요지

분할법인의 직전 4년간 연평균 연구개발비는 당해연도 연구개발비와 대응되도록 분할일을 기준으로 월할 계산하여 산정함이 타당하다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2017. 12. 14. 원고에게 한 사업연도 2012년(2012. 4. 1.부터 2013. 3. 31.까지) 법인세 913,883,851원의 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결 인용 이 법원이 이 사건에 적을 이유는 아래와 같이 고치거나 추가하는 부분 외에는 제1심판결 해당 부분과 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 제1심판결 해당 부분을 이 판결의 이유로 인용한다.

2. 고치거나 추가하는 부분

○ 14쪽을 아래와 같이 고침

『원고의 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간(사업연도 2008년부터 2011년까지) 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액은 다음과 같이 2,932,537,535원으로 산정된다[여기서 유의할 점은 원고가 해당 과세연도에 지출한 일반연구·인력개발비는분할 전 분할법인으로서 지출한 것과 분할 후 분할법인(분할존속법인)으로서 지출한것으로 구성되어 있으므로, 각각 그에 대응시켜서 직전 4년간 연구개발비 연평균 발생액을 산정하여야 한다는 점이다. 상세한 이유는 뒤에서 다시 언급하기로 한다].

(3) 해당 과세연도인 2012년에 원고가 지출한 일반연구·인력개발비가 3,704,360,100

원(이 돈은 해당 과세연도 개시일인 2012. 4. 1.부터 회사분할 전일인 2012. 10. 1.까지 분할신설법인에게 승계된 화장품ㆍ의약품 사업 부문에서 지출되었을 것이다)임은 다툼이 없다(피고의 2019. 10. 21.자 답변서 21쪽 참조).

(4) 따라서 원고의 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비인 3,704,360,100원에서 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간(사업연도 2008년부터 2011년까지)발생한 원고의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액인 2,932,537,535원을 초과한 액수는 771,822,565원(3,704,360,100원 － 2,932,537,535원)이 되고, 그 40%인 308,729,026원(771,822,565원 × 40/100)이 원고 회사의 2012년도 일반연구·인력개발비에 관한 증가분 방식에 따른 정당한 세액공제액이다.

일반연구·인력개발비가 발생한 과세연도의 수 4년 × 분할 전 분할법인의 해당 과세연도(사업연도 2012년)의 개월 수 6개월(사업연도 개시일인 2012. 4. 1.부터 회사분할 전일인 2012. 10. 1.까지) / 12개월. 원 미만은 버리고 아래에서도 같다] +분할 후 분할법인(분할존속법인)의 직전 4년간 연구개발비 연평균 발생액 중 분할후 6개월분에 대응하는 부분을 월할 계산한 21,126,639원[분할 후 분할법인의 직전 4년간 연구개발비 합계액 169,013,116원(분할법인의 직전 4년간 연구개발비합계액 23,291,287,170원 – 분할 후 신설법인의 직전 4년간 연구개발비 합계액 23,122,274,054원1)) / 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생한 과세연도의 수 4년 × 분할 후 분할법인의 해당 과세연도(사업연도 2012년)의 개월 수 6개월(회사분할 다음날부터 사업연도 말까지) / 12개월]= 2,932,537,535원

(5) ⁠(가) 이와 같이 원고의 2012년도 일반연구·인력개발비에 관한 증가분 방식에 따른 정당한 세액공제액은 그에 관한 원칙규정인 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것을 말하고 아래에서도 같다) 제10조 제1항 제3호 가목, 제2항2) 및 그 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것을 말하고 아래에서도 같다) 제9조 제4항에 따라 산정할 수 있다[다만 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항이 정한 계산식은 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비와 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비(이하 ⁠‘소급 일반연구·인력개발비’라 한다)를 서로 대응시켜 비교하는 취지를 포함하고 있으므로, 원고의 소급 일반연구·인력개발비와 해당 과세연도 일반연구·인력개발비를 대응시켜 비교하기 위하여분할일을 기준으로 앞에서 계산한 방식으로 월할 계산하여 산정하여야 한다].

(나) 조세특례제한법 시행령 제9조 제5항은 본문 및 단서 모두가, 조세특례제한법 제10조 제2항 및 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항에서 정하는 소급 일반연구·인력개발비의 합계액을 산정할 때, 분할신설법인 등이 분할 등 이전에는 존재하지 않아서 분

할신설법인 등의 소급 일반연구·인력개발비의 합계액을 산정하는 것이 불가능한 점을고려하여, 분할법인 등에서 발생한 일반연구·인력개발비 중 분할신설법인 등에 대응하는 부분을 분배·할당하여 분할신설법인 등의 소급 일반연구·인력개발비로 간주(의제)하는 취지의 규정으로 이해되고, 원고가 주장하는 바와 같이 분할 전후를 묻지 않고 분할법인인 원고에게 적용되는 규정으로 보기 어렵다. 이와 같은 해석이 규정의 문언에도 더 충실하고 자연스러우므로, 원고가 항소이유로 주장하는 엄격해석의 원칙에도 부합한다고 판단된다. 분할법인은 분할 전까지 동일성을 유지하면서 존속하고 있으므로, 분할 전 분할법인의 소급 일반연구·인력개발비나 분할 전까지의 해당 과세연도 일반연구·인력개발비는분할 전까지 동일성을 유지하면서 존속하는 분할법인을 기준으로 산정함이 당연한 점에서도 그와 같이 해석하는 것이 타당하다.

(다) 법인의 분할이 해당 과세연도의 중간에 이루어진 경우, 분할법인이 분할 전에 지출한 해당 과세연도의 일반연구·인력개발비는 분할신설법인에 분배·할당되어 귀속되지않는다(원고도 같은 취지를 전제로 하고 있다). 이와 같이 분할법인이 분할 전에 지출한해당 과세연도의 일반연구·인력개발비를 분할법인과 분할신설법인으로 나누어 분배·할당할 수 없고 모두 분할법인에 귀속되는 점에 비추어 보더라도, 분할 전 분할법인의 소급일반연구·인력개발비의 연평균 발생액은 분할법인에서 발생한 일반연구·인력개발비 전액을 기준으로 함이 타당하다. 앞에서 본 바와 같이, 일반연구·인력개발비에 관한 증가분방식에 따른 세액공제액은 ⁠‘해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비’가 ⁠‘해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액(소급일반연구·인력개발비)’을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액을 기준으로 정해지는데, 그 계산식 중 분할법인의 ⁠‘해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비’를 산정할 때 분할법인이 분할 전까지 해당 과세연도에 지출한 일반연구·인력개발비 전액을 기준으로 하고, 그 금액 중 일부라도 분할신설법인에 분배·할당하지 않는 이상, 같은 계산식 중 분할법인의 ⁠‘해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액(소급 일반연구·인력개발비)’을 산정할때도 분할법인이 지출한 일반연구·인력개발비 전액을 기준으로 하고 분할신설법인에 분배·할당하지 않는 것이 타당하기 때문이다. 이와 같은 방식으로 산정하면, 가령 분할이 해당 과세연도(사업연도) 말에 근접하여 이루어져서 사실상 해당 과세연도에 분할이 없는 것과 다름없는 경우에, 분할이 있는 경우와 분할이 없는 경우 사이의 세액공제액 사이에 별다른 차이가 없어서 균형이 맞는다. 이와 달리, 원고가 주장하는 방식으로 일반연구·인력개발비의 세액공제액을 산정하면, 위와 같은 경우에 분할이 있었다는 사정만으로 분할법인의 세액공제액이 크게 증가하는 왜곡되고 부당한 결과가 초래될 수 있다[만일 원고가 주장하는 방식에 따라 원고(분할법인)의 소급 일반연구·인력개발비 합계액을산정하고자 한다면, 해당 과세연도의 분할 전에 지출한 원고의 일반연구·인력개발비도 총 지출액에 조세특례제한법 시행령 제9조 제5항 단서가 정하는 비율을 곱한 금액을 분할신설법인에 배분·할당하고, 총 지출액에서 그 금액을 뺀 금액만을 원고에게 배분·할당하여야 균형이 맞을 것이다(이와 같이 보는 경우에도 원고가 해당 과세연도에 지출한 일반연구·인력개발비는 소급 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 밑돌게 되어 증가분방식에 따른 세액공제액은 없다고 보인다). 나아가 2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제9조 제6항 단서가 정하는 바와 같이, 분할신설법인 등이 분할법인 등이 운영하던 사업의 일부를 승계하고 분할법인 등의 해당 승계사업에서 발생한 일반연구·인력개발비를 구분하기 어려운 경우에 한정하여 그 단서가 정하는 방식에 따라 소급 일반연구·인력개발비를 산정하여야 한다고 보면, 이 사건 처분의 사유로 제시된 바와 같이 분할 전이든 후이든 분할신설법인에 승계된 사업에서만 일반연구·인력개발비가 발생·지출되었으므로, 원고의 증가분 방식에 따른 세액공제액이 없음은 마찬가지이고, 당기분 방식에 따른 세액공제만 허용될 것이다].』

○ 16쪽 14행 말미에 아래 내용을 추가함

『또한, 원고가 항소이유서에서 들고 있는 대전고등법원 2016. 9. 1. 선고 2016누11146 판결은 사업 전부를 승계한 합병법인에 대하여 조세특례제한법 시행령 제9조

제4항이 정하는 소급 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 구하는 계산식[해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액 / 해당 과세연도

개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다) × 해당 과세연도의 개월 수 / 12]을 적용할 때, 피합병법인의 해당과세연도의 개월 수를 법인세법 제8조 제2항에 따라 합병등기일까지의 개월 수로, 합병법인의 개월 수를 일반원칙에 따라 사업연도 말까지의 개월 수로 산정한 사안이므로, 사업 일부만이 승계되고 분할 후에도 존속하는 분할법인에 관한 사안인 이 사건에서 원고의 주장을 뒷받침하는 선례로 삼기 어렵다. 그리고 원고는 앞서 든 계산식에서 원고의‘해당 과세연도의 개월 수’를 단순히 ⁠‘12’로 산정하여 원고의 연평균 발생액을 계산하고 있는데, 그와 같이 계산하면 더욱더 세액공제액이 없게 될 뿐만 아니라, 근본적으로 앞서 든 계산식을 이 사건에 적용한 정당한 계산방식은, 앞에서 본 바와 같이, 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항이 정한 계산식이 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비와 소급 일반연구·인력개발비를 서로 대응시켜 비교하는 취지를 포함하고 있는 점을 고려하여, 분할일을 기준으로 앞에서 계산한 방식으로 분할 전 분할법인과 분할 후 분할법인(분할존속법인)으로 나누어 산정하고 합산하는 것이다.』

3. 결론

원고의 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당

하므로, 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다..

출처 : 대전고등법원 2020. 11. 20. 선고 대전고등법원 2020누10348 판결 | 국세법령정보시스템