요지

직전사업연도 종료일 현재 주권상장법인의 대주주 요건을 갖추고, 개정 시행령 시행일 이전에 직전사업연도 종료일 현재 소유하던 해당 주권상장법인 주식을 모두 처분하고 해당 주권상장법인의 주식을 개정 시행령의 대주주 기준 이하로 재매수한 경우, 개정 시행령 시행일 이후에 양도한 해당 주권상장법인의 주식은 양도소득세 과세 대상임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2018. 11. 28. 원고에 대하여 한 양도소득세 53,446,340원(가산세 16,417,611원 포함)의 부과처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2015. 12. 31. 당시 주권상장법인인 △△주식회사(이하 △△라 한다)의 주식 22,716주, 시가총액 3,339,252,000원(주당 147,000원) 상당을 보유하고 있었다.

나. 원고는 2016. 1. 28.부터 2016. 2. 29.까지 보유하고 있던 △△주식을 모두 매도하였고, 이후 2016. 3. 3.부터 2016. 8. 4.까지 △△주식을 매수 및 매도하였는데, 그 중 2016. 4. 1.부터 2016. 12. 31.까지 사이의 거래로 125,929,117원의 양도차익이 발생하였다(구체적인 내역은 아래 표 참조).

다. 피고는 원고가 2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정된 구 소득세법 시행령 (이하 개정 시행령이라 한다) 제157조 제4항 제2호에서 정하는 대주주에 해당한다는 전제에서 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

제94조 제1항 제3호 가목에 따라 양도소득세 53,446,340원(가산세 16,417,611원 포함)을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

라. 원고는 감사원에 대한 심사청구를 거쳐 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제11호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관련 법령

구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목은 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등과 관련하여 그 소유주식의 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이장에서 "대주주"라 한다)의 양도행위로 인하여 발생하는 소득만을 양도소득세 과세대상으로 정하고 있다. 그 위임을 받은 구 소득세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것, 이하 개정 전 시행령이라 한다) 제157조 제4항 제2호는 ⁠‘주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 50억원 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주’를 대주주로 정하였고, 개정 시행령 제157조 제4항 제2호(이하 개정 시행령 조항이라 한다)는 ⁠‘주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 25억원 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주’로 정하여 대주주의 범위를 확대하면서, 부칙 제1조에서 위 개정 조항을 2016. 4. 1.부터 시행하도록 정하고 있다.

나. 원고의 주장

아래의 사유로 이 사건 처분은 위법하다.

⑴ 원고는 2015. 12. 31. 당시 보유하고 있던 △△주식을 개정 시행령 제157조 제4항 제2호 시행 전인 2016. 2. 29.까지 모두 처분하여 주주로서의 지위를 상실하였으므로 개정 시행령에서 정한 대주주에 해당하지 아니한다. 이와 달리 원고를 개정 시행령에서 정한 대주주에 해당한다고 보는 것은 엄격해석의 원칙과 신뢰보호원칙에 위배되고, 또한 그와 같이 해석한다면 개정 시행령 조항은 그 시행 전에 대주주 및 주주로서의 지위를 상실한 원고를 대주주로 의제하는 소급입법으로서 무효이다.

⑵ 개정 시행령 조항에 의하면 직전 사업연도 종료일 당시 어떠한 주식을 시가총액 25억 원 이상 보유하고 있다가 그 시행 전에 보유 주식을 모두 처분하여 주주로서의 지위를 상실한 자가 대주주에 해당하는지 여부가 명확하지 아니하므로, 위 조항은 과세요건 명확주의에 위배되어 무효이다.

⑶ 원고로서는 이 사건 양도 당시 자신이 개정 시행령 조항이 정하는 대주주에 해당하지 아니한다고 오인하여 양도소득세를 신고·납부하지 아니하였는바, 거기에 정당한 사유가 있으므로 가산세를 부과하여서는 아니된다.

다. 판단

⑴ 첫 번째 주장에 대한 판단

㈎ 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 배과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결 참조). 주권상장법인의 주식 등의 양도에 따른 소득의 발생에도 불구하고 일정한 경우 그 양도소득세 과세대상에서 제외하고 있는 개정 시행령 조항은 그 입법 취지와 내용에 비추어 양도소득세의 비과세 혹은 감면 요건을 규정한 특혜규정이라 할 것이어서 그 범위의 해당 여부에 관한 판정은 조세공평의 원칙에 입각하여 엄격히 이루어져야 한다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2010도1191 판결 참조).

살피건대, 1999. 12. 31. 대통령령 제16664호로 개정되기 전의 구 소득세법 시행령 제157조 제6항은 양도소득세 부과대상이 되는 대주주의 해당 여부를 주식을 양도하는

날 현재의 주식보유비율을 기준으로 개별적으로 판단하는 입장을 취하였으나, 1999.

12. 31. 개정으로 ⁠‘직전 사업연도 종료일’이라는 특정 시점을 기준으로 대주주 해당 여

부를 판단하는 방식으로 개정되었다. 이는 주권상장법인의 주식 거래가 빈번히 그리고

대규모로 이루어지는 특성 등을 고려하여 예외적인 과세대상이 되는 대주주 요건의 판

단기준 시점을 직전사업연도 종료일로 설정하고, 위 시점에 대주주요건에 해당하는 경

우 그 후 주식보유 여부 및 그 가액 또는 비율이 변동하더라도 해당 과세연도에는 대

주주 자격이 지속되도록 하여 그 ⁠‘대주주’가 양도한 주식에 대해서는 과세하고자 하는취지로 보이고, 그 주주가 ⁠‘대주주’로서 보유했던 해당 주식의 양도에 대하여 과세하고

자 하는 취지가 아니라고 해석된다.

개정 시행령 조항을 직전 사업연도종료일 현재 어떠한 주권상장법인의 주식을 시가총액 25억 원 이상 보유하다가 그 시행 전에 이를 모두 처분한 경우에 해당 주주를 대주주에서 제외하는 것으로 제한하여 해석할 만한 합리적인 근거를 찾기 어렵고, 그와 같은 해석은 앞서 본 개정 시행령의 입법취지에 부합하지 아니하며 과세형평의 측면에서도 타당성을 인정하기 어렵다. 이 사건 처분이 엄격해석의 원칙에 어긋난다는 취지의 원고 주장은 이유 없다.

원고가 제시하는 대법원 2013. 9. 12. 선고 2011다57869 판결은, 상법 제403조 제1항, 제3항에서 규정하는 주주 대표소송을 제기한 주주가 소 제기 후 보유주식의 수가상법 또는 증권거래법이 정하는 요건에 미달하게 되어도 무방하나, 대표소송을 제기한주주 중 일부가 주식을 처분하는 등의 사유로 주식을 전혀 보유하지 아니하게 되어 주주의 지위를 상실하면 그 주주는 원고적격을 상실한다는 내용인바, 이는 1998. 12. 28. 법률 제5591호로 개정된 상법에서 신설된 제403조 제5항 ⁠“제3항과 제4항의 소를 제기한 주주의 보유주식이 제소후 발행주식 총수의 100분의 1 미만으로 감소한 경우(발행주식을 보유하지 아니하게 된 경우를 제외한다)에도 제소의 효력에는 영향이 없다.”는 조항을 적용한 당연한 결과로서, 이 사건과는 사안과 적용되는 법률 내용을 달리한다.

㈏ 행정처분은 그 근거 법령이 개정된 경우에도 경과규정에서 달리 정함이 없는 한 처분 당시 시행되는 개정 법령과 그에 정한 기준에 의하는 것이 원칙이다. 그 개정법령이 기존의 사실 또는 법률관계를 적용대상으로 하면서 국민의 재산권과 관련하여 종전보다 불리한 법률효과를 규정하고 있는 경우에도, 그러한 사실 또는 법률관계가 개정 법령이 시행되기 이전에 이미 완성 또는 종결된 것이 아니라면 이를 헌법상 금지되는 소급입법에 의한 재산권 침해라고 할 수는 없으며, 다만 그러한 개정 법령의 적용과 관련하여서는 개정 전 법령의 존속에 대한 국민의 신뢰가 개정 법령의 적용에 관한 공익상의 요구보다 더 보호가치가 있다고 인정되는 경우에 그러한 국민의 신뢰를 보호하기 위하여 그 적용이 제한될 수 있는 여지가 있을 따름이다. 그리고 이러한 신뢰보호의 원칙 위배 여부를 판단하기 위해서는 한편으로는 침해받은 이익의 보호가치, 침해의 중한 정도, 신뢰가 손상된 정도, 신뢰침해의 방법 등과 다른 한편으로는 개정법령을 통해 실현하고자 하는 공익적 목적을 종합적으로 비교·형량하여야 한다(대법원2012. 10. 25. 선고 2010두17281 판결 등 참조).

양도 자산이 과세요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 하고, 구 소득세법 제94조 제1항 제3호의 위임에 따른 개정 시행령 조항은 그 시행 이전에 이미 양도되어 과세요건이 완성된 주식양도에 대하여 소급하여 양도소득세를 부과하는 것이 아니라 위 개정규정의 시행 이후에 양도된 주식에 대하여 양도소득세를 부과하는

것으로서 이른바 부진정 소급효의 입법이라 할 것이므로 개정 시행령 조항은 헌법 제

13조 제2항이나 국세기본법 제18조 제2항의 소급입법에 의한 재산권박탈 금지원칙에

위반된다고 볼 수 없다. 그리고 관련 법령의 개정경과 등 아래와 같은 사정들에 비추

어 보면, 개정 시행령 조항이 그 시행 이전 시점을 기준으로 대주주요건을 판단하도록

규정하였다고 하더라도 신뢰보호원칙에 위배되어 무효라고 볼 수 없다. 이 사건 처분 이 소급과세 금지원칙과 신뢰보호원칙에 위반되어 위법하다는 원고 주장은 이유 없다.

① 부동산 등 다른 자산과의 과세형평 측면에서 주권상장법인 주식의 양도로 인한 소득 역시 과세대상이 되어야 함이 원칙이다. 그러나 자본시장의 충격을 완화하고 소액투자자의 이익을 보호하고자 1998. 12. 28. 법률 제5580호로 개정된 소득세법 제94조 제3호는 일정 규모 이상의 주식을 소유한 대주주의 상장주식의 양도만을 과세대상으로 삼은 이래 소득세법 및 그 시행령의 개정으로 과세대상이 되는 대주주의 범위를 확장하여 왔다. 상장주식의 양도소득에 관한 소득세법령의 입법목적 및 개정경과에 비추어 볼 때, 대주주 요건인 보유주식의 시가총액과 보유비율은 장래의 변화를 전제로 한 것으로서 그 기준이 장래에도 변함없이 유지되리라는 기대 내지 신뢰가 크다고 볼 수 없다.

② 1999. 12. 31. 대통령령 제16664호로 개정된 소득세법 시행령 제157조 제4항에서 직전 사업연도 종료일 기준으로 대주주 해당 여부를 판단하도록 한 이래 개정시행령에 이르기까지 그와 같은 입장은 유지되고 있다. 원고로서는 대주주의 범위가 확대되리라는 점을 충분히 예상할 수 있었고, 그 판정이 당해 과세연도의 직전 사업연도의 종료일을 기준으로 이루어진다는 점 역시 명백하였다.

③ 개정 시행령 규정이 달성하고자 하는 과세의 형평 내지 조세평등주의의 실현이라는 공익은 원고가 개정 전 세법질서에 대하여 가지고 있던 신뢰에 비하여 크다고 봄이 상당하다.

㈐ 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

⑵ 두 번째 주장에 대한 판단

㈎ 헌법 제38조, 제59조가 채택하고 있는 조세법률주의의 원칙은 과세요건과 징수절차 등 조세권 행사의 요건과 절차를 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 한다는 것이나, 과세요건과 징수절차에 관한 사항을 명령·규칙 등 하위법령에 위임하여 규정하게 할 수 없는 것은 아니고, 이러한 사항을 하위법령에 위임하여 규정하게 하는 경우 구체적·개별적 위임만이 허용되며, 이러한 법률 또는 그 위임에 따른 명령·규칙의 규정은 일의적이고 명확하여야 한다는 것이다. 따라서 과세요건 명확주의에 반하는지 여부는, 납세자의 입장에서 어떠한 행위가 과세요건인 당해 문구에 해당하여 과세의 대상이 되는 것으로 예견할 수 있을 것인가, 당해 문구의 불확정성이 행정관청의 입장에서 자의적이고 차별적으로 법률을 적용할 가능성을 부여하는가, 입법 기술적으로 보다 확정적인 문구를 선택할 것을 기대할 수 있을 것인가 하는 등의 기준에 따라 종합적인 판단을 요한다. 그런데 과세요건의 다양한 요소를 조세법령에 일의적으로 구분하여 규정하는 것은 입법기술상으로 매우 어려운 일이므로, 일반적·추상적·개괄적인 규정이라 할지라도 법관의 법보충 작용으로서의 해석을 통하여 그 의미가 구체화·명확화될 수 있다면 그 규정이 명확성을 결여하여 과세요건 명확주의에 반하는 것으로 볼 수 없다(대법원 2014. 11. 27. 선고 2013두16876 판결).

㈏ 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목, 개정 시행령 조항에 의하면 해당 과세연도의 직전사업연도 종료일 현재 보유주식의 시가총액 또는 보유비율이 일정 기준을 넘는 경우 대주주로 인정되고, 그 대주주가 ⁠(개정 시행령 조항 시행 이후) 해당 과세연도에 양도하는 주식을 과세대상으로 삼고 있으며, 직전사업연도 종료일 이후 개정시행령 규정의 시행 전에 보유하던 주식을 모두 처분하였다가 개정 시행령 규정에서 정하는 대주주 요건에 미달하는 주식을 취득 및 양도하는 경우를 예외로 규정하고 있지 아니한바, 납세의무자로서는 어떠한 조건에서 대주주로서 과세대상이 될 것인지를 해당 법령 규정에 의하여 예견할 수 있고 거기에 과세관청이 자의적이고 차별적으로 법률을 적용할 가능성이 있다고 볼 수 없다.

㈐ 이 사건 처분이 과세요건 명확주의에 반한 법령에 근거하여 위법하다는 원고

주장은 이유 없다.

⑶ 세 번째 주장에 대한 판단

㈎ 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세의무자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 1999. 9. 17. 선고 98두16705 판결, 대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두5944 판결 참

조).

㈏ 이 사건에서 원고가 이 사건 주식양도에 대하여 양도소득세를 신고·납부하지 아니한 것은 대주주요건을 정하는 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목, 개정 시행령 조항의 적용범위에 대한 오해에서 비롯되었을 뿐, 위 소득세법령의 해석상의 어떠한 의의(疑義)로 인하여 견해의 대립이 있는 등으로 납세의무자가 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있다고 볼 수는 없다.

㈐ 이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.

출처 : 서울행정법원 2020. 08. 25. 선고 서울행정법원 2019구단71236 판결 | 국세법령정보시스템