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양도소득세 부과 처분 시 고충민원 신청만으로 전심절차 거쳤다고 볼 수 있나요?

서울고등법원 2020누42516
판결 요약
고충민원 신청만으로는 행정소송의 전심절차(심사·심판청구)를 거쳤다고 볼 수 없습니다. 또한 토지 관련 설계비·지반공사비 명목도 증거 부족 및 자본적 지출 불인정 시 양도소득세 필요경비에서 제외될 수 있음을 판시한 사례입니다.
#양도소득세 #전심절차 #고충민원 #심사청구 #심판청구
질의 응답
1. 고충민원 신청만으로 양도소득세나 조세행정소송의 전심절차를 거쳤다고 볼 수 있나요?
답변
고충민원 신청은 국세 심사·심판청구와 같은 전심절차에 해당하지 않으므로, 취소소송의 전치 요건을 충족할 수 없습니다.
근거
서울고등법원-2020-누-42516은 국세기본법상 심사·심판청구가 아닌 고충민원 제기만으로는 취소소송의 전심절차로 볼 수 없다고 판시하였습니다.
2. 토지 설계비나 지반보강공사 비용이 양도소득세의 필요경비에 포함되려면 어떤 요건이 요구되나요?
답변
실제 토지 가치의 증가를 직접 입증하고, 비용 발생 및 직접 부담이 구체적으로 확인되어야 양도소득세 필요경비로 인정받을 수 있습니다.
근거
서울고등법원-2020-누-42516은 토지 자본적 지출은 가치 증가에 직접 소요된 비용이어야 하며, 지출내역·부담사실 등 실질적 입증이 부족하면 필요경비에서 제외된다고 판단하였습니다.
3. 기간이 지난 후에 심판청구나 고충민원을 제기한 경우, 전심절차 요건을 충족했다고 볼 수 있나요?
답변
심판청구나 고충민원 모두 법정 기간 도과 후 제기된 경우 적법한 전심절차로 인정되지 않습니다.
근거
서울고등법원-2020-누-42516은 심판청구나 고충민원 모두 기간 경과 후 제기시 전심절차 충족 요건에 해당하지 않는다고 판시하였습니다.
4. 과세예고통지 누락만으로 양도소득세 부과처분이 무효가 되나요?
답변
실제 송달 여부 등 실질적 누락 입증이 없을 때에는, 단순히 송달 자료가 미흡하더라도 처분 무효사유로 단정하기 어렵습니다.
근거
서울고등법원-2020-누-42516은 과세예고통지 누락 주장에 대해 송달 여부·시스템 사정에 합리적 설명 및 추가자료 부재 시 무효사유로 인정되지 않는다고 하였습니다.
5. 고충민원 결과통지에 세액 착오나 의견이 적혀 있다면 새로운 처분으로 볼 수 있나요?
답변
고충민원 회신이 사실상 통지에 불과하고 권리·의무에 실질적 영향을 미치지 않는다면 새로운 처분으로 인정되지 않습니다.
근거
서울고등법원-2020-누-42516은 고충민원 회신은 단순 통지로 처분성 부정, 별도 소를 제기하지 않는 한 소송물에 해당하지 않음을 분명히 하였습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다.

판결 전문

요지

원고는 적법하게 전심절차를 거친 것으로 볼 수 없고, 원고가 주장하는 비용 또한 토지의 자본적 지출에 해당하지 아니하여 필요경비로 볼 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건

2020누42516(양도소득세경정거부처분취소)

원 고

이○○

피 고

□□세무서정

변 론 종 결

2020. 10. 30.

판 결 선 고

2020. 12. 18.

주 문

1. 원고의 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지 및 항 소 취 지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2012. 8. 1. 원고에 대하여 한 2009년 귀속 양도소득세 25,383,240원의 부과처분이 무효임을 확인한다.

이 유

1. 제1심 판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 판결의 이유는, 아래와 같이 제1심판결을 일부고쳐 쓰거나 삭제하고, 원고가 당심에서 강조하는 주장에 대한 판단을 추가하는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 제4쪽 7행의 ⁠“제1항”을 ⁠“제3항”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제5쪽 4-14행의 ⁠“(라)”항 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

“토지에 대한 자본적 지출이라 함은 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말한다(대법원 2008. 4. 11. 선고 2006두5502 판결 참조). 또한 양도소득세과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로는 과세관청에 있다. 그러나 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증토록 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결, 대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 등 참조).

먼저, 원고가 건축설계비 명목으로 지급하였다고 주장하는 17,000,000원에 관하여 살펴본다. 갑 제1, 27호증, 을 제1호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알수 있는 다음과 같은 사실 및 사정, 즉 ① 이 사건 토지는 2012. 9. 7.경에야 비로소 지목이 ⁠‘답’에서 ⁠‘대지’로 변경되었고, 이 사건 양도 당시에는 이 사건 토지 위에 건물이 건축되어 있지 않았던 것으로 보이는 점, ② 원고․OO홈과 YYY앤씨 종합건축사사무소(이하 ⁠‘YYY앤씨’라 한다) 사이에 2008. 6. 18. 작성된 건축물의 설계․감리 계약서에는, ⁠‘설계․감리계약 건명’으로 ⁠‘강원도 양구군 다세대 주택 신축공사(2동)’, 계약금액으로 ⁠‘50,000,000원’이라고 기재되어 있는바, OO홈은 위 계약에 따라 2009. 2. 4.부터 2009. 10. 23.까지 이△△을 통하여 YYY앤씨에 합계 17,000,000원을 지급한 점, ③ 한편 원고가 고충민원 제기 시 제출한 원고와 OO홈 사이의 금융거래내역에 의하면 원고가 OO홈에 2009. 8. 5.부터 2010. 3. 5.까지 수차례에 걸쳐 다양한 금액을 입금하였고 그 합계액이 50,300,000원인 것은 알 수 있으나, 위 돈의 지급 시기와 금액이 위 설계비용 중 원고의 분담분에 해당하는 8,500,000원(17,000,000원 ÷ 2)과 정확히 일치하지 아니하므로 위 돈이 설계비용 명목으로 지급된 것이라고 단정하기는 어려운 점, ④ 이 사건 처분을 통하여 원고에게 부과되는 양도소득세는 이 사건 토지의 양도에 관한 것이고, 이 사건 토지 매도 당시 건축 예정이었던 건축물도 토지와 함께 양도한 것이라고 볼 만한 자료도 없는 점 등에 비추어 보면, 건축설계비 17,000,000원은 건물의 설계를 위한 비용 명목으로 지급된 것에 불과하여 이 사건 토지 이용의 편의를 증진시키기 위한 것으로 볼 수 없어서 이 사건 토지에 관한 양도소득을 산정함에 있어 이를 필요경비로 공제할 수는 없다. 한편 원고가 위 비용 중 원고의 분담분을 직접 부담하였다는 자료가 없다는 점에 비추어 보더라도 원고의 분담분에 해당하는 8,500,000원이 필요경비로 공제되어야 한다고 보기는 어렵다[다만, YYY앤씨의 2014. 10. 15.자 사실확인서(갑 제27호증)에는 OO홈이 YYY앤씨에 지급한 위 금액의 명목이 ⁠‘용도변경인허가’, ⁠‘토목설계’로 기재되어 있는 사실이 인정되고, 이러한 비용 항목은 토지 관련 자본적 지출액으로 볼 여지가 있다. 그러나 앞서 본 바와 같이 OO홈과 YYY앤씨 사이의 계약서에는 ⁠‘건축물의 설계․감리 계약서’라고만 기재되어 있을 뿐, 용도변경이나 토목설계에 관한 내용도 위 계약의 목적에 포함되어 있는지가 명확하게 확인되지 않는다. 따라서 위 17,000,000원이 용도변경이나 토목설계 명목으로 지급된 것이라고 단정하기 어렵고, 또한 원고가 위 비용 중 원고의 분담분 만큼을 스스로 부담하였다고 인정하기도 어려우므로 원고의 분담분에 해당하는 부분을 필요경비로 공제할 수는 없다].

다음으로, 원고가 지반보강공사 명목으로 지급하였다고 주장하는 50,000,000원에 관하여 살펴본다. 갑 제1, 12, 13, 26호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정, 즉 ① 주식회사 □□□컨설턴트가 2008. 9.경 작성한 지반조사보고서에는 조사 위치가 ⁠‘양구읍 상리 OOO-OO호 공동주택 신축공사 부지’라고 기재되어 있고 시추조사가 이루어진 위치도 이 사건 인접토지 내인바, 이 사건 토지가 아닌 이 사건 인접토지에 대하여만 지반조사가 이루어진 것으로 보이는 점, ② OO홈과 주식회사 ■■건설 사이에 2008. 6. 10.경 작성된 건설공사 표준도급 계약서에도 공사장소로 이 사건 인접토지의 주소만 기재되어 있을 뿐이어서 이 사건 토지도 지반보강공사의 대상에 포함되어 있었다고 단정하기 어려운 점, ③ 원고가 아닌 OO홈의 계좌에서 주식회사 ■■건설의 대표자인 유OO에게 2009. 6. 29. 50,000,000원이 지급된 점, ④ 원고와 OO홈 사이의 2008. 6. 5.자 ⁠‘용도변경 및 개량변경 공동부담합의서’의 경우 원고가 자신이 대표이사로 있었던 OO홈과 사이에 작성한 것이어서 그 내용을 객관적으로 신빙할 수 있다고 보기 어려운 점, ⑤ 원고가 고충민원 제기 시 제출한 OO홈과 사이의 금융거래내역에 의하면 원고가 OO홈에 2009. 8. 5.부터 2010. 3. 5.까지 수차례에 걸쳐 다양한 금액을 입금하였고 그 합계액이 50,300,000원인 사실은 알 수 있으나, 위 돈의 지급 시기와 금액이 위 지반보강공사 비용 중 원고의 분담분에 해당하는 25,000,000원(50,000,000원 ÷ 2)과 정확히 일치하지 아니하여 위 돈이 이 사건 토지의 지반보강공사 비용 명목으로 지급된 것이라고 단정하기는 어려운 점 등에 비추어 보면, 지반보강공사가 이 사건 인접토지가 아닌 이 사건 토지에도 이루어 진 것이라고 인정하기는 어렵고, 나아가 원고가 위 비용 중 원고의 분담분 만큼 직접 부담하였다고 인정하기도 어려운 이상, 원고가 주장하는 지반공사비용 중 원고의 분담분에 해당하는 25,000,000원도 필요경비로 공제할 수 없다고 보아야 한다.“

○ 제1심 판결문 제6쪽 3행의 ⁠“(마)”항 부분을 ⁠“따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제8쪽 14-18행의 ⁠“PPP은 원고가 공릉동 주소지에 … ⁠(중략) … 이례적으로 보이는 점”을 삭제한다.

○ 제1심판결 제10쪽 7행의 ⁠“제105” 다음에 ⁠“조”를 추가한다.

2. 원고 주장에 대한 판단

가. 주장의 요지

1) 원고가 고충민원의 신청을 통하여 실질적으로 심판청구를 한 것으로 보아야 하는바, 원고는 결국 이 사건 처분에 대하여 취소소송을 제기하기 위한 전심절차와 제소 기간의 요건을 모두 갖추었다. 따라서 이 사건 처분의 무효사유 뿐만 아니라 취소사유에 대하여도 판단이 이루어져야 한다(이하 ⁠‘제1주장’이라 한다).

2) 원고의 고충민원에 대한 회신인 고충처리결과통지(이하 ⁠‘이 사건 결과통지’라 한다)에는 이 사건 처분과 달리 증액된 양도소득세액이 기재되어 있어 이는 원고에 대한 양도소득세의 증액결정처분과 다를 바 없고, 이 사건 결과통지에서는 인용불가의 이유로 ⁠‘건축설계비용과 토목공사비용은 토지의 양도소득 필요경비에 해당하지 않는다’는 새로운 사유를 제시하여 비로소 이 사건 처분의 사유를 원고가 구체적으로 인식할 수 있게 밝히고 있는바, 이 사건 결과통지는 새로운 처분으로 볼 수 있다. 그런데 이 사건 결과통지에서 원고의 고충민원은 인용이 불가하다고 회신한 것은 재량권을 남용하여 위법하다(이하 ⁠‘제2주장’이라 한다).

3) 미완성 건축물은 과세대상이 아님에도 불구하고 피고가 이 사건 처분을 통하여 미완성 건축물의 양도대가에 대하여도 과세하였으므로 이 사건 처분은 무효이다(이하 ⁠‘제3주장’이라 한다).

4) 피고는 과세예고통지 절차를 누락한 채 이 사건 처분을 하였는바, 이는 중대하고 명백한 절차적 하자이므로 무효사유에 해당하거나 그렇지 않더라도 적어도 취소사유에는 해당한다(이하 ⁠‘제4주장’이라 한다).

나. 판단

1) 제1주장에 대한 판단

가) 국세기본법 제56조 제2항 본문에 의하면, 국세기본법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법한 처분에 대한 취소소송은 국세기본법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없고, 제3항 본문에 의하면 그와 같은 행정소송은 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다. 또한 국세기본법 제61조 및 제68조에 의하면, 위법한 처분에 대한 심사청구 또는 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

한편 고충민원의 처리, 조사관리, 권리보호요청의 처리, 납세자권리헌장 준수 등에 필요한 사항을 정함으로써 납세자의 권익을 효과적으로 보호하는 데 이바지함을 목적으로 하여 국세청 훈령으로 제정된 납세자보호사무처리규정(이하 ⁠‘납세자보호규정’이라 한다) 제13조에서는 고충민원은 국세와 관련된 모든 고충으로서, 세무관서장의 처분이 완료된 사항으로 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못하여 납세자의 권리․이익이 침해되었거나 불편 또는 부담을 준 사항에 관한 민원을 그 대상으로 한다고 규정하면서, 제14조 제1항에서는, ⁠‘국세기본법 등에 따른 경정청구, 불복 및 과세전적부심사 청구 기한이 지나지 아니한 사항’이나 ⁠‘국세기본법, 감사원법, 행정소송법 등에 따른 불복절차가 진행 중이거나 결정이 완료되어 확정된 사항(다만, 그 중 본안 심리를 거치지 않은 각하결정 또는 국세기본법에 따른 불복청구 및 과세전적부심사로 결정이 완료되어 확정된 것으로 불복청구 등의 주된 이유와 고충민원의 주된 이유가 확연히 구분되고 정당한 근거, 사유가 있는 사항 등은 고충민원의 대상에 포함한다)’ 등은 고충민원 신청 대상에서 제외한다고 규정하고 있다.

나) 갑 제1호증의 기재에 의하면, 원고는 2013. 11. 21. 이 사건 처분에 관하여 고충민원 신청을 하였고, 피고는 2013. 12. 26. 위 신청에 대하여 인용불가 의견으로 이 사건 결과통지를 한 사실이 인정되고, 앞서 살펴 본 바와 같이 원고는 2012. 8. 6. 이 사건 처분에 관한 통지를 PPP을 통하여 수령하였으며, 이후 이 사건 처분에 대하여 2014. 2. 7. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2014. 6. 27. 기간 도과를 이유로 청구가 각하되었고, 2018. 7. 5. 다시 심판청구를 하였으나 2018. 10. 16. 또다시 청구가 각하된 사실이 인정된다.

그런데 위 국세기본법 관련 규정에 의하면, 원고가 이 사건 처분에 대하여 취소소송을 제기하기 위하여는 국세청장에 심사청구를 하거나 조세심판원에 심판청구를 하는 전심절차를 거쳤어야 하고, 납세자보호규정 관련 조항에 의하면 조세 처분에 관하여 국세기본법에 의하여 불복할 수 있거나 불복절차가 진행 중인 경우에는 고충민원을 신청할 수도 없는 것인바, 납세자보호규정에 의한 고충민원 신청은 국세기본법이나 행정소송법에 따른 불복절차를 거치는 것이 더 이상 불가능하거나 이미 그러한 불복절차가 종료된 경우에만 제기할 수 있다고 봄이 타당하므로, 이를 취소소송의 전심절차인 심사청구나 심판청구에 준하는 것으로 보기는 어렵다. 따라서 고충민원 신청을 거쳤으므로 취소소송의 전심절차를 거친 것이라는 원고의 주장은 받아들이지 않는다(한편 원고가 들고 있는 대법원 1995. 9. 29. 선고 95누5332 판결은, 국민고충처리위원회에 대하여 신청하는 고충민원에 관한 것으로, 원고의 고충민원 신청과 같이 납세자보호규정에 의하여 피고에게 직접 접수된 고충민원 신청 사안에 곧바로 원용되기는 어려워 보인다. 나아가 위 판결에 의하더라도 국민고충처리제도는 행정심판법에 의한 행정심판내지 다른 특별법에 따른 이의신청, 심사청구, 재결의 신청 등의 불복구제절차와는 제도의 취지나 성격을 달리하고 있으므로 국민고충처리위원회에 대한 고충민원의 신청이 행정소송의 전치절차로서 요구되는 행정심판청구에 해당하는 것으로 볼 수는 없고, 다만 위 위원회에 접수된 신청서가 행정기관의 처분에 대하여 시정을 구하는 취지임이 내용상 분명한 것으로서 위 위원회가 이를 당해 처분청 또는 그 재결청에 송부한 경우에 한하여 그 신청서가 위 위원회에 접수된 때에 행정심판청구가 제기된 것으로 볼 수 있다는 것이다. 따라서 고충민원의 신청은 원칙적으로 행정심판청구에 해당하지 않음은 명확하고, 예외적으로 국민고충처리위원회가 접수된 고충민원을 당해 처분청 또는 재결청에 송부한 경우에만 행정심판청구가 제기된 것으로 볼 수 있는데, 이 사건의 경우에는 원고가 국민고충처리위원회에 고충민원을 신청한 것도 아니므로, 위와 같은 예외적인 경우에 해당할 수도 없다).

다) 또한 원고는 이 사건 처분 통지를 받은 날인 2012. 8. 6.로부터 심판청구기간인 90일이 도과한 뒤 조세심판원에 심판청구를 하였는바, 적법하게 전심절차를 거친 것으로 볼 수 없다. 설령 고충민원 신청을 심판청구에 준하는 것으로 본다고 하더라도, 원고는 2012. 8. 6.로부터 이미 90일의 기간을 도과한 후인 2013. 11. 21. 고충민원을 신청하였으므로, 이 경우에도 마찬가지로 적법하게 전심절차를 거친 것이라고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 처분에 관한 취소소송을 제기하기 위한 제소기간을 준수하였다는 원고의 주장도 받아들이지 않는다.

2) 제2주장에 대한 판단

가) 갑 제1호증의 기재에 의하면, 이 사건 결과통지의 ⁠‘처분내용’에는 원고에 대한 양도소득세가 이 사건 처분에 기재된 28,383,240원과 달리 ⁠‘28,383,241원’으로 기재되어 있는 사실은 인정된다. 그러나 이 사건 결과통지도 결국 이 사건 처분이 있었던 것을 전제로 하여 원고의 고충민원 신청이 인용될 수 없음을 밝히고 있을 뿐이고, 이 사건 처분의 양도소득세액 산정이 잘못되어 그 세액이 증액되어야 한다는 내용을 제시하고 있는 것은 아니므로, 이 사건 결과통지에 이 사건 처분과 다른 금액이 기재되어 있는 것은 단순한 오기라고 봄이 상당하고, 이를 이 사건 처분에 대하여 증액결정을 한 새로운 처분이라고 보기는 어렵다.

나) 또한 이 사건 결과통지는 원고의 고충민원에 대한 답변으로 사실상 통지에 해당하고, 이 사건 결과통지로 인하여 원고의 권리․의무에 어떠한 영향이 있다고 보기도 어려우므로, 이 사건 결과통지가 행정청의 공법상 행위인 행정처분에 해당한다고 볼 수도 없다. 나아가 설령 이 사건 결과통지를 처분으로 볼 수 있다고 하더라도 원고가 그에 대한 소를 별도로 제기하지 않고 있는 이상, 이 사건 소에서의 소송물은 이 사건 처분에 관한 것이므로, 이 사건에서 이 사건 결과통지의 적법 여부에 관하여 판단할 수는 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

3) 제3주장에 대한 판단

피고는, 원고가 이 사건 양도에 관하여 양도소득세 확정신고를 하지 않자, 구 소득세법 제114조 제1항, 제5항에 따라 이 사건 토지의 등기부등본에 기재된 거래가액을 실지 취득가액과 실지 양도가액으로 추정하여 양도소득과세표준 및 세액을 결정하고 양도소득세를 부과하는 이 사건 처분을 한 것일 뿐인바, 위와 같이 산정된 양도소득과 세표준에 이 사건 토지의 양도 대가 외에 건물의 양도 대가까지도 포함되어 있다고 볼 만한 자료는 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

4) 제4주장에 대한 판단

가) 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제81조의 15 제1항은 ⁠‘다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에 게 청구할 수 있다’고 규정하면서 제1호에서 ⁠‘제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지’, 제2호에서 ⁠‘그 밖에 대통령령으로 정하는 과세예고 통지’를 들고 있고, 같은 조 제2항에서는 제1항이 적용되지 않는 예외적인 경우에 관하여 제1호에서 ⁠‘국세징수법 제14조에 규정된 납기 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우’, 제2호에서 ⁠‘조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’, 제3호에서 ⁠‘세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’, 제4호에서 ⁠‘그 밖에 대통령령으로 정하는 경우’라고 규정하고 있다. 이에 따라 구 국세기본법 시행령(2013. 6. 11. 대통령령 제24573호로 개정되기 전의 것) 제63조의14 제2항은 ⁠‘법 제81조의15 제1항 제2호에서 " 대통령령으로 정하는 과세예고 통지"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다’고 규정하면서, 제1호에서 ⁠‘세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 하는 과세예고 통지’, 제2호에서 ⁠‘제63조의3에 따른 실지조사에서 확인된 해당 납세자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 하는 과세예고 통지’, 제3호에서 ⁠‘납세고지하려는 세액이 3백만 원 이상인 과세예고 통지’라고 규정하고 있다.

한편 행정처분의 당연무효를 주장하여 그 무효확인을 구하는 행정소송에 있어서 는 원고에게 그 행정처분이 무효인 사유를 주장․입증할 책임이 있다(대법원 2010. 5. 13. 선고 2009두3460 판결 참조).

나) 을 제6, 7, 10호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 처분은 납세고지하는 세액이 3,000,000원 이상인 경우로서 과세예고통지 대상에 해당하는 사실, 피고가 2012. 6. 18.경 과세예고통지를 하였다며 제출한 과세예고통지서(을 제6호증)에 사용된 서식에는 ⁠‘2016. 7. 1. 개정’이라고 기재되어 있는 사실, 위 통지서의 ⁠‘납세자 주소’란에는 ⁠‘서울특별시 강북구 OO로 OO가길 OO호(OO동)’라고 기재되어 있는데, 위 주소는 원고가 2012. 9. 25. 전입한 주소인바 피고가 과세예고통지를 하였다는 2012. 6. 18.경에는 원고의 주소가 ⁠‘서울 노원구 △△로 △△△, △동 △△호(△△동, △△3단지아파트)’이었던 사실, 피고의 전산시스템에서 원고에 대한 ⁠‘과세예고통지서 발송처리 및 현황’을 검색한 결과(을 제7호증)에는 이 사건 처분에 관한 과세예고통지서의 수령인란에 원고의 이름이 기재되어 있으나, ⁠‘최종송달 진행상태’란에는 ⁠‘해당없음’이라고 기재되어 있고 ⁠‘최종 송달일자’란은 빈 칸으로 남아 있는 사실이 인정되기는 한다.

다) 이에 관하여 피고는 2020. 10. 26.자 답변서 및 당심 변론종결일 이후에 제출된 2020. 11. 27.자 및 2020. 12. 7.자 각 참고서면을 통하여 다음과 같이 설명하고 있다. 즉, 이 사건 과세예고통지가 발송될 당시에는 담당자가 전산시스템에 과세예고의내용만 입력하고 그 통지서를 직접 출력하여 등기우편 방법으로 과세예고통지서를 발송한 뒤 그 송달내역 관련 문서를 종이 문서의 형태로 직접 관리하였다. 따라서 보존기간이 경과한 송달 관련 서류 등을 피고가 더 이상 보관하고 있지 않아 이 사건과 같이 송달내역의 확인이 어렵게 되었을 뿐이다. 피고는 과세예고통지서의 송달 여부를 수동문서로 관리해오다가 대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결1)이 선고된 이후 2016. 12. 12. 과세예고통지서의 송달 관련 사항을 체계적으로 관리하는 전산시스템을 도입하게 되었다. 이처럼 과세예고통지서 송달관리 시스템을 개편하는 과정에서 그 이전에 송달되었던 과세예고통지서에 관하여는 납세자의 주소지 등록 작업일인 2016. 6. 18. 기준 주소지를 기재하여 전산에 수록하였는바, 위 작업일 당시 원고는 ⁠‘서울특별시 강북구 OO로 OO가길 OO호(OO동)’에 주소지를 전입해두고 있었기 때문에 위 주소로 조회된 것이다. 한편 개편된 전산시스템에서 조회되는 과세예고통지서 서식은 2018. 4.경을 기준으로 그 이전에 발송한 과세예고통지서의 경우에는 2016. 7. 1.자 서식으로 조회되고, 그 이후에 발송한 통지서의 경우에는 조회일 기준으로 가장 최근에 개정된 서식으로 인쇄되는 방식에 따르고 있어서, 원고에게 발송한 과세예고통지서와 같이 2018. 4. 이전인 2012. 6. 18. 발송된 경우에는 2016. 7. 1.자 서식으로 조회된 것일 뿐이다.

라) 위와 같은 피고 주장을 변론 전체의 취지에 비추어 보면, 원고에 대한 과세예고통지서(을 제6호증)가 발송일 이후에 개정된 서식으로 출력된 것이나 위 통지서에 발송일 이후에 전입된 원고의 주소지가 기재된 경위 그리고 2016. 12. 12.자로 도입된 전산시스템 상 검색 결과인 ⁠‘과세예고통지서 발송처리 및 현황(을 제7호증)’에 그 이전에 송달된 과세예고통지서의 발송일자가 기재되어 있지 않은 사정에 대한 나름의 합리적인 설명이라고 충분히 납득할 수 있고, 적어도 ⁠‘과세예고통지서 발송처리 및 현황’에 이 사건 처분에 관한 과세예고통지 항목 자체가 생성되어 있는 이상, 전산시스템이 도입되기 이전에 그와 같은 과세예고통지가 이루어졌을 가능성을 배제할 수 없다(을 제8, 9, 17호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 과세예고통지 후에 동일한 주소지로 발송된 납세고지서와 독촉장이 모두 원고에게 적법하게 송달된 사실이 인정되는바, 이러한 사정에 비추어 보더라도 이 사건 과세예고통지가 원고에게 적법하게 송달된 것으로 보인다). 그밖에 과세예고통지가 누락되었다는 사정을 확인할 만한 추가적인 자료가 없는 이상, 이 사건 처분에 대한 과세예고통지가 누락되었다고 단정하기는 어렵다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

마) 한편 원고는 당심 변론종결일 이후에 제출된 2020. 12. 9.자 참고서면을 통하여, 공공기록물 관리에 관한 법률 시행령 제26조 및 별표1에 의하면 ⁠‘관계 법령에 따라 5년 이상 10년 미만의 기간 동안 민․형사상 책임 또는 시효가 지속되거나, 증명자료로서의 가치가 지속되는 사항에 관한 기록물’의 보존기간은 10년이고, 양도소득세를 미신고한 원고에 대한 양도소득세 부과의 제척기간은 7년인바, 과세예고통지서의 경우에도 10년의 보존기간이 적용되어야 하고 그 이전에 피고가 이를 폐기한 것은 부당하다는 취지로 주장한다. 그러나 앞서 살펴 본 바와 같이 피고는 2016. 12. 12. 과세예고통지 송달관리 방식을 전산시스템으로 개편하게 되면서 원고에 대한 과세예고통지서 또한 전산화된 방식으로 전환하여 보관하고 있는 것이라고 보아야 하므로, 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다. 한편 송달내역 관련 문서 자체에 관하여는, 국세징수사무처리규정 제18조에서는 ⁠‘부과과장은 고지서(독촉장)를 등기우편(배달증명 포함)으로 송달하는 경우 "연기식특수우편물수령증"을 편철하여 10년 동안 보존․관리하여야 한다’고 하여 부과처분을 고지하는 경우 송달내역 문서에 관한 보존기간을 정하고 있기는 하나 과세예고통지서 송달내역의 경우에는 위 사무처리규정에서 보존기간을 별도로 정하고 있지는 않은 것으로 보인다. 또한 과세예고통지는 양도소득세의 부과고지와는 달리 일정한 요건을 갖춘 경우에 한하여 부과 이전에 이루어지는 사전통지로서 과세전적부심사 청구의 전제 조건으로서 기능하는 것이므로(납세의무자는 과세예고통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사 청구를 할 수 있다), 그 송달내역 관련 문서 자체의 보존기간을 판단할 때 부과처분 고지의 송달내역 관련 문서의 경우와 반드시 같게 보기는 어려운 측면이 있다. 따라서 원고의 위 주장을 과세예고통지서 송달내역 관련 문서도 10년간 보존되어야 한다는 취지로 선해하더라도 이를 받아들이기 어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론이 같아 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2020. 12. 18. 선고 서울고등법원 2020누42516 판결 | 국세법령정보시스템

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양도소득세 부과 처분 시 고충민원 신청만으로 전심절차 거쳤다고 볼 수 있나요?

서울고등법원 2020누42516
판결 요약
고충민원 신청만으로는 행정소송의 전심절차(심사·심판청구)를 거쳤다고 볼 수 없습니다. 또한 토지 관련 설계비·지반공사비 명목도 증거 부족 및 자본적 지출 불인정 시 양도소득세 필요경비에서 제외될 수 있음을 판시한 사례입니다.
#양도소득세 #전심절차 #고충민원 #심사청구 #심판청구
질의 응답
1. 고충민원 신청만으로 양도소득세나 조세행정소송의 전심절차를 거쳤다고 볼 수 있나요?
답변
고충민원 신청은 국세 심사·심판청구와 같은 전심절차에 해당하지 않으므로, 취소소송의 전치 요건을 충족할 수 없습니다.
근거
서울고등법원-2020-누-42516은 국세기본법상 심사·심판청구가 아닌 고충민원 제기만으로는 취소소송의 전심절차로 볼 수 없다고 판시하였습니다.
2. 토지 설계비나 지반보강공사 비용이 양도소득세의 필요경비에 포함되려면 어떤 요건이 요구되나요?
답변
실제 토지 가치의 증가를 직접 입증하고, 비용 발생 및 직접 부담이 구체적으로 확인되어야 양도소득세 필요경비로 인정받을 수 있습니다.
근거
서울고등법원-2020-누-42516은 토지 자본적 지출은 가치 증가에 직접 소요된 비용이어야 하며, 지출내역·부담사실 등 실질적 입증이 부족하면 필요경비에서 제외된다고 판단하였습니다.
3. 기간이 지난 후에 심판청구나 고충민원을 제기한 경우, 전심절차 요건을 충족했다고 볼 수 있나요?
답변
심판청구나 고충민원 모두 법정 기간 도과 후 제기된 경우 적법한 전심절차로 인정되지 않습니다.
근거
서울고등법원-2020-누-42516은 심판청구나 고충민원 모두 기간 경과 후 제기시 전심절차 충족 요건에 해당하지 않는다고 판시하였습니다.
4. 과세예고통지 누락만으로 양도소득세 부과처분이 무효가 되나요?
답변
실제 송달 여부 등 실질적 누락 입증이 없을 때에는, 단순히 송달 자료가 미흡하더라도 처분 무효사유로 단정하기 어렵습니다.
근거
서울고등법원-2020-누-42516은 과세예고통지 누락 주장에 대해 송달 여부·시스템 사정에 합리적 설명 및 추가자료 부재 시 무효사유로 인정되지 않는다고 하였습니다.
5. 고충민원 결과통지에 세액 착오나 의견이 적혀 있다면 새로운 처분으로 볼 수 있나요?
답변
고충민원 회신이 사실상 통지에 불과하고 권리·의무에 실질적 영향을 미치지 않는다면 새로운 처분으로 인정되지 않습니다.
근거
서울고등법원-2020-누-42516은 고충민원 회신은 단순 통지로 처분성 부정, 별도 소를 제기하지 않는 한 소송물에 해당하지 않음을 분명히 하였습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과합니다.

판결 전문

요지

원고는 적법하게 전심절차를 거친 것으로 볼 수 없고, 원고가 주장하는 비용 또한 토지의 자본적 지출에 해당하지 아니하여 필요경비로 볼 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건

2020누42516(양도소득세경정거부처분취소)

원 고

이○○

피 고

□□세무서정

변 론 종 결

2020. 10. 30.

판 결 선 고

2020. 12. 18.

주 문

1. 원고의 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지 및 항 소 취 지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2012. 8. 1. 원고에 대하여 한 2009년 귀속 양도소득세 25,383,240원의 부과처분이 무효임을 확인한다.

이 유

1. 제1심 판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 판결의 이유는, 아래와 같이 제1심판결을 일부고쳐 쓰거나 삭제하고, 원고가 당심에서 강조하는 주장에 대한 판단을 추가하는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 제4쪽 7행의 ⁠“제1항”을 ⁠“제3항”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제5쪽 4-14행의 ⁠“(라)”항 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

“토지에 대한 자본적 지출이라 함은 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말한다(대법원 2008. 4. 11. 선고 2006두5502 판결 참조). 또한 양도소득세과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로는 과세관청에 있다. 그러나 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증토록 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결, 대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 등 참조).

먼저, 원고가 건축설계비 명목으로 지급하였다고 주장하는 17,000,000원에 관하여 살펴본다. 갑 제1, 27호증, 을 제1호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알수 있는 다음과 같은 사실 및 사정, 즉 ① 이 사건 토지는 2012. 9. 7.경에야 비로소 지목이 ⁠‘답’에서 ⁠‘대지’로 변경되었고, 이 사건 양도 당시에는 이 사건 토지 위에 건물이 건축되어 있지 않았던 것으로 보이는 점, ② 원고․OO홈과 YYY앤씨 종합건축사사무소(이하 ⁠‘YYY앤씨’라 한다) 사이에 2008. 6. 18. 작성된 건축물의 설계․감리 계약서에는, ⁠‘설계․감리계약 건명’으로 ⁠‘강원도 양구군 다세대 주택 신축공사(2동)’, 계약금액으로 ⁠‘50,000,000원’이라고 기재되어 있는바, OO홈은 위 계약에 따라 2009. 2. 4.부터 2009. 10. 23.까지 이△△을 통하여 YYY앤씨에 합계 17,000,000원을 지급한 점, ③ 한편 원고가 고충민원 제기 시 제출한 원고와 OO홈 사이의 금융거래내역에 의하면 원고가 OO홈에 2009. 8. 5.부터 2010. 3. 5.까지 수차례에 걸쳐 다양한 금액을 입금하였고 그 합계액이 50,300,000원인 것은 알 수 있으나, 위 돈의 지급 시기와 금액이 위 설계비용 중 원고의 분담분에 해당하는 8,500,000원(17,000,000원 ÷ 2)과 정확히 일치하지 아니하므로 위 돈이 설계비용 명목으로 지급된 것이라고 단정하기는 어려운 점, ④ 이 사건 처분을 통하여 원고에게 부과되는 양도소득세는 이 사건 토지의 양도에 관한 것이고, 이 사건 토지 매도 당시 건축 예정이었던 건축물도 토지와 함께 양도한 것이라고 볼 만한 자료도 없는 점 등에 비추어 보면, 건축설계비 17,000,000원은 건물의 설계를 위한 비용 명목으로 지급된 것에 불과하여 이 사건 토지 이용의 편의를 증진시키기 위한 것으로 볼 수 없어서 이 사건 토지에 관한 양도소득을 산정함에 있어 이를 필요경비로 공제할 수는 없다. 한편 원고가 위 비용 중 원고의 분담분을 직접 부담하였다는 자료가 없다는 점에 비추어 보더라도 원고의 분담분에 해당하는 8,500,000원이 필요경비로 공제되어야 한다고 보기는 어렵다[다만, YYY앤씨의 2014. 10. 15.자 사실확인서(갑 제27호증)에는 OO홈이 YYY앤씨에 지급한 위 금액의 명목이 ⁠‘용도변경인허가’, ⁠‘토목설계’로 기재되어 있는 사실이 인정되고, 이러한 비용 항목은 토지 관련 자본적 지출액으로 볼 여지가 있다. 그러나 앞서 본 바와 같이 OO홈과 YYY앤씨 사이의 계약서에는 ⁠‘건축물의 설계․감리 계약서’라고만 기재되어 있을 뿐, 용도변경이나 토목설계에 관한 내용도 위 계약의 목적에 포함되어 있는지가 명확하게 확인되지 않는다. 따라서 위 17,000,000원이 용도변경이나 토목설계 명목으로 지급된 것이라고 단정하기 어렵고, 또한 원고가 위 비용 중 원고의 분담분 만큼을 스스로 부담하였다고 인정하기도 어려우므로 원고의 분담분에 해당하는 부분을 필요경비로 공제할 수는 없다].

다음으로, 원고가 지반보강공사 명목으로 지급하였다고 주장하는 50,000,000원에 관하여 살펴본다. 갑 제1, 12, 13, 26호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정, 즉 ① 주식회사 □□□컨설턴트가 2008. 9.경 작성한 지반조사보고서에는 조사 위치가 ⁠‘양구읍 상리 OOO-OO호 공동주택 신축공사 부지’라고 기재되어 있고 시추조사가 이루어진 위치도 이 사건 인접토지 내인바, 이 사건 토지가 아닌 이 사건 인접토지에 대하여만 지반조사가 이루어진 것으로 보이는 점, ② OO홈과 주식회사 ■■건설 사이에 2008. 6. 10.경 작성된 건설공사 표준도급 계약서에도 공사장소로 이 사건 인접토지의 주소만 기재되어 있을 뿐이어서 이 사건 토지도 지반보강공사의 대상에 포함되어 있었다고 단정하기 어려운 점, ③ 원고가 아닌 OO홈의 계좌에서 주식회사 ■■건설의 대표자인 유OO에게 2009. 6. 29. 50,000,000원이 지급된 점, ④ 원고와 OO홈 사이의 2008. 6. 5.자 ⁠‘용도변경 및 개량변경 공동부담합의서’의 경우 원고가 자신이 대표이사로 있었던 OO홈과 사이에 작성한 것이어서 그 내용을 객관적으로 신빙할 수 있다고 보기 어려운 점, ⑤ 원고가 고충민원 제기 시 제출한 OO홈과 사이의 금융거래내역에 의하면 원고가 OO홈에 2009. 8. 5.부터 2010. 3. 5.까지 수차례에 걸쳐 다양한 금액을 입금하였고 그 합계액이 50,300,000원인 사실은 알 수 있으나, 위 돈의 지급 시기와 금액이 위 지반보강공사 비용 중 원고의 분담분에 해당하는 25,000,000원(50,000,000원 ÷ 2)과 정확히 일치하지 아니하여 위 돈이 이 사건 토지의 지반보강공사 비용 명목으로 지급된 것이라고 단정하기는 어려운 점 등에 비추어 보면, 지반보강공사가 이 사건 인접토지가 아닌 이 사건 토지에도 이루어 진 것이라고 인정하기는 어렵고, 나아가 원고가 위 비용 중 원고의 분담분 만큼 직접 부담하였다고 인정하기도 어려운 이상, 원고가 주장하는 지반공사비용 중 원고의 분담분에 해당하는 25,000,000원도 필요경비로 공제할 수 없다고 보아야 한다.“

○ 제1심 판결문 제6쪽 3행의 ⁠“(마)”항 부분을 ⁠“따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제8쪽 14-18행의 ⁠“PPP은 원고가 공릉동 주소지에 … ⁠(중략) … 이례적으로 보이는 점”을 삭제한다.

○ 제1심판결 제10쪽 7행의 ⁠“제105” 다음에 ⁠“조”를 추가한다.

2. 원고 주장에 대한 판단

가. 주장의 요지

1) 원고가 고충민원의 신청을 통하여 실질적으로 심판청구를 한 것으로 보아야 하는바, 원고는 결국 이 사건 처분에 대하여 취소소송을 제기하기 위한 전심절차와 제소 기간의 요건을 모두 갖추었다. 따라서 이 사건 처분의 무효사유 뿐만 아니라 취소사유에 대하여도 판단이 이루어져야 한다(이하 ⁠‘제1주장’이라 한다).

2) 원고의 고충민원에 대한 회신인 고충처리결과통지(이하 ⁠‘이 사건 결과통지’라 한다)에는 이 사건 처분과 달리 증액된 양도소득세액이 기재되어 있어 이는 원고에 대한 양도소득세의 증액결정처분과 다를 바 없고, 이 사건 결과통지에서는 인용불가의 이유로 ⁠‘건축설계비용과 토목공사비용은 토지의 양도소득 필요경비에 해당하지 않는다’는 새로운 사유를 제시하여 비로소 이 사건 처분의 사유를 원고가 구체적으로 인식할 수 있게 밝히고 있는바, 이 사건 결과통지는 새로운 처분으로 볼 수 있다. 그런데 이 사건 결과통지에서 원고의 고충민원은 인용이 불가하다고 회신한 것은 재량권을 남용하여 위법하다(이하 ⁠‘제2주장’이라 한다).

3) 미완성 건축물은 과세대상이 아님에도 불구하고 피고가 이 사건 처분을 통하여 미완성 건축물의 양도대가에 대하여도 과세하였으므로 이 사건 처분은 무효이다(이하 ⁠‘제3주장’이라 한다).

4) 피고는 과세예고통지 절차를 누락한 채 이 사건 처분을 하였는바, 이는 중대하고 명백한 절차적 하자이므로 무효사유에 해당하거나 그렇지 않더라도 적어도 취소사유에는 해당한다(이하 ⁠‘제4주장’이라 한다).

나. 판단

1) 제1주장에 대한 판단

가) 국세기본법 제56조 제2항 본문에 의하면, 국세기본법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법한 처분에 대한 취소소송은 국세기본법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없고, 제3항 본문에 의하면 그와 같은 행정소송은 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다. 또한 국세기본법 제61조 및 제68조에 의하면, 위법한 처분에 대한 심사청구 또는 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

한편 고충민원의 처리, 조사관리, 권리보호요청의 처리, 납세자권리헌장 준수 등에 필요한 사항을 정함으로써 납세자의 권익을 효과적으로 보호하는 데 이바지함을 목적으로 하여 국세청 훈령으로 제정된 납세자보호사무처리규정(이하 ⁠‘납세자보호규정’이라 한다) 제13조에서는 고충민원은 국세와 관련된 모든 고충으로서, 세무관서장의 처분이 완료된 사항으로 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못하여 납세자의 권리․이익이 침해되었거나 불편 또는 부담을 준 사항에 관한 민원을 그 대상으로 한다고 규정하면서, 제14조 제1항에서는, ⁠‘국세기본법 등에 따른 경정청구, 불복 및 과세전적부심사 청구 기한이 지나지 아니한 사항’이나 ⁠‘국세기본법, 감사원법, 행정소송법 등에 따른 불복절차가 진행 중이거나 결정이 완료되어 확정된 사항(다만, 그 중 본안 심리를 거치지 않은 각하결정 또는 국세기본법에 따른 불복청구 및 과세전적부심사로 결정이 완료되어 확정된 것으로 불복청구 등의 주된 이유와 고충민원의 주된 이유가 확연히 구분되고 정당한 근거, 사유가 있는 사항 등은 고충민원의 대상에 포함한다)’ 등은 고충민원 신청 대상에서 제외한다고 규정하고 있다.

나) 갑 제1호증의 기재에 의하면, 원고는 2013. 11. 21. 이 사건 처분에 관하여 고충민원 신청을 하였고, 피고는 2013. 12. 26. 위 신청에 대하여 인용불가 의견으로 이 사건 결과통지를 한 사실이 인정되고, 앞서 살펴 본 바와 같이 원고는 2012. 8. 6. 이 사건 처분에 관한 통지를 PPP을 통하여 수령하였으며, 이후 이 사건 처분에 대하여 2014. 2. 7. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2014. 6. 27. 기간 도과를 이유로 청구가 각하되었고, 2018. 7. 5. 다시 심판청구를 하였으나 2018. 10. 16. 또다시 청구가 각하된 사실이 인정된다.

그런데 위 국세기본법 관련 규정에 의하면, 원고가 이 사건 처분에 대하여 취소소송을 제기하기 위하여는 국세청장에 심사청구를 하거나 조세심판원에 심판청구를 하는 전심절차를 거쳤어야 하고, 납세자보호규정 관련 조항에 의하면 조세 처분에 관하여 국세기본법에 의하여 불복할 수 있거나 불복절차가 진행 중인 경우에는 고충민원을 신청할 수도 없는 것인바, 납세자보호규정에 의한 고충민원 신청은 국세기본법이나 행정소송법에 따른 불복절차를 거치는 것이 더 이상 불가능하거나 이미 그러한 불복절차가 종료된 경우에만 제기할 수 있다고 봄이 타당하므로, 이를 취소소송의 전심절차인 심사청구나 심판청구에 준하는 것으로 보기는 어렵다. 따라서 고충민원 신청을 거쳤으므로 취소소송의 전심절차를 거친 것이라는 원고의 주장은 받아들이지 않는다(한편 원고가 들고 있는 대법원 1995. 9. 29. 선고 95누5332 판결은, 국민고충처리위원회에 대하여 신청하는 고충민원에 관한 것으로, 원고의 고충민원 신청과 같이 납세자보호규정에 의하여 피고에게 직접 접수된 고충민원 신청 사안에 곧바로 원용되기는 어려워 보인다. 나아가 위 판결에 의하더라도 국민고충처리제도는 행정심판법에 의한 행정심판내지 다른 특별법에 따른 이의신청, 심사청구, 재결의 신청 등의 불복구제절차와는 제도의 취지나 성격을 달리하고 있으므로 국민고충처리위원회에 대한 고충민원의 신청이 행정소송의 전치절차로서 요구되는 행정심판청구에 해당하는 것으로 볼 수는 없고, 다만 위 위원회에 접수된 신청서가 행정기관의 처분에 대하여 시정을 구하는 취지임이 내용상 분명한 것으로서 위 위원회가 이를 당해 처분청 또는 그 재결청에 송부한 경우에 한하여 그 신청서가 위 위원회에 접수된 때에 행정심판청구가 제기된 것으로 볼 수 있다는 것이다. 따라서 고충민원의 신청은 원칙적으로 행정심판청구에 해당하지 않음은 명확하고, 예외적으로 국민고충처리위원회가 접수된 고충민원을 당해 처분청 또는 재결청에 송부한 경우에만 행정심판청구가 제기된 것으로 볼 수 있는데, 이 사건의 경우에는 원고가 국민고충처리위원회에 고충민원을 신청한 것도 아니므로, 위와 같은 예외적인 경우에 해당할 수도 없다).

다) 또한 원고는 이 사건 처분 통지를 받은 날인 2012. 8. 6.로부터 심판청구기간인 90일이 도과한 뒤 조세심판원에 심판청구를 하였는바, 적법하게 전심절차를 거친 것으로 볼 수 없다. 설령 고충민원 신청을 심판청구에 준하는 것으로 본다고 하더라도, 원고는 2012. 8. 6.로부터 이미 90일의 기간을 도과한 후인 2013. 11. 21. 고충민원을 신청하였으므로, 이 경우에도 마찬가지로 적법하게 전심절차를 거친 것이라고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 처분에 관한 취소소송을 제기하기 위한 제소기간을 준수하였다는 원고의 주장도 받아들이지 않는다.

2) 제2주장에 대한 판단

가) 갑 제1호증의 기재에 의하면, 이 사건 결과통지의 ⁠‘처분내용’에는 원고에 대한 양도소득세가 이 사건 처분에 기재된 28,383,240원과 달리 ⁠‘28,383,241원’으로 기재되어 있는 사실은 인정된다. 그러나 이 사건 결과통지도 결국 이 사건 처분이 있었던 것을 전제로 하여 원고의 고충민원 신청이 인용될 수 없음을 밝히고 있을 뿐이고, 이 사건 처분의 양도소득세액 산정이 잘못되어 그 세액이 증액되어야 한다는 내용을 제시하고 있는 것은 아니므로, 이 사건 결과통지에 이 사건 처분과 다른 금액이 기재되어 있는 것은 단순한 오기라고 봄이 상당하고, 이를 이 사건 처분에 대하여 증액결정을 한 새로운 처분이라고 보기는 어렵다.

나) 또한 이 사건 결과통지는 원고의 고충민원에 대한 답변으로 사실상 통지에 해당하고, 이 사건 결과통지로 인하여 원고의 권리․의무에 어떠한 영향이 있다고 보기도 어려우므로, 이 사건 결과통지가 행정청의 공법상 행위인 행정처분에 해당한다고 볼 수도 없다. 나아가 설령 이 사건 결과통지를 처분으로 볼 수 있다고 하더라도 원고가 그에 대한 소를 별도로 제기하지 않고 있는 이상, 이 사건 소에서의 소송물은 이 사건 처분에 관한 것이므로, 이 사건에서 이 사건 결과통지의 적법 여부에 관하여 판단할 수는 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

3) 제3주장에 대한 판단

피고는, 원고가 이 사건 양도에 관하여 양도소득세 확정신고를 하지 않자, 구 소득세법 제114조 제1항, 제5항에 따라 이 사건 토지의 등기부등본에 기재된 거래가액을 실지 취득가액과 실지 양도가액으로 추정하여 양도소득과세표준 및 세액을 결정하고 양도소득세를 부과하는 이 사건 처분을 한 것일 뿐인바, 위와 같이 산정된 양도소득과 세표준에 이 사건 토지의 양도 대가 외에 건물의 양도 대가까지도 포함되어 있다고 볼 만한 자료는 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

4) 제4주장에 대한 판단

가) 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제81조의 15 제1항은 ⁠‘다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에 게 청구할 수 있다’고 규정하면서 제1호에서 ⁠‘제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지’, 제2호에서 ⁠‘그 밖에 대통령령으로 정하는 과세예고 통지’를 들고 있고, 같은 조 제2항에서는 제1항이 적용되지 않는 예외적인 경우에 관하여 제1호에서 ⁠‘국세징수법 제14조에 규정된 납기 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우’, 제2호에서 ⁠‘조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’, 제3호에서 ⁠‘세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’, 제4호에서 ⁠‘그 밖에 대통령령으로 정하는 경우’라고 규정하고 있다. 이에 따라 구 국세기본법 시행령(2013. 6. 11. 대통령령 제24573호로 개정되기 전의 것) 제63조의14 제2항은 ⁠‘법 제81조의15 제1항 제2호에서 " 대통령령으로 정하는 과세예고 통지"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다’고 규정하면서, 제1호에서 ⁠‘세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 하는 과세예고 통지’, 제2호에서 ⁠‘제63조의3에 따른 실지조사에서 확인된 해당 납세자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 하는 과세예고 통지’, 제3호에서 ⁠‘납세고지하려는 세액이 3백만 원 이상인 과세예고 통지’라고 규정하고 있다.

한편 행정처분의 당연무효를 주장하여 그 무효확인을 구하는 행정소송에 있어서 는 원고에게 그 행정처분이 무효인 사유를 주장․입증할 책임이 있다(대법원 2010. 5. 13. 선고 2009두3460 판결 참조).

나) 을 제6, 7, 10호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 처분은 납세고지하는 세액이 3,000,000원 이상인 경우로서 과세예고통지 대상에 해당하는 사실, 피고가 2012. 6. 18.경 과세예고통지를 하였다며 제출한 과세예고통지서(을 제6호증)에 사용된 서식에는 ⁠‘2016. 7. 1. 개정’이라고 기재되어 있는 사실, 위 통지서의 ⁠‘납세자 주소’란에는 ⁠‘서울특별시 강북구 OO로 OO가길 OO호(OO동)’라고 기재되어 있는데, 위 주소는 원고가 2012. 9. 25. 전입한 주소인바 피고가 과세예고통지를 하였다는 2012. 6. 18.경에는 원고의 주소가 ⁠‘서울 노원구 △△로 △△△, △동 △△호(△△동, △△3단지아파트)’이었던 사실, 피고의 전산시스템에서 원고에 대한 ⁠‘과세예고통지서 발송처리 및 현황’을 검색한 결과(을 제7호증)에는 이 사건 처분에 관한 과세예고통지서의 수령인란에 원고의 이름이 기재되어 있으나, ⁠‘최종송달 진행상태’란에는 ⁠‘해당없음’이라고 기재되어 있고 ⁠‘최종 송달일자’란은 빈 칸으로 남아 있는 사실이 인정되기는 한다.

다) 이에 관하여 피고는 2020. 10. 26.자 답변서 및 당심 변론종결일 이후에 제출된 2020. 11. 27.자 및 2020. 12. 7.자 각 참고서면을 통하여 다음과 같이 설명하고 있다. 즉, 이 사건 과세예고통지가 발송될 당시에는 담당자가 전산시스템에 과세예고의내용만 입력하고 그 통지서를 직접 출력하여 등기우편 방법으로 과세예고통지서를 발송한 뒤 그 송달내역 관련 문서를 종이 문서의 형태로 직접 관리하였다. 따라서 보존기간이 경과한 송달 관련 서류 등을 피고가 더 이상 보관하고 있지 않아 이 사건과 같이 송달내역의 확인이 어렵게 되었을 뿐이다. 피고는 과세예고통지서의 송달 여부를 수동문서로 관리해오다가 대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결1)이 선고된 이후 2016. 12. 12. 과세예고통지서의 송달 관련 사항을 체계적으로 관리하는 전산시스템을 도입하게 되었다. 이처럼 과세예고통지서 송달관리 시스템을 개편하는 과정에서 그 이전에 송달되었던 과세예고통지서에 관하여는 납세자의 주소지 등록 작업일인 2016. 6. 18. 기준 주소지를 기재하여 전산에 수록하였는바, 위 작업일 당시 원고는 ⁠‘서울특별시 강북구 OO로 OO가길 OO호(OO동)’에 주소지를 전입해두고 있었기 때문에 위 주소로 조회된 것이다. 한편 개편된 전산시스템에서 조회되는 과세예고통지서 서식은 2018. 4.경을 기준으로 그 이전에 발송한 과세예고통지서의 경우에는 2016. 7. 1.자 서식으로 조회되고, 그 이후에 발송한 통지서의 경우에는 조회일 기준으로 가장 최근에 개정된 서식으로 인쇄되는 방식에 따르고 있어서, 원고에게 발송한 과세예고통지서와 같이 2018. 4. 이전인 2012. 6. 18. 발송된 경우에는 2016. 7. 1.자 서식으로 조회된 것일 뿐이다.

라) 위와 같은 피고 주장을 변론 전체의 취지에 비추어 보면, 원고에 대한 과세예고통지서(을 제6호증)가 발송일 이후에 개정된 서식으로 출력된 것이나 위 통지서에 발송일 이후에 전입된 원고의 주소지가 기재된 경위 그리고 2016. 12. 12.자로 도입된 전산시스템 상 검색 결과인 ⁠‘과세예고통지서 발송처리 및 현황(을 제7호증)’에 그 이전에 송달된 과세예고통지서의 발송일자가 기재되어 있지 않은 사정에 대한 나름의 합리적인 설명이라고 충분히 납득할 수 있고, 적어도 ⁠‘과세예고통지서 발송처리 및 현황’에 이 사건 처분에 관한 과세예고통지 항목 자체가 생성되어 있는 이상, 전산시스템이 도입되기 이전에 그와 같은 과세예고통지가 이루어졌을 가능성을 배제할 수 없다(을 제8, 9, 17호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 과세예고통지 후에 동일한 주소지로 발송된 납세고지서와 독촉장이 모두 원고에게 적법하게 송달된 사실이 인정되는바, 이러한 사정에 비추어 보더라도 이 사건 과세예고통지가 원고에게 적법하게 송달된 것으로 보인다). 그밖에 과세예고통지가 누락되었다는 사정을 확인할 만한 추가적인 자료가 없는 이상, 이 사건 처분에 대한 과세예고통지가 누락되었다고 단정하기는 어렵다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

마) 한편 원고는 당심 변론종결일 이후에 제출된 2020. 12. 9.자 참고서면을 통하여, 공공기록물 관리에 관한 법률 시행령 제26조 및 별표1에 의하면 ⁠‘관계 법령에 따라 5년 이상 10년 미만의 기간 동안 민․형사상 책임 또는 시효가 지속되거나, 증명자료로서의 가치가 지속되는 사항에 관한 기록물’의 보존기간은 10년이고, 양도소득세를 미신고한 원고에 대한 양도소득세 부과의 제척기간은 7년인바, 과세예고통지서의 경우에도 10년의 보존기간이 적용되어야 하고 그 이전에 피고가 이를 폐기한 것은 부당하다는 취지로 주장한다. 그러나 앞서 살펴 본 바와 같이 피고는 2016. 12. 12. 과세예고통지 송달관리 방식을 전산시스템으로 개편하게 되면서 원고에 대한 과세예고통지서 또한 전산화된 방식으로 전환하여 보관하고 있는 것이라고 보아야 하므로, 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다. 한편 송달내역 관련 문서 자체에 관하여는, 국세징수사무처리규정 제18조에서는 ⁠‘부과과장은 고지서(독촉장)를 등기우편(배달증명 포함)으로 송달하는 경우 "연기식특수우편물수령증"을 편철하여 10년 동안 보존․관리하여야 한다’고 하여 부과처분을 고지하는 경우 송달내역 문서에 관한 보존기간을 정하고 있기는 하나 과세예고통지서 송달내역의 경우에는 위 사무처리규정에서 보존기간을 별도로 정하고 있지는 않은 것으로 보인다. 또한 과세예고통지는 양도소득세의 부과고지와는 달리 일정한 요건을 갖춘 경우에 한하여 부과 이전에 이루어지는 사전통지로서 과세전적부심사 청구의 전제 조건으로서 기능하는 것이므로(납세의무자는 과세예고통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사 청구를 할 수 있다), 그 송달내역 관련 문서 자체의 보존기간을 판단할 때 부과처분 고지의 송달내역 관련 문서의 경우와 반드시 같게 보기는 어려운 측면이 있다. 따라서 원고의 위 주장을 과세예고통지서 송달내역 관련 문서도 10년간 보존되어야 한다는 취지로 선해하더라도 이를 받아들이기 어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론이 같아 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2020. 12. 18. 선고 서울고등법원 2020누42516 판결 | 국세법령정보시스템