 기재되어 있다.

      나) 그런데 원고 은행은 대출을 실행하면서 주채무자가 원리금을 상환하지 못할 경우를 대비하여 이 사건 보증기관이 발급한 전자신용보증서를 담보로 주채무자에게 대출을 하는데, 이 사건 보증기관이 발급한 전자신용보증서에는 신용보증조건(피보증인, 보증기한, 보증방법, 대출과목, 대출예정금액, 보증비율 등)이 기재되어 있으며, 일반적인 사항에 대해서는 이 사건 보증기관의 보증약관(이하 ⁠‘이 사건 신용보증약관’이라 한다)이 적용되는 구조였다.⁶⁾

      다) 신용보증기금 및 기술보증기금의 이 사건 신용보증약관은 모두 유사한 내용으로 구성되어 있고, 특히 공통적으로 ⁠‘보증채무 이행범위’에 관한 사항이 포함되어 있다. 신용보증기금의 신용보증약관의 내용은 다음과 같고, 기술보증기금의 보증약관상 내용 역시 거의 동일하다.

      라) 원고 은행은 주채무자가 채무를 변제하지 못할 경우 이 사건 보증기관에 보증채무의 이행을 청구하는데, 위 이행청구서에는 이 사건 신용보증약관 등에 따라 계산한 원금과 이자의 액수가 명확히 구분되어 있고, 이 사건 보증기관 역시 원금, 이자, 비용에 해당하는 금액을 특정하여 대위변제금을 지급하였다.
구체적으로 이 사건 보증기관은 ① 주채무자의 채무액이 약정한 보증한도액을 초과하면 보증한도액을 대위변제원금으로 하고, 그 보증채무를 이행할 때까지 발생한 이자를 대위변제이자로, ② 채무액이 보증한도액에 미달하면 해당 채무액을 대위변제원금으로 하고, 그 보증채무를 이행할 때까지 발생한 이자의 합계를 대위변제이자로 하여, 그 합계액을 아래 ⁠[표1] 기재와 같이 변제하였고, 그에 따라 이 사건 보증기관이 2008년도부터 2012년도까지 원고 은행에 대위변제한 금액 내역은 아래 ⁠[표2] 기재와 같다.

[표1]

(단위 : 원)

[표2]

(단위 : 원)

      마) 그런데 원고 은행은 2008 내지 2011 사업연도에 이 사건 보증기관으로부터 지급받은 이 사건 대위변제금 합계 1조 5,189억 원을 아래와 같은 은행여신거래기본약관 제13조 제1항 단서(이하 ⁠‘이 사건 약관 규정’이라 한다) 및 원고 은행의 내부업무처리 규정인 여신규정 제28조와 여신업무지침 제551조에 따라 전부 채무 원금에 우선 충당하는 것으로 회계처리하였다.

      바) 한편, 원고 은행은 2013. 2.경 이 사건 세무조사 과정에서 조사 담당공무원으로부터 이 사건 대위변제금을 이자에 먼저 충당해야 한다는 의견을 듣고, 2012 사업연도에는 이자부터 회수한 것으로 세무조정을 하여 법인세를 신고·납부하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제9 내지 13, 21, 23호증, 을 제6, 12 내지 16, 22, 23호증의 각 기재, 이 법원의 신용보증기금 및 기술보증기금에 대한 각 사실조회회신 결과, 변론 전체의 취지

    2) 당사자들 주장의 요지

      가) 원고들 주장의 요지

        원고 은행과 주채무자들 사이에서는 채무 전액이 변제되지 않을 경우 이 사건 약관 규정 및 원고 은행의 내부업무처리 규정에 근거하여 이를 원금에 우선 충당하기로 약정하였다.

        그런데 위와 같은 변제충당의 합의는 이 사건 대위변제금에도 그대로 적용되므로, 이 사건 대위변제금 역시 전액 채무 원금에 우선 충당되어야 하며, 그 결과 구 법인세법 시행규칙 제56조 등을 적용하여 이 사건 대위변제금을 이자에 우선 충당할 수는 없다.

         따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 쟁점① 부분과 관련한 ⁠[별지1] 목록 제1항의 ⁠‘불복세액’란 기재 범위 내에서 위법하여 취소되어야 한다.

      나) 피고 주장의 요지

        (1) 주위적 주장

          원고 은행과 주채무자들 사이에 원금 우선 충당을 내용으로 하는 합의충당 약정이 존재하지 않는다. 또한 원고 은행과 이 사건 보증기관 사이에서도 변제충당 순서에 관해서는 합의된 바가 없었으므로, 이 경우 구 법인세법 시행규칙 제56조 등에 따라 이 사건 대위변제금은 비용, 이자, 원본의 순서로 충당되어야 한다.

          따라서 이와 같은 전제에서 이루어진 피고의 쟁점① 부분과 관련된 이 사건 처분은 적법하다.

        (2) 예비적 주장

          설령 이와 달리 보더라도, 적어도 원고 은행과 이 사건 보증기관 사이에서는 이 사건 신용보증약관 규정 등에 따라 보증비율 등에 따른 원금과 이행시점까지 발생한 미수이자를 각 주채무의 원금과 이자에 대응하여 충당하도록 하는 변제충당에 관한 합의가 존재하였고, 그 결과 변제자인 이 사건 보증기관은 그와 같은 변제충당의 합의에 따라 이 사건 대위변제금을 원고 은행에게 원금 및 이자로 각 구분하여 지급하였다.

          따라서 원고 은행과 이 사건 보증기관 사이에 위와 같은 충당순서에 관한 합의가 존재한다고 본다면, 피고의 쟁점① 부분과 관련된 이 사건 처분 중 ⁠[별지3] 목록 제1항 기재 각 법인세 및 교육세 취소세액 부분을 초과하는 부분은 여전히 적법하다.

    3) 판단⁸⁾

      가) 관련 법리 및 규정

        구 법인세법 시행규칙 제56조는 ⁠‘원천징수의 대상이 되는 이자소득금액을 계산함에 있어서 차입금과 이자의 변제에 관한 특별한 약정이 없이 차입금과 그 차입금에 대한 이자에 해당하는 금액의 일부만을 변제한 경우에는 이자를 먼저 변제한 것으로 본다’고 규정하고 있고, 민법 제479조 제1항 역시 ⁠‘채무자가 1개 또는 수개의 채무의 비용 및 이자를 지급할 경우에 변제자가 그 전부를 소멸하게 하지 못한 급여를 한 때에는 비용, 이자, 원본의 순서로 변제에 충당하여야 한다’고 규정하고 있다.

        그런데 비용, 이자, 원본에 대한 변제충당에 관해서는 민법 제479조에 충당 순서가 법정되어 있고 지정 변제충당에 관한 민법 제476조는 준용되지 않으므로 당사자가 법정 순서와 다르게 일방적으로 충당 순서를 지정할 수 없다(대법원 1990. 11. 9. 선고 90다카7262 판결 등 참조). 다만, 당사자 사이에 명시적․묵시적 합의가 있다면 법정변제충당의 순서와 달리 인정할 수 있지만 이러한 합의가 있는지는 이를 주장하는 자가 증명할 책임이 있다(대법원 1994. 2. 22. 선고 93다49338 판결 등 참조).

      나) 원고 은행과 주채무자들 사이의 변제충당 합의의 존부 및 그 내용

        (1) 먼저 이 사건 약관 규정에 따르면, 채무자가 채무 전액을 없애기에 부족한 금액을 지급한 경우 원고 은행은 채무자에 불리하지 않은 범위 내에서 충당 순서를 달리 할 수 있는데, 앞서 인정한 사실에 의하면 이 사건 약관 규정 내용이 이 사건 여신거래계약 일부에 포함되기에 결국 원고 은행과 주채무자 사이에 이 사건 약관 규정과 같이 충당 순서를 원고 은행이 변경 할 수 있는 내용의 변제충당 순서에 관한 합의는 존재한다고 보인다.

        (2) 즉, 원고 은행과 주채무자들 사이에서는 변제될 채무가 수개인 경우로서 채무 전액이 변제되지 않을 때에는 원고 은행이 내부적으로 마련한 여신규정 등에서 정하는 순서와 방법 등을 고려하여 주채무자에게 불리하지 않은 범위에서 지정권을 행사하여 변제충당을 하는 것을 허용하는 충당합의가 성립되었다고 봄이 상당하다. 다만, 아래와 같은 이유에서 위와 같은 변제충당의 약정을 원고들의 주장과 같이 반드시 이 사건 대위변제금에 대한 원금 우선 충당약정으로까지 해석할 수는 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고들의 주장 및 피고의 주위적 주장은 모두 이유 없다.

          ① 이 사건 약관 규정에서는 단지 ⁠‘원고 은행이 채무자에 불리하지 않은 범위 내에서 충당 순서를 달리 할 수 있다’는 내용만이 규정되어 있을 뿐 명시적으로 채무 원금에 반드시 우선적으로 충당한다는 내용은 기재되어 있지 않다.

          ② 이와 관련하여 원고들은, 원고 은행의 내부적인 여신규정 및 여신업무지침에 따라 이 사건 대위변제금과 같이 보증서 발급기관의 대위변제금은 법적 절차에 의한 회수금으로 취급되어 원금에 우선 충당되는 구조라고 주장한다. 그러나 원고들이 원금 우선 충당의 근거로 내세우는 위와 같은 내부업무지침이 존재한다는 사정만으로, 원고 은행과 주채무자들 사이에 이 사건 대위변제금에 대하여 명시적인 원금 우선 충당의 합의를 했다고 보기는 어렵다.

          원고 은행의 내부적인 여신규정 및 여신업무지침은 어디까지나 여신회수금에 대하여 원고 은행이 자의적으로 지정권 등을 행사하는 것을 차단하고, 위 회수금 처리에 대한 예측가능성을 부여하기 위해 마련된 것일 뿐인데, 은행여신거래기본약관 어디에도 원고 은행의 내부적인 업무처리지침에 반드시 따라야 한다는 규정 등은 존재하지 않는다. 이 사건 약관 규정 등을 통해 볼 때, 원고 은행은 주채무자에게 불리하지 않은 범위에서 지정권을 행사하는 과정에서 원고 은행이 내부적으로 마련한 여신규정 등에서 정하는 순서와 방법 등을 고려할 수 있을 뿐이며, 내부적인 업무처리지침과 다른 형태의 지정권 행사가 있었다고 하더라도, 그것이 주채무자에게 불리하지 않은 범위 내라면 이는 허용될 수 있는 지정권 행사라고 볼 여지가 충분하다.

          ③ 만일, 원고들 주장과 같이 본다면, 원고 은행의 내부적인 업무처리지침 변경에 따라 이 사건 대위변제금의 충당 순서가 변경될 수 있는데, 이는 원고 은행이 당초에 합의한 충당내용(원금 우선 충당)을 임의로 변경하는 결과를 가져오게 된다.

          오히려 앞서 본 바와 같이 원고 은행과 주채무자들 사이에는 원고 은행이 내부적인 업무처리지침 등을 통해 지정하는 변제충당 순서가 해당 채무자에게 불리하지 않게 된다면 이를 인정하겠다는 변제충당의 합의 정도만이 존재한다고 보는 것이 이 사건 약관 규정에 대한 합리적인 해석이라고 할 수 있다.

      다) 원고 은행과 이 사건 보증기관 사이의 변제충당 합의의 존부 및 그 내용

        앞서 본 법리에 비추어 앞서 인정한 사실들에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고 은행과 이 사건 보증기관 사이에는 이 사건 신용보증약관 등에 따라 보증비율 등에 따른 원금과 이행시점까지 발생한 미수이자를 각 주채무의 원금과 이자에 대응하여 충당하도록 하는 변제충당에 관한 합의가 존재하였다고 봄이 타당하고, 위와 같은 충당합의가 원고 은행과 주채무자들 사이에 이루어진 변제충당의 합의 내용과 배치된다고 볼 수도 없어 유효한 충당합의에 해당한다. 따라서 이와 같은 전제에 선 피고의 예비적 주장은 이유 있다.

        ① 이 사건 보증기관은 원고 은행에 대하여 주채무자의 채무를 보증하였으므로, 주채무자를 대위하여 변제할 의무 및 권리가 있고, 대위변제금의 변제충당을 비롯하여 대위변제와 관련된 사무 전반을 위임받았다고 볼 수 있다.

        그런데 이 사건 대위변제금을 변제하는 과정에서 앞서 살펴본 바와 같이 원고 은행은 원금, 이자, 비용 항목을 구분하여 보증채무의 이행을 청구하였고, 이 사건 보증기관 역시 원고 은행에게 원금, 이자, 비용 항목을 구분하여 변제하였으며, 변제 후에는 원고 은행이 변제된 채권 종류, 원금, 이자의 액수, 이자의 구체적인 산정 내역(기간, 일수, 이율 등)이 기재된 대위변제증서를 이 사건 보증기관에 발급하여 준 것으로도 보인다(을 제16호증 참조).

        ② 이와 관련하여 원고들은, 이 사건 신용보증약관의 내용은 이 사건 보증기관이 원고 은행에게 지급하여야 하는 보증채무의 범위에 관하여 규정하고 있을 뿐, 원고 은행이 이 사건 보증기관으로부터 지급받은 이 사건 대위변제금의 충당 순서에 관하여 규정한 것으로 볼 수는 없다는 취지로 주장한다.

        그러나 이 사건 보증기관이 발급한 보증서는 원고 은행의 대출에 있어 대출조건의 하나로 되는 것이기 때문에 이 사건 신용보증약관의 내용이 단지 이 사건 보증기관이 원고 은행에게 지급하여야 하는 보증채무의 범위에 관하여만 규정한 것으로 볼 수는 없고, 원고 은행이 이 사건 보증기관으로부터 지급받는 대위변제금의 충당방법 역시 정한 것으로 볼 여지가 충분하다.

        구체적으로, 신용보증기금의 신용보증약관 제18조가 보증채무의 이행범위를 정하면서 제1항에서 ⁠‘다음 각 호 금액의 합계액’을 보증채무로 이행한다고 정하고 있는데, 달리 정함이 없는 한 각 호의 금액을 보증채무로 이행하여야 하는 것이고, 위 문언상 ⁠‘합계액’이라는 기재만으로 이 사건 보증기관이 합계액의 액수만 지급하면 지급된 금액이 각 호의 금액과 달리 충당되어도 보증채무를 모두 이행한 것이라고 평가할 수는 없다.

        더욱이 앞서 살펴본 이 사건 대위변제금 지급 절차를 통해 볼 때, 적어도 이 사건 보증기관은 이 사건 대위변제금과 관련하여 보증비율 등에 따른 원금과 이행시점까지 발생한 미수이자를 각 주채무의 원금과 이자에 대응하여 지급한다는 분명한 의사에 따라 이를 지급하여 왔다고 보인다.

        ③ 또한 이 사건 대위변제금 지급과 관련하여서는 이 사건 보증기관이 주채무자와의 신용보증계약 등에 따라 당초 금융기관인 원고 은행에게 지급해야 할 보증채무를 전부 이행하는 형태였다고 볼 수는 있으나, 주채무에 관하여는 일부만을 대위하여 변제한 것이므로, 여전히 주채무에 대한 변제충당의 문제가 발생하게 된다.

        그런데 보증채무의 전부 이행이라는 측면에서 보더라도, 보증계약 내용에 특정된 주채무 및 종속채무(보증한도 내의 원금, 이자, 비용)가 변제되었다고 볼 수밖에 없다(보증한도 내 원금을 넘는 주채무자의 다른 원금에 충당될 여지가 없다). 즉, 대위변제로 이미 변제(충당)가 완료된 이상, 그 금액을 원고 은행이 임의로 다시 다른 채무에 충당할 수도 없다.

        ④ 이에 대해 원고들은, 주채무자가 스스로 채무를 이행한 경우에는 이 사건 약관 규정에 의하여 원금에 우선 충당되는 것과 비교하여 보면, 이 사건 보증기관이 이행하였을 때에 오히려 주채무자에게 불리한 결과가 발생하고, 이는 보증채무의 부종성에 반한다고도 주장한다.

        그러나 앞서 살펴본 바와 같이 먼저 원고 은행과 주채무자 사이에 원금 우선 충당약정이 존재한다고 볼 수 없고, 단지 원고 은행에게 일정한 지정권이 부여된 변제충당의 합의만이 존재한다고 볼 수 있다.

        즉, 원고 은행은 위와 같은 합의충당을 통해 부여된 지정권의 적정한 행사 방법 중 하나로 원고 은행의 내부 업무처리지침에서 규정한 방식에 따라 지정권을 행사한 것인데(앞서 본 바와 같이 원고 은행의 내부 업무처리지침에 따라 반드시 변제충당을 해야 한다는 내용으로 합의가 이루어졌다고 볼 수는 없다), 이 경우 원고 은행과 이 사건 보증기관 사이에서는 원고 은행 내부의 업무처리지침과 다른 내용의 대위변제금 충당순서에 관한 합의를 하는 것이 충분히 가능하고, 그와 같은 합의가 비용, 이자, 원본 순으로 충당될 경우와 비교하여 주채무자에게 보다 유리한 것이라면 이는 대위변제금에 대한 유효한 충당합의에 해당한다. 그 결과 원고들이 주장하는 보증채무의 부종성에 반하는 결과는 초래되지 않는다.

        ⑤ 한편, 주채무 관련 원금을 전액 회수하지 못한 상태에서 이자소득이 발생했다고 보는 것은 지나치게 가혹하다는 취지의 원고들 주장은, 단지 이 사건 대위변제금 전부를 원고 은행이 임의로 원금에 우선 충당한 결과에 따른 것일 뿐, 이미 이 사건 보증기관이 이자 명목으로 금원을 지급한 이상 이는 원고 은행 입장에서도 법인세법상 이자소득에 해당한다고 봄이 타당하다.

    4) 소결론(취소의 범위)

      가) 먼저 쟁점① 부분과 관련하여 피고가 이 사건 대위변제금을 구 법인세법 시행규칙 제56조 등에 따라 비용, 이자, 원본 순으로 변제충당이 되었다고 본 것은 그 자체로 위법하다.

      나) 다만, 피고의 예비적 주장과 같이 이 사건 대위변제금은 결국 원고 은행과 이 사건 보증기관 사이의 변제충당에 대한 합의 내용에 따라 충당되어야 하는데, 이 경우 이 사건 처분 중 ⁠[별지3] 목록 제1항 기재 각 법인세 및 교육세 취소세액 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

  나. 쟁점② 부분에 대한 과세처분의 적법성 판단

    1) 기초가 되는 사실관계

      가) 이 사건 상표의 출원 경위 및 사용 형태 등

        (1) 원고 은행은 2001. 11. 1. 구 CC은행과 구 GG은행의 합병으로 출범한 통합은행의 기업 이미지(Corporate Identity, 일명 ⁠‘CI')를 확립하기 위한 목적으로, 2002년경 미국 법인인 Landor Association과 국내 법인인 Design Focus가 구성한 컨소시엄에 상표 개발을 의뢰하여 원고 은행의 영문 명칭인 ⁠‘AAA Bank'의 약자인 ’AAA‘를 형상화하는 형태로 아래와 같이 이 사건 상표를 개발하고, 이를 2002. 5. 16. 원고 은행 명의로 출원·등록하였다.

        (2) 이 사건 상표가 출원·등록된 후 현재까지 원고 은행만이 아니라 원고 지주회사를 비롯한 AAA금융그룹 국내·외 계열회사들(이하 ⁠‘이 사건 계열회사들’이라 한다)은 ⁠‘AAA'를 그 명칭 중에 포함하고 있으며(예시: AAACC은행, AAACC카드), 명칭 앞에 이 사건 상표를 붙여 사용하고 있다.

        (3) AAA금융그룹의 2009 내지 2012 사업연도 그룹공동광고비(이하 ⁠‘이 사건 공동광고비’라 한다) 지출 내역은 아래 ⁠[표1] 기재와 같고, 그중 원고 은행 이외의 나머지 계열회사들이 부담한 공동광고비의 구체적인 형태는 아래 ⁠[표2] 기재와 같다.

[표1]

(단위 : 억 원)

[표2]

(단위 : 억 원)

      나) 이 사건 상표에 대한 사용료 가액 산정 과정 등

        (1) 조사청은 이 사건 세무조사 과정에서 ⁠‘국내 기업들이 수취하는 상표 사용대가(사용료)는 대부분의 경우 전년도 수입금액에서 광고선전비를 차감한 후 해당 금액에 일정 사용료율을 곱하여 계산하는 방식을 취하고 있다’고 보아 이 사건 상표의 적정 사용료의 시가를 구하기 위하여 무형자산 평가방법론 중 시장접근법을 차용하였고, 그에 따라 국내 기업들의 상표 사용료율 수취 현황을 수집하였으며, 그 결과 동종업종으로 자산 규모가 가장 근접한 SH금융지주회사의 상표 사용료율의 최젓값(0.2%)을 이 사건 상표에 대한 사용료율로 정하였다.

        (2) 조사청이 수집한 국내 기업들의 사용료율 수취 현황은 아래 ⁠[표1] 기재와 같고, 그중 금융기관의 사용료율 수취 현황은 아래 ⁠[표2] 기재와 같다(금융기관의 경우 비특수관계인 사이의 거래는 확인되지 않는다).

[표1]

[표2]

        (3) 이후 조사청은 원고 은행이 국내·외 특수관계인인 이 사건 계열회사들로부터 이 사건 상표 사용에 따른 사용료를 받지 않은 것이 구 법인세법(2013. 1. 1. 법률 제11607호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조의 부당행위계산부인 대상에 해당하는 것으로 보아 2008 내지 2012 사업연도 각 특수관계인별 순매출액(매출액에서 광고선전비를 차감한 금액)에서 사용료율 0.2%를 곱하여 산정한 금액을 통하여, ① 국내 특수관계인에 대해서는 부당행위계산부인 규정을 적용하여 31,517,237,211원을 익금산입하고, ② 국외 특수관계인에 대해서는 구 국제조세조정에 관한 법률(2013. 1. 1. 법률 제11606호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 국제조세조정법’이라 한다)에 따른 이전가격조정에 따라 533,768,444원을 익금산입하는 방식으로 관련 과세자료를 피고에게 통보하였고, 피고는 이에 따라 당초 처분 중 쟁점② 부분과 관련한 과세처분 조치를 하였다.

        (4) 이후 조세심판원이 이 사건 상표의 사용료 산정과 관련하여 이 사건 계열회사들의 이 사건 공동관리비를 차감하여 사용료를 다시 산정하라는 취지로 결정을 하자, 피고는 2016. 12. 28. 원고들에게 아래 ⁠[표] 기재와 같이 2009 내지 2012 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 다시 경정·고지하였다.

 (단위 : 원)

      다) 기타의 사정

        (1) 원고 은행이 AAA그융그룹 내에서는 차지하는 비중은 2008 내지 2012 사업연도의 경우 아래 ⁠[표] 기재와 같이 총자산 대비 평균 95%, 매출액 대비 평균 88% 정도로 평가된다.

 (단위 : 백만 원)

        (2) 한편, 2000년대 초부터 브랜드(상표권)라는 무형의 가치에 대한 중요성이 강조되면서 LG, GS 등 지주회사체제로 전환한 대기업들이 자회사로부터 브랜드 사용료를 받기 시작하였다. 금융업계의 경우 현재 대표적으로 SH금융지주회사가 브랜드 사용료를 자회사로부터 수취하고 있는데, 이는 금융감독원이 2006년 말 SH금융지주회사에 ⁠‘자회사의 지주회사 상표권 사용에 대하여 일정한 사용료 부과기준을 만들라’는 권고를 받아들여 위 권고에 따라 외부 평가기관의 평가에 따라 2008년부터 은행 등 자회사로부터 브랜드 사용료를 수취하게 된 것이다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 4호증, 을 제7, 10, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

    2) 원고들 주장의 요지

      다음과 같은 이유로 이 사건 처분 중 쟁점② 부분과 관련된 피고의 과세처분 조치는 위법하다.

      가) 부당행위계산부인 요건 미충족

        원고 은행이 이 사건 계열회사들로부터 이 사건 상표의 사용대가(사용료)를 지급받지 않았다고 하여 이를 경제적 합리성이 없는 비정상적인 거래라고 볼 수는 없다. 구체적인 이유는 다음과 같다.

        (1) 사용료 청구 권한의 부존재

          원고 은행이 2002. 5. 16. 이 사건 상표를 출원·등록하였으나, 이후 원고 지주회사가 설립된 2008년도 이후 이 사건 상표는 원고 지주회사 및 국내·외 계열회사 등을 포함하는 ⁠‘AAA금융그룹’ 전체의 ⁠‘CI’로 사용되고 있다.

          실제 원고 은행 이외의 다른 계열회사들은 이 사건 상표에 대한 가치 증대를 위하여 매해 매출액 등에 대비하여 이 사건 공동광고비 등을 분담하고 있다.

          따라서 원고 은행이 현재까지 형식적으로 이 사건 상표의 상표권자로 등록되어 있다고 하더라도, 이는 관리의 편의상 AAA금융그룹 전체 계열회사들이 원고 은행에게 명의신탁한 것에 불과하므로, 위 계열회사들이 공동으로 소유하며 그 가치를 향상시키고 있는 이 사건 상표에 대하여 원고 은행이 사용료를 청구할 권한 자체가 없다.

        (2) 사용료 미수취 부분에 경제적 합리성의 존재

          이 사건 상표의 가치 상승에 원고 은행뿐만 아니라 이 사건 계열회사들이 기여하고 있는 점, 원고 은행이 이 사건 계열회사들을 부당하게 지원할 목적으로 이 사건 상표를 무상으로 사용하게 한 것은 아닌 점, 원고 은행이 이 사건 상표의 사용료를 수취하는 것은 은행업무의 범위를 제한하고 있는 은행법을 위반할 소지가 있는 점 등의 사정 등을 고려하면, 원고 은행이 이 사건 계열회사들로부터 이 사건 상표의 사용료를 받지 않은 것은 경영상의 판단에 따른 것으로써 경제적 합리성이 충분히 인정되어 부당행위계산부인 요건을 충족한다고 볼 수 없다.

      나) 사용료 시가 산정의 위법

        설령 원고 은행의 위와 같은 사용료 미수취 행위에 대하여 부당행위계산부인 규정 등이 적용된다고 하더라도, 기본적으로 부당행위계산부인 규정 등을 적용함에 있어 시가에 대한 입증책임은 과세관청인 피고에게 있다.

       그런데 피고가 이 사건 상표의 사용료를 산정함에 있어 순매출액에서 일정 사용료율(0.2%) 곱하는 방식은 법인세법령에서 전혀 예정하고 있지 않은 방법으로 합리적인 근거가 전혀 없다.

        또한 원고 은행과 국외 특수관계자 사이에서는 법인세법상의 부당행위계산부인 규정이 아닌 구 국제조세조정법에 따른 정상가격으로 산정되어야 하는데, 피고의 위 시가 산정방식은 구 국제조세조정법에서 열거하는 정상가격 산출방법 중 어디에도 해당하지 않는다.

        따라서 피고가 산정한 이 사건 상표의 사용료는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액이라고 볼 수 없으므로, 쟁점② 부분에 관한 피고의 과세처분에는 이 사건 상표의 사용료 시가 산정에 관한 위법이 존재한다.

    3) 판단

      가) 부당행위계산부인 요건 충족 여부에 관한 판단

        (1) 관련 규정 및 법리

          구 법인세법 제52조 제1항은 ⁠‘과세관청은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ’부당행위계산‘이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다’고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조는 ⁠‘법인세법 제52조 제1항의 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우란 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다’고 규정하면서 제6호에서 ⁠‘자산 또는 용역을 시가보다 낮은 이율․요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우’를, 제9호에서 ⁠‘그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’를 들고 있다.

           그런데 부당행위계산이라 함은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위계산을 말하고, 구 법인세법 제52조에서 부당행위계산부인 규정을 둔 취지는 법인과 특수관계 있는 자와의 거래가 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 정한 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 것이다. 따라서 경제적 합리성의 유무는 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 1997. 5. 28. 선고 95누18697 판결, 대법원 1998. 7. 24. 선고 97누19229 판결 등 참조)

         이와 관련하여 구 국제조세조정법 제4조 제1항은 거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있도록 규정하고 있는데, 이는 현행 세법상 부당행위계산부인제도의 일종으로 기업이 국외특수관계자와의 국제거래에서 정상가격보다 높게 대가를 지불하거나 낮은 대가를 받아 과세소득을 국외로 이전시키는 경우 과세당국이 이전가격을 부인하고 정상가격으로 과세함으로써 자국의 과세권을 보호하고 국제적인 조세회피를 방지하려는 제도이다. 따라서 거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래에 있어 그 거래가격이 정상가격에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서는 법인세법상 부당행위계산에 관한 판단기준인 경제적 합리성의 유무가 적용될 수 있다고 할 것이다.

         한편, 상표권이란 상표권자의 독점적ㆍ배타적 권리로서, 그 상표에는 상표권자가 상당한 자본과 노력, 시간을 투여하여 형성해 온 신용이 화체되어 있어 우리 법제도 상표법과 부정경쟁방지 및 영업비밀보호에 관한 법률 등을 통해 널리 알려진 재산적 가치가 있는 상표권을 보호하고 있다.

        (2) 구체적인 판단

          위와 같은 관련 규정 및 법리에 비추어 앞서 인정한 사실을 통하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고 은행은 이 사건 상표의 상표권자로서 이 사건 계열회사들로부터 이 사건 상표 사용에 대한 사용료를 수취할 필요가 있었음에도 경제적 합리성 없이 사용료 수취를 포기하였고, 이는 구 법인세법 및 구 국제조세조정법상의 부당행위(정상가격보다 거래가 낮게 이루어진 경우)에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

          ① 원고 은행은 이 사건 상표를 2002. 5. 16. 출원·등록한 이후 현재까지 이 사건 상표의 상표권자로 등록되어 있다. 원고들은 이 사건 상표를 원고 은행을 포함한 이 사건 계열회사들이 공동으로 소유·관리하는 형태라고 주장하나, 이는 이 사건 상표 등록 현황과도 배치되며, 이 사건 계열회사들이 원고들의 주장처럼 이 사건 상표의 가치 증진과 관련 있다고 볼 수 있는 이 사건 공동광고비를 일부 지출했다는 사정을 제외하고는, 내부적인 공동사용 약정 등의 계약서는 전혀 존재하지 않는다.

          더욱이 이 사건 공동광고비 지출 내역 등을 살펴보더라도, 이 사건 계열회사들이 매출액에 정확히 대응하여 이 사건 공동광고비를 분담했다고 보이지도 않으며, 이 사건 상표를 사용하는 계열회사 전부가 일정 부분 공동광고비를 지출하는 형태도 아니었다.

          ② 그런데 상표권자는 상표를 사용할 독점적․배타적 권리를 가지고 있으므로, 그 상표가 경제적으로 전혀 가치 없는 상표가 아닌 한 상표권 사용 허락에 따른 사용료를 수령하는 것이 경제적 합리성이 있는 거래라고 할 수 있고, 아무 대가 없이 상표 사용을 허락하는 것은 합리성을 결한 비정상적 거래행위라고 보아야 한다. 따라서 원고 은행이 이 사건 계열회사들에게 이 사건 상표의 사용을 허락하였으면서도 그 대가 내지 사용료를 지급받지 아니한 것은 합리적이라고 할 수 없다.

          ③ 또한 상표권의 가치 창출 및 상승에 대한 기여자가 누구인지와 관계없이 그 상표를 사용할 배타적․독점적 권한은 상표권자에게 있으므로, 누구든 그 상표를 사용하기 위해서는 상표권자로부터 허락을 받아야 함은 물론 그 상표 사용에 대한 대가를 지급하는 것이 합리적인 거래행위라고 보아야 한다.

          즉, 설령 원고들의 주장처럼 이 사건 계열회사들이 이 사건 상표를 사용하면서 그 가치를 상승시키는 데에 일부 기여하였다고 하더라도, 이는 원고 은행이 수취할 사용료에서 해당 가치 상승 기여분을 차감할 필요가 있는 사정으로 볼 수 있을지언정 그와 같은 사정만으로, 원고 은행이 이 사건 상표 사용에 대한 사용료를 지급받지 않은 것에 경제적 합리성이 있다고 볼 수는 없다.

          ④ 원고들은 원고 은행이 이 사건 상표 사용에 대한 사용료를 수취하는 것은 은행업무를 제한적으로 규정한 은행법에 반하여 위법하다는 취지로 주장하나, 실제 위와 같은 사용료 수취행위가 은행법에 위반되어 원고들의 주장처럼 과태료 등의 제재대상에 해당하는지 여부가 불분명할 뿐만 아니라, 오히려 원고들 주장과 같이 본다면, 원고 은행은 적어도 원고 지주회사가 설립된 2008년경부터는 이 사건 상표의 상표권자를 원고 지주회사로 변경하거나, 또는 원고들 주장처럼 이 사건 계열회사들이 이 사건 상표를 공동·소유하는 형태로 변경하는 등 이에 대한 조치를 취할 필요가 있었다고 보인다.

          그럼에도 원고 은행은 현재까지 이 사건 상표의 상표권자 지위를 계속 유지하여 왔으며, 사용료 수취를 위한 어떠한 조치도 취하지 않고 있는데, 이는 원고들과 같은 금융업계에서 이루어지는 각 계열회사 간 상표 사용 및 이에 대한 사용료 수취 거래 모습과 비교해보더라도 상당히 이례적이다.

      나) 사용료 시가 산정의 적법성 판단

        (1) 관련 규정 및 법리

          구 법인세법 제52조 제2항은 ⁠‘부당행위계산부인을 적용할 때에는 건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(이하 ’시가‘라 한다)을 기준으로 한다’고 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령 제89조 제1항은 ⁠‘시가’를 ⁠‘해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격’이라고 정의하고 있고, 제2항에서는 ⁠‘시가가 불분명한 경우 감정평가액 또는 상속세 및 증여세법에서 규정한 보충적 평가방법에 의한 가격을 시가로 한다’고 규정하고 있으며, 제4항에서는 ⁠‘제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 유형 또는 무형의 자산(금전을 제외한다)을 제공하거나 제공받는 경우에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액을 시가로 한다’고 규정하고 있다.

          그런데 ⁠‘시가’라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 말하는 것이지만, 그와 같은 시가를 확인하기 어려울 때에는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 시가로 볼 수 있으나, 부당행위계산부인의 적용기준이 되는 시가에 관한 입증책임은 부당행위계산부인을 주장하는 과세관청에게 있다(대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결 등 참조).

          한편, 과세관청이 거주자의 국외 특수관계자와의 거래에 대하여 구 국제조세조정법 제4조 제1항을 적용하여 정상가격을 기준으로 과세처분을 하기 위해서는 납세의무자에 대한 자료제출 요구 등을 통하여 수집한 자료를 토대로 비교가능성 등을 고려하여 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하여야 하고, 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에는 그 차이를 합리적으로 조정하여 정상가격을 산출하여야 하며, 과세처분의 기준이 된 정상가격이 이와 같은 과정을 거쳐 적법하게 산출되었다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에 있다(대법원 2012. 12. 26. 선고 2011두6127 판결 참조). 다만, 구 국제조세조정법 제11조, 제12조 및 그에 따른 시행령 규정 등에 의하면, 국외 특수관계자와 국제거래를 행하는 납세의무자는 국제거래명세서를 제출할 의무, 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하고 선택된 방법 및 이유를 과세표준 및 세액의 확정신고시 제출할 의무, 정상가격 산출방법과 관련하여 필요한 자료를 비치․보관할 의무 등을 부담한다. 따라서 과세관청이 스스로 위와 같은 정상가격의 범위를 찾아내 고려해야만 하는 것은 아니므로, 국외 특수관계자와의 이전가격이 과세관청이 최선의 노력으로 확보한 자료에 기초하여 합리적으로 산정한 정상가격과 차이를 보이는 경우에는 비교가능성이 있는 독립된 사업자 간의 거래가격이 신뢰할 만한 수치로서 여러 개 존재하여 정상가격의 범위를 구성할 수 있다는 점 및 당해 국외 특수관계자와의 이전가격이 그 정상가격의 범위 내에 들어 있어 경제적 합리성이 결여된 것으로 볼 수 없다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다고 할 것이다(대법원 2014. 9. 14. 선고 2012두1747 판결 등 참조).

       (2) 구체적인 판단

          (가) 먼저 앞서 살펴본 바와 같이 조사청은 이 사건 상표 사용료의 시가를 산정함에 있어 이 사건 계열회사들 별 순매출액에서 일정 사용료율(0.2%)을 곱하여 계산하였는데, 위와 같은 방식이 구 법인세법령이나 구 국제조세조정법령에서 명시적으로 규정하고 있는 시가 내지 정상가격 산정방식 그 자체에 해당하지는 않는다.

          (나) 그러나 앞서 본 관련 규정 및 법리에 비추어 앞서 인정한 사실을 통하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 조사청이 이 사건 상표 사용료의 시가를 이 사건 계열회사들 별 순매출액에서 일정 사용료율(0.2%)을 곱하여 계산하는 방식을 통해서 산정한 것은, 구 법인세법상 부당행위계산부인의 적용기준이 되는 시가 내지는 구 국제조세조정법상의 정상가격 산정을 위한 객관적이고 합리적인 방법에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 상표 사용에 대한 시가 산정에 위법이 있다는 원고들의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

            ① 조사청은 이 사건 세무조사 과정에서 원고 은행이 소유한 이 사건 상표가 특수관계가 없는 제3자와의 비교대상거래가 없는 사실상의 독과점 거래이기 때문에 구 법인세법 시행령 제89조 각 항에 따른 방식으로는 시가를 산정하는 것이 불가능하다고 보고, 이에 시가 산정의 방식으로 국내 기업들이 상표 사용대가를 수취하는 과정에서 사용하는 방식인 ⁠‘순매출액에서 일정 사용료율을 곱하는 방식’을 선택하였다.

            그리고 위와 같은 시가 산정 방식에 있어 가장 중요한 사용료율을 산정하기 위해 일반적인 상표권과 같은 무형자산의 가치를 추정하는 방법 중 하나인 시장접근법을 적용하였으며, 그에 따라 원고와 같은 금융업계를 포함한 여러 국내 기업들의 상표권 사용료율 수취 현황을 파악한 뒤, 동종업종으로 자산 규모가 가장 근접한 SH금융지주회사의 상표 사용료율의 최젓값을 이 사건 상표에 대한 사용료율로 정하였다.

            즉, 조사청이 이 사건 상표의 사용료 시가를 산정하기 위해 선택한 방식 그 자체는 비록 구 법인세법령 등에서 예정하고 있는 방식은 아니나, 일반적으로 국내 지주회사 및 각 계열사들 간의 상표 사용료 수취 과정에서 활용되는 방식에 해당함은 분명하다. 또한 그 과정에서 조사청은 원고 은행에게 최대한 유리하게 적용될 수 있는 사용료율을 역시 적용한 것으로도 보여, 일응 그와 같은 방식으로 계산된 이 사건 상표의 사용료 가액은 구 법인세법 제52조 제1항에서 규정하는 시가에 해당한다고 볼 여지가 충분하다.

            ② 다만, 위와 같은 방식이 구 법인세법령이나 구 국제조세조정법령에서 명시적으로 규정하는 시가 내지 정상가격 산정방식에 해당하지 않는다는 점이 문제가 될 여지는 있다.

            그러나 이 사건 상표의 사용료를 구 법인세법 시행령 제89조 제2항에 따른 감정평가 방식이나 상속세 및 증여세법에서 규정한 보충적 평가방법에 의하여 이를 정확하게 산정할 수 있을 지 의문이고, 제4항에 따라 ⁠‘당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액’으로 계산하는 것 역시 적절한 방식은 아니라고 보인다. 이는 구 국제조세조정법령에 따른 정상가격 산정 규정 내용 등을 통해 보더라도 마찬가지이다.

            더욱이 이 사건 상표의 사용료 산정과 관련하여 감정의 필요성이 인정된다고 하더라도, 원고들은 단지 시가 내지 정상가격 산정에 위법이 있다고 주장하고만 있을 뿐, 입증책임이 모두 과세관청에게 있다는 이유만을 들어 이 사건 상표의 사용료 산정을 위한 구체적인 방안 등에 대해서는 전혀 제시하지 않고 있다.

            오히려 피고가 이 사건 상표의 사용료 산정과 관련하여 선택한 방식인 시장접근법은 감정평가에 관한 규칙 제11조에 열거되어 있는 원가방식, 비교방식, 수익방식 중에서 ⁠‘비교방식(거래사례비교법 등)’과 유사하다고 보이는데, 이 경우 원고 은행의 사용료 미수취 기간, 이 사건 계열회사들의 규모 등에 비추어 보면, 조사청이 이 사건 세무조사 과정에서 감정평가와 유사한 결과가 나올 수 있는 방식을 선택하여 이 사건 상표의 사용료를 산정한 것은 어느 정도 합리적인 방법이라고 할 수 있다.

            ③ 한편, 원고들은 사용료율을 0.2%로 산정한 것에 합리성이 없다거나 해당 사용료율은 특수관계자 사이의 거래에 따른 사용료율이므로, 비특수관계자 사이의 거래에 따른 사용료율이 적용되어야 한다고도 주장한다.

            그러나 앞서 살펴본 이 사건 상표 사용의 특수성 등을 고려할 때, 이 사건 상표 사용에 대하여 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치가 있다거나 특수관계인 외의 제3자들이 일반적으로 거래하는 가격이 있다고 보기는 어려우므로, 비록 특수관계자 사이의 거래이기는 하나 동종업계의 상표 사용료율이 적용되는 것에는 별다른 문제가 없다고 보인다.

    4) 소결론

      이 사건 처분 중 쟁점② 부분과 관련된 피고의 과세처분은 결국 적법하다.

  다. 쟁점③ 부분에 대한 과세처분의 적법성 판단

    1) 기초가 되는 사실관계

      가) 원고 은행의 BCC 주식 취득 경위 등

        (1) 원고 은행은 해외 진출을 통한 성장기반 확보 차원에서 카자흐스탄에 소재한 BCC의 주식을 50.1%까지 단계적으로 취득할 계획을 아래와 같이 세웠다.

        (2) 이에 원고 은행은 2008. 3. 14. BCC 주식을 소유한 주주들과 사이에 주식 양수도계약을 체결하였으며(이하 ⁠‘이 사건 주식양수도계약’이라 한다), 이후 2008. 8. 25.경 이 사건 주식양수도계약에 참여한 주주 41명과 미참여 주주 3명 총 44명(이하 ⁠‘잔존주주들’라 한다)과 사이에 ⁠‘제3자에 대한 지분매도, 유상증자 참여 및 공개매수 등의 권리를 제한하고, 그 대가로 잔존주주들에게 일정 방식에 따른 보상을 지급’하기로 하는 내용의 주주간계약을 체결하였다(이하 ⁠‘이 사건 주주간계약’이라 한다). 이 사건 주주간계약의 주요 내용은 다음과 같다.¹¹⁾

        (3) 이 사건 주주간계약 내용에 따르면, 잔존주주들에게 지급한 매각가격이 벤치마크가격(기준가격)에 미달하거나 당초 약정된 수량에 미달하여 주식을 매입할 경우 그 차액에 해당하는 부분을 원고 은행이 보상할 의무가 있다.

        (4) 원고 은행은 초기 투자가 완료된 이후인 2009. 9.경 IFC(이하 ⁠“IFC")를 공동투자자로 유치함에 따라, 잔존주주들과 사이에 2010. 3.경까지 IFC가 BBC 주식 10%를 취득하고, 원고 은행은 40.1%를 취득하는 것으로 계약 내용을 변경하여 이 사건 주식양수도계약을 다시 체결하였다.

        (5) 원고 은행의 BBC 주식 취득 내역은 아래 ⁠[표] 기재와 같다.

        (6) 원고 은행은 BCC 주식 40.1%를 최종적으로 취득한 후 2010. 3. 26. 이 사건 주주간계약에 따른 보상금 지급약정에 따라 이 사건 주주보상금 43,560,779,586원을 잔존주주들에게 지급하고, 이를 당기 비용으로 하여 2010 사업연도 손금에 산입하였다.

      나) BCC 주식 취득 등과 관련된 원고 은행의 회계처리 내역 등

        (1) 원고 은행은 2008. 8. 27. 이 사건 주주간계약을 일종의 풋옵션 계약으로 보아 위 풋옵션 계약에 따라 앞으로 원고 은행이 잔존주주들에게 지급해야 하는 주주보상금액의 전체 공정가치를 58,371,878,156원으로 하여 이를 BCC 주식의 취득원가(취득가액)에 가산하고 이를 ⁠‘외화매도주식현물옵션’이라는 파생상품(부채)으로 인식하였다.

        (2) 이후 원고 은행은 위 보상금액에 대해 매년 말 공정가치 평가를 거쳤고, 2010. 2. 24. 차액결제에 따라 잔존주주들에게 지급한 이 사건 주주보상금 43,560,779,588원과 파생상품(부채) 잔액 42,537,982,044원 및 파생상품 거래손실 1,022,797,543원을 상계하는 아래와 같은 회계처리를 하였다.

        (3) 원고 은행은 2013. 4. 23. 이 사건 세무조사 과정에서 SJ회계법인으로부터 이 사건 주주보상금과 관련된 회계처리 사항 등과 관련하여 ⁠‘이 사건 주주간계약이 파생상품계약에 해당하며, 이 사건 주주보상금이 BCC 주식 취득가액에 산입될 수 있다’는 내용의 의견서를 제출받았다(을 제17호증 참조).

      다) 기타의 사정

         원고 은행의 2009. 9. 25.자 이사회 의사록에는 BCC 주식 취득과 관련하여 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5, 6호증, 을 제8, 17, 18, 20, 21호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

    2) 원고들 주장의 요지

       구 법인세법 제41조 제1항 제1호에 따르면, 매입한 자산의 취득가액은 매입가액에 부대비용을 더한 금액이 된다.

       그런데 이 사건 주주보상금은 BCC 주식의 매입가액과는 상관없이 단지 원고 은행이 목표한 지분을 취득할 때까지 약정기간 동안 잔존주주들의 주주권 및 재산권의 행사가 제한되는 손해를 보상해주기 위한 차원에서 지급된 손해배상금의 일종에 해당할 뿐이어서 당기 비용으로 처리되어야 하며, 이를 부대비용의 일종으로 보아 BCC 주식의 취득가액에 포함시킬 수는 없다.

       따라서 이 사건 처분 중 이 사건 주주보상금이 BCC 주식 취득과 관련된 부대비용에 해당한다는 전제에서 이루어진 쟁점③ 부분과 관련된 피고의 과세처분은 위법하다.

    3) 판단

      가) 구 법인세법 제41조 제1항 제1호는 내국법인이 타인으로부터 매입한 자산의 취득가액은 매입가액에 부대비용을 더한 금액이라 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령 제72조 제2항 제1호는 타인으로부터 매입한 자산의 취득가액은 매입가액에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액이라 규정하고 있다.

      나) 위와 같은 규정 내용에 비추어 앞서 인정한 사실들을 통해 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 주주보상금은 BCC 주식 취득과 관련하여 위 주식의 취득가액으로 가산되어야 하는 부대비용에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 처분 중 쟁점③ 부분과 관련된 피고의 과세처분은 적법하며, 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

        ① 원고 은행은 BCC 주식을 취득하는 과정에서 이 사건 주주간계약을 통하여 잔존주주들이 BCC 주식을 제3자에게 매도하는 행위를 상당 부분 제한하였다. 이를 통해 잔존주주들은 유상증자에 참여할 기회 등을 포기하게 되었는데, 이는 앞서 살펴본 이 사건 주주간계약 체결 경위 등을 살펴볼 때, 잔존주주들의 예상치 못한 매도 행위 등을 사전에 제한하여 원고 은행이 계획했던 목표지분율만큼 BCC 주식을 취득하기 위해 필수적으로 요구되는 절차였다고 보인다.

        그런데 이 경우 잔존주주들이 BCC 주식의 매도를 제한받은 것에 대응하여 이를 보전해주는 형태의 보상이 이루어질 필요가 있으며, 그에 따라 원고 은행과 잔존주주들 사이에 마치 잔존주주들이 일정한 수량 및 가액으로 BCC 주식을 원고 은행에게 매도하는 것과 동일한 이익을 얻을 수 있는 권리를 잔존주주들에게 부여하는 이 사건 주주간계약을 체결하게 된 것이다.

        즉, 이 사건 주주간계약의 실질은 원고 은행과 잔존주주들 사이에 풋옵션 계약을 체결하는 형태였다고 할 수 있다. 구체적으로 원고 은행이 잔존주주들에게 풋옵션을 지급하고, 이후 BCC 주식의 시가가 기준가격(풋옵션의 행사가격)보다 낮을 때에는 시가에도 불구하고 원고 은행이 이를 기준가격에 매수하는 형태였다고 보인다. 실제로 원고 은행은 이 사건 주주보상금을 기업회계기준에 따라 풋옵션의 공정가치로 측정하여 BCC 주식의 취득원가에 가산하는 회계처리를 하였으며, 풋옵션을 주식의 취득원가에 가산하는 것에 대해서는 별다른 문제가 없어 보인다.

        ② 이와 관련하여 원고들은, 이 사건 주주간계약에서 약정한 조건의 성취가 불확실하다는 측면을 강조하면서 이 사건 주주보상금은 BCC 주식을 취득하기 위한 부대비용이라기보다는 위 계약상의 지급요건을 충족하는 시점에 지급의무가 확정되는 보상금 내지 손해배상금의 성격을 가지고 있다고 주장한다.

        그러나 원고 은행이 이 사건 주주보상금과 관련하여 2008년도에 한 회계처리 내역을 살펴보더라도, 원고 은행이 BCC 주식을 매입하는 일련의 과정에서 잔존주주들에게 지급하여야 하는 이 사건 주주보상금은 이 사건 주주간계약 체결 당시부터 이미 어느 정도 그 지급이 확정된 상태였다고 보이며, 실제로도 잔존주주들이 그와 같은 권리를 행사하여 원고 은행은 2010. 3. 26. 잔존주주들에게 확정된 이 사건 주주보상금을 지급하였다.

        ③ 또한 원고들은, 원고 은행이 2007년 하반기부터 BCC 주식 지분 51%를 보유하고 있던 대주주 BBB와 협상을 해왔고, 위 대주주로부터 BCC 주식을 취득할 예정이어서 잔존주주들에게 이 사건 주주보상금을 지급할 필요가 없었다는 취지로도 주장하나, 앞서 본 바와 같이 원고 은행이 이 사건 주식양수도계약을 통해 BBB 이외의 다른 주주들과도 주식양수도계약을 체결한 점에 비추어 보더라도, 이는 받아들일 수 없는 주장이다.

        ④ 다만, 구 법인세법령에 취득가액으로 가산되는 부대비용의 의미가 명확하게 규정되어 있지는 않으나, 적어도 ㉠ 매수인이 매수목적물을 완전히 취득하는 과정에서 위험부담 등을 제거하기 위하여 매도인 또는 제3자와 합의한 조건이 결부되어 있고, ㉡ 그 조건이 성취됨에 따라 매수인의 추가 지출이 확정되며, ㉢ 그 지출이 당해 목적물의 완전한 취득에 필수불가결한 것으로서, ㉣ 실제 그 지출이 이루어진 경우에는 이를 부대비용을 인정할 여지가 크다.

        그런데 앞서 살펴본 이 사건 주주간계약 체결 경위 및 그 내용, 이 사건 주주보상금의 지출 경위 등을 통해 볼 때, 이 사건 주주보상금을 취득가액으로 가산되는 부대비용에 해당한다고 보는 것이 위와 같은 판단기준에 비추어 보더라도 해당 기준을 모두 만족하고 있어 합리적이다.

        ⑤ 한편, 원고들은 기업회계기준과 법인세법에는 차이가 있고, 설사 원고 은행이 기업회계기준에 따라 이 사건 주주보상금을 파생상품 형태로 취급하여 취득가액에 가산하였다고 하더라도, 법인세법에 따르면 당기 비용에 해당한다고 주장하나, 이 사건 주주보상금의 성격을 기업회계기준과 달리 판단할 특별한 사정을 확인할 수 없다.¹⁴⁾

  라. 쟁점④ 부분에 대한 과세처분의 적법성 판단

    1) 기초가 되는 사실관계

      가) 원고 은행은 2002년부터 2005년까지 사이에 소속 임직원들에게 주식매수선택권¹⁵⁾을 부여하였는데, 원고 은행의 주권이 상장폐지 된 이후부터는 원고 지주회사의 주식에 기초한 주식매수선택권(이하 원고 은행 소속 임직원들이 행사한 원고 지주회사 주식에 기초한 주식매수선택권을 ⁠‘이 사건 주식매수선택권’이라 한다)으로 대체되었다.¹⁶⁾

      나) 이 사건 주식매수선택권은 상법 제340조의2 제1항 단서에서 정한 차액정산 방식, 즉 원고 은행 소속 임직원들이 이 사건 주식매수선택권을 행사한 경우 원고 지주회사로부터 주식매수선택권 행사가격과 실질가액(시가) 사이 차액을 현금으로 지급받는 방식으로 운영되었고, 원고 은행은 원고 지주회사와 이 사건 주식매수선택권 행사비용 중 위와 같은 차액을 원고 은행이 부담하기로 약정하였다.

      다) 이후 원고 은행 소속 임직원들이 2010년 및 2011년에 이 사건 주식매수선택권을 행사함에 따라, 원고 지주회사는 차액정산방식에 의거 이들에게 현금을 지급하였고, 원고 은행은 원고 지주회사에게 이 사건 보상비용 2,007,006,103원(= 2010 사업연도 290,611,840원, 20011 사업연도 1,716.394,263원)을 보전해주었으나, 위 각 사업연도 법인세 신고 당시 이를 손금에 산입하지 아니하였다.

      라) 원고 지주회사¹⁷⁾는 2014. 4. 30. ⁠‘이 사건 보상비용이 원고 은행의 인건비로서 손금에 해당한다’는 이유로, 2010 사업연도 법인세 63,934,400원 및 2011 사업연도 법인세 377,606,730원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

      마) 그러나 피고는 2014. 6. 30. ⁠‘이 사건 주식매수선택권을 부여받은 원고 은행의 임직원이 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제1항에서 규정하는 ⁠“주권상장법인 또는 코스닥상장법인¹⁸⁾의 종업원”에 해당하지 않아 이 사건 보상비용을 손금에 산입할 수 없다’는 이유로, 원고 지주회사의 경정청구를 거부하였다(이하 ⁠‘이 사건 경정거부 처분’이라 한다).

      바) 이에 원고 지주회사는 2014. 9. 25. 이 사건 경정거부 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2014. 12. 11. 이를 기각하였고, 원고 지주회사는 더 이상 이에 대한 불복절차를 진행하지 않았다. 또한, 원고 지주회사는 당초 과세처분에 대한 조세심판원 불복과정에서도 이 사건 보상비용이 손금에 산입되어야 한다는 등 쟁점④ 부분과 관련된 과세처분의 위법사유에 대해서는 이를 추가하여 주장하지 않았다.

      사) 한편, 원고 은행은 소속 임직원들에게 지급한 이 사건 보상비용에 관하여 소속 임직원들로부터 근로소득세를 원천징수하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 7, 8, 18호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

    2) 당사자들 주장의 요지

      가) 원고들 주장의 요지

        이 사건 보상비용은 원고 은행이 이 사건 주식매수선택권과 관련하여 소속 임직원들에게 근로에 대한 대가로 지급한 경제적 이익이므로 법인세법령에 규정된 손금 항목 중 ⁠‘인건비’에 해당한다.

        따라서 이 사건 보상비용은 원고 은행이 이를 지출한 2010, 2011 각 사업연도 손금에 산입되어야 하므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 이 부분과 관련한 ⁠[별지1] 목록 제1항의 ⁠‘불복세액’란 기재 범위 내에서 위법하여 취소되어야 한다.

      나) 피고 주장의 요지

        원고 은행이 이 사건 주식매수선택권과 관련하여 원고 지주회사에게 이 사건 보상비용을 보전하는 거래의 실질은, 자회사가 모회사 주식을 매입하여 자회사의 임직원에게 이를 저가로 양도한 것과 경제적 효과가 동일하므로, 결국 구 법인세법 제52조의 부당행위계산부인 규정이 적용되어 법인세법상 손금에 해당할 수 없다.

        다만, 구 조세특례제한법 제15조 제1항에서는 ⁠‘주권상장법인 또는 코스닥상장법인’이 해당 법인의 종업원에게 주식매수선택을 부여하고 이를 행사함에 따라 그 주식을 시가보다 낮은 가액으로 양도한 경우에는 구 법인세법 제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용하지 않는 과세특례규정을 마련하고 있는데, 원고 은행의 경우 이 사건 보상비용 지출 당시 비상장법인에 해당하여 위 과세특례 규정의 적용 대상이 아니다.

        따라서 이와 같은 전제에서 보면, 이 사건 보상비용은 원고 은행의 2010, 2011 각 사업연도 손금에 산입될 수 없다.

    3) 판단

      가) 관련 규정

        구 법인세법 제19조에 따르면 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로서, 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이라고 규정하면서 그 범위 및 구분에 관하여 필요한 사항은 대통령령에 위임하고 있다. 구 법인세법 제19조 제4항에 근거한 당초 구 법인세법 시행령 제19조(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘개정 전 시행령 조항’이라 한다)는 손비의 범위로 제3호에서 ⁠‘인건비’를, 제18호에서 ⁠‘그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액’을 규정하고 있었는데, 2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정된 구 법인세법 시행령 제19조(이하 ⁠‘개정 후 시행령 조항’이라 한다)는 ⁠‘상법 제542조의3에 따라 임직원이 부여받은 주식매수선택권을 행사하는 경우 해당 주식매수선택권을 부여한 법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금액 및 임직원에게 부여된 기획재정부령으로 정하는 해외모법인의 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권이 행사되는 경우 해당 해외모법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금액’을 제19호에 추가하였고, 부칙 제6조는 ⁠‘제19조 제19호의 개정규정은 이 영 시행 후¹⁹⁾ 최초로 행사비용을 보전하는 분부터 적용한다.’고 규정하였다.

        한편, 구 조세특례제한법 제15조 제1항(이하 ⁠‘이 사건 과세특례 조항’이라 한다)에서는 ⁠‘증권거래법에 의한 ⁠“주권상장법인 또는 코스닥상장법인”으로서 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 법인이 해당 법인의 종업원에게 주식매수선택권을 부여하고 이를 행사하게 함에 따라 그 주식을 시가보다 낮은 가액으로 양도하는 경우에는 법인세법 제52조의 규정에 불구하고 해당 법인에 대하여는 부당행위계산의 부인을 적용하지 아니한다’는 내용을 규정하였으나, 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정된 구 조세특례제한법에서는 이 사건 과세특례 조항이 삭제되었다.

      나) 구체적인 판단

        위와 같은 관련 규정 내용에 비추어 앞서 인정한 사실들을 종합하여 살펴보면, 이 사건 보상비용은 적어도 원고 은행이 사업상 수익활동을 하기 위하여 업무와 관련하여 지출한 인건비로 볼 수 있어 이는 지출이 발생한 2010, 2011 각 사업연도의 손금에 산입되어야 한다. 구체적인 이유는 다음과 같고, 결국 원고들의 이 부분 주장은 이유 있다.

        ① 구 법인세법 제19조, 개정 전·후 시행령 조항 제3호 등에 따르면 ⁠‘인건비’는 원칙적으로 손금에 산입되고, 다만 그 법인의 사업과 관련이 없거나 일반적으로 용인되는 통상적인 범위를 넘어 손금불산입항목으로 규정된 경우에는 손금에 산입되지 아니한다(구 법인세법 제26조, 제27조 참조).

        ② 개정 전 시행령 조항 제3호의 ⁠‘인건비’란 사용인에게 근로에 대한 대가로서 유상으로 지출한 것을 말한다(대법원 1999. 6. 25. 선고 97누14194 판결). 이 사건 주식매수선택권은 이를 부여받은 임직원들에게 장기적인 근로의욕을 불어넣기 위한 목적에서 부여되었고, 이로써 위 임직원들은 주식매수선택권의 행사로 인한 이익을 극대화하려는 경제적 유인을 갖고 업무에 더욱 매진하게 되며 주식매수선택권을 행사할 수 있는 기간 동안은 가급적 퇴사를 하지 않으려 할 것이어서, 그 효과로 원고 은행은 업무의 효율과 연속성을 높여 더 높은 경영성과를 달성할 수 있게 된다. 따라서 이 사건 보상비용은 소속 임직원들에게 양질의 근로를 제공받은 대가로 지급하는 것이므로 개정 전 시행령 조항 제3호에서 말하는 인건비에 해당하고, 달리 이 사건 보상비용이 원고의 사업과 관련이 없거나 일반적으로 용인되는 통상적인 범위를 넘었다고 볼 만한 자료는 없다.

        ③ 이와 관련하여 피고는, 원고 은행이 부여한 이 사건 주식매수선택권의 경우 부여 주체인 원고 은행이 ⁠‘주권상장법인 또는 코스닥상장법인’에 해당하지 않기에 이 사건 과세특례 조항이 적용될 수 없고, 그 결과 이 사건 보상비용 지출에 대해서는 구 법인세법 제52조에 따른 부당행위계산부인 규정이 적용되어 법인세법상 손금에 해당하지 않는다는 취지로 주장한다.

        그러나 기본적으로 이 사건 과세특례 조항은 임직원에게 주식매수선택권을 부여한 법인에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용할 것인지를 규정한 것으로서 법인세법상 손금성 여부와는 직접적인 관련이 없다고 보인다. 특히 이 사건 보상비용이 지출된 당시에는 이 사건 과세특례 규정이 이미 삭제된 상태였기에 이 사건 보상비용과 관련하여 이 사건 과세특례 조항을 적용하여 부당행위계산부인 여부를 판단할 수 있는지 여부 자체도 불분명하다.

        ④ 또한 개정 후 시행령 조항 제19호는 모회사가 자회사 임직원들에게 부여한 주식매수선택권이 행사될 경우 자회사가 모회사에 보전한 행사비용을 손금 항목으로 규정하고 있다. 위 규정은 모회사가 자회사 임직원들에게 주식매수선택권을 부여하였다고 하더라도 그중에는 자회사의 손금으로 처리함이 옳은 경우가 있음을 전제하고 있다.

        이와 관련하여 피고는, 이 사건 주식매수선택권의 경우 부여 주체가 모회사가 아닌 자회사인 원고 은행이기에 개정 후 시행령 조항 제19호가 적용될 수 없다고 주장한다.

        그러나 피고 주장과 같이 본다고 하더라도, 개정 후 시행령 조항 제19호는 기본적으로 기존에도 인건비에 포함시켜 손금으로 인정할 수 있었던 비용을 별개의 손금항목으로 명확히 규정한 것에 불과하다. 즉, 오히려 위와 같은 규정이 신설된 것에 비추어 보더라도, 모회사 주식에 기초한 주식매수선택권의 행사비용이 자회사의 비용으로 귀속되는 경우 이는 여전히 ⁠‘인건비’에 해당한다고 봄이 타당하다.

        ⑤ 한편, 피고는 이 사건 주식매수선택권과 관련하여 변경 전·후의 구체적인 관련 계약서 등이 제출되지 않은 상태에서는 이 사건 주식매수선택권의 실질을 파악하기는 어렵기에 원고들의 주장만으로 이를 손금에 산입할 수 없다고 주장한다.

        물론, 원고들이 피고의 요청에도 불구하고 이 사건 주식매수선택권과 관련하여 변경 전·후의 구체적인 주식매수선택권 관련 계약서 등을 제출하고 있지는 못하다. 그러나 앞서 살펴본 이 사건 보상비용 관련 경정청구의 내용 및 관련 조세심판원 결정 내용, 원고들이 제출한 이 사건 주식매수선택권 관련 회계처리 내역(갑 제7, 8, 18호증 참조) 등의 자료를 살펴보면, 적어도 이 사건 주식매수선택권이 차액정산형에 해당하며, 이 사건 보상비용을 원고 은행이 원고 지주회사에게 보전하였다는 사실 자체는 인정된다고 보아야 한다.

        즉, 원고 은행의 이 사건 보상비용 지출 사실이 명백히 확인되는 이상, 현재 시점에서 이 사건 주식매수선택권과 관련된 구체적인 계약 내용 등을 확인하기 어렵다는 이유만으로 이 사건 보상비용을 원고 은행의 2010, 2011 사업연도 각 손금에 산입할 수 없다고 보기는 어렵다.

    4) 소결론(취소의 범위 관련)

      구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제22조의2 제1항은 ⁠“세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다”고 규정하고 있다.

      위 규정의 문언 및 위 규정의 입법 취지가 증액경정처분이 있더라도 불복기간이나 경정청구기간의 경과 등으로 더 이상 다툴 수 없게 된 당초 신고나 결정에서의 세액에 대한 불복을 제한하려는 데에 있음에 비추어 보면, 증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 되어 원칙적으로는 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고 납세자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있으나, 불복기간이나 경정청구기간의 도과로 더 이상 다툴 수 없게 된 세액에 관하여는 그 취소를 구할 수 없고 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 범위 내에서만 취소를 구할 수 있다(대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두4855 판결 등 참조).

      위와 같은 법리에 비추어 쟁점④ 부분 취소 범위에 대하여 살펴보면, 먼저 앞서 본 바와 같이 원고 지주회사는 이 사건 경정거부 처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 제기한 이후 더 이상 이에 대한 불복절차로 나아가지 않았다. 따라서 이 경우 원고 지주회사는 당초 신고한 2010, 2011 각 사업연도 법인세와 관련하여서는 쟁점④ 부분을 과세처분의 위법사유로 더 이상 주장할 수 없다. 다만, 처분의 경위에서 살펴본 바와 같이 위 각 사업연도 법인세에 대하여 피고의 2013. 8. 1.자 증액경정처분이 있었으므로, 원고 은행은 증액경정처분 금액 범위 내에서 쟁점④ 부분을 위법사유로 주장할 수는 있다.

      그런데 ⁠[별지3] 목록 제2항 기재 부분에서 보는 바와 같이 쟁점④ 부분과 관련하여 과세처분의 위법을 이유로 취소되는 각 사업연도 법인세(2010 사업연도 부분 68,714,264원, 2011 사업연도 법인세 382,871,338원)가 당초 각 증액경정처분 금액(2010 사업연도 최종 증액경정 금액: 11,924,503,267원, 2011 사업연도 최종 증액경정 금액: 2,810,637,200원) 범위 내에 있다고 보이므로, 결국 쟁점④ 부분의 경우 원고들의 주장을 모두 받아들여 이 부분 피고의 과세처분은 모두 취소하기로 한다.

  마. 소결론(정당한 세액의 산정)

    1) 과세처분취소소송에 있어서 세액의 산출과정에 잘못이 있어 과세처분이 위법한 것으로 판단되는 경우라도 사실심 변론종결 당시까지 제출된 자료에 의하여 적법하게 부과될 세액이 산출되는 때에는 법원은 과세처분 전부를 위법한 것으로 취소할 것이 아니라 과세처분 중 정당한 산출세액을 초과하는 부분만을 위법한 것으로 보아 그 위법한 부분만을 취소하여야 한다(대법원 2000. 9. 29. 선고 97누19496 판결 등 참조).

    2) 앞서 살펴본 바와 같이 이 사건 처분 중 쟁점① 부분과 관련된 피고의 과세처분의 일부가, 쟁점④ 부분과 관련된 피고의 과세처분 전부가 위법하여 취소되어야 하며, 각각의 취소세액은 ⁠[별지3] 목록 기재와 같다.

    3) 따라서 위와 같은 취소세액들을 고려하면, 이 사건 처분 중 ⁠[별지2] 목록 ⁠‘정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분은 위법하여 모두 취소되어야 한다.

4. 결론

  원고들의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있으므로 이를 각 인용하고, 나머지 청 구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

  그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과

같이 판결한다.

1) 참고로 2020년 현재 시점에는 원고 지주회사 산하에 총 12개의 국내 계열회사(원고 은행, AAA증권, AAA손해보험, AAACC카드, AAA자산운용, AAA캐피탈, AAA생명보험, AAA부동산신탁, AAA저축은행, AAA인베스트먼트, AAA데이타시스템, AAA신용정보)가 있는 것으로 보인다.

2) 참고로 쟁점④ 부분의 경우 아래 ⁠‘3. 이 사건 처분의 적법 여부, 라. 쟁점④ 부분에 대한 과세처분의 적법성 판단’ 부분에서 보는 바와 같이 당초 과세처분 이후 원고 지주회사가 이 사건 보상비용이 원고 은행의 2010, 2011 각 사업연도 손금에 산입되어야 한다는 취지로 경정청구만을 하였을 뿐이다.

   즉, 원고들은 이 사건 세무조사 과정 및 당초 과세처분에 대한 불복과정에서 쟁점④ 부분과 관련하여 이 사건 보상비용이 당초 세무처리(손금불산입)와 달리 위 각 사업연도 손금에 산입되어야 한다는 등의 주장은 하지 않았다.

3) ○ 참고로 아래 ⁠‘라. 2) ⁠[표] 부분’에 기재된 각 법인세 및 교육세 세액(당초 고지세액)은 당초 원고들이 신고·납부한 각 법인세 및 교육세에서 당초 과세처분을 통해 증액된 부분의 세액만을 의미한다. 피고는 당초 원고들이 신고·납부한 각 법인세 및 교육세는 기납부세액으로 공제하여 증액된 부분만을 ⁠‘납기 내 고지세액’으로 납세고지하였고, 원고들 역시 기본적으로 위 고지세액 부분만을 취소대상으로 삼고 있다. 또한 기록상 당초 원고들이 신고·납부한 각 법인세 및 교육세의 정확한 세액이 확인되지는 않는다.

   ○ 한편, 피고의 2013. 8. 1.자 과세처분에는 원고 은행에 대한 법인(원천)세 징수처분 부분도 포함되어 있고, 당초 위 원고는 이 부분에 대한 취소 역시 함께 구하였으나, 피고가 2019. 7.경 위 징수처분 부분을 직권 취소하였기에 이와 관련된 내용은 별도로 설시하지 않는다.

4) 논의의 편의상 조세심판원 판단 내용 부분을 수정하여 기재한다.

5) 각 법인세 부과처분에 적용되는 법인세 및 국제조세조정에 관한 법률에 다소 차이가 있으나, 이 사건의 쟁점을 판단하는데 있어 적용될 각 법령의 내용상 차이는 크지 않아 마지막 부과처분(2012 사업연도)에 적용되는 법령들을 기준으로 적시하였다.

6) 참고로 신용보증기금의 신용보증약관 제1조에서는 해당 약관은 ⁠‘신용보증기금과 금융기관 간에 체결한 ⁠“전자신용보증서 등 운용에 관한 협약”에 의하여 신용보증기금이 전자문서로 송신하는 형식의 신용보증 등’에 적용된다고 규정하고 있다.

7) 참고로 원고들이 소장(7면, 전자기록 9면)에서 제시하고 있는 신용보증기금의 보증약관 내용은 기록상 확인할 수 없다. 다만, 피고가 제출한 신용보증기금의 보증약관(을 제12호증) 내용과 조문 위치의 변경을 제외하고 그 내용은 대동소이하다.

8) ○ 다만, 쟁점① 부분과 관련하여 애초에 원고 은행과 주채무자들 내지는 이 사건 보증기관과 사이에 변제충당에 관한 합의의 존재 여부가 문제되지 않을 가능성도 존재한다.

   ○ 왜냐하면, 구 법인세법 시행규칙 제56조 등에 따른 변제충당 순서(이자→원금)를 적용하기 위해서는 ⁠‘변제자가 원금 및 이자의 일부에 해당하는 금원만을 지급하였을 것’이라는 요건을 충족해야 하는데, 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건의 경우 위와 같은 변제충당 규정의 적용 요건을 갖추었다고 보기 어려운 측면이 존재한다. 그 결과 결과적으로는 피고의 예비적 주장과 같이 애초에 이 사건 대위변제금은 보증비율 등에 따른 원금과 이행시점까지 발생한 미수이자를 각 주채무의 원금과 이자에 대응하여 변제된 것으로 처리되어야 할 뿐이다. 다만, 당사자들 모두 쟁점①의 경우 변제충당의 문제가 발생한다는 전제에서 주장을 전개하고 있으므로, 그에 따라 판단하기로 한다.

      ① 원고 은행이 주채무자로부터 교부받는 신용보증서에는 대출예정금액과 보증비율이 기재되어 있고, 위 보증비율 및 대출잔액을 이 사건 신용보증약관에서 정하고 있는 산식에 대입할 경우 이 사건 보증기관이 부담하여야 할 보증채무의 총액을 원금과 이자로 구분하여 특정할 수 있다.

      ② 원고 은행은 위와 같이 특정된 원금과 이자 전액을 이 사건 보증기관에 청구하였고, 이 사건 보증기관도 위 청구액 전부를 원고 은행에게 지급하였을 뿐, 이후 추가적인 주채무에 대한 변제 청구 및 그에 대한 지급 절차는 없는 구조였다.

      ③ 구 법인세법 시행규칙 및 민법에서 변제충당의 순서에 관한 규정을 둔 취지는, 변제자가 원금 및 이자 전부에 미치지 못하는 금원을 지급하였을 경우, 위 금원이 어느 채무에 충당되는 것인지 특정할 수 없어 납세의무자와 과세관청, 변제자와 변제수령자 사이에 이해관계의 충돌 등이 발생할 우려가 있기 때문인데, 이 사건의 경우 이 사건 보증기관이 변제하여야 할 보증채무의 총액이 원금과 이자로 나뉘어 명확하게 특정되고, 이 사건 보증기관이 그 전액을 지급하고 있다. 즉, 이 사건 보증기관이 약정된 원금과 이자의 전부를 지급한 이상 이 사건 보증기관이 보증책임을 부담하는 보증채무는 전부 이행된 것이고, 보증책임의 대상이 아닌 주채무 및 종속채무는 보증인의 보증채무 이행으로 소멸될 수 없다(대법원 2015. 9. 15. 선고 2014두42285 판결 참조).

9) 각종 문화행사 후원, 신문 기사 협찬, 방송 캠페인 및 프로그램 제작 협찬을 통한 기업브랜드 노출 및 기업이미지 광고 형태를 말한다.

10) 스포츠 행사 개최, 후원(골프대회 개최 및 겨울 스포츠 후원 등), 특정 스포츠팀(빙상협회 등)이나 선수 개인 등에 대한 스폰서쉽을 통해 기업 브랜드 노출 및 기업 이미지 광고 형태를 말한다.

11) 이 사건 주주간계약서 내용 중 일부만을 요약하여 기재한다.

    참고로 ⁠‘잔존주주들 추가 보상’ 부분에 대한 이 사건 주주간계약서 번역문 전문은 ⁠[별지5] 기재와 같다.

12) 카자흐스탄 통화 단위인 텡게를 말한다. 참고로 변론종결일 기준으로 카자흐스탄 통화 1텡게는 원화로 2.85원 정도로 환산된다[금융결제원 산하 서울외국환중개 주식회사(www.smbs.biz)에서 고시한 매매기준율 참조].

13) 기록상 다소 불분명하나, 당초 BCC 대주주였던 Baiseitov를 지칭하는 것으로 보인다.

14) 다만, 기업회계기준과 법인세법은 파생상품의 가치 인식 시점 및 가액 산정방식에 차이가 있고, 구체적으로 전자는 파생상품 계약 체결 이후부터 매년도 시점 공정가치를, 후자는 최종 정산되는 시점의 파생상품의 가치를 측정하는 형태이기에 결국 파생상품과 결부된 주식의 취득원가에 대한 인식 시점의 차이가 발생하기는 하나, 이 사건의 경우 피고는 이 사건 주주보상금이 실제 지출된 2010 사업연도에 이 사건 주주보상금을 BCC 주식의 취득가액에 포함시켰기에 이는 법인세법에 따른 적법한 취득가액 인식에 해당한다고 봄이 타당하다.

15) 기록상 당초 원고 은행이 소속 임직원들에게 부여한 위 주식매수선택권이 현금결제형인지 또는 주식결제형인지에 대해서는 확인되지 않는다.

16) ○ 다만, 이 사건 주식매수선택권 부여 주체가 원고 은행에서 원고 지주회사로 변경되는 형태는 아니였다고 보인다.

    ○ 만일 이 사건 주식매수선택권 부여 주체가 원고 은행에서 원고 지주회사로 변경되는 형태였다고 본다면, 이 사건의 경우 아래에서 보는 바와 같이 ⁠‘모회사가 부여한 주식매수선택권의 행사비용을 자회사가 보전하는 경우 이는 손금에 해당한다’는 취지로 새롭게 규정된 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정된 것) 제19조 제19호가 바로 적용되는 형태였기에 이 사건 보상비용이 아래에서 원고들이 주장하는 것처럼 인건비로서의 성격을 가지는지 여부에 대하여 검토할 필요 없이 바로 손금 대상에 해당한다고 볼 수 있기 때문이다. 원고들 역시 이 사건 보상비용이 기본적으로 인건비의 성격을 가지고 있어 손금 산입의 대상이 되어야 한다는 주장을 하고 있다.

17) 참고로 원고 지주회사가 연결재무제표 작성대상 법인에 해당하여 경정청구 역시 원고 지주회사가 하였다.

18) 당초 명칭은 ⁠‘협회등록법인’이었으나 증권거래법(현: 자본시장과 금융투자업에 관한 법률)이 2004. 1. 29. 법률 제7114호로 개정되면서 ⁠‘코스닥상장법인’으로 그 명칭이 변경되었다.

19) 참고로 개정 후 시행령 조항은 공포한 날부터 시행되었다.

출처 : 서울행정법원 2020. 05. 01. 선고 서울행정법원 2017구합59260 판결 | 국세법령정보시스템