요지

(제1심판결의 이유 인용) 증가분방식에 따른 연구개발세액공제 산정 시, 분할법인의 직전 4년간 발생한 연평균 발생액은 분할하기 전 분할법인의 직전 4년간 발생한 총연평균 발생액에서 분할신설법인의 직전 4년간 연평균 발생액(월할계산)을 차감함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2017. 5. 30. 원고에 대하여 한 주식회사 **제넥스의 2012 사업연도 법인세 46,345,050원의 환급을 구하는 경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

  원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제1심에 제출된 증거들에다가 이 법원에 추가로 제출된 증거(갑 제3호증)를 보태어 보면 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다.

   이에 이 법원의 판결 이유는, 제1심판결문 해당 부분을 아래 제2항과 같이 고치거나 추가하는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2. 고치거나 추가하는 부분

○ 제1심판결 제3쪽 제1행의 ⁠‘2017. 5. 23.’을 ⁠‘2017. 5. 30.’로 고친다1).

○ 제1심판결 제7쪽 제7행부터 제18행까지를 다음과 같이 고친다.

『3) 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제5항은 제4항의 계산식 중 직전 4년간 발생한 연구개발비의 합계액을 계산할 때 분할신설법인의 경우 분할을 하기 전 분할법인으로부터 발생한 연구개발비를 분할신설법인에서 발생한 것으로 보되, 분할법인이 운영하던 사업의 일부만을 승계한 경우에는 분할법인에서 분할을 하기 전에 발생한 연구개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총 매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액은 분할법인에서 발생한 연구개발비로 본다고 규정하고 있다. 이는 분할신설법인의 경우 분할 전까지는 실체가 존재하지 아니하기 때문에 소급하여 4년간 발생한 연구개발비가 존재할 수 없으므로, 분할 전 분할법인으로부터 발생한 연구개발비를 분할신설법인으로부터 발생한 것으로 의제하되, 분할신설법인이 승계한 사업의 매출액 또는 자산가액의 규모에 비례하는 분할법인의 연구개발비만 공제하도록 하여 승계한 사업 규모에 대

응하는 연구개발비를 공제하도록 하는 것이다. 이처럼 위 조항에서 분할신설법인의 직

전 4년간 연구개발비의 계산 방식만을 정하고 있고, 분할법인의 직전 4년간 연구개발비의 계산 방식을 명시적으로 규정하고 있지는 아니하지만, 분할법인인 원고의 직전 4

년간 연구개발비 산정 역시 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는

비용만을 세액공제의 대상으로 삼고자 하는 조세특례제한법상 연구개발비 세액공제 제

도의 취지에 부합하는 방식으로 이루어져야 한다.』

○ 제1심판결 제8쪽 제11행부터 제9쪽 제1행까지를 다음과 같이 고친다.

『5) 원고의 주장은 ① 분할 전 분할법인(의약+식품)의 직전 4년간 연구개발비 합계액에서 분할신설법인(의약)의 직전 4년간 연구개발비 합계액을 공제하는 방식으로 분할법인의 직전 4년간 연구개발비 합계액을 계산한 후 ② 이에 터잡아 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항에 따라 분할법인의 직전 4년간 연평균 연구개발비를 산정해야 한다는 것이다. 그러나 이에 의하면 결국 분할 후 분할법인(식품)의 직전 4년간 연평균 연구개발비만이 산정되는 결과가 될 수 있어 불합리하다. 즉, 원고의 주장에 따라 계산하면, 원고의 당해연도 연구개발비 산정에는 2012. 1. 1.부터 2012. 3. 31.까지 분할 전 원고와 분할신설법인에서 발생한 연구개발비(식품+의약)가 포함되나, 원고의 직전 4년간 연평균 연구개발비 산정에는 분할신설법인에서 발생한 연구개발비(의약 부문)가 포함되지 않아, 결과적으로 원고가 2012. 1. 1.부터 2012. 3. 31.까지 분할신설법인에서 발생한 연구개발비 전액을 세액공제 받게 된다. 이와 같은 계산방식은 해당 과세연도의 연구개발비에 직접적으로 대응하는 비용을 산정하는 적절한 방식이라고 볼 수 없다.』

○ 제1심판결 제9쪽의 그림 다음에 아래의 내용을 추가한다.

『7) 원고의 주장처럼 연평균 연구개발비를 산정하는 경우에는 원고의 해당 과세연도 중 2012. 1. 1.부터 2012. 3. 31.까지의 연구개발비에는 분할신설법인의 연구개발비가 포함되어 있는데, 연평균 연구개발비 산정 시에는 분할신설법인의 연평균 발생액이 제외되는 결과가 되어 분할을 하는 경우 항상 분할을 하지 아니하는 경우에 비하여 연구개발비 세액공제 금액이 많아지는 문제가 발생한다. 이러한 결과는 해당 과세연도의 연구․인력개발비에 직접적으로 대응하는 비용만 세액공제 대상으로 삼도록 한 연구․

인력개발비 세액공제 제도의 취지에 부합하지 아니한다.

 8) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 축소·확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조). 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제5항은 ⁠‘제4항

의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비

의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 "합병법인등"이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자(이하 이 항에서 "합병등"이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 "피합병법인등"이라 한다)로부터 발생한 일반 연구·인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 일반 연구·인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한

금액을 피합병법인등에서 발생한 일반연구·인력개발비로 본다.’고 규정하여 분할의 경우 분할신설법인의 해당 과세연도 개시일로부터 소급하여 4년간 발생한 연구․인력개발비 합계액의 계산에 대해서만 정하고 있을 뿐 분할법인에 대하여는 따로 정하고 있

지 아니하다. 원고 주장의 전제는 분할법인에 대해서도 분할신설법인의 경우와 마찬가

지로 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제5항을 적용하여 분할법인의 해당 과세연도 개

시일로부터 소급하여 4년간 발생한 연구․인력개발비의 합계액을 계산하여야 한다는 것이나, 이는 앞서 본 법리와 문제점에 비추어 받아들이기 어렵다.』

3. 결론

  그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각할 것이다. 제1심판결은 이와 결론 을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이

판결한다.

출처 : 서울고등법원 2020. 09. 18. 선고 서울고등법원 2019누64640 판결 | 국세법령정보시스템